单细胞与空转测序相关文章

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序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
41	2026-09-16	The CCL5/CCR5/SHP2 axis sustains Stat1 phosphorylation and activates NF-κB signaling promoting M1 macrophage polarization and exacerbating chronic prostatic inflammation 2024-12-05, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-01943-w PMID:39633456	研究论文	本研究通过细胞因子panel检测发现CCL5在慢性前列腺炎患者中显著升高，并通过体内外实验揭示CCL5/CCR5/SHP2轴通过维持Stat1磷酸化和激活NF-κB信号促进M1巨噬细胞极化，加剧慢性前列腺炎症	首次揭示CCL5/CCR5/SHP2轴在慢性前列腺炎中的关键驱动作用，阐明CCL5通过抑制SHP2与Stat1的相互作用维持Stat1磷酸化从而延长炎症信号的新机制，并验证了CCR5拮抗剂maraviroc的治疗潜力	摘要中未明确说明样本量大小的具体信息，缺乏临床试验数据验证，主要基于动物模型和体外实验，向临床转化的有效性仍需进一步验证	识别慢性前列腺炎中的关键细胞因子，探究其在驱动炎症反应中的作用机制，并评估治疗潜力	慢性前列腺炎样症状患者的血浆样本、实验性自身免疫性前列腺炎（EAP）小鼠模型、巨噬细胞	机器学习	前列腺癌	单细胞转录组学，细胞因子panel检测	NA	文本，图像	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
42	2026-09-16	Cell state transitions are decoupled from cell division during early embryo development 2024-12, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-024-01546-0 PMID:39516639	研究论文	通过两种方法在斑马鱼胚胎中阻滞细胞周期，并在单细胞分辨率下分析，发现细胞分裂对分化并非必需，但会减缓某些细胞类型的分化并引发全局应激反应。	首次结合胚胎期扰动与单细胞RNA测序，系统揭示了细胞分裂与分化在早期胚胎发育中的解耦关系。	研究仅基于斑马鱼胚胎，结论是否适用于其他物种尚需验证。	确定细胞分裂在细胞分化中的作用	斑马鱼胚胎	发育生物学	不适用	单细胞RNA测序	不适用	转录组数据	未明确说明	10x Genomics	单细胞RNA测序	10x Chromium	不适用
43	2026-09-16	Exponential family measurement error models for single-cell CRISPR screens 2024-10-01, Biostatistics (Oxford, England) DOI:10.1093/biostatistics/kxae010 PMID:38649751	研究论文	该论文提出了一种名为GLM-EIV的新方法，用于单细胞CRISPR筛选数据的统计分析，解决了传统阈值回归方法中存在的衰减偏差和偏差-方差权衡问题。	提出了GLM-EIV方法，将经典误差变量模型扩展到响应变量和噪声预测变量均服从指数族分布且可能受同一组混杂变量影响的情形，并开发了可在云端和高性能集群上跨数百个处理器部署的计算基础设施。	摘要中未明确提及该研究的局限性。	解决单细胞CRISPR筛选分析中的统计挑战，克服传统阈值回归方法的衰减偏差和偏差-方差权衡问题	单细胞CRISPR筛选数据集中的基因扰动与基因表达变化之间的关系	机器学习	NA	单细胞RNA测序, CRISPR筛选	广义线性模型, 误差变量模型	基因表达数据	两个近期的大规模单细胞CRISPR筛选数据集	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
44	2026-09-16	scDTL: enhancing single-cell RNA-seq imputation through deep transfer learning with bulk cell information 2024-09-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae555 PMID:39504481	研究论文	提出了一种基于深度迁移学习的单细胞RNA测序数据插补方法scDTL，利用批量RNA测序信息来增强插补效果	利用深度迁移学习，将批量RNA-seq数据上训练的降噪自编码器知识迁移到单细胞RNA-seq插补任务中；结合1D U-Net降噪模型提供不同粒度的基因表示；采用跨通道注意力机制融合迁移模型和U-Net模型的特征	摘要中未明确提及研究的局限性	解决单细胞RNA测序数据中的 dropout 事件问题，提高单细胞表达谱的插补性能，以改善下游分析	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序，批量RNA测序	深度迁移学习，降噪自编码器，1D U-Net，跨通道注意力机制	基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA测序，批量RNA测序	NA	NA
45	2026-09-16	TLR9 activation in large wound induces tissue repair and hair follicle regeneration via γδT cells 2024-08-17, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06994-y PMID:39153998	研究论文	本文利用小鼠伤口诱导毛发新生模型，结合单细胞RNA测序等多模态分析，揭示TLR9通过促进γδT细胞迁移来感知损伤并调控组织修复与毛囊再生的机制	首次揭示TLR9在感知皮肤损伤中的新作用，发现TLR9通过调控γδT细胞迁移影响组织修复和再生，并鉴定出TLR9-γδT细胞-AREG轴作为促进组织再生的新潜在靶点	研究主要基于小鼠WIHN模型，尚未在人类皮肤中得到验证，TLR9-γδT细胞-AREG轴在临床转化中的应用仍需进一步研究	探究损伤程度与愈合过程及结果之间的关联，揭示TLR9在皮肤损伤感知和组织修复再生中的作用机制	成年小鼠伤口诱导毛发新生（WIHN）模型中的皮肤伤口组织	单细胞组学	皮肤损伤	单细胞RNA测序	NA	图像, 文本	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
46	2026-09-16	Integrative single-cell RNA-seq and spatial transcriptomics analyses reveal diverse apoptosis-related gene expression profiles in EGFR-mutated lung cancer 2024-08-09, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06940-y PMID:39122703	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示了EGFR突变肺癌中凋亡相关基因表达谱的异质性，并发现BCL2L1/BCL-XL在EGFR-TKI耐药中起关键作用	首次整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，系统分析EGFR突变肺癌中凋亡相关基因（特别是BCL-2和IAP家族）在EGFR-TKI耐药过程中的表达变化，发现BCL2L1在肿瘤细胞中特异性高表达，且其遗传消融和药理抑制可克服或延缓EGFR-TKI耐药	摘要中未明确提及研究局限性	探究EGFR突变肺癌中凋亡相关基因表达如何随EGFR-TKI耐药的出现而改变	EGFR突变肺癌细胞系、EGFR突变肺癌患者样本、EGFR驱动肺癌转基因小鼠标本	数字病理学, 机器学习	肺癌	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	图像, 文本	EGFR突变肺癌细胞系、EGFR突变肺癌患者样本及EGFR驱动肺癌转基因小鼠标本（具体数量未在摘要中说明）	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	NA
47	2026-09-16	ResSAT: Enhancing Spatial Transcriptomics Prediction from H&E- Stained Histology Images with Interactive Spot Transformer 2024-Aug-09, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4707959/v1 PMID:39149477	研究论文	提出ResSAT框架，利用残差网络和自注意力Transformer从H&E染色组织学图像中预测空间基因表达谱	首次将残差网络与自注意力Transformer结合用于空间转录组学预测，通过自注意力机制捕捉空间关系，显著提升预测性能	仅在10x Visium数据集上进行了基准测试，未在其他空间转录组学平台上验证	从H&E染色图像中生成空间分辨的基因表达谱，降低空间转录组学分析成本	H&E染色组织学图像及对应的空间转录组学数据	计算机视觉, 数字病理学	NA	空间转录组学	ResNet, Transformer, 自注意力机制	图像	NA	10x Genomics	空间转录组学	10x Visium	NA
48	2026-09-16	Quantification and statistical modeling of droplet-based single-nucleus RNA-sequencing data 2024-07-01, Biostatistics (Oxford, England) DOI:10.1093/biostatistics/kxad010 PMID:37257175	研究论文	该研究评估了基于液滴的单核RNA测序数据的统计分布，并探讨了量化策略对下游分析的影响	首次系统证明基于液滴的snRNA-seq数据遵循负二项分布而非零膨胀分布，并揭示了量化映射策略（特别是内含子区域包含与否）对下游分析的重要影响	研究主要基于小鼠皮层和肾脏数据，未涵盖人类样本或其他组织类型；对基因长度偏倚的成因仅进行了初步探讨，未提供完整的机制解释	评估基于液滴的snRNA-seq数据的概率分布特征，并研究量化策略对下游统计分析和生物学解释的影响	小鼠皮层细胞核和小鼠肾脏细胞核的snRNA-seq数据	机器学习, 生物信息学	NA	单核RNA测序	负二项分布模型	基因表达计数数据	小鼠皮层细胞核的伪阴性对照数据和小鼠肾脏细胞核数据	10x Genomics, DropSeq	单核RNA测序	10x Genomics Chromium, DropSeq	10x Genomics Chromium系统用于小鼠皮层，DropSeq系统用于小鼠肾脏
49	2026-09-16	Improving replicability in single-cell RNA-Seq cell type discovery with Dune 2024-May-24, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05814-6 PMID:38789920	研究论文	本文提出了一种名为Dune的新方法，通过迭代合并聚类结果中的簇来优化聚类分辨率与可重复性之间的权衡	提出了一种基于迭代合并簇的方法，最大化不同分区之间的一致性，从而提高聚类结果的鲁棒性和可重复性，减少对调参的依赖	未明确提及具体局限性	优化单细胞RNA测序细胞类型发现中聚类分辨率与可重复性之间的权衡	单细胞RNA测序数据中的细胞聚类结果	机器学习	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	多个来自不同平台的数据集	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
50	2026-09-16	The IRG1-itaconate axis protects from cholesterol-induced inflammation and atherosclerosis 2024-04-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2400675121 PMID:38564634	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和体内外实验，证明IRG1-衣康酸轴可抑制胆固醇诱导的炎症和动脉粥样硬化，并探索4-OI作为治疗手段的潜力	首次系统性地验证IRG1-衣康酸轴在人类动脉粥样硬化中的治疗潜力，结合scRNA-seq、CyTOF和离体系统免疫学方法，揭示其通过抑制NET形成和NLRP3炎症小体活化来减少IL-1β释放的机制	摘要中未明确提及研究局限性，但基于小鼠模型和离体实验的结果仍需进一步临床验证	评估IRG1-衣康酸轴补充作为人类动脉粥样硬化治疗方法的潜力	人类冠状动脉粥样硬化病变组织、患者匹配的健康血管组织、动脉粥样硬化小鼠模型、CVD患者外周血单核细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序，CyTOF	NA	图像，文本	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
51	2026-09-16	OASIS: An interpretable, finite-sample valid alternative to Pearson's X2 for scientific discovery 2024-04-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2304671121 PMID:38564640	研究论文	本文提出了一种名为OASIS的统计检验方法，用于列联表分析，能够提供有限样本有效的p值界限，并在基因组测序数据中展示了其检测SARS-CoV-2和流感病毒变种的能力	OASIS是一种可解释的、有限样本有效的统计检验方法，优于传统的Pearson卡方检验，能够处理过度离散数据，并提供闭式p值界限和表格分解	OASIS的p值界限在方差项上可能存在不精确性，且在某些情况下可能不如Pearson卡方检验强大	开发一种新的统计检验方法，用于列联表分析，以解决现有方法在有限样本和过度离散数据下的局限性	列联表和计数矩阵数据	机器学习	新冠肺炎	基因组测序	NA	计数数据	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
52	2026-09-16	Spatial transcriptomics of fetal membrane-Decidual interface reveals unique contributions by cell types in term and preterm births 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0309063 PMID:39159152	研究论文	该研究利用单细胞空间转录组学技术，解析了足月与早产条件下胎膜-蜕膜界面的四层结构（羊膜上皮、羊膜间充质、绒毛膜、蜕膜）中不同细胞类型的独特基因表达贡献	首次在空间水平上系统性解析胎膜-蜕膜界面四层结构（AEC、AMC、CTC、DEC）在足月未临产、足月临产、早产及未足月胎膜早破条件下的转录组网络，揭示了各细胞层在不同分娩表型中的独特基因表达贡献	样本量较小（13例患者，质量控制后44个样本），可能限制了统计功效和结果的普适性；未涉及蛋白质水平验证；空间转录组学的分辨率可能不足以完全区分邻近细胞类型的信号	揭示胎膜各层（羊膜上皮、羊膜间充质、绒毛膜、蜕膜）在足月分娩和自发性早产中的转录组学贡献，以深入理解早产发病机制并为靶向干预提供依据	胎膜-蜕膜界面的四层组织结构（羊膜上皮细胞、羊膜间充质细胞、绒毛膜细胞、蜕膜细胞），来源于13例患者的临床样本	空间转录组学	早产	单细胞转录组学	分层聚类	基因表达数据	13例患者（足月未临产n=4，足月临产n=3，未足月胎膜早破n=3，早产n=3），质量控制后44个样本，共检测18,815个基因（质控后11,921个基因）	NA	单细胞空间转录组学	NA	NA
53	2026-09-16	A physically inspired approach to coarse-graining transcriptomes reveals the dynamics of aging 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0301159 PMID:39471158	研究论文	该文章提出了一种受物理学启发的数据分析方法，利用重整化群思想从单细胞RNA测序数据中提取衰老转录组的多尺度动态模式	将基因组视为多体相互作用系统，并利用重整化群的核心思想构建了分层描述基因表达衰老过程的方法，为研究衰老转录组的多尺度模式提供了定量语言	摘要中未提及该方法的局限性	从单细胞RNA测序数据中提取额外见解，理解衰老转录组的潜在模式和机制	衰老过程中的转录组（基因表达）	机器学习	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
54	2026-09-14	A Gold Standard-Derived Modular Barcoding Approach to Cancer Transcriptomics 2024-May-15, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16101886 PMID:38791964	研究论文	该文章开发了一种基于金标准衍生的模块化条形码方法，用于癌症转录组分析，构建癌症类型特异性的基因表达模块并组装成灵活条形码，适用于多种用途	提出从高质量金标准（如TCGA）有机衍生模块，创建灵活条形码；可揭示新基因关系、加速低分辨率数据集分析、重建和扩展癌症亚型分类方案、作为解码器桥接不同基因签名、高效应用单细胞RNA测序信息到其他数据集；模块可与原生电子表格程序命令结合，供非生物信息学人员使用	摘要中未明确提及研究的局限性	开发一种模块化条形码方法，以快速解码转录组范围的数据，用于癌症研究和潜在的临床应用	癌症转录组数据，包括TCGA等金标准数据集和单细胞RNA测序数据	机器学习	肺癌	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	文本	NA	NA	NA	NA	NA
55	2026-09-14	β-Catenin in Dendritic Cells Negatively Regulates CD8 T Cell Immune Responses through the Immune Checkpoint Molecule Tim-3 2024-Apr-25, Vaccines IF:5.2Q1 DOI:10.3390/vaccines12050460 PMID:38793711	研究论文	本文揭示了树突状细胞中β-catenin通过上调免疫检查点分子Tim-3负向调控CD8 T细胞免疫应答，并证明抗Tim-3抗体与DC靶向疫苗联合治疗可提高抗肿瘤疗效	首次发现β-catenin在cDC1中上调Tim-3表达，鉴定出β-catenin/Tim-3轴是抑制抗肿瘤CD8 T细胞免疫的新机制，并提出DC靶向疫苗联合抗Tim-3治疗的组合免疫治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证β-catenin/Tim-3轴的作用及联合治疗的临床可行性	探究树突状细胞中β-catenin调控CD8 T细胞免疫应答的分子机制，并评估联合免疫治疗的抗肿瘤效果	CD11c-β-catenin小鼠、gp100特异性CD8 T细胞（Pmel-1）、B16F10荷瘤小鼠	免疫学、肿瘤免疫治疗	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	文本（基因表达数据）	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
56	2026-09-13	SuperSpot: coarse graining spatial transcriptomics data into metaspots 2024-12-26, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae734 PMID:39657949	研究论文	本文提出了一种名为 SuperSpot 的工作流程，通过将空间邻近且转录组相似的 spots 合并为 metaspots，以降低空间转录组数据的规模和稀疏性，便于大规模数据分析	基于 metacell 概念，将 spots 表示为图节点，边连接空间邻近的 spots，边权重表示转录组相似性，并利用层次聚类在用户定义的分辨率下将 spots 聚合为 metaspots	未明确提及	降低空间转录组数据的规模和稀疏性，促进利用最新技术生成的大型数据集的分析	空间转录组数据中的 spots（也称为 cells 或 bins，取决于技术）	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA	10x Genomics	空间转录组学	VisiumHD	NA
57	2026-09-13	Scope+: an open source generalizable architecture for single-cell RNA-seq atlases at sample and cell levels 2024-12-26, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae727 PMID:39705183	研究论文	本文提出了一个名为Scope+的开源可扩展架构，用于单细胞RNA-seq图谱的快速访问、元分析和细胞级别选择，并应用于500万个COVID-19血液和免疫细胞数据构建了Covidscope门户	提出了细胞为单元的数据建模、新型数据库优化技术和创新软件架构设计三种策略，实现了图谱规模数据的高效访问，并支持细胞级别的元分析，且完全开源可适配	摘要中未明确提及 limitations	解决现有细胞图谱门户难以开源适配、不支持细胞级别元分析的问题，实现大规模单细胞图谱数据的快速访问和元分析	500万个COVID-19血液和免疫细胞数据	机器学习	COVID-19	单细胞RNA-seq	NA	文本	500万个COVID-19血液和免疫细胞	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
58	2026-09-13	Combined Autophagy Inhibition and Dendritic Cell Recruitment Induces Antitumor Immunity and Enhances Immune Checkpoint Blockade Sensitivity in Pancreatic Cancer 2024-12-16, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0830 PMID:39288081	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探讨了胰腺导管腺癌中自噬抑制对树突状细胞活化和抗肿瘤免疫的影响，并提出了联合治疗策略	首次揭示自噬抑制可增加肿瘤抗原胞内积累从而激活树突状细胞，并发现联合氯喹、Flt3配体和抗LAG3抗体可显著抑制胰腺癌生长	研究主要基于小鼠模型，人体临床试验尚未开展，长期安全性和有效性有待验证	探索靶向自噬联合树突状细胞活化能否增强胰腺导管腺癌对免疫检查点抑制剂的敏感性	自噬缺陷型小鼠胰腺导管腺癌肿瘤、人胰腺导管腺癌肿瘤样本、原位同基因胰腺导管腺癌小鼠模型	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序、免疫治疗、自噬抑制	NA	基因表达数据、图像	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
59	2026-09-13	Mutual information for detecting multi-class biomarkers when integrating multiple bulk or single-cell transcriptomic studies 2024-11-28, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae696 PMID:39563471	研究论文	该文章提出了一个名为MICA的统计框架，用于在整合多个批量或单细胞转录组研究时检测多类生物标志物	从信息论角度提出互信息一致性分析框架，能够检测在多个组学研究间具有一致多类表达模式的生物标志物，适用于多类设计场景	摘要中未明确提及研究的局限性	开发一种统计框架，用于整合多个组学研究并检测具有一致多类模式的生物标志物	小鼠代谢相关转录组研究的四种组织，雌激素处理表达谱的三种来源，以及三阴性乳腺癌肿瘤进展的单细胞RNA测序数据	机器学习	三阴性乳腺癌	批量RNA-seq，单细胞RNA-seq	NA	转录组数据	NA	NA	批量RNA-seq，单细胞RNA-seq	NA	NA
60	2026-09-13	Collapsible tree: interactive web app to present collapsible hierarchies 2024-11-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae645 PMID:39460943	研究论文	本文介绍了一个名为Collapsible Tree的JavaScript框架和交互式网络应用，用于以可折叠的层次结构联合展示数值，例如在单细胞转录组学中展示细胞状态和基因表达	提出了一个交互式、可扩展、可折叠的层次结构可视化框架，能够在单个层次图中展示细胞状态和基因表达，克服了UMAP或t-SNE图无法捕捉层次结构的限制	未提及	解决直观数据可视化中呈现层次树结构并支持交互功能的需求，特别是在单细胞转录组学中展示基因表达与发育轨迹或细胞谱系结构	单细胞转录组学数据中的细胞状态、基因表达、发育轨迹和细胞谱系结构	机器学习	NA	单细胞RNA测序	NA	图像	NA	NA	NA	NA	NA