单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7464 篇文献，本页显示第 521 - 540 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 521 | 2026-02-17 |
An integrated approach identifies the molecular underpinnings of murine anterior visceral endoderm migration
2024-09-09, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2024.05.014
PMID:38843837
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序、磷酸化蛋白质组学、高分辨率活体成像和短期谱系标记与干预技术，揭示了小鼠胚胎前内脏内胚层（AVE）迁移的分子基础及其与转录状态的紧密关联 | 首次结合单细胞转录组、磷酸化蛋白质组学和活体成像技术系统解析AVE迁移的动态过程，发现AVE的瞬时性特征及其迁移过程中基因表达的异质性，并鉴定出信号素信号通路对正常迁移的关键调控作用 | 研究主要基于小鼠胚胎模型，人类胚胎中的保守性有待验证；技术整合虽全面但可能未覆盖所有调控层面 | 阐明小鼠胚胎前内脏内胚层（AVE）独特迁移行为及其限制原条形成的分子机制 | 小鼠胚胎前内脏内胚层（AVE）及周围内脏内胚层（VE）细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 磷酸化蛋白质组学, 高分辨率活体成像, 晶格光片显微镜, 短期谱系标记 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质组数据, 活体成像视频 | 未明确样本数量的小鼠胚胎VE细胞（迁移前及迁移期间） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 522 | 2026-02-17 |
Molecular portraits of patients with intrahepatic cholangiocarcinoma who diverge as rapid progressors or long survivors on chemotherapy
2024-02-23, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-330748
PMID:37758326
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研究论文 | 本研究通过分析肝内胆管癌患者化疗前的分子特征，预测其对化疗的反应差异，并揭示了肿瘤-髓系细胞相互作用在先天化疗耐药中的关键作用 | 首次基于化疗前诊断活检的转录组特征，区分出化疗快速进展者与长期生存者，并发现该特征源于肿瘤-髓系细胞动态失衡，与肝微环境密切相关 | 研究样本量有限，且为回顾性分析，需要在前瞻性队列中进一步验证和开发该转录组特征 | 预测晚期肝内胆管癌患者对化疗的获益差异，并阐明先天化疗耐药的分子基础 | 晚期肝内胆管癌患者的诊断活检组织 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 全转录组测序、空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | 图像、转录组数据 | 一组基线特征可比的晚期肝内胆管癌患者（包括快速进展者和长期生存者） | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | GeoMx | 靶向数字空间分析平台 |
| 523 | 2026-02-17 |
Pro-inflammatory feedback loops define immune responses to pathogenic Lentivirus infection
2024-02-05, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01290-y
PMID:38317183
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析，揭示了高致病性慢病毒感染引发延迟、广泛且持续的炎症反馈环路，从而驱动疾病进展的免疫机制 | 利用遗传相似但毒力不同的SIV变体感染猪尾猕猴模型，结合纵向单细胞转录组学和细胞间通讯技术，首次系统阐明了慢病毒致病性差异的免疫基础，并识别出CXCL10和CXCL16作为关键炎症驱动因子 | 研究基于非人灵长类动物模型，结果向人类HIV感染的直接转化需谨慎；单细胞技术可能无法完全捕获所有免疫细胞亚群或低丰度信号 | 探究慢病毒（如HIV/SIV）致病性差异的免疫机制，特别是宿主与病毒因素如何影响炎症反应和疾病进展 | 猪尾猕猴感染遗传相似但毒力不同的猴免疫缺陷病毒（SIV）变体 | 免疫学 | 艾滋病 | 单细胞转录组学，细胞间通讯分析 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | 猪尾猕猴队列的纵向样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 524 | 2026-02-15 |
Single-cell gene regulatory network analysis for mixed cell populations
2024-Dec, Quantitative biology (Beijing, China)
DOI:10.1002/qub2.64
PMID:41674874
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研究论文 | 本文提出了一种名为VMPLN的算法，用于从混合细胞群体的单细胞RNA测序数据中联合推断不同细胞类型的基因调控网络 | 开发了VMPLN算法，通过变分推理方法联合估计混合细胞群体中不同细胞类型的基因调控网络，避免了传统两步法（先聚类再推断）中聚类不确定性导致的网络估计不准确问题 | 未明确说明算法在计算效率或大规模数据集上的可扩展性限制 | 从单细胞RNA测序数据中准确推断混合细胞群体的基因调控网络 | 单细胞RNA测序数据中的混合细胞群体 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 混合泊松对数正态模型（MPLN），变分推理 | 单细胞RNA测序计数数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 525 | 2026-02-15 |
Novel insights into immunopathogenesis and crucial biomarkers between primary open-angle glaucoma and systemic lupus erythematosus
2024-Dec, iMetaOmics
DOI:10.1002/imo2.27
PMID:41676113
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研究论文 | 本研究通过整合分析基因表达数据，揭示了系统性红斑狼疮与原发性开角型青光眼之间的免疫病理机制关联，并识别了关键生物标志物和潜在治疗药物 | 首次通过多组学方法（包括差异表达分析、加权基因共表达网络分析、机器学习、免疫浸润分析和单细胞转录组分析）系统性探索SLE与POAG的共同生物标志物和免疫病理机制，并利用分子对接预测潜在治疗药物 | 研究主要基于公共数据库的基因表达数据，实验验证仅在人小梁网干细胞中进行RT-qPCR，缺乏临床样本或动物模型的进一步验证 | 识别系统性红斑狼疮和原发性开角型青光眼的共同生物标志物及潜在治疗药物，阐明两者关联的免疫病理机制 | 基因表达数据（来自GEO数据库的GSE27276、GSE50772和GSE148371数据集）和人小梁网干细胞 | 生物信息学 | 系统性红斑狼疮和原发性开角型青光眼 | 差异表达分析、加权基因共表达网络分析、基因富集分析、机器学习、miRNA和转录因子分析、免疫浸润分析、单细胞转录组分析、分子对接、RT-qPCR | 机器学习（具体模型未指定） | 基因表达数据 | 基于三个GEO数据集（GSE27276、GSE50772、GSE148371），具体样本数量未明确 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | NA |
| 526 | 2026-02-15 |
TCfinder: Robust tumor cell discrimination in scRNA-seq based on gene pathway activity
2024-Sep, iMetaOmics
DOI:10.1002/imo2.22
PMID:41675543
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研究论文 | 本文介绍了一种基于基因通路活性和深度神经网络的肿瘤细胞识别工具TCfinder，用于单细胞RNA测序数据中的肿瘤细胞鉴别 | TCfinder通过整合通路活性和深度神经网络，在不同scRNA-seq平台上展现出稳健的识别效率，优于现有工具且能在稀疏数据下工作 | NA | 开发一种稳健的肿瘤细胞识别工具，以提高单细胞RNA测序数据中肿瘤细胞的鉴别准确性 | 单细胞RNA测序数据中的肿瘤细胞 | 自然语言处理 | 肿瘤 | scRNA-seq | 深度神经网络（DNN） | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 527 | 2026-02-15 |
PURE-seq identifies Egr1 as a Potential Master Regulator in Murine Aging by Sequencing Long-Term Hematopoietic Stem Cells
2024-Aug-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.12.607664
PMID:39185152
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研究论文 | 本文开发了PURE-seq技术，用于高效富集和测序稀有细胞，并应用于小鼠长期造血干细胞的研究，识别了Egr1作为衰老背景下造血功能的潜在主调控因子 | 开发了PURE-seq技术，能够直接从FACS加载细胞到PIP-seq反应中，最小化处理步骤并减少细胞损失，实现了对稀有细胞（如1/1,000,000稀有度）的可扩展测序 | NA | 研究小鼠长期造血干细胞在造血衰老背景下的转录组，并识别潜在的主调控因子 | 小鼠长期造血干细胞 | 单细胞转录组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | PURE-seq | PIP-seq for Rare-cell Enrichment and Sequencing，允许从FACS直接加载细胞到PIP-seq反应中 |
| 528 | 2026-02-15 |
deMULTIplex2: robust sample demultiplexing for scRNA-seq
2024-01-30, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03177-y
PMID:38291503
|
研究论文 | 本文介绍了deMULTIplex2算法，一种用于单细胞RNA测序中样本解复用的稳健工具 | deMULTIplex2基于条形码交叉污染的机制模型，采用广义线性模型和期望最大化算法，概率性地确定每个细胞的样本身份，在大型或嘈杂数据集上表现优异 | NA | 开发一种在单细胞RNA测序中处理样本解复用的算法，以应对条形码交叉污染问题 | 单细胞RNA测序数据中的样本解复用过程 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义线性模型，期望最大化算法 | 测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 529 | 2026-02-14 |
Identifying cell-type-specific spatially variable genes with ctSVG
2024-Dec-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5655066/v1
PMID:39764138
|
研究论文 | 本文提出了一种名为ctSVG的计算方法，专门用于在单细胞分辨率下识别细胞类型特异性空间可变基因 | 开发了ctSVG方法，能够准确分配Visium方块至细胞，并识别出与样本范围SVGs或细胞类型标记基因不重叠的新基因，从而更充分利用空间位置信息 | NA | 旨在解决先前方法在识别空间可变基因时未能充分利用空间位置信息的问题 | Visium HD空间转录组学数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium HD | Visium HD空间转录组学平台 |
| 530 | 2026-02-14 |
Applications of spatial transcriptomics and artificial intelligence to develop integrated management of pancreatic cancer
2024, Advances in cancer research
DOI:10.1016/bs.acr.2024.06.007
PMID:39271261
|
综述 | 本文综述了空间转录组学和人工智能在胰腺癌综合管理中的应用 | 整合空间转录组学和人工智能工具，以更精确地分析肿瘤微环境中的细胞间通讯，并识别新的生物标志物和治疗靶点 | NA | 探索空间转录组学和人工智能在胰腺癌早期诊断和个性化治疗中的应用 | 胰腺癌 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序, seqFISH | NA | 测序数据, 图像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 531 | 2026-02-14 |
Crosstalk between tumor and microenvironment: Insights from spatial transcriptomics
2024, Advances in cancer research
DOI:10.1016/bs.acr.2024.06.009
PMID:39271263
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综述 | 本文综述了肿瘤与微环境之间的相互作用，重点关注空间转录组学技术在解析肿瘤异质性、进化及克隆状态中的应用 | 整合空间转录组学技术视角，系统阐述肿瘤异质性驱动因素及肿瘤-微环境动态互作机制 | 作为综述文章，未涉及原始实验数据，主要基于现有文献总结 | 探讨肿瘤异质性、进化及克隆状态的驱动因素，并分析肿瘤与微环境的相互作用 | 肿瘤组织及其微环境 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 532 | 2026-02-14 |
Deep learning-based multimodal spatial transcriptomics analysis for cancer
2024, Advances in cancer research
DOI:10.1016/bs.acr.2024.08.001
PMID:39271260
|
书本章节 | 本章探讨了深度学习与多模态空间转录组学在癌症研究中的整合应用 | 将深度学习与多模态空间转录组学结合，为癌症诊断和治疗提供全面且可操作的见解，代表了肿瘤学向更精准和个性化方向的范式转变 | NA | 推进癌症诊断、治疗规划和精准医学 | 癌症生物学，包括肿瘤异质性、微环境相互作用和治疗反应 | 机器学习 | 癌症 | 空间转录组学，多模态数据分析 | 卷积神经网络 | 多模态数据（包括基因组、蛋白质组、影像和临床数据） | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 533 | 2026-02-14 |
Current computational methods for spatial transcriptomics in cancer biology
2024, Advances in cancer research
DOI:10.1016/bs.acr.2024.06.006
PMID:39271268
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综述 | 本文综述了当前在癌症生物学中用于空间转录组学的计算方法 | NA | NA | 回顾和总结空间转录组学在癌症生物学中的计算分析方法 | 空间转录组学数据及其在癌症研究中的应用 | 计算生物学 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 534 | 2026-02-14 |
Data enhancement in the age of spatial biology
2024, Advances in cancer research
DOI:10.1016/bs.acr.2024.06.008
PMID:39271267
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综述 | 本文综述了空间转录组学与其他数据类型（如单细胞转录组学和详细组织染色图像）整合的计算方法，旨在克服当前空间转录组学技术在分辨率或同时分析基因数量方面的限制 | 深入探讨了整合空间转录组学与互补数据源的计算方法，以克服现有技术在分辨率或基因分析数量上的局限，并强调了这些方法在癌症生物学理解中的革命性潜力 | 作为综述文章，未涉及具体实验数据或新算法开发，主要聚焦于现有挑战和解决方案的概述 | 旨在通过整合空间转录组学与其他数据类型，提升对细胞异质性和微环境的理解，特别是在癌症等复杂疾病中 | 空间转录组学数据、单细胞转录组学数据、详细组织染色图像 | 空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学、单细胞转录组学、组织染色 | NA | 空间转录组学数据、单细胞转录组学数据、图像数据 | NA | NA | 空间转录组学、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 535 | 2026-02-13 |
Transcriptomic Analysis of Air-Liquid Interface Culture in Human Lung Organoids Reveals Regulators of Epithelial Differentiation
2024-12-02, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13231991
PMID:39682739
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序全面分析了气液界面培养对人类肺类器官上皮细胞分化的影响 | 利用单细胞RNA测序技术首次系统揭示了气液界面培养如何通过调控特定信号通路促进纤毛细胞分化 | 研究仅基于体外类器官模型，未在体内验证；样本量相对有限 | 识别影响上皮细胞分化的关键因素，以开发体外呼吸模型 | 人类肺类器官中的上皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 536 | 2026-02-13 |
Electroacupuncture Slows Experimental Myopia Progression by Improving Retinal Mitochondrial Function: A Study Based on Single-Cell RNA Sequencing
2024-12, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202400269
PMID:39404059
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，建立了透镜诱导型近视（LIM）及电针（EA）干预下豚鼠视网膜细胞的完整图谱，并揭示了EA通过改善视网膜线粒体功能来减缓实验性近视进展的潜在机制 | 首次在单细胞水平上建立了LIM和EA干预下豚鼠视网膜的综合图谱，并发现了EA通过上调视锥细胞和Müller胶质细胞中线粒体呼吸链相关基因（如COX3、ND4、ND2）的表达来改善视网膜线粒体功能，从而减缓近视进展 | 研究仅在豚鼠模型中进行，结果是否适用于人类近视尚需进一步验证；研究主要基于基因表达分析，功能验证实验相对有限 | 探索电针（EA）减缓实验性近视进展的潜在分子机制 | 透镜诱导型近视（LIM）的豚鼠模型 | 数字病理学 | 近视 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量，涉及LIM和EA处理的豚鼠视网膜组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 537 | 2026-02-13 |
Age-Related ECM Stiffness Mediates TRAIL Activation in Muscle Stem Cell Differentiation
2024-12, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202400334
PMID:39601528
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研究论文 | 本研究探讨了年龄相关的细胞外基质硬化如何通过TRAIL通路影响肌肉干细胞分化，揭示了其在肌肉再生障碍中的作用机制 | 首次结合单细胞RNA测序和体外基质工程，系统解析了年龄和基质硬度对肌肉干细胞分化的协同影响，并发现TRAIL通路在年龄相关纤维化群体中的特异性激活 | 研究主要基于体外模型和动物实验，人类肌肉组织的直接证据尚不充分；BAPN治疗的长期效果和副作用未深入评估 | 阐明年龄相关ECM硬化导致肌肉干细胞功能障碍的分子机制 | 年轻和年老小鼠的肌肉干细胞 | 单细胞组学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 年轻和年老肌肉干细胞在软/硬基质上的四组对比实验 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 538 | 2026-02-13 |
Inflammation perturbs hematopoiesis by remodeling specific compartments of the bone marrow niche
2024-Sep-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.12.612751
PMID:39314376
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研究论文 | 本文通过结合单细胞RNA测序和流式细胞术，验证了骨髓中中央骨髓和骨内膜两个空间区室在炎症扰动下的特异性变化，揭示了I型干扰素反应如何影响间充质基质细胞的炎症表型，从而调节局部单核细胞动态 | 开发了一种可重复识别小鼠骨髓中7个关键中央骨髓和骨内膜群体的组合方法，并首次系统展示了不同扰动对骨髓区室的特异性影响，特别是I型干扰素反应在炎症中的作用机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类骨髓区室的直接应用尚未验证；方法可能受技术限制，如单细胞测序的覆盖深度和流式细胞术的标记特异性 | 探究骨髓空间区室化在炎症和肿瘤响应中的重要性，开发分子和功能表征方法 | 小鼠骨髓中的造血干细胞和祖细胞（HSPC）以及基质细胞，特别是中央骨髓和骨内膜区室 | 单细胞组学 | 炎症相关疾病 | scRNA-seq, 流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据 | 跨多个小鼠品系的骨髓样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 539 | 2026-02-13 |
Activation of cGAS/STING Drives Inflammation and Cellular Senescence of Macrophages in Ovarian Endometrioma Induced by Endometriotic Cyst Fluid
2024-09, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202300711
PMID:38864247
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研究论文 | 本研究探讨了卵巢子宫内膜异位囊肿液通过激活cGAS/STING通路驱动巨噬细胞炎症和细胞衰老的机制，并验证了STING抑制剂H-151的治疗潜力 | 首次整合临床样本、单细胞测序及体内外模型，揭示OE液通过cGAS/STING通路导致卵巢功能下降的具体机制，并发现STING抑制剂H-151能有效缓解相关病理变化 | 未明确说明样本量大小或具体实验模型细节，机制研究可能仍需进一步验证 | 探究卵巢子宫内膜异位囊肿液对卵巢功能的影响及其分子机制 | 卵巢子宫内膜异位囊肿液、巨噬细胞、卵巢组织 | 数字病理学 | 卵巢子宫内膜异位症 | 单细胞测序、生物信息学分析、体内外实验模型 | NA | 测序数据、实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 540 | 2026-02-13 |
Organoids for Cancer Research: Advances and Challenges
2024-09, Advanced biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1002/adbi.202400056
PMID:38977414
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综述 | 本文综述了癌症类器官作为三维培养技术在癌症研究中的应用、优势、局限性和前景 | 介绍了四种主要癌症类器官类型，并讨论了单细胞RNA测序在探索癌症类器官中的最新应用 | 讨论了癌症类器官模型的局限性，包括其在模拟复杂肿瘤微环境方面的挑战 | 推动基础癌症研究向临床肿瘤治疗的转化，提高肿瘤药物开发成功率 | 癌症类器官模型 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |