单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5301	2024-08-04	Cell specification and functional interactions in the pig blastocyst inferred from single-cell transcriptomics and uterine fluids proteomics 2024-03, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2023.110780 PMID:38211822	研究论文	本文通过单细胞转录组学和子宫液体蛋白组学探讨了猪囊胚的细胞特征和功能相互作用	发现了两种之前未知的滋养外胚层亚群，包括可能代表祖细胞的LRP2表达细胞和与Rauber层相关的表达凋亡标志物的细胞	目前未提及本文的具体局限性	旨在深入理解猪囊胚在早期和孵化阶段的生物学特性	研究对象为早期和孵化的囊胚、球形和卵形胚胎及对应的子宫液体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序和蛋白质组学	NA	RNA和蛋白质数据	大规模单细胞RNAseq数据集和对应的蛋白质组学数据集
5302	2024-08-05	A risk-reward examination of sample multiplexing reagents for single cell RNA-Seq 2024-03, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110793 PMID:38220132	研究论文	本研究比较了不同的样本复用试剂对单细胞RNA测序的影响	提出通过优化实验室工作流程和选择合适的复用试剂提升单细胞RNA测序的性能	研究中不同样本类型的信噪比问题影响了数据质量	旨在提高单细胞RNA测序实验的准确性和成本效益	研究对象包括人外周血单核细胞、鼠胚胎脑和患者来源的异种移植物	数字病理学	NA	RNA-Seq	NA	NA	包括人PBMC、鼠脑和患者来源的异种移植物等多种样本类型
5303	2024-08-05	A single-cell atlas of the murine pancreatic ductal tree identifies novel cell populations with potential implications in pancreas regeneration and exocrine pathogenesis 2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.26.582044 PMID:38463969	研究论文	本文通过单细胞转录组测序全面描述了小鼠胰腺导管的异质性，识别了新的细胞群体，可能对胰腺再生和外分泌病理有重要影响	识别出15个胰腺健康状态下共存的导管细胞群体，并揭示了其在组织形成和内分泌分化中的潜力	主要研究集中在小鼠模型上，可能无法完全反映人类胰腺的复杂特征	研究胰腺导管细胞的异质性及其在胰腺再生和外分泌病理中的作用	小鼠胰腺导管的不同细胞群体	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq	NA	单细胞数据	使用胰腺伤害模型、胰腺肿瘤样本，以及健康胰腺样本
5304	2024-08-04	Cuproptosis-Related Genes as Prognostic Biomarkers for Sepsis: Insights into Immune Function and Personalized Immunotherapy 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S461766 PMID:38979432	研究论文	本研究旨在通过分析新型细胞死亡过程cuproptosis，发现败血症免疫治疗的诊断和预后生物标志物	首次将cuproptosis相关基因与败血症的免疫功能和个性化免疫疗法联系起来	研究可能受到样本量和群体分类的限制	探讨cuproptosis相关基因在败血症预后中的作用	败血症患者的转录组数据以及cuproptosis相关基因	数字病理学	败血症	转录组测序，单细胞测序，实时定量PCR	预测模型	转录组数据	涉及败血症患者和健康对照的样本
5305	2024-08-04	Deciphering head and neck cancer microenvironment: Single-cell and spatial transcriptomics reveals human papillomavirus-associated differences 2024-01, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.29386 PMID:38235919	研究论文	本文研究了人乳头瘤病毒（HPV）相关的头颈癌微环境的分子特征	通过单细胞和空间转录组学分析，发现了HPV感染与癌症干细胞特性之间的关键基因PKM2及其在转移肿瘤中的作用	样本数量有限，仅包括8个单细胞RNA样本和6个空间转录组样本	探讨HPV在头颈鳞状细胞癌中的微环境作用及其对转移的影响	主要研究基于HPV状态的原发肿瘤和淋巴结转移肿瘤的分子特征	数字病理学	头颈癌	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	基因表达数据	8个单细胞RNA样本和6个空间转录组样本
5306	2024-08-04	Integrated analysis of single-cell sequencing and machine learning identifies a signature based on monocyte/macrophage hub genes to analyze the intracranial aneurysm associated immune microenvironment 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1397475 PMID:38979407	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习分析识别与颅内动脉瘤相关的单核细胞/巨噬细胞基因特征，以阐明其与免疫微环境的关系	结合六种机器学习算法识别出与单核细胞/巨噬细胞相关的关键基因，并开发了多层感知机神经模型用于颅内动脉瘤的诊断	尽管研究揭示了单核细胞浸润的分子特征，但在针对颅内动脉瘤的靶向治疗方面的有效性仍需进一步验证	识别单核细胞/巨噬细胞相关的基因特征，以阐明其在颅内动脉瘤发病机制和免疫微环境中的作用	主要研究对象为颅内动脉瘤中的单核细胞和巨噬细胞	数字病理学	颅内动脉瘤	单细胞RNA测序	多层感知机（MLP）	基因数据	NA
5307	2024-08-05	A single-cell atlas of the aging mouse ovary 2024-Jan, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-023-00552-5 PMID:38200272	研究论文	本研究绘制了小鼠卵巢衰老的单细胞转录组图谱	首次提供了衰老小鼠卵巢的全面细胞图谱，揭示了早期卵巢衰退的驱动因素	该研究主要集中在小鼠模型上，可能无法完全转化到人类卵巢衰老	研究小鼠卵巢衰老过程中的转录组变化	对3个月和9个月小鼠卵巢组织进行单细胞RNA测序	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	组织样本	小鼠卵巢组织，3个月和9个月各一组
5308	2024-08-05	Lysyl oxidase-like 1 predicts the prognosis of patients with primary glioblastoma and promotes tumor invasion via EMT pathway 2024, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.17579 PMID:38978755	研究论文	这篇文章探讨了赖氨酸氧化酶样1（LOXL1）在原发性胶质母细胞瘤患者预后中的预测作用及其通过上皮-间质转化（EMT）途径促进肿瘤侵犯的机制	提出了基于LOXL1的预后风险评分模型和诺莫图，展示了其在评估胶质母细胞瘤患者预后中的潜在应用	只使用了TCGA和CGGA数据进行分析，结果可能受限于数据的可获取性和样本的多样性	研究LOXs在胶质母细胞瘤中的作用及其对患者预后的影响	主要研究对象是原发性胶质母细胞瘤患者及其相关的LOXs基因	肿瘤病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序，CCK-8，western blot，伤口愈合实验，Transwell侵袭实验	NA	基因组数据，临床生存数据	使用TCGA和CGGA数据集的患者，具体样本量未在摘要中提及
5309	2024-08-05	The association between vitamin D and the progression of diabetic nephropathy: insights into potential mechanisms 2024, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2024.1388074 PMID:38978780	研究论文	本研究调查了维生素D水平与糖尿病肾病进展之间的关联及潜在机制	揭示了维生素D缺乏与糖尿病肾病进展相关的分子机制	本研究仅基于特定患者群体，可能存在样本选择偏差	探索维生素D水平与糖尿病肾病进展之间的关系和机制	567名2型糖尿病患者及221名健康对照的临床数据	数字病理学	糖尿病肾病	RNA-seq，scRNA-seq	NA	临床数据，基因表达数据	567名2型糖尿病患者和221名健康对照
5310	2024-08-04	Increased prevalence of hybrid epithelial/mesenchymal state and enhanced phenotypic heterogeneity in basal breast cancer 2024-Jul-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110116 PMID:38974967	研究论文	本文研究了基础型乳腺癌中混合上皮/间充质状态和表型异质性的增加	通过多模态转录组数据和数学建模，揭示了表型异质性中的不同生物轴之间的相互关系	未在文中提及具体的临床应用或实验验证	理解基础型乳腺癌中的表型异质性及其分子机制	乳腺癌细胞系和原发性肿瘤样本	数字病理学	乳腺癌	转录组学	数学建模	多模态转录组数据	包括乳腺癌细胞系和原发肿瘤样本
5311	2024-08-04	Emerging trends in the study of spiralian larvae 2024-Jul, Evolution & development IF:2.6Q2 DOI:10.1111/ede.12459 PMID:37787615	评论	这篇综述探讨了螺旋动物幼虫的发育与进化研究的最新趋势。	文章结合经典研究与现代高通量技术，提出了对幼虫发育和生命周期演化机制的新可测试假设。	没有提供具体的数据或实证研究，仅为理论上的探讨。	研究螺旋动物幼虫的发育机制及其演化背景。	螺旋动物及其幼虫形态特征，包括前神经系统、纤毛带和后底泡。	生物学	NA	比较基因组学、单细胞转录组学、表观基因组学	NA	基因组数据	NA
5312	2024-08-05	ScHGSC-IGDC: Identifying genes with differential correlations of high-grade serous ovarian cancer based on single-cell RNA sequencing analysis 2024-Jun-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e32909 PMID:38975079	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析确定了高等级浆液性卵巢癌中的差异关联基因	提出了ScHGSC-IGDC框架，以识别HGSC发展中的核心基因，并通过分析找到34个模块的基因互作网络	未在更广泛的人群中验证结果的普适性	旨在通过HGSC的scRNA-seq数据分析识别正常与肿瘤状态之间的差异关联核心基因	高等级浆液性卵巢癌患者的肿瘤及其相邻正常组织样本	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	涉及的人类卵巢癌细胞系和组织样本未具体说明数量
5313	2024-08-04	TrkA + sensory neurons regulate osteosarcoma proliferation and vascularization to promote disease progression 2024-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.20.599869 PMID:38979210	研究论文	该研究探讨了TrkA+感觉神经元在骨肉瘤增殖和血管化中的作用	首次揭示了肿瘤相关感觉神经元在骨肉瘤进展中的神经调节功能	该研究主要依赖于小鼠模型，可能不完全适用于人类骨肉瘤的情况	研究TrkA+感觉神经元如何影响骨肉瘤的发展和血液供应	研究的对象为骨肉瘤模型小鼠及其肿瘤微环境中的细胞	数字病理学	骨癌	化学基因学方法	转基因小鼠	单细胞转录组数据	包括小鼠模型和人类骨肉瘤样本的多模态分析
5314	2024-08-04	Single-cell spatial transcriptomics reveals a dystrophic trajectory following a developmental bifurcation of myoblast cell fates in facioscapulohumeral muscular dystrophy 2024-06-25, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278717.123 PMID:38777608	研究论文	这篇文章使用单细胞空间转录组学揭示了面肩肱肌营养不良症中肌母细胞命运发育分叉后的退化轨迹	本文使用多重错误稳健荧光原位杂交技术实现了对多核肌管转录组的高分辨率分析	单细胞或细胞核RNA测序无法充分捕捉多核大肌管的转录组	研究面肩肱肌营养不良症（FSHD）中肌母细胞分化过程中的转录组变化	研究对象为健康对照、同源D4Z4收缩突变体和FSHD患者样本中的体外分化肌管及未融合单核细胞	数字病理学	面肩肱肌营养不良症	多重错误稳健荧光原位杂交（MERFISH）	NA	RNA转录本	包括控制组、同源突变体和FSHD患者样本的多个肌管和单核细胞
5315	2024-08-05	Single-cell transcriptional profile of CD34+ hematopoietic progenitor cells from del(5q) myelodysplastic syndromes and impact of lenalidomide 2024-Jun-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49529-x PMID:38902243	研究论文	本研究揭示了del(5q)骨髓增生异常综合症患者CD34+造血祖细胞的转录组变化及其对来那度胺治疗的影响	首次使用单细胞RNA测序揭示了del(5q) MDS中存在的转录改变及其潜在的治疗影响	本研究未探讨其他可能的致病机制和较大样本的验证	阐明del(5q) MDS的转录变化及其影响来那度胺治疗的机制	del(5q) MDS患者的CD34+造血祖细胞	数字病理学	骨髓增生异常综合症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自del(5q) MDS患者的CD34+细胞
5316	2024-08-05	Flow Cytometry Analysis of Microglial Phenotypes in the Murine Brain During Aging and Disease 2024-Jun-20, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5018 PMID:38948260	研究论文	本文提出一种优化的流式细胞术方法，用于分析小鼠脑中微胶质细胞的各种表型	本研究展示了一种不需要细胞分选的流式细胞分析协议，并且允许灵活结合额外标记以增强标记面板	所提方法仍可能受到诸如标记抗体选择与定量方法的限制	研究小鼠脑中微胶质细胞的不同表型以获得生物学见解	小鼠脑组织中不同表型的微胶质细胞	数字病理学	NA	流式细胞术	NA	细胞表型	NA
5317	2024-08-04	Mgp High-Expressing MSCs Orchestrate the Osteoimmune Microenvironment of Collagen/Nanohydroxyapatite-Mediated Bone Regeneration 2024-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202308986 PMID:38588510	研究论文	本文描述了Mgp高表达的间充质干细胞（MSCs）如何调控胶原蛋白/纳米羟基磷灰石介导的骨再生中的骨免疫微环境	该研究首次揭示了生物材料对间充质干细胞时空表达模式的调控，并识别出一组功能性MSC亚群体	尚未详尽探讨生物材料与MSC之间长时间的相互作用	研究生物材料对骨再生过程中的干细胞调节作用	高表达Mgp的间充质干细胞及其在骨再生中的作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序与空间转录组学	NA	转录组数据	NA
5318	2024-08-05	Pan-Cancer Single-Cell and Spatial-Resolved Profiling Reveals the Immunosuppressive Role of APOE+ Macrophages in Immune Checkpoint Inhibitor Therapy 2024-Jun, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202401061 PMID:38569519	研究论文	本研究探讨了APOE+巨噬细胞在免疫检查点抑制剂（ICI）治疗中的免疫抑制作用	结合单细胞RNA测序和机器学习方法，构建了M.Sig模型用于预测ICI反应，揭示了APOE巨噬细胞在ICI治疗中的重要作用	本研究可能缺乏对其他类型巨噬细胞的全面比较，未涵盖所有癌症类型	研究APOE+巨噬细胞在癌症免疫治疗中的作用与机制	APOE+巨噬细胞以及与之互动的CD8+耗竭T细胞	数字病理学	泛癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和机器学习	M.Sig模型	RNA数据	使用了4T1肿瘤-bearing小鼠模型和真实世界免疫治疗数据
5319	2024-08-04	Transcriptional programs mediating neuronal toxicity and altered glial-neuronal signaling in a Drosophila knock-in tauopathy model 2024-05-15, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278576.123 PMID:38599684	研究论文	本文描述了利用CRISPR-Cas基因编辑技术构建的前额颞叶痴呆果蝇模型。	创造了与人类前额颞叶痴呆相关的正交突变，并且展示了非细胞自主变更在胶质细胞中的潜在作用。	研究可能受到模型局限性的影响，虽然模型重现了人类疾病的某些特征，但依然无法完全模拟人类遗传背景。	揭示TAU P301L突变引起的神经元功能障碍和死亡的分子事件。	研究对象为携带Tau P251L突变的果蝇及其对照品。	数字病理学	前额颞叶痴呆	CRISPR-Cas基因编辑	果蝇模型	单细胞RNA测序数据	约130,000个细胞
5320	2024-08-05	FlyBase: updates to the Drosophila genes and genomes database 2024-05-07, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1093/genetics/iyad211 PMID:38301657	研究论文	本文描述了FlyBase关于果蝇基因和基因组数据库的最新进展和更新	引入了单细胞RNA测序数据，改善了功能信息的内容和显示，更新了同源性流程，增加了新的化学报告，并增强了宣传资源	NA	介绍FlyBase的最新开发和更新	果蝇基因组和基因信息	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA