单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6281	2024-08-05	Narrow band imaging-based radiogenomics for predicting radiosensitivity in nasopharyngeal carcinoma 2024-Jun, European journal of radiology open IF:1.8Q3 DOI:10.1016/j.ejro.2024.100563 PMID:38681663	研究论文	本研究评估了窄带成像内镜在利用放射组学预测鼻咽癌放射敏感性的有效性，并探讨相关的分子机制	基于窄带成像的放射组学模型为预测鼻咽癌放射敏感性提供了一种新颖有效的方法	论文中未提及研究的局限性	研究的目的是评估窄带成像内镜在鼻咽癌放射敏感性预测中的有效性	参与研究的对象是57名经过病理诊断的鼻咽癌患者	数字病理学	鼻咽癌	RNA测序	随机森林算法	图像	57名鼻咽癌患者
6282	2024-08-04	Identification of eight genes associated with recurrent patellar dislocation 2024-May-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109697 PMID:38680665	研究论文	本研究首次通过全外显子测序识别与反复髌骨脱臼相关的八个基因	识别出CPD基因与反复髌骨脱臼的相关性，提供了全新的视角来理解该疾病	研究可能缺乏大样本验证，样本的多样性有待提升	识别反复髌骨脱臼的易感基因并探讨其潜在发病机制	关注反复髌骨脱臼患者的基因组特征	NA	NA	全外显子测序 (WES)	NA	基因组数据	NA
6283	2024-08-04	Stratification and prognostic evaluation of breast cancer subtypes defined by obesity-associated genes 2024-Apr-27, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-00988-0 PMID:38676834	研究论文	研究探讨与肥胖相关基因定义的乳腺癌亚型的分层与预后评估	识别了七个中心基因作为乳腺癌的分子诊断生物标志物，并提出了通过神经网络模型进行有效的诊断	七个中心基因作为预后分子标志物表现不佳，生存预测AUC值大多数低于0.5	研究肥胖作为乳腺癌风险因素对其机制的影响	1226名乳腺癌患者，其被分为BRCA亚型1和亚型2	数字病理学	乳腺癌	qRT-PCR，RNA转录组数据分析	神经网络模型	基因表达数据	1226名乳腺癌患者
6284	2024-08-05	Integrative analysis of metabolomics and transcriptomics to uncover biomarkers in sepsis 2024-04-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-59400-0 PMID:38678059	研究论文	利用代谢组学结合RNA测序识别脓毒症患者血液中的生物标志物并发现新的诊断和治疗靶点	首次联合应用代谢组学和转录组学，鉴定脓毒症特异性生物标志物和靶基因	样本量较小，仅包含16个脓毒症患者和11个系统性炎症反应综合症患者	识别脓毒症的生物标志物和潜在靶点	脓毒症患者和系统性炎症反应综合症患者的血液样本	数字病理学	脓毒症	液相色谱-质谱联用技术（LC-MS/MS）和RNA测序	NA	代谢物和基因数据	16个脓毒症患者和11个SIRS患者的血液样本
6285	2024-08-04	Ptch1 is essential for cochlear marginal cell differentiation and stria vascularis formation 2024-Apr-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114083 PMID:38602877	研究论文	本文探讨了Ptch1在耳蜗边缘细胞分化和血管条形成中的重要性	发现Ptch1对边缘细胞分化和SV形成至关重要，并揭示了Ptch1-Gli2轴在耳蜗发展中的关键作用	未明确提及具体的实验限制或样本限制	研究耳蜗非感官上皮细胞的早期特化及其在听力中的作用	研究耳蜗边缘细胞及其分化过程	数字病理学	听力障碍	单细胞RNA测序	Shh信号突变体	基因表达数据	涉及的样本数量和类型未明确说明
6286	2024-08-05	Regulation of muscle hypertrophy through granulin: Relayed communication among mesenchymal progenitors, macrophages, and satellite cells 2024-Apr-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114052 PMID:38573860	研究论文	该文章探讨了通过granulin调节肌肉肥大，并分析了间充质祖细胞、巨噬细胞和卫星细胞之间的通讯	该研究揭示了granulin在间充质祖细胞、巨噬细胞和MuSC之间的中介通讯在肌肉肥大中的关键作用	该研究的局限性在于对肌肉适应的细胞网络理解不足，相较于肌肉再生的研究较少	研究肌肉在过载和再生过程中细胞网络的变化及其在肌肉肥大中的调节作用	研究对象是过载肌肉和再生肌肉中的细胞组成及其基因表达模式	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	4天过载肌肉和10天再生肌肉
6287	2024-08-05	MAFB in macrophages regulates cold-induced neuronal density in brown adipose tissue 2024-Apr-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.113978 PMID:38522069	研究论文	本研究探讨了转录因子MAFB在冷诱导的棕色脂肪组织中调节巨噬细胞功能的作用	揭示了MAFB缺乏与棕色脂肪组织热生热能力下降和神经元密度减少之间的关系	缺乏针对其他环境因素的综合分析	研究MAFB在巨噬细胞中对棕色脂肪组织中的热生热和神经密度的影响	使用巨噬细胞特异性MAFB缺陷小鼠来观察冷环境中的生理变化	数字病理学	NA	RNA测序	NA	生物样本	使用巨噬细胞特异性MAFB缺陷小鼠，样本数未具体说明
6288	2024-08-05	Synergistic induction of tertiary lymphoid structures by chemoimmunotherapy in bladder cancer 2024-Apr, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02598-7 PMID:38332180	研究论文	本文研究了在膀胱癌中，通过化疗和免疫疗法的联合使用促进三级淋巴结构的形成	首次系统评估了化疗和免疫疗法对膀胱癌患者免疫反应和淋巴结构成熟的联合效应	未提供对其他类型癌症的验证或比较研究	探讨其他治疗方式与免疫疗法联合使用以提高膀胱癌患者免疫反应的可能性	膀胱癌患者，特别是接受免疫检查点抑制剂治疗的患者	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序和大规模RNA测序	NA	RNA数据	包括接受免疫检查点抑制剂和化疗的膀胱癌患者相关样本
6289	2024-08-04	CPPLS-MLP: a method for constructing cell-cell communication networks and identifying related highly variable genes based on single-cell sequencing and spatial transcriptomics data 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae198 PMID:38678387	研究论文	提出了一种基于单细胞测序和空间转录组数据的新方法CPPLS-MLP，用于构建细胞间通信网络并识别相关的高度变异基因	该方法通过更准确地识别与细胞通信密切相关的高度变异基因，提供了一种新的视角来构建细胞间通信网络	目前尚未提及该方法在特定情境下的局限性或潜在问题	探索细胞间通信与高度变异基因之间的关系	重点研究细胞间通信网络及其相关的高度变异基因	数字病理学	NA	单细胞测序 (scRNA-seq), 空间转录组	CPPLS-MLP	基因表达数据	NA
6290	2024-08-04	scBOL: a universal cell type identification framework for single-cell and spatial transcriptomics data 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae188 PMID:38678389	研究论文	提出了一种名为scBOL的通用细胞类型识别框架，用于单细胞和空间转录组数据	首次提出了普遍细胞类型识别这一新任务，并设计了从双边原型对齐角度出发的端到端算法	该研究的限制未在摘要中具体说明	开发一种能够有效标注单细胞转录组数据的通用方法，适应于空间和非空间维度	单细胞转录组和空间转录组数据中的细胞类型	数字病理学	NA	自动编码器神经网络和图卷积网络	原型学习	转录组数据	NA
6291	2024-08-05	scINRB: single-cell gene expression imputation with network regularization and bulk RNA-seq data 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae148 PMID:38600665	研究论文	提出了一种基于网络正则化和批量RNA-seq数据的单细胞基因表达填充方法scINRB	scINRB通过网络正则化非负矩阵分解保持细胞间和基因间的相似性，并结合批量RNA-seq数据的信息	尽管scINRB表现出色，但研究的适用性和数据类型可能仍受限于特定的实验条件	开发一种准确且稳健的单细胞基因表达数据填充方法	主要研究单细胞RNA测序数据中的基因表达缺失（dropout事件）	数字病理学	NA	RNA-seq	非负矩阵分解	数据集	在模拟和实验数据集上进行测试
6292	2024-08-05	The Characteristics of Macrophage Heterogeneity in Atherosclerotic Aortas 2024-02, Journal of cardiovascular translational research IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12265-023-10434-1 PMID:37713049	研究论文	本文研究了动脉粥样硬化中巨噬细胞亚群的特征	通过单细胞RNA测序分析巨噬细胞亚群的不同表型和功能特性	研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏大型临床样本的验证	探讨巨噬细胞在动脉粥样硬化中的作用及其异质性	动脉粥样硬化中的巨噬细胞亚群	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	6个亚群（基于单细胞分析）
6293	2024-08-05	A Novel Four-Gene Signature Based on Nonsense-Mediated RNA Decay for Predicting Prognosis in Hepatocellular Carcinoma: Bioinformatics Analysis and Functional Validation 2024, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S450711 PMID:38680213	研究论文	本文提出了一种基于无义介导的RNA降解(NMD)的四基因风险模型，用于预测肝细胞癌的预后	创新的NMD风险模型通过四个NMD相关基因有效区分肝细胞癌的高低风险组	尚未提及具体的临床试验数据来进一步支持模型的临床适用性	研究NMD在肝细胞癌预后方面的潜力	374个肝细胞癌样本和50个正常肝样本	生物信息学	肝细胞癌	LASSO-Cox回归	无	基因表达数据	374个肝细胞癌样本和50个正常肝样本
6294	2024-08-05	Comprehensive Analysis of a Dendritic Cell Marker Genes Signature to Predict Prognosis and Immunotherapy Response in Lung Adenocarcinoma 2024-Apr-29, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000521 PMID:38679823	研究论文	这项研究构建了一种新的树突状细胞标记基因特征，用于预测肺腺癌的预后和免疫治疗反应	提出了一种新的树突细胞标记基因特征，能够独立预测患者预后和免疫治疗效果	仅在有限的独立队列中验证了预测能力	开发预测肺腺癌预后及其对免疫治疗反应的新方法	肺腺癌患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	风险评分模型	基因表达数据	在训练队列和6个独立队列中涉及到多个样本
6295	2024-08-05	Naive and regulatory B-cell transcription patterns guide the increased risk of papillary thyroid carcinoma in obesity 2024-Apr-28, Cellular and molecular biology (Noisy-le-Grand, France) DOI:10.14715/cmb/2024.70.4.19 PMID:38678617	研究论文	本文探讨了肥胖与乳头状甲状腺癌之间的关系，分析了B细胞转录模式的影响	揭示了肥胖人群中B细胞的转录模式与乳头状甲状腺癌风险增加之间的关联	尚未明确肥胖相关脂肪因子的具体调控机制	探讨肥胖如何增加乳头状甲状腺癌的风险及其相关机制	研究肥胖与乳头状甲状腺癌之间的关系及相关B细胞转录模式	数字病理学	乳头状甲状腺癌	RNA测序	NA	基因表达数据、单细胞RNA序列数据	从GEO数据库下载的肥胖和健康人群的皮下脂肪组织RNA序列数据，以及乳头状甲状腺癌的肿瘤组织数据
6296	2024-08-04	Comprehensiveness cuproptosis related genes study for prognosis and medication sensitiveness across cancers, and validation in prostate cancer 2024-04-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-57303-8 PMID:38671021	研究论文	本研究对铜死亡相关基因（CRGs）在多种癌症中的作用进行了全面调查	揭示了CRGs在不同癌症中的预后价值和药物敏感性关联，建立了前列腺癌的预后特征	研究中关于CRGs功能的机制仍然模糊，可能需要更多的实验来验证	探讨CRGs在各种癌症中的作用及其在前列腺癌中的验证	参与分析的26种癌症及前列腺癌患者	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	26种癌症中的多种样本，以及前列腺癌细胞
6297	2024-08-05	Short-Term Dietary Restriction Potentiates an Anti-Inflammatory Circulating Mucosal-Associated Invariant T-Cell Response 2024-Apr-22, Nutrients IF:4.8Q1 DOI:10.3390/nu16081245 PMID:38674935	研究论文	这篇文章探讨了短期饮食限制对抗炎症的循环粘膜相关不变T细胞反应的影响	本研究通过单细胞RNA测序解析了短期蛋白-卡路里饮食限制下MAIT细胞的转录组反应，并揭示了与肠道微生物种类变化的关系	对短期饮食限制及其对全身免疫影响的理解仍然不足，研究样本仅限于健康志愿者	研究短期饮食限制在调节术后炎症中的潜在作用	健康志愿者的PBMCs和粪便样本	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	血液和粪便样本	健康志愿者4名，进行为期4天的饮食限制
6298	2024-08-05	PPARγ attenuates cellular senescence of alveolar macrophages in asthma-COPD overlap 2024-Apr-20, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-024-02790-6 PMID:38643159	研究论文	本研究探讨了PPARγ在哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠症中的作用。	首次揭示了PPARγ在调节与细胞衰老相关的巨噬细胞特征中的重要作用。	本研究主要基于公共数据集，临床验证尚需进行。	研究PPARγ如何影响哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠症中巨噬细胞的衰老。	主要关注于哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠症患者的肺部单核细胞/巨噬细胞。	数字病理学	哮喘-慢性阻塞性肺疾病重叠症	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、RNA-Seq、CyTOF	NA	RNA，细胞数据	通过公共数据集及独立队列研究得到的BALF样本数据
6299	2024-08-05	Exploring MiR-484 Regulation by Polyalthia longifolia: A Promising Biomarker and Therapeutic Target in Cervical Cancer through Integrated Bioinformatics and an In Vitro Analysis 2024-Apr-19, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12040909 PMID:38672263	研究论文	本研究通过综合生物信息学和体外分析探讨了MiR-484在宫颈癌中的作用	研究首次揭示了MiR-484在宫颈癌中的预后价值和作为治疗靶点的潜力	未在临床样本中进行验证	探索MiR-484作为宫颈癌的生物标志物和治疗靶点的可能性	宫颈癌细胞和相关的生物信息学数据	数字病理学	宫颈癌	qRT-PCR和单细胞RNA测序	多元Cox回归模型	基因表达数据	涉及多种癌症样本和宫颈癌细胞系
6300	2024-08-05	Evolutionary and developmental specialization of foveal cell types in the marmoset 2024-Apr-16, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2313820121 PMID:38598343	研究论文	本文探讨了狨猴中心凹细胞类型的进化与发育特化	研究揭示了狨猴以及其他灵长类的中心凹细胞类型的保守细胞结构，并发现了不同区域细胞类型的独特发育轨迹	研究对象仅限于狨猴，可能无法完全代表其他灵长类动物的情况	探索中心凹的发育、结构和进化	普通狨猴的视网膜细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	包括新生儿和成人狨猴的视网膜细胞