单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7460 篇文献，本页显示第 6341 - 6360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6341 | 2024-08-04 |
Identification of eight genes associated with recurrent patellar dislocation
2024-May-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.109697
PMID:38680665
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研究论文 | 本研究首次通过全外显子测序识别与反复髌骨脱臼相关的八个基因 | 识别出CPD基因与反复髌骨脱臼的相关性，提供了全新的视角来理解该疾病 | 研究可能缺乏大样本验证，样本的多样性有待提升 | 识别反复髌骨脱臼的易感基因并探讨其潜在发病机制 | 关注反复髌骨脱臼患者的基因组特征 | NA | NA | 全外显子测序 (WES) | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6342 | 2024-08-04 |
Stratification and prognostic evaluation of breast cancer subtypes defined by obesity-associated genes
2024-Apr-27, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-00988-0
PMID:38676834
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研究论文 | 研究探讨与肥胖相关基因定义的乳腺癌亚型的分层与预后评估 | 识别了七个中心基因作为乳腺癌的分子诊断生物标志物，并提出了通过神经网络模型进行有效的诊断 | 七个中心基因作为预后分子标志物表现不佳，生存预测AUC值大多数低于0.5 | 研究肥胖作为乳腺癌风险因素对其机制的影响 | 1226名乳腺癌患者，其被分为BRCA亚型1和亚型2 | 数字病理学 | 乳腺癌 | qRT-PCR，RNA转录组数据分析 | 神经网络模型 | 基因表达数据 | 1226名乳腺癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 6343 | 2024-08-05 |
Integrative analysis of metabolomics and transcriptomics to uncover biomarkers in sepsis
2024-04-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-59400-0
PMID:38678059
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研究论文 | 利用代谢组学结合RNA测序识别脓毒症患者血液中的生物标志物并发现新的诊断和治疗靶点 | 首次联合应用代谢组学和转录组学，鉴定脓毒症特异性生物标志物和靶基因 | 样本量较小，仅包含16个脓毒症患者和11个系统性炎症反应综合症患者 | 识别脓毒症的生物标志物和潜在靶点 | 脓毒症患者和系统性炎症反应综合症患者的血液样本 | 数字病理学 | 脓毒症 | 液相色谱-质谱联用技术（LC-MS/MS）和RNA测序 | NA | 代谢物和基因数据 | 16个脓毒症患者和11个SIRS患者的血液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6344 | 2024-08-05 |
Synergistic induction of tertiary lymphoid structures by chemoimmunotherapy in bladder cancer
2024-Apr, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02598-7
PMID:38332180
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研究论文 | 本文研究了在膀胱癌中，通过化疗和免疫疗法的联合使用促进三级淋巴结构的形成 | 首次系统评估了化疗和免疫疗法对膀胱癌患者免疫反应和淋巴结构成熟的联合效应 | 未提供对其他类型癌症的验证或比较研究 | 探讨其他治疗方式与免疫疗法联合使用以提高膀胱癌患者免疫反应的可能性 | 膀胱癌患者，特别是接受免疫检查点抑制剂治疗的患者 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序和大规模RNA测序 | NA | RNA数据 | 包括接受免疫检查点抑制剂和化疗的膀胱癌患者相关样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6345 | 2024-08-04 |
CPPLS-MLP: a method for constructing cell-cell communication networks and identifying related highly variable genes based on single-cell sequencing and spatial transcriptomics data
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae198
PMID:38678387
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研究论文 | 提出了一种基于单细胞测序和空间转录组数据的新方法CPPLS-MLP，用于构建细胞间通信网络并识别相关的高度变异基因 | 该方法通过更准确地识别与细胞通信密切相关的高度变异基因，提供了一种新的视角来构建细胞间通信网络 | 目前尚未提及该方法在特定情境下的局限性或潜在问题 | 探索细胞间通信与高度变异基因之间的关系 | 重点研究细胞间通信网络及其相关的高度变异基因 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 (scRNA-seq), 空间转录组 | CPPLS-MLP | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6346 | 2024-08-04 |
scBOL: a universal cell type identification framework for single-cell and spatial transcriptomics data
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae188
PMID:38678389
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研究论文 | 提出了一种名为scBOL的通用细胞类型识别框架，用于单细胞和空间转录组数据 | 首次提出了普遍细胞类型识别这一新任务，并设计了从双边原型对齐角度出发的端到端算法 | 该研究的限制未在摘要中具体说明 | 开发一种能够有效标注单细胞转录组数据的通用方法，适应于空间和非空间维度 | 单细胞转录组和空间转录组数据中的细胞类型 | 数字病理学 | NA | 自动编码器神经网络和图卷积网络 | 原型学习 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6347 | 2024-08-05 |
scINRB: single-cell gene expression imputation with network regularization and bulk RNA-seq data
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae148
PMID:38600665
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研究论文 | 提出了一种基于网络正则化和批量RNA-seq数据的单细胞基因表达填充方法scINRB | scINRB通过网络正则化非负矩阵分解保持细胞间和基因间的相似性，并结合批量RNA-seq数据的信息 | 尽管scINRB表现出色，但研究的适用性和数据类型可能仍受限于特定的实验条件 | 开发一种准确且稳健的单细胞基因表达数据填充方法 | 主要研究单细胞RNA测序数据中的基因表达缺失（dropout事件） | 数字病理学 | NA | RNA-seq | 非负矩阵分解 | 数据集 | 在模拟和实验数据集上进行测试 | NA | NA | NA | NA |
| 6348 | 2024-08-05 |
The Characteristics of Macrophage Heterogeneity in Atherosclerotic Aortas
2024-02, Journal of cardiovascular translational research
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12265-023-10434-1
PMID:37713049
|
研究论文 | 本文研究了动脉粥样硬化中巨噬细胞亚群的特征 | 通过单细胞RNA测序分析巨噬细胞亚群的不同表型和功能特性 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏大型临床样本的验证 | 探讨巨噬细胞在动脉粥样硬化中的作用及其异质性 | 动脉粥样硬化中的巨噬细胞亚群 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 6个亚群（基于单细胞分析） | NA | NA | NA | NA |
| 6349 | 2024-08-05 |
A Novel Four-Gene Signature Based on Nonsense-Mediated RNA Decay for Predicting Prognosis in Hepatocellular Carcinoma: Bioinformatics Analysis and Functional Validation
2024, Journal of hepatocellular carcinoma
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JHC.S450711
PMID:38680213
|
研究论文 | 本文提出了一种基于无义介导的RNA降解(NMD)的四基因风险模型，用于预测肝细胞癌的预后 | 创新的NMD风险模型通过四个NMD相关基因有效区分肝细胞癌的高低风险组 | 尚未提及具体的临床试验数据来进一步支持模型的临床适用性 | 研究NMD在肝细胞癌预后方面的潜力 | 374个肝细胞癌样本和50个正常肝样本 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | LASSO-Cox回归 | 无 | 基因表达数据 | 374个肝细胞癌样本和50个正常肝样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6350 | 2024-08-05 |
Comprehensive Analysis of a Dendritic Cell Marker Genes Signature to Predict Prognosis and Immunotherapy Response in Lung Adenocarcinoma
2024-Apr-29, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997)
DOI:10.1097/CJI.0000000000000521
PMID:38679823
|
研究论文 | 这项研究构建了一种新的树突状细胞标记基因特征，用于预测肺腺癌的预后和免疫治疗反应 | 提出了一种新的树突细胞标记基因特征，能够独立预测患者预后和免疫治疗效果 | 仅在有限的独立队列中验证了预测能力 | 开发预测肺腺癌预后及其对免疫治疗反应的新方法 | 肺腺癌患者的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 风险评分模型 | 基因表达数据 | 在训练队列和6个独立队列中涉及到多个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6351 | 2024-08-05 |
Naive and regulatory B-cell transcription patterns guide the increased risk of papillary thyroid carcinoma in obesity
2024-Apr-28, Cellular and molecular biology (Noisy-le-Grand, France)
DOI:10.14715/cmb/2024.70.4.19
PMID:38678617
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研究论文 | 本文探讨了肥胖与乳头状甲状腺癌之间的关系，分析了B细胞转录模式的影响 | 揭示了肥胖人群中B细胞的转录模式与乳头状甲状腺癌风险增加之间的关联 | 尚未明确肥胖相关脂肪因子的具体调控机制 | 探讨肥胖如何增加乳头状甲状腺癌的风险及其相关机制 | 研究肥胖与乳头状甲状腺癌之间的关系及相关B细胞转录模式 | 数字病理学 | 乳头状甲状腺癌 | RNA测序 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA序列数据 | 从GEO数据库下载的肥胖和健康人群的皮下脂肪组织RNA序列数据，以及乳头状甲状腺癌的肿瘤组织数据 | NA | NA | NA | NA |
| 6352 | 2024-08-04 |
Comprehensiveness cuproptosis related genes study for prognosis and medication sensitiveness across cancers, and validation in prostate cancer
2024-04-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-57303-8
PMID:38671021
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研究论文 | 本研究对铜死亡相关基因（CRGs）在多种癌症中的作用进行了全面调查 | 揭示了CRGs在不同癌症中的预后价值和药物敏感性关联，建立了前列腺癌的预后特征 | 研究中关于CRGs功能的机制仍然模糊，可能需要更多的实验来验证 | 探讨CRGs在各种癌症中的作用及其在前列腺癌中的验证 | 参与分析的26种癌症及前列腺癌患者 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 26种癌症中的多种样本，以及前列腺癌细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 6353 | 2024-08-05 |
Short-Term Dietary Restriction Potentiates an Anti-Inflammatory Circulating Mucosal-Associated Invariant T-Cell Response
2024-Apr-22, Nutrients
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/nu16081245
PMID:38674935
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研究论文 | 这篇文章探讨了短期饮食限制对抗炎症的循环粘膜相关不变T细胞反应的影响 | 本研究通过单细胞RNA测序解析了短期蛋白-卡路里饮食限制下MAIT细胞的转录组反应，并揭示了与肠道微生物种类变化的关系 | 对短期饮食限制及其对全身免疫影响的理解仍然不足，研究样本仅限于健康志愿者 | 研究短期饮食限制在调节术后炎症中的潜在作用 | 健康志愿者的PBMCs和粪便样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 血液和粪便样本 | 健康志愿者4名，进行为期4天的饮食限制 | NA | NA | NA | NA |
| 6354 | 2024-08-05 |
PPARγ attenuates cellular senescence of alveolar macrophages in asthma-COPD overlap
2024-Apr-20, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-024-02790-6
PMID:38643159
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研究论文 | 本研究探讨了PPARγ在哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠症中的作用。 | 首次揭示了PPARγ在调节与细胞衰老相关的巨噬细胞特征中的重要作用。 | 本研究主要基于公共数据集，临床验证尚需进行。 | 研究PPARγ如何影响哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠症中巨噬细胞的衰老。 | 主要关注于哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠症患者的肺部单核细胞/巨噬细胞。 | 数字病理学 | 哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠症 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、RNA-Seq、CyTOF | NA | RNA，细胞数据 | 通过公共数据集及独立队列研究得到的BALF样本数据 | NA | NA | NA | NA |
| 6355 | 2024-08-05 |
Exploring MiR-484 Regulation by Polyalthia longifolia: A Promising Biomarker and Therapeutic Target in Cervical Cancer through Integrated Bioinformatics and an In Vitro Analysis
2024-Apr-19, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines12040909
PMID:38672263
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研究论文 | 本研究通过综合生物信息学和体外分析探讨了MiR-484在宫颈癌中的作用 | 研究首次揭示了MiR-484在宫颈癌中的预后价值和作为治疗靶点的潜力 | 未在临床样本中进行验证 | 探索MiR-484作为宫颈癌的生物标志物和治疗靶点的可能性 | 宫颈癌细胞和相关的生物信息学数据 | 数字病理学 | 宫颈癌 | qRT-PCR和单细胞RNA测序 | 多元Cox回归模型 | 基因表达数据 | 涉及多种癌症样本和宫颈癌细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 6356 | 2024-08-05 |
Evolutionary and developmental specialization of foveal cell types in the marmoset
2024-Apr-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2313820121
PMID:38598343
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研究论文 | 本文探讨了狨猴中心凹细胞类型的进化与发育特化 | 研究揭示了狨猴以及其他灵长类的中心凹细胞类型的保守细胞结构，并发现了不同区域细胞类型的独特发育轨迹 | 研究对象仅限于狨猴，可能无法完全代表其他灵长类动物的情况 | 探索中心凹的发育、结构和进化 | 普通狨猴的视网膜细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | 包括新生儿和成人狨猴的视网膜细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 6357 | 2024-08-04 |
Renal Endothelial Single-Cell Transcriptomics Reveals Spatiotemporal Regulation and Divergent Roles of Differential Gene Transcription and Alternative Splicing in Murine Diabetic Nephropathy
2024-Apr-13, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25084320
PMID:38673910
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研究论文 | 该研究揭示了与糖尿病肾病进展相关的基因转录和选择性剪接的时空调控 | 通过单细胞转录组学方法识别了不同内皮细胞表型及其在疾病进展中的不同作用 | 研究仅使用了小鼠模型，可能无法完全代表人类疾病 | 探索糖尿病肾病中内皮细胞的异质性及其分子机制 | 来自糖尿病小鼠和非糖尿病同窝小鼠的肾脏内皮细胞 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | SmartSeq2单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 5464个内皮细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 6358 | 2024-08-05 |
Cellular senescence and metabolic reprogramming model based on bulk/single-cell RNA sequencing reveals PTGER4 as a therapeutic target for ccRCC
2024-Apr-11, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-024-12234-5
PMID:38605343
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研究论文 | 本研究建立了一个基于RNA测序的细胞衰老与代谢重编程模型，并提出了PTGER4作为治疗ccRCC的靶点。 | 首次系统性探讨了与衰老相关的代谢过程变更与ccRCC之间的关系，并开发了一个新模型SeMRM以预测患者的生存率。 | 本研究可能受限于数据集的偏差及其适用性，且缺乏长期跟踪数据验证。 | 研究细胞衰老和代谢重编程在ccRCC中的作用，探讨其潜在的治疗靶点。 | 以ccRCC患者为对象，研究其代谢活动、免疫微环境及治疗反应等。 | 数字病理学 | 肾癌 | RNA测序 | 风险评分模型 (SeMRM) | 基因组数据，临床信息 | 使用了两个ccRCC数据集和一个单细胞数据集，具体样本量未明确说明 | NA | NA | NA | NA |
| 6359 | 2024-08-05 |
Immune Characteristic Genes and Neutrophil Immune Transformation Studies in Severe COVID-19
2024-Apr-04, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms12040737
PMID:38674681
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研究论文 | 本研究识别了六个与 COVID-19 重症相关的免疫特征基因，并探讨了中性粒细胞在重症中的免疫转化。 | 本研究首次确定了 COVID-19 重症的免疫特征基因和关键免疫细胞，以及中性粒细胞的转变机制。 | 本研究的免疫特征基因和细胞机制尚需在更大规模的研究中验证。 | 探讨 COVID-19 重症的免疫病理特征及中性粒细胞的免疫转化过程。 | 研究对象为 COVID-19 重症患者外周血和支气管肺泡灌洗液中的细胞。 | 数字病理学 | COVID-19 | mRNA-seq, scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 来自 COVID-19 患者的外周血和支气管肺泡灌洗液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6360 | 2024-08-04 |
GTADC: A Graph-Based Method for Inferring Cell Spatial Distribution in Cancer Tissues
2024-Apr-03, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14040436
PMID:38672453
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研究论文 | 本研究提出了一种基于图的方法GTADC，旨在推断癌症组织中细胞的空间分布。 | GTADC通过利用轮廓得分来捕捉细胞类型内具有显著表达差异的基因，相较于传统方法增强了基因选择的准确性。 | 传统分析方法在处理癌细胞与正常细胞之间的基因表达差异时并不够准确，依赖于统计方法可能无法精确捕捉细胞类型的差异。 | 研究旨在更深入了解早期癌症，并为早期癌症诊断提供潜在支持。 | 研究对象为癌症组织中的细胞，特别是识别不同细胞类型的空间组合。 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学（ST）和单细胞测序（scRNA-seq） | 图神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |