单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
601	2025-05-20	Underrepresentation of activating KIR gene expression in single-cell RNA-seq data is due to KIR gene misassignment 2024-Jan, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202350590 PMID:37944995	research paper	该文章揭示了标准单细胞RNA测序比对流程在杀伤免疫球蛋白样受体（KIR）转录本分配上的错误倾向，导致KIR表达量化的不准确	指出了标准单细胞RNA测序比对流程中KIR转录本错误分配的问题，特别是激活型KIR转录本被误分类为抑制型KIR表达	NA	研究单细胞RNA测序比对流程中KIR转录本错误分配的问题	杀伤免疫球蛋白样受体（KIR）转录本	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	NA
602	2025-05-19	Spatio-temporal transcriptomics of chromothriptic SHH-medulloblastoma identifies multiple genetic clones that resist treatment and drive relapse 2024-11-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54709-w PMID:39609432	研究论文	本研究通过空间转录组学分析了13例染色体碎裂与非染色体碎裂的儿童髓母细胞瘤，揭示了染色体碎裂肿瘤的空间瘤内异质性更高，并识别出多个遗传克隆在治疗抵抗和复发中的作用	首次应用空间转录组学技术揭示染色体碎裂髓母细胞瘤的空间瘤内异质性及其与治疗抵抗和复发的关系	样本量较小（13例肿瘤和11例患者来源的异种移植样本）	探究染色体碎裂髓母细胞瘤的分子构成和侵袭性决定因素	儿童髓母细胞瘤（染色体碎裂与非染色体碎裂）	数字病理学	髓母细胞瘤	空间转录组学	NA	转录组数据	13例肿瘤样本（染色体碎裂与非染色体碎裂）和11例患者来源的异种移植样本
603	2025-05-19	Human single cell RNA-sequencing reveals a targetable CD8+ exhausted T cell population that maintains mouse low-grade glioma growth 2024-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54569-4 PMID:39609412	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了CD8+耗竭T细胞在低级别胶质瘤中的新功能，并探索了免疫检查点抑制治疗的效果	发现了CD8+耗竭T细胞在低级别胶质瘤中作为肿瘤生长调节者的新功能，并揭示了免疫检查点抑制治疗通过非细胞毒性机制抑制肿瘤生长的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和验证可能有限	探索CD8+耗竭T细胞在低级别胶质瘤中的作用及免疫检查点抑制治疗的潜在机制	人类和小鼠的低级别胶质瘤样本	digital pathology	low-grade glioma	single-cell RNA sequencing	Nf1-OPG mouse model	RNA-seq data	多个单细胞RNA测序数据集和小鼠模型样本
604	2025-05-19	C/EBPβ-dependent autophagy inhibition hinders NK cell function in cancer 2024-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54355-2 PMID:39609420	研究论文	该研究揭示了自噬在NK细胞抗肿瘤功能中的核心调控作用，并提出了通过调节自噬增强NK细胞免疫疗法的新策略	首次将自噬识别为NK细胞内的一个细胞内检查点，并证明通过基因和药物激活自噬可以改善NK细胞的效应和细胞毒功能	研究主要基于前列腺癌模型和小鼠实验，结果在人类其他癌症类型中的普适性需要进一步验证	探索癌症如何使NK细胞功能失调以及如何克服这种抵抗，以增强基于NK细胞的免疫治疗效果	NK细胞（自然杀伤细胞）及其在肿瘤微环境中的功能变化	免疫肿瘤学	前列腺癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、流式细胞术	NA	基因表达数据、流式细胞数据	晚期人类前列腺癌患者的肿瘤浸润和非肿瘤NK细胞，以及多种小鼠癌症模型
605	2025-05-19	Transcription factors ASCL1 and OLIG2 drive glioblastoma initiation and co-regulate tumor cell types and migration 2024-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54750-9 PMID:39609428	研究论文	研究探讨了转录因子ASCL1和OLIG2在胶质母细胞瘤（GBM）起始过程中的作用及其对肿瘤细胞类型和迁移的共调控	揭示了ASCL1和OLIG2在GBM形成中的冗余功能及其通过相互结合和调控下游靶基因决定肿瘤细胞类型和迁移程度的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类GBM中的适用性尚需进一步验证	探究ASCL1和OLIG2在GBM起始和肿瘤细胞异质性调控中的作用	胶质母细胞瘤（GBM）细胞和小鼠模型中的SVZ祖细胞	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠GBM模型	基因表达数据	NA
606	2025-05-19	Spatial Pathomics Toolkit for Quantitative Analysis of Podocyte Nuclei with Histology and Spatial Transcriptomics Data in Renal Pathology 2024-Feb, Proceedings of SPIE--the International Society for Optical Engineering DOI:10.1117/12.3006318 PMID:40375953	research paper	介绍了一种名为空间病理组学工具包（SPT）的新工具，用于定量分析肾脏病理学中的足细胞核与组织学和空间转录组学数据	开发了SPT工具包，能够精确识别足细胞核、提取定量特征并分析空间关系，为肾脏病理学研究提供了创新方法	未提及具体样本量或工具在更广泛病理学应用中的验证情况	推进肾脏病理学中的细胞空间病理组学研究	足细胞核的形态和纹理特征及其空间分布	digital pathology	renal pathology	spatial transcriptomics, Whole Slide Images (WSIs)	NA	image, spatial transcriptomics data	NA
607	2025-05-17	Detecting global and local hierarchical structures in cell-cell communication using CrossChat 2024-12-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54821-x PMID:39627184	研究论文	开发了一个名为CrossChat的计算框架，用于检测和分析细胞间通讯的全局和局部层次结构	提出了一个新颖的计算框架CrossChat，能够通过多分辨率聚类方法和树检测方法，全面分析细胞间通讯的层次结构	NA	理解和分析细胞间通讯的层次结构及其对复杂组织功能的调控作用	细胞间通讯的层次结构	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（Spatial Transcriptomics）	多分辨率聚类方法、树检测方法	scRNA-seq数据、空间转录组数据	两个来自COVID-19患者的非空间scRNA-seq数据集、两个来自小鼠胚胎皮肤的空间转录组数据集
608	2025-05-17	Endothelial Pim3 kinase protects the vascular barrier during lung metastasis 2024-12-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54445-1 PMID:39627185	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠肺部黑色素瘤细胞到达后6小时内肺内皮细胞的转录重编程，发现了一个反应性毛细血管内皮细胞簇(rCap)，并揭示了Pim3激酶在保护血管屏障中的作用	首次发现反应性毛细血管内皮细胞簇(rCap)及其在转移性微环境中的作用，揭示了Pim3激酶在维持血管屏障功能中的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证有限；仅观察了6小时内的早期变化	探究转移性微环境中内皮细胞的分子调控机制及其在癌症转移中的作用	小鼠肺内皮细胞和黑色素瘤细胞	癌症生物学	黑色素瘤	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	NA
609	2025-05-17	Granzyme K+CD8+ T cells interact with fibroblasts to promote neutrophilic inflammation in nasal polyps 2024-11-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54685-1 PMID:39614076	research paper	该研究揭示了在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中，GZMK+CD8+ T细胞与成纤维细胞的相互作用如何促进中性粒细胞炎症	首次发现GZMK+CD8+ T细胞通过CXCR4/CXCL12轴与成纤维细胞互作，特异性地促进中性粒细胞趋化因子的产生	研究主要聚焦于CRSwNP，其他炎症性疾病中的类似机制需要进一步验证	阐明CRSwNP中中性粒细胞炎症的分子机制	慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者的组织样本	免疫学	慢性鼻窦炎	单细胞分析、空间转录组学、T细胞受体测序	NA	基因表达数据、空间转录组数据	未明确说明样本数量，使用CRSwNP患者组织样本
610	2025-05-17	COVID-19 progression and convalescence in common variable immunodeficiency patients show dysregulated adaptive immune responses and persistent type I interferon and inflammasome activation 2024-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54732-x PMID:39609471	研究论文	研究常见变异型免疫缺陷病（CVID）患者在COVID-19病程和恢复期间的适应性免疫反应失调以及持续的I型干扰素和炎症小体激活	首次使用单细胞RNA测序和光谱流式细胞术分析CVID患者在SARS-CoV-2感染前、期间和恢复后的外周血样本，揭示了持续的I型干扰素特征和适应性免疫改变	研究样本量未明确说明，可能限制结果的普遍性	探究CVID患者长期病毒感染对免疫反应的影响	常见变异型免疫缺陷病（CVID）患者	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq），光谱流式细胞术	NA	外周血样本	NA
611	2025-05-17	A single-cell transcriptomic census of mammalian olfactory epithelium aging 2024-11-18, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.07.020 PMID:39173624	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术对年轻和老年小鼠嗅觉上皮进行了分析，鉴定了与衰老相关的差异表达基因	首次在单细胞分辨率下揭示了嗅觉上皮衰老的细胞和分子框架，并识别了Egr1和Cebpb作为转录网络的核心调控因子	研究仅基于小鼠模型，人类嗅觉上皮衰老的机制可能有所不同	探究哺乳动物嗅觉上皮衰老的细胞和分子机制	年轻和老年小鼠的嗅觉上皮细胞	单细胞转录组学	嗅觉功能障碍	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	年轻和老年小鼠的嗅觉上皮细胞（未明确具体数量）
612	2025-05-17	Long-Term Follow-up of Levonorgestrel Intrauterine Device for Atypical Hyperplasia and Early Endometrial Cancer Reveals Relapse Characterized by Immune Exhaustion 2024-Nov-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-0362 PMID:38922360	研究论文	研究左炔诺孕酮宫内节育器(LIUD)治疗非典型增生(AH)和早期子宫内膜癌(EEC)的长期随访结果，发现复发与免疫耗竭相关	首次使用空间转录组学(Nanostring GeoMX数字空间分析)结合计算机细胞类型反卷积和通路分析，揭示了LIUD治疗后的免疫机制变化	样本量较小(仅5名患者的纵向活检样本)，可能影响结果的普遍性	评估LIUD治疗AH/G1EEC的长期效果并探究复发机制	子宫内膜非典型增生(AH)和1级子宫内膜样腺癌(G1EEC)患者	数字病理学	子宫内膜癌	空间转录组学(Nanostring GeoMX数字空间分析)，计算机细胞类型反卷积	NA	转录组数据，临床随访数据	43名初始响应患者中的41名随访数据，其中5名患者的纵向活检样本
613	2025-05-17	Endoluminal Biopsy for Vein of Galen Malformation 2024-Nov-01, Neurosurgery IF:3.9Q1 DOI:10.1227/neu.0000000000002986 PMID:38747605	研究论文	本研究探讨了使用腔内组织取样（ETS）对Galen静脉畸形（VOGM）进行原位分析的可行性及其在理解VOGM遗传学、发病机制和维护方面的潜在价值	首次应用ETS技术对VOGM病变进行原位分析，结合单细胞RNA测序技术，揭示了VOGM内皮细胞的转录组特征	样本量较小（6名患者），且未进行DNA测序以评估体细胞和第二击突变	开发VOGM的分子遗传学分类方案，并为个性化药物治疗或基因治疗提供依据	Galen静脉畸形（VOGM）患者及其家族成员	数字病理	脑血管疾病	单细胞RNA测序，腔内组织取样（ETS）	NA	RNA测序数据	6名患者，共进行10次ETS操作
614	2025-05-17	Integrated transcriptomics of human blood vessels defines a spatially controlled niche for early mesenchymal progenitor cells 2024-10-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.06.015 PMID:39025061	研究论文	通过空间和单细胞转录组学，研究人类血管壁中外膜间充质祖细胞的表型、潜力和微解剖分布	首次详细研究了人类血管外膜干细胞生态位，并发现CD201高表达的原始细胞在间充质祖细胞层级中的关键作用	研究主要关注血管外膜中的间充质祖细胞，可能未涵盖其他潜在的重要细胞类型或机制	解析人类血管壁中祖细胞的分布和功能，为细胞治疗提供理论基础	人类血管壁中的间充质祖细胞	单细胞转录组学	NA	空间转录组学、单细胞转录组学	NA	转录组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及人类和小鼠的血管组织
615	2025-05-17	A spatiotemporal molecular atlas of mouse spinal cord injury identifies a distinct astrocyte subpopulation and therapeutic potential of IGFBP2 2024-10-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.06.016 PMID:39029468	research paper	该研究通过解析小鼠脊髓损伤后的时空分子图谱，发现了一类表达Igfbp2的星形胶质细胞亚群，并探讨了IGFBP2的治疗潜力	识别了一类新的星形胶质细胞亚群Astro-GMii，并揭示了IGFBP2在促进神经元修复和功能恢复中的新作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	解析脊髓损伤后的分子和细胞变化，探索潜在的治疗靶点	小鼠脊髓损伤模型	分子生物学	脊髓损伤	单细胞RNA测序、空间数据分析	NA	基因表达数据、空间数据	NA
616	2025-05-17	Desmosome mutations impact the tumor microenvironment to promote melanoma proliferation 2024-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.19.558457 PMID:37786690	research paper	研究发现人类癌症中桥粒基因频繁发生遗传变异，尤其在皮肤黑色素瘤中突变率超过70%，并探讨了这些突变如何通过影响肿瘤微环境促进黑色素瘤增殖	首次揭示了桥粒基因突变在黑色素瘤中的高频率发生及其通过微环境调控促进肿瘤增殖的新机制	研究主要关注原发性黑色素瘤，未深入探讨转移性黑色素瘤中桥粒突变的影响	探究桥粒基因突变在肿瘤微环境中的作用及其对黑色素瘤增殖的影响	人类黑色素瘤样本及角质形成细胞	肿瘤生物学	黑色素瘤	空间转录组学、蛋白质免疫荧光技术、共培养实验	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明样本数量，但涉及原发性黑色素瘤活检样本及体外共培养体系
617	2025-05-17	A single-cell transcriptomic map of the developing Atoh1 lineage identifies neural fate decisions and neuronal diversity in the hindbrain 2024-08-19, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.07.007 PMID:39106860	research paper	该研究通过单细胞转录组测序和ATOH1 DNA结合分析，揭示了小鼠后脑Atoh1谱系神经元在发育过程中的命运决定和多样性	首次提供了Atoh1谱系神经元的高分辨率转录组图谱，鉴定了特定脑干核的标志物，并发现转录异质性祖细胞需要ATOH1进行正确迁移	研究仅限于小鼠模型，人类相关神经元的验证需要进一步研究	解析Atoh1谱系神经元在发育过程中的分子机制和细胞多样性	小鼠后脑发育过程中的Atoh1谱系神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序，ATOH1 DNA结合分析	NA	转录组数据	小鼠后脑Atoh1谱系神经元
618	2025-05-17	scRNA-seq reveals transcriptional dynamics of Encephalitozoon intestinalis parasites in human macrophages 2024-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.30.596468 PMID:38853846	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究人类巨噬细胞中Encephalitozoon intestinalis寄生虫的转录动态	首次通过单细胞RNA测序揭示了宿主和寄生虫在感染过程中的转录变化，提供了寄生虫发育的蓝图	研究仅关注了人类巨噬细胞中的感染过程，未涉及其他可能的宿主细胞类型或器官系统	探究微孢子虫在人类巨噬细胞中的感染机制及其发育轨迹	Encephalitozoon intestinalis寄生虫和人类巨噬细胞	基因组学	机会性感染疾病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及人类巨噬细胞和寄生虫的转录组分析
619	2025-05-17	Inferring B Cell Phylogenies from Paired H and L Chain BCR Sequences with Dowser 2024-May-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300851 PMID:38557795	研究论文	本研究探讨了如何利用配对的H和L链BCR序列推断B细胞系统发育树，并发现整合L链能显著提高树的准确性和可重复性	首次系统评估了配对H和L链序列在B细胞系统发育树构建中的作用，并提出使用最大似然法处理混合数据类型时的优化方案	当部分L链缺失时（如混合单细胞和批量测序数据），许多系统发育方法会估计出显著偏差的分支长度	优化B细胞系统发育树的构建方法	B细胞受体（BCR）的H和L链序列	生物信息学	NA	单细胞测序、批量测序	最大似然法	基因序列数据	NA
620	2025-05-17	Accurate single-molecule spot detection for image-based spatial transcriptomics with weakly supervised deep learning 2024-May-15, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.04.006 PMID:38754367	研究论文	介绍了一种名为Polaris的分析流程，用于基于图像的空间转录组学数据，结合深度学习模型和概率基因解码器来准确量化单细胞基因表达	提出了一种结合深度学习和概率基因解码器的统一解决方案，用于分析多种空间转录组学数据	NA	开发一种自动化的分析流程，用于准确量化单细胞基因表达	基于图像的空间转录组学数据	数字病理学	NA	MERFISH, seqFISH, ISS	深度学习模型	图像	NA