单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6241	2024-08-05	Acute Lymphoblastic Leukemia with Myeloid Mutations Is a High-Risk Disease Associated with Clonal Hematopoiesis 2024-May-01, Blood cancer discovery IF:11.5Q1 DOI:10.1158/2643-3230.BCD-23-0106 PMID:38150184	研究论文	本研究探讨了急性淋巴细胞白血病（ALL）中与骨髓突变相关的克隆性造血的影响	该研究首次揭示了急性淋巴细胞白血病中骨髓突变的存在及其对预后的影响	本研究的样本量可能不足以全面反映该疾病的所有临床特征	研究急性淋巴细胞白血病中骨髓突变的作用及其病理机制	成年人急性淋巴细胞白血病患者	数字病理学	急性淋巴细胞白血病	单细胞蛋白基因组分析，单细胞RNA测序	NA	基因组数据	研究涉及的成年ALL案例中，包括TP53突变和骨髓克隆突变的患者
6242	2024-08-05	Characterization of macrophages in head and neck squamous cell carcinoma and development of MRG-based risk signature 2024-04-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-60516-6 PMID:38688945	研究论文	本研究探讨了头颈部鳞状细胞癌中的巨噬细胞特征，并开发了基于MRG的风险标志。	首次识别了8个具有预后潜力的巨噬细胞相关基因，并构建了预测模型，探讨了它们在HNSCC中的作用。	研究可能未考虑到所有可能影响HNSCC预后的因素，样本量和分类可能存在局限性。	研究巨噬细胞在头颈部鳞状细胞癌中的作用及其与疾病预后的关系。	头颈部鳞状细胞癌的患者样本及其巨噬细胞特征。	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	scRNA-seq，bulk RNA-seq	Cox回归模型	临床数据，基因表达数据	包含特定的HNSCC患者数据，样本量在文中未具体说明
6243	2024-08-05	Functional specialization of hippocampal somatostatin-expressing interneurons 2024-Apr-23, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2306382121 PMID:38640347	研究论文	该文章探讨了海马体中表达生长抑素的GABA能抑制神经元的功能特化。	该研究为功能性不同的海马CA1抑制神经元亚群提供了一种新的识别和访问方法，揭示了它们在功能上的多样性。	该研究未完全解决神经元的具体功能与其转录组特征之间的联系。	研究海马抑制神经元的亚群特征及其功能特化。	研究对象为海马CA1区的抑制神经元亚群。	神经科学	NA	单细胞转录组分析	小鼠模型	转录组数据	四种小鼠模型
6244	2024-08-04	Spatiotemporal transcriptomic changes of human ovarian aging and the regulatory role of FOXP1 2024-Apr, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00607-1 PMID:38594460	研究论文	该研究系统性地表征人类卵巢衰老过程中的时空转录组变化	通过单细胞RNA测序和空间转录组学的方法，首次揭示了八种卵巢细胞在衰老过程中的时空分子特征	本文对衰老机制的理解仍有限，可能需要更多的实验进行验证	旨在全面理解人类卵巢衰老过程中的时空转录组变化	研究对象为人类卵巢细胞的岁月变化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
6245	2024-08-05	BAP1 is required prenatally for differentiation and maintenance of postnatal murine enteric nervous system 2024-Mar-12, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI177771 PMID:38690732	研究论文	本文发现BAP1在胎儿期对小鼠肠道神经系统的分化和维持至关重要	首次阐明BAP1缺失对肠道神经元分化和早期存活的影响	未能探讨其他可能的表观遗传调节因子对ENS发育的影响	研究BAP1在胎儿期对肠道神经系统发展的重要性	Tyr-Cre Bap1fl/fl小鼠的肠道神经系统	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA序列数据	Tyrosinase-Cre Bap1fl/fl小鼠的肠道神经元样本
6246	2024-08-05	Predicting mitophagy-related genes and unveiling liver endothelial cell heterogeneity in hepatic ischemia-reperfusion injury 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1370647 PMID:38694511	研究论文	本研究探讨了线粒体自噬相关基因在肝脏缺血再灌注损伤中的作用	该研究识别了8个关键基因并建立了基于这些基因的诊断模型，揭示了内皮细胞的异质性	研究仅基于有限的样本和单细胞数据分析，可能需要更广泛的验证	探究线粒体自噬相关基因在肝脏缺血再灌注损伤中的重要性	研究对象包括44个肝脏缺血再灌注损伤样本及44个正常对照样本	数字病理学	肝脏疾病	单细胞RNA测序	逻辑回归模型	基因表达数据	44个肝脏缺血再灌注损伤样本和44个正常对照样本
6247	2024-08-05	The bone marrow of mouse-rat chimeras contains progenitors of multiple pulmonary cell lineages 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1394098 PMID:38694819	研究论文	本研究使用小鼠-大鼠嵌合体以增强骨髓中的呼吸道前体细胞，以研究其在放射性肺损伤后的贡献	使用小鼠-大鼠嵌合体创造了一个独特的骨髓细胞移植模型，能够提供多种呼吸道细胞类型的前体	研究主要集中在小鼠模型中，尚未在临床转化中验证其有效性	探讨小鼠-大鼠嵌合体中骨髓细胞对放射性肺损伤的修复作用	小鼠-大鼠嵌合体的骨髓细胞及其对放射性肺损伤小鼠的贡献	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	细胞	造模用小鼠-大鼠嵌合体的骨髓细胞和致死性放射照射小鼠
6248	2024-08-05	Integration of single-nucleus and exosome RNA sequencing dissected inter-cellular communication and biomarkers in pancreatic ductal adenocarcinoma 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.04.021 PMID:38689717	研究论文	本研究通过snRNA-seq和外泌体小RNA测序构建了胰腺癌的细胞间通讯网络	结合miRNA追踪与配体-受体分析，提供了一种新方法来揭示胰腺癌微环境中的细胞间复杂互动	虽然使用了多种技术，但可能未能捕捉到所有类型的细胞间通讯	研究胰腺导管腺癌中的细胞间通讯及潜在生物标志物	胰腺导管腺癌（PDAC）组织及其外泌体	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（snRNA-seq）、小RNA测序	NA	RNA序列	胰腺导管腺癌组织样本
6249	2024-08-05	Galectin-3 inhibition ameliorates alveolar epithelial cell pyroptosis in phosgene-induced acute lung injury 2024-May-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111965 PMID:38583242	研究论文	本研究探讨了Galectin-3抑制对磷酸酯引发的急性肺损伤中的肺泡上皮细胞焦亡的改善作用	首次提出Galectin-3通过抑制Gal3/caspase-8/GSDMD信号通路来改善肺泡上皮细胞焦亡的机制	该研究主要在小鼠模型中进行，临床应用的转化需要进一步验证	探究Galectin-3在磷酸酯引发的急性肺损伤中的作用及其机制	磷酸酯引发的急性肺损伤模型中的肺泡上皮细胞和肺泡巨噬细胞	数字病理学	急性肺损伤	scRNA-seq	NA	细胞	小鼠模型，未具体说明样本数量
6250	2024-08-05	Establishment and validation of a tumor-infiltrating γδT cell related prognostic gene signature in head and neck squamous cell carcinoma 2024-May-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112054 PMID:38608477	研究论文	本文建立并验证了与肿瘤浸润γδT细胞相关的预后基因特征在头颈部鳞状细胞癌中的应用	首次提出γδT细胞基因特征作为头颈部鳞状细胞癌患者的独立预后指标	本研究仅使用了TCGA HNSCC数据库及100个肿瘤样本，样本数量可能限制了结果的广泛适用性	评估γδT细胞在头颈部鳞状细胞癌中的浸润及其与临床病理因素的关联	头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤样本和相应的基因特征	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	scRNA-seq	Cox回归模型	基因组数据	100个头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤样本
6251	2024-08-05	CXCR6 defines therapeutic subtypes of CD4+ cytotoxic T cell lineage for adoptive cell transfer therapy in pediatric B cell acute lymphoblastic leukemia 2024-May-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111972 PMID:38569429	研究论文	本研究探讨CXCR6作为新生儿B细胞急性淋巴细胞白血病中细胞毒性CD4 T细胞的治疗亚型的作用	提出CXCR6可以作为小儿B-ALL患者骨髓中细胞毒性CD4 Trm细胞的标志	需要更多的临床数据验证CXCR6在其他患者群体中的作用	研究CXCR6在小儿B细胞急性淋巴细胞白血病患者中细胞毒性CD4 T细胞的影响	小儿B细胞急性淋巴细胞白血病患者及健康供体的骨髓和外周血样本	数字病理学	B细胞急性淋巴细胞白血病	流式细胞术 (FCM), 单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	集成机器学习算法	血液样本	包括小儿B-ALL患者和健康供体的样本，具体数量未说明
6252	2024-08-05	The skin circadian clock gene F3 as a potential marker for psoriasis severity and its bidirectional relationship with IL-17 signaling in keratinocytes 2024-May-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111993 PMID:38565044	研究论文	本研究探讨了皮肤生物钟基因F3与牛皮癣严重程度及其与IL-17信号传导之间的双向关系	揭示了皮肤生物钟基因F3与IL-17信号通路之间的双向联系，指出F3可能通过激活JAK-STAT信号在角质形成细胞中引发异常细胞内炎症	关于F3和IL-17信号通路关系的机制需要进一步研究	研究皮肤生物钟基因F3与牛皮癣病理机制之间的关系	牛皮癣病灶与健康对照组	数字病理	牛皮癣	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	生物信息学数据	GSE121212的牛皮癣病灶和健康对照样本，以及多个数据集进行验证
6253	2024-08-05	Living in Syn: T Cell Antigen Identification Based on Synapse Sequencing 2024-May-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0239 PMID:38557780	研究论文	本文介绍了一种基于突触测序的T细胞抗原识别新平台Tsyn-seq	提出了一种新的抗原发现平台Tsyn-seq，利用TCR-肽-HLA诱导的突触进行全基因组表位筛选	文章没有提及具体的局限性	研究T细胞抗原的识别机制	聚焦于通过突触测序识别T细胞表位	数字病理	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
6254	2024-08-04	TENET: Triple-enhancement based graph neural network for cell-cell interaction network reconstruction from spatial transcriptomics 2024-May-01, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2024.168543 PMID:38508302	研究论文	本文提出了一种新的图神经网络方法TENET，用于从空间转录组数据重构细胞-细胞相互作用网络	TENET采用三重增强机制来改善细胞-细胞相互作用网络的重构精度，尤其在稀疏连接和噪声数据的情况下表现出色	可能在特定类型的噪声数据或极端稀疏的连接情况下依然存在准确性挑战	旨在提升细胞-细胞相互作用网络的重构准确性	重构细胞-细胞相互作用网络	数字病理学	NA	空间转录组学	图神经网络	真实和合成空间转录组数据	NA
6255	2024-08-05	High-Frequency Spinal Stimulation Suppresses Microglial Kaiso-P2X7 Receptor Axis-Induced Inflammation to Alleviate Neuropathic Pain in Rats 2024-May, Annals of neurology IF:8.1Q1 DOI:10.1002/ana.26898 PMID:38450773	研究论文	本研究探讨了高频脊髓刺激对神经病理性疼痛的减轻效果及其机制	揭示了HF10 SCS通过抑制小胶质细胞的Kaiso-P2X7受体病理轴来减少免疫反应，从而提供持久的疼痛缓解	仅在动物模型中进行试验，尚需在人类临床研究中验证结果	探讨10kHz HF SCS在疼痛缓解中的作用机制	以神经病理性疼痛大鼠模型为研究对象	数字病理学	神经病理性疼痛	RNA测序	NA	生物样本	使用大鼠模型进行测试，具体样本数量未提及
6256	2024-08-05	Single-cell transcriptomic landscape of peripheral blood cells provides insights into adaptation of red-eared sliders (Trachemys scripta elegans) 2024-May, Integrative zoology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/1749-4877.12725 PMID:37226359	研究论文	本研究描绘了红耳龟外周血细胞的单细胞转录组图谱，探讨了其环境适应机制	首次使用单细胞RNA测序技术对红耳龟外周血细胞进行转录组分析，发现新的免疫信号类型	目前的研究主要集中在外周血细胞的转录组分析，未深入探讨其功能和机制	研究红耳龟在环境压力下的适应机制，主要通过血液学角度进行探索	红耳龟外周血细胞的多种细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
6257	2024-08-05	Novel Phosphate Transporter-B PvPTB1;1/1;2 Contribute to Efficient Phosphate Uptake and Arsenic Accumulation in As-Hyperaccumulator Pteris vittata 2024-Apr-30, Environmental science & technology IF:10.8Q1 DOI:10.1021/acs.est.3c09335 PMID:38624169	研究论文	本研究揭示了低亲和力磷转运体-B 1家族介导的新型磷/砷运输系统在As-超积累植物中的作用	首次在维管植物中识别出两种膜蛋白基因，并确认其在磷摄取和砷积累中的作用	未提供关于其他植物转运体的对比分析数据	研究磷和砷在As-超积累植物中的摄取机制	As-超积累植物Pteris vittata及其低亲和力磷转运体-B 1家族	植物生理学	NA	功能补偿实验和转基因分析	NA	基因表达数据和细胞转录组数据	NA
6258	2024-08-05	Cauchy hyper-graph Laplacian nonnegative matrix factorization for single-cell RNA-sequencing data analysis 2024-Apr-29, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05797-4 PMID:38684942	研究论文	本文提出了一种Cauchy超图拉普拉斯非负矩阵分解方法用于单细胞RNA测序数据分析	使用Cauchy损失函数替代传统非负矩阵分解中的欧几里得距离，大大降低噪声影响，并结合超图约束。	至于模型的训练和优化过程的复杂性，具体应用于更大规模数据时的表现尚未讨论	探讨和改善单细胞数据分析中的聚类准确性	七个单细胞RNA测序数据集	数字病理学	NA	非负矩阵分解	Cauchy超图拉普拉斯非负矩阵分解	RNA测序数据	七个数据集
6259	2024-08-05	A novel defined programmed cell death related gene signature for predicting the prognosis of serous ovarian cancer 2024-Apr-29, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-024-01419-y PMID:38685095	研究论文	本研究探讨了差异表达的程序性细胞死亡基因在浆液性卵巢癌中的作用及其作为临床预后预测因子的潜力	该研究通过单细胞RNA测序鉴定了48个与凋亡信号和氧化应激通路显著相关的差异表达程序性细胞死亡基因，并发现GNA15作为独立预后标志物	研究的局限性在于主要依赖于公开数据库的数据，可能存在样本偏差或数据不完整的情况	研究旨在探讨程序性细胞死亡基因在浆液性卵巢癌异质性中的贡献以及其作为预后标志的潜力	研究对象为浆液性卵巢癌患者的细胞和基因数据	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	Cox模型	基因表达数据	研究涉及的样本数量未具体说明，主要利用两组大型社会数据集进行验证
6260	2024-08-05	scCompressSA: dual-channel self-attention based deep autoencoder model for single-cell clustering by compressing gene-gene interactions 2024-Apr-29, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10286-2 PMID:38684946	研究论文	提出了一种基于自注意力的深度自编码器模型scCompressSA，用于单细胞聚类，通过压缩基因间相互作用来增强聚类精度	该研究提出的双通道自注意力块能够有效整合拓扑特征，从而提高单细胞聚类的准确性	对于RNA测序数据的高随机性仍然是细胞类型检测面临的挑战	研究单细胞聚类的分子机制并提高细胞类型的检测精度	利用scRNA-seq数据中的基因间相互作用来提取特征进行细胞聚类	机器学习	NA	RNA-seq	深度自编码器	基因表达数据	多个基准scRNA-seq数据集