单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
541	2025-07-03	Salivary Gland Tissue Recombination Can Modify Cell Fate 2024-07, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241247484 PMID:38715201	研究论文	通过单细胞RNA测序和成像分析，研究胚胎小鼠唾液腺组织中间质和上皮重组对细胞命运的影响	首次全面无偏地分子表征了组织重组方法在探索细胞命运调控中的作用，并发现了双向诱导的证据	研究仅限于小鼠胚胎唾液腺组织，未涉及其他器官或发育阶段	阐明组织相互作用在细胞分化中的具体作用	胚胎小鼠的腮腺（浆液腺）和颌下腺（主要为粘液腺）	分子生物学	NA	单细胞RNA测序、成像分析	NA	基因表达数据、图像数据	胚胎小鼠唾液腺组织
542	2025-07-03	Similarity Network Analysis of the Adaptive Immune Response in the Proximal Airway 2024-Jul, The Laryngoscope DOI:10.1002/lary.31376 PMID:38450771	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和相似性网络分析，探讨了特发性声门下狭窄（iSGS）患者近端气道黏膜中适应性免疫反应的T细胞克隆分布及其抗原靶点	首次揭示了健康气道黏膜中T细胞克隆在多个解剖亚位点的高度保守性，以及iSGS患者疤痕组织中低频率克隆共享抗原靶点的现象	样本量相对较小（iSGS患者32例，健康对照10例），且仅针对特发性声门下狭窄这一特定疾病	探究近端气道黏膜中适应性免疫反应的T细胞克隆分布及其抗原靶点	特发性声门下狭窄患者（iSGS）和健康对照者的气道黏膜组织	免疫学	特发性声门下狭窄	单细胞RNA测序，T细胞受体（TCR）序列分析，GLIPH2算法	NA	RNA测序数据	iSGS患者32例，健康对照10例
543	2025-07-03	Non-canonical Wnt pathway expression in the developing mouse and human retina 2024-Jul, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2024.109947 PMID:38815793	研究论文	本研究通过分析小鼠和人类视网膜以及人类视网膜类器官的单细胞RNA测序数据，探讨了非经典Wnt通路在视网膜发育和突触形成中的作用	发现了小鼠和人类FZD3和WNT10A的差异表达模式，以及在小鼠Chat星爆无长突细胞中未描述的Wnt2b表达	研究主要依赖于公开可用的单细胞RNA测序数据，可能受限于数据的质量和覆盖范围	探讨非经典Wnt通路在小鼠和人类视网膜发育及突触形成中的作用	小鼠视网膜、人类视网膜和人类视网膜类器官	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)、荧光原位杂交(FISH)	NA	RNA测序数据、图像数据	多个发育时间点的小鼠视网膜、人类视网膜和人类视网膜类器官数据
544	2025-07-03	Molecular heterogeneity of quiescent melanocyte stem cells revealed by single-cell RNA-sequencing 2024-07, Pigment cell & melanoma research IF:3.9Q2 DOI:10.1111/pcmr.13169 PMID:38613320	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示静止黑色素细胞干细胞的分子异质性	确认了静止黑色素细胞干细胞(qMcSCs)的现有分子特征，并发现了新的qMcSC亚群，其中两个亚群差异调节其免疫特权状态	研究仅基于成年雌性C57BL/6J小鼠的皮肤样本，可能不适用于其他物种或性别	探究静止黑色素细胞干细胞的分子异质性	成年雌性C57BL/6J小鼠的静止黑色素细胞干细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	来自成年雌性C57BL/6J小鼠的KIT+/CD45-细胞
545	2024-08-07	Comment on Hu et al. Single-Cell Transcriptomics Reveals Novel Role of Microglia in Fibrovascular Membrane of Proliferative Diabetic Retinopathy. Diabetes 2022;71:762-773 2024-Jul-01, Diabetes.. IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db24-0041 PMID:38900953	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
546	2025-07-03	Positionally distinct interferon stimulated dermal immune acting fibroblasts promote neutrophil recruitment in Sweet's syndrome 2024-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.24.600500 PMID:38979312	研究论文	本文通过单核和批量转录组学分析Sweet综合征的皮肤样本，揭示了干扰素信号在Sweet综合征中的作用，并发现不同位置的免疫活性成纤维细胞在促进中性粒细胞招募中的功能	首次在Sweet综合征中识别出位置不同的免疫活性成纤维细胞亚群，并阐明了它们通过识别I型干扰素在疾病发病机制中的作用	研究基于临床存档样本和体外培养的成纤维细胞，可能无法完全反映体内复杂环境	阐明Sweet综合征中中性粒细胞浸润的分子机制	Sweet综合征患者的皮肤样本和体外培养的原代人皮肤成纤维细胞	皮肤病理学	Sweet综合征	单核转录组学、批量转录组学、单分子分辨率空间转录组学	NA	转录组数据	临床存档的Sweet综合征皮肤样本和体外培养的原代人皮肤成纤维细胞
547	2025-07-03	Sex differences and immune correlates of Long COVID development, persistence, and resolution 2024-Jun-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.18.599612 PMID:38948732	研究论文	本研究探讨了性别差异与长新冠（LC）发展、持续和消退的免疫相关性	揭示了性别特异性的免疫失调在长新冠发病机制中的作用，并识别了与长新冠相关的多种先天和适应性免疫特征	样本量较小（45名患者），且仅基于血液样本分析	研究长新冠的免疫学基础及其性别差异	45名发展为长新冠或康复的新冠患者	免疫学	COVID-19	单细胞转录组学、单细胞蛋白质组学、血浆蛋白质组学	NA	血液样本	45名患者
548	2025-07-03	Anti-PD-1 cancer immunotherapy induces central nervous system immune-related adverse events by microglia activation 2024-06-12, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adj9672 PMID:38865481	研究论文	本文研究了抗PD-1免疫疗法在癌症治疗中引起的中枢神经系统免疫相关不良事件（CNS-irAEs）及其与小胶质细胞激活的关系	揭示了小胶质细胞在抗PD-1免疫疗法诱导的CNS-irAEs中的关键作用，并提出了基于脾酪氨酸激酶（Syk）抑制的治疗方法	研究主要基于小鼠模型，人类患者数据有限，需要进一步验证	探究抗PD-1免疫疗法引起的中枢神经系统免疫相关不良事件的机制	小鼠模型和接受抗PD-1治疗的患者中枢神经系统组织	免疫疗法	癌症	单细胞RNA测序、成像质谱流式细胞术、蛋白质组学方法	NA	基因表达数据、蛋白质数据、影像数据	小鼠模型和一组接受抗PD-1治疗的患者组织样本
549	2025-07-02	Integrated Mendelian randomization and single-cell RNA-sequencing analyses identified OAS1 as a novel therapeutic target for erectile dysfunction via targeting fibroblasts 2024-Dec-24, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-024-00587-7 PMID:39716299	研究论文	通过整合孟德尔随机化和单细胞RNA测序分析，确定了OAS1作为通过靶向成纤维细胞治疗勃起功能障碍的新治疗靶点	首次整合单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析与表达数量性状位点和蛋白质数量性状位点数据，寻找勃起功能障碍的新治疗靶点	需要进一步的实验和临床研究来验证OAS1在勃起功能障碍病理中的功能作用和治疗相关性	识别勃起功能障碍的新治疗靶点	勃起功能障碍患者	生物医学研究	勃起功能障碍	单细胞RNA测序(scRNA-Seq), 孟德尔随机化(MR), 表达数量性状位点(eQTL), 蛋白质数量性状位点(pQTL)	NA	基因表达数据	NA
550	2025-07-02	MAIT cell plasticity enables functional adaptation that drives antibacterial immune protection 2024-12-06, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adp9841 PMID:39642244	研究论文	本文探讨了黏膜相关不变T细胞（MAIT细胞）的可塑性及其在抗菌免疫保护中的功能适应	定义了MAIT1和MAIT17细胞亚群在体内的可塑性，揭示了MAIT17细胞向MAIT1/17和MAIT1细胞的表型和功能转换	未提及具体样本量或实验设计的局限性	理解MAIT细胞在抗感染中的作用及其在疫苗开发中的潜在应用	MAIT细胞及其亚群（MAIT1和MAIT17细胞）	免疫学	细菌感染	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
551	2025-07-02	iGTP: Learning interpretable cellular embedding for inferring biological mechanisms underlying single-cell transcriptomics 2024-Nov-25, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.03.29.24305092 PMID:39649598	research paper	本文提出了一种名为iGTP的新型可解释生成转录程序框架，用于从单细胞转录组数据中推断生物学机制	iGTP框架首次整合了转录程序空间和蛋白质-蛋白质相互作用网络，能够建模不同生物状态间的相互作用	NA	开发可解释的深度学习模型来揭示单细胞转录组数据背后的生物学机制	单细胞转录组数据	bioinformatics	NA	single-cell transcriptomics	Variational AutoEncoder, graph neural network, latent diffusion model	gene expression data	NA
552	2025-07-02	Single-cell transcriptional mapping reveals genetic and non-genetic determinants of aberrant differentiation in AML 2024-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.26.573390 PMID:38234771	研究论文	通过单细胞转录组测序技术，研究急性髓系白血病(AML)中遗传和非遗传因素对异常分化的影响	构建了一个包含263,519个单细胞转录组的人类骨髓造血参考图谱，并利用该图谱分析了超过120万个AML、MPAL和AEL样本的单细胞转录组，揭示了12种AML异常分化的常见模式	正常造血过程的参考图谱不够精确，患者队列样本量较小	研究AML中遗传和非遗传因素对异常分化的影响	急性髓系白血病(AML)、混合表型急性白血病(MPAL)和急性红系白血病(AEL)患者样本	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	263,519个正常造血单细胞转录组和1,200,000个AML、MPAL和AEL样本单细胞转录组
553	2025-07-02	Identification of conserved and tissue-restricted transcriptional profiles for lipid associated macrophages (LAMs) 2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.24.614807 PMID:39386558	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，在小鼠和人类中分析了多种组织和无菌炎症条件下的脂质相关巨噬细胞（LAMs）的转录组特征	揭示了LAMs在多种组织和炎症条件下共享的保守转录特征以及组织特异性的基因程序，并与人类慢性炎症环境中的LAM群体高度保守	研究主要基于小鼠和人类的scRNA-seq数据，可能无法完全反映LAMs在活体中的全部功能特性	探究脂质相关巨噬细胞（LAMs）在不同组织和炎症条件下的转录特征及其在代谢和慢性炎症疾病中的作用	小鼠和人类中的脂质相关巨噬细胞（LAMs）	免疫学	代谢相关疾病（如动脉粥样硬化、肥胖、非酒精性脂肪肝病）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	多种小鼠和人类组织样本
554	2025-07-02	Spatial transcriptomic characterization of pathologic niches in IPF 2024-08-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adl5473 PMID:39121212	研究论文	本研究利用空间转录组学技术对特发性肺纤维化（IPF）和对照患者的肺组织进行了分析，结合单细胞RNA测序数据，识别了三种与疾病相关的微环境	首次通过空间转录组学技术揭示了IPF中三种具有独特细胞组成和定位的疾病相关微环境，包括纤维化微环境、气道巨噬细胞微环境和免疫微环境	研究样本量未明确说明，可能限制结果的普遍性	揭示特发性肺纤维化（IPF）的病理微环境特征，以促进药物靶点的识别和相关体外模型的开发	特发性肺纤维化（IPF）患者和对照患者的肺组织	数字病理学	肺纤维化	空间转录组学, scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
555	2025-07-02	3D chromatin architecture, BRD4, and Mediator have distinct roles in regulating genome-wide transcriptional bursting and gene network 2024-08-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adl4893 PMID:39121214	研究论文	本文通过数学模型和单细胞RNA测序数据，研究了转录爆发的调控机制及其在全基因组范围内的动态变化	揭示了MED26、MYC、cohesin和BRD4在转录爆发调控中的不同作用，并发现MED26的急性缺失对基因调控网络影响最大	研究主要基于数学模型和单细胞RNA测序数据，可能缺乏实验验证	探究转录爆发的调控机制及其在全基因组范围内的动态变化	基因调控网络和转录爆发动态	基因组学	NA	单细胞RNA测序	数学模型	RNA测序数据	NA
556	2025-07-02	Integrated single-cell RNA-seq analysis reveals mitochondrial calcium signaling as a modulator of endothelial-to-mesenchymal transition 2024-08-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adp6182 PMID:39121218	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析揭示了线粒体钙信号作为内皮细胞向间充质细胞转化（EndMT）的调节因子	首次发现线粒体钙摄取是EndMT的关键驱动因素，并验证了线粒体钙单向转运蛋白（MCU）在EndMT中的调节作用	研究主要基于体外模型和小鼠实验，人类患者样本验证有限	探索内皮细胞向间充质细胞转化（EndMT）的分子机制及其在心血管疾病中的作用	内皮细胞（ECs）及其向间充质细胞的转化过程	单细胞测序分析	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	体外EndMT模型和小鼠肢体缺血模型	单细胞RNA测序数据	三个体外EndMT模型、胚胎心脏发育样本、外周动脉疾病样本和严重肢体缺血患者组织样本
557	2025-07-02	Spatial transcriptomics at the brain-electrode interface in rat motor cortex and the relationship to recording quality 2024-07-31, Journal of neural engineering IF:3.7Q2 DOI:10.1088/1741-2552/ad5936 PMID:38885679	研究论文	本研究利用空间转录组学技术研究了大鼠运动皮层中电极植入后的基因表达变化，并与传统的胶质细胞反应、神经元损失和电生理记录质量指标进行了比较	首次将空间转录组学应用于脑电极界面的研究，识别出与电极植入相关的差异表达基因，并发现与记录质量相关的潜在生物标志物	研究仅限于大鼠模型，结果可能无法直接推广到人类	探索电极植入后脑组织的生理变化及其对设备功能和寿命的影响	大鼠运动皮层	神经科学	NA	空间转录组学(ST), 免疫标记	NA	基因表达数据, 电生理记录数据	植入功能性密歇根式微电极阵列的大鼠，在植入后24小时、1周和6周进行采样
558	2025-07-02	Integrating spatial and single-cell transcriptomics reveals tumor heterogeneity and intercellular networks in colorectal cancer 2024-05-10, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06598-6 PMID:38729966	研究论文	通过整合空间转录组学和单细胞转录组学技术，揭示了结直肠癌肿瘤微环境中的肿瘤异质性和细胞间网络	结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，首次在结直肠癌中揭示了肿瘤异质性和细胞间相互作用的空间特征	研究样本量较小（仅3对肿瘤-正常-血液样本），且空间转录组数据分辨率有限	探究结直肠癌肿瘤微环境中的细胞异质性和细胞间相互作用	结直肠癌患者的肿瘤组织、正常组织和血液样本	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	3对结直肠癌患者的肿瘤-正常-血液样本（共41,700个细胞)
559	2025-07-02	Modeling acute myocardial infarction and cardiac fibrosis using human induced pluripotent stem cell-derived multi-cellular heart organoids 2024-05-01, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06703-9 PMID:38693114	研究论文	本研究利用人类诱导多能干细胞生成多细胞心脏类器官，模拟急性心肌梗死和心脏纤维化	使用多细胞心脏类器官（HOs）模拟成人心脏疾病，包括心肌梗死和心脏纤维化，克服了单细胞模型无法复现复杂心脏疾病的局限	类器官模型可能无法完全复现体内心脏的所有生理和病理特征	开发临床相关的心脏疾病体外模型，用于疾病研究和药物筛选	人类诱导多能干细胞（hiPSCs）生成的多细胞心脏类器官	干细胞与再生医学	心血管疾病	免疫组化、流式细胞术、q-PCR、单细胞RNA测序	心脏类器官模型	细胞和分子数据	NA
560	2025-07-01	Single-cell RNA-seq reveals distinct metabolic "microniches" and close host-symbiont interactions in deep-sea chemosynthetic tubeworm 2024-07-26, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn3053 PMID:39047091	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了深海化学合成管状蠕虫中独特的代谢微环境及其与共生微生物的密切相互作用	首次在深海化学合成管状蠕虫中发现了两种不同的代谢微环境，并阐明了宿主如何通过控制化学合成气体和代谢物的可用性来维持这些微环境	研究仅针对一种深海管状蠕虫，结果可能不适用于其他共生系统	探究深海化学合成管状蠕虫与共生微生物之间的分子相互作用	深海化学合成管状蠕虫及其共生细菌	微生物生态学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	未明确提及样本数量