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当前共找到 7460 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2025-11-24 |
Spatial Omics Driven Crossmodal Pretraining Applied to Graph-based Deep Learning for Cancer Pathology Analysis
2024, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing
PMID:38160300
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研究论文 | 本研究探索利用空间转录组学数据通过对比跨模态预训练机制生成深度学习模型，以提取分子和组织学信息用于基于图的学习任务 | 首次将空间转录组学数据与组织学成像配对，通过对比跨模态预训练机制增强基于图的深度学习模型在癌症病理分析中的性能 | NA | 开发能够更好理解癌变形态学和分子基础的算法，提升基于图的深度学习在癌症病理分析中的性能 | 癌症组织病理学全切片图像和空间转录组学数据 | 数字病理学 | 癌症 | 对比跨模态预训练，基于图的深度学习 | 图神经网络 | 图像，空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 50微米分辨率定位的组织学成像与空间转录组学数据配对 |
| 42 | 2025-11-24 |
Potential to Enhance Large Scale Molecular Assessments of Skin Photoaging through Virtual Inference of Spatial Transcriptomics from Routine Staining
2024, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing
PMID:38160301
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研究论文 | 本研究探索从常规H&E染色组织切片推断空间转录组信息的潜力，以增强皮肤光老化的大规模分子评估 | 开发了从常规H&E染色切片推断空间转录组信息的机器学习方法，避免了昂贵空间转录组技术的限制 | 研究样本量有限（仅4名患者），且存在患者间变异性 | 增强皮肤光老化的大规模分子评估能力，为皮肤癌研究提供新方法 | 皮肤组织标本，特别是基底细胞癌和鳞状细胞癌手术切除部位邻近的皮肤组织 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 空间转录组学，全玻片成像，机器学习 | 机器学习模型 | 图像，转录组数据 | 来自261个皮肤标本队列中的4名患者 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium CytAssist | Visium CytAssist空间转录组分析，50微米分辨率，分析超过18,000个基因 |
| 43 | 2025-11-24 |
Enhancing Spatial Transcriptomics Analysis by Integrating Image-Aware Deep Learning Methods
2024, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing
PMID:38160299
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研究论文 | 提出一种整合空间转录组学和组织病理学图像的深度学习方法，以更好地识别癌症组织中的生物学模式 | 首次将空间转录组学数据与组织病理学图像通过深度学习模型相结合，利用ResNet提取形态学特征，实现图像感知的特征发现 | 方法主要针对胶质母细胞瘤和三阴性乳腺癌等特定癌症类型，在其他疾病中的适用性有待验证 | 开发能够整合空间转录组学和图像数据的分析方法，以更好地理解癌症组织的空间异质性 | 胶质母细胞瘤和三阴性乳腺癌患者组织样本 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学，深度学习 | ResNet-50, Louvain聚类 | 空间基因表达数据，高分辨率全切片组织学图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 44 | 2025-11-23 |
Single-cell spatial transcriptomics of fixed, paraffin-embedded biopsies reveals colitis-associated cell networks
2024-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.11.623014
PMID:39605355
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研究论文 | 开发基于FFPE活检样本的单细胞空间转录组学框架，揭示结肠炎相关细胞网络 | 首次在存档FFPE活检样本中建立优化的单细胞空间转录组学分析框架，能够识别结肠炎相关的成纤维细胞-单核细胞空间邻域 | 样本量相对有限（n=57），且仅分析了最长5年存档的FFPE样本 | 开发适用于存档FFPE活检样本的单细胞空间转录组学分析方法 | 炎症性肠病患者和非IBD对照者的FFPE黏膜活检样本 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 57例FFPE黏膜活检样本（9例非IBD对照，11例溃疡性结肠炎患者） | 10x Genomics | 单细胞空间转录组学 | Xenium | 定制290个基因panel的Xenium平台 |
| 45 | 2025-11-20 |
OneSC: A computational platform for recapitulating cell state transitions
2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.31.596831
PMID:38895453
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研究论文 | 介绍OneSC计算平台，用于通过随机微分方程系统模拟细胞状态转换 | 不同于现有网络推断方法，OneSC优先生成能够产生忠实细胞状态转换和稳定细胞状态的布尔网络 | NA | 开发计算平台以模拟细胞状态转换和细胞命运决策 | 小鼠骨髓祖细胞及其分化轨迹 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机微分方程系统，布尔网络 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 46 | 2025-11-19 |
ELLA: Modeling Subcellular Spatial Variation of Gene Expression within Cells in High-Resolution Spatial Transcriptomics
2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.23.614515
PMID:39386706
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研究论文 | 提出一种名为ELLA的计算方法，用于建模高分辨率空间转录组学中亚细胞水平的基因表达空间变异 | 创建统一细胞坐标系锚定不同细胞形态，利用非均匀泊松过程建模空间计数数据，采用表达梯度函数表征亚细胞表达模式 | NA | 开发计算工具分析高分辨率空间转录组数据中的亚细胞基因表达定位 | mRNA的亚细胞定位模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 非均匀泊松过程 | 空间基因表达数据 | 四个不同技术的空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 47 | 2025-11-19 |
Mapping single-cell developmental potential in health and disease with interpretable deep learning
2024-Mar-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.19.585637
PMID:38562882
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研究论文 | 开发了可解释的深度学习框架CytoTRACE 2，用于从单细胞RNA测序数据中表征细胞发育潜能和分化状态 | 首次在绝对尺度上量化细胞潜能，在31个数据集上优于现有方法，能够重建胚胎发育时间层次并发现与癌症预后相关的细胞表型 | 仅基于scRNA-seq数据，未整合其他组学数据验证 | 表征单细胞发育潜能和分化状态 | 人类和小鼠单细胞 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 单细胞RNA测序数据 | 31个人类和小鼠scRNA-seq数据集，涵盖28种组织类型，62个时间点 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 48 | 2025-11-18 |
Spatial transcriptomics reveals influence of microenvironment on intrinsic fates in melanoma therapy resistance
2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.30.601416
PMID:39005406
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序揭示了黑色素瘤治疗耐药性中细胞内在状态与肿瘤微环境的共同影响 | 首次在单细胞分辨率上证明耐药命运同时受细胞内在状态和肿瘤微环境共同塑造，并发现不同耐药程序在个体肿瘤中共存 | 研究主要基于异种移植模型，人类患者样本验证仍需进一步扩展 | 探索黑色素瘤治疗耐药性中细胞内在因素与微环境因素的相互作用机制 | 黑色素瘤细胞系、患者肿瘤样本和异种移植模型 | 空间转录组学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | 共识非负矩阵分解 | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 多个细胞系和患者样本（具体数量未明确说明） | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 49 | 2025-11-17 |
Lung Tissue Multilayer Network Analysis Uncovers the Molecular Heterogeneity of Chronic Obstructive Pulmonary Disease
2024-Nov-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202303-0500OC
PMID:38626356
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研究论文 | 通过多层网络分析整合肺组织多组学数据，揭示慢性阻塞性肺疾病的分子异质性 | 首次采用多层网络方法整合mRNA、microRNA和甲基化组数据，识别出具有不同分子特征但临床表现相似的COPD患者亚群 | 研究样本仅包含135名前吸烟COPD患者，需要更大规模验证 | 揭示COPD的分子异质性及其与临床特征的关系 | 135名前吸烟COPD患者的肺组织样本 | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病 | mRNA测序,microRNA测序,甲基化测序,空间转录组学 | 机器学习模型,多层网络分析 | 分子组学数据,临床数据 | 135名前吸烟COPD患者 | NA | 空间转录组学,单组学分析 | NA | NA |
| 50 | 2025-11-15 |
Inflammatory Monocytes Increase Prior to Detectable HIV-1 Rebound Viremia
2024-Dec-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.24.630257
PMID:39763863
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研究论文 | 本研究通过分析HIV-1治疗中断后病毒反弹前后的血浆蛋白质组和单细胞转录组，发现可检测病毒血症前炎症单核细胞增加 | 首次在可检测HIV-1病毒反弹前观察到CD16单核细胞增加和独特转录特征 | 研究样本量有限，仅关注外周血单个核细胞 | 识别治疗停止后病毒反弹的早期信号，为延长HIV-1缓解期提供策略 | HIV-1感染者的外周血单个核细胞和血浆样本 | 单细胞组学 | HIV-1感染 | 单细胞转录组测序, 血浆蛋白质组学 | NA | 单细胞RNA测序数据, 蛋白质组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 51 | 2025-11-15 |
Genetically Engineered Mouse Models for Alzheimer Disease and Frontotemporal Dementia: New Insights from Single-Cell and Spatial Transcriptomics
2024-Dec-19, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2024.11.006
PMID:39743215
|
综述 | 本文综述了阿尔茨海默病和额颞叶痴呆的基因工程小鼠模型，重点总结了单细胞转录组学、多组学和空间转录组学研究的新发现 | 整合单细胞转录组学、多组学和空间转录组学技术为神经退行性疾病小鼠模型提供新见解 | 承认没有任何小鼠模型是完美的，存在模型局限性 | 研究神经退行性疾病的病因学和潜在治疗方法 | 基因工程小鼠模型，特别是阿尔茨海默病和额颞叶痴呆模型 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学, 多组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多组学 | NA | NA |
| 52 | 2025-11-14 |
Unraveling the Heterogeneity of Tumor Immune Microenvironment in Hepatocellular Carcinoma by SingleCell RNA Sequencing and its Implications for Prognosis and Therapeutic Response
2024-11-28, The Turkish journal of gastroenterology : the official journal of Turkish Society of Gastroenterology
DOI:10.5152/tjg.2024.24118
PMID:39641225
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综述 | 通过单细胞RNA测序技术解析肝细胞癌肿瘤免疫微环境的异质性及其对预后和治疗反应的影响 | 首次从细胞、转录和标志物三个维度系统阐述肝细胞癌肿瘤免疫微环境异质性，并探讨其在免疫治疗时代的意义 | 对肿瘤免疫微环境异质性在肝细胞癌发展中的作用理解仍有限 | 探索肝细胞癌肿瘤免疫微环境异质性及其临床意义 | 肝细胞癌肿瘤免疫微环境 | 单细胞测序分析 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 53 | 2025-11-14 |
Microglia and monocyte-derived macrophages drive progression of pediatric high-grade gliomas and are transcriptionally shaped by histone mutations
2024-11-12, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.09.007
PMID:39395421
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研究论文 | 本研究揭示了髓系细胞在儿童高级别胶质瘤进展中的关键作用及其受组蛋白突变调控的机制 | 首次在免疫健全的原位小鼠模型中证实髓系细胞是pHGGs中主要的非肿瘤浸润细胞，并发现组蛋白突变和肿瘤位置共同塑造髓系细胞异质性 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需扩展 | 探究髓系细胞在儿童高级别胶质瘤进展中的作用及潜在治疗靶点 | 儿童高级别胶质瘤（pHGGs）包括半球pHGGs和弥漫中线胶质瘤（DMGs） | 单细胞生物学 | 儿童高级别胶质瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据、流式细胞数据、组织切片图像 | 小鼠模型和人类pHGG样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 54 | 2025-11-14 |
CoCo-ST: Comparing and Contrasting Spatial Transcriptomics data sets using graph contrastive learning
2024-May-20, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4359834/v1
PMID:38826463
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研究论文 | 提出一种名为CoCo-ST的图对比学习特征表示方法，用于比较和对比空间转录组数据集 | 通过引入代表正常组织的背景数据集，增强目标数据集中有趣模式的识别，同时减少共享主导模式的影响 | 方法主要针对空间转录组数据，在其他数据类型上的适用性尚未验证 | 开发能够更好识别空间转录组数据中生物学相关特征的方法 | 小鼠癌前肺组织样本 | 空间转录组学 | 肺癌 | 图对比学习 | 图对比学习模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 55 | 2025-11-13 |
Single-cell analysis of human airway epithelium identifies cell type-specific responses to Aspergillus and Coccidioides
2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.612147
PMID:39314271
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类气道上皮细胞对两种真菌病原体的细胞类型特异性反应 | 首次报道使用单细胞转录组分析研究人类气道上皮细胞对曲霉菌和球孢子菌感染的反应 | 动物模型不能完全模拟人类疾病，需要使用先进的人类细胞模型 | 研究人类气道上皮细胞对不同真菌病原体的早期发病机制 | 原代人类气道上皮细胞 | 单细胞生物学 | 呼吸道真菌感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 56 | 2025-11-12 |
BDNF augmentation reverses cranial radiation therapy-induced cognitive decline and neurodegenerative consequences
2024-12-18, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-024-01906-9
PMID:39696694
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研究论文 | 本研究探讨了利鲁唑通过增加BDNF水平逆转颅脑放疗诱导的认知衰退和神经退行性后果 | 首次证明FDA批准的ALS药物利鲁唑可通过增加BDNF水平逆转放疗诱导的认知功能障碍，并利用空间转录组学揭示其神经保护机制 | 研究仅使用小鼠模型，尚未在人体验证；未评估神经发生的影响 | 评估利鲁唑对放疗诱导认知功能障碍的治疗效果 | 成年小鼠模型（颅脑照射9 Gy） | 神经科学 | 神经系统疾病 | 空间转录组学，双重免疫荧光染色，生化评估 | 动物模型 | 基因表达数据，免疫荧光图像，行为学数据 | 未明确说明具体样本数量的小鼠实验 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 57 | 2025-11-11 |
CORTADO: Hill Climbing Optimization for Cell-Type Specific Marker Gene Discovery
2024-Dec-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.23.630040
PMID:39763976
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研究论文 | 本文介绍了一种基于爬山优化算法的计算框架CORTADO，用于高效发现细胞类型特异性标记基因 | CORTADO通过优化差异表达、基因表达谱独特性和稀疏性三个关键特性，克服了传统方法仅依赖p值排序的局限性 | NA | 开发高效发现细胞类型特异性标记基因的计算方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞亚群和标记基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 爬山优化算法 | 基因表达数据 | 多个数据集（包括DLPFC 151507、Zeisel小鼠脑数据集和外周血单核细胞数据集） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 58 | 2025-11-11 |
Wnt 3a-Modified Scaffolds Improve Nerve Regeneration by Boosting Schwann Cell Function
2024-Nov-20, ACS applied materials & interfaces
IF:8.3Q1
DOI:10.1021/acsami.4c15013
PMID:39520323
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析发现Wnt信号通路激活可促进修复性雪旺细胞转化，并开发了Wnt3a修饰的聚合物支架以改善周围神经再生 | 首次将Wnt3a蛋白整合到电纺纤维支架表面，并通过单细胞测序揭示了Wnt通路在促进雪旺细胞修复功能中的作用机制 | 研究仅在大鼠坐骨神经缺损模型中进行验证，尚未在更大型动物或临床环境中测试 | 探索Wnt信号通路在周围神经再生中的作用，并开发新型神经支架材料 | 雪旺细胞和大鼠坐骨神经缺损模型 | 组织工程 | 周围神经损伤 | 单细胞测序，电纺丝技术，氨化处理 | NA | 单细胞测序数据，组织学数据，神经电生理数据 | 大鼠坐骨神经缺损模型（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 59 | 2025-11-09 |
Single-cell stimulus-response gene expression trajectories reveal the stimulus specificities of dynamic responses by single macrophages
2024-Nov-07, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2024.09.023
PMID:39413794
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据构建单细胞基因表达轨迹，揭示了巨噬细胞对刺激的动态响应特异性 | 首次生成高分辨率时间序列单细胞RNA测序数据，并构建实时单细胞基因表达轨迹集合，揭示动态信息对巨噬细胞刺激响应特异性的重要贡献 | 技术限制可能影响单细胞可诱导基因表达动态的捕获能力 | 研究巨噬细胞对免疫威胁的基因表达动态响应机制 | 小鼠巨噬细胞 | 单细胞组学 | 免疫相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 基因表达轨迹分析 | 单细胞基因表达数据 | 针对六种刺激的巨噬细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 60 | 2025-11-08 |
Preclinical lentiviral hematopoietic stem cell gene therapy corrects Pompe disease-related muscle and neurological manifestations
2024-Nov-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2024.09.024
PMID:39295144
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研究论文 | 本研究通过慢病毒载体介导的造血干细胞基因疗法在临床前小鼠模型中逆转庞贝病的病理效应 | 首次系统性评估慢病毒造血干细胞基因疗法对庞贝病相关肌肉和神经系统表现的矫正效果，并包含整合位点分析和单细胞RNA测序的全面安全性评估 | 研究仅限于临床前小鼠模型，尚未进行人体临床试验 | 开发治疗庞贝病的下一代基因疗法 | 庞贝病小鼠模型 | 基因治疗 | 庞贝病 | 慢病毒载体基因治疗，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据，整合位点分析数据 | 临床前小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |