单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
561	2024-12-14	Segregation of morphogenetic regulatory function of Shox2 from its cell fate guardian role in sinoatrial node development 2024-03-29, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06039-2 PMID:38553636	研究论文	研究探讨了Shox2在窦房结发育中的形态发生调控功能与其细胞命运守护角色之间的分离	首次展示了Shox2在窦房结发育中细胞命运决定与形态发生调控功能的分离	研究仅限于Shox2和Nkx2-5的共同失活对窦房结发育的影响，未探讨其他可能的调控因子	探讨Shox2在窦房结发育中的双重角色及其相互关系	Shox2在窦房结发育中的形态发生调控功能与细胞命运守护角色	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	Shox2突变体、Nkx2-5突变体及两者的共同失活突变体（dKO）的窦房结细胞
562	2024-12-14	Endothelial gene regulatory elements associated with cardiopharyngeal lineage differentiation 2024-03-21, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06017-8 PMID:38514806	研究论文	研究识别了与心脏咽弓中胚层分化相关的内皮细胞基因调控元件	通过整合染色质重塑和基因表达数据与单细胞RNA测序数据，识别了101个内皮细胞基因的潜在调控元件，并使用机器学习策略预测增强子	研究主要基于小鼠胚胎数据，可能需要进一步验证在其他物种中的适用性	识别和验证在心脏咽弓中胚层分化过程中激活的内皮细胞基因调控元件	内皮细胞基因调控元件及其在心脏咽弓中胚层分化中的作用	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	小鼠胚胎
563	2024-12-14	GPU-accelerated Kendall distance computation for large or sparse data 2024-Jan-02, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giae088 PMID:39658191	研究论文	本文介绍了一种GPU加速的Kendall距离矩阵计算软件GADES，适用于大规模或稀疏数据的处理	提出了GPU加速的Kendall-$ au$距离矩阵计算方法，并解决了数据稀疏性带来的算法挑战	未提及具体的局限性	开发高效的计算策略，用于高性能的Kendall距离矩阵计算	大规模或稀疏的多维数据集，如单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据	生物信息学	NA	GPU加速计算	NA	数据矩阵	未提及具体的样本数量
564	2024-12-14	Unveiling the role of TGF-β signaling pathway in breast cancer prognosis and immunotherapy 2024, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2024.1488137 PMID:39664194	研究论文	本研究探讨了TGF-β信号通路在乳腺癌预后和免疫治疗中的作用	开发了一种新的TGF-β通路相关预后签名（TSPRS），并验证了其在乳腺癌预后和免疫治疗中的预测能力	NA	研究TGF-β信号通路与乳腺癌临床结果及其对肿瘤微环境和免疫治疗反应的影响	乳腺癌患者的转录组和单细胞测序数据	NA	乳腺癌	转录组测序，单细胞测序，加权基因共表达网络分析（WGCNA）	NA	基因表达数据	来自TCGA和GEO数据库的乳腺癌转录组和单细胞测序数据，涉及54个与TGF-β信号通路相关的基因
565	2024-12-13	Computational analysis of the functional impact of MHC-II-expressing triple-negative breast cancer 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1497251 PMID:39664386	研究论文	研究分析了MHC-II表达的三阴性乳腺癌的功能影响	揭示了MHC-II表达的肿瘤细胞在调节免疫环境和影响患者生存结果中的功能重要性，并开发了一个包含40个显著基因的预后标志物，通过机器学习模型成功预测了患者的生存结果和免疫浸润程度	NA	理解MHC-II表达的肿瘤细胞在肿瘤微环境中的作用	三阴性乳腺癌	数字病理学	乳腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学	机器学习模型	RNA-seq数据	NA
566	2024-12-14	Complement C1q is a key player in tumor-associated macrophage-mediated CD8+ T cell and NK cell dysfunction in malignant pleural effusion 2024, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.100607 PMID:39664577	研究论文	本研究探讨了补体C1q在肿瘤相关巨噬细胞介导的CD8+ T细胞和NK细胞功能障碍中的作用	首次揭示了C1q在M2巨噬细胞极化中的依赖性作用，并证明了C1q缺乏可以恢复CD8 T细胞的耗竭状态，增强CD8 T细胞和NK细胞的免疫活性	实验仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证	研究C1q在恶性胸腔积液中的作用及其对免疫细胞功能的影响	恶性胸腔积液中的巨噬细胞、CD8+ T细胞和NK细胞	免疫学	癌症	scRNA-seq、代谢组学分析	NA	单细胞RNA测序数据、代谢物数据	使用C1qa小鼠MPE模型进行实验
567	2024-12-14	Harnessing Nanotechnology for Gout Therapy: Colchicine-Loaded Nanoparticles Regulate Macrophage Polarization and Reduce Inflammation 2024, Biomaterials research IF:8.1Q1 DOI:10.34133/bmr.0089 PMID:39665079	研究论文	本研究探讨了秋水仙碱对巨噬细胞极化的调控作用，并开发了一种基于纳米载体的秋水仙碱递送系统，以增强痛风炎症的治疗效果	首次揭示了秋水仙碱通过关键基因AHNAK调控巨噬细胞极化的机制，并开发了一种基于R4F-NM@F127纳米载体的秋水仙碱递送系统，能够靶向调节巨噬细胞极化，减少对正常组织的毒性	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证其疗效和安全性	探讨秋水仙碱对巨噬细胞极化的调控作用，并开发一种新的纳米载体系统以增强痛风的治疗效果	痛风小鼠模型中的巨噬细胞极化和炎症反应	NA	痛风	单细胞RNA测序、分子对接、慢病毒干预、生物化学指标检测	NA	单细胞RNA测序数据、生物化学指标数据	小鼠模型和外周血单核细胞样本
568	2024-12-13	CAR-NK cells derived from cord blood originate mainly from CD56-CD7+CD34-HLA-DR-Lin- NK progenitor cells 2024-Dec-12, Molecular therapy. Methods & clinical development DOI:10.1016/j.omtm.2024.101374 PMID:39659759	研究论文	研究探讨了脐血来源的CAR-NK细胞主要来源于CD56-CD7+CD34-HLA-DR-Lin- NK祖细胞	首次确定CAR-NK细胞主要来源于CD56 NK祖细胞，并揭示了CD56CD7CD34HLA-DR Lin细胞是人类脐血来源CAR-NK细胞的主要来源	研究未详细探讨如何增强从这些NK祖细胞中产生NK细胞的质量和数量	探讨CAR-NK细胞在脐血中的起源	脐血来源的CAR-NK细胞及其祖细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	脐血单个核细胞
569	2024-12-13	TEAD1-Mediated Trans-Differentiation of Vascular Smooth Muscle Cells into Fibroblast-Like Cells Contributes to the Stabilization and Repair of Disrupted Atherosclerotic Plaques 2024-Dec-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407408 PMID:39665254	研究论文	研究揭示了TEAD1通过调控血管平滑肌细胞向成纤维细胞样细胞的转分化，促进破裂的动脉粥样硬化斑块的稳定和修复	首次发现TEAD1作为关键转录因子，通过Wnt4/β-Catenin信号通路驱动血管平滑肌细胞向成纤维细胞样细胞的转分化，从而促进斑块的稳定和修复	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证其效果	探讨动脉粥样硬化斑块破裂后的修复机制，寻找潜在的治疗靶点	血管平滑肌细胞、成纤维细胞样细胞、动脉粥样硬化斑块	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型中的动脉粥样硬化斑块样本
570	2024-12-13	Hypoxia-Induced Senescent Fibroblasts Secrete IGF1 to Promote Cancer Stemness in Esophageal Squamous Cell Carcinoma 2024-Dec-11, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1185 PMID:39661488	研究论文	研究揭示了缺氧诱导的衰老成纤维细胞通过分泌IGF1促进食管鳞状细胞癌的肿瘤干细胞特性	首次鉴定出一种与肿瘤干细胞特性相关的CAF亚群，称为缺氧诱导的衰老成纤维细胞（hsCAFs），并阐明了其通过IGF1促进肿瘤干细胞特性的机制	研究主要基于单细胞RNA测序和体内实验，未来需要进一步验证和扩展这些发现	探讨癌症相关成纤维细胞在食管鳞状细胞癌中的作用及其对肿瘤干细胞特性的影响	食管鳞状细胞癌患者的样本和癌症相关成纤维细胞	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	食管鳞状细胞癌患者的样本
571	2024-12-13	Tissue Resident CD8+T-cells as mediators of protective immunity in breastmilk transmission of HCMV 2024-Dec-11, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiae618 PMID:39661655	研究论文	研究探讨了母乳中CD8+T细胞在预防婴儿通过母乳感染人巨细胞病毒（HCMV）中的作用	首次描述了母乳中组织驻留记忆T细胞（Trm）的存在，并发现非传播者母亲母乳中CD8+ Trm T细胞的频率较高，且与母乳中HCMV病毒载量呈负相关	研究仅限于母乳中的T细胞，未探讨这些细胞在婴儿体内的作用机制	探讨母乳中T细胞在预防婴儿通过母乳感染HCMV中的作用	母乳中记忆T细胞的频率及类型	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	涉及传播者和非传播者母亲的母乳样本
572	2024-12-13	Control of Cellular Differentiation Trajectories for Cancer Reversion 2024-Dec-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202402132 PMID:39661721	研究论文	本文提出了一种计算框架BENEIN，用于识别细胞分化轨迹中的主调控因子，并应用于人类大肠单细胞转录组数据，验证了通过抑制特定主调控因子可以将结直肠癌细胞逆转为正常样肠细胞	提出了单细胞布尔网络推理与控制（BENEIN）框架，用于识别细胞分化轨迹中的主调控因子，并通过实验验证了其有效性	NA	解决识别细胞分化轨迹中主调控因子的长期挑战，探索癌症逆转的可能性	人类大肠单细胞转录组数据和结直肠癌细胞	NA	结直肠癌	单细胞转录组	布尔网络	转录组数据	NA
573	2024-12-13	Central control of dynamic gene circuits governs T cell rest and activation 2024-Dec-11, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08314-y PMID:39663454	研究论文	本文通过CRISPR筛选研究了在不同人类CD4 T细胞环境中控制IL-2Rα表达的调控因子，揭示了MED12作为动态调控者在T细胞静息和激活状态中的关键作用	首次通过CRISPR筛选在多个初级人类CD4 T细胞环境中识别出调控IL-2Rα表达的因子，并揭示了MED12在不同T细胞环境中调控关键因子的动态作用	研究主要集中在初级人类CD4 T细胞，可能无法完全代表所有T细胞类型	研究T细胞静息和激活状态的动态基因调控网络	人类CD4 T细胞及其在不同环境中的基因表达调控	免疫学	NA	CRISPR筛选，单细胞转录组学，免疫沉淀-质谱分析	NA	基因表达数据	多个初级人类CD4 T细胞样本
574	2024-12-13	USP4 depletion-driven RAB7A ubiquitylation impairs autophagosome-lysosome fusion and aggravates periodontitis 2024-Dec-11, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2024.2429371 PMID:39663592	研究论文	研究揭示了USP4减少介导的RAB7A泛素化破坏了正常的溶酶体运输和自噬体-溶酶体融合，从而显著促进了牙周炎的进展	首次揭示了USP4与RAB7A之间的相互作用在牙周炎病理中的关键作用，并提出了这一相互作用作为治疗牙周疾病的潜在靶点	研究主要集中在小鼠模型和临床样本的基因组和组织学分析上，缺乏更大规模的人类临床试验验证	探讨自噬与牙周炎病理之间的精确相互作用，并揭示USP4和RAB7A在其中的作用	牙周炎患者的牙龈样本和小鼠实验模型	数字病理学	牙周疾病	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	临床牙龈样本和小鼠实验模型
575	2024-12-13	Cancer-associated fibroblasts promote melanoma progression by inducing immune evasion: A risk prediction study based on single-cell RNA-seq and RNA-Seq data 2024-Dec-11, Asian journal of surgery IF:3.5Q1 DOI:10.1016/j.asjsur.2024.12.007 PMID:39665934	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
576	2024-12-13	Tissue-resident natural killer cells support survival in pancreatic cancer through promotion of cDC1-CD8 T activity 2024-Dec-10, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.92672 PMID:39656086	研究论文	本文研究了组织驻留自然杀伤细胞（trNK）在胰腺癌中通过促进cDC1-CD8 T细胞活性来支持生存的作用	本文首次展示了通过电离辐射（IR）诱导局部物理损伤，增加组织驻留自然杀伤细胞（trNK），从而增强免疫疗法效果的新方法	本文主要基于小鼠模型和人类单细胞RNA测序数据，未来需要在更多临床样本中验证其效果	研究如何通过增强CD8 T细胞活性来恢复胰腺癌中的抗癌免疫	胰腺导管腺癌（PDAC）中的组织驻留自然杀伤细胞（trNK）和CD8 T细胞	免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	小鼠PDAC肿瘤模型和人类PDAC单细胞RNA测序数据集
577	2024-12-13	Pericancerous cross-presentation to cytotoxic T lymphocytes impairs immunotherapeutic efficacy in hepatocellular carcinoma 2024-Dec-09, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.10.012 PMID:39547231	研究论文	研究揭示了在肝细胞癌中，癌周巨噬细胞通过内质网相关降解机制介导的细胞质途径交叉呈递抗原给CD103细胞毒性T淋巴细胞，导致CD103 CTLs滞留在癌周区域，激活NLRP3炎症小体，促进肝癌进展并抵抗免疫治疗	首次揭示了癌周巨噬细胞通过内质网相关降解机制交叉呈递抗原给CD103 CTLs，并阐明了这一过程如何促进肝癌进展和免疫治疗抵抗	研究主要集中在单细胞RNA测序和空间转录组学分析，可能需要进一步的实验验证	探讨癌周巨噬细胞与细胞毒性T淋巴细胞在肝细胞癌中的相互作用及其对免疫治疗效果的影响	肝细胞癌患者的癌周巨噬细胞和CD103细胞毒性T淋巴细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和空间转录组学	NA	RNA	肝细胞癌患者
578	2024-12-13	Microglial polarization pathways and therapeutic drugs targeting activated microglia in traumatic brain injury 2024-Dec-07, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00810 PMID:39665832	综述	本文综述了创伤性脑损伤中微胶质细胞的极化途径及靶向激活微胶质细胞的治疗药物	本文探讨了通过调节Toll样受体4/核因子-kappa B、丝裂原活化蛋白激酶、Janus激酶/信号转导子和转录激活子、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B、Notch和高迁移率族框1等信号通路来减轻微胶质细胞引发的炎症反应，并介绍了基于这些通路的药物和细胞替代治疗策略	药物和间充质干细胞治疗策略的应用仍面临许多挑战，未来需要进一步研究	探讨创伤性脑损伤中微胶质细胞的极化途径及靶向治疗策略	创伤性脑损伤中的微胶质细胞及其极化途径	NA	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序、转录组分析	NA	NA	NA
579	2024-12-13	A low level of tumor necrosis factor α in tumor microenvironment maintains the self-renewal of glioma stem cells by Vasorin-mediated glycolysis 2024-Dec-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae147 PMID:39093693	研究论文	研究探讨了肿瘤微环境中低水平的肿瘤坏死因子α（TNFα）如何通过Vasorin介导的糖酵解维持胶质瘤干细胞（GSCs）的自我更新	首次揭示了TNFα通过Vasorin介导的糖酵解机制维持GSCs自我更新的作用，并解释了内源性TNFα在胶质母细胞瘤（GBM）治疗中失效的原因	研究主要基于体外和体内模型，尚未在临床试验中验证其有效性	探讨TNFα在肿瘤微环境中对GSCs自我更新的影响及其机制	胶质瘤干细胞（GSCs）和肿瘤微环境中的TNFα	数字病理学	脑癌	空间转录组学、免疫印迹、球体形成实验、极限稀释、基因表达分析、质谱、RNA测序、qRT-RNA、免疫荧光、免疫组织化学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中明确提及
580	2024-12-13	Immune landscape of isocitrate dehydrogenase-stratified primary and recurrent human gliomas 2024-Dec-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae139 PMID:39126294	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和光谱细胞术分析了48个人类胶质瘤的免疫景观，揭示了IDH状态、复发和治疗对免疫微环境的影响	发现了22种与胶质瘤免疫相关的免疫细胞类型，并识别出表达颗粒酶的炎症性小胶质细胞亚群，提供了超越M1/M2范式的巨噬细胞极化框架和GlioTIME-36参考签名	NA	研究IDH状态、复发和治疗对人类胶质瘤免疫微环境的影响	人类胶质瘤的免疫细胞和免疫微环境	数字病理学	脑肿瘤	单细胞转录组学，光谱细胞术	NA	转录组数据	48个人类胶质瘤样本，包含超过200万免疫细胞