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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5621 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptome analysis reveals immunosuppressive landscape in overweight and obese colorectal cancer
2024-02-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-04921-5
PMID:38311726
|
研究论文 | 本研究探讨了超重和肥胖结直肠癌(CRC)的免疫抑制环境和代谢特征 | 首次在单细胞层面揭示了超重和肥胖CRC的免疫抑制微环境和特定代谢重编程 | 样本量相对较小,仅包括15名超重/肥胖及15名正常体重CRC患者 | 深入理解超重和肥胖CRC的肿瘤特征以推动更有效的治疗方案 | 超重/肥胖及正常体重的结直肠癌患者的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞转录组数据 | 192,785个细胞,来自30名CRC患者的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 5622 | 2024-08-05 |
A fast, scalable and versatile tool for analysis of single-cell omics data
2024-Feb, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-02139-9
PMID:38191932
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研究论文 | 本文介绍了一种用于单细胞组学数据分析的非线性降维算法SnapATAC2 | 该算法在提高单细胞组学数据异质性捕捉精度的同时,确保了运行时和内存使用的高效性 | 传统降维技术在计算效率和生物多样性描述上仍面临挑战 | 研究单细胞组学数据的降维与细胞异质性分析 | 多种单细胞组学数据集,包括单细胞RNA测序等 | 数字病理 | NA | 单细胞组学技术 | 非线性降维算法 | 组学数据 | 多个单细胞组学数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 5623 | 2024-08-05 |
Prognostic and predictive value of super-enhancer-derived signatures for survival and lung metastasis in osteosarcoma
2024-01-22, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-04902-8
PMID:38254188
|
研究论文 | 本研究探讨了超增强子衍生签名在骨肉瘤生存和肺转移中的预后和预测价值 | 该研究开发了基于超增强子的预后签名,显著提高了骨肉瘤患者的预后准确性 | 本研究仅基于回顾性分析,缺乏前瞻性验证 | 提高骨肉瘤患者的预后评估准确性 | 研究对象为212名接受标准治疗的骨肉瘤患者 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | RNA-seq | Cox回归模型 | 基因表达数据 | 212名骨肉瘤患者的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 5624 | 2024-08-05 |
The role of immune cells in different stages of atherosclerosis
2024, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.94570
PMID:38774746
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综述 | 本文探讨了免疫细胞在动脉粥样硬化不同阶段的作用 | 强调了免疫细胞亚型的多样性及其在动脉粥样硬化进展中的适应性 | 未详细探讨临床应用的具体策略 | 理解免疫细胞及其亚型如何影响动脉粥样硬化的发展 | 关注动脉粥样硬化病变内的免疫细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 高维质谱和单细胞RNA测序 | NA | 细胞、组织样本 | 利用动脉粥样硬化病变中的白血球样本 | NA | NA | NA | NA |
| 5625 | 2024-08-05 |
Tissue-resident C1q + macrophages exert anti-aging potential through the Sirt1 pathway
2024-Jul, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
IF:4.8Q2
DOI:10.1007/s00011-024-01883-8
PMID:38724770
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研究论文 | 研究表明C1q+巨噬细胞通过Sirt1通路发挥抗衰老潜力 | 首次识别C1q+巨噬细胞在衰老过程中慢性炎症中的相关性 | 目前对老化组织中常驻免疫细胞的Sirt通路角色尚不明确 | 探讨Sirt1通路在老化组织常驻免疫细胞中的作用 | 老龄小鼠模型中的常驻免疫细胞 | 数字病理学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 年轻和老龄小鼠的单细胞数据 | NA | NA | NA | NA |
| 5626 | 2024-08-05 |
Macrophages as determinants and regulators of systemic sclerosis-related interstitial lung disease
2024-Jun-27, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05403-4
PMID:38937794
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研究论文 | 本文探讨了巨噬细胞在系统性硬化症相关间质性肺病中的影响和调节作用 | 首次通过单细胞RNA测序区分系统性硬化症相关间质性肺病与特发性肺纤维化,并提出了潜在的预防和治疗方向 | 研究限于使用NCBI Gene Expression Omnibus数据库,可能存在样本偏差 | 阐明系统性硬化症相关间质性肺病与特发性肺纤维化的病理机制差异 | 通过单细胞分析研究健康对照组、特发性肺纤维化及系统性硬化症相关间质性肺病的肺组织样本 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 利用来自GSE159354和GSE212109的样本进行分析 | NA | NA | NA | NA |
| 5627 | 2024-08-05 |
The Alk receptor tyrosine kinase regulates Sparkly, a novel activity regulating neuropeptide precursor in the Drosophila central nervous system
2024-Jun-21, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.88985
PMID:38904987
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研究论文 | 本文描述了Alk受体酪氨酸激酶在果蝇中枢神经系统中调控一种新的神经肽前体的作用 | 揭示了Alk信号通路在神经内分泌基因表达转录调控中的新功能,以及新发现的神经肽前体作为Alk信号的转录靶标 | 对Alk信号通路的具体分子机制理解仍然较为有限 | 探讨Alk受体酪氨酸激酶在果蝇中枢神经系统中的功能及其调控机制 | 研究对象为果蝇幼虫的中枢神经系统和相关的基因表达 | 神经生物学 | NA | Targeted DamID (TaDa) 转录剖析 | NA | scRNA-seq数据和转录组数据 | 果蝇幼虫的中枢神经系统组织 | NA | NA | NA | NA |
| 5628 | 2024-08-05 |
Branching topology of the human embryo transcriptome revealed by Entropy Sort Feature Weighting
2024-Jun-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.202832
PMID:38691188
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研究论文 | 本文展示了一种新的用于单细胞转录组学分析的特征选择数学框架Entropic Sorting。 | 创新点在于提出了连续熵排序特征加权(cESFW),并展示其在细胞状态特异基因区分上的优越性。 | 未提及具体的局限性 | 研究的目的是开发一种新的特征选择方法,以更好地分析人胚胎发育中的单细胞转录组数据。 | 研究对象为六个合并的人类早期胚胎发育的单细胞转录组数据集。 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 六个单细胞转录组数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 5629 | 2024-08-05 |
A broken network of susceptibility genes in the monocytes of Crohn's disease patients
2024-Sep, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202302394
PMID:38925865
|
研究论文 | 本研究探讨了Crohn病患者和健康对照组中232个易感基因的表达网络 | 研究提供了单细胞水平上单核细胞易感基因网络状态的新见解,强调了基因网络的破裂与Crohn病的发病机制之间的关系 | 缺乏对其他免疫细胞类型易感基因表达的综合分析 | 明确Crohn病患者单核细胞中易感基因的表达网络及其在病理中的作用 | Crohn病患者及健康对照组的单核细胞 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 生物信息学分析和单细胞转录组数据集 | NA | 基因表达数据 | 包含了多个克罗恩病患者和健康对照的单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 5630 | 2024-08-05 |
Global dynamics and cytokinin participation of salt gland development trajectory in recretohalophyte Limonium bicolor
2024-Jun-28, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiae199
PMID:38588029
|
研究论文 | 本文研究了盐腺的发展轨迹及其相关的分子机制 | 通过单细胞RNA测序揭示了海熏衣草盐腺的演变及细胞命运的决定机制 | 研究仅基于盐腺发育的特定阶段,可能无法全面反映整个发育过程 | 揭示盐腺的发育轨迹以及细胞命运决定的分子机制 | 研究对象为海熏衣草(Limonium bicolor)中的盐腺及其相关基因 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5631 | 2024-08-05 |
Breast cancer patient-derived organoids for the investigation of patient-specific tumour evolution
2024-Jun-27, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-024-03375-5
PMID:38926706
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研究论文 | 开发了一种可靠的来自乳腺癌患者的类器官模型,以调查肿瘤演变 | 首次利用患者来源的类器官模型研究新辅助化疗和手术前后的肿瘤演变 | 研究基于单一病例,需要更多样本验证普遍性 | 研究患者特异性的肿瘤演变过程 | 69岁乳腺癌女性患者的组织样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 生物信息学分析、单细胞RNA测序、药物筛选 | 类器官 | 组织培养 | 2个类器官样本(则为治疗前后的组织) | NA | NA | NA | NA |
| 5632 | 2024-08-04 |
MOI is a comprehensive database collecting processed multi-omics data associated with viral infection
2024-06-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-65629-6
PMID:38926513
|
研究论文 | 本研究开发了一个名为'MOI'的综合数据库,聚合与病毒感染相关的处理过的多组学数据 | MOI数据库填补了缺乏集中存储病毒宿主反应数据的空白,并为病毒宿主相互作用的深入研究提供了宝贵资源 | 本文未提及数据库的持续更新和数据验证过程的具体细节 | 研究病毒宿主相互作用的分子机制,以推动对病毒致病机制的理解及治疗干预的发展 | 涉及3200多个病毒感染样本,包括人类和小鼠感染 | 数字病理学 | NA | RNA测序, ChIP测序, ATAC-seq | NA | 多组学数据 | 3200多个病毒感染样本 | NA | NA | NA | NA |
| 5633 | 2024-08-05 |
Mobilization and activation of tumor-infiltrating dendritic cells inhibits lymph node metastasis in intrahepatic cholangiocarcinoma
2024-Jun-26, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-024-02079-z
PMID:38926350
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研究论文 | 本文研究了肝内胆管癌中肿瘤浸润性树突状细胞的动员与激活对淋巴结转移的抑制作用 | 揭示了肿瘤细胞内源性β-连环蛋白激活作为在肝内胆管癌中逃避树突状细胞介导的抗肿瘤免疫的关键机制 | 尚未探讨FL-pIC疗法或β-连环蛋白抑制剂的临床有效性 | 探讨淋巴结转移的机制及肿瘤免疫控制的潜在治疗方法 | 研究了244例肝内胆管癌样本中的树突状细胞浸润和相关免疫细胞的相互作用 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | scRNA-seq和bulk RNA-seq | NA | RNA序列数据 | 219例手术切除的肝内胆管癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 5634 | 2024-08-05 |
The Advancement and Application of the Single-Cell Transcriptome in Biological and Medical Research
2024-Jun-19, Biology
DOI:10.3390/biology13060451
PMID:38927331
|
综述 | 本文回顾了单细胞RNA测序技术的发展及其在生物和医学研究中的应用 | 深入分析了不同单细胞转录组技术的发展过程,并总结其与其他组学分析的整合 | 当前单细胞转录组技术仍不完善,存在一些不足之处 | 帮助更深入理解scRNA-seq技术及其在生物和医学研究中的应用 | 单细胞转录组数据及其在多个研究领域的应用 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5635 | 2024-08-05 |
Single-Cell Transcriptomic and Targeted Genomic Profiling Adjusted for Inflammation and Therapy Bias Reveal CRTAM and PLCB1 as Novel Hub Genes for Anti-Tumor Necrosis Factor Alpha Therapy Response in Crohn's Disease
2024-Jun-19, Pharmaceutics
IF:4.9Q1
DOI:10.3390/pharmaceutics16060835
PMID:38931955
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研究论文 | 该研究揭示了 CRTAM 和 PLCB1 作为克罗恩病抗肿瘤坏死因子 Alpha 治疗反应的新中心基因 | 该研究采用单细胞 RNA 测序探索特定免疫细胞亚群体,为抗 TNFα 生物治疗的生物标志物发现提供了新的视角 | 本研究主要集中于特定细胞类型,可能未能涵盖更广泛的生物标志物探索 | 研究抗肿瘤坏死因子 Alpha 治疗的生物标志物以改善克罗恩病患者的个性化治疗 | 克罗恩病患者的外周血单核细胞基因表达 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 单细胞 RNA 测序 | 机器学习 | 基因表达数据 | 来自不同治疗状态的克罗恩病患者的外周血单核细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 5636 | 2024-08-04 |
Advances in Single-Cell Transcriptome Sequencing and Spatial Transcriptome Sequencing in Plants
2024-Jun-18, Plants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/plants13121679
PMID:38931111
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研究论文 | 文章概述了植物单细胞转录组和空间转录组测序的研究进展以及它们在植物中的应用和挑战 | 介绍了单细胞和空间转录组测序技术的创新以及其对细胞特异性表达的揭示 | 该研究主要集中在植物领域,可能不适用于动物细胞转录组的分析 | 探讨单细胞和空间转录组测序在植物研究中的应用 | 主要研究植物组织中单个细胞的转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序与空间转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5637 | 2024-08-04 |
Exploring the Molecular Mechanism of Comorbidity of Type 2 Diabetes Mellitus and Colorectal Cancer: Insights from Bulk Omics and Single-Cell Sequencing Validation
2024-Jun-14, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14060693
PMID:38927096
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研究论文 | 本研究首次使用批量RNA测序和单细胞RNA测序数据探讨2型糖尿病与结直肠癌之间的分子机制 | 本研究揭示了EVPL和ENTPD3作为2型糖尿病和结直肠癌共病的特征分子,强调了免疫机制在这两种疾病共同发展的重要性 | 本研究可能在探索分子机制方面存在一定的局限性,尤其是需要更多样本验证结果 | 研究2型糖尿病与结直肠癌之间的共享分子机制 | 重点研究EVPL和ENTPD3这两个核心共病基因 | 数字病理学 | 2型糖尿病和结直肠癌 | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5638 | 2024-08-04 |
Accurate Identification of Spatial Domain by Incorporating Global Spatial Proximity and Local Expression Proximity
2024-Jun-09, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14060674
PMID:38927077
|
研究论文 | 文章提出了一种新的深度学习方法SECE,用于准确识别空间转录组数据中的空间域 | 提出的SECE方法结合了局部与全局空间关系,充分利用空间信息,提高了识别精度 | 研究未提及可能在不同生物组织中的适用性 | 旨在提高空间转录组数据分析中空间域的识别准确性 | 针对真实的空间转录组数据集进行分析 | 数字病理学 | NA | 深度学习 | NA | 空间转录组数据 | 六个真实数据集,涵盖四个不同平台 | NA | NA | NA | NA |
| 5639 | 2024-08-05 |
Integrated Analysis of scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq Reveals Metabolic Reprogramming of Liver Cancer and Establishes a Prognostic Risk Model
2024-Jun-08, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes15060755
PMID:38927691
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研究论文 | 该文章分析了肝癌的代谢重编程,并建立了预后风险模型 | 通过单细胞转录组分析和代谢视角建立的预后风险模型对于肝癌的精确预防和治疗具有重要意义 | 该研究仅限于所选样本,可能无法广泛适用于所有肝癌患者 | 旨在提供肝癌患者的分层和精确治疗方法 | 研究对象包括105,829个单细胞转录组分析中识别的11种细胞类型 | 数字病理 | 肝癌 | scRNA-Seq和Bulk RNA-Seq | NA | 细胞数据 | 105,829个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 5640 | 2024-08-04 |
Ploidy inference from single-cell data: application to human and mouse cell atlases
2024-06-05, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyae061
PMID:38651869
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研究论文 | 本研究开发了一种从单细胞ATAC-seq数据推断细胞倍性的统计方法 | 首次将倍性分析集成到单细胞研究中,并能够系统地检测多倍性 | 可能需要额外的测定步骤以测量倍性 | 旨在填补单细胞研究中倍性分析的空白 | 人类和小鼠细胞图谱的数据 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞ATAC-seq | NA | 单细胞数据 | 人类和小鼠的多个细胞类型 | NA | NA | NA | NA |