单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7466 篇文献，本页显示第 6141 - 6160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6141 | 2024-08-05 |
Epigenetic and transcriptional responses in circulating leukocytes are associated with future decompensation during SARS-CoV-2 infection
2024-Jan-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.108288
PMID:38179063
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研究论文 | 本研究探讨了SARS-CoV-2感染期间循环白血球的表观遗传和转录反应与未来失代偿之间的关联 | 该研究首次将单细胞RNA测序和单细胞可接近染色质测定结合，用于识别COVID-19患者中即将失代偿的早期免疫失调 | 该研究的样本主要来自住院患者，可能不适用于轻症病例 | 研究SARS-CoV-2感染期间即将失代偿的宿主反应元素 | 招募了因COVID-19住院的被试，他们在入院时的疾病严重程度和合并症相匹配 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq和scATAC-seq | NA | 单细胞基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6142 | 2024-08-04 |
A deep learning method for classification of HNSCC and HPV patients using single-cell transcriptomics
2024, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2024.1395721
PMID:38872916
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研究论文 | 本研究开发了一种使用单细胞转录组学对HNSCC和正常样本进行分类的深度学习方法 | 提出了一种新颖的模型来区分HNSCC样本和正常样本，并将HNSCC样本分为HPV阳性和HPV阴性类别 | 只有20个HNSCC原发癌样本，样本量较小可能影响结果的泛化性 | 旨在通过机器学习和深度学习技术提高HNSCC的早期检测能力 | 研究对象为HNSCC样本和正常组织样本 | 机器学习 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞转录组学 | 人工神经网络 | 基因数据 | 20个HNSCC原发癌样本和9个正常组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6143 | 2024-08-04 |
Unlocking ovarian cancer heterogeneity: advancing immunotherapy through single-cell transcriptomics
2024, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2024.1388663
PMID:38873253
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综述 | 本文讨论了利用单细胞转录组学解析卵巢癌异质性以提高免疫疗法效果 | 探索单细胞测序技术在卵巢癌免疫细胞群体和肿瘤微环境中的应用以解决异质性问题 | 当前研究可能未能全面覆盖卵巢癌的所有形态学组和其免疫逃逸机制 | 旨在理解卵巢癌的异质性及其对免疫治疗的影响 | 主要研究卵巢癌及其相关免疫细胞和微环境 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞测序技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6144 | 2024-08-05 |
Systematic Analysis of Tumor Stem Cell-related Gene Characteristics to Predict the PD-L1 Immunotherapy and Prognosis of Gastric Cancer
2024, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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研究论文 | 本研究开发了一种与肿瘤干性相关的基因预后模型，用于评估胃癌患者的预后和免疫治疗反应性 | 提出了一种基于9个基因的干性标志物，以进行胃癌预后的准确预测 | 本研究局限于单细胞RNA测序数据，可能未全面涵盖所有相关的生物标志物 | 开发一种基于干性相关基因的预后模型，评估胃癌的预后和免疫治疗反应性 | 胃癌患者的肿瘤干性相关基因 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 预后模型 | 基因表达数据 | 使用了GEO数据库中的胃癌患者数据 | NA | NA | NA | NA |
| 6145 | 2024-08-05 |
Assessing parameter efficient methods for pre-trained language model in annotating scRNA-seq data
2024-Aug, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2024.05.007
PMID:38759908
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研究论文 | 本文探讨了在注释单细胞RNA测序数据中的参数高效方法 | 引入参数高效微调(PEFT)的新方法，以减少计算成本，同时优化少量参数 | 微调预训练语言模型仍然需要大量计算资源，可能对一些研究者而言不够实用 | 研究如何高效地注释单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 探索三种参数高效微调方法在scRNA-seq细胞类型注释中的能力 | 自然语言处理 | 肿瘤 | scBERT | NA | 数据集 | 多个数据集的基准研究 | NA | NA | NA | NA |
| 6146 | 2024-08-05 |
Unraveling pancreatic ductal adenocarcinoma immune prognostic signature through a naive B cell gene set
2024-Jul-10, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.216981
PMID:38795761
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研究论文 | 本研究揭示了胰腺导管腺癌中的Naive B细胞免疫预后标志。 | 提出了一种基于Naive B细胞基因集的12个基因预后标志，能够精准映射PDAC中的免疫相互作用。 | 尚未完全理解肿瘤浸润免疫细胞与肿瘤微环境的详细分子相互作用。 | 研究Naive B细胞在胰腺导管腺癌中的免疫预后意义。 | 分析与PDAC相关的Naive B细胞基因及其在预后中的作用。 | 数字病理学 | 胰腺癌 | CIBERSORT，单细胞RNA测序，WGCNA | Lasso，plsRcox | 转录组数据 | 包含多个外部队列以及多种风险分层的患者组 | NA | NA | NA | NA |
| 6147 | 2024-08-04 |
Developing a dormancy-associated ECM signature in TNBC that is linked to immunosuppressive tumor microenvironment and selective sensitivity to MAPK inhibitors
2024-Jun-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e32106
PMID:38868025
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研究论文 | 本研究揭示了与休眠相关的ECM特征在三阴性乳腺癌中如何与免疫抑制肿瘤微环境及对MAPK抑制剂的选择性敏感性相关 | 首次描述了休眠癌细胞的ECM特征及其与免疫抑制微环境的相互作用 | 研究中缺乏临床样本验证和长期随访数据 | 探讨三阴性乳腺癌中休眠癌细胞与ECM的相互作用及其在治疗中的潜在应用 | 主要研究MDA-MB-231细胞系中的休眠癌细胞及其相关的ECM特征 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | RNA-seq，流式细胞术 | NA | 基因表达数据 | 主要使用MDA-MB-231细胞系进行研究 | NA | NA | NA | NA |
| 6148 | 2024-08-04 |
Single-cell sequencing depicts tumor architecture and empowers clinical decision in metastatic conjunctival melanoma
2024-Jun-11, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-024-00683-y
PMID:38862482
|
研究论文 | 这项研究使用单细胞RNA测序描绘了转移性结膜黑色素瘤的肿瘤结构，并为临床决策提供支持 | 本研究首次将单细胞RNA测序分析转化为针对癌症的临床试验，提供了一个新概念，将单细胞RNA测序数据与癌症治疗相结合 | 样本量可能有限，仅包括7个结膜黑色素瘤样本，研究结果的普遍性需要进一步验证 | 揭示结膜黑色素瘤在肿瘤发生和进展过程中的肿瘤微环境的景观和异质性 | 正常结膜样本（n=3）和结膜黑色素瘤（n=7）中的47017个细胞 | 数字病理学 | 结膜黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组 | 共获得47017个细胞，包含3个正常结膜样本和7个结膜黑色素瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6149 | 2024-08-04 |
DOT: a flexible multi-objective optimization framework for transferring features across single-cell and spatial omics
2024-Jun-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48868-z
PMID:38862466
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研究论文 | 本文提出了DOT，一个灵活的多目标优化框架，旨在在单细胞转录组学和空间组学之间转移细胞特征 | DOT框架通过利用超出数据模式中的共同基因，进行空间特征的转移，并推断组织部位细胞群体的绝对和相对丰度，展示了其创新性 | 对细胞类型信息的空间特征转移可能受限于所使用的技术和数据的特点 | 研究单细胞转录组学与空间分辨率数据的结合 | 涉及细胞特征的转移和定位问题 | 数字病理学 | NA | 基于Frank-Wolfe算法的优化技术 | NA | 单细胞转录组数据和空间数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6150 | 2024-08-04 |
Spatially resolved multiomics on the neuronal effects induced by spaceflight in mice
2024-Jun-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48916-8
PMID:38862479
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研究论文 | 本研究探讨了航天飞行对小鼠大脑的神经影响，采用单细胞多组学与空间转录组学相结合的方法 | 首次将单细胞多组学与空间转录组学结合，深入解析航天飞行对小鼠脑部的影响 | 研究对象仅限于雌性小鼠，尚未纳入不同性别或品种的样本 | 旨在揭示航天飞行对中枢神经系统的影响 | 以雌性小鼠为研究对象，通过比较地面对照组和航天飞行暴露组 | 数字病理学 | NA | 单细胞多组学，空间转录组学 | NA | 数据集 | 小鼠样本数量未具体说明 | NA | NA | NA | NA |
| 6151 | 2024-08-05 |
Metric multidimensional scaling for large single-cell datasets using neural networks
2024-Jun-11, Algorithms for molecular biology : AMB
IF:1.5Q3
DOI:10.1186/s13015-024-00265-3
PMID:38863064
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研究论文 | 该文章提出了一种基于神经网络的度量多维尺度方法，用于处理大规模单细胞数据集 | 本研究提出的神经网络方法比之前的先进方法快几个数量级，并能处理多达数百万个细胞的数据集 | 当前方法尚未在其它类型的数据集上进行验证 | 研究目的是解决传统方法在处理大规模单细胞RNA测序实验中面临的效率问题 | 研究对象为单细胞RNA测序实验中的大规模数据集 | 数字病理学 | NA | 神经网络 | NA | 单细胞数据 | 多达数百万个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 6152 | 2024-08-05 |
TMPRSS2 is a tumor suppressor and its downregulation promotes antitumor immunity and immunotherapy response in lung adenocarcinoma
2024-Jun-11, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-024-02870-7
PMID:38862975
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研究论文 | 本研究探讨了TMPRSS2在肺腺癌中的作用及其与抗肿瘤免疫和免疫疗效的关系 | TMPRSS2被确认为肿瘤抑制因子，其下调与肺腺癌的免疫表现和预后相关联 | 研究主要集中于单一类型的肺癌，可能不适用于其他癌症类型 | 探讨TMPRSS2在肺腺癌中的生物学功能及其与免疫特征的关系 | 分析肺腺癌中TMPRSS2的表达及其影响 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、转录组学、生物信息学分析、蛋白组学 | NA | RNA测序数据、蛋白组学数据 | 使用了五个转录组学数据集、一个单细胞RNA测序数据集和一个蛋白组学数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 6153 | 2024-08-05 |
Elevated type I IFN signalling directly affects CD8+ T-cell distribution and autoantigen recognition of the skeletal muscles in active JDM patients
2024-Jun, Journal of autoimmunity
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.jaut.2024.103232
PMID:38692172
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研究论文 | 这项研究探讨了I型干扰素信号对活跃型青少年皮肌炎患者CD8 T细胞的影响 | 本研究首次揭示了I型干扰素信号在活跃型青少年皮肌炎患者CD8 T细胞分化和功能中的重要作用 | 该研究的样本量较小，且主要集中于特定患者群体 | 探讨I型干扰素信号如何影响活跃型青少年皮肌炎患者的CD8 T细胞与肌肉损伤 | 涉及6名活跃型青少年皮肌炎患者及对照组 | 数字病理学 | 青少年皮肌炎 | 流式细胞术, RT-PCR, scRNA-seq | NA | 细胞, 组织活检 | 12名青少年皮肌炎患者及3名健康儿童对照 | NA | NA | NA | NA |
| 6154 | 2024-08-05 |
Comprehensive analysis and prediction model of mitophagy and ferroptosis in primary immune thrombocytopenia
2024-Jun, British journal of haematology
IF:5.1Q1
DOI:10.1111/bjh.19489
PMID:38665119
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研究论文 | 本研究对原发性免疫性血小板减少症（ITP）中线粒体自噬和铁死亡的关系进行了综合分析和预测模型构建 | 提出了四个与ITP相关的新生物标志物，并探索了它们在疾病发病机制中的作用 | 未能深入探讨其他潜在的发病机制以及生物标志物的临床应用 | 识别ITP的新生物标志物并探究线粒体自噬与铁死亡在ITP发生机制中的作用 | 主要关注ITP患者中的关键基因及其表达和功能 | 数字病理学 | 原发性免疫性血小板减少症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习、基因集富集分析等 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6155 | 2024-08-05 |
A 4-gene prognostic index for enhancing acute myeloid leukaemia survival prediction
2024-Jun, British journal of haematology
IF:5.1Q1
DOI:10.1111/bjh.19472
PMID:38651345
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研究论文 | 本研究提出了一种由4个基因组成的预后指标，以增强急性髓性白血病的生存预测 | 首次发现将CYP2E1、DHCR7、IL2RA和SQLE组合成的4基因预后指数能够有效分层急性髓性白血病患者的风险 | 研究主要集中在非急性前髓细胞白血病化疗治疗的患者上，可能限制了其推广至其他类型的急性髓性白血病患者 | 提高急性髓性白血病患者的生存预测准确性 | 经过化疗治疗的急性髓性白血病患者的转录组 | 数字病理学 | 急性髓性白血病 | 实时定量聚合酶链反应 | NA | 转录组 | 975个样本用于模型开发和671个样本用于验证 | NA | NA | NA | NA |
| 6156 | 2024-08-05 |
Integrated multiomics implicates dysregulation of ECM and cell adhesion pathways as drivers of severe COVID-associated kidney injury
2024-Mar-19, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.03.18.24304401
PMID:38562892
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研究论文 | 本研究探讨了导致严重COVID相关肾损伤的机制，结合深度尿液蛋白组学和机器学习进行分析 | 通过整合多种组学数据，揭示了细胞外基质及细胞黏附通路在严重COVID肾损伤中的独特影响 | 研究样本及机制分析的复杂性可能限制了结果的普遍适用性 | 旨在理解严重COVID相关肾损伤的机制 | 住院COVID-19患者的尿液样本与肾小管细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 深度蛋白组学, 单细胞RNA测序 | 随机森林算法 | 尿液蛋白质, 血浆蛋白质, 单细胞RNA测序 | 多个中心住院COVID-19患者的尿液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6157 | 2024-08-05 |
Cross-Omic Transcription Factor Analysis: An Insight on Transcription Factor Accessibility and Expression Correlation
2024-02-21, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes15030268
PMID:38540327
|
研究论文 | 本文探讨了不同功能基因组区域内转录因子的表达与模体信息之间的相关性 | 提出了对基因活动矩阵（GAM）和基因组注释基因活动矩阵（GAGAM）贡献的元分析，并探讨了转录因子的动态 | 对可及区域如何影响基因表达的概念缺乏明确的定义 | 研究转录因子表达与转录因子在不同细胞类型中的动态如何相关 | 不同功能基因组区域内的转录因子 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6158 | 2024-08-04 |
LIMD2 is the Signature of Cell Aging-immune/Inflammation in Acute Myocardial Infarction
2024, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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研究论文 | 这项研究确定了LIMD2作为急性心肌梗死中的细胞老化-免疫/炎症相关中心基因 | 首次探讨了急性心肌梗死中细胞老化-免疫/炎症的标志物 | 该研究可能存在样本选择的局限性以及未涵盖所有相关基因 | 探索急性心肌梗死中细胞老化与免疫/炎症之间的关系 | 急性心肌梗死患者中的细胞亚群和相关基因 | 心血管疾病 | 心肌梗死 | miRNA测序, mRNA测序, 单细胞测序 | NA | 基因数据 | 基于GEO数据库的多组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 6159 | 2024-08-05 |
Whole transcriptome analysis to identify non-coding RNA regulators and hub genes in sperm of non-obstructive azoospermia by microarray, single-cell RNA sequencing, weighted gene co-expression network analysis, and mRNA-miRNA-lncRNA interaction analysis
2024-Jun-11, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10506-9
PMID:38858625
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研究论文 | 本研究通过全转录组分析识别非梗阻性无精症精子中的非编码RNA调节因子和核心基因 | 发现并识别了与非梗阻性无精症相关的新的关键基因和非编码RNA | 样本量仅限于三名无精症患者，可能限制结果的普遍适用性 | 识别参与非梗阻性无精症的关键基因和非编码RNA，改善遗传诊断 | 三名经过遗传筛查未发现精子问题的无精症患者的精子样本 | 数字病理学 | 无精症 | 微阵列技术，单细胞RNA测序，权重基因共表达网络分析 | NA | 转录组数据 | 三名无精症患者的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6160 | 2024-08-05 |
Pathomics and single-cell analysis of papillary thyroid carcinoma reveal the pro-metastatic influence of cancer-associated fibroblasts
2024-Jun-10, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-024-12459-4
PMID:38858612
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研究论文 | 本研究分析了乳头状甲状腺癌中癌相关成纤维细胞对转移的促进影响 | 揭示了CAFs在乳头状甲状腺癌中的新作用，特别是其在转移过程中与肿瘤细胞的相互作用 | 未明确讨论CAFs的具体机制以及在不同患者中的变异性 | 探讨乳头状甲状腺癌中癌相关成纤维细胞的作用及其对淋巴结转移的影响 | 包括984名乳头状甲状腺癌患者的术后病理切片和两种细胞系（TPC1和K1）的体外实验 | 数字病理学 | 乳头状甲状腺癌 | 单细胞RNA测序，HE染色，深度学习 | NA | 病理切片数据，RNA测序数据 | 984名乳头状甲状腺癌患者，2种细胞系 | NA | NA | NA | NA |