单细胞与空转测序相关文章

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41	2026-03-20	Single-Cell Analysis of Subcutaneous Fat Reveals Profibrotic Cells That Correlate With Visceral Adiposity in HIV 2024-Dec-18, The Journal of clinical endocrinology and metabolism DOI:10.1210/clinem/dgae369 PMID:38820087	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了HIV感染者皮下脂肪中与内脏脂肪体积相关的促纤维化细胞变化	首次在HIV感染者中利用单细胞RNA测序技术，系统性地分析了皮下脂肪组织细胞组成和转录程序与内脏脂肪体积的关联	研究为横断面设计，无法确定因果关系，需要进一步的纵向研究来明确方向性和机制	探究HIV感染者皮下脂肪组织特异性细胞和分子程序与内脏脂肪体积的关系	接受长期抗逆转录病毒治疗的HIV感染者	数字病理学	心血管代谢疾病	单细胞RNA测序，bulk RNA测序，计算机断层扫描	NA	RNA测序数据，影像数据	92名参与者进行bulk RNA测序，43名进行单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq	NA	NA
42	2026-03-20	Altered Purinergic Signaling and CD8+ T Cell Dysregulation in STAT3 GOF Syndrome 2024-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.12.626682 PMID:39713308	研究论文	本文探讨了STAT3功能获得性突变综合征中CD8+ T细胞功能失调与嘌呤信号通路异常的关系	揭示了STAT3 GOF变异通过改变嘌呤信号通路（CD39上调，CD73和A2AR下调）导致CD8+ T细胞功能失调的新机制	研究主要基于患者样本和小鼠模型，具体分子机制仍需进一步阐明	研究STAT3 GOF变异如何驱动CD8+ T细胞病理学机制	STAT3 GOF综合征患者和小鼠模型中的CD8+ T细胞	免疫学	原发性免疫调节障碍	单细胞RNA测序，高维免疫分析，功能评估	NA	基因表达数据，功能数据	STAT3 GOF患者和小鼠模型样本	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
43	2026-03-20	The astrocyte-enriched gene deathstar plays a crucial role in the development, locomotion, and lifespan of D. melanogaster 2024-12, Fly IF:2.4Q3 DOI:10.1080/19336934.2024.2368336 PMID:38884422	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，在果蝇大脑中鉴定出一个星形胶质细胞富集表达的新基因deathstar，并揭示了其在个体发育、运动能力和寿命中的关键作用	首次在果蝇中鉴定出星形胶质细胞特异性表达的新基因deathstar，并系统阐明了其在发育、运动行为和寿命调控中的生理功能	研究主要基于果蝇模型，其发现向哺乳动物系统的直接推广性有待验证；RNA干扰技术可能存在脱靶效应	探究果蝇大脑星形胶质细胞特异性表达基因的功能及其在生理和行为调控中的作用	黑腹果蝇（Drosophila melanogaster）的大脑组织，特别是星形胶质细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序，RNA干扰，免疫染色	NA	单细胞基因表达数据，图像数据	果蝇视叶和全脑的单细胞RNA测序数据，转基因成年果蝇脑组织样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
44	2026-03-20	Optimization of hybridization chain reaction for imaging single RNA molecules in Drosophila larvae 2024-12, Fly IF:2.4Q3 DOI:10.1080/19336934.2024.2409968 PMID:39351922	研究论文	本文提出了一种优化的杂交链式反应（HCR）流程，用于在果蝇幼虫中实现单RNA分子的成像	开发了优化的HCR探针设计开源代码，仅需五对探针即可实现高特异性、高灵敏度且可多重检测的RNA可视化，显著降低了实验成本和时间	未明确说明该方法在其他生物体系或更复杂组织中的适用性，也未提供与其他现有成像方法的定量比较数据	优化单RNA分子成像技术，以支持基于单细胞RNA测序数据的筛选项目	果蝇幼虫中的特定RNA分子	分子成像	NA	杂交链式反应（HCR）	NA	图像	NA	NA	NA	NA	NA
45	2026-03-20	Attenuated kidney oxidative metabolism in young adults with type 1 diabetes 2024-Oct-22, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI183984 PMID:39436695	研究论文	本研究探讨了1型糖尿病年轻成人患者肾脏氧化代谢减弱与胰岛素敏感性及早期肾脏结构变化的关系	首次在1型糖尿病年轻成人中，结合高胰岛素-正常血糖钳夹、多模态成像、肾脏活检、单细胞RNA测序和空间代谢组学，系统揭示了近端肾小管细胞从稳定状态向适应/适应不良亚型转变的谱系，并发现其与氧化代谢减弱和早期肾脏结构损伤相关	样本量相对较小（T1D组30人，健康对照组20人），且研究对象为年轻成人，结果可能无法推广至其他年龄段的1型糖尿病患者或疾病晚期阶段	探究1型糖尿病中胰岛素敏感性受损是否通过改变肾脏氧化代谢而促进糖尿病肾病的发生	年轻1型糖尿病成人患者和健康对照者	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序，空间代谢组学，高胰岛素-正常血糖钳夹，MRI，11C-乙酸盐PET，肾脏活检	Slingshot算法（用于伪时间轨迹分析）	单细胞转录组数据，空间代谢组数据，影像数据，临床生化数据	1型糖尿病患者30人，健康对照20人	NA	单细胞RNA-seq，空间代谢组学	NA	NA
46	2026-03-20	FAT1 as a tumor mutation burden specific gene affects the immunotherapy effect in head and neck squamous cell cancer 2024-09, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2024.101095 PMID:38986165	研究论文	本研究探讨了FAT1基因突变作为头颈部鳞状细胞癌中肿瘤突变负荷的特异性标志物，及其对免疫治疗效果的影响	首次在头颈部鳞状细胞癌中揭示FAT1基因突变与高肿瘤突变负荷及免疫治疗耐药性的特异性关联，并利用单细胞RNA测序技术解析了高TMB样本中免疫微环境的特征细胞群	样本量较小（仅33例患者），且为单中心研究，需要更大规模的多中心队列进行验证	探究头颈部鳞状细胞癌中肿瘤突变负荷的特异性遗传突变及其对免疫治疗反应的影响机制	头颈部鳞状细胞癌患者	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	二代测序，单细胞RNA测序，转录组分析	NA	基因组测序数据，转录组数据，单细胞RNA测序数据	33例头颈部鳞状细胞癌患者	NA	单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq	NA	NA
47	2026-03-20	A distinct subset of urothelial cells with enhanced EMT features promotes chemotherapy resistance and cancer recurrence by increasing COL4A1-ITGB1 mediated angiogenesis 2024-09, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2024.101116 PMID:38968684	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序在尿路上皮癌中发现了一个具有上皮-间质转化特征的细胞亚群，该亚群通过介导COL4A1-ITGB1相互作用促进血管生成，从而导致化疗耐药和癌症复发	首次在尿路上皮癌中通过单细胞RNA测序鉴定出具有EMT特征的特定尿路上皮细胞亚群，并揭示了其通过COL4A1-ITGB1相互作用介导血管生成和化疗耐药的新机制	研究未明确说明单细胞测序样本的具体数量，且EMT-UC样细胞是通过过表达ZEB1和DES构建的，可能与体内天然存在的EMT-UC存在差异	探究尿路上皮癌化疗耐药和肿瘤复发的潜在机制	尿路上皮癌患者组织样本、构建的EMT-UC样细胞	单细胞组学	尿路上皮癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
48	2026-03-20	PreTSA: computationally efficient modeling of temporal and spatial gene expression patterns 2024-Mar-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.20.585926 PMID:38585819	研究论文	本文介绍了一种名为PreTSA的计算方法，用于高效建模大规模单细胞和空间转录组数据中的时空基因表达模式	PreTSA在保持与最先进方法结果一致的同时，显著减少了计算时间，为研究极大数据集中的基因表达模式提供了独特解决方案	NA	开发一种计算高效的方法来建模时空基因表达模式	大规模单细胞和空间转录组数据	数字病理学	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学	NA	基因表达数据	数百万个细胞	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学	NA	NA
49	2026-03-20	Single-cell RNA-seq revealed heterogeneous responses and functional differentiation of hemocytes against white spot syndrome virus infection in Litopenaeus vannamei 2024-03-19, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.01805-23 PMID:38323810	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了南美白对虾血细胞在感染白斑综合征病毒后的异质性反应和功能分化	首次应用单细胞RNA测序技术绘制对虾血细胞在病毒感染下的转录组图谱，并识别出16个转录不同的细胞簇，揭示了血细胞在抗病毒免疫反应中的功能分化	研究仅关注白斑综合征病毒感染，未涉及其他病原体或环境因素对血细胞反应的影响	探究对虾血细胞在病毒感染下的免疫反应机制和功能分化	南美白对虾的血细胞	单细胞转录组学	病毒感染	单细胞RNA测序	无监督伪时间分析	转录组数据	健康与感染白斑综合征病毒的对虾血细胞样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
50	2026-03-20	Drug resistance mechanisms in dopamine agonist-resistant prolactin pituitary neuroendocrine tumors and exploration for new drugs 2024-03, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2024.101056 PMID:38277755	研究论文	本研究探讨了多巴胺激动剂耐药性催乳素垂体神经内分泌肿瘤的耐药机制，并通过类器官模型筛选出潜在有效药物金雀异黄素	首次结合转录组测序和单细胞测序分析催乳素瘤的DA耐药机制，并成功建立DA耐药催乳素瘤类器官模型进行药物筛选	样本量相对较小（27例耐药和10例敏感肿瘤），类器官模型仅使用8个进行药物筛选	探究多巴胺激动剂耐药性催乳素瘤的耐药机制并寻找新的潜在治疗药物	多巴胺激动剂耐药性和敏感性的催乳素垂体神经内分泌肿瘤	数字病理学	垂体肿瘤	转录组测序，单细胞测序，类器官培养，药物筛选	类器官模型	RNA测序数据，单细胞测序数据，体外实验数据	27例DA耐药催乳素瘤，10例敏感催乳素瘤，3例耐药和3例敏感肿瘤进行单细胞测序，8个类器官用于药物筛选	NA	单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq	NA	NA
51	2026-03-20	MAFF confers vulnerability to cisplatin-based and ionizing radiation treatments by modulating ferroptosis and cell cycle progression in lung adenocarcinoma 2024-03, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2024.101057 PMID:38266355	研究论文	本研究通过CRISPR筛选和单细胞RNA测序，发现MAFF在肺腺癌中通过调控铁死亡和细胞周期进程，影响肿瘤生长和对顺铂及电离辐射治疗的敏感性	首次将MAFF识别为肺腺癌中调控铁死亡和细胞周期进程的关键因子，并揭示其通过cAMP/PKA/CREB1通路上调，增强肿瘤对顺铂和电离辐射治疗的脆弱性	研究主要基于细胞和异种移植模型，临床样本验证有限，且MAFF的药理学激动剂开发尚未在人体试验中验证	探索肺腺癌中肿瘤生长和治疗抵抗的机制，以改善顺铂和电离辐射治疗的效果	肺腺癌细胞系、小鼠模型和患者样本	癌症生物学	肺癌	CRISPR筛选、单细胞RNA测序、RNA测序、ChIP测序	细胞模型、异种移植模型	基因表达数据、转录组数据	未明确指定样本数量，涉及细胞和动物模型	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
52	2026-03-20	The role of histone H1.2 in pancreatic cancer metastasis and chemoresistance 2024-03, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2023.101027 PMID:38290407	研究论文	本研究探讨了组蛋白H1.2在胰腺癌转移和化疗耐药中的作用，并开发了一个基于基因表达的评分系统来预测患者生存	开发了一个新颖的转移和化疗耐药特征评分系统，并首次将组蛋白H1.2与c-MYC信号通路在胰腺癌中的调控联系起来	研究主要基于基因表达数据和实验模型，临床验证和机制细节有待进一步探索	探索胰腺癌化疗耐药与肿瘤转移之间的关联及其分子细胞机制	胰腺癌患者基因表达数据、单细胞RNA测序数据以及体外和体内实验模型	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序、基因表达分析、体外增殖、侵袭、迁移、药物敏感性实验、免疫组织化学	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据、实验数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
53	2026-03-20	Single-cell transcriptome analysis reveals the association between histone lactylation and cisplatin resistance in bladder cancer 2024-03, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2024.101059 PMID:38295753	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了膀胱癌中组蛋白乳酸化与顺铂耐药之间的关联	首次在单细胞层面揭示了H3K18乳酸化通过富集于靶基因启动子区域激活转录，从而驱动膀胱癌顺铂耐药的新机制，并鉴定出YBX1和YY1为关键转录因子	未在文中明确说明，可能包括样本量有限、机制验证主要在细胞层面进行、临床转化潜力需进一步验证等	探究膀胱癌顺铂耐药的分子机制，特别是组蛋白乳酸化在其中的作用	膀胱癌细胞	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
54	2026-03-20	Unique lymphocyte transcriptomic profiles in septic patients with chronic critical illness 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1478471 PMID:39691721	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了脓毒症患者中慢性危重症患者淋巴细胞独特的转录组特征	首次在单细胞水平上比较了脓毒症患者不同临床轨迹（快速恢复与慢性危重症）的淋巴细胞转录组差异，并关联了功能验证	样本量相对较小，且仅基于外周血样本，可能无法完全反映组织局部免疫状态	探究脓毒症后慢性危重症患者的免疫细胞转录组变化及其与临床结局的关系	健康受试者、急性脓毒症患者、快速恢复患者及慢性危重症患者	单细胞组学	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	scRNA-seq队列：12名健康人、4名急性脓毒症患者、4名快速恢复患者、5名慢性危重症患者；功能验证队列：19名健康人、68名急性脓毒症患者、27名快速恢复患者、20名慢性危重症患者	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
55	2026-03-19	Integrating Bulk RNA and Single-Cell RNA Sequencing Identifies and Validates Lactylation-Related Signatures for Intervertebral Disc Degeneration 2024-Dec, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70262 PMID:39636180	研究论文	本研究通过整合Bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，揭示了乳酸化修饰与椎间盘退变（IVDD）的正相关性，建立了乳酸化相关基因（LRGs）特征，并验证了CBX3作为关键靶点及其抑制剂醋酸阿托西班的治疗潜力	首次系统性地整合Bulk和单细胞RNA-seq数据解析IVDD中的乳酸化修饰机制，鉴定出6个核心LRGs并发现CBX3的关键作用，首次提出醋酸阿托西班作为CBX3特异性抑制剂可通过调控乳酸化缓解IVDD进展	研究主要基于生物信息学分析和体外/体内实验验证，缺乏大规模临床队列验证；醋酸阿托西班的具体作用机制和长期疗效仍需进一步研究	探究乳酸化修饰在椎间盘退变（IVDD）中的作用机制，并寻找潜在的治疗靶点和生物标志物	椎间盘退变（IVDD）相关的基因表达数据和细胞/动物模型	生物信息学	椎间盘退变	Bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 分子对接, 体外实验, 体内实验	NA	基因表达数据	多个Bulk RNA-seq数据集（未明确样本数量），包含体内和体外实验样本	NA	单细胞RNA-seq, Bulk RNA-seq	NA	NA
56	2026-03-19	Robust identification of perturbed cell types in single-cell RNA-seq data 2024-09-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51649-3 PMID:39218971	研究论文	本文提出了一种名为scDist的计算工具，用于在单细胞RNA-seq数据中稳健地识别受扰动的细胞类型	基于混合效应模型，提供统计严谨且计算高效的方法，以克服个体和队列变异导致的假阳性问题	未在摘要中明确提及	检测单细胞转录组数据中因疾病或条件变化而改变的细胞类型	单细胞RNA-seq数据中的细胞类型，特别是免疫细胞如树突状细胞、浆细胞样树突状细胞和FCER1G+NK细胞	单细胞转录组学	COVID-19	单细胞RNA-seq	混合效应模型	单细胞转录组数据	未在摘要中明确提及	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
57	2026-03-19	The heart is a resident tissue for hematopoietic stem and progenitor cells in zebrafish 2024-08-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51920-7 PMID:39217144	研究论文	本研究通过单细胞测序和高分辨率成像技术，揭示了斑马鱼心内膜是造血干细胞和祖细胞的常驻组织，并证明了心内膜对造血的贡献	首次在斑马鱼中证实心内膜能够产生并维持稳定的造血细胞群，特别是造血干细胞/祖细胞和巨核细胞-红系前体细胞，并揭示了其作为造血储备库的功能	研究主要基于斑马鱼模型，在哺乳动物中的适用性仍需进一步验证；对维持机制的探索尚未完全阐明所有依赖因素	探究心内膜细胞对造血谱系的贡献及其维持机制	斑马鱼心内膜细胞及相关的造血干细胞和祖细胞	发育生物学与造血研究	NA	单细胞测序，高分辨率显微镜，光转换示踪实验，光片显微镜活体成像	NA	单细胞转录组数据，显微成像数据	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA
58	2026-03-19	scCAD: Cluster decomposition-based anomaly detection for rare cell identification in single-cell expression data 2024-08-31, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51891-9 PMID:39215003	研究论文	本文提出了一种基于聚类分解的异常检测方法scCAD，用于在单细胞表达数据中识别稀有细胞类型	scCAD通过迭代分解聚类，基于每个聚类中最具差异的信号来有效分离稀有细胞类型，克服了现有方法在聚类阶段可能遗漏稀有细胞的问题	NA	开发一种新方法以在单细胞RNA测序数据中准确识别稀有细胞类型	单细胞表达数据中的稀有细胞类型	数字病理学	透明细胞肾细胞癌	单细胞RNA测序	基于聚类分解的异常检测方法	单细胞表达数据	25个真实世界scRNA-seq数据集	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
59	2026-03-19	STIE: Single-cell level deconvolution, convolution, and clustering in in situ capturing-based spatial transcriptomics 2024-08-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51728-5 PMID:39214995	研究论文	本文提出了一种名为STIE的期望最大化算法，用于在基于原位捕获的空间转录组学中实现单细胞水平的去卷积、卷积和聚类	STIE算法通过将空间转录组与匹配的组织学图像核形态对齐，从约70%的间隙区域恢复缺失细胞，实现了真实单细胞水平和全玻片尺度的分析	NA	解决原位捕获空间转录组学中固定大小和位置的斑点无法精确捕获随机分布单细胞的问题，实现单细胞水平转录组分析	空间转录组数据及其匹配的组织学图像	空间转录组学	NA	原位捕获空间转录组学	期望最大化算法	空间转录组数据、组织学图像	NA	NA	空间转录组学	NA	NA
60	2026-03-19	Single-cell tumor heterogeneity landscape of hepatocellular carcinoma: unraveling the pro-metastatic subtype and its interaction loop with fibroblasts 2024-Aug-02, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02062-3 PMID:39095854	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了肝细胞癌的肿瘤异质性景观，识别了三种肿瘤细胞亚型，并发现S100A6+促转移亚型与成纤维细胞之间的相互作用环路	首次通过整合52个单细胞RNA测序和5个空间转录组学数据，建立了肝细胞癌恶性细胞的异质性景观，识别了三种肿瘤细胞亚型，并揭示了S100A6+促转移亚型与成纤维细胞之间的正反馈环路	未明确提及样本的具体来源或数量限制，且研究主要基于现有数据分析，缺乏实验验证的详细描述	理解肝细胞癌的肿瘤异质性及其在肿瘤进展和转移中的作用	肝细胞癌的肿瘤细胞和成纤维细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，空间转录组学	整合分析方法，轨迹分析，富集分析	单细胞RNA测序数据，空间转录组学数据	52个单细胞RNA测序数据和5个空间转录组学数据	NA	单细胞RNA-seq，空间转录组学	NA	NA