单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5881	2024-08-04	Navigating the landscapes of spatial transcriptomics: How computational methods guide the way 2024 Mar-Apr, Wiley interdisciplinary reviews. RNA DOI:10.1002/wrna.1839 PMID:38527900	综述	本文综述了空间转录组数据挖掘的当前计算方法	提出了对现有分析理论和工具的更新和改革建议，以应对新的实验技术	数据分析和生物学见解生成的困难尚未完全解决	探讨空间转录组研究中的计算方法	空间转录组数据及其挖掘方法	计算生物学	NA	NA	NA	空间转录组数据	NA
5882	2024-08-04	Spatial analysis toolkits for RNA in situ sequencing 2024 Mar-Apr, Wiley interdisciplinary reviews. RNA DOI:10.1002/wrna.1842 PMID:38605484	综述	本文介绍了RNA原位测序（ISS）的生物信息学工具包及其数据分析流程	提出了适用于ISS数据分析的先进生物信息学工具，并详细审查了每种工具的应用及其与ISS数据的兼容性	未提及具体的实验实例支持工具的有效性	帮助研究者选择合适的工具以进行ISS数据分析	RNA原位测序（ISS）和相关数据分析工具	数字病理学	NA	原位测序（ISS）	NA	图像数据	NA
5883	2024-08-05	Integrating bulk RNA-seq and scRNA-seq analyses revealed the function and clinical value of thrombospondins in colon cancer 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.05.021 PMID:38827236	研究论文	本研究揭示了血小板反应蛋白在结肠癌中的功能和临床价值。	研究首次系统分析了血小板反应蛋白在结肠癌中的表达及作用，识别了其作为新的治疗靶点和预后标志物的潜力。	该研究依赖于多个高通量数据集，可能存在数据异质性和分析方法的局限性。	明确血小板反应蛋白在结肠癌中的具体作用及其临床意义。	利用1981个样本分析血小板反应蛋白在结肠癌中的预后相关性和细胞来源。	数字病理学	结肠癌	RNA-seq	NA	样本	1981个样本
5884	2024-08-05	Plasma proteome analysis implicates novel proteins as potential therapeutic targets for chronic kidney disease: A proteome-wide association study 2024-Jun-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e31704 PMID:38828357	研究论文	该研究通过全基因组关联研究结合人类血浆蛋白组学识别与慢性肾病相关的新型蛋白。	本研究首次系统性识别出22种与慢性肾病显著相关的血浆蛋白，其中INHBC、LMAN2和SNUPN被提出作为新的治疗靶点。	研究集中于特定种类的已知蛋白，可能存在未识别新的潜在靶点的局限。	识别与慢性肾病发病机制相关的新型蛋白和潜在的治疗靶点。	研究涉及与慢性肾病相关的22种血浆蛋白及其在疾病中的作用。	数字病理学	慢性肾病	单细胞RNA测序	NA	蛋白质组数据	分析了健康人类和小鼠肾脏的单细胞RNA测序数据，具体样本量未列明
5885	2024-08-05	Comprehensive analysis of gene signatures associated with aging in human aortic dissection 2024-Jun-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e31298 PMID:38828294	研究论文	本文通过生物信息学分析探讨了与人类主动脉夹层相关的衰老基因签名。	研究识别了与衰老相关的枢纽基因，并提出了ESR1下调可能加重主动脉夹层的假说。	研究需要进一步验证有关ESR1在主动脉夹层形成中的作用，尤其是在临床环境中。	分析衰老相关基因与主动脉夹层的关联，以提供新见解和治疗策略。	衰老相关基因及其在主动脉夹层中表达的调控网络。	数字病理学	主动脉夹层	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	涉及从13名主动脉夹层患者的197,605个主动脉细胞中获得的数据
5886	2024-08-05	Molecular characterization of nodose ganglia development reveals a novel population of Phox2b+ glial progenitors in mice 2024-Jun-03, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.1441-23.2024 PMID:38830761	研究论文	本文研究了迷走神经结的发展，并发现了一种新的Phox2b+胶质前体细胞群体	揭示了迷走神经结的胶质前体细胞具有独特的转录程序，并且这些细胞能够产生自主神经元	对迷走神经胶质细胞的发育基因程序尚未完全理解	探究迷走神经结中的胶质细胞前体的发育和转录特征	以小鼠为研究对象，分析迷走神经结中胶质前体细胞的性质	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA数据	小鼠，性别不限
5887	2024-08-04	Mitochondrial RNA modification-based signature to predict prognosis of lower grade glioma: a multi-omics exploration and verification study 2024-06-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-63592-w PMID:38824202	研究论文	该研究探讨了线粒体RNA修饰在低级别胶质瘤预后中的作用	提出了一种基于线粒体RNA修饰的评分系统以预测低级别胶质瘤的预后，并通过多组学数据进行验证	线粒体RNA修饰相关基因的作用机制可能尚未完全解释	研究线粒体RNA修饰对低级别胶质瘤的影响及其预后预测能力	低级别胶质瘤及其相关的线粒体RNA修饰基因	数字病理学	低级别胶质瘤	RNA-seq	LASSO回归, 随机生存森林	基因表达数据	1120个正常脑组织样本和529个低级别胶质瘤样本
5888	2024-08-05	Enhancement of the function of mesenchymal stem cells by using a GMP-grade three-dimensional hypoxic large-scale production system 2024-May-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e30968 PMID:38826705	研究论文	建立了一种GMP级三维缺氧大规模生产系统以增强间充质干细胞（MSCs）的功能	提出了一种新型的TDHLSP系统，能够有效提高临床级MSCs的生产并改善其功能特性	在CD142表达下调后，3D_Hypo MSCs的增强功能显著下降	旨在建立一种大规模生产间充质干细胞的系统，并分析不同培养条件下的生物差异	研究目标是探讨在不同培养环境下生成的间充质干细胞的功能表现	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	2×10^8个间充质干细胞
5889	2024-08-05	Serum ITIH5 as a novel diagnostic biomarker in cholangiocarcinoma 2024-May, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16143 PMID:38475675	研究论文	本研究旨在识别用于胆管癌诊断的独特分泌蛋白ITIH5。	ITIH5在胆管癌中的特异性上调，且未在大多数其他癌症或良性肝胆疾病中观察到。	本研究的样本量及适用范围尚未明确说明。	研究的目的是确定胆管癌的特异性诊断生物标志物。	研究对象包括胆管癌及与其对比的其他恶性肿瘤、良性肝胆疾病和慢性肝病。	数字病理学	胆管癌	RNA测序	NA	组织和血清样本	NA
5890	2024-08-05	Beyond binary: bridging neutrophil diversity to new therapeutic approaches in NSCLC 2024-May, Trends in cancer IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.trecan.2024.01.010 PMID:38360439	综述	这篇文章总结了肿瘤相关中性粒细胞（TAN）生物学的最新数据和模型，关注在肿瘤内在信号影响下演变的多样性	文章通过对不同癌症实体的转录组特征进行分类，提出了一种新的中性粒细胞亚群分类，以超越传统的N1/N2二元分类	文章的局限性在于未能提供关于中性粒细胞在抗癌治疗中的具体应用实例	研究肿瘤微环境中中性粒细胞的多样性及其对抗癌治疗的影响	主要研究非小细胞肺癌（NSCLC）肿瘤微环境中的中性粒细胞	数字病理学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
5891	2024-08-04	NFĸB signaling drives myocardial injury via CCR2+ macrophages in a preclinical model of arrhythmogenic cardiomyopathy 2024-Apr-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI172014 PMID:38564300	研究论文	本文揭示了NFκB信号在心肌病理中的作用，特别是通过CCR2+巨噬细胞驱动的心肌损伤机制	首次定义了NFκB信号在心肌细胞和巨噬细胞中对心律失常性心肌病自然进展的贡献	本研究主要基于Dsg2mut/mut小鼠模型，可能限制了对人类病理的广泛适用性	揭示心律失常性心肌病中的免疫信号机制及其对心肌损伤的影响	采用Dsg2mut/mut小鼠模型研究心肌细胞和巨噬细胞在心律失常性心肌病中的相互作用	数字病理学	心律失常性心肌病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用Dsg2mut/mut小鼠模型进行研究，具体样本量未提及
5892	2024-08-04	MEF2C Hypofunction in GABAergic Cells Alters Sociability and Prefrontal Cortex Inhibitory Synaptic Transmission in a Sex-Dependent Manner 2024-Mar, Biological psychiatry global open science DOI:10.1016/j.bpsgos.2024.100289 PMID:38390348	研究论文	本研究探讨了MEF2C在GABA能细胞中的低功能对社交性和前额叶皮层抑制突触传递的影响，并呈现性别差异。	首次揭示了MEF2C在发育GABA能细胞中的低功能导致的性别特异性社交偏好缺陷和行为改变。	只在小鼠模型中进行研究，可能无法完全反映人类的情况。	研究MEF2C在GABA能细胞中的低功能如何影响社交行为及前额叶皮层的突触传递。	以小鼠为研究对象，聚焦于MEF2C低功能对GABA能细胞的影响。	神经科学	自闭症谱系障碍	电生理、单细胞转录组学、光遗传学	小鼠模型	基因表达数据、脑电图数据	使用了多个小鼠样本，具体样本数量未提及
5893	2024-08-04	Deciphering the role of CX3CL1-CX3CR1 in aortic aneurysm pathogenesis: insights from Mendelian randomization and transcriptomic analyses 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1383607 PMID:38715600	研究论文	本研究探讨了CX3CL1-CX3CR1在主动脉瘤发病机制中的作用	通过孟德尔随机化和转录组分析揭示了CX3CL1-CX3CR1信号通路在主动脉瘤中的潜在致病性	未提供具体实验验证结果的详细信息	研究CX3CL1-CX3CR1在主动脉瘤中的致病机制	研究了91种循环炎症蛋白与主动脉瘤之间的因果关系	数字病理学	主动脉瘤	孟德尔随机化分析, RNA测序	NA	基因表达数据	分析了731种免疫特征和91种循环炎症蛋白
5894	2024-08-05	Single-cell and bulk RNA sequencing reveal heterogeneity and diagnostic markers in papillary thyroid carcinoma lymph-node metastasis 2024-Jun, Journal of endocrinological investigation IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s40618-023-02262-6 PMID:38146045	研究论文	本研究分析了乳头状甲状腺癌的淋巴结转移，寻找诊断标记物和治疗靶点	首次结合单细胞RNA测序和大规模RNA测序，探索了乳头状甲状腺癌淋巴结转移的异质性	研究中样本量有限，仅包括66名患者的样本	旨在发现乳头状甲状腺癌淋巴结转移的诊断标记物及治疗靶点	研究对象为乳头状甲状腺癌患者的淋巴结转移细胞	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和常规模RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA	66名乳头状甲状腺癌患者的样本
5895	2024-08-04	Multi-model analysis of gallbladder cancer reveals the role of OxLDL-absorbing neutrophils in promoting liver invasion 2024-May-31, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-024-00521-7 PMID:38822440	研究论文	本研究分析了胆囊癌及其免疫抑制的肿瘤微环境，突出显示了中性粒细胞在促进肝脏入侵中的作用	本研究识别了一种能够通过OLR1吸收oxLDL的促肿瘤中性粒细胞亚群，揭示了其独特的代谢特性和促进肿瘤侵袭的潜力	研究的限制在于未深入探讨不同阶段胆囊癌的细胞间相互作用及其机制	研究胆囊癌肿瘤微环境中特定中性粒细胞的作用及其对肝脏入侵的影响	主要研究对象为胆囊癌（GBC）中的中性粒细胞及其与肿瘤细胞的相互作用	数字病理学	胆囊癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 空间转录组学 (ST), 蛋白组学, 多重免疫组化 (mIHC)	NA	NA	多种肿瘤阶段的胆囊癌样本
5896	2024-08-04	Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals Myocardial Fibrosis Mechanism of Doxorubicin-Induced Cardiotoxicity 2024-May-31, International heart journal IF:1.2Q3 DOI:10.1536/ihj.23-302 PMID:38749755	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了多柔比星诱导心肌纤维化的机制	首次明确了多柔比星诱导心肌纤维化的细胞和分子介导因素，并发现了可以作为治疗靶点的Ctsb	主要研究集中在小鼠模型上，可能在临床应用中存在差异	探索多柔比星诱导的心脏毒性和心肌纤维化机制，并寻找潜在的治疗靶点	正常和多柔比星诱导慢性心脏毒性的鼠模型心脏组织中的非心肌细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠模型
5897	2024-08-05	Proteomic analysis of pleomorphic dermal sarcoma reveals a fibroblastic cell of origin and distinct immune evasion mechanisms 2024-05-31, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-62927-x PMID:38822058	研究论文	本研究通过蛋白质组学分析发现多形性皮肤肉瘤的细胞来源和独特的免疫逃逸机制	首次识别出多形性皮肤肉瘤的潜在细胞来源及其免疫逃逸机制	样本数量相对较小，可能影响结果的普适性	探讨多形性皮肤肉瘤的细胞起源及其免疫逃逸途径	分析健康皮肤、恶性黑色素瘤、鳞状细胞癌和多形性皮肤肉瘤的样本	数字病理学	皮肤肿瘤	质谱	NA	蛋白质数据、单细胞测序数据	分析了20个正常皮肤样本、27个恶性黑色素瘤样本、20个鳞状细胞癌样本和24个多形性皮肤肉瘤样本
5898	2024-08-04	Direct comparison of mass cytometry and single-cell RNA sequencing of human peripheral blood mononuclear cells 2024-May-30, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-03399-6 PMID:38816402	研究论文	本文直接比较了人类外周血单核细胞的质谱细胞术和单细胞RNA测序	通过整合质谱细胞术和单细胞RNA测序的数据，提供了细胞类型特征的高分辨率分析	缺乏合适的金标准数据集用于评估新单细胞分析工具的有效性	探讨转录组学和蛋白质组学之间的关系	人类外周血单核细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，质谱细胞术，流式细胞术	NA	RNA，蛋白质	人类外周血单核细胞的分样本
5899	2024-08-05	Neoantigen-specific stimulation of tumor-infiltrating lymphocytes enables effective TCR isolation and expansion while preserving stem-like memory phenotypes 2024-May-30, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-008645 PMID:38816232	研究论文	本研究探讨了针对新抗原特异性刺激肿瘤浸润淋巴细胞的效果。	开发了一种名为'NeoExpand'的体外刺激方法，能够选择性扩展新抗原反应性的TIL，改善其表型和功能。	研究样本仅限于具有p53或RAS突变的25名患者，可能影响结果的普遍适用性。	探讨如何优化新抗原反应性肿瘤浸润淋巴细胞的扩展和分离。	25名来自肺癌患者的肿瘤样本中的肿瘤浸润淋巴细胞。	数字病理学	肺癌	体外刺激	NA	样本	25个TIL样本
5900	2024-08-04	Multi-modal domain adaptation for revealing spatial functional landscape from spatially resolved transcriptomics 2024-May-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae257 PMID:38819253	研究论文	提出了一种用于空间转录组学的多模态领域适应方法stMDA，以揭示空间功能格局	stMDA整合了基因表达和其他模态的信息，提供了高效的空间聚类和变异分析	该研究可能在特定条件下仍面临数据稀疏性的挑战	该研究旨在提高空间转录组数据的分析能力	主要研究对象为空间转录组学数据及其多模态信息	数字病理学	癌症组织	多模态无监督领域适应	多种神经网络架构	基因表达数据和其他模态数据	涉及多种平台和物种的多样本数据