单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 7466 篇文献，本页显示第 5461 - 5480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5461 | 2024-08-07 |
Spatial transcriptomics reveals a low extent of transcriptionally active hepatitis B virus integration in patients with HBsAg loss
2024-04-05, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-330577
PMID:37968095
|
研究论文 | 本研究通过构建高分辨率的空间转录组，分析了慢性乙型肝炎病毒（HBV）感染患者，特别是HBsAg丢失患者中，转录活性HBV整合事件的发生和相对分布 | 首次通过空间转录组学方法，研究了不同阶段慢性HBV感染患者中转录活性HBV整合事件的分布，特别是HBsAg丢失患者 | 研究样本量较小，仅包括18名患者，可能影响结果的普遍性 | 探索慢性HBV感染不同阶段，特别是HBsAg丢失患者中，转录活性HBV整合事件在肝脏组织中的分布 | 慢性HBV感染患者的肝脏组织 | 数字病理学 | 肝炎 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 18名慢性HBV感染患者的肝脏活检样本，包含13,059个组织点 | NA | NA | NA | NA |
| 5462 | 2024-08-07 |
General Capillary Endothelial Cells Undergo Reprogramming into Arterial Endothelial Cells in Pulmonary Hypertension through HIF-2α/Notch4 Pathway
2024-Mar-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.13.580227
PMID:38464011
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、空间转录组学分析、RNASCOPE和免疫染色分析，揭示了肺动脉高压（PAH）中肺毛细血管内皮细胞（ECs）向动脉内皮细胞的转变过程，并确定了HIF-2α/Notch4通路在此过程中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序和遗传操作证明了肺毛细血管内皮细胞在肺动脉高压发展过程中向动脉内皮细胞的转变，并揭示了HIF-2α/Notch4通路在此过程中的关键作用 | NA | 探究肺动脉高压中肺毛细血管内皮细胞向动脉内皮细胞转变的机制 | 肺动脉高压患者的肺毛细血管内皮细胞和动脉内皮细胞 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序，空间转录组学分析，RNASCOPE，免疫染色 | NA | RNA序列 | 人类PAH患者和肺动脉高压（PH）小鼠的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 5463 | 2024-08-07 |
Evaluating batch correction methods for image-based cell profiling
2024-Feb-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.15.558001
PMID:37745478
|
研究论文 | 本文评估了七种高表现单细胞RNA测序批次校正技术在图像细胞分析中的应用效果 | 提出了一个评估框架和指标，用于未来评估新的批次校正方法 | 仅限于使用Cell Painting数据集进行评估 | 解决图像细胞分析数据集成和解释中的批次效应问题 | 七种不同的批次校正技术在图像细胞分析中的表现 | 计算机视觉 | NA | scRNA-seq | 混合模型 | 图像 | 使用的是最大的公开可访问图像数据集Cell Painting | NA | NA | NA | NA |
| 5464 | 2024-08-07 |
Elucidating T cell dynamics and molecular mechanisms in syngeneic and allogeneic islet transplantation through single-cell RNA sequencing
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1429205
PMID:39100662
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了同种异体和异种胰岛移植中T细胞动态和分子机制 | 揭示了同种异体和异种胰岛移植中T细胞亚群的基因变异和分子差异，以及细胞间通信模式的复杂性 | NA | 阐明胰岛移植中T细胞动态和分子机制，以增强移植物接受度和更有效地管理糖尿病治疗 | 同种异体和异种胰岛移植中的T细胞亚群及其基因表达差异 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | t-SNE | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 5465 | 2024-08-07 |
Integrated-omics profiling unveils the disparities of host defense to ECM scaffolds during wound healing in aged individuals
2024-Dec, Biomaterials
IF:12.8Q1
|
研究论文 | 本文通过综合分析单细胞RNA测序和空间转录组学，探讨了ECM支架在老年个体伤口愈合中的差异性表现及其机制 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了老年小鼠中ECM支架周围六种功能和空间上独特的巨噬细胞和淋巴细胞群 | NA | 探索年龄相关差异背后的机制，并为未来针对老年个体的精准生物材料开发提供依据 | ECM支架在老年个体伤口愈合中的表现及其机制 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq），空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 老年小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 5466 | 2024-08-07 |
FLT3+ DC inhibits immune rejection via interaction with Treg in liver transplantation
2024-Aug-20, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.112289
PMID:38889505
|
研究论文 | 研究探讨了FLT3+ DC在肝脏移植中通过与Treg相互作用抑制免疫排斥的作用 | 首次揭示了FLT3DCs与调节性T细胞（Tregs）在肝脏移植中的关系，并提出FLT3DCs可能成为减轻肝脏移植免疫排斥的新靶点 | NA | 研究FLT3DCs在肝脏移植中的免疫调节作用 | FLT3+ DCs和调节性T细胞（Tregs） | NA | 肝脏移植 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 包括肝脏移植患者的外周血样本和肝脏组织，以及肝脏移植小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 5467 | 2024-08-07 |
Akt is a mediator of artery specification during zebrafish development
2024-Aug-05, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.202727
PMID:39101673
|
研究论文 | 本文研究了蛋白激酶B（Akt）在斑马鱼发育过程中对背主动脉（DA）形成的作用 | 揭示了Akt激酶在动脉内皮细胞中作为Notch信号通路上游的作用，并参与正确胚胎动脉的形成 | NA | 探究Akt在斑马鱼胚胎心血管系统中对背主动脉形成的作用 | 斑马鱼胚胎的背主动脉形成过程 | NA | 先天性畸形 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | 四重突变体（aktΔ/Δ）中的akt 1, 2, 3a, 和 3b基因表达和活性显著降低的斑马鱼胚胎 | NA | NA | NA | NA |
| 5468 | 2024-08-07 |
Exploring prognostic DNA methylation genes in bladder cancer: a comprehensive analysis
2024-Aug-02, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01206-7
PMID:39095590
|
研究论文 | 本研究旨在探讨膀胱癌中具有预后DNA甲基化位点的基因状态 | 利用多种机器学习算法筛选关键基因，并构建Nomogram模型进行预后评估和药物敏感性分析 | NA | 探索膀胱癌中预后DNA甲基化基因，为预后评估和药物选择提供参考 | 膀胱癌中的DNA甲基化基因 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 甲基化测序 | Nomogram | 基因组数据 | 来自公共数据库的膀胱癌bulk转录组测序数据、甲基化数据和单细胞测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 5469 | 2024-08-07 |
Refining the optimal CAF cluster marker for predicting TME-dependent survival expectancy and treatment benefits in NSCLC patients
2024-07-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-55375-0
PMID:39034310
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据，系统筛选多个数据库，以确定在非小细胞肺癌中区分癌症相关成纤维细胞（CAFs）的最强标记，特别是用于早期诊断、分期和治疗反应评估 | 首次揭示了CAF标记簇在区分不同肿瘤微环境（TME）组中的独特作用，并确定COL1A1为最有效的CAF标记 | 研究主要集中在CAFs的异质性和不同成纤维细胞标记在各种样本分析中的使用，这可能导致临床应用中的混淆和障碍 | 旨在确定用于预测TME依赖性生存预期和治疗效益的最佳CAF集群标记 | 非小细胞肺癌患者的肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 5470 | 2024-08-07 |
Studying temporal dynamics of single cells: expression, lineage and regulatory networks
2024-Feb, Biophysical reviews
IF:4.9Q1
DOI:10.1007/s12551-023-01090-5
PMID:38495440
|
综述 | 本文综述了利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，通过计算方法研究细胞分化和细胞命运决定的时空动态 | 总结了轨迹推断（TI）、谱系追踪（LT）和基因调控网络（GRN）推断等不同计算方法的优势和局限 | 讨论了不同方法的局限性 | 探讨多细胞器官从单细胞到不同细胞类型的发育过程 | 研究细胞分化和细胞命运决定 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5471 | 2024-08-07 |
Advances in single-cell transcriptomics in animal research
2024-Aug-02, Journal of animal science and biotechnology
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s40104-024-01063-y
PMID:39090689
|
综述 | 本文介绍了单细胞转录组技术的发展，并回顾了其在动物研究中的过程、进展和应用 | 单细胞转录组技术为研究动物不同组织/器官的高通量单细胞基因表达提供了有效方法，能够识别细胞类型/亚型及其标记基因，推断细胞命运轨迹，并揭示细胞间的相互作用 | 讨论了单细胞转录组技术在当前阶段的局限性和展望 | 旨在通过单细胞转录组技术深入理解动物营养与健康、生殖性能、遗传学和不同畜种的疾病模型 | 动物研究中的不同组织/器官的单细胞 | 生物技术 | NA | 单细胞转录组技术 | NA | 转录组数据 | 基于大量案例积累的实践经验 | NA | NA | NA | NA |
| 5472 | 2024-08-07 |
Generation of human vascularized and chambered cardiac organoids for cardiac disease modelling and drug evaluation
2024-Aug, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13631
PMID:38453465
|
研究论文 | 本文介绍了一种新方法，通过结合人诱导多能干细胞（hiPSC）衍生的血管球和直接分化的hiPSC心肌细胞，生成具有血管化和心室样结构的人心脏类器官（vcCOs），并探讨了其在心脏损伤模型和药物评估中的应用。 | 本文创新性地开发了一种三步法，用于生成具有心室样结构和血管化的复杂vcCOs，这些vcCOs显示出高自发跳动比率和多细胞类型组成。 | 尽管vcCOs在心脏疾病模型和药物评估中显示出潜力，但其低重复性、有限血管化和心室形成困难等问题仍需进一步解决。 | 研究目的是开发一种新方法，用于生成具有血管化和心室样结构的人心脏类器官，并探索其在心脏疾病模型和药物筛选中的应用。 | 研究对象包括人诱导多能干细胞衍生的心脏类器官（vcCOs）及其在心脏损伤模型和药物评估中的应用。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 细胞 | vcCOs中包含六种细胞类型，包括心肌细胞、心脏前体细胞、内皮细胞、成纤维细胞等 | NA | NA | NA | NA |
| 5473 | 2024-08-07 |
Interleukin-35 alleviates neuropathic pain and induces an anti-inflammatory shift in spinal microglia in nerve-injured male mice
2024-Aug-01, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2024.07.043
PMID:39097202
|
研究论文 | 本研究探讨了白细胞介素-35（IL-35）对神经损伤雄性小鼠的疼痛行为、脊髓小胶质细胞表型的影响及其体外小胶质细胞培养中的作用。 | 研究发现IL-35能显著减轻雄性小鼠的机械性疼痛过敏，并诱导脊髓小胶质细胞向抗炎表型转变，表明IL-35可能成为针对性别特异性的神经痛免疫调节治疗新策略。 | 研究主要集中在雄性小鼠，对雌性小鼠的效果较弱，性别差异的影响需要进一步研究。 | 研究IL-35在神经痛中的作用及其对脊髓小胶质细胞的影响。 | 神经损伤的雄性小鼠及其脊髓小胶质细胞。 | NA | 神经痛 | NA | NA | 转录组数据 | 涉及雄性和雌性小鼠的实验样本。 | NA | NA | NA | NA |
| 5474 | 2024-08-07 |
Establishment of a CD8+ T cells-related prognostic risk model for acral melanoma based on single-cell and bulk RNA sequencing
2024-Aug, Skin research and technology : official journal of International Society for Bioengineering and the Skin (ISBS) [and] International Society for Digital Imaging of Skin (ISDIS) [and] International Society for Skin Imaging (ISSI)
IF:2.0Q3
DOI:10.1111/srt.13900
PMID:39093712
|
研究论文 | 本研究基于单细胞和批量RNA测序数据，建立了与肢端黑色素瘤预后相关的CD8+ T细胞风险模型。 | 首次利用单细胞RNA测序技术探索肢端黑色素瘤中免疫细胞的组成差异，并构建了基于CD8+ T细胞差异表达基因的预后风险评分模型。 | 研究主要基于TCGA-SKCM队列，可能需要进一步的跨队列验证以增强模型的泛化能力。 | 旨在通过识别CD8+ T细胞相关基因的表达水平，建立肢端黑色素瘤患者的预后模型。 | 研究对象为肢端黑色素瘤中的CD8+ T细胞及其相关基因。 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | Lasso-Cox方法 | RNA测序数据 | 使用了TCGA-SKCM队列的数据，具体样本数量未在摘要中明确。 | NA | NA | NA | NA |
| 5475 | 2024-08-07 |
Single-cell Atlas of Penile Cancer Reveals TP53 Mutations as a Driver of an Aggressive Phenotype, Irrespective of Human Papillomavirus Status, and Provides Clues for Treatment Personalization
2024-Aug, European urology
IF:25.3Q1
DOI:10.1016/j.eururo.2024.03.038
PMID:38670879
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了阴茎鳞状细胞癌（PSCC）中TP53失活突变与人类乳头瘤病毒（HPV）状态对肿瘤微环境转录组差异的影响 | 首次使用单细胞RNA测序技术构建了阴茎癌的细胞图谱，揭示了TP53突变与HPV状态对PSCC生物学特性的影响 | 单细胞RNA测序分析存在样本量较小的问题，需要在大规模PSCC队列中验证这些特征 | 描述基于TP53失活突变和HPV状态的PSCC微环境中的转录组差异 | 阴茎鳞状细胞癌（PSCC）及其微环境中的细胞亚型 | 数字病理学 | 阴茎癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 包括6个HPV+ TP53野生型（WT）、6个HPV- TP53WT和4个TP53失活（LOF）PSCC样本及6个对照样本，以及541名PSCC患者的生存数据 | NA | NA | NA | NA |
| 5476 | 2024-08-07 |
Fatecode enables cell fate regulator prediction using classification-supervised autoencoder perturbation
2024-Jul-15, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100819
PMID:38986613
|
研究论文 | 本文提出了一种名为Fatecode的计算方法，用于基于单细胞RNA测序数据预测细胞命运调控因子 | Fatecode利用深度学习分类监督自编码器学习单细胞RNA测序数据的潜在表示，并通过在潜在表示上进行模拟扰动实验来预测基因 | NA | 加速疾病或损伤后的恢复 | 细胞命运调控因子 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 基因表达数据 | 不同生物的血液和大脑发育的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 5477 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomic analysis deciphers heterogenous cancer stem-like cells in colorectal cancer and their organ-specific metastasis
2024-02-23, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-330243
PMID:38050068
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序和空间转录组分析，揭示了结直肠癌中异质性癌症干细胞样细胞及其器官特异性转移的机制 | 首次通过综合分析揭示了结直肠癌中具有高PTPRO和ASCL2表达的干细胞样细胞群是转移的关键，并展示了这些细胞群在肝脏和卵巢转移中的特异性 | NA | 揭示结直肠癌中异质性癌症细胞的类型及其器官特异性转移的机制 | 结直肠癌原发肿瘤及肝脏和卵巢转移中的单细胞转录组 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及结直肠癌原发肿瘤及肝脏和卵巢转移的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 5478 | 2024-08-07 |
Anti-EGFR Antibody-Drug Conjugate Carrying an Inhibitor Targeting CDK Restricts Triple-Negative Breast Cancer Growth
2024-Aug-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-3110
PMID:38772416
|
研究论文 | 本研究探讨了一种基于西妥昔单抗的抗体药物偶联物（ADC），该ADC携带CDK抑制剂SNS-032，用于靶向EGFR表达的细胞，以限制三阴性乳腺癌的生长 | 本研究创新性地结合了EGFR抗体和CDK抑制剂，通过ADC的形式实现对EGFR高表达肿瘤细胞的选择性杀伤，同时减少对免疫细胞的影响 | 尽管ADC在体外和体内实验中显示出良好的抗肿瘤效果，但其长期疗效和安全性仍需进一步的临床研究验证 | 旨在开发一种新的治疗策略，通过靶向EGFR和细胞周期调控，有效治疗三阴性乳腺癌 | 三阴性乳腺癌细胞及其在体内的生长情况 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 转录组分析、单细胞RNA测序、空间转录组分析 | NA | 转录组数据、单细胞RNA数据、空间转录组数据 | 6,173个原发性肿瘤样本，27个基线和匹配的化疗后残留肿瘤样本，150,290个细胞，27个未经治疗的肿瘤样本，43个肿瘤切片，22个三阴性乳腺癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 5479 | 2024-08-07 |
scLEGA: an attention-based deep clustering method with a tendency for low expression of genes on single-cell RNA-seq data
2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae371
PMID:39060167
|
研究论文 | 本文提出了一种基于注意力机制的深度聚类方法scLEGA，用于单细胞RNA测序数据中低表达基因的细胞类型推断 | scLEGA采用了一种新的零膨胀负二项分布（ZINB）损失函数，结合了多头部注意力机制和两种不同的单细胞RNA测序聚类策略，优化了低表达基因的贡献 | NA | 开发一种新的细胞类型推断方法，以提高单细胞RNA测序数据中细胞聚类的准确性、可扩展性和稳定性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 注意力机制、图卷积网络（GCN） | 基因表达数据 | 15个单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 5480 | 2024-08-07 |
Chemokine-mediated cell migration into the central nervous system in progressive multifocal leukoencephalopathy
2024-Jul-16, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101622
PMID:38917802
|
研究论文 | 本研究分析了进行性多灶性白质脑病（PML）患者脑脊液（CSF）中的趋化因子信号和吸引的免疫细胞，以定义与PML免疫反应相关的免疫细胞亚群 | 首次通过单细胞转录组学分析PML患者CSF细胞，揭示了特定CD4和CD8 T细胞亚群及其表达的趋化因子受体和PML风险基因 | NA | 研究PML中趋化因子介导的免疫细胞迁移及其在疾病发展中的作用 | 进行性多灶性白质脑病（PML）患者的脑脊液中的趋化因子和免疫细胞 | NA | 进行性多灶性白质脑病 | 单细胞转录组学 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |