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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6001 | 2024-08-04 |
Decoding the principle of cell-fate determination for its reverse control
2024-May-06, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-024-00372-2
PMID:38710700
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研究论文 | 该文章探讨了细胞命运决定的机制及其反向控制 | 提出了一种利用单细胞RNA-seq数据进行动态分子调控网络建模的概念控制框架 | 获取用于模型开发的基本动态实验数据仍然是一个重大障碍 | 理解和操控细胞命运决定的过程 | 细胞命运决定的核心调控电路及其主调控因子 | 数字病理 | 肺癌 | 单细胞RNA-seq | NA | 动态分子调控网络数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6002 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity of adipose tissue-derived mesenchymal stem cells under chondrogenic induction
2024-May, BMB reports
IF:2.9Q3
PMID:37915134
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研究论文 | 本研究探讨了脂肪组织来源的间充质干细胞在软骨诱导下的异质性。 | 揭示了不同细胞簇之间在增殖和分化平衡中的差异,特别是在软骨刺激前后的动态变化。 | 研究主要集中在特定时间点的单细胞RNA测序,可能缺乏对更长期分化过程的全面了解。 | 研究脂肪组织来源间充质干细胞对软骨诱导的反应及其异质性。 | 脂肪组织来源的间充质干细胞(AT-MSCs)。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 37,219个高质量转录本 | NA | NA | NA | NA |
| 6003 | 2024-08-04 |
The estrogen signaling pathway reprograms prostate cancer cell metabolism and supports proliferation and disease progression
2024-Apr-16, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI170809
PMID:38625747
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研究论文 | 这篇文章揭示了雌激素受体α在前列腺癌细胞代谢中的作用,并支持其增殖和疾病进展 | 文章首次表明雌激素受体α在前列腺癌细胞代谢重编程中发挥重要作用,并可能作为治疗靶点 | 雌激素受体α在一半肿瘤中未表达,限制了对其临床相关性的全面理解 | 研究雌激素信号通路对前列腺癌细胞代谢和增殖的影响 | 使用人类前列腺癌组织微阵列和细胞模型研究前列腺癌细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | RNA-Seq | NA | 组织样本和细胞模型 | 来自两个前列腺癌组织微阵列的患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6004 | 2024-08-04 |
Cholangiocytes Modulate CD100 Expression in the Liver and Facilitate Pathogenic T-Helper 17 Cell Differentiation
2024-04, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2023.11.283
PMID:37995866
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研究论文 | 这篇文章探讨了胆管细胞如何调节肝脏中CD100的表达并促进致病性T辅助17细胞的分化 | 文章首次表明胆管细胞通过与免疫细胞的交叉对话发挥作用,并强调了其在病理机制中的主动、促炎角色 | 研究主要依赖于特定小鼠模型,可能无法完全反映人类病理过程 | 理解原发性硬化性胆管炎相关的病理机制 | 主要研究胆管细胞与免疫细胞之间的相互作用及其在病理过程中的角色 | 数字病理学 | 胆道疾病 | 空间转录组学、免疫成像、高维流式细胞术、RNA测序 | 细胞共培养模型 | 组织活检样本和细胞 | 涉及从变异特异性小鼠中提取的脾细胞及患者材料的多种样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6005 | 2024-08-05 |
scX: A user-friendly tool for scRNA-seq exploration
2024-Mar-07, ArXiv
PMID:37961742
|
研究论文 | 本论文介绍了scX,一个基于Shiny框架的R包,用于简化单细胞RNA测序的数据分析和可视化 | scX提供了一个用户友好的互动图形界面,使用户能够轻松访问关键的scRNA-seq分析 | 需要熟练的专业知识来处理和解释数据 | 研究旨在简化单细胞RNA测序实验的数据分析和可视化 | 单细胞RNA测序实验的数据 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 数据集 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6006 | 2024-08-05 |
A distinct tumor microenvironment makes anaplastic thyroid cancer more lethal but immunotherapy sensitive than papillary thyroid cancer
2024-Mar-07, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.173712
PMID:38478516
|
研究论文 | 本文探讨了非分化甲状腺癌和乳头状甲状腺癌的肿瘤微环境差异及其对免疫治疗的影响 | 研究首次构建了甲状腺癌的单细胞图谱,并发现CXCL13+ T细胞在非分化甲状腺癌样本中的富集 | 缺乏对不同治疗方案长时间观察的临床数据 | 探究非分化甲状腺癌与乳头状甲状腺癌之间的肿瘤微环境差异及其对免疫治疗的影响 | 主要研究对象为非分化甲状腺癌和乳头状甲状腺癌的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 涉及的样本包括非分化甲状腺癌和乳头状甲状腺癌样本,但具体样本数未列出 | NA | NA | NA | NA |
| 6007 | 2024-08-05 |
An integrated single-cell RNA-seq atlas of the mouse hypothalamic paraventricular nucleus links transcriptomic and functional types
2024-02, Journal of neuroendocrinology
IF:3.3Q2
DOI:10.1111/jne.13367
PMID:38281730
|
研究论文 | 本研究构建了小鼠下丘脑旁核的转录组细胞类型详细图谱 | 整合了多个PVN单细胞数据集,并进行功能性表征,首次提供了不同神经内分泌亚型的详细分类 | 目前的分子分类仍不够充分,未来需要更多的数据来完善分类 | 旨在详细描述小鼠下丘脑旁核的转录组细胞类型及其功能 | 研究对象为小鼠下丘脑旁核的神经细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 整合多个小鼠下丘脑旁核单细胞数据集,具体样本数量未明 | NA | NA | NA | NA |
| 6008 | 2024-08-05 |
Comprehensive scRNA-seq Analysis and Identification of CD8_+T Cell Related Gene Markers for Predicting Prognosis and Drug Resistance of Hepatocellular Carcinoma
2024, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本研究分析了CD8+T细胞亚型对肝细胞癌预后和药物耐受性的影响 | 开发了一个基于CD8+ T细胞异质性的12基因标志,用于预测肝细胞癌的生存结果和免疫治疗反应 | 未提及具体的局限性 | 研究CD8+ T细胞亚型对肝细胞癌的影响,以预测预后和免疫治疗反应 | 肝细胞癌患者的CD8+ T细胞亚型及其相关基因 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 数据来自于多个数据库的患者信息 | NA | NA | NA | NA |
| 6009 | 2024-08-04 |
Dynamic Single-Cell RNA-Seq reveals mechanism of Selinexor-Resistance in Chronic myeloid leukemia
2024-Jun-15, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.112212
PMID:38728882
|
研究论文 | 本研究揭示了慢性髓性白血病中Selinexor耐药的机制 | 首次通过动态单细胞RNA测序分析慢性髓性白血病中selinexor耐药相关的基因表达变化 | 本研究仅限于K562细胞系,可能无法完全代表所有CML中的耐药性 | 探讨慢性髓性白血病中selinexor的耐药机制 | 建立了对selinexor耐药的K562细胞系 | 数字病理学 | 慢性髓性白血病 | 动态单细胞RNA测序 | NA | RNA | 对亲本和耐药细胞群体进行了多样性分析 | NA | NA | NA | NA |
| 6010 | 2024-08-05 |
Heterogeneity of myeloid cells in common cancers: Single cell insights and targeting strategies
2024-Jun-15, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.112253
PMID:38735257
|
综述 | 本文全面概述了高发癌症中髓系细胞的异质性及其靶向策略 | 通过单细胞RNA测序技术,建立了新亚群体和靶点,提供了对髓系细胞异质性的深入理解 | 研究主要基于文献综述,缺乏实证研究数据支撑 | 理解髓系细胞在肿瘤微环境中的异质性及其潜在的靶向治疗策略 | 高发癌症中的髓系细胞亚群体及其功能 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6011 | 2024-08-05 |
TM-Score predicts immunotherapy efficacy and improves the performance of the machine learning prognostic model in gastric cancer
2024-Jun-15, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.112224
PMID:38723370
|
研究论文 | 本研究提出了一种新颖的TM-Score评分,以预测胃癌患者的免疫治疗效果并提高机器学习预后模型的性能 | 研究结合肿瘤突变负担和主要组织相容性复合体相关中心基因建立了TM-Score,显示出优于传统预测指标的性能 | 研究的限制未在摘要中详细描述 | 优化与胃癌免疫治疗相关的患者筛选 | 胃癌患者 | 数字病理学 | 胃癌 | RNA-seq和scRNA-seq | 机器学习模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6012 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptome atlas reveals somatic cell embryogenic differentiation features during regeneration
2024-May-31, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiae107
PMID:38401160
|
研究论文 | 该文章研究了在植物再生过程中,体细胞胚胎发生中的细胞分化特征。 | 研究揭示了棉花体细胞胚胎发生中的标记基因调控模式,并识别出特定的细胞群体和新型基因。 | 研究主要集中在棉花样本上,可能不适用于其他植物类型的细胞分化研究。 | 探索植物再生过程中的体细胞全能性及其分化特征。 | 研究体细胞胚胎发生过程中的不同细胞群体和基因表达。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 样本包括了非胚胎性愈伤组织和初级胚胎性愈伤组织的异质细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 6013 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals the expansion of circulating tissue-homing B cell subsets in secondary acute dengue viral infection
2024-May-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e30314
PMID:38818157
|
研究论文 | 本研究分析了登革病毒感染患者外周血中B细胞亚群的变化 | 首次揭示了二次登革病毒感染中循环组织归巢B细胞亚群的扩增 | 仅分析了来自登革病毒感染患者的外周血样本,不包括其他部位的B细胞 | 探讨组织归巢B细胞在登革病毒感染中的抗病毒免疫作用 | 登革病毒感染患者的B细胞亚群 | 数字病理学 | 登革热 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 文本 | 从登革病毒感染患者中获取的外周血样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6014 | 2024-08-05 |
Advancing skeletal health and disease research with single-cell RNA sequencing
2024-May-30, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-024-00538-3
PMID:38816888
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在骨骼健康和疾病研究中的应用。 | 提供了一种获得高质量骨骼组织单细胞的简化方法,揭示了关节疾病的新见解。 | 在高度矿化的骨骼组织中,单细胞级别机制的研究面临技术挑战。 | 研究骨骼健康和疾病的细胞和分子层面的机制。 | 主要研究脊椎、关节、骨骼、肌肉和腱相关的疾病。 | 数字病理学 | 关节疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6015 | 2024-08-05 |
An amphioxus neurula stage cell atlas supports a complex scenario for the emergence of vertebrate head mesoderm
2024-May-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48774-4
PMID:38811547
|
研究论文 | 本研究构建了头索动物神经胚阶段的细胞图谱,以支持脊椎动物头部中胚层出现的复杂情境 | 通过使用scRNA-seq构建细胞图谱,验证了头索动物中存在的前脊板样区域,并支持了特定细胞群体的同源性 | 未明确说明研究的局限性 | 探讨脊椎动物形态创新的出现与新胚胎细胞种群的关系 | 头索动物的胚胎细胞群体 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6016 | 2024-08-04 |
Next-Generation Sequencing-Based Spatial Transcriptomics: A Perspective from Barcoding Chemistry
2024-May-27, JACS Au
IF:8.5Q1
DOI:10.1021/jacsau.4c00118
PMID:38818076
|
评论 | 这篇文章探讨了基于下一代测序的空间转录组学方法及其条形码化学的进展 | 强调了空间条形码化学在空间转录组学中的重要性和创新应用 | 该文章未深入探讨特定实验结果或案例 | 旨在揭示细胞类型、位置及其相互作用相关的基因表达特征 | 关注空间转录组技术及其应用于生物学和医学研究 | 数字病理学 | 肿瘤 | 下一代测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6017 | 2024-08-04 |
Single-cell sequencing technology in diabetic wound healing: New insights into the progenitors-based repair strategies
2024-May-26, World journal of stem cells
IF:3.6Q3
DOI:10.4252/wjsc.v16.i5.462
PMID:38817326
|
研究论文 | 本文章集中于单细胞RNA测序技术在糖尿病伤口愈合中的应用,探讨基于祖细胞的修复策略 | 揭示了基于祖细胞的修复策略并强调了不同愈合相关细胞的生物行为和信号通路的变化 | 未提及具体的实验数据或样本分析 | 揭示糖尿病伤口愈合的复杂生物学并为干预提供新的目标 | 糖尿病伤口中的祖细胞及其在愈合过程中的角色 | 数字病理学 | 糖尿病相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞和分子层面的数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6018 | 2024-08-04 |
SpaNCMG: improving spatial domains identification of spatial transcriptomics using neighborhood-complementary mixed-view graph convolutional network
2024-May-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae259
PMID:38811360
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研究论文 | 本文提出了一种SpaNCMG算法,以提高空间转录组学中的空间域识别准确性 | 提出基于邻域互补混合视图图卷积网络的算法,有效整合KNN的局部信息与r半径的全局结构 | 处理高维数据时可能存在计算复杂度和噪声影响的挑战 | 旨在实现空间域的精确描述和定位 | 通过五个数据集与四个测序平台的应用测试算法性能 | 数字病理学 | NA | KPCA | 图卷积网络 | 转录组数据 | 五个数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 6019 | 2024-08-04 |
Periportal macrophages protect against commensal-driven liver inflammation
2024-May, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07372-6
PMID:38658756
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研究论文 | 本文研究了肝脏门静脉区域的巨噬细胞如何保护肝脏免受常驻细菌引发的炎症影响。 | 揭示了肝脏不同区域的免疫系统功能差异,并发现了由肠道微生物诱导的免疫抑制性巨噬细胞的特定亚群。 | 未明确指出研究的局限性 | 探讨肝脏门静脉区免疫抑制机制及其在慢性肝炎症中的作用。 | 功能性特异性巨噬细胞以及与肠道微生物的相互作用。 | 数字病理学 | 非酒精性脂肪性肝炎,原发性硬化性胆管炎 | 单细胞转录组学,体内成像 | 动物实验模型 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6020 | 2024-08-04 |
Single-nucleotide variant calling in single-cell sequencing data with Monopogen
2024-May, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01873-x
PMID:37592035
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研究论文 | 本文介绍了Monopogen,一种用来从单细胞测序数据中检测单核苷酸变异的计算工具。 | Monopogen结合了群体遗传学、细胞谱系追踪和单细胞组学,能够识别与心肌细胞代谢水平和表观基因组程序相关的变异,并提高了体细胞SNV的检测。 | NA | 研究单细胞组学技术如何依赖于细胞的遗传背景进行转录和表观遗传特征的分子表征。 | 检测单细胞测序数据中的单核苷酸变异。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 能够识别10万个至300万个生殖系SNV | NA | NA | NA | NA |