单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
521	2025-05-31	PURE-seq identifies Egr1 as a Potential Master Regulator in Murine Aging by Sequencing Long-Term Hematopoietic Stem Cells 2024-Aug-13, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4863813/v1 PMID:39184105	研究论文	本文介绍了一种名为PURE-seq的新技术，用于高效测序稀有细胞，并应用于小鼠长期造血干细胞的研究	开发了PURE-seq技术，能够直接从FACS加载细胞到PIP-seq反应中，减少细胞损失并高效捕获稀有细胞	NA	研究造血衰老过程中小鼠长期造血干细胞的转录组及其调控机制	小鼠长期造血干细胞	单细胞转录组学	衰老相关疾病	PURE-seq, 单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	稀有细胞捕获效率为百万分之一，60分钟分选可捕获数十个细胞
522	2025-05-31	High-dimensional single-cell analysis of human natural killer cell heterogeneity 2024-Aug, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01883-0 PMID:38956378	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和CITE-seq技术解析了人类自然杀伤（NK）细胞的异质性，并鉴定了三个主要亚群及其六个亚组	首次使用单细胞RNA测序和CITE-seq技术全面解析NK细胞的异质性，并提出了标准化的术语以促进未来研究的一致性和可比性	研究主要基于健康人血液样本，对于其他组织或疾病状态下的NK细胞异质性分析可能不够全面	解析人类自然杀伤（NK）细胞的异质性及其分子特征	健康人血液中的NK细胞，以及肺、扁桃体和上皮内淋巴细胞中的NK细胞	免疫学	NA	scRNA-seq, CITE-seq	NA	单细胞转录组数据	健康人血液样本及22种肿瘤类型的样本
523	2025-05-31	Characterisation of HBV and co-infection with HDV and HIV through spatial transcriptomics 2024-Aug, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2024-100067 PMID:39149129	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探索慢性乙型肝炎（CHB）及与丁型肝炎病毒（HDV）和HIV共感染的肝内生物学过程	首次应用NanoString GeoMx数字空间分析平台研究HBV与HDV或HIV共感染患者的肝内转录景观和细胞组成	样本量较小（仅3例未接受治疗的患者），可能限制结果的普遍性	评估空间转录组学方法在解析HBV及共感染患者肝内转录组特征、细胞组成和生物学通路中的应用价值	慢性HBV感染患者（包括HDV或HIV共感染）的肝活检样本	数字病理学	乙型肝炎	空间转录组学（NanoString GeoMx数字空间分析平台）	加权基因共表达网络分析	空间转录组数据	3例未接受治疗的慢性HBV和HDV或HIV共感染患者的FFPE肝活检样本
524	2025-05-31	The Impact of SIV-Induced Immunodeficiency on SARS-CoV-2 Disease, Viral Dynamics, and Antiviral Immune Response in a Nonhuman Primate Model of Coinfection 2024-07-21, Viruses DOI:10.3390/v16071173 PMID:39066335	研究论文	本研究探讨了SIV诱导的免疫缺陷对SARS-CoV-2疾病、病毒动态和抗病毒免疫反应的影响	首次在受控环境中直接评估HIV相关免疫缺陷对COVID-19疾病和病毒持续性的影响	样本量较小（仅两只猪尾猕猴），可能影响结果的普遍性	评估免疫缺陷对SARS-CoV-2感染的影响	慢性感染SIVmac239的猪尾猕猴	病毒学	HIV/AIDS和COVID-19	单细胞RNA测序	非人灵长类动物模型	生物样本数据和测序数据	两只SIV感染的猪尾猕猴和SIV未感染的对照猕猴
525	2025-05-31	Differential regulation by CD47 and thrombospondin-1 of extramedullary erythropoiesis in mouse spleen 2024-Jul-09, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.92679 PMID:38979889	research paper	该研究探讨了CD47和thrombospondin-1在小鼠脾脏髓外造血中的差异调节作用	揭示了CD47和thrombospondin-1信号通路在调节脾脏髓外造血中的不同作用，特别是对早期和晚期红细胞生成的影响	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物的验证	研究CD47和thrombospondin-1在脾脏髓外造血中的调控机制	小鼠脾脏中的造血细胞	NA	NA	单细胞转录组分析和流式细胞术	NA	基因表达数据和细胞标记数据	小鼠脾脏细胞
526	2025-05-31	Single-cell analysis reveals lasting immunological consequences of influenza infection and respiratory immunization in the pig lung 2024-Jul, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1011910 PMID:39024231	研究论文	通过单细胞RNA测序和流式细胞术，研究了猪肺部在H1N1pdm09感染或呼吸道免疫后的持久免疫学变化	首次在猪模型中利用scRNA-seq和流式细胞术详细描述了流感感染和呼吸道免疫后的持久免疫学影响，特别是IL-1β对Treg细胞功能的影响以及IFI6的上调对病毒复制的抑制作用	研究仅关注了感染或免疫后21天的免疫反应，未探讨更长期的影响	探究流感感染和呼吸道免疫对猪肺部免疫细胞的持久影响	猪肺部的白细胞亚群	免疫学	流感	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	RNA测序数据, 流式细胞数据	猪的支气管肺泡灌洗液（BAL）细胞
527	2025-05-31	Network-based prioritization and validation of regulators of vascular smooth muscle cell proliferation in disease 2024-06, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00474-4 PMID:39215134	research paper	通过单细胞转录组学和表观遗传分析重建基因调控网络，阐明血管平滑肌细胞增殖的分子决定因素	发现了RUNX1和TIMP1等先前未被识别的增殖调控因子，并揭示了TIMP1通过CD74介导的STAT3信号反馈促进VSMC增殖的机制	研究主要基于体外实验和计算分析，需要进一步的体内实验验证	阐明血管平滑肌细胞增殖的分子机制及其在血管疾病中的作用	血管平滑肌细胞(VSMC)	生物医学	心血管疾病	单细胞转录组学, 表观遗传分析	基因调控网络	转录组数据, 表观遗传数据	NA
528	2025-05-31	Single cell RNA sequencing of human FAPs reveals different functional stages in Duchenne muscular dystrophy 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1399319 PMID:39045456	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究人类FAPs在杜氏肌营养不良症中的不同功能状态	首次使用单细胞RNA测序技术揭示DMD患者与健康对照组FAPs的转录组差异，并识别出不同的FAPs亚群及其功能特征	样本量相对较小（n=9验证样本），且仅聚焦于FAPs细胞，未全面研究其他细胞类型在DMD中的作用	探究杜氏肌营养不良症中FAPs的分子调控机制及其在肌肉退化和再生中的作用	人类纤维脂肪前体细胞（FAPs）	单细胞组学	杜氏肌营养不良症	单细胞RNA测序（scRNAseq），10X Genomics，Illumina，qPCR	Seurat分析	单细胞转录组数据	未明确总测序样本数，验证样本n=9
529	2025-05-29	Integrating spatial transcriptomics and snRNA-seq data enhances differential gene expression analysis results of AD-related phenotypes 2024-Nov-18, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.11.18.24317499 PMID:39606364	research paper	该研究通过整合空间转录组学（ST）和单核RNA测序（snRNA-seq）数据，增强了阿尔茨海默病（AD）相关表型的空间信息细胞类型特异性差异基因表达（DGE）分析的能力	结合ST和snRNA-seq数据，利用深度学习工具CelEry推断细胞的空间位置，并进行皮层层特异性（CLS）和细胞类型特异性（CTS）DGE分析，发现了传统CTS DGE分析无法检测到的AD相关基因和通路	研究依赖于推断的空间位置信息，可能存在一定的误差，且样本量虽大但仍局限于特定脑区（DLPFC）	增强AD相关表型的空间信息细胞类型特异性差异基因表达分析能力	阿尔茨海默病（AD）相关的β-淀粉样蛋白、缠结密度和认知衰退表型	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组学（ST）、单核RNA测序（snRNA-seq）、深度学习	线性混合回归模型	基因表达数据	436个死后大脑的DLPFC组织样本，约150万细胞
530	2025-05-29	HiDDEN: a machine learning method for detection of disease-relevant populations in case-control single-cell transcriptomics data 2024-11-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53666-8 PMID:39487129	研究论文	提出了一种名为HiDDEN的机器学习方法，用于在病例对照单细胞转录组数据中检测与疾病相关的细胞群体	HiDDEN方法能够精确地反映每个细胞的扰动状态，解决了传统方法在受影响细胞子集较小或扰动强度较弱时无法准确识别的问题	论文未明确提及具体局限性	开发一种计算方法，用于在单细胞RNA-seq研究中准确识别受疾病影响的细胞子集及其标记物	病例对照单细胞转录组数据	机器学习	多发性骨髓瘤前体条件、脱髓鞘疾病	单细胞RNA-seq	NA	单细胞转录组数据	模拟数据集、人类多发性骨髓瘤前体条件数据集、小鼠脱髓鞘模型数据集
531	2025-05-29	A New Graph Autoencoder-Based Multi-Level Kernel Subspace Fusion Framework for Single-Cell Type Identification 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3459960 PMID:39264790	研究论文	提出了一种基于图自动编码器的多级核子空间融合框架scGAMF，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别	scGAMF框架首次将深度特征嵌入和核空间分析统一到一个框架中，通过多级核空间融合策略充分挖掘细胞间的深层潜在关系	未明确说明方法在超大规模数据集上的计算效率问题	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的聚类准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图自动编码器(GAEs)	基因表达数据	未明确说明具体样本量，仅提到在真实数据集上进行了广泛验证
532	2025-05-29	Prostaglandin E2-EP2/EP4 signaling induces immunosuppression in human cancer by impairing bioenergetics and ribosome biogenesis in immune cells 2024-11-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53706-3 PMID:39487111	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了前列腺素E2（PGE2）通过EP2/EP4信号通路在人类肿瘤微环境中诱导免疫抑制的机制	揭示了PGE2-EP2/EP4信号通过下调c-Myc和PGC-1，进而影响氧化磷酸化、糖酵解和核糖体蛋白合成，从而损害免疫细胞的功能和抗肿瘤活性的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的直接证据有限	探究前列腺素E2在肿瘤微环境中的免疫抑制作用及其分子机制	肿瘤浸润的免疫细胞（包括CD8 T细胞和巨噬细胞）	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	人类癌症样本和雌性小鼠的同基因肿瘤模型
533	2025-05-29	Using Multi-Encoder Semi-Implicit Graph Variational Autoencoder to Analyze Single-Cell RNA Sequencing Data 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3458170 PMID:39255084	研究论文	提出了一种基于变分图自编码器和图注意力网络的新框架MSVGAE，用于分析单细胞RNA测序数据	引入多编码器学习不同尺度的特征并控制非信息特征，通过添加不同噪声促进图结构信息和分布不确定性的传播	NA	更好地分析高维度、高稀疏性的单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	变分图自编码器(MSVGAE), 图注意力网络	基因表达数据	24个模拟数据集和8个真实数据集
534	2025-05-28	Disrupting CENP-N mediated SEPT9 methylation as a strategy to inhibit aerobic glycolysis and liver metastasis in colorectal cancer 2024-Dec, Clinical & experimental metastasis IF:4.2Q2 DOI:10.1007/s10585-024-10316-z PMID:39424682	研究论文	本研究探讨了CENP-N介导的SEPT9甲基化在结直肠癌有氧糖酵解和肝转移中的作用	发现CENP-N通过介导SEPT9甲基化促进有氧糖酵解和肝转移的新通路	NA	探索抑制结直肠癌进展和肝转移的潜在治疗靶点	结直肠癌细胞	肿瘤学	结直肠癌	单细胞RNA测序、甲基化特异性PCR (MSP)、ChIP实验	NA	基因表达数据、甲基化数据	NA
535	2025-05-28	Controlling human stem cell-derived islet composition using magnetic sorting 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.19.624394 PMID:39605713	research paper	该研究开发了一种使用磁激活细胞分选（MACS）技术富集干细胞衍生胰岛（SC-islets）中CD49a标记的β细胞的方法，以提高其治疗1型糖尿病的潜力	首次利用MACS技术对SC-islets进行CD49a标记的β细胞富集，显著提升了β细胞比例和功能	研究仅针对CD49a标记进行富集，可能忽略了其他潜在的重要细胞标记	提高干细胞衍生胰岛中β细胞的比例和功能，以改善1型糖尿病的细胞替代治疗	人类多能干细胞（hPSCs）衍生的胰岛细胞	干细胞研究	1型糖尿病	磁激活细胞分选（MACS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据、免疫染色图像	人类多能干细胞衍生的胰岛细胞样本
536	2025-05-28	Exponential family measurement error models for single-cell CRISPR screens 2024-Oct-01, Biostatistics (Oxford, England) DOI:10.1093/biostatistics/kxae010 PMID:38649751	研究论文	本文介绍了一种名为GLM-EIV的新方法，用于分析单细胞CRISPR筛选数据，解决了现有方法中的偏差和方差问题	提出了GLM-EIV方法，将经典的误差变量模型扩展到指数族分布的响应和噪声预测变量，并开发了跨数百个处理器部署的计算基础设施	未明确提及具体限制，但暗示了现有方法中存在难以选择的调谐参数问题	解决单细胞CRISPR筛选数据分析中的统计挑战	单细胞CRISPR筛选数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, CRISPR	GLM-EIV	基因表达数据	两个大规模单细胞CRISPR筛选数据集
537	2025-05-28	scAI-SNP: a method for inferring ancestry from single-cell data 2024-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.14.594208 PMID:38798590	research paper	介绍了一种名为scAI-SNP的工具，用于直接从单细胞基因组数据推断供体的祖先信息	开发了scAI-SNP工具，能够直接从单细胞数据中推断祖先信息，解决了自我报告种族和民族信息的偏差和不可用性问题	NA	确保单细胞图谱能代表人类遗传多样性，通过推断供体祖先信息	单细胞基因组数据	genomics	NA	single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq	NA	genomic data	3201名来自26个人群群体的个体
538	2025-05-26	Fibroblast-specific TGF-β signaling mediates cardiac dysfunction, fibrosis, and hypertrophy in obese diabetic mice 2024-Dec-14, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae210 PMID:39373248	research paper	该研究探讨了成纤维细胞特异性TGF-β信号在2型糖尿病心肌病发病机制中的作用	揭示了成纤维细胞特异性TGF-β/Smad3信号通路在糖尿病心肌病中的关键作用，并发现TSP-4可能作为糖尿病诱导的纤维化介质	体外实验未显示TSP-4对心脏成纤维细胞有明显的激活作用	研究TGF-β诱导的成纤维细胞激活在糖尿病心肌病发病机制中的作用	肥胖糖尿病小鼠（db/db小鼠）的心脏成纤维细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	转录组学研究、scRNA-seq、Ingenuity通路分析（IPA）	小鼠模型	基因表达数据、scRNA-seq数据	肥胖db/db小鼠和瘦型小鼠
539	2025-05-26	Olfr2-positive macrophages originate from monocytes proliferate in situ and present a pro-inflammatory foamy-like phenotype 2024-Nov-05, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae153 PMID:39229899	研究论文	本研究探讨了表达嗅觉受体2（Olfr2）的血管巨噬细胞在动脉粥样硬化中的功能表型和起源	首次揭示了Olfr2+巨噬细胞来源于单核细胞，并在疾病早期阶段积累，具有增殖和促炎潜能	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究Olfr2+血管巨噬细胞在动脉粥样硬化中的作用机制	Olfr2+巨噬细胞及其前体单核细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术、RNA-seq、流式细胞术	Apoe-/-小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	CD45.1Apoe-/-Olfr2+/+和CD45.2Apoe-/-Olfr2-/-小鼠
540	2025-05-26	Serine protease inhibitor, SerpinA3n, regulates cardiac remodelling after myocardial infarction 2024-Jul-02, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae075 PMID:38666458	research paper	该研究探讨了丝氨酸蛋白酶抑制剂SerpinA3n在心肌梗死后心脏重塑中的调节作用	首次揭示了SerpinA3n通过调节基质功能和炎症反应影响心肌梗死后心脏重塑的因果作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	理解Serpins在心肌梗死后瘢痕形成中的调节作用	心肌梗死后的心脏重塑过程	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞转录组学、蛋白质组学分析	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	SerpinA3n条件性敲除小鼠