单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7670 篇文献，本页显示第 501 - 520 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2024-12-14 |
Deciphering the molecular landscape of human peripheral nerves: implications for diabetic peripheral neuropathy
2024-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.15.599167
PMID:38915676
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研究论文 | 本研究通过批量和空间RNA测序技术，分析了糖尿病周围神经病变（DPN）患者的外周神经分子特征 | 首次通过空间转录组学分析揭示了DPN中感觉神经元mRNA定位的变化，并强调了mRNA运输在周围神经退化中的潜在作用 | 研究样本主要来自糖尿病患者，可能限制了结果的广泛适用性 | 深入了解糖尿病周围神经病变的疾病机制 | 糖尿病患者的外周神经（胫神经和腓肠神经） | 数字病理学 | 糖尿病并发症 | RNA测序 | NA | RNA | 来自下肢截肢的胫神经和腓肠神经样本，主要来自糖尿病患者 |
| 502 | 2024-12-14 |
CTLA-4-expressing ILC3s restrain interleukin-23-mediated inflammation
2024-Jun, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07537-3
PMID:38867048
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了IL-23受体表达细胞在肠道中的急性反应，揭示了CTLA-4在ILC3s上的上调及其在调节IL-23介导的炎症中的作用 | 首次发现CTLA-4在ILC3s上的上调，并揭示了其在调节IL-23介导的炎症中的关键作用 | 研究主要集中在小鼠模型上，对人类样本的研究较少，且未探讨CTLA-4在其他炎症性疾病中的作用 | 探讨IL-23介导的炎症反应中CTLA-4的作用机制 | 肠道中的IL-23受体表达细胞及ILC3s | 免疫学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和人类ILC3s样本 |
| 503 | 2024-12-14 |
Nextflow pipeline for Visium and H&E data from patient-derived xenograft samples
2024-May-20, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100759
PMID:38626768
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研究论文 | 本文设计了一个基于Nextflow DSL2的管道，用于同时处理10x Genomics Visium空间转录组数据和匹配的苏木精和伊红（H&E）染色全切片图像（WSI），优化用于患者来源的异种移植（PDX）癌症样本 | 本文提出了一个创新的管道，能够同时处理空间转录组数据和H&E图像，并进行物种去卷积和转录本映射 | NA | 开发一个能够同时处理空间转录组数据和H&E图像的管道，以分析患者来源的异种移植癌症样本 | 10x Genomics Visium空间转录组数据和匹配的H&E染色全切片图像 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学 | NA | 图像和文本 | 4个黑色素瘤PDX样本 |
| 504 | 2024-12-14 |
A multiplexed, single-cell sequencing screen identifies compounds that increase neurogenic reprogramming of murine Muller glia
2024-Apr-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.26.559569
PMID:37808650
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研究论文 | 本文通过单细胞测序筛选出能够促进小鼠Müller胶质细胞神经再生的化合物 | 首次使用sci-Plex技术进行高通量单细胞分子分析，筛选出促进神经再生的化合物 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 提高哺乳动物中Müller胶质细胞的神经再生能力，以恢复视网膜疾病患者的视力 | 小鼠Müller胶质细胞的神经再生 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 92种化合物 |
| 505 | 2024-12-14 |
q-Diffusion leverages the full dimensionality of gene coexpression in single-cell transcriptomics
2024-04-02, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06104-w
PMID:38565955
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研究论文 | 本文介绍了一种名为q-diffusion的框架，用于捕捉单细胞转录组数据中基因共表达的完整维度 | q-diffusion框架在捕捉基因共表达结构方面优于现有的分析工具，能够提供更丰富的细胞生物学理解 | NA | 探索单细胞RNA测序数据的完整维度，以更深入地理解细胞生物学 | 单细胞RNA测序数据中的基因共表达结构 | 单细胞转录组学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及CALGB/SWOG 80405临床试验、体外PBMC数据集和人类皮质组织的空间单细胞RNA测序数据 |
| 506 | 2024-12-14 |
Segregation of morphogenetic regulatory function of Shox2 from its cell fate guardian role in sinoatrial node development
2024-03-29, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06039-2
PMID:38553636
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研究论文 | 研究探讨了Shox2在窦房结发育中的形态发生调控功能与其细胞命运守护角色之间的分离 | 首次展示了Shox2在窦房结发育中细胞命运决定与形态发生调控功能的分离 | 研究仅限于Shox2和Nkx2-5的共同失活对窦房结发育的影响，未探讨其他可能的调控因子 | 探讨Shox2在窦房结发育中的双重角色及其相互关系 | Shox2在窦房结发育中的形态发生调控功能与细胞命运守护角色 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | Shox2突变体、Nkx2-5突变体及两者的共同失活突变体（dKO）的窦房结细胞 |
| 507 | 2024-12-14 |
Endothelial gene regulatory elements associated with cardiopharyngeal lineage differentiation
2024-03-21, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06017-8
PMID:38514806
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研究论文 | 研究识别了与心脏咽弓中胚层分化相关的内皮细胞基因调控元件 | 通过整合染色质重塑和基因表达数据与单细胞RNA测序数据，识别了101个内皮细胞基因的潜在调控元件，并使用机器学习策略预测增强子 | 研究主要基于小鼠胚胎数据，可能需要进一步验证在其他物种中的适用性 | 识别和验证在心脏咽弓中胚层分化过程中激活的内皮细胞基因调控元件 | 内皮细胞基因调控元件及其在心脏咽弓中胚层分化中的作用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 基因表达数据 | 小鼠胚胎 |
| 508 | 2024-12-14 |
GPU-accelerated Kendall distance computation for large or sparse data
2024-Jan-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae088
PMID:39658191
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研究论文 | 本文介绍了一种GPU加速的Kendall距离矩阵计算软件GADES，适用于大规模或稀疏数据的处理 | 提出了GPU加速的Kendall-$ au$距离矩阵计算方法，并解决了数据稀疏性带来的算法挑战 | 未提及具体的局限性 | 开发高效的计算策略，用于高性能的Kendall距离矩阵计算 | 大规模或稀疏的多维数据集，如单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据 | 生物信息学 | NA | GPU加速计算 | NA | 数据矩阵 | 未提及具体的样本数量 |
| 509 | 2024-12-14 |
Unveiling the role of TGF-β signaling pathway in breast cancer prognosis and immunotherapy
2024, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2024.1488137
PMID:39664194
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研究论文 | 本研究探讨了TGF-β信号通路在乳腺癌预后和免疫治疗中的作用 | 开发了一种新的TGF-β通路相关预后签名（TSPRS），并验证了其在乳腺癌预后和免疫治疗中的预测能力 | NA | 研究TGF-β信号通路与乳腺癌临床结果及其对肿瘤微环境和免疫治疗反应的影响 | 乳腺癌患者的转录组和单细胞测序数据 | NA | 乳腺癌 | 转录组测序，单细胞测序，加权基因共表达网络分析（WGCNA） | NA | 基因表达数据 | 来自TCGA和GEO数据库的乳腺癌转录组和单细胞测序数据，涉及54个与TGF-β信号通路相关的基因 |
| 510 | 2024-12-13 |
Computational analysis of the functional impact of MHC-II-expressing triple-negative breast cancer
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1497251
PMID:39664386
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研究论文 | 研究分析了MHC-II表达的三阴性乳腺癌的功能影响 | 揭示了MHC-II表达的肿瘤细胞在调节免疫环境和影响患者生存结果中的功能重要性，并开发了一个包含40个显著基因的预后标志物，通过机器学习模型成功预测了患者的生存结果和免疫浸润程度 | NA | 理解MHC-II表达的肿瘤细胞在肿瘤微环境中的作用 | 三阴性乳腺癌 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 机器学习模型 | RNA-seq数据 | NA |
| 511 | 2024-12-14 |
Complement C1q is a key player in tumor-associated macrophage-mediated CD8+ T cell and NK cell dysfunction in malignant pleural effusion
2024, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.100607
PMID:39664577
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研究论文 | 本研究探讨了补体C1q在肿瘤相关巨噬细胞介导的CD8+ T细胞和NK细胞功能障碍中的作用 | 首次揭示了C1q在M2巨噬细胞极化中的依赖性作用，并证明了C1q缺乏可以恢复CD8 T细胞的耗竭状态，增强CD8 T细胞和NK细胞的免疫活性 | 实验仅在动物模型中进行，尚未在人体中验证 | 研究C1q在恶性胸腔积液中的作用及其对免疫细胞功能的影响 | 恶性胸腔积液中的巨噬细胞、CD8+ T细胞和NK细胞 | 免疫学 | 癌症 | scRNA-seq、代谢组学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据、代谢物数据 | 使用C1qa小鼠MPE模型进行实验 |
| 512 | 2024-12-14 |
Harnessing Nanotechnology for Gout Therapy: Colchicine-Loaded Nanoparticles Regulate Macrophage Polarization and Reduce Inflammation
2024, Biomaterials research
IF:8.1Q1
DOI:10.34133/bmr.0089
PMID:39665079
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研究论文 | 本研究探讨了秋水仙碱对巨噬细胞极化的调控作用，并开发了一种基于纳米载体的秋水仙碱递送系统，以增强痛风炎症的治疗效果 | 首次揭示了秋水仙碱通过关键基因AHNAK调控巨噬细胞极化的机制，并开发了一种基于R4F-NM@F127纳米载体的秋水仙碱递送系统，能够靶向调节巨噬细胞极化，减少对正常组织的毒性 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证其疗效和安全性 | 探讨秋水仙碱对巨噬细胞极化的调控作用，并开发一种新的纳米载体系统以增强痛风的治疗效果 | 痛风小鼠模型中的巨噬细胞极化和炎症反应 | NA | 痛风 | 单细胞RNA测序、分子对接、慢病毒干预、生物化学指标检测 | NA | 单细胞RNA测序数据、生物化学指标数据 | 小鼠模型和外周血单核细胞样本 |
| 513 | 2024-12-13 |
CAR-NK cells derived from cord blood originate mainly from CD56-CD7+CD34-HLA-DR-Lin- NK progenitor cells
2024-Dec-12, Molecular therapy. Methods & clinical development
DOI:10.1016/j.omtm.2024.101374
PMID:39659759
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研究论文 | 研究探讨了脐血来源的CAR-NK细胞主要来源于CD56-CD7+CD34-HLA-DR-Lin- NK祖细胞 | 首次确定CAR-NK细胞主要来源于CD56 NK祖细胞，并揭示了CD56CD7CD34HLA-DR Lin细胞是人类脐血来源CAR-NK细胞的主要来源 | 研究未详细探讨如何增强从这些NK祖细胞中产生NK细胞的质量和数量 | 探讨CAR-NK细胞在脐血中的起源 | 脐血来源的CAR-NK细胞及其祖细胞 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 脐血单个核细胞 |
| 514 | 2024-12-13 |
TEAD1-Mediated Trans-Differentiation of Vascular Smooth Muscle Cells into Fibroblast-Like Cells Contributes to the Stabilization and Repair of Disrupted Atherosclerotic Plaques
2024-Dec-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202407408
PMID:39665254
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研究论文 | 研究揭示了TEAD1通过调控血管平滑肌细胞向成纤维细胞样细胞的转分化，促进破裂的动脉粥样硬化斑块的稳定和修复 | 首次发现TEAD1作为关键转录因子，通过Wnt4/β-Catenin信号通路驱动血管平滑肌细胞向成纤维细胞样细胞的转分化，从而促进斑块的稳定和修复 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证其效果 | 探讨动脉粥样硬化斑块破裂后的修复机制，寻找潜在的治疗靶点 | 血管平滑肌细胞、成纤维细胞样细胞、动脉粥样硬化斑块 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型中的动脉粥样硬化斑块样本 |
| 515 | 2024-12-13 |
Hypoxia-Induced Senescent Fibroblasts Secrete IGF1 to Promote Cancer Stemness in Esophageal Squamous Cell Carcinoma
2024-Dec-11, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1185
PMID:39661488
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研究论文 | 研究揭示了缺氧诱导的衰老成纤维细胞通过分泌IGF1促进食管鳞状细胞癌的肿瘤干细胞特性 | 首次鉴定出一种与肿瘤干细胞特性相关的CAF亚群，称为缺氧诱导的衰老成纤维细胞（hsCAFs），并阐明了其通过IGF1促进肿瘤干细胞特性的机制 | 研究主要基于单细胞RNA测序和体内实验，未来需要进一步验证和扩展这些发现 | 探讨癌症相关成纤维细胞在食管鳞状细胞癌中的作用及其对肿瘤干细胞特性的影响 | 食管鳞状细胞癌患者的样本和癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 食管鳞状细胞癌患者的样本 |
| 516 | 2024-12-13 |
Tissue Resident CD8+T-cells as mediators of protective immunity in breastmilk transmission of HCMV
2024-Dec-11, The Journal of infectious diseases
IF:5.0Q1
DOI:10.1093/infdis/jiae618
PMID:39661655
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研究论文 | 研究探讨了母乳中CD8+T细胞在预防婴儿通过母乳感染人巨细胞病毒（HCMV）中的作用 | 首次描述了母乳中组织驻留记忆T细胞（Trm）的存在，并发现非传播者母亲母乳中CD8+ Trm T细胞的频率较高，且与母乳中HCMV病毒载量呈负相关 | 研究仅限于母乳中的T细胞，未探讨这些细胞在婴儿体内的作用机制 | 探讨母乳中T细胞在预防婴儿通过母乳感染HCMV中的作用 | 母乳中记忆T细胞的频率及类型 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 涉及传播者和非传播者母亲的母乳样本 |
| 517 | 2024-12-13 |
Control of Cellular Differentiation Trajectories for Cancer Reversion
2024-Dec-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202402132
PMID:39661721
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研究论文 | 本文提出了一种计算框架BENEIN，用于识别细胞分化轨迹中的主调控因子，并应用于人类大肠单细胞转录组数据，验证了通过抑制特定主调控因子可以将结直肠癌细胞逆转为正常样肠细胞 | 提出了单细胞布尔网络推理与控制（BENEIN）框架，用于识别细胞分化轨迹中的主调控因子，并通过实验验证了其有效性 | NA | 解决识别细胞分化轨迹中主调控因子的长期挑战，探索癌症逆转的可能性 | 人类大肠单细胞转录组数据和结直肠癌细胞 | NA | 结直肠癌 | 单细胞转录组 | 布尔网络 | 转录组数据 | NA |
| 518 | 2024-12-13 |
Central control of dynamic gene circuits governs T cell rest and activation
2024-Dec-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08314-y
PMID:39663454
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研究论文 | 本文通过CRISPR筛选研究了在不同人类CD4 T细胞环境中控制IL-2Rα表达的调控因子，揭示了MED12作为动态调控者在T细胞静息和激活状态中的关键作用 | 首次通过CRISPR筛选在多个初级人类CD4 T细胞环境中识别出调控IL-2Rα表达的因子，并揭示了MED12在不同T细胞环境中调控关键因子的动态作用 | 研究主要集中在初级人类CD4 T细胞，可能无法完全代表所有T细胞类型 | 研究T细胞静息和激活状态的动态基因调控网络 | 人类CD4 T细胞及其在不同环境中的基因表达调控 | 免疫学 | NA | CRISPR筛选，单细胞转录组学，免疫沉淀-质谱分析 | NA | 基因表达数据 | 多个初级人类CD4 T细胞样本 |
| 519 | 2024-12-13 |
USP4 depletion-driven RAB7A ubiquitylation impairs autophagosome-lysosome fusion and aggravates periodontitis
2024-Dec-11, Autophagy
IF:14.6Q1
DOI:10.1080/15548627.2024.2429371
PMID:39663592
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研究论文 | 研究揭示了USP4减少介导的RAB7A泛素化破坏了正常的溶酶体运输和自噬体-溶酶体融合，从而显著促进了牙周炎的进展 | 首次揭示了USP4与RAB7A之间的相互作用在牙周炎病理中的关键作用，并提出了这一相互作用作为治疗牙周疾病的潜在靶点 | 研究主要集中在小鼠模型和临床样本的基因组和组织学分析上，缺乏更大规模的人类临床试验验证 | 探讨自噬与牙周炎病理之间的精确相互作用，并揭示USP4和RAB7A在其中的作用 | 牙周炎患者的牙龈样本和小鼠实验模型 | 数字病理学 | 牙周疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 临床牙龈样本和小鼠实验模型 |
| 520 | 2024-12-13 |
Cancer-associated fibroblasts promote melanoma progression by inducing immune evasion: A risk prediction study based on single-cell RNA-seq and RNA-Seq data
2024-Dec-11, Asian journal of surgery
IF:3.5Q1
DOI:10.1016/j.asjsur.2024.12.007
PMID:39665934
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |