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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2026-05-09 |
Identification and experimental validation of cuproptosis regulatory program in a sepsis immune microenvironment through a combination of single-cell and bulk RNA sequencing
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1336839
PMID:38947313
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研究论文 | 结合单细胞和批量RNA测序技术,识别并实验验证脓毒症免疫微环境中的铜死亡调控程序 | 首次在脓毒症中构建基于铜死亡的风险模型,并利用单细胞测序揭示铜死亡活性评分与单核细胞的关联及免疫微环境特征 | 未提及具体局限性,但可能包括模型验证样本量有限或体外实验的临床相关性需进一步验证 | 建立基于铜死亡的风险模型以诊断和预测脓毒症风险,并鉴定用于靶向治疗的铜死亡相关基因 | 脓毒症患者的免疫微环境及铜死亡相关基因 | 机器学习和数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、LASSO回归、Cox回归、流式细胞术、蛋白质印迹法、ELISA | LASSO回归模型、Cox回归模型 | 单细胞RNA测序数据、批量RNA测序数据 | 三个外部队列用于模型验证,具体样本量未在摘要中提供 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'基因表达分析 |
| 42 | 2026-05-09 |
Interstitial macrophage phenotypes in Schistosoma-induced pulmonary hypertension
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1372957
PMID:38779688
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和流式细胞术,鉴定了血吸虫诱导肺动脉高压中三种间质巨噬细胞亚群,并揭示了其功能串扰机制 | 首次阐明了血吸虫诱导肺动脉高压中常驻FOLR2+间质巨噬细胞分泌单核细胞招募配体,而招募的CCR2+间质巨噬细胞表达血小板反应蛋白-1(TSP-1)驱动肺动脉高压病理的细胞间对话机制 | 未在人体样本中验证,且仅关注小鼠模型中的间质巨噬细胞亚群,未涉及其他免疫细胞类型 | 探究血吸虫诱导肺动脉高压中间质巨噬细胞亚群的功能分化及其在病理中的作用 | 血吸虫暴露后的小鼠肺间质巨噬细胞亚群 | 机器学习和数字病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未暴露组及血吸虫暴露后第1、3、7天的小鼠肺间质巨噬细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'试剂盒 |
| 43 | 2026-05-09 |
Activation of TLR9 signaling suppresses the immunomodulating functions of CD55lo fibroblastic reticular cells during bacterial peritonitis
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1337384
PMID:38827745
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研究论文 | 本文研究了TLR9信号激活对细菌性腹膜炎期间CD55低表达成纤维网状细胞免疫调节功能的抑制作用 | 首次通过单细胞RNA测序发现肠系膜脂肪相关淋巴簇中两种成纤维网状细胞亚型(CD55高表达和CD55低表达),并揭示TLR9信号特异性抑制CD55低表达亚型的增殖、细胞因子产生和类维生素A代谢 | 仅在小鼠模型和人类脂肪组织来源的成纤维网状细胞中验证,未在临床患者中直接验证治疗效果 | 探索TLR9信号在不同成纤维网状细胞亚型中的调控作用及其对腹膜炎免疫应答的影响 | 小鼠肠系膜脂肪相关淋巴簇的成纤维网状细胞亚型及人类脂肪组织来源的成纤维网状细胞 | 免疫学 | 细菌性腹膜炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型及人类脂肪组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 44 | 2026-05-09 |
Elucidating the causal associations and mechanisms between circulating immune cells and idiopathic pulmonary fibrosis: new insights from Mendelian randomization and transcriptomics
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1437984
PMID:39896814
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研究论文 | 通过孟德尔随机化和转录组学分析阐明循环免疫细胞与特发性肺纤维化之间的因果关系及机制 | 首次结合双向孟德尔随机化分析与单细胞RNA测序验证,识别出CTSB、IL10和AGER作为特发性肺纤维化的潜在生物标志物 | 孟德尔随机化分析依赖公开数据库,可能受人群分层影响;单细胞分析样本量有限,需要进一步实验验证 | 阐明循环免疫细胞与特发性肺纤维化之间的因果关联并探索潜在生物标志物 | 循环免疫细胞表型和特发性肺纤维化 | 自然语言处理 | 特发性肺纤维化 | 孟德尔随机化分析、转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 公开数据库来源,未明确样本量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 45 | 2026-05-09 |
Novel pyroptosis-immune-related lncRNA signature exhibits a distinct immune cell infiltration landscape in breast cancer
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1522327
PMID:39906743
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研究论文 | 构建了一种新型细胞焦亡-免疫相关长链非编码RNA特征,揭示乳腺癌中不同的免疫细胞浸润景观 | 首次整合细胞焦亡与免疫相关lncRNA构建六lncRNA预后特征,并在单细胞水平验证免疫细胞浸润差异 | NA | 探索细胞焦亡和免疫相关lncRNA作为乳腺癌治疗靶点的潜力,构建预后及免疫治疗反应预测特征 | 乳腺癌患者 | 机器学习 | 乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞测序 | Cox回归, LASSO | 转录组数据, 单细胞测序数据 | TCGA数据集(训练集和测试集),单细胞数据集GSE176078 | NA | NA | NA | NA |
| 46 | 2026-05-09 |
A randomized, placebo-controlled trial of the BTK inhibitor zanubrutinib in hospitalized patients with COVID-19 respiratory distress: immune biomarker and clinical findings
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1369619
PMID:39906744
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研究论文 | 一项随机、安慰剂对照试验评估BTK抑制剂zanubrutinib对COVID-19呼吸窘迫住院患者的免疫生物标志物和临床效果 | 首次通过单细胞转录组分析揭示了zanubrutinib在COVID-19患者中减少炎症信号并保留SARS-CoV-2血清学反应的作用,同时发现其对γ-δ T细胞的激活作用 | 样本量较小(队列1共63例,队列2仅4例),多数患者同时使用类固醇和抗病毒治疗可能干扰结果,且未在临床恢复方面显示优于安慰剂 | 评估下一代BTK抑制剂zanubrutinib在SARS-CoV-2感染伴呼吸窘迫住院患者中的疗效和免疫学影响 | COVID-19呼吸窘迫住院患者(无需机械通气和需机械通气≤24小时) | 机器学习 | COVID-19 | 单细胞转录组分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 队列1共63例(zanubrutinib组30例,安慰剂组33例),队列2共4例 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台用于单细胞转录组分析 |
| 47 | 2026-05-09 |
Immune regulatory genes impact the hot/cold tumor microenvironment, affecting cancer treatment and patient outcomes
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1382842
PMID:39911580
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研究论文 | 本研究通过分析33种癌症的免疫组成,区分热/冷肿瘤微环境,识别调控的免疫基因和潜在药物靶点 | 提出基于CD8+ T细胞、激活NK细胞和M2型巨噬细胞等免疫特征区分热/冷肿瘤的框架,并发现NT5E等核心基因及达沙替尼等药物可转化冷肿瘤为热肿瘤 | 未明确提及局限性,但可能包括数据来源单一(仅TCGA)、临床验证仅在胰腺癌中进行、药物转化效果需进一步验证 | 建立跨癌种的临床相关热/冷肿瘤免疫亚型分类框架,并鉴定调控肿瘤微环境的免疫基因及潜在治疗药物 | 33种癌症类型的肿瘤组织样本及临床数据 | 机器学习 | 泛癌种(包括膀胱尿路上皮癌、胰腺腺癌、宫颈鳞状细胞癌等) | NA | CIBERSORT算法 | 基因表达数据、临床生存数据、单细胞RNA测序数据 | TCGA数据库中的33种癌症类型的样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 48 | 2026-05-08 |
Definition of regulatory elements and transcription factors controlling porcine immune cell gene expression at single cell resolution using single nucleus ATAC-seq
2024-11, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110944
PMID:39326643
|
研究论文 | 使用单核ATAC-seq技术解析猪外周血单个核细胞在单细胞分辨率下的调控元件和转录因子 | 首次通过snATAC-seq全面绘制猪PBMC的开放染色质图谱,揭示了顺式调控元件及其对转录的贡献机制,并预测了控制差异表达基因的转录因子 | 未提及 | 揭示猪PBMC基因表达的顺式调控机制和转录因子调控网络 | 猪外周血单个核细胞 | 机器学习和深度学习(通过聚类分析、TFBM分析和CCAN构建) | NA | snATAC-seq | NA(文中未明确指定具体模型类型,但涉及聚类分析和调控网络构建) | 染色质开放区域测序数据 | 猪外周血单个核细胞样本,具体数量未说明 | 未明确说明,但可能涉及Illumina(文库测序常见平台) | snATAC-seq | NA(未提及具体产品) | NA(未提及具体配置细节) |
| 49 | 2026-05-08 |
Methionine restriction reduced growth performance and exacerbated lipid deposition in hybrid grouper (Epinephelus fuscoguttatus ♀ × E. lanceolatus ♂) under high-lipid diets by suppressing the lipid degradation pathways with the single-cell RNA-seq analysis
2024-11, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110960
PMID:39536957
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研究论文 | 通过单细胞RNA-seq分析,研究低蛋氨酸水平对高脂饲料下杂交石斑鱼肝脏脂质代谢的影响 | 首次利用单细胞RNA-seq技术解析蛋氨酸限制如何通过抑制肝脏实质细胞中的脂质降解途径导致杂交石斑鱼在高脂饲料下脂质沉积加剧 | 未提及具体局限性 | 探究蛋氨酸限制在高脂饲料条件下对杂交石斑鱼生长性能和肝脏脂质代谢的影响机制 | 杂交石斑鱼(棕点石斑鱼♀×鞍带石斑鱼♂)的肝脏细胞 | 机器学习和数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 杂交石斑鱼肝脏组织样本,具体数量未提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'转录组测序 |
| 50 | 2026-05-08 |
Deciphering cellular heterogeneity in Spodoptera frugiperda midgut cell line through single cell RNA sequencing
2024-09, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110898
PMID:39047877
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示草地贪夜蛾中肠细胞系的细胞异质性 | 首次在非模式生物中肠细胞系中应用单细胞RNA测序技术,发现并分类了十种独特的细胞群,包括干细胞、成肠细胞、肠细胞和肠内分泌细胞,并鉴定其特异性标记基因 | 未明确提及,可能包括细胞系与体内环境的差异、样本量有限以及缺乏功能验证等 | 探讨草地贪夜蛾中肠细胞系的细胞异质性,并研究呼吸和中肠膜杀虫剂靶标基因的表达 | 草地贪夜蛾中肠细胞系SfMG-0617细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 18,794个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 51 | 2026-05-08 |
Genetic structure analysis of yak breeds and their response to adaptive evolution
2024-09, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110933
PMID:39218165
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研究论文 | 通过全基因组重测序和单细胞RNA测序,研究牦牛品种的遗传结构及其对高海拔环境的适应性进化 | 首次结合全基因组重测序和单细胞RNA测序方法,系统分析牦牛肺和皮肤组织的转录图谱,揭示高海拔适应相关基因在不同细胞类型中的表达特征 | 未对牦牛的其他组织进行系统细胞分析,样本量可能有限 | 研究牦牛品种的遗传结构、遗传多样性及其对高海拔环境的适应性分子机制 | 不同牦牛品种(如TZ_牦牛、PL_牦牛、SB_牦牛等)及其肺组织和皮肤组织 | 机器学习和基因组学 | 高海拔适应 | 全基因组重测序(WGRS)、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因组测序数据、单细胞转录组数据 | 八个牦牛群体 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 52 | 2026-05-08 |
Characterizing dysregulations via cell-cell communications in Alzheimer's brains using single-cell transcriptomes
2024-05-13, BMC neuroscience
IF:2.4Q3
DOI:10.1186/s12868-024-00867-y
PMID:38741048
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研究论文 | 利用单细胞转录组数据表征阿尔茨海默病大脑中细胞间通讯的失调 | 通过大规模单核RNA测序数据构建高置信度细胞间通讯网络,揭示了阿尔茨海默病中细胞类型特异性信号通路失调,并连接了细胞外风险基因与细胞内风险基因的关联 | NA | 研究阿尔茨海默病大脑中细胞间通讯的失调及其机制 | 人类前额叶皮层中的细胞类型(包括兴奋性神经元、抑制性神经元、小胶质细胞、星形胶质细胞等) | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 大规模公开数据,具体样本量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 53 | 2026-05-08 |
Integrative analysis of COL6A3 in lupus nephritis: insights from single-cell transcriptomics and proteomics
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1309447
PMID:38855105
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研究论文 | 结合单细胞转录组学和蛋白质组学分析,发现COL6A3是狼疮性肾炎的关键生物标志物和治疗靶点 | 首次通过整合单细胞转录组和蛋白质组数据揭示COL6A3在狼疮性肾炎发病机制中的核心作用,并验证其在系膜细胞中的特异性表达 | 样本量有限(单细胞数据21例LN和3例对照,蛋白质组数据9例LN和11例对照),且未提及外部验证队列的多样性和长期随访结果 | 识别狼疮性肾炎的新型生物标志物和治疗靶点 | 狼疮性肾炎患者和健康对照的肾脏单细胞及血液蛋白质样本 | 数字病理学 | 狼疮性肾炎 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 免疫组化, qPCR | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | 单细胞数据:21例LN患者和3例健康对照;蛋白质组数据:9例LN患者和11例无LN的SLE患者 | NA | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 54 | 2026-05-08 |
Single-cell RNA-seq reveals MIF-(CD74 + CXCR4) dependent inhibition of macrophages in metastatic papillary thyroid carcinoma
2024-01, Oral oncology
IF:4.0Q2
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示MIF-(CD74+CXCR4)通路在转移性甲状腺乳头状癌中抑制巨噬细胞的作用 | 首次在单细胞分辨率下揭示甲状腺乳头状癌通过MIF信号通路抑制巨噬细胞活性从而促进淋巴结转移的机制 | 样本量较小(仅1例用于scRNA-seq,61例用于验证),需要更大样本和功能实验进一步验证 | 探究甲状腺乳头状癌转移的潜在分子机制 | 甲状腺乳头状癌患者肿瘤组织、癌旁正常甲状腺组织和淋巴结转移灶 | 单细胞转录组学 | 甲状腺乳头状癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1例用于单细胞RNA测序(28,839个细胞),61例(31例有转移,30例无转移)用于验证 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 55 | 2026-05-08 |
Revealing molecular and cellular heterogeneity in hypopharyngeal carcinogenesis through single-cell RNA and TCR/BCR sequencing
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1310376
PMID:38720887
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研究论文 | 通过单细胞RNA和TCR/BCR测序揭示下咽癌发生过程中的分子和细胞异质性 | 首次构建了下咽癌发生过程中不同疾病阶段组织微环境内细胞的动态转录组图谱,并鉴定了与癌变密切相关的特定细胞亚群及关键分子MAGEA3和MMP3 | 样本量有限,仅涉及9个组织样本,可能无法完全代表下咽癌发生过程中的全部细胞异质性 | 探究下咽癌发生过程中组织微环境内不同细胞簇的变化及其对癌症发展的影响 | 下咽鳞状细胞癌(HSCC)及其癌前病变组织中的肿瘤细胞、免疫细胞和基质细胞 | 数字病理学 | 下咽癌 | 单细胞RNA测序,TCR/BCR测序 | NA | 单细胞转录组数据,免疫组库数据 | 9个组织样本,共60,854个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞TCR/BCR测序 | NA | NA |
| 56 | 2026-05-08 |
Identification of a distinct cluster of GDF15high macrophages induced by in vitro differentiation exhibiting anti-inflammatory activities
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1309739
PMID:38655264
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研究论文 | 通过体外分化鉴定具有抗炎活性的GDF15高表达巨噬细胞独特亚群 | 首次通过体外分化鉴定出GDF15high巨噬细胞独特亚群,并揭示其非典型M1/M2表型及抗炎功能 | 体内GDF15high巨噬细胞的抗炎功能尚未确定,体外诱导方案可能决定性影响抗炎表型 | 阐明GDF15高表达巨噬细胞的特性及其抗炎功能 | 人体外周血单核细胞、大鼠骨髓单核细胞来源的巨噬细胞,以及人体和大鼠组织中的巨噬细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术 | NA | scRNA-seq数据 | 来自人类外周血单核细胞和大鼠骨髓单核细胞的体外分化巨噬细胞(包含少量约1%的GDF15high细胞),以及大鼠肺巨噬细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序 |
| 57 | 2026-05-08 |
Corrigendum: Integrative analysis of COL6A3 in lupus nephritis: insights from single-cell transcriptomics and proteomics
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1508292
PMID:39497818
|
更正 | 对一篇关于COL6A3在狼疮性肾炎中作用的研究进行更正,该研究基于单细胞转录组学和蛋白质组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 58 | 2026-05-08 |
Comprehensive analysis of skin growth-related hub genes and microenvironment characterization in a mouse expanded skin model
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1306353
PMID:39703504
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研究论文 | 通过综合分析小鼠皮肤扩张模型中的测序数据,鉴定了与皮肤生长相关的关键枢纽基因和微环境特征 | 首次整合芯片测序和单细胞测序数据,识别出五个预测皮肤再生准确度最高的枢纽基因,并揭示了肥大细胞浸润在扩张皮肤中的潜在免疫作用 | 需进一步研究肥大细胞活化和浸润对扩张皮肤免疫反应的具体机制 | 阐明机械拉伸介导的组织扩张中皮肤再生的细胞和分子机制 | 小鼠皮肤扩张模型中的基因表达数据和细胞亚群 | 机器学习 | NA | 芯片测序, 单细胞测序 | 随机森林, 蛋白质互作网络 | 基因表达数据, 单细胞数据 | 来自基因表达综合数据库的小鼠芯片测序数据和单细胞测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 59 | 2026-05-07 |
Global identification of mammalian host and nested gene pairs reveal tissue-specific transcriptional interplay
2024-12-23, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279430.124
PMID:39578100
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研究论文 | 对人类和小鼠宿主/嵌套基因对进行全面鉴定,揭示组织特异性的转录相互作用 | 首次提供小鼠和人类宿主/嵌套基因对的最新目录,发现转录共表达具有组织特异性,并通过单细胞RNA-seq分析证明基因对可在单个细胞中共表达,且同时同地转录可增强宿主基因的转录多样性 | 未明确说明局限性 | 系统鉴定哺乳动物宿主/嵌套基因对,研究其组织特异性转录相互作用 | 人类和小鼠的宿主/嵌套基因对 | 自然语言处理 | 不适用 | RNA-seq, scRNA-seq | 不适用 | 转录组数据, 单细胞转录组数据 | 小鼠和人类多个组织样本 | 不适用 | 单细胞RNA-seq | 不适用 | 不适用 |
| 60 | 2026-05-07 |
Binding profiles for 961 Drosophila and C. elegans transcription factors reveal tissue-specific regulatory relationships
2024-12-23, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279037.124
PMID:39438113
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研究论文 | 系统鉴定了果蝇和线虫中961个转录因子的结合谱,揭示了组织特异性调控关系 | 首次大规模系统鉴定两个主要模式生物中转录因子的体内结合事件,并利用机器学习模型结合ChIP-seq和单细胞RNA-seq数据识别细胞类型特异性调控因子 | 研究主要依赖ChIP-seq技术,可能遗漏部分低丰度或动态结合的转录因子结合位点;单细胞RNA-seq数据覆盖范围有限 | 构建转录因子结合位点目录以解读基因调控关系 | 果蝇和线虫中的转录因子及基因组调控空间 | 数字病理学 | NA | ChIP-seq, 单细胞RNA-seq | 机器学习模型 | 序列数据 | 果蝇中605个转录因子识别360万个结合位点,线虫中356个转录因子识别90万个结合位点 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |