单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7515 篇文献，本页显示第 5221 - 5240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5221 | 2024-08-05 |
Myeloid-T cell interplay and cell state transitions associated with checkpoint inhibitor response in melanoma
2024-Jul-12, Med (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.medj.2024.03.015
PMID:38593812
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研究论文 | 该文章探讨了黑色素瘤中髓系细胞与T细胞之间的相互作用及其在检查点抑制剂反应中的细胞状态转变 | 揭示了检查点抑制剂反应前肿瘤免疫微环境的特征，提出通过调节髓系细胞和效应细胞的相互作用以改善免疫治疗反应的可能性 | 研究主要限于22名阶段III-IV转移性黑色素瘤患者，样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 探讨免疫治疗前肿瘤微环境与黑色素瘤患者对检查点抑制剂反应之间的关系 | 22名检查点抑制剂初治的阶段III-IV转移性黑色素瘤患者 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 22名患者的肿瘤免疫浸润细胞和外周血单核细胞 |
| 5222 | 2024-08-05 |
Targeting CSF1R in myeloid-derived suppressor cells: insights into its immunomodulatory functions in colorectal cancer and therapeutic implications
2024-Jul-11, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-024-02584-4
PMID:38992688
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研究论文 | 本研究探讨了CSF1R在结直肠癌中的免疫调节功能及其对骨髓源抑制细胞的影响 | 探讨了CSF1R和JAK/STAT3信号轴在结直肠癌免疫抑制中的关键作用，并评估了LNCs@CSF1R siRNA与抗PD-1联合治疗的疗效 | 研究的样本仅限于小鼠模型，可能无法完全反映人类结直肠癌中的相应机制 | 研究骨髓源抑制细胞在结直肠癌中的免疫抑制作用 | 主要研究小鼠模型中的骨髓源抑制细胞及其相关信号通路 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 小鼠结直肠癌模型 |
| 5223 | 2024-08-04 |
Deconwolf enables high-performance deconvolution of widefield fluorescence microscopy images
2024-Jul, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02294-7
PMID:38844629
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研究论文 | 本研究开发了Deconwolf，一种用于高性能去卷积宽场荧光显微镜图像的开源软件 | Deconwolf能够在普通笔记本电脑上高效运行，并显著提高了在DNA和RNA原位杂交图像中分辨拥挤荧光点的准确性 | 此文未提及具体的局限性 | 旨在克服传统显微镜方法在拥挤分子靶标分辨率上的限制 | 研究针对DNA和RNA原位杂交图像的荧光点及细胞切片中的个体转录本 | 数字病理学 | NA | 荧光显微镜 | NA | 图像 | NA |
| 5224 | 2024-08-05 |
CellRank 2: unified fate mapping in multiview single-cell data
2024-Jul, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02303-9
PMID:38871986
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研究论文 | 提出了CellRank 2框架，用于统一研究多视角单细胞数据中的细胞命运 | CellRank 2能够结合多种数据视角和时间点信息，提供了对细胞命运的深入分析 | 尚未提及具体的局限性 | 研究细胞的命运映射和动态变化 | 单细胞转录组数据，涉及人类造血和内胚层发育 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 多达数百万个细胞的单细胞数据 |
| 5225 | 2024-08-04 |
Action of circulating and infiltrating B cells in the immune microenvironment of colorectal cancer by single-cell sequencing analysis
2024-Jun-15, World journal of gastrointestinal oncology
IF:2.5Q3
DOI:10.4251/wjgo.v16.i6.2683
PMID:38994150
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术探讨了循环和浸润B细胞在结直肠癌免疫微环境中的作用机制 | 该研究揭示了结直肠癌中B细胞的异质性及其在肿瘤免疫中的功能差异 | 样本量相对较小，仅涉及23名结直肠癌患者，可能影响结果的普适性 | 探讨结直肠癌免疫微环境中循环和浸润B细胞亚群的作用 | 分析来自23名CRC患者的肿瘤、正常和外周血样本中的B细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | NA | 样本 | 69个样本（包括正常、肿瘤和外周血样本） |
| 5226 | 2024-08-05 |
Immunological and microbial shifts in the aging rhesus macaque lung during nontuberculous mycobacterial infection
2024-Jun-12, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.00829-24
PMID:38771046
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研究论文 | 本研究比较了年轻和老年猕猴在非结核分枝杆菌感染中的免疫和微生物变化 | 本研究揭示了老年猕猴对非结核分枝杆菌感染的免疫反应增强，提供了对人类年龄相关疾病机制的新见解 | 缺乏对非人灵长类动物的更大样本量的研究，可能限制了结果的广泛适用性 | 探究老年猕猴在非结核分枝杆菌感染过程中免疫和微生物的变化 | 研究对象为三只年轻和两只老年的猕猴 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 微生物组数据，免疫细胞反应数据 | 五只猕猴（两只年轻雌性，一只年轻雄性，两个老年雌性） |
| 5227 | 2024-08-05 |
Phenotypic and transcriptional changes in peripheral blood mononuclear cells during alphavirus encephalitis in mice
2024-Jun-12, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.00736-24
PMID:38695564
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研究论文 | 本研究利用小鼠Sindbis病毒感染模型探讨外周血单核细胞在病毒脑炎中的表型和转录组变化 | 首次将单细胞RNA测序与流式细胞术结合，系统分析了小鼠外周血单核细胞的转录和表型变化 | 研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类 | 研究SINV感染对小鼠外周血单核细胞的影响，以理解病毒脑炎的免疫机制 | SINV感染的小鼠，特别是其外周血单核细胞及中枢神经系统内的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，流式细胞术 | NA | 基因表达数据，细胞表型数据 | NA |
| 5228 | 2024-08-05 |
Spatial genomic, biochemical and cellular mechanisms underlying meningioma heterogeneity and evolution
2024-Jun, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01747-1
PMID:38760638
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研究论文 | 研究了影响脑膜瘤内部异质性及其演化的空间基因组、 Biochemical 和细胞机制 | 通过空间方法揭示出驱动高等级脑膜瘤内部异质性的基因和蛋白表达程序 | 对驱动内部异质性的可针对机制理解不足 | 揭示脑膜瘤内部异质性与其分子、时间和空间演化之间的联系 | 高等级脑膜瘤和其复发样本 | 数字病理 | 脑膜瘤 | 单细胞RNA测序，CRISPR干扰 | NA | 空间转录组 | 配对的原发和复发脑膜瘤样本 |
| 5229 | 2024-08-05 |
Comparative single cell analysis reveals complex patterns of cell type and cell signaling innovations at the fetal-maternal interface
2024-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.01.591945
PMID:38746137
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研究论文 | 本研究揭示了胎盘-母体接口处细胞类型和信号传导创新的复杂模式 | 发现了新型的绒毛膜和决定位细胞类型，并重建了细胞间信号网络 | 研究中未提及样本的具体数量和选择标准 | 探索哺乳动物胎盘-母体接口的细胞类型和信号传导动态 | 对树袋熊、马达加斯加普通刺猬和小鼠等不同哺乳动物胎盘-母体接口的单细胞RNA测序进行分析 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | NA |
| 5230 | 2024-08-04 |
Single-cell sequencing and multiple machine learning algorithms to identify key T-cell differentiation gene for progression of NAFLD cirrhosis to hepatocellular carcinoma
2024, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2024.1301099
PMID:38993839
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研究论文 | 该文章探讨了T细胞分化基因在NAFLD肝硬化进展为肝细胞癌中的关键作用 | 通过单细胞测序和多种机器学习算法，系统地识别出五种不同的T细胞分化状态，并确定LDHA为核心基因 | 目前的研究主要集中于HCC的发生，而精确的免疫发病机制仍然不明确 | 研究NAFLD肝硬化向肝细胞癌进展过程中T细胞的分化及其相关基因 | 采用来自两种NAFLD肝硬化样本和五个健康样本的单细胞测序数据 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞测序 | 机器学习算法 | 转录组数据 | 2个NAFLD肝硬化样本和5个健康样本 |
| 5231 | 2024-08-04 |
Mitophagy and clear cell renal cell carcinoma: insights from single-cell and spatial transcriptomics analysis
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1400431
PMID:38994370
|
研究论文 | 本研究探讨了线粒体自噬在透明细胞肾癌中的变化及其对肿瘤微环境的影响 | 揭示了UBB基因及其相关的泛素化过程在透明细胞肾癌发展中的重要性 | NA | 深入研究透明细胞肾癌中线粒体自噬活性变化及其对肿瘤代谢和发展策略的影响 | 透明细胞肾癌肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞测序和空间转录组学 | NA | 组织样本 | 多个透明细胞肾癌肿瘤组织样本 |
| 5232 | 2024-08-05 |
A High Immune-Related Index with the Suppression of cGAS-STING Pathway is a Key Determinant to Herceptin Resistance in HER2+ Breast Cancer
2024, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.94868
PMID:38993569
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研究论文 | 本研究探讨了免疫相关指标与HER2+乳腺癌Herceptin耐药性之间的关系 | 提出了一种可信的免疫相关预后指标，该指标考虑了免疫渗透，与Herceptin耐药的乳腺癌有重要关联 | 缺乏理想的预后模型全面考虑免疫渗透 | 研究HER2+乳腺癌中的免疫微环境及其对Herceptin耐药性的影响 | 与HER2+乳腺癌相关的细胞系和样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA测序 | Cox回归、XGBoost和Lasso算法 | 基因表达数据 | 85例HER2+乳腺癌样本 |
| 5233 | 2024-08-05 |
Partitioning and aggregating cross-tissue and tissue-specific genetic effects to identify gene-trait associations
2024-Jul-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49924-4
PMID:38982044
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研究论文 | 本文提出了MTWAS框架，用于识别基因-性状关联并增强TWAS和GWAS的信息利用 | 引入了一种非参数插补策略来增强不可获取组织的信息，并基于扩展贝叶斯信息准则将eQTL分类为跨组织和特定组织的eQTL | 未提及具体的局限性 | 开发一种新的统计框架MTWAS，以识别基因-性状关联 | 对GTEx数据集的47个组织和其他数据集中的免疫细胞类型进行基因预测和分析 | 生物统计学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 84项UK Biobank GWAS研究和其他数据集的样本 |
| 5234 | 2024-08-04 |
Deep 3D histology powered by tissue clearing, omics and AI
2024-Jul, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02327-1
PMID:38997593
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研究论文 | 本文讨论了通过3D组织组织学技术综合理解组织和生物体生理及病理生理的重要性 | 提出了一种结合组织清理化学、标记和体积成像的新技术，以增强3D重建，并与分子技术协同作用 | 缺乏针对具体应用案例的实证数据支持 | 创建完整的三维细胞图谱，以全面理解组织和生物体的生理和病理 | 涉及组织样本和细胞的3D空间结构及其分子组成 | 数字病理学 | NA | 组织清理化学、体积成像 | 深度学习 | 细胞结构和分子数据 | NA |
| 5235 | 2024-08-05 |
Diversification of the VH3-53 immunoglobulin gene segment by somatic hypermutation results in neutralization of SARS-CoV-2 virus variants
2024-Jul, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202451056
PMID:38593351
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研究论文 | 该研究揭示了通过体细胞超突变，VH3-53免疫球蛋白基因片段的多样化如何导致对SARS-CoV-2病毒变异体的中和作用 | 文章创新性地展示了特定B细胞克隆的体细胞超突变如何增加单克隆抗体的中和范围 | 研究中对B细胞克隆扩增的机制缺乏深入分析 | 本研究旨在探讨COVID-19恢复患者的B细胞如何通过超突变生成能够中和病毒变异体的抗体 | 研究对象为从SARS-CoV-2恢复患者中获得的针对刺突蛋白特异性B细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 来自一名SARS-CoV-2恢复患者的B细胞样本 |
| 5236 | 2024-08-05 |
Clustering single-cell RNA sequencing data via iterative smoothing and self-supervised discriminative embedding
2024-Jul, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-024-03074-5
PMID:38834657
|
研究论文 | 本文提出了一种用于单细胞RNA测序数据的深层聚类方法scRISE，旨在解决聚类过程中的相似性度量挑战 | 提出了基于图自编码器的迭代平滑模块和自我监督的鉴别嵌入模块的新方法来改进数据表示和聚类质量 | 在文章中没有明确提到具体的局限性 | 研究单细胞转录组测序数据的聚类分析 | 用于单细胞RNA测序的17个数据集及HNSCC数据集 | 数字病理学 | NA | NA | 深度聚类模型 | 单细胞RNA测序数据 | 17个单细胞RNA测序数据集 |
| 5237 | 2024-08-04 |
Emerging Roles of Spatial Transcriptomics in Liver Research
2024-May, Seminars in liver disease
IF:4.3Q1
DOI:10.1055/a-2299-7880
PMID:38574750
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研究论文 | 空间转录组学在肝脏研究中的新兴角色，揭示了基因表达的复杂地图。 | 该文章通过空间转录组学技术识别肝细胞的分区功能，揭示了脂肪肝中脂质相关巨噬细胞的作用和肝再生过程中的内皮细胞信号。 | NA | 探讨空间转录组学在肝脏疾病理解和治疗中的应用 | 主要关注健康和病态肝脏中的细胞动力学和分子机制 | 数字病理学 | 肝癌 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 5238 | 2024-08-05 |
Identification of ferroptosis-related gene signature for tuberculosis diagnosis and therapy efficacy
2024-Jul-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110182
PMID:38989455
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研究论文 | 本文识别了与铁死亡相关的基因特征，旨在用于结核病的诊断和疗效评估 | 提出了一种包含ACSL4、CTSB和TLR4基因的铁死亡相关基因特征，作为结核病的生物标志物 | 研究主要依赖于血液样本，可能无法全面代表结核病患者的情况 | 探讨铁死亡相关基因特征在结核病诊断和治疗中的应用 | 结核病患者、潜伏结核感染者和健康对照者的血液样本 | 数字病理学 | 结核病 | scRNA-seq、微阵列和大规模RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四组基因表达数据，涉及结核病患者、潜伏感染者和健康对照者 |
| 5239 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals that NRF2 regulates vascular smooth muscle cell phenotypic switching in abdominal aortic aneurysm
2024-Jul-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202400001RR
PMID:38995239
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研究论文 | 研究表明NRF2在腹主动脉瘤中调节血管平滑肌细胞表型转变 | 识别NRF2作为维持血管平滑肌细胞收缩表型的重要调节因子，并且通过miR-145依赖性机制影响腹主动脉瘤形成 | 研究仅在小鼠模型中进行，可能存在物种间差异 | 深入理解NRF2在血管平滑肌细胞表型转变中的作用 | 血管平滑肌细胞及其在腹主动脉瘤形成中的反应 | 数字病理学 | 腹主动脉瘤 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因组转录组数据 | NA |
| 5240 | 2024-08-07 |
Erratum for the Research Article "Single-cell RNA-seq reveals cell type-specific molecular and genetic associations to lupus" by R. K. Perez et al
2024-Jul-12, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adr4064
PMID:38991087
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