单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6101	2024-08-05	Machine-learning developed an iron, copper, and sulfur-metabolism associated signature predicts lung adenocarcinoma prognosis and therapy response 2024-May-14, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-024-02839-6 PMID:38745285	研究论文	本研究提出了一个与铁、铜和硫代谢相关的特征，可以预测肺腺癌的预后和治疗反应	首次将铁、铜和硫代谢相关基因结合在一起，构建预后特征，填补了以往研究的空白	未提及其他潜在影响因素和机制的详细探讨	探讨铁、铜和硫代谢在肺腺癌中的作用，并开发相关预后指标	1564名肺腺癌患者及1249名非小细胞肺癌(NCSLC)患者	机器学习	肺癌	机器学习方法	无监督集群分析	基因组数据	1564名肺腺癌患者、1249名非小细胞肺癌患者以及超过1万名其他癌症类型患者
6102	2024-08-05	Multi-omics integration of scRNA-seq time series data predicts new intervention points for Parkinson's disease 2024-05-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-61844-3 PMID:38744869	研究论文	该研究通过分析时间序列的scRNA-seq数据揭示了帕金森病早期发展的新干预点	提出了一种基于非负矩阵三因子分解的新数据整合方法，整合不同的数据集与分子相互作用网络	研究主要依赖于文献支持的基因，未涵盖所有可能的PD相关基因	揭示帕金森病早期发展的关键基因和分子机制	来自患者来源的诱导多能干细胞分化获得的中脑多巴胺能神经元的时间序列scRNA-seq数据	数字病理学	帕金森病	scRNA-seq	非负矩阵三因子分解	基因表达数据	涉及来自患者的诱导多能干细胞分化的中脑多巴胺能神经元样本
6103	2024-08-04	Exploring the immune escape mechanisms in gastric cancer patients based on the deep AI algorithms and single-cell sequencing analysis 2024-May, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18379 PMID:38752750	研究论文	本研究旨在开发胃癌患者的预后模型，并探讨免疫逃逸机制	通过深度机器学习和单细胞测序分析，利用101种算法构建了预测模型，并识别了潜在靶向药物	尚未提及具体的研究限制	提升胃癌患者的临床管理和个性化治疗	胃癌患者及其免疫逃逸机制	计算机视觉	胃癌	单细胞测序分析	深度机器学习	基因组数据	NA
6104	2024-08-05	Single-cell atlas reveals the immunosuppressive microenvironment and Treg cells landscapes in recurrent Glioblastoma 2024-May, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-024-00740-4 PMID:38429367	研究论文	本研究揭示了复发性胶质母细胞瘤的免疫抑制性微环境及调节性T细胞的分布	首次在单细胞水平上分析复发性胶质母细胞瘤与脑脊液的免疫微环境，并发现S100A9作为潜在生物标志物	样本量较小，仅包含来自两名患者的四个临床样本	揭示复发性胶质母细胞瘤的免疫微环境及潜在脑脊液生物标志物	复发性胶质母细胞瘤与非恶性脑肿瘤患者的临床样本	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	临床样本	四个临床样本，来自两名患者
6105	2024-08-05	Immunoregulatory and neutrophil-like monocyte subsets with distinct single-cell transcriptomic signatures emerge following brain injury 2024-Feb-03, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03032-8 PMID:38310257	研究论文	本研究揭示了脑损伤后单核细胞亚群的免疫调节特性及其单细胞转录组特征	首次表明创伤导致特定CD115/Ly6C单核细胞群体的释放，并与神经保护相关	研究主要在小鼠模型中进行，临床应用需要进一步验证	探索脑损伤后单核细胞的免疫反应和潜在的神经保护机制	小鼠模型中观察到的单核细胞亚群及其转录组特征	数字病理	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型中观察的单核细胞数目未具体说明
6106	2024-08-04	Reconstructing developmental trajectories using latent dynamical systems and time-resolved transcriptomics 2024-May-15, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.04.004 PMID:38754365	研究论文	本文提出了一种新框架，以克服单细胞转录组学在研究细胞命运决策动态性方面的挑战	引入了sci-FATE2优化的代谢标记方法和两个阶段的动态建模框架VelvetVAE和VelvetSDE，显著提高了数据质量和动态建模能力	目前的方法在时间分辨率和数据质量方面仍存在一定限制	研究细胞在发育过程中的命运决策动态性	45,000个分化成神经管身份的胚胎干细胞	数字病理学	NA	代谢标记	变分自编码器(VAE)和神经随机微分方程(nSDE)	转录组数据	45,000个胚胎干细胞
6107	2024-08-04	Single-Cell Multi-Omics Map of Cell Type-Specific Mechanistic Drivers of Multiple Sclerosis Lesions 2024-May, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation DOI:10.1212/NXI.0000000000200213 PMID:38564686	研究论文	该文章探讨了多发性硬化损伤的细胞类型特异性机制驱动因素	首次使用单细胞多组学技术揭示了多发性硬化特异性少突胶质细胞遗传特征及其与铁摄取信号的关联	研究样本数量较少，仅涉及6名多发性硬化患者和3名非神经病对照	研究多发性硬化中的细胞动态及其在病变中的作用	使用来自6名渐进性多发性硬化患者的脑白质损伤样本	数字病理学	多发性硬化	单核RNA测序和ATAC测序	NA	基因组数据	9个病变样本和3个对照样本来自6名患者
6108	2024-08-04	Characterization of the Nucleus Pulposus Progenitor Cells via Spatial Transcriptomics 2024-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202303752 PMID:38311573	研究论文	本研究建立了椎间盘的空间转录组图谱，探讨了核髓细胞前体细胞的特征	首次生成了小鼠椎间盘的空间转录组图谱，为骨生物学提供了公共资源	由于核髓来源细胞的脆弱性，传统转录组方法的应用受限	研究核髓细胞前体细胞的分化序列及其相关标记	小鼠模型中的核髓细胞及其前体细胞	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
6109	2024-08-04	Integration Analysis of Single-Cell Multi-Omics Reveals Prostate Cancer Heterogeneity 2024-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202305724 PMID:38483933	研究论文	该研究揭示了前列腺癌微环境中细胞异质性及其与疾病进展的相互作用	整合了单细胞RNA测序、空间转录组学和ATAC序列分析，详细描绘了前列腺癌的细胞多样性	尚未完全理解肿瘤与基质细胞之间的异质性形成机制	研究前列腺癌的细胞异质性及其在微环境中的相互作用	来自前列腺癌患者及健康对照者的单细胞样本	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、ATAC序列分析	机器学习	细胞数据	多名前列腺癌患者及健康对照者的细胞样本
6110	2024-08-05	Generation of complex bone marrow organoids from human induced pluripotent stem cells 2024-May, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02172-2 PMID:38374263	研究论文	本文展示了一种从人类诱导多能干细胞生成复杂骨髓类器官的方法	创新之处在于生成了模拟人类骨髓微环境的复杂三维骨髓类器官	没有提到具体的局限性	研究与人类骨髓微环境相关的造血发展和疾病	从人类诱导多能干细胞生成的骨髓类器官	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	使用了从人类诱导多能干细胞生成的骨髓类器官
6111	2024-08-05	sciCSR infers B cell state transition and predicts class-switch recombination dynamics using single-cell transcriptomic data 2024-May, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-023-02060-1 PMID:37932398	研究论文	本文介绍了sciCSR，一个分析B细胞类转变和动态的计算管道	sciCSR能够利用单细胞RNA测序数据分析类转变事件，并构建马尔可夫状态模型推断CSR的动态和方向	未提及具体限制	分析B细胞成熟过程中类转变重组的动态	采用单细胞RNA测序数据，研究B细胞的类转变和动态	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	马尔可夫状态模型	基因表达数据	未提及具体样本量
6112	2024-08-05	Single-cell RNA sequencing to explore cancer-associated fibroblasts heterogeneity: "Single" vision for "heterogeneous" environment 2024-May, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13592 PMID:38158643	综述	本文讨论了癌症相关成纤维细胞的异质性，重点关注单细胞RNA测序技术的应用	提出了利用单细胞RNA测序技术整合多模态单细胞平台的新策略，以深入理解CAF的异质性	未具体说明在不同肿瘤类型中CAF研究的限制	探讨癌症相关成纤维细胞的异质性及其在癌症治疗中的潜在应用	癌症相关成纤维细胞的不同亚型	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
6113	2024-08-05	ENO1 promotes trophoblast invasion regulated by E2F8 in recurrent miscarriage 2024-Apr-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202302032RR PMID:38661062	研究论文	本研究探讨了ENO1在复发性流产中通过E2F8调控滋养层细胞侵袭的机制	发现ENO1通过E2F8依赖性方式促进滋养层细胞侵袭，为复发性流产的生理机制提供了潜在的新靶点	研究主要基于基因表达分析，缺乏临床样本验证和长期跟踪研究	探索复发性流产的机制及其与滋养层细胞功能障碍的关系	主要研究复发性流产中的外滋养层细胞（EVTs）及其相关基因	数字病理学	复发性流产	单细胞RNA测序(scRNA-seq), RNA测序, 免疫荧光检测, 西方印迹, 染色质免疫沉淀(ChIP), 实时定量聚合酶链反应(qRT-PCR), 透析实验	NA	基因表达数据	1724个差异表达基因的分析
6114	2024-08-04	Comprehensive analysis of juvenile idiopathic arthritis patients' immune characteristics based on bulk and single-cell sequencing data 2024, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2024.1359235 PMID:38751447	研究论文	本研究基于大规模和单细胞测序数据，综合分析了青少年特发性关节炎（JIA）患者的免疫特征	该研究揭示了JIA患者在T细胞受体和B细胞受体谱的克隆性和多样性方面的显著差异，并识别出特定的V基因和J基因，扩展了对JIA的理解	本研究未深入探讨JIA的所有分子机制，尚需更多研究验证相关发现	研究青少年特发性关节炎（JIA）患者的免疫特征及其潜在的免疫治疗策略	青少年特发性关节炎（JIA）患者及健康对照组	数字病理学	青少年特发性关节炎	Bulk RNA-seq和单细胞RNA分析	NA	RNA序列数据	JIA患者和健康对照组的外周血样本
6115	2024-08-05	Single-cell RNA sequencing analysis of vestibular schwannoma reveals functionally distinct macrophage subsets 2024-Jun, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02646-2 PMID:38480935	研究论文	本研究分析了前庭神经瘤中功能上不同的巨噬细胞亚群	本研究首次利用单细胞RNA测序技术揭示了前庭神经瘤中巨噬细胞的三种不同亚群及其基因表达特征	样本量较小，仅分析了三例前庭神经瘤样本，可能影响结果的广泛性	评估前庭神经瘤中巨噬细胞的表型和功能特征	前庭神经瘤样本中的巨噬细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三例前庭神经瘤样本和十例前庭神经瘤样本的RT-qPCR分析
6116	2024-08-05	MUFFIN: a suite of tools for the analysis of functional sequencing data 2024-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae051 PMID:38745992	研究论文	MUFFIN是一个用于分析功能测序数据的Python工具包	MUFFIN提供了广泛的工具，填补了Python生态系统中缺失的功能，特别是针对非编码区域的分析	文章未详细讨论MUFFIN在处理特定种类样本时的局限性	开发一个适用于多种基因组测序分析的工具包	针对scRNA-seq、ChIP-seq和ATAC-seq数据集进行建模和分析	数字病理学	NA	NA	NA	测序数据	三个不同的scRNA-seq、ChIP-seq和ATAC-seq数据集
6117	2024-08-05	The Treatment of Refractory Vitiligo With Autologous Cultured Epithelium Grafting: A Real-World Retrospective Cohort Study 2024-May-14, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szae009 PMID:38513284	研究论文	本研究评估了一种改良自体培养上皮移植技术在治疗难治性白癜风中的效果	提出了一种改良的自体培养上皮移植技术，并首次在大规模真实世界患者中应用	本研究为回顾性队列研究，可能存在选择偏倚	评估自体培养上皮移植在白癜风治疗中的有效性和影响因素	726名接受自体培养上皮移植（ACEG）治疗的白癜风患者	数字病理学	白癜风	自体培养上皮移植（ACEG）	广义线性混合模型	临床数据	726名白癜风患者
6118	2024-08-04	Identification of hypoxic macrophages in glioblastoma with therapeutic potential for vasculature normalization 2024-May-13, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.03.013 PMID:38640932	研究论文	本文揭示了缺氧巨噬细胞在神经胶质瘤中对血管正常化的治疗潜力	本研究首次通过单细胞转录组学解析缺氧微环境中的肿瘤相关巨噬细胞的异质性，并提出了针对缺氧巨噬细胞的潜在治疗策略	研究主要基于患者样本，可能存在个体差异，且对临床应用的长期效果需进一步验证	探索缺氧巨噬细胞在胶质瘤血管正常化中的作用及其潜在治疗价值	51名患者的单细胞转录组数据，重点分析缺氧肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	神经胶质瘤	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	51名患者
6119	2024-08-05	Identification and verification of a novel signature that combines cuproptosis-related genes with ferroptosis-related genes in osteoarthritis using bioinformatics analysis and experimental validation 2024-May-13, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-024-03328-3 PMID:38741149	研究论文	本研究构建了结合铜死亡相关基因和铁死亡相关基因的新标志基因，以探讨骨关节炎的发病机制。	创新点在于首次将铜死亡相关基因与铁死亡相关基因结合起来，形成新的标志基因以用于骨关节炎的研究。	研究中使用的数据集可能存在选择偏倚，且实验验证样本量较小，可能影响结果的广泛应用。	研究骨关节炎的发病机制，并寻找潜在的治疗靶点。	本研究主要针对骨关节炎的标志基因进行分析和验证。	数字病理学	骨关节炎	生物信息学分析	NA	基因表达数据	使用GSE82107数据集进行了验证
6120	2024-08-05	Mapping of mitogen and metabolic sensitivity in organoids defines requirements for human hepatocyte growth 2024-May-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48550-4 PMID:38740814	研究论文	本文揭示了人类肝细胞在发育和再生中的增长机制，特别是胎儿和成人肝细胞类器官的生长差异	通过转录组和表型方法对肝细胞类器官的生长要求进行了特征化，发现了促进成人肝细胞增殖的潜在策略	该研究主要集中于类器官的体外生长，缺乏体内验证	探讨人类肝细胞在发育和再生过程中的增殖机制	研究对象为人类胎儿肝细胞（FH）和成人初级人类肝细胞（PHH）	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未提供样本数量的具体信息