单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7460 篇文献，本页显示第 6181 - 6200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6181 | 2024-08-04 |
Reconstructing developmental trajectories using latent dynamical systems and time-resolved transcriptomics
2024-May-15, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.04.004
PMID:38754365
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研究论文 | 本文提出了一种新框架，以克服单细胞转录组学在研究细胞命运决策动态性方面的挑战 | 引入了sci-FATE2优化的代谢标记方法和两个阶段的动态建模框架VelvetVAE和VelvetSDE，显著提高了数据质量和动态建模能力 | 目前的方法在时间分辨率和数据质量方面仍存在一定限制 | 研究细胞在发育过程中的命运决策动态性 | 45,000个分化成神经管身份的胚胎干细胞 | 数字病理学 | NA | 代谢标记 | 变分自编码器(VAE)和神经随机微分方程(nSDE) | 转录组数据 | 45,000个胚胎干细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 6182 | 2024-08-04 |
Single-Cell Multi-Omics Map of Cell Type-Specific Mechanistic Drivers of Multiple Sclerosis Lesions
2024-May, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation
DOI:10.1212/NXI.0000000000200213
PMID:38564686
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研究论文 | 该文章探讨了多发性硬化损伤的细胞类型特异性机制驱动因素 | 首次使用单细胞多组学技术揭示了多发性硬化特异性少突胶质细胞遗传特征及其与铁摄取信号的关联 | 研究样本数量较少，仅涉及6名多发性硬化患者和3名非神经病对照 | 研究多发性硬化中的细胞动态及其在病变中的作用 | 使用来自6名渐进性多发性硬化患者的脑白质损伤样本 | 数字病理学 | 多发性硬化 | 单核RNA测序和ATAC测序 | NA | 基因组数据 | 9个病变样本和3个对照样本来自6名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 6183 | 2024-08-04 |
Characterization of the Nucleus Pulposus Progenitor Cells via Spatial Transcriptomics
2024-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202303752
PMID:38311573
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研究论文 | 本研究建立了椎间盘的空间转录组图谱，探讨了核髓细胞前体细胞的特征 | 首次生成了小鼠椎间盘的空间转录组图谱，为骨生物学提供了公共资源 | 由于核髓来源细胞的脆弱性，传统转录组方法的应用受限 | 研究核髓细胞前体细胞的分化序列及其相关标记 | 小鼠模型中的核髓细胞及其前体细胞 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6184 | 2024-08-04 |
Integration Analysis of Single-Cell Multi-Omics Reveals Prostate Cancer Heterogeneity
2024-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202305724
PMID:38483933
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研究论文 | 该研究揭示了前列腺癌微环境中细胞异质性及其与疾病进展的相互作用 | 整合了单细胞RNA测序、空间转录组学和ATAC序列分析，详细描绘了前列腺癌的细胞多样性 | 尚未完全理解肿瘤与基质细胞之间的异质性形成机制 | 研究前列腺癌的细胞异质性及其在微环境中的相互作用 | 来自前列腺癌患者及健康对照者的单细胞样本 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、ATAC序列分析 | 机器学习 | 细胞数据 | 多名前列腺癌患者及健康对照者的细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6185 | 2024-08-05 |
Generation of complex bone marrow organoids from human induced pluripotent stem cells
2024-May, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02172-2
PMID:38374263
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研究论文 | 本文展示了一种从人类诱导多能干细胞生成复杂骨髓类器官的方法 | 创新之处在于生成了模拟人类骨髓微环境的复杂三维骨髓类器官 | 没有提到具体的局限性 | 研究与人类骨髓微环境相关的造血发展和疾病 | 从人类诱导多能干细胞生成的骨髓类器官 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 使用了从人类诱导多能干细胞生成的骨髓类器官 | NA | NA | NA | NA |
| 6186 | 2024-08-05 |
sciCSR infers B cell state transition and predicts class-switch recombination dynamics using single-cell transcriptomic data
2024-May, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-02060-1
PMID:37932398
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研究论文 | 本文介绍了sciCSR，一个分析B细胞类转变和动态的计算管道 | sciCSR能够利用单细胞RNA测序数据分析类转变事件，并构建马尔可夫状态模型推断CSR的动态和方向 | 未提及具体限制 | 分析B细胞成熟过程中类转变重组的动态 | 采用单细胞RNA测序数据，研究B细胞的类转变和动态 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 马尔可夫状态模型 | 基因表达数据 | 未提及具体样本量 | NA | NA | NA | NA |
| 6187 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing to explore cancer-associated fibroblasts heterogeneity: "Single" vision for "heterogeneous" environment
2024-May, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13592
PMID:38158643
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综述 | 本文讨论了癌症相关成纤维细胞的异质性，重点关注单细胞RNA测序技术的应用 | 提出了利用单细胞RNA测序技术整合多模态单细胞平台的新策略，以深入理解CAF的异质性 | 未具体说明在不同肿瘤类型中CAF研究的限制 | 探讨癌症相关成纤维细胞的异质性及其在癌症治疗中的潜在应用 | 癌症相关成纤维细胞的不同亚型 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6188 | 2024-08-05 |
ENO1 promotes trophoblast invasion regulated by E2F8 in recurrent miscarriage
2024-Apr-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202302032RR
PMID:38661062
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研究论文 | 本研究探讨了ENO1在复发性流产中通过E2F8调控滋养层细胞侵袭的机制 | 发现ENO1通过E2F8依赖性方式促进滋养层细胞侵袭，为复发性流产的生理机制提供了潜在的新靶点 | 研究主要基于基因表达分析，缺乏临床样本验证和长期跟踪研究 | 探索复发性流产的机制及其与滋养层细胞功能障碍的关系 | 主要研究复发性流产中的外滋养层细胞（EVTs）及其相关基因 | 数字病理学 | 复发性流产 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), RNA测序, 免疫荧光检测, 西方印迹, 染色质免疫沉淀(ChIP), 实时定量聚合酶链反应(qRT-PCR), 透析实验 | NA | 基因表达数据 | 1724个差异表达基因的分析 | NA | NA | NA | NA |
| 6189 | 2024-08-04 |
Comprehensive analysis of juvenile idiopathic arthritis patients' immune characteristics based on bulk and single-cell sequencing data
2024, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2024.1359235
PMID:38751447
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研究论文 | 本研究基于大规模和单细胞测序数据，综合分析了青少年特发性关节炎（JIA）患者的免疫特征 | 该研究揭示了JIA患者在T细胞受体和B细胞受体谱的克隆性和多样性方面的显著差异，并识别出特定的V基因和J基因，扩展了对JIA的理解 | 本研究未深入探讨JIA的所有分子机制，尚需更多研究验证相关发现 | 研究青少年特发性关节炎（JIA）患者的免疫特征及其潜在的免疫治疗策略 | 青少年特发性关节炎（JIA）患者及健康对照组 | 数字病理学 | 青少年特发性关节炎 | Bulk RNA-seq和单细胞RNA分析 | NA | RNA序列数据 | JIA患者和健康对照组的外周血样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6190 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing analysis of vestibular schwannoma reveals functionally distinct macrophage subsets
2024-Jun, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02646-2
PMID:38480935
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研究论文 | 本研究分析了前庭神经瘤中功能上不同的巨噬细胞亚群 | 本研究首次利用单细胞RNA测序技术揭示了前庭神经瘤中巨噬细胞的三种不同亚群及其基因表达特征 | 样本量较小，仅分析了三例前庭神经瘤样本，可能影响结果的广泛性 | 评估前庭神经瘤中巨噬细胞的表型和功能特征 | 前庭神经瘤样本中的巨噬细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 三例前庭神经瘤样本和十例前庭神经瘤样本的RT-qPCR分析 | NA | NA | NA | NA |
| 6191 | 2024-08-05 |
MUFFIN: a suite of tools for the analysis of functional sequencing data
2024-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae051
PMID:38745992
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研究论文 | MUFFIN是一个用于分析功能测序数据的Python工具包 | MUFFIN提供了广泛的工具，填补了Python生态系统中缺失的功能，特别是针对非编码区域的分析 | 文章未详细讨论MUFFIN在处理特定种类样本时的局限性 | 开发一个适用于多种基因组测序分析的工具包 | 针对scRNA-seq、ChIP-seq和ATAC-seq数据集进行建模和分析 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 测序数据 | 三个不同的scRNA-seq、ChIP-seq和ATAC-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 6192 | 2024-08-05 |
The Treatment of Refractory Vitiligo With Autologous Cultured Epithelium Grafting: A Real-World Retrospective Cohort Study
2024-May-14, Stem cells translational medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1093/stcltm/szae009
PMID:38513284
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研究论文 | 本研究评估了一种改良自体培养上皮移植技术在治疗难治性白癜风中的效果 | 提出了一种改良的自体培养上皮移植技术，并首次在大规模真实世界患者中应用 | 本研究为回顾性队列研究，可能存在选择偏倚 | 评估自体培养上皮移植在白癜风治疗中的有效性和影响因素 | 726名接受自体培养上皮移植（ACEG）治疗的白癜风患者 | 数字病理学 | 白癜风 | 自体培养上皮移植（ACEG） | 广义线性混合模型 | 临床数据 | 726名白癜风患者 | NA | NA | NA | NA |
| 6193 | 2024-08-04 |
Identification of hypoxic macrophages in glioblastoma with therapeutic potential for vasculature normalization
2024-May-13, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2024.03.013
PMID:38640932
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研究论文 | 本文揭示了缺氧巨噬细胞在神经胶质瘤中对血管正常化的治疗潜力 | 本研究首次通过单细胞转录组学解析缺氧微环境中的肿瘤相关巨噬细胞的异质性，并提出了针对缺氧巨噬细胞的潜在治疗策略 | 研究主要基于患者样本，可能存在个体差异，且对临床应用的长期效果需进一步验证 | 探索缺氧巨噬细胞在胶质瘤血管正常化中的作用及其潜在治疗价值 | 51名患者的单细胞转录组数据，重点分析缺氧肿瘤相关巨噬细胞 | 数字病理学 | 神经胶质瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 51名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 6194 | 2024-08-05 |
Identification and verification of a novel signature that combines cuproptosis-related genes with ferroptosis-related genes in osteoarthritis using bioinformatics analysis and experimental validation
2024-May-13, Arthritis research & therapy
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s13075-024-03328-3
PMID:38741149
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研究论文 | 本研究构建了结合铜死亡相关基因和铁死亡相关基因的新标志基因，以探讨骨关节炎的发病机制。 | 创新点在于首次将铜死亡相关基因与铁死亡相关基因结合起来，形成新的标志基因以用于骨关节炎的研究。 | 研究中使用的数据集可能存在选择偏倚，且实验验证样本量较小，可能影响结果的广泛应用。 | 研究骨关节炎的发病机制，并寻找潜在的治疗靶点。 | 本研究主要针对骨关节炎的标志基因进行分析和验证。 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 生物信息学分析 | NA | 基因表达数据 | 使用GSE82107数据集进行了验证 | NA | NA | NA | NA |
| 6195 | 2024-08-05 |
Mapping of mitogen and metabolic sensitivity in organoids defines requirements for human hepatocyte growth
2024-May-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48550-4
PMID:38740814
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研究论文 | 本文揭示了人类肝细胞在发育和再生中的增长机制，特别是胎儿和成人肝细胞类器官的生长差异 | 通过转录组和表型方法对肝细胞类器官的生长要求进行了特征化，发现了促进成人肝细胞增殖的潜在策略 | 该研究主要集中于类器官的体外生长，缺乏体内验证 | 探讨人类肝细胞在发育和再生过程中的增殖机制 | 研究对象为人类胎儿肝细胞（FH）和成人初级人类肝细胞（PHH） | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 未提供样本数量的具体信息 | NA | NA | NA | NA |
| 6196 | 2024-08-05 |
Tumor cell-intrinsic epigenetic dysregulation shapes cancer-associated fibroblasts heterogeneity to metabolically support pancreatic cancer
2024-May-13, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2024.03.005
PMID:38579725
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研究论文 | 本文揭示了肿瘤细胞内源性表观遗传失调如何影响与癌症相关的成纤维细胞的异质性，并通过提供脂质支持胰腺癌的代谢。 | 本研究首次揭示SETD2缺失如何通过调节H3K27Ac增强BMP2信号通路，导致成纤维细胞向脂肪丰富表型分化，从而促进肿瘤进展。 | 研究未深入探讨其他可能影响成纤维细胞异质性的因素，仅集中于肿瘤细胞的表观遗传失调。 | 研究旨在探讨胰腺导管腺癌微环境中成纤维细胞异质性的起源和功能。 | 研究对象为SETD2缺失胰腺肿瘤中的成纤维细胞亚群。 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | SETD2缺失的胰腺肿瘤样本中识别出的成纤维细胞亚群 | NA | NA | NA | NA |
| 6197 | 2024-08-05 |
Integrated single-cell and bulk RNA-Seq analysis enhances prognostic accuracy of PD-1/PD-L1 immunotherapy response in lung adenocarcinoma through necroptotic anoikis gene signatures
2024-05-13, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-61629-8
PMID:38740918
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞与整体RNA测序分析，提升了对肺腺癌PD-1/PD-L1免疫疗法反应的预后准确性 | 提出了与凋亡相关的基因特征HMR、FAM83A和KRT6A，增强了预测肺腺癌患者对免疫治疗反应的能力 | 承认数据集的回顾性性质及样本规模需要更大 | 本研究旨在提高肺腺癌患者在PD-1/PD-L1免疫治疗中的预后评估准确性 | 研究对象是肺腺癌患者及其相关基因 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序 | NA | RNA数据 | 使用了GSE50081、IMvigor210和GSE78220数据集进行验证 | NA | NA | NA | NA |
| 6198 | 2024-08-05 |
Single-Cell RNA Sequencing in Organ and Cell Transplantation
2024-Apr-11, Biosensors
DOI:10.3390/bios14040189
PMID:38667182
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综述 | 本文探讨了单细胞RNA测序在器官和细胞移植中的应用及其潜在影响 | 介绍了单细胞RNA测序如何揭示移植组织转录组以及与移植并发症相关的细胞类型和状态 | 文章未详细讨论单细胞RNA测序技术的挑战和局限性 | 研究单细胞RNA测序在器官和干细胞移植中的应用 | 应用单细胞RNA测序分析被移植组织中的供体和受体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6199 | 2024-08-05 |
Reconstruction Set Test (RESET): A computationally efficient method for single sample gene set testing based on randomized reduced rank reconstruction error
2024-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012084
PMID:38683883
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研究论文 | 本文提出了一种名为重构集测试（RESET）的单样本基因集测试方法 | RESET方法通过随机降秩重构算法提供了一种计算上高效的基因集重要性量化方式 | NA | 研究单样本基因集测试的新方法 | 基因集及其在测量基因值重构中的重要性 | 生物信息学 | NA | 随机降秩重构算法 | NA | scRNA-seq数据 | 真实和模拟的scRNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA |
| 6200 | 2024-08-04 |
Predictive biomarkers and initial analysis of maternal immune alterations in postpartum preeclampsia reveal an immune-driven pathology
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1380629
PMID:38745664
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研究论文 | 本文研究了产后高血压（PPPE）中母体免疫变化及预测生物标志物的潜在性 | 发现胎盘CD163+细胞和初始妊娠期血压可作为非侵入性预测PPPE的生物标志物 | 研究样本的规模和多样性可能限制了结论的普遍性 | 理解PPPE诊断时的免疫贡献及周产期生物标志物的预测潜力 | 通过采集PPPE患者和健康对照组的胎盘和血液样本进行比较分析 | 数字病理学 | 产后高血压 | 单细胞转录组学、流式细胞术、细胞内细胞因子染色 | NA | 血液样本、胎盘组织 | 涉及PPPE患者和健康对照组的样本 | NA | NA | NA | NA |