单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
581	2025-05-22	Wnt dose escalation during the exit from pluripotency identifies tranilast as a regulator of cardiac mesoderm 2024-03-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.019 PMID:38354738	研究论文	本研究通过Wnt信号剂量递增实验，探索干细胞分化的分子调控机制，并发现小分子药物tranilast可协同激活Wnt信号促进心脏谱系分化	结合单细胞RNA测序、多元回归模型和Connectivity Map数据库，建立了一个集成工作流程，用于识别控制细胞分化的小分子化合物	研究主要基于体外hiPSC分化和鹌鹑胚胎的体内分析，尚未在更复杂的生物模型中进行验证	探索Wnt信号在干细胞分化中的分子调控机制，并寻找能够调控细胞分化的小分子药物	人类诱导多能干细胞(hiPSCs)和鹌鹑胚胎	干细胞生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序	多元回归模型	基因表达数据	NA
582	2025-05-22	Characterization of the human fetal gonad and reproductive tract by single-cell transcriptomics 2024-02-26, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.006 PMID:38295793	研究论文	通过单细胞转录组学对人类胎儿性腺及生殖道进行表征	首次对男性和女性人类胎儿性腺及相邻发育中的生殖道进行单细胞转录组学分析，揭示了性别分化过程中的形态和分子变化	研究仅涵盖第一和第二孕期样本，未涉及更晚期的发育阶段	揭示人类胎儿性别特异性性腺发生和生殖道发育的分子机制	人类胎儿性腺及相邻发育中的生殖道	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	第一和第二孕期的男性和女性人类胎儿性腺及生殖道样本
583	2025-05-22	The soil emergence-related transcription factor PIF3 controls root penetration by interacting with the receptor kinase FER 2024-02-26, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.01.001 PMID:38295794	研究论文	本文揭示了转录因子PIF3通过与受体激酶FER相互作用调控植物根系穿透土壤的机制	首次发现PIF3在根系穿透土壤中的作用，并阐明其与FER的互作机制	研究主要基于拟南芥和大豆突变体，在其他植物中的普适性有待验证	探究植物根系穿透土壤的分子机制	拟南芥(Arabidopsis thaliana)和大豆(Glycine max)的根系	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 生化实验, 成像技术, 遗传学实验	NA	基因表达数据, 图像数据	拟南芥和大豆突变体
584	2025-05-22	Digital profiling of cancer transcriptomes from histology images with grouped vision attention 2024-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.28.560068 PMID:37808782	research paper	开发了一种基于transformer的深度学习模型，用于从组织学图像预测癌症转录组	首次将transformer架构应用于组织学图像，通过预训练和微调策略解决了小数据集和参数爆炸的问题	模型在组织水平上训练，空间基因表达模式的预测能力仍需进一步验证	通过深度学习从组织学图像中预测癌症转录组，以改善癌症管理和个性化治疗	癌症组织学图像和转录组数据	digital pathology	cancer	深度学习	transformer	image	预训练使用1,802个正常组织样本，微调和评估使用4,331个肿瘤样本，验证使用1,305个肿瘤样本
585	2025-05-22	Origin and adult renewal of the gut lacteal musculature from villus myofibroblasts 2024-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.19.523242 PMID:36712064	研究论文	本研究揭示了小鼠肠道绒毛平滑肌细胞的起源和成年更新机制，以及它们与邻近乳糜管组装的关键信号通路	首次发现绒毛平滑肌细胞来源于上皮下成纤维体祖细胞的局部层次结构，并揭示了NOTCH3-DLL4信号轴在肌肉与乳糜管组装中的作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类肠道中得到验证	探究肠道绒毛平滑肌细胞的起源、分化机制及其在成年期的更新过程	小鼠肠道绒毛平滑肌细胞	细胞生物学	消化系统疾病	单细胞RNA测序、定量谱系追踪	NA	基因表达数据	NA
586	2025-05-21	Spatial transcriptomics reveals substantial heterogeneity in triple-negative breast cancer with potential clinical implications 2024-11-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54145-w PMID:39592577	研究论文	利用空间转录组学技术研究三阴性乳腺癌（TNBC）的肿瘤组织结构和细胞组成，揭示其高度异质性及潜在的临床意义	首次通过空间转录组学全面解析TNBC肿瘤微环境的空间组织特征，并发现与疾病预后和免疫治疗反应相关的基因特征及九种空间原型	样本量相对有限（92例患者），且空间转录组学技术本身可能存在分辨率限制	探索三阴性乳腺癌的肿瘤空间异质性及其临床相关性	92例三阴性乳腺癌患者的肿瘤组织样本	数字病理学	三阴性乳腺癌	空间转录组学	逐步聚类分析	空间转录组数据	92例患者肿瘤样本
587	2025-05-21	Bacterial single-cell RNA sequencing captures biofilm transcriptional heterogeneity and differential responses to immune pressure 2024-11-24, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54581-8 PMID:39580490	研究论文	本文介绍了一种优化的细菌单细胞RNA测序方法BaSSSh-seq，用于研究金黄色葡萄球菌在生物膜生长过程中的多样性及免疫细胞暴露后的转录适应	开发了BaSSSh-seq方法，能够在单细胞分辨率下捕捉生物膜转录异质性及对不同免疫压力的差异反应	NA	探索生物膜动态及其对环境信号和免疫压力的适应机制	金黄色葡萄球菌生物膜	微生物学	细菌感染	单细胞RNA测序(BaSSSh-seq)	NA	RNA-seq数据	NA
588	2025-05-21	Single-cell transcriptomics unveils molecular signatures of neuronal vulnerability in a mouse model of prion disease that overlap with Alzheimer's disease 2024-11-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54579-2 PMID:39580485	研究论文	利用单细胞转录组学揭示朊病毒疾病小鼠模型中神经元脆弱性的分子特征，并与阿尔茨海默病有重叠	首次在朊病毒疾病模型中应用单细胞转录组学技术识别脆弱神经元亚群，并发现与阿尔茨海默病共享的脆弱性相关转录本	研究仅使用雌性小鼠模型，未验证其他性别或物种的适用性	探究特定神经元对错误折叠蛋白导致的功能障碍和死亡更敏感的原因	朊病毒感染雌性小鼠的活体神经元	神经科学	神经退行性疾病/朊病毒疾病/阿尔茨海默病	单细胞转录组学	小鼠朊病毒疾病模型	基因表达数据	未明确说明数量的朊病毒感染雌性小鼠神经元样本
589	2025-05-21	Immunotherapy that improves response to chemotherapy in high-grade serous ovarian cancer 2024-11-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54295-x PMID:39578450	研究论文	通过单细胞RNA测序分析高级别浆液性卵巢癌中的肿瘤浸润免疫细胞，发现可增强新辅助化疗反应的潜在靶点	发现并验证了STAB1和FOXP3作为增强化疗反应的潜在靶点，并在小鼠模型中验证了靶向这些分子的治疗效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索提高高级别浆液性卵巢癌对新辅助化疗反应的新方法	高级别浆液性卵巢癌患者和小鼠模型中的肿瘤浸润免疫细胞	肿瘤免疫学	卵巢癌	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	单细胞转录组数据	64,097个患者细胞和69,781个小鼠模型细胞
590	2025-05-21	Lenalidomide-induced pure red cell aplasia is associated with elevated expression of MHC-I molecules on erythrocytes 2024-11-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54571-w PMID:39578482	研究论文	该研究探讨了来那度胺在多发性骨髓瘤治疗中引起的纯红细胞再生障碍性贫血（PRCA）的机制	发现来那度胺通过增加红细胞上MHC-I分子的表达，激活CD8 T细胞，从而抑制红细胞生成	研究仅基于一个病例，需要更多样本验证	探究来那度胺诱导PRCA的分子机制	多发性骨髓瘤患者	血液病学	多发性骨髓瘤	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	1例多发性骨髓瘤患者
591	2025-05-21	A developmental biliary lineage program cooperates with Wnt activation to promote cell proliferation in hepatoblastoma 2024-11-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53802-4 PMID:39567523	研究论文	本研究利用组织学引导和空间转录组学技术，探讨了肝母细胞瘤中发育胆道谱系程序与Wnt激活协同促进细胞增殖的机制	揭示了胚胎胆道转录因子SOX4和生长因子FGF19在肝母细胞瘤增殖异质性中的关键作用，提出了一种非遗传性肿瘤演化机制	研究主要基于体外肿瘤模型，可能无法完全反映体内肿瘤微环境的复杂性	阐明肝母细胞瘤中细胞增殖异质性的分子机制	肝母细胞瘤组织和患者来源的肿瘤类器官	肿瘤生物学	肝母细胞瘤	空间转录组学	肿瘤类器官模型	转录组数据	NA
592	2025-05-21	Subcellular Level Spatial Transcriptomics with PHOTON 2024-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.10.612328 PMID:39314454	研究论文	本文介绍了一种名为PHOTON的高分辨率空间转录组学方法，用于在亚细胞水平上分析RNA的分布	PHOTON结合了高分辨率成像与高通量测序技术，实现了亚细胞分辨率的空间转录组分析，并揭示了mRNA中mA修饰对压力颗粒分区的功能作用	NA	开发一种能够在亚细胞水平上分析RNA空间分布的方法，以增进对RNA功能与调控的理解	RNA在亚细胞结构（如核仁和压力颗粒）中的分布	空间转录组学	NA	高通量测序，高分辨率成像	NA	RNA测序数据，图像数据	特定细胞类型（如卵巢中的颗粒细胞）及亚细胞结构（如核仁和压力颗粒）
593	2025-05-21	Spatiotemporal transcriptomic landscape of rice embryonic cells during seed germination 2024-09-09, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.05.016 PMID:38848718	研究论文	本研究利用Stereo-seq和scRNA-seq技术，结合深度学习细胞分割模型，解析了水稻种子萌发过程中胚胎细胞的时空转录组图谱	发现了两种未报道的盾片细胞类型，并揭示了不同胚胎细胞类型在种子萌发过程中的基因表达动态	NA	探究水稻种子萌发过程中胚胎细胞的生物学功能及其调控机制	水稻胚胎细胞	植物生物学	NA	Stereo-seq, scRNA-seq, 原位杂交	深度学习细胞分割模型	转录组数据	吸水后6、24、36和48小时的水稻胚胎样本
594	2025-05-21	An integrated approach identifies the molecular underpinnings of murine anterior visceral endoderm migration 2024-09-09, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.05.014 PMID:38843837	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序、磷酸化蛋白质组学、高分辨率实时成像和短期谱系标记与干预，揭示了小鼠前内脏内胚层（AVE）迁移的分子基础	结合多种技术手段揭示了AVE迁移的分子机制，并发现信号素信号传导对正常AVE迁移的必要性	研究仅针对小鼠模型，未涉及其他物种	阐明前内脏内胚层（AVE）独特迁移行为的分子基础	小鼠胚胎前内脏内胚层（AVE）细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、磷酸化蛋白质组学、高分辨率实时成像、晶格光片显微镜	NA	基因表达数据、蛋白质组数据、影像数据	未明确说明样本数量的小鼠胚胎细胞
595	2025-05-21	Bacterial single-cell RNA sequencing captures biofilm transcriptional heterogeneity and differential responses to immune pressure 2024-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.28.601229 PMID:38979200	研究论文	本文开发了一种优化的细菌单细胞RNA测序方法BaSSSh-seq，用于研究生物膜生长过程中的多样性及免疫细胞暴露后的转录适应性	开发了BaSSSh-seq方法，首次在单细胞分辨率下捕捉生物膜的转录异质性及对免疫压力的差异响应	未明确说明方法在其它类型细菌或更复杂环境中的适用性	探索生物膜内细菌亚群的转录异质性及其对免疫压力的适应性	细菌生物膜中的亚群细胞	微生物组学	细菌感染	单细胞RNA测序(BaSSSh-seq)	NA	转录组数据	未明确说明具体样本数量
596	2025-05-21	Deep Transcriptomics Reveals Cell-Specific Isoforms of Pan-Neuronal Genes 2024-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.16.594572 PMID:38826410	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究神经元中基因表达和选择性剪接的多样性	利用CeNGEN联盟生成的深度细胞特异性转录组数据，揭示了泛神经元基因中的细胞特异性剪接变体，并开发了识别细胞特异性表达模式的算法	由于低捕获效率和灵敏度，单细胞RNA测序在分析选择性剪接方面存在挑战	研究神经元中基因表达和选择性剪接的多样性	神经元	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	NA	RNA测序数据	CeNGEN联盟生成的生物重复样本
597	2025-05-20	Magnetic soft microrobots for erectile dysfunction therapy 2024-Dec-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2407809121 PMID:39556757	研究论文	开发了一种用于治疗勃起功能障碍的磁性软微型机器人，用于增强间充质基质细胞的保留和存活率	创新的磁性软微型机器人设计，包含超软水凝胶微球和磁性纳米颗粒链，具有清除活性氧的功能	NA	提高间充质基质细胞在勃起功能障碍治疗中的保留和存活率	间充质基质细胞（MSCs）和勃起功能障碍（ED）动物模型	生物医学工程	勃起功能障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	NA	大鼠和比格犬ED模型
598	2025-05-20	Single-cell transcriptome analysis reveals CD34 as a marker of human sinoatrial node pacemaker cardiomyocytes 2024-11-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54337-4 PMID:39604360	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了CD34作为人类窦房结起搏心肌细胞的标志物	首次报道了CD34作为窦房结起搏细胞的表面标志物，并鉴定了三种起搏细胞亚型	研究主要基于胎儿和干细胞来源的窦房结细胞，未涉及成人原代细胞	解析人类窦房结起搏细胞的分子特征并寻找其表面标志物	人类窦房结起搏心肌细胞	单细胞组学	心血管疾病	单细胞/单核RNA测序	NA	单细胞转录组数据	胎儿和干细胞来源的窦房结细胞
599	2025-05-20	Spatially organized tumor-stroma boundary determines the efficacy of immunotherapy in colorectal cancer patients 2024-11-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54710-3 PMID:39592630	研究论文	本研究通过整合空间增强分辨率组学测序、单细胞RNA测序和多路成像分析，揭示了结直肠癌患者肿瘤-间质边界的空间组织和免疫状态与免疫检查点阻断疗法疗效的关系	首次将肿瘤-间质边界的空间组织和免疫状态与免疫检查点阻断疗法的疗效联系起来，并识别了影响治疗反应的关键细胞类型和分子机制	研究样本可能有限，且未涉及其他类型癌症的验证	探究结直肠癌患者对免疫检查点阻断疗法不同反应的肿瘤微环境机制	结直肠癌患者的肿瘤组织和肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	Stereo-seq, 单细胞RNA测序, 多路成像分析	NA	空间组学数据, 单细胞转录组数据, 成像数据	未明确提及具体样本数量，但包括治疗初治和接受ICB治疗的CRC患者样本
600	2025-05-20	HLA-A+ tertiary lymphoid structures with reactivated tumor infiltrating lymphocytes are associated with a positive immunotherapy response in esophageal squamous cell carcinoma 2024-Jul, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02712-9 PMID:38762674	研究论文	本研究探讨了HLA-A阳性三级淋巴结构（TLSs）及其中的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）在食管鳞状细胞癌（ESCC）免疫治疗反应中的作用	首次发现HLA-A阳性TLSs及其中的TIL-T和TIL-B淋巴细胞与ESCC患者对免疫检查点阻断（ICB）治疗的临床获益相关	样本量相对有限（60例ESCC患者），且为回顾性研究	寻找ESCC免疫治疗的生物标志物并探讨其临床相关性	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	肿瘤免疫学	食管鳞状细胞癌	NanoString GeoMx数字空间分析仪、单细胞RNA测序、多重免疫组化	NA	基因表达数据、空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	42例初治ESCC肿瘤组织和60例ESCC患者