单细胞与空转测序相关文章

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41	2026-01-25	Elevated Shear Stress Modulates Heterogenous Cellular Subpopulations to Induce Vascular Remodeling 2024-12, Tissue engineering. Part A DOI:10.1089/ten.TEA.2023.0362 PMID:38753711	研究论文	本研究利用动物模型、单细胞RNA测序和组织病理学，探究了高剪切应力如何通过调节异质性细胞亚群诱导血管重塑	首次以单细胞分辨率全面研究高剪切应力诱导血管重塑的分子机制，并精确操控血流以表征所有重要的细胞亚群	研究基于大鼠动物模型，结果向人类临床转化的普适性有待验证	探究高剪切应力诱导血管重塑的分子机制，以寻找预防动静脉瘘失败的新疗法	大鼠隐静脉中的动静脉环模型	单细胞组学	心血管疾病	单细胞RNA测序，组织病理学	NA	单细胞转录组数据，组织病理学图像	大鼠隐静脉样本（高剪切应力组与无高剪切应力对照组）	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
42	2026-01-24	Bulk and single-cell RNA-seq analyses reveal canonical RNA editing associated with microglia homeostasis and its role in sepsis-associated encephalopathy 2024-11-12, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2024.09.027 PMID:39293730	研究论文	本研究通过分析小鼠大脑的bulk和单细胞RNA-seq数据，揭示了与稳态小胶质细胞相关的典型RNA编辑及其在脓毒症相关脑病中的潜在作用	首次将稳态小胶质细胞与RNA编辑联系起来，并探索了其在脓毒症相关脑病中的作用，揭示了不同小胶质细胞亚群间RNA编辑的异质性及其对脂多糖的不同反应	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性有待验证；样本量相对有限（107个样本）	探索稳态小胶质细胞相关的典型RNA编辑及其在脓毒症相关脑病中的潜在作用	小鼠大脑组织和小胶质细胞	生物信息学	脓毒症相关脑病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	107个小鼠大脑组织和小胶质细胞样本	NA	单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq	NA	NA
43	2026-01-24	Restoring social deficits in IRSp53-deleted mice: chemogenetic inhibition of ventral dentate gyrus Emx1-expressing cells 2024-10-07, Translational psychiatry IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41398-024-03104-6 PMID:39375329	研究论文	本研究通过化学遗传学抑制小鼠腹侧齿状回Emx1表达细胞，恢复了IRSp53缺失导致的社会行为缺陷	首次确定腹侧齿状回是IRSp53缺失引起社会行为缺陷的关键脑区，并通过化学遗传学方法实现行为恢复	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床验证；机制研究仍待深入	探究IRSp53缺失导致社会行为缺陷的神经机制并寻找潜在治疗靶点	Emx1-Cre;IRSp53 flox/flox基因工程小鼠	神经科学	精神疾病	化学遗传学、bulk RNA测序、单细胞RNA测序	基因工程小鼠模型	行为学数据、基因表达数据	未明确说明，但涉及实验组和对照组小鼠	NA	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq	NA	NA
44	2026-01-24	Single-cell multiomics analysis reveals cell/tissue-specific associations in bipolar disorder 2024-08-06, Translational psychiatry IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41398-024-03044-1 PMID:39107272	研究论文	本研究通过整合单细胞多组学数据，探讨了双相情感障碍的细胞起源和组织异质性	识别了一个名为ADCY1的新型脑细胞簇，并从高分辨率遗传学角度揭示了胶质细胞作为双相情感障碍的主要细胞病理学关联	研究样本量有限，特别是单细胞RNA测序数据仅来自胚胎和胎儿脑组织，可能无法完全代表成年患者的情况	探究双相情感障碍的细胞起源、组织异质性及其潜在致病机制	双相情感障碍患者及对照组的脑组织样本	生物信息学	双相情感障碍	单细胞RNA测序, ATAC-seq, 全基因组关联研究, 转录组范围关联研究	scDRS算法	单细胞RNA测序数据, ATAC-seq数据, 批量RNA测序数据, GWAS汇总数据	单细胞RNA测序数据（n=8个样本，1,266个细胞），ATAC-seq数据（n=210），批量RNA测序数据（n=314），GWAS汇总数据（n=413,466）	NA	单细胞RNA-seq, ATAC-seq, 批量RNA-seq, GWAS	NA	NA
45	2026-01-24	Single-cell insights into mouse testicular toxicity under peripubertal exposure to di(2-ethylhexyl) phthalate 2024-08-01, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1093/toxsci/kfae064 PMID:38730545	研究论文	本研究首次通过单细胞转录组学揭示了青春期小鼠睾丸在邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯暴露下的毒性机制	首次提供了青春期小鼠睾丸在DEHP暴露下的单细胞转录组图谱，明确了支持细胞和间质细胞是DEHP的关键靶点	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本；实验周期限于青春期暴露，长期效应未评估	探究DEHP在青春期暴露下对睾丸毒性的具体细胞靶点和分化过程影响	青春期雄性小鼠睾丸组织	单细胞转录组学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	16只3周龄雄性小鼠（对照组和DEHP暴露组各8只）	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
46	2026-01-24	Single-cell transcriptomics unveiled that early life BDE-99 exposure reprogrammed the gut-liver axis to promote a proinflammatory metabolic signature in male mice at late adulthood 2024-06-26, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1093/toxsci/kfae047 PMID:38648751	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了生命早期暴露于阻燃剂BDE-99会重编程肠道-肝脏轴，导致雄性小鼠在成年后期出现促炎症代谢特征	首次结合单细胞转录组测序（scRNA-seq）和无菌（GF）小鼠模型，阐明了生命早期BDE-99暴露如何通过改变肠道微生物组，持久地重编程肝脏细胞类型特异性基因表达和细胞间通讯，从而促进成年后期的促炎症状态	研究仅针对雄性C57BL/6小鼠，未探讨性别差异；暴露时间窗口（出生后2-4天）和剂量（57 mg/kg）可能无法完全模拟人类真实暴露场景；机制关联性部分基于预测和相关性分析	探究生命早期暴露于环境污染物BDE-99对肠道-肝脏轴的长期影响，特别是其对肝脏免疫代谢稳态和肠道微生物组的重编程作用	雄性C57BL/6小鼠（包括常规饲养和无菌小鼠），重点关注其肝脏细胞（如肝细胞、中性粒细胞）和肠道组织	单细胞组学	代谢与炎症相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），微生物移植	NA	单细胞转录组数据，基因表达数据	雄性C57BL/6小鼠（具体数量未明确说明），包括BDE-99暴露组和玉米油对照组，并在15月龄进行分析	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
47	2026-01-24	Single-cell transcriptome analysis reveals keratinocyte subpopulations contributing to psoriasis in corneum and granular layer 2024-Feb, Skin research and technology : official journal of International Society for Bioengineering and the Skin (ISBS) [and] International Society for Digital Imaging of Skin (ISDIS) [and] International Society for Skin Imaging (ISSI) IF:2.0Q3 DOI:10.1111/srt.13572 PMID:38279596	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了与银屑病相关的角质形成细胞亚群及其分子机制	首次在单细胞水平上系统鉴定了银屑病皮肤角质层和颗粒层中特定的角质形成细胞功能亚群，并阐明了它们参与的关键信号通路	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平验证；样本量相对有限；未进行体内功能实验验证	探究银屑病发病机制中角质形成细胞的具体功能亚群及其分子特征	正常和银屑病皮肤组织	数字病理学	银屑病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
48	2026-01-23	Inflammation and mechanical force-induced bone remodeling 2024-Dec-30, Periodontology 2000 IF:17.5Q1 DOI:10.1111/prd.12619 PMID:39740162	综述	本文综述了炎症和机械力诱导的骨重塑过程，重点关注牙周炎和正畸牙齿移动中的细胞作用	利用单细胞RNA测序技术的新进展，深入探讨了不同细胞类型在炎症和机械力驱动的骨重塑中的作用和相互作用，并分析了这两种条件（慢性炎症与急性瞬时炎症）的联合效应	NA	探讨炎症和机械力在骨重塑中的作用机制，特别是在牙周炎和正畸牙齿移动中的细胞和分子基础	宿主免疫细胞（角质形成细胞、白细胞、基质细胞、骨细胞、成骨细胞、破骨细胞）及其在骨重塑中的功能	NA	牙周炎	单细胞RNA测序	NA	NA	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
49	2026-01-23	Neuron-glia crosstalk and inflammatory mediators in migraine pathophysiology 2024-11-12, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2024.10.006 PMID:39389252	综述	本文综述了偏头痛病理生理学中神经胶质细胞相互作用和炎症介质的作用机制	整合了细胞和分子层面的神经炎症机制，并强调了如PBR28靶向成像和单细胞测序等新技术在理解偏头痛神经炎症中的突破性应用	作为一篇综述文章，未进行原始研究，主要基于现有文献总结，可能未涵盖所有最新进展	概述偏头痛中神经炎症的机制，并探讨其治疗靶点	偏头痛的神经炎症过程，涉及中枢和外周神经系统的胶质细胞及炎症介质	神经科学	偏头痛	单细胞测序，靶向成像	NA	文献数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
50	2026-01-23	Bacterial phenotypic heterogeneity through the lens of single-cell RNA sequencing 2024 Feb-Apr, Transcription DOI:10.1080/21541264.2024.2334110 PMID:38532542	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在研究细菌表型异质性方面的应用与前景	将单细胞转录组学技术应用于微生物群体，为研究细胞分化和细菌生态学提供了新的视角	作为一篇综述文章，未涉及具体实验数据或方法验证	探讨细菌转录异质性及其在微生物系统中的作用	细菌群体及其转录异质性	自然语言处理	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
51	2026-01-22	Matrine induces V-ATPase-dependent cytoplasmic vacuolation and inhibits the function of the lysosome in leukemia cells 2024-Dec, Pharmaceutical science advances DOI:10.1016/j.pscia.2023.100013 PMID:41550167	研究论文	本文研究了苦参碱通过诱导V-ATPase依赖性细胞质空泡化并抑制溶酶体功能来抑制白血病细胞增殖的新分子机制	揭示了苦参碱通过质子化激活V-ATPase导致溶酶体功能抑制和空泡形成的新机制	NA	探究苦参碱抑制白血病细胞增殖的分子机制	白血病细胞	NA	白血病	单细胞RNA测序, 透射电子显微镜, 荧光显微镜, 蛋白质印迹, 流式细胞术	NA	RNA-seq数据, 图像数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
52	2026-01-22	Schizophrenia endothelial cells exhibit higher permeability and altered angiogenesis patterns in patient-derived organoids 2024-01-23, Translational psychiatry IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41398-024-02740-2 PMID:38263175	研究论文	本研究利用精神分裂症患者来源的iPSCs生成3D脑类器官，通过单细胞RNA测序发现其内皮细胞比例增加，并揭示了基因表达、血管结构和通透性的异常变化	首次在患者来源的脑类器官模型中系统揭示了精神分裂症内皮细胞的高通透性和血管生成模式改变，为疾病病因提供了新视角	研究基于体外类器官模型，可能无法完全模拟体内复杂环境；样本量相对有限（23名供体）	探究精神分裂症中内皮/血管功能障碍对疾病发展的贡献	精神分裂症患者和健康对照者来源的诱导多能干细胞生成的3D脑类器官	数字病理学	精神分裂症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、显微图像数据	23名供体（患者与健康对照）	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
53	2026-01-21	Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus 2024-Dec-11, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5398491/v1 PMID:39711562	研究论文	本文介绍了一种名为DBiTplus的整合多模态空间组学方法，结合了基于测序的空间转录组学和基于成像的空间蛋白质分析，用于在同一组织切片上进行单细胞分辨率细胞分型和基因组尺度生物通路研究	开发了DBiTplus方法，首次在同一组织切片上整合了测序和成像两种空间组学技术，实现了单细胞分辨率的转录组和蛋白质组空间图谱构建	在应用示例中，小鼠胚胎研究使用了有限的蛋白质标记物，可能限制了蛋白质分析的全面性	开发一种整合多模态空间组学方法，以在同一组织切片上同时分析转录组和蛋白质组空间信息	小鼠胚胎、正常人类淋巴结、人类淋巴瘤FFPE组织	空间组学	淋巴瘤	空间转录组学、空间蛋白质分析、微流体技术	NA	空间转录组数据、蛋白质成像数据	多个组织样本，包括小鼠胚胎、人类淋巴结和淋巴瘤FFPE组织	NA	空间转录组学、空间蛋白质分析	DBiTplus、CODEX	DBiTplus整合了测序和成像技术，CODEX用于高多重蛋白质成像
54	2026-01-21	Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus 2024-Nov-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.07.622523 PMID:39605581	研究论文	本文介绍了DBiTplus，一种整合成像和测序的空间组学方法，用于在同一组织切片上同时进行空间转录组学和蛋白质谱分析	DBiTplus通过微流体DNA寡核苷酸递送和RNaseH处理，首次实现了测序基空间转录组学与成像基高复用蛋白质谱在同一组织切片上的整合，支持单细胞分辨率细胞分型和基因组尺度生物通路探索	在应用示例中，小鼠胚胎研究使用了有限的蛋白质标记物，可能影响蛋白质谱的全面性	开发一种多模态空间组学方法，以整合空间转录组学和蛋白质谱，促进对异质性细胞过程的理解	小鼠胚胎、正常人淋巴结和人类淋巴瘤FFPE组织	空间组学	淋巴瘤	空间转录组学、空间蛋白质谱、微流体技术、RNaseH处理	NA	空间转录组数据、蛋白质成像数据	包括小鼠胚胎、正常人淋巴结和人类淋巴瘤FFPE组织，具体样本数量未明确说明	NA	单细胞空间转录组学、空间蛋白质谱	DBiTplus、CODEX	DBiTplus结合了测序基空间转录组学和CODEX高复用蛋白质成像技术，使用微流体DNA寡核苷酸进行空间条形码编码
55	2026-01-21	Single cell RNA-sequencing identifies the effect of Normothermic ex vivo liver perfusion on liver-resident T cells 2024-10, Transplant immunology IF:1.6Q3 DOI:10.1016/j.trim.2024.102104 PMID:39128812	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了常温体外肝脏灌注对肝脏驻留记忆T细胞的影响，并评估了抗炎细胞因子在减少T细胞激活中的作用	首次在大鼠肝脏中创建了肝脏驻留记忆T细胞的图谱，并在单细胞基因表达水平上展示了常温体外肝脏灌注对T细胞的影响	研究仅基于大鼠模型，未涉及人类样本，且样本规模有限，可能影响结果的普适性	研究常温体外肝脏灌注对肝脏驻留记忆T细胞表型的影响，并评估抗炎细胞因子在灌注过程中的保护作用	大鼠肝脏及其中的组织驻留记忆T细胞	单细胞测序	肝脏移植相关疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	大鼠肝脏样本，具体数量未明确说明	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
56	2026-01-21	STAN, a computational framework for inferring spatially informed transcription factor activity 2024-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.26.600782 PMID:38979296	研究论文	本文介绍了一种名为STAN的计算框架，用于从空间转录组学数据中推断空间信息化的转录因子活性	STAN是一种线性混合效应计算方法，首次整合了转录因子-靶基因先验知识、mRNA表达、空间坐标和形态学特征，以预测斑点特异性的空间转录因子活性	NA	系统性地估计调控细胞身份的转录因子活性，并揭示转录因子与空间组织之间的相互作用	淋巴结、乳腺癌和胶质母细胞瘤的空间转录组学数据集	计算生物学	乳腺癌, 胶质母细胞瘤	空间转录组学	线性混合效应模型	空间转录组学数据, 成像数据	NA	NA	空间转录组学	NA	NA
57	2026-01-21	The Transcriptional Landscape of Pericytes in Acute Ischemic Stroke 2024-08, Translational stroke research IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s12975-023-01169-x PMID:37378751	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，在小鼠永久性大脑中动脉闭塞模型中，探究了缺血性卒中后1、12和24小时周细胞转录组特征的时间差异	首次在急性缺血性卒中模型中，通过单细胞RNA测序揭示了周细胞在卒中后特定时间点（12和24小时）出现一个独特的亚群，该亚群以细胞因子信号和免疫反应相关基因上调为特征	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中得到验证；且仅关注了急性期（24小时内）的变化，未涉及更长期的转录组动态	探究急性缺血性卒中后周细胞的转录组变化，以寻找潜在的治疗靶点	小鼠模型中的周细胞	单细胞转录组学	缺血性卒中	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	小鼠永久性大脑中动脉闭塞模型在卒中后1、12和24小时的时间点样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
58	2026-01-21	Deciphering the molecular landscape of human peripheral nerves: implications for diabetic peripheral neuropathy 2024-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.15.599167 PMID:38915676	研究论文	本研究通过批量与空间RNA测序分析人类胫神经和腓肠神经，揭示了糖尿病周围神经病变的分子机制和细胞转录组变化	首次结合批量与空间转录组学分析人类周围神经，发现感觉轴突mRNA运输在神经退行中的潜在作用	样本主要来自糖尿病患者截肢手术，可能无法完全代表早期或轻度病变	深入探究糖尿病周围神经病变的分子机制和细胞变化	人类胫神经和腓肠神经	数字病理学	糖尿病周围神经病变	批量RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	来自下肢截肢手术的胫神经和腓肠神经样本，主要来自糖尿病患者	NA	单细胞RNA-seq, 空间转录组学	NA	NA
59	2026-01-21	SLC45A3 Serves as a Potential Therapeutic Biomarker to Attenuate White Matter Injury After Intracerebral Hemorrhage 2024-06, Translational stroke research IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s12975-023-01145-5 PMID:36913120	研究论文	本研究通过生物信息学分析和动物实验，发现SLC45A3基因在脑出血后白质损伤中作为潜在治疗生物标志物，其过表达可减轻脑损伤	首次结合加权基因共表达网络分析、差异表达基因筛选及单细胞RNA-seq技术，系统鉴定SLC45A3在脑出血后白质损伤中的关键作用，并验证其治疗潜力	研究主要基于小鼠模型和公共数据集，尚未在人类临床样本中进行验证，且具体分子机制需进一步探索	探究脑出血后白质损伤的分子机制，并寻找潜在治疗靶点	脑出血小鼠模型（自体血或胶原酶诱导）及公共基因表达数据集（GSE24265、GSE125512、GSE167593）	生物信息学与神经科学	脑血管疾病（脑出血）	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、差异表达基因分析、单细胞RNA-seq、扩散张量成像（DTI）、基础医学实验	NA	基因表达数据、单细胞RNA-seq数据、影像数据	两个公共数据集（GSE24265和GSE125512）及一个单细胞RNA-seq数据集（GSE167593），具体样本数量未明确说明	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
60	2026-01-17	Single-Cell Analysis Reveals a Subset of High IL-12p40-Secreting Dendritic Cells within Mouse Bone Marrow-Derived Macrophages Differentiated with M-CSF 2024-Apr-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300431 PMID:38416039	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了在小鼠骨髓来源巨噬细胞中，存在一个高分泌IL-12p40的树突状细胞亚群	首次在M-CSF分化的巨噬细胞培养物中识别出一个转录独特的DC样亚群，该亚群在LPS刺激下表现出典型的DC激活程序	研究基于体外小鼠BMDM培养模型，可能无法完全反映体内情况；且该DC样亚群无法通过表面标记物分离	探究巨噬细胞与树突状细胞在先天免疫中的异质性和功能重叠	小鼠骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）及其中的细胞亚群	单细胞分析	NA	单细胞RNA测序，微孔分泌检测	NA	RNA测序数据，基因表达数据	小鼠骨髓来源细胞	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA