单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
561	2025-07-01	Macrophage Dysfunction in Respiratory Disease 2024, Results and problems in cell differentiation DOI:10.1007/978-3-031-65944-7_9 PMID:39406908	research paper	本文探讨了肺部巨噬细胞的起源、表型和功能，以及它们在呼吸系统疾病中的功能障碍	利用谱系追踪和单细胞RNA测序技术，深入理解巨噬细胞在肺部稳态调节中的作用及其在疾病中的变化	未具体说明研究样本量或实验设计的详细限制	研究巨噬细胞功能障碍的机制，以开发针对慢性呼吸系统疾病的靶向治疗	肺部巨噬细胞及其在慢性阻塞性肺病(COPD)、哮喘、囊性纤维化和特发性肺纤维化(IPF)等疾病中的表现	呼吸系统疾病研究	慢性阻塞性肺病, 哮喘, 囊性纤维化, 特发性肺纤维化	谱系追踪, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
562	2025-06-30	The brain microvasculature is a primary mediator of interferon-α neurotoxicity in human cerebral interferonopathies 2024-07-09, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.05.017 PMID:38878770	研究论文	本文研究了Aicardi-Goutières综合征（AGS）中干扰素-α（IFN-α）的神经毒性机制，发现脑微血管是IFN-α神经毒性的主要介导者	首次证实脑微血管是IFN-α神经毒性的主要介导者，并发现内皮细胞IFNAR信号传导在AGS相关小血管病中的作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	阐明AGS中IFN-α神经毒性的来源和作用机制	AGS患者和小鼠模型	神经免疫学	Aicardi-Goutières综合征	单细胞RNA测序、MRI、单分子ELISA	小鼠模型	基因表达数据、影像数据	未明确说明人类样本数量，使用转基因小鼠模型
563	2025-06-29	THBS2 + cancer-associated fibroblasts promote EMT leading to oxaliplatin resistance via COL8A1-mediated PI3K/AKT activation in colorectal cancer 2024-Dec-28, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02180-y PMID:39732719	研究论文	本研究探讨了THBS2+癌症相关成纤维细胞（CAFs）通过COL8A1介导的PI3K/AKT激活促进上皮-间质转化（EMT），从而导致结直肠癌（CRC）对奥沙利铂耐药的作用机制	首次发现THBS2+CAFs通过COL8A1-ITGB1-PI3K/AKT信号通路促进EMT和奥沙利铂耐药，为克服CRC耐药提供了新策略	未提及样本量大小，且研究结果主要基于体外实验，临床转化价值需要进一步验证	探索特定CAFs亚群促进结直肠癌奥沙利铂耐药的分子机制	THBS2+癌症相关成纤维细胞（CAFs）和结直肠癌细胞	肿瘤生物学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学分析	NA	基因表达数据	NA
564	2025-06-29	Cholinergic Neuronal Activity Promotes Diffuse Midline Glioma Growth through Muscarinic Signaling 2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.21.614235 PMID:39386427	research paper	研究发现胆碱能神经元活动通过毒蕈碱信号促进弥漫性中线胶质瘤的生长	揭示了胆碱能神经元活动通过特定回路促进健康少突胶质前体细胞和恶性胶质瘤增殖的新机制，并发现毒蕈碱受体M1和M3在此过程中的关键作用	研究主要关注胆碱能神经元的作用，其他神经调节神经元亚群的影响仍需进一步探索	探究胆碱能神经元活动对弥漫性中线胶质瘤生长的影响机制	健康少突胶质前体细胞(OPC)和恶性弥漫性中线胶质瘤(DMG)细胞	神经肿瘤学	弥漫性中线胶质瘤	光遗传学刺激、单细胞RNA测序、共培养系统	小鼠模型、hiPSC衍生神经元模型	基因表达数据、细胞增殖数据	原发性患者DMG样本和小鼠模型
565	2025-06-29	Distinct tumor-TAM interactions in IDH-stratified glioma microenvironments unveiled by single-cell and spatial transcriptomics 2024-08-16, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01837-5 PMID:39148129	研究论文	通过单细胞和空间转录组学揭示了IDH分层胶质瘤微环境中肿瘤-TAM的独特相互作用	揭示了IDH-WT胶质母细胞瘤中两种具有间充质表型的TAM亚群，与患者生存率较低和对抗PD-1免疫检查点抑制剂的反应减弱相关，并提出了SLAMF9受体作为潜在治疗靶点	研究未涉及IDH突变型胶质瘤中TAMs的详细功能验证	探究IDH分层胶质瘤微环境中肿瘤-TAM的相互作用及其对治疗的影响	胶质瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	数字病理学	胶质瘤	单细胞转录组学, 空间转录组学, bulk RNA-seq, RT-qPCR	NA	转录组数据	NA
566	2025-06-29	Whole-cortex in situ sequencing reveals input-dependent area identity 2024-Apr-24, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07221-6 PMID:38658747	研究论文	通过全皮层原位测序技术揭示输入依赖性区域特性	使用BARseq高通量原位测序技术，首次在细胞分辨率下分析了104个细胞类型标记基因在1030万个细胞中的表达，揭示了皮层区域特性与转录组特征的关联	研究仅在小鼠前脑半球进行，结果在人类中的适用性尚不明确	探索大脑皮层神经元转录组特征的空间组织及其发育机制	小鼠前脑皮层神经元	神经科学	NA	BARseq高通量原位测序	NA	基因表达数据	1030万个细胞（包括4,194,658个皮层神经元）来自9个小鼠前脑半球
567	2025-06-27	FABP5+ macrophages contribute to lipid metabolism dysregulation in type A aortic dissection 2024-Dec-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113438 PMID:39447410	研究论文	本研究通过多组学方法揭示了FABP5+巨噬细胞在A型主动脉夹层脂质代谢紊乱中的作用	首次系统评估了非免疫细胞与免疫细胞在主动脉夹层中的相互作用及其对代谢的影响，并发现了FABP5+巨噬细胞的新作用	研究结果需要在更大规模的临床样本中进一步验证	阐明A型主动脉夹层中脂质代谢紊乱的机制	A型主动脉夹层患者和小鼠模型	代谢组学	心血管疾病	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 脂质代谢组学	NA	RNA测序数据, 代谢组数据	TAAD患者和小鼠模型（具体数量未说明）
568	2025-06-27	Spatial Proteomics towards cellular Resolution 2024-Dec-25, Expert review of proteomics IF:3.8Q1 DOI:10.1080/14789450.2024.2445809 PMID:39710940	review	本文综述了基于非靶向质谱的空间蛋白质组学工作流程及其在细胞分辨率方向上的最新进展	强调了组织解剖、样本处理、生物信息学和液相色谱-质谱技术在推动空间蛋白质组学向细胞分辨率发展中的最新进展	需要进一步发展数据分析和自动化智能组织解剖技术，以及高通量LC-MS分析	推动空间蛋白质组学向细胞分辨率发展，以更深入地理解组织微环境的分子水平空间组织	组织微环境中的基因表达、遗传变异、蛋白质表达和代谢物/脂质分布	空间生物学	NA	非靶向质谱（MS）、液相色谱-质谱（LC-MS）	NA	蛋白质组数据	NA
569	2025-06-27	Prostate luminal cell plasticity and cancer 2024-Dec-25, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217430 PMID:39730086	综述	本文综述了前列腺癌中细胞可塑性的研究进展及其在治疗抵抗中的作用	总结了利用免疫活性基因工程小鼠模型研究前列腺癌进展中细胞可塑性和克隆动态变化的最新成果	未明确阐述表观遗传改变如何影响肿瘤免疫原性的具体机制	探讨前列腺癌细胞可塑性在疾病发展和治疗抵抗中的作用	前列腺癌细胞可塑性及其与肿瘤微环境和表观遗传调控的关系	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序、遗传谱系追踪	基因工程小鼠模型	NA	NA
570	2025-06-27	Single-Cell RNA-Seq Analysis Links DNMT3B and PFKFB4 Transcriptional Profiles with Metastatic Traits in Hepatoblastoma 2024-Oct-31, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14111394 PMID:39595571	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析，将DNMT3B和PFKFB4的转录谱与肝母细胞瘤的转移特性联系起来	发现DNMT3B和PFKFB4的双重过表达与肝母细胞瘤患者的转移风险相关，并开发了一个代谢评分作为独立的转移预测指标	研究样本可能有限，且未在独立队列中进行验证	探索肝母细胞瘤中代谢酶的过表达与转移风险的关系	肝母细胞瘤患者和非癌肝组织	数字病理学	肝母细胞瘤	单细胞RNA测序	ElasticNet, 逻辑回归	转录组数据	GSE131329转录组数据集中的样本
571	2025-06-27	Single-cell RNA sequencing data analysis utilizing multi-type graph neural networks 2024-09, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108921 PMID:39059210	研究论文	本文提出了一种利用多类型图神经网络（scDMG）进行单细胞RNA测序数据分析的新模型	scDMG模型结合了去噪自编码器和多类型图神经网络，能够学习细胞间拓扑信息和scRNA-seq数据的潜在表示，有效处理数据降维、去噪和分类问题	未明确提及具体局限性	解决单细胞RNA测序数据分析中的降维、去噪和聚类问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	去噪自编码器（DAE）、多类型图神经网络（GNN）、ZINB模型	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本量
572	2025-06-27	Identification of miRNA signature in cancer-associated fibroblast to predict recurrent prostate cancer 2024-09, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108989 PMID:39142223	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，建立了一个与癌症相关成纤维细胞(CAFs)相关的microRNAs模型，用于预测前列腺癌的复发	首次建立了一个基于9种CAFs相关miRNAs的预后模型，用于预测前列腺癌的生化复发，并确定了NVP-TAE684作为潜在的治疗药物	研究样本量较小，仅涉及34名前列腺癌患者，且未在其他独立队列中进行验证	开发一个CAFs相关的miRNAs模型，用于预测前列腺癌的预后和指导个体化精准治疗	前列腺癌患者的癌症相关成纤维细胞(CAFs)	生物信息学	前列腺癌	scRNA-seq, buRNA-seq, qRT-PCR, CCK8, 伤口愈合实验, 克隆形成实验, 细胞迁移实验, 小鼠异种移植模型	Lasso, Random Forest, SVM	RNA测序数据	34名前列腺癌患者的样本
573	2025-06-27	APOE Christchurch enhances a disease-associated microglial response to plaque but suppresses response to tau pathology 2024-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.03.597211 PMID:38895362	研究论文	研究APOE Christchurch变异对淀粉样斑块和tau病理的微胶质细胞反应的影响	揭示了APOE Christchurch变异在不同病理模型中调节微胶质细胞反应的双重作用	研究仅基于小鼠模型，未在人类中进行验证	探究APOE Christchurch变异如何发挥其对阿尔茨海默病的保护作用	5xFAD淀粉样变性小鼠模型和PS19 tau病变小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病	免疫组织化学、生化分析、单细胞空间转录组学和蛋白质组学	小鼠模型	分子和细胞数据	未明确说明，但涉及两种小鼠模型
574	2025-06-27	Single-cell and Spatial Transcriptomics Identified Fatty Acid-binding Proteins Controlling Endothelial Glycolytic and Arterial Programming in Pulmonary Hypertension 2024-Apr-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.11.579846 PMID:38370670	research paper	该研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了脂肪酸结合蛋白FABP4和FABP5在肺动脉高压（PAH）中调控内皮细胞糖酵解和动脉编程的作用机制	首次发现FABP4和FABP5在PAH内皮细胞中的异常表达及其通过促进糖酵解和远端动脉编程加剧血管重塑的机制	研究主要基于动物模型和有限的患者样本，临床转化需要进一步验证	阐明肺动脉高压的细胞分子机制并开发新的治疗靶点	肺动脉内皮细胞（PAECs）和肺动脉高压动物模型	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 空间转录组分析	NA	转录组数据	IPAH患者血浆样本、PH大鼠和基因敲除小鼠模型
575	2025-06-26	scEMB: Learning context representation of genes based on large-scale single-cell transcriptomics 2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.24.614685 PMID:39386549	研究论文	介绍了一种基于transformer的深度学习模型scEMB，用于从大规模单细胞转录组数据中学习基因的上下文表示	scEMB采用创新的分箱策略整合多平台数据，有效保留基因表达层次和细胞类型特异性，并在下游任务中表现优于现有模型	未明确提及具体局限性	从复杂基因表达数据中提取有生物学意义的见解，加速精准医学和治疗开发的发现	大规模单细胞转录组数据	机器学习	阿尔茨海默病	单细胞转录组技术	transformer	单细胞转录组数据	超过3000万个单细胞转录组
576	2025-06-26	scHD4E: Novel ensemble learning-based differential expression analysis method for single-cell RNA-sequencing data 2024-08, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.108769 PMID:38897145	研究论文	提出了一种基于集成学习的单细胞RNA测序数据差异表达分析方法scHD4E	scHD4E仅使用四种顶级方法进行集成学习，相比现有方法scDEA（使用12种方法）表现更优	未提及具体局限性	开发更准确稳定的单细胞RNA测序数据差异表达分析方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	集成学习	基因表达数据	六个真实scRNA-seq数据集和五个实验数据集
577	2025-06-26	Historic obstacles and emerging opportunities in the field of developmental metabolism - lessons from Heidelberg 2024-Jun-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202937 PMID:38912552	综述	本文总结了2023年EMBO研讨会'发育代谢：能量、物质和信息的流动'中的关键讨论，强调了现代发育生物学面临的挑战与机遇	探讨了代谢组学、小分子传感器、单细胞RNA测序和计算模型等新技术如何为发育代谢领域带来全新的研究方向	NA	探索发育代谢领域的新机遇与技术进展	细胞特异性和组织特异性代谢网络、器官间代谢通讯以及基因与代谢物在时空上的相互作用	发育生物学	NA	代谢组学、小分子传感器、单细胞RNA测序、计算模型	NA	代谢数据、基因表达数据	NA
578	2025-06-24	Distinct Inflammatory Programs Underlie the Intramuscular Lipid Nanoparticle Response 2024-12-03, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.4c08490 PMID:39563529	research paper	该研究探讨了mRNA/脂质纳米颗粒（LNP）在肌肉组织中的免疫原性，揭示了两种不同的炎症基因表达程序	研究发现mRNA和LNP协同作用，为有效疫苗接种提供必要的先天免疫刺激，并提出了疫苗和治疗药物的设计框架	研究仅评估了9种常见的LNP，可能无法涵盖所有可能的LNP类型	评估mRNA/LNP的佐剂性及其在肌肉组织中的免疫反应	mRNA/脂质纳米颗粒（LNP）及其在肌肉组织中的免疫反应	基因治疗	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	9种化学性质不同的LNP
579	2025-06-24	Unraveling the spatial organization and development of human thymocytes through integration of spatial transcriptomics and single-cell multi-omics profiling 2024-09-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51767-y PMID:39237503	研究论文	通过整合空间转录组学和单细胞多组学分析，揭示人类胸腺细胞的空间组织和发展	开发了TSO-his工具，整合单细胞和空间转录组学数据，首次在单细胞分辨率下重建胸腺空间结构，并发现新的共定位关系	NA	解析人类胸腺的空间组织结构和T细胞发育过程	人类胸腺细胞	生物信息学	NA	空间转录组学、单细胞多组学分析、VDJ测序	NA	转录组数据、空间数据	NA
580	2025-06-24	Spatial transcriptomics defines injury specific microenvironments and cellular interactions in kidney regeneration and disease 2024-09-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51186-z PMID:39237549	research paper	利用单细胞空间转录组学技术研究小鼠肾脏缺血再灌注损伤，揭示损伤特异性和空间依赖的基因表达模式	应用空间转录组学技术揭示了肾脏损伤后不同细胞微环境中的基因表达模式及细胞间相互作用，特别是Clcf1-Crfl1在近端小管细胞和成纤维细胞间的分子互作	研究仅针对小鼠模型，尚未在人类肾脏损伤中进行验证	解析肾脏损伤后分子通路和细胞互作，以增进对损伤、修复和疾病的理解	小鼠肾脏缺血再灌注损伤模型	digital pathology	kidney disease	single cell spatial transcriptomics	NA	spatial transcriptomics data	小鼠肾脏样本