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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5501 | 2024-08-05 |
Enhancer demethylation-regulated gene score identified molecular subtypes, inspiring immunotherapy or CDK4/6 inhibitor therapy in oesophageal squamous cell carcinoma
2024-Jul, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105177
PMID:38924839
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研究论文 | 本研究识别了食管鳞状细胞癌的分子亚型,以指导免疫疗法或CDK4/6抑制剂治疗。 | 提出了一种增强子去甲基化调控基因评分模型(EDRGS),能够有效分类食管鳞状细胞癌的亚型,并预测不同肿瘤的治疗反应。 | 本研究的样本规模在不同癌症类型中有所不同,可能影响结果的推广性。 | 旨在识别肿瘤亚型分类的特征,从而实现精准的临床治疗。 | 研究对象为食管鳞状细胞癌患者及多个癌症类型的相关数据。 | 数字病理学 | 食管癌 | 多组学数据分析 | 机器学习模型 | 多组学数据 | 310个食管鳞状细胞癌样本,60个单细胞RNA序列样本,其他癌症类型的数据包括42个、181个和348个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 5502 | 2024-08-04 |
Pharmacological Improvement of Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator Function Rescues Airway Epithelial Homeostasis and Host Defense in Children with Cystic Fibrosis
2024-06-01, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202310-1836OC
PMID:38259174
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研究论文 | 该研究探讨了药理改善囊性纤维化转膜导管调节因子(CFTR)功能对儿童囊性纤维化患者上呼吸道上皮稳态和宿主防御的影响 | 首次在单细胞水平上揭示了ETI对儿童囊性纤维化患者鼻上皮和免疫细胞转录组的影响 | 仅在小样本的儿童群体中进行观察,结果可能无法推广到更广泛的人群 | 研究ETI对儿童囊性纤维化患者鼻上皮细胞和免疫细胞的机制 | 儿童囊性纤维化患者的鼻拭子样本 | 数字病理学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 13名囊性纤维化儿童和12名健康儿童 | NA | NA | NA | NA |
| 5503 | 2024-08-04 |
The mucosal concept in chronic rhinosinusitis: Focus on the epithelial barrier
2024-May, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.01.015
PMID:38295881
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综述 | 该文献主要探讨了慢性鼻窦炎中上皮屏障的关键作用 | 文章强调了新技术(如单细胞转录组学)揭示的上皮屏障的新功能,如炎症记忆和神经内分泌功能 | 未提供具体的实验数据或样本数量,以支持提出的观点 | 旨在深入理解慢性鼻窦炎中的上皮细胞在粘膜框架中的作用 | 针对慢性鼻窦炎中上皮细胞的相关研究 | NA | 慢性鼻窦炎 | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5504 | 2024-08-04 |
Cell-type deconvolution of bulk-blood RNA-seq reveals biological insights into neuropsychiatric disorders
2024-02-01, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2023.12.018
PMID:38306997
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研究论文 | 本研究通过对大规模血液RNA测序数据进行细胞类型解卷积,提供了精神疾病的生物学见解 | 本研究使用计算推断细胞类型比重和基因表达,发现了多个未通过常规分析得出的与精神疾病相关的基因 | 该研究的细胞类型特定信号可能仍会受到某些因素的影响,且未使用单细胞测序 | 探讨基因变异与精神疾病风险之间的因果机制 | 来自1730例患有双相情感障碍和精神分裂症个体的全血样本 | 数字病理学 | 精神疾病 | RNA测序 | NA | 血液样本 | 1730个全血样本 | NA | NA | NA | NA |
| 5505 | 2024-08-05 |
Systems biology-based analysis exploring shared biomarkers and pathogenesis of myocardial infarction combined with osteoarthritis
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1398990
PMID:39086489
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研究论文 | 本研究通过系统生物学探讨了心肌梗死和骨关节炎共享的生物标志物和发病机制 | 首次揭示了DUSP1、FOS和THBS1作为心肌梗死和骨关节炎的三个新共享生物标志物及其相关信号通路 | 未提及研究的具体局限性 | 探讨心肌梗死与骨关节炎的共享生物标志物和发病机制 | 心肌梗死(MI)和骨关节炎(OA)患者的基因表达数据 | 数字病理学 | 心肌梗死与骨关节炎 | 基因表达分析,单细胞RNA测序,RT-qPCR | 无特定模型类型 | 基因表达数据 | 涉及心肌细胞和软骨细胞的样本,具体样本数量未说明 | NA | NA | NA | NA |
| 5506 | 2024-08-05 |
Integrative single-cell analysis of longitudinal t(8;21) AML reveals heterogeneous immune cell infiltration and prognostic signatures
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1424933
PMID:39086485
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研究论文 | 本研究对t(8;21)急性髓性白血病患者的免疫微环境进行了综合单细胞分析 | 本研究通过scRNA-seq发现了与疾病进展和药物耐受性相关的独特T细胞特征 | 论文未提及具体的样本数量及其来源,限制了结果的普遍性 | 探究急性髓性白血病患者的免疫细胞浸润状况与预后的关系 | t(8;21)急性髓性白血病患者的免疫细胞特征 | 数字病理学 | 急性髓性白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 免疫细胞浸润数据 | 包括原发和纵向t(8;21)急性髓性白血病样本以及外部队列 | NA | NA | NA | NA |
| 5507 | 2024-08-05 |
Unveiling major histocompatibility complex-mediated pan-cancer immune features by integrated single-cell and bulk RNA sequencing
2024-Aug-10, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.217062
PMID:38878852
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和大规模RNA测序揭示了主要组织相容性复合体介导的全癌症免疫特征 | 开发了MHC转录特征(MHC.sig),并展示其作为普遍性的全癌症抗肿瘤免疫标记的潜力 | 未提及潜在的局限性 | 全面探索主要组织相容性复合体在癌症免疫疗法中的作用 | 分析了663,760个细胞的单细胞RNA测序数据以及30种实体肿瘤类型 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序,Bulk RNA-seq,空间转录组分析 | NA | RNA测序数据 | 663,760个细胞和30种实体肿瘤类型 | NA | NA | NA | NA |
| 5508 | 2024-08-07 |
Corrigendum to "scRNA-Seq and imaging mass cytometry analyses unveil iNKT cells-mediated anti-tumor immunity in pancreatic cancer liver metastasis" [Cancer Lett. (2023 May 1) 561 216149]
2024-Aug-10, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.217071
PMID:38971695
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5509 | 2024-08-04 |
Spatial enrichment and genomic analyses reveal the link of NOMO1 with amyotrophic lateral sclerosis
2024-Aug-01, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awae123
PMID:38643019
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研究论文 | 本研究揭示了NOMO1与运动神经元疾病(ALS)之间的关联 | 使用Entropy加权的差异基因表达矩阵工具SpatialE,首次在运动皮层中识别ALS相关基因的空间富集 | 本研究主要依赖于有限的样本量及特定脑区的分析,未能全面涵盖所有与ALS相关的区域 | 旨在研究运动皮层中ALS相关基因的空间分布和与ALS风险的关系 | 本研究分析了6814名ALS患者和3324名对照的基因组数据 | 数字病理学 | 运动神经元疾病 | 全基因组测序和空间转录组学 | NA | 基因组数据和转录组数据 | 6814名ALS患者和3324名对照 | NA | NA | NA | NA |
| 5510 | 2024-08-05 |
Single-Cell Analyses Reveal the Metabolic Heterogeneity and Plasticity of the Tumor Microenvironment during Head and Neck Squamous Cell Carcinoma Progression
2024-Aug-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-1344
PMID:38718319
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研究论文 | 本研究揭示了头颈部鳞状细胞癌进展过程中肿瘤微环境的代谢异质性和可塑性 | 确定了SPP1+巨噬细胞作为一种具有高果糖和甘露糖代谢的致瘤和促转移的巨噬细胞亚型 | 没有提供数据样本的长期随访信息 | 定义头颈部鳞状细胞癌发展过程中的肿瘤微环境代谢景观 | 对26个人类患者样本进行单细胞RNA测序 | 数字病理 | 头颈部癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 26个样本,包含正常组织、癌前病变、早期癌症、晚期癌症、淋巴结转移和复发肿瘤 | NA | NA | NA | NA |
| 5511 | 2024-08-04 |
Single-cell profiling of sarcomas from archival tissue reveals programs associated with resistance to immune checkpoint blockade
2024-Jul-31, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-2976
PMID:39083415
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研究论文 | 该文章探讨了如何从存档组织中进行肉瘤的单细胞分析,并揭示了与免疫检查点抑制剂抵抗相关的程序 | 提出了一种从冷冻组织中生成多模态单细胞基因组学和全基因组测序数据的新方法 | 由于肉瘤的结构复杂,使用尖端的分子分析方法生成高质量数据存在挑战 | 研究肉瘤的治疗机制及其对免疫检查点抑制剂的抵抗性 | 分析了来自两名接受免疫检查点抑制剂治疗患者的五个未分化多形性肉瘤和三个内膜肉瘤样本的细胞转录组 | 数字病理学 | 肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 75,716个细胞转录组,来自五个UPS和三个INS样本 | NA | NA | NA | NA |
| 5512 | 2024-08-04 |
Single-cell analysis revealed that MTIF2 could promote hepatocellular carcinoma progression through modulating the ROS pathway
2024-Jul-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e34438
PMID:39082024
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研究论文 | 本研究分析了线粒体翻译起始因子2 (MTIF2) 在肝细胞癌 (HCC) 中的表达及其生物功能。 | 研究首次确认MTIF2通过调节反应性氧种 (ROS) 通路促进肝细胞癌的进展,并揭示了MTIF2与SOD2的相互作用。 | 研究可能缺乏临床试验验证和长期随访的数据。 | 探讨MTIF2在HCC中的表达及其在癌症发展的作用。 | 研究对象为HCC组织中MTIF2的表达及其在不同细胞类型中的作用。 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | HCC组织和其旁癌组织中的10种细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 5513 | 2024-08-04 |
Advances in targeting cancer-associated fibroblasts through single-cell spatial transcriptomic sequencing
2024-Jul-29, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-024-00622-9
PMID:39075612
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综述 | 本文总结了针对癌症相关成纤维细胞的最新研究进展 | 结合单细胞RNA测序与空间转录组学解决了癌症相关成纤维细胞的空间景观缺失问题 | 主要为综述文章,可能缺乏新的实验数据 | 探讨癌症相关成纤维细胞在肿瘤组织中的作用及其靶向方法 | 癌症相关成纤维细胞及其在肿瘤微环境中的角色 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5514 | 2024-08-05 |
Deciphering decidual deficiencies in recurrent spontaneous abortion and the therapeutic potential of mesenchymal stem cells at single-cell resolution
2024-Jul-29, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-024-03854-6
PMID:39075579
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研究论文 | 本研究探讨了复发性自发性流产中的蜕膜缺陷及间充质干细胞的治疗潜力。 | 首次在单细胞分辨率下评估WJ-MSCs对复发性自发性流产的治疗作用,并识别了新的细胞亚群。 | 目前对WJ-MSCs在复发性自发性流产中作用机制的理解仍然有限。 | 研究复发性自发性流产的病因及WJ-MSCs作为潜在治疗方法的有效性。 | 以小鼠模型为基础,研究正常妊娠组、复发性自发性流产组和WJ-MSC治疗组的蜕膜组织。 | 数字病理学 | 复发性自发性流产 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 鼠模型 | 蜕膜组织样本 | 包括正常妊娠、小鼠复发性流产和WJ-MSC治疗组的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 5515 | 2024-08-04 |
Sequencing the transcriptome of single cells: a path to discovering cellular biodiversity
2024-07-01, Postepy biochemii
DOI:10.18388/pb.2021_532
PMID:39083470
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研究论文 | 这篇文章介绍了单细胞转录组学(scRNA-Seq)技术及其在生物医学、发育生物学和植物生物学中的重要应用 | 该研究展示了通过scRNA-Seq技术发现细胞多样性及其发育过程的新方法 | 本文未提及具体的实验局限性 | 研究单细胞转录组学技术的实验与计算部分 | 涉及组织、类器官、细胞及整个生物体的研究 | 数字病理学 | NA | scRNA-Seq | NA | 生成的数据分析 | 可以分析数万到百万个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 5516 | 2024-08-05 |
Coexpression enhances cross-species integration of single-cell RNA sequencing across diverse plant species
2024-07, Nature plants
IF:15.8Q1
DOI:10.1038/s41477-024-01738-4
PMID:38937637
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研究论文 | 本研究展示了共表达如何增强不同植物物种中单细胞RNA测序的跨物种整合 | 利用共表达减小多对多同源基因家族,从而识别一对一的基因对,提升了传统整合方法的性能 | NA | 探讨通过基因表达和细胞类型组成驱动的跨物种差异 | 不同植物物种中的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5517 | 2024-08-05 |
CD34+ synovial fibroblasts exhibit high osteogenic potential in synovial chondromatosis
2024-Jul, Cell and tissue research
IF:3.2Q3
DOI:10.1007/s00441-024-03892-9
PMID:38602543
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研究论文 | 本研究旨在识别在滑膜软骨症中异常分化的祖细胞和可能的致病信号通路 | 识别了滑膜软骨症中CD34+滑膜成纤维细胞的高骨生成潜力及其相关信号通路 | 研究的样本来源于关节置换手术,可能存在样本选择偏差 | 识别滑膜软骨症中的异常分化祖细胞及相关的信号通路 | 来自滑膜软骨症患者的滑膜样本和组织细胞 | 数字病理学 | 滑膜软骨症 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 滑膜软骨症患者的样本和来自骨关节炎的对照样本 | NA | NA | NA | NA |
| 5518 | 2024-08-05 |
Impact of tumour stroma-immune interactions on survival prognosis and response to neoadjuvant chemotherapy in bladder cancer
2024-Jun, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105152
PMID:38728838
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研究论文 | 本研究探讨了肿瘤基质与免疫相互作用对膀胱癌存活预后和新辅助化疗反应的影响 | 开发了一种基于影像组学特征的肿瘤基质预测模型,用于非侵入性评估膀胱癌患者的肿瘤基质比例 | 研究为回顾性分析,可能受制于已有数据的局限性 | 研究肿瘤基质与免疫相互作用对膀胱癌患者临床结果的影响 | 830名膀胱癌患者 | 数字病理学 | 膀胱癌 | RNA测序、免疫组化、单细胞RNA测序、影像组学 | NA | 临床数据 | 830 | NA | NA | NA | NA |
| 5519 | 2024-08-04 |
Spot-Based Global Registration for Subpixel Stitching of Single-Molecule Resolution Images for Tissue-Scale Spatial Transcriptomics
2024-04-30, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.3c05686
PMID:38621224
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研究论文 | 该文章提出了一种名为基于点的全球配准(SBGR)的新策略,用于高分辨率图像的对齐。 | 提出的SBGR方法通过关注识别的分子点而非原始图像,实现了超像素精度的图像拼接,并克服了现有图像拼接方法的局限。 | 该方法在背景信号异质性和分子标记信号微弱的情况下仍需提高适应性。 | 研究旨在开发一种新方法,以提高单分子分辨率图像在组织尺度空间转录组学中的拼接精度。 | 研究对象为组织尺度的单分子分辨率图像。 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5520 | 2024-08-05 |
Well-Paired-Seq2: High-Throughput and High-Sensitivity Strategy for Characterizing Low RNA-Content Cell/Nucleus Transcriptomes
2024-04-23, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.3c05785
PMID:38597061
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研究论文 | 本文介绍了一种新型的高通量高灵敏度策略Well-Paired-Seq2,用于表征低RNA含量细胞/细胞核的转录组 | 该研究创新地利用尺寸排斥和准静态流体动力学实现高效细胞捕获,并显著提高了转录组的检测灵敏度 | 未提及具体的样本类型和数量限制 | 研究旨在解决低RNA含量细胞的转录组分析中的灵敏度和通量问题 | 研究对象为低RNA含量的单细胞及细胞核转录组 | 数字病理学 | 肾透明细胞癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 无具体样本数量,提到的分析样本包括冷冻临床样本 | NA | NA | NA | NA |