单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5861	2024-08-05	Aberrant follicular regulatory T cells associate with immunoglobulin hyperproduction in nasal polyps with ectopic lymphoid tissues 2024-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2023.11.913 PMID:38072196	研究论文	这篇文章探讨了鼻息肉中异位淋巴组织中的卵泡调节性T细胞（TFR细胞）的存在和功能	研究首次揭示了鼻息肉中TFR细胞的特征和功能缺失，并表明维生素D治疗可以逆转其抑制功能	对TFR细胞在外周病变组织中的作用理解仍然有限	调查鼻息肉中TFR细胞的存在、表型和功能	鼻息肉中的TFR细胞	免疫学	鼻息肉	单细胞RNA测序，免疫荧光染色，流式细胞术，ELISA	NA	细胞数据	从鼻息肉中分离的多种T细胞亚群
5862	2024-08-05	Gene-expression memory-based prediction of cell lineages from scRNA-seq datasets 2024-Mar-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47158-y PMID:38553478	研究论文	该文章介绍了一种基于基因表达记忆的细胞谱系推断工具GEMLI，用于从scRNA-seq数据集中识别细胞谱系	GEMLI能够从缺乏谱系信息的scRNA-seq数据中可靠地识别小到中型细胞谱系，并重建多细胞结构	该方法在技术上复杂，通常受限于时间分辨率	研究细胞分化过程中的遗传信息传递	人类乳腺癌活检样本中的细胞谱系	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq	NA	转录组数据	人类乳腺癌活检样本
5863	2024-08-04	Research progress in isolation and identification of rumen probiotics 2024, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2024.1411482 PMID:38836057	研究论文	本文综述了瘤胃益生菌的分离和鉴定的经典技术及其最新进展	介绍了基于微滴的高通量细胞培养和单细胞测序的新技术及其在微生物培养和鉴定中的应用	大部分潜在益生菌仍未被成功培养，限制了相关研究的深入	旨在提供技术参考以促进瘤胃微生物学领域的发展	主要针对瘤胃益生菌的分离和鉴定技术	数字病理学	NA	高通量培养、单细胞测序	NA	NA	NA
5864	2024-08-05	Revealing molecular and cellular heterogeneity in hypopharyngeal carcinogenesis through single-cell RNA and TCR/BCR sequencing 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1310376 PMID:38720887	研究论文	本文揭示了在低级和高级上皮内瘤变到癌变过程中，头颈部肿瘤HSCC的分子和细胞异质性	通过单细胞RNA和TCR/BCR测序，首次构建了不同疾病阶段的细胞动态转录组图谱，并揭示了主要分子	尚未完全理解在肿瘤形成过程中TME内不同细胞簇的具体变化及其影响	探究HSCC发展过程中的肿瘤微环境动态变化及机制	对来自不同阶段的HSCC组织样本中的60854个细胞进行研究	数字病理学	喉下癌	单细胞RNA测序和TCR/BCR测序	NA	细胞	九个组织样本
5865	2024-08-05	Unraveling metabolic characteristics and clinical implications in gastric cancer through single-cell resolution analysis 2024, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2024.1399679 PMID:38831933	研究论文	本研究通过单细胞分辨率分析揭示了胃癌的代谢特征及其临床意义	利用单细胞RNA测序技术，首次深入探讨了不同细胞类型在胃癌中的代谢路径和调控机制	研究的局限性未在摘要中提及	综合研究胃癌中不同细胞类型的代谢路径及其调控机制	胃癌肿瘤样本和正常样本中的各种细胞类型	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	无监督聚类	RNA数据	NA
5866	2024-08-05	Single-cell transcriptome landscape elucidates the cellular and developmental responses to tomato chlorosis virus infection in tomato leaf 2024-Jul, Plant, cell & environment DOI:10.1111/pce.14906 PMID:38619176	研究论文	该研究揭示了病毒感染对番茄叶片细胞和发育的反应。	首次利用单细胞RNA测序分析病毒感染阶段的细胞类型特异性表达和表观遗传特征。	未探讨不同环境条件下病毒感染对细胞响应的影响。	研究植物细胞在病毒感染下的发育和响应机制。	健康和番茄黄化病毒感染的番茄叶片中的23226个单个细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	23226个单个细胞
5867	2024-08-04	Multiplexed bulk and single-cell RNA-seq hybrid enables cost-efficient disease modeling with chimeric organoids 2024-May-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48282-5 PMID:38729950	研究论文	本研究介绍了一种成本效益高的疾病建模方法，结合了混合的肿瘤类器官和单细胞RNA测序技术	提出了一种计算方法Vireo-bulk，有效分解混合RNA-seq数据，并揭示了供体iPSC系在巨噬细胞分化过程中的异质性	研究中未提及具体样本量和其他潜在的实验限制	旨在通过混合的bulk和单细胞RNA测序技术提高疾病建模的成本效益	以同源诱导多能干细胞分化的类器官为研究对象，探索疾病机制	数字病理学	肾脏疾病	RNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
5868	2024-08-05	Investigation of ENO2 as a promising novel marker for the progression of colorectal cancer with microsatellite instability-high 2024-May-09, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-12332-4 PMID:38724951	研究论文	本研究探讨了ENO2作为微卫星不稳定高（MSI-H）结直肠癌进展的潜在新标志物。	该研究首次揭示了ENO2在MSI-H结直肠癌中的中心基因作用，并建立了基于ENO2的预后预测模型。	该研究仅基于单细胞RNA测序数据，临床验证可能需要更多样本与多中心数据支持。	探索微卫星不稳定高结直肠癌的代谢转录组相关亚型并识别预后生物标志物。	微卫星不稳定高结直肠癌患者的单细胞RNA测序数据。	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
5869	2024-08-04	A Clustering Method for Single-Cell RNA-Seq Data Based on Automatic Weighting Penalty and Low-Rank Representation 2024 May-Jun, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3362472 PMID:38319777	研究论文	本文提出了一种基于自动加权惩罚和低秩表示的单细胞RNA-Seq数据聚类方法	引入加权距离约束并结合相似性约束，提出JAGLRR聚类方法，提高了特征贡献的评估	未提及具体的局限性	改善现有单细胞RNA-Seq数据的聚类分析	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	RNA-Seq	NA	数据集	8个真实数据集和模拟数据集
5870	2024-08-05	LPCAT2 inhibits colorectal cancer progression via the PRMT1/SLC7A11 axis 2024-May, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-024-02996-4 PMID:38605214	研究论文	本研究揭示LPCAT2通过PRMT1/SLC7A11轴抑制结直肠癌的进展	发现LPCAT2能够通过调节PRMT1的细胞质定位来影响SLC7A11的表达，从而诱导结直肠癌细胞的铁死亡	研究主要基于小鼠模型，临床应用的可行性尚需进一步验证	阐明LPCAT2在结直肠癌细胞中的作用机制及其潜在的治疗靶点	人类和小鼠结直肠癌组织中的LPCAT2+和LPCAT2-肿瘤细胞群体	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq, 实验室试验	小鼠结肠癌模型	生物组织样本	人类和小鼠结直肠癌组织中的多个样本
5871	2024-08-05	Melanocyte stem cells in the skin: Origin, biological characteristics, homeostatic maintenance and therapeutic potential 2024-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1720 PMID:38778457	综述	这篇综述提供了皮肤黑素干细胞的起源、生物特性、稳态维护和治疗潜力的全面概述	强调了单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9技术和实践模型在黑素干细胞研究中的重要性	NA	提升对黑素干细胞生物特性和微环境调控机制的理解，以改善其在临床应用中的效果	皮肤黑素干细胞及其在皮肤疾病中的作用	再生医学	皮肤病	单细胞RNA测序，CRISPR-Cas9技术	NA	NA	NA
5872	2024-08-05	Endocrine islet β-cell subtypes with differential function are derived from biochemically distinct embryonic endocrine islet progenitors that are regulated by maternal nutrients 2024-Mar-07, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3946483/v1 PMID:38496675	研究论文	这篇文章探讨了内分泌岛β细胞亚型的起源及其功能差异	本研究首次展示了胚胎内分泌岛前体的生化特性如何导致不同功能的β细胞亚型产生	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全概括人类的情况	旨在揭示β细胞亚型的产生机制及其与糖尿病的关联	研究对象为小鼠胚胎内分泌岛前体细胞及其衍生的β细胞亚型	生物医学	糖尿病	单细胞RNA测序和DNA甲基化分析	组合细胞谱系追踪	基因表达数据	多个小鼠胚胎的内分泌岛前体细胞
5873	2024-08-04	A potential defensive role of TIM-3 on T lymphocytes in the inflammatory involvement of diabetic kidney disease 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1365226 PMID:38812511	研究论文	本研究探讨了TIM-3在糖尿病肾病中T淋巴细胞的潜在防御作用	提出了TIM-3在糖尿病肾病进展中的保护性作用，并基于CD3+TIM-3+ T细胞的监测建议识别高风险患者	尚未完全了解各种T淋巴细胞亚群在糖尿病肾病中的调节机制	研究糖尿病肾病中T淋巴细胞的免疫检查点分子的功能及其对疾病进展的影响	360名糖尿病肾病成人患者和DKD小鼠模型的肾脏样本	数字病理	糖尿病肾病	流式细胞术, 免疫荧光染色, 单细胞测序(scRNA-seq)	NA	图像和基因数据	360个糖尿病肾病患者
5874	2024-08-05	Single-cell RNA sequencing reveals heterogeneity and differential expression of the maternal-fetal interface during ICP and normal pregnancy 2024-Dec, The journal of maternal-fetal & neonatal medicine : the official journal of the European Association of Perinatal Medicine, the Federation of Asia and Oceania Perinatal Societies, the International Society of Perinatal Obstetricians DOI:10.1080/14767058.2024.2361278 PMID:38835155	研究论文	本研究揭示了在妊娠期肝内胆汁淤积（ICP）与正常妊娠中母-胎界面的细胞异质性和基因表达差异	首次应用单细胞RNA测序技术系统性分析了ICP与正常妊娠中胎盘的细胞类型、基因特征和功能变化	样本数量较小，仅分析了两名个体，可能影响结果的通用性	研究ICP影响胎盘的遗传机制	对比ICP和正常妊娠胎盘中母-胎界面的细胞类型和基因表达	数字病理学	妊娠期肝内胆汁淤积	单细胞RNA测序	NA	基因表达	2名个体，一名为ICP患者，一名为正常妊娠者
5875	2024-08-04	Lapagyl mitigates UV-induced inflammation and immunosuppression via Foxp3+ Tregs and CCL pathway: A single-cell transcriptomics study 2024-Jul, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2024.155679 PMID:38701542	研究论文	本研究评估了草本产品Lapagyl对紫外辐射引起的皮肤老化的疗效	揭示了Lapagyl通过调节Foxp3+ Tregs和CCL通路减轻皮肤炎症和免疫抑制的机制	模型建立在SKH-1无毛小鼠上，结果能否推广到人类尚需进一步验证	评估Lapagyl在对抗紫外辐射引起的皮肤老化中的有效性	研究对象为使用紫外辐射模型的SKH-1无毛小鼠	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	组织样本	SKH-1无毛小鼠
5876	2024-08-05	Characterization of a Human Respiratory Mucosa Model to Study Odorant Metabolism 2024-Jun-05, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.4c00752 PMID:38775624	研究论文	本文研究了人类呼吸粘膜模型，以探索气味物质代谢	首次揭示了组织工程化人类呼吸粘膜模型的XME特征，并证明其适合用于研究鼻腔气味物质代谢	该研究主要集中在特定的代谢酶上，其他酶的角色尚未探索	研究人类鼻腔呼吸粘膜在气味物质代谢中的作用	人类呼吸组织模型及其内部的代谢酶活动	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	组织工程化模型	生物实验数据	NA
5877	2024-08-04	Memory/Active T-Cell Activation Is Associated with Immunotherapeutic Response in Fumarate Hydratase-Deficient Renal Cell Carcinoma 2024-Jun-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-2760 PMID:38512114	研究论文	本研究探讨了记忆/活跃T细胞激活与富马酸酯水合酶缺乏型肾细胞癌免疫治疗反应之间的关系	识别了一种与ICI+TKI治疗有效性相关的记忆和效应T细胞的特征	需要进一步验证记忆/活跃T细胞特征与治疗效果之间的关联	研究富马酸酯水合酶缺乏型肾细胞癌的最佳治疗和分子相关性	91名来自15个医疗中心的富马酸酯水合酶缺乏型肾细胞癌患者	数字病理学	肾癌	RNA测序	NA	基因组数据和RNA数据	91名患者
5878	2024-08-05	Temporal dynamics and genomic programming of plasma cell fates 2024-Jun, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01831-y PMID:38698087	研究论文	该文章研究了亲和力成熟的浆细胞的发育动态和基因组程序。	文章提出了一个新的浆细胞转变状态，并揭示了浆细胞前体的增殖和编程模型	研究主要基于小鼠模型，结果可能在其他物种中不完全适用	阐明抗原特异性浆细胞前体的发展动态和基因组程序	浆细胞前体，特别是长寿命骨髓浆细胞的生成	NA	NA	单细胞RNA测序和B细胞抗原受体测序	NA	NA	使用小鼠模型进行实验
5879	2024-08-05	NGEF is a potential prognostic biomarker and could serve as an indicator for immunotherapy and chemotherapy in lung adenocarcinoma 2024-May-19, BMC pulmonary medicine IF:2.6Q2 DOI:10.1186/s12890-024-03046-1 PMID:38764064	研究论文	本研究评估了NGEF作为肺腺癌的预后生物标志物和潜在治疗靶点的有效性	揭示了NGEF在肺腺癌中的作用，并指出其与肿瘤阶段、免疫浸润和化疗反应的显著关联	未明确指出具体的局限性	研究NGEF在肺腺癌中的预后价值和作为治疗靶点的潜力	肺腺癌患者的NGEF表达及其与临床特征的关联	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序, 定量聚合酶链反应, 免疫组化染色, 西方印迹分析	NA	NA	LUAD样本中基于中位数NGEF表达构建的高低表达组
5880	2024-08-04	Understanding Spondyloarthritis Pathogenesis: The Promise of Single-Cell Profiling 2024-04, Current rheumatology reports IF:5.7Q1 DOI:10.1007/s11926-023-01132-7 PMID:38227172	review	本文概述了单细胞分析在脊柱关节炎研究中的最新进展和趋势	引入基于测序的方法对RNA、蛋白质或表观遗传修饰进行单细胞分辨率的量化，推动了发现驱动的研究	研究仍处于早期阶段，面临高成本和疾病组织样本有限的挑战	阐述单细胞分析在脊柱关节炎发病机制研究中的应用	主要研究脊柱关节炎相关的细胞状态和治疗反应特征	NA	脊柱关节炎	单细胞TCR-seq	NA	RNA, 蛋白质, 表观遗传修饰	NA