单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7515 篇文献，本页显示第 5261 - 5280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5261 | 2024-08-04 |
AraLeTA: An Arabidopsis leaf expression atlas across diurnal and developmental scales
2024-Jun-28, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiae117
PMID:38428997
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研究论文 | 本文构建了拟南芥叶片在日间和发育时间尺度上细胞类型特异性基因表达的地图 | 结合了单细胞RNA测序数据与整叶时间序列数据，揭示了不同细胞类型在时间上的转录本浓度变化 | 虽然进一步的细胞类型特征分析得到了加强，但依然无法完全消除整叶RNA测序的平均基因表达值的局限性 | 研究拟南芥叶片不同细胞类型基因表达随时间变化的模式 | 拟南芥（Arabidopsis thaliana）叶片的不同细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序和RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 5262 | 2024-08-04 |
Spatial transcriptomics in cancer research and potential clinical impact: a narrative review
2024-Jun-08, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-024-05816-0
PMID:38850363
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综述 | 本综述总结了空间转录组学在癌症研究中的应用及其潜在临床影响 | 空间转录组学提供了肿瘤微环境的新见解，并能够捕捉肿瘤异质性和多灶性 | 缺乏针对临床应用中的空间信息整合的深度分析 | 探索空间转录组学在精准肿瘤学及肿瘤研究中的应用 | 主要关注固体肿瘤的现有空间转录组学研究 | 数字病理学 | 肿瘤 | 空间转录组学（ST） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 5263 | 2024-08-04 |
Endothelial cell signature in muscle stem cells validated by VEGFA-FLT1-AKT1 axis promoting survival of muscle stem cell
2024-Jun-06, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.73592
PMID:38842166
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研究论文 | 该研究揭示了内皮细胞转录本在肌肉干细胞生存中的作用 | 本研究通过揭示肌肉干细胞行为如何受特定内皮细胞转录本影响，挑战了他们具有不同基因特征的传统观点 | 本研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类肌肉干细胞 | 探讨内皮细胞标记物在肌肉干细胞中的表达及其对存活的影响 | 成年肌肉干细胞及其与内皮细胞的信号通路的关系 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 小鼠肌肉干细胞 |
| 5264 | 2024-08-04 |
Mapping the immune cell landscape of severe atopic dermatitis by single-cell RNA-seq
2024-06, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.16121
PMID:38817208
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了严重特应性皮炎患者的免疫细胞景观 | 本研究揭示了严重特应性皮炎中内源性免疫细胞的显著变化，尤其是与疾病严重程度相关的特定免疫细胞亚群 | 需进一步研究这些免疫细胞变化对疾病发病机制的影响以及潜在治疗靶点的有效性 | 分析严重特应性皮炎（AD）患者全身免疫景观的综合特征 | 来自12名严重特应性皮炎患者和6名健康对照者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 12名严重AD患者和6名健康对照者，分析超过30万个外周血单核细胞 |
| 5265 | 2024-08-05 |
DeepGRNCS: deep learning-based framework for jointly inferring gene regulatory networks across cell subpopulations
2024-May-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae334
PMID:38980373
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研究论文 | 本研究提出了一个基于深度学习的框架DeepGRNCS，用于联合推断细胞亚群中的基因调控网络 | 该方法通过考虑细胞间的异质性和不同细胞亚群之间的相似性，克服了现有单细胞RNA测序数据推断基因调控网络的方法的局限 | 该研究的局限性在于未详细讨论DeepGRNCS在不同数据集上的表现差异 | 旨在通过推断细胞亚群中的基因调控网络，深入理解细胞功能和疾病发病机制 | 主要研究对象为细胞亚群中的基因表达和转录因子之间的关系 | 数字病理学 | 非小细胞肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 深度学习模型 | 基因表达数据 | 包括多个模拟和真实的scRNA-seq数据集 |
| 5266 | 2024-08-05 |
WNT-inhibitory factor 1-mediated glycolysis protects photoreceptor cells in diabetic retinopathy
2024-03-06, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05046-5
PMID:38448948
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研究论文 | 本研究探讨了WIF1在糖尿病视网膜病变中对光感受器功能的影响 | 揭示了WIF1通过抑制经典Wnt信号通路来保护视网膜光感受器细胞，减少氧化应激 | 研究中仅使用了C57BL/KsJ-db/db小鼠模型，缺乏其他动物模型的验证 | 研究WIF1在糖尿病视网膜病变中对光感受器细胞的保护机制 | C57BL/KsJ-db/db小鼠及661 W细胞作为糖尿病视网膜病变的体内和体外模型 | 数字病理学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序、光学相干断层扫描、透射电子显微镜 | NA | 细胞、组织样本 | 12周龄C57BL/KsJ-db/db小鼠和661 W细胞 |
| 5267 | 2024-08-05 |
Prediction model for EBV infection following HLA haploidentical matched hematopoietic stem cell transplantation
2024-03-06, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05042-9
PMID:38448996
|
研究论文 | 该文章提出了一种预测在HLA半相合造血干细胞移植后EBV感染的评分模型 | 创新点在于提出了一个有效的EBV再激活预测评分系统，并利用单细胞RNA测序分析探讨了年龄对免疫细胞和病毒感染的影响 | 本研究的局限性在于样本数量和适用性尚需进一步验证 | 研究的目的是开发和验证一项用于预测HLA半相合造血干细胞移植后EBV感染风险的评分系统 | 研究对象为466名接受HLA半相合造血干细胞移植的患者 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 多变量逻辑回归模型 | 临床数据和RNA测序数据 | 466名接受HLA半相合造血干细胞移植的患者 |
| 5268 | 2024-08-05 |
CDSKNNXMBD: a novel clustering framework for large-scale single-cell data based on a stable graph structure
2024-03-03, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05009-w
PMID:38433205
|
研究论文 | 提出了一种基于稳定图结构的单细胞聚类框架，能够高效准确地处理大规模单细胞转录组测序数据 | CDSKNNXMBD集成了分区聚类算法和社区检测算法，提供了一种新的聚类方法 | 具体的限制未在摘要中提及 | 提高对大规模和不平衡单细胞数据的处理能力 | 从人类胎儿地图上分析的15种组织的单细胞数据 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 单细胞转录组测序数据 | 1.46百万单细胞 |
| 5269 | 2024-08-05 |
A multi-dimensional approach to unravel the intricacies of lactylation related signature for prognostic and therapeutic insight in colorectal cancer
2024-02-28, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-04955-9
PMID:38419085
|
研究论文 | 该研究探讨了乳酸化在结直肠癌中的作用及其相关基因特征 | 该研究首创性地发现了结直肠癌中全球乳酸化的显著升高，并确认其作为CRC的独立预后因素 | 该研究的局限性未在摘要中明确提及 | 本研究旨在识别乳酸化相关基因与结直肠癌预后之间的关系 | 研究对象为结直肠癌患者的肿瘤组织及细胞系 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 免疫组化、单细胞RNA测序、Cox回归和Lasso回归分析 | NA | 组织微阵列、基因组数据库、细胞系 | 在研究中涉及了多个结直肠癌患者的样本，但具体样本数量未在摘要中提供 |
| 5270 | 2024-08-04 |
Metabolic heterogeneity in clear cell renal cell carcinoma revealed by single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics
2024-02-27, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-04848-x
PMID:38414015
|
研究论文 | 本研究揭示了透明细胞肾细胞癌的代谢异质性 | 首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了肿瘤微环境中不同细胞类型的代谢变化 | 研究主要集中在透明细胞肾细胞癌，可能不适用于其他肿瘤类型 | 分析透明细胞肾细胞癌中肿瘤微环境的代谢重编程 | 透明细胞肾细胞癌及其肿瘤微环境中的多种细胞类型 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 195个样本 |
| 5271 | 2024-08-05 |
Integrative single-cell transcriptomic analyses reveal the cellular ontological and functional heterogeneities of primary and metastatic liver tumors
2024-02-27, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-04947-9
PMID:38414027
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研究论文 | 本文阐述了原发性和转移性肝肿瘤细胞生态的本体论和功能异质性 | 通过单细胞转录组学分析，揭示了肝肿瘤微环境中新发现的细胞群体及其功能差异 | 本研究主要基于已获得的转录组数据，可能存在样本偏差 | 明确原发性和转移性肝肿瘤细胞生态系统的异质性 | 原发性肝肿瘤、转移性肝肿瘤及非肿瘤肝组织的细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | scRNA-seq、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 5272 | 2024-08-05 |
Decoding the transcriptional heterogeneity, differentiation lineage, clinical significance in tissue-resident memory CD8 T cell of the small intestine by single-cell analysis
2024-02-25, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-04978-2
PMID:38403590
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示了小肠组织驻留记忆CD8 T细胞的转录异质性、分化谱系及临床意义 | 首次整合scRNA-seq和scTCR-seq数据探索小肠Trm细胞的异质性和其发育途径 | 未详细探讨Trm细胞在不同组织中的功能差异以及其他细胞类型的影响 | 研究小肠组织驻留记忆T细胞的转录特征和发育路径 | 小肠中的组织驻留记忆CD8 T细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | scRNA-seq和scTCR-seq | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 5273 | 2024-08-05 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Transcriptional Signatures and Cell-Cell Communication in Diabetic Retinopathy
2024-Feb-21, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets
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研究论文 | 本研究首次基于单细胞RNA测序调查了RPE细胞在糖尿病视网膜病变中的细胞间信号传递机制 | 该研究首次揭示了RPE细胞在糖尿病视网膜病变进展中传递信号的作用 | 该研究依赖于小鼠模型，可能不能完全代表人类疾病 | 研究糖尿病视网膜病变中视网膜细胞与视网膜色素上皮细胞之间的受体-配体通信 | 小鼠视网膜细胞与视网膜色素上皮细胞的通信 | 数字病理学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 使用GEO数据库的一个小鼠单细胞RNA测序数据集 (GSE178121) |
| 5274 | 2024-08-05 |
New HCC Subtypes Based on CD8 Tex-Related lncRNA Signature Could Predict Prognosis, Immunological and Drug Sensitivity Characteristics of Hepatocellular Carcinoma
2024, Journal of hepatocellular carcinoma
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JHC.S459150
PMID:38983937
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研究论文 | 该文章探讨了CD8 Tex相关lncRNA在肝细胞癌中的作用及其与预后、免疫和药物敏感性的关系 | 首次基于CD8 Tex相关lncRNA签名识别新的HCC亚型，揭示了其在HCC中的预后和免疫特性 | 尚未深入探讨CD8 Tex相关lncRNAs的具体功能机制 | 研究CD8 Tex相关lncRNAs在肝细胞癌中的作用及其对免疫和药物反应的影响 | CD8 Tex相关lncRNAs及其在HCC细胞中的表达和功能 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 基因组数据 | 多样本（具体数量未提及） |
| 5275 | 2024-08-04 |
Interfacial delivery of carbon monoxide via smart titanium implant coating for enhanced soft tissue integration with switchable antibacterial and immunomodulatory properties
2024-Oct, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2024.06.010
PMID:38978805
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研究论文 | 本文探讨了一种用于增强钛植入物周围软组织集成的双功能涂层。 | 开发了一种在近红外照射下能控释一氧化碳的智能钛植入物涂层，因而具有抗菌和免疫调节的创新特性。 | 模型主要在大鼠上进行，可能无法完全代表人类的生理和免疫反应。 | 增强钛植入物周围软组织的集成，改善钛植入物的长期成功率。 | 研究对象为钛植入物及其周围软组织，重点关注一氧化碳的释放及其生物作用。 | 数字病理学 | NA | 近红外照射 | NA | 单细胞测序 | 大鼠植入模型 |
| 5276 | 2024-08-04 |
Identification of key genes and immune infiltration in peripheral blood biomarker analysis of delayed cerebral ischemia: Valproic acid as a potential therapeutic drug
2024-Aug-20, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.112408
PMID:38897129
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研究论文 | 本研究开发了一种基于外周血生物标志物的预测模型，用于延迟性脑缺血的关键基因和免疫浸润的分析 | 该研究通过多种生物信息学分析方法识别出与延迟性脑缺血相关的关键基因，并提出了丙戊酸作为潜在的治疗药物 | 未提及具体的实验样本数量和潜在的研究局限性 | 研究延迟性脑缺血（DCI）的病因和开发新的治疗方法 | 通过外周血生物标志物分析识别与DCI相关的关键基因 | 数字病理学 | 心脑血管疾病 | 基因表达谱分析 | 机器学习算法 | 生物标志物数据 | 涉及六个数据集与小鼠单细胞RNA-seq数据 |
| 5277 | 2024-08-04 |
Transcriptional switches in melanoma T Cells: Facilitating polarizing into regulatory T cells
2024-Aug-20, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.112484
PMID:38885605
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研究论文 | 本研究揭示了黑色素瘤T细胞中的转录开关，助力于调节性T细胞的极化。 | 首次识别了与黑色素瘤Treg相关的新的功能分子，并通过SERS技术实现了疾病监测的新方法。 | 尚未明确转录因子在调节性T细胞功能中的具体作用机制。 | 研究调节性T细胞在黑色素瘤中的作用及其自我维持机制。 | 研究黑色素瘤患者的调节性T细胞及其相关转录因子。 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | SERS技术 | NA | 临床样本 | 验证在大量临床样本中 |
| 5278 | 2024-08-05 |
The significance of CD8+ tumor-infiltrating lymphocytes exhaustion heterogeneity and its underlying mechanism in diffuse large B-cell lymphoma
2024-Aug-20, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.112447
PMID:38909497
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研究论文 | 这篇文章探讨了CD8+肿瘤浸润淋巴细胞的耗竭异质性及其机制在弥漫大B细胞淋巴瘤中的临床意义 | 研究揭示了CD8+ TILs的耗竭状态存在异质性，并指出CD39/A2AR相关信号通路可能促进其转变 | 样本量相对较小，尤其是单细胞RNA测序仅有7个样本 | 研究CD8+ TILs的耗竭异质性及其在弥漫大B细胞淋巴瘤中的作用 | CD8+ TILs在弥漫大B细胞淋巴瘤中的不同耗竭状态 | 数字病理学 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序、整体RNA测序、免疫组化、逆转录定量聚合酶链反应 | NA | RNA数据 | 7个单细胞样本，3300个整体RNA样本，116个免疫组化样本，95个逆转录定量PCR样本，48个肿瘤细胞的体细胞突变数据 |
| 5279 | 2024-08-05 |
Three-gene signature revealing the dynamics of lymphocyte infiltration in subchondral bone during osteoarthritis progression
2024-Aug-20, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.112431
PMID:38897125
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研究论文 | 本研究揭示了在骨关节炎进展过程中，次软骨骨中的淋巴细胞浸润动态的三基因特征 | 识别出三种基因作为骨关节炎早期阶段的潜在生物标志物，并揭示了淋巴细胞浸润的主要特征 | 该研究的结果可能受限于所使用的数据集以及样本大小的影响 | 研究骨关节炎的免疫浸润变化及其相关生物标志物 | 关注早期和晚期骨关节炎次软骨骨中的免疫相关基因 | 数字病理学 | 骨关节炎 | LASSO回归, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用GSE515188数据集的样本 |
| 5280 | 2024-08-05 |
DNA damage response-related signatures characterize the immune landscape and predict the prognosis of HCC via integrating single-cell and bulk RNA-sequencing
2024-Aug-20, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.112475
PMID:38909498
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研究论文 | 本文探讨了与DNA损伤反应相关的标志物如何影响肝细胞癌（HCC）的免疫特征和预后 | 创新性地整合了单细胞RNA测序和大规模RNA测序，构建了与DNA损伤反应相关的预后模型 | NA | 探讨与DNA损伤反应相关的生物标记，以帮助预测HCC的预后和免疫特征 | 肝细胞癌患者的肿瘤和正常样本 | 数字病理学 | 肝癌 | RNA测序 | Cox和LASSO回归模型 | 基因表达数据 | 使用了单细胞RNA测序数据集GSE242889以及对应的肝细胞癌样本 |