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当前共找到 7466 篇文献，本页显示第 501 - 520 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 501 | 2026-08-01 |
scBOL: a universal cell type identification framework for single-cell and spatial transcriptomics data
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae188
PMID:38678389
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研究论文 | 提出了一种通用的细胞类型鉴定框架scBOL，用于单细胞和空间转录组数据，通过二部原型对齐实现已知和新型细胞类型的注释。 | 首次提出通用细胞类型鉴定任务，采用端到端的二部原型对齐算法，结合语义感知的原型学习，同时处理已知和新型细胞类型，并能适应多种基础模型生成的特征。 | 未提及具体局限性，但可能受限于参考数据的质量、计算复杂度以及在不同平台上的泛化能力。 | 开发一种通用的细胞类型鉴定方法，能够同时注释单细胞转录组数据（包括空间和非空间）中的已知及新型细胞类型。 | 单细胞转录组数据和空间转录组数据中的细胞。 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组测序、空间转录组测序 | 自编码器、图卷积网络 | 基因表达数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞转录组测序、空间转录组测序 | NA | NA |
| 502 | 2026-08-01 |
stDiff: a diffusion model for imputing spatial transcriptomics through single-cell transcriptomics
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae171
PMID:38628114
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研究论文 | 介绍stDiff，一种利用单细胞转录组数据中基因表达丰度关系来增强空间转录组数据的条件扩散模型 | 创新性地利用scRNA-seq数据中基因表达丰度之间的关系，而非直接的细胞相似性，来增强空间转录组数据，并通过两个马尔可夫过程（加噪和去噪）实现 | 未在摘要中提及具体局限性 | 提升空间转录组学的数据质量，特别是在成像方法受限于基因数量和检测灵敏度的情况下，增强细胞群体识别和空间表达模式重建 | 空间转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 条件扩散模型 | 基因表达数据 | 16个数据集 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 503 | 2026-08-01 |
Attention-guided variational graph autoencoders reveal heterogeneity in spatial transcriptomics
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae173
PMID:38627939
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研究论文 | 本研究提出了一种名为AttentionVGAE（AVGN）的模型，整合切片图像、空间信息和原始基因表达数据，通过变分图自编码器与多头注意力块结合，以改进空间转录组学中组织空间域的识别和聚类性能 | 引入多头注意力块到变分图自编码器中，自适应关注关键特征并减少对聚类数先验知识的需求，同时平衡局部和全局结构关注度，这是当前图神经网络未广泛解决的方面 | 信息不足，未提供明确的局限性说明 | 改进空间转录组学中空间域的精确识别，并揭示组织微环境中的基因表达模式异质性 | 空间转录组学数据，包括切片图像、空间信息和基因表达数据 | 机器学习 | 肿瘤 | 空间转录组学 | 变分图自编码器、多头注意力网络 | 图像（切片图像）、基因表达数据、空间信息 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 504 | 2026-08-01 |
Single-cell multi-omics analysis identifies context-specific gene regulatory gates and mechanisms
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae180
PMID:38653489
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研究论文 | 介绍scGATE，一种利用单细胞RNA测序数据推断转录因子-基因相互作用网络和重建布尔逻辑门的新型计算工具，并通过单细胞多组学数据验证其性能。 | scGATE采用贝叶斯框架，在模型拟合后推断布尔规则，无需对每个布尔规则单独制定和计算似然，显著降低基于逻辑研究的时间复杂度。 | 摘要中未提及明确局限性，可能包括计算复杂性或数据依赖性方面的潜在限制。 | 开发一种高效的计算工具，从单细胞RNA测序数据中推断上下文特异的基因调控网络和转录因子间的布尔逻辑关系。 | 合成数据以及来自小鼠组织和人类血液的真实的单细胞多组学数据。 | 机器学习 | 不适用 | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、TF DNA结合基序分析 | 贝叶斯模型 | 基因表达数据、染色质可及性数据 | 未具体说明样本数量 | 不适用 | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 | 不适用 | 不适用 |
| 505 | 2026-08-01 |
Topological and geometric analysis of cell states in single-cell transcriptomic data
2024-03-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae176
PMID:38632952
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研究论文 | 介绍scGeom工具，利用曲率和持续同调分析单细胞转录组数据中的多尺度、多维结构，以识别转变细胞和评估细胞分化潜力 | 首次将拓扑和几何分析（持续同调与曲率）应用于单细胞转录组数据的细胞网络和基因网络，揭示高阶结构特征，用于指示转变细胞和分化潜能，并提升细胞类型分类 | 未提及 | 开发基于拓扑和几何分析的工具（scGeom），以更全面利用单细胞RNA测序数据中的复杂高维结构，改进细胞状态识别和分类 | 单细胞RNA测序数据中的细胞状态和细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞表达数据 | 未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 506 | 2026-08-01 |
A randomized, placebo-controlled trial of the BTK inhibitor zanubrutinib in hospitalized patients with COVID-19 respiratory distress: immune biomarker and clinical findings
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1369619
PMID:39906744
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随机对照试验 | 评估BTK抑制剂zanubrutinib在住院COVID-19呼吸窘迫患者中的免疫生物标志物和临床结果 | 首次评估下一代BTK抑制剂zanubrutinib对COVID-19患者免疫反应和临床结局的影响，并采用单细胞转录组分析 | 样本量小，且多数患者同时接受类固醇和抗病毒治疗，可能影响结果 | 评估zanubrutinib对COVID-19呼吸窘迫患者的疗效及其对免疫应答的影响 | 住院的SARS-CoV-2感染患者（未机械通气或机械通气≤24小时） | 临床医学 | COVID-19 | 单细胞转录组分析 | NA | 临床数据、单细胞转录组数据 | 队列1：63例（zanubrutinib组30例，安慰剂组33例）；队列2：4例 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序（推测） |
| 507 | 2026-07-30 |
TARGET-seq: Linking single-cell transcriptomics of human dopaminergic neurons with their target specificity
2024-11-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2410331121
PMID:39541349
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研究论文 | 开发TARGET-seq技术，将人多巴胺能神经元的单细胞转录组与其靶标特异性联系起来 | 首次建立单细胞转录组与轴突靶标特异性的直接关联，实现了基于神经解剖学分类的分子身份推断 | 未明确说明局限性 | 探究多巴胺能神经元分子表达谱与其靶标特异性和功能的关系 | 人多巴胺能神经元 | 单细胞转录组学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | TARGET-seq技术（通过AAV介导的逆行转运富集转录组） |
| 508 | 2026-07-30 |
Augmenting antitumor efficacy of Th17-derived Th1 cells through IFN-γ-induced type I interferon response network via IRF7
2024-11-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2412120121
PMID:39541355
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和体内外实验，揭示Th1细胞分化机制及其在肿瘤免疫治疗中的潜力 | 发现Th17来源的Th1细胞通过IFN-γ诱导IRF7调控I型干扰素应答网络增强抗肿瘤疗效，并揭示其早期耗竭但保留干性的特性 | 尚未完全阐明Th1细胞分化的所有调控机制及在人体内的转化应用 | 阐明Th17来源Th1细胞的分化轨迹及抗肿瘤免疫机制 | Th17来源的Th1细胞、肿瘤浸润T细胞、CAR-T细胞 | 机器学习 | 实体肿瘤 | 单细胞RNA测序、转录组分析、CAR-T技术 | NA | 单细胞RNA测序数据、转录组数据 | 小鼠肿瘤模型及体外培养的T细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 509 | 2026-07-30 |
A pancreatic cancer organoid platform identifies an inhibitor specific to mutant KRAS
2024-01-04, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2023.11.011
PMID:38151022
|
研究论文 | 利用胰腺癌类器官平台鉴定出一种针对突变型KRAS的特异性抑制剂 | 构建了等基因小鼠胰腺类器官高通量药物筛选平台，发现佩海克西林马来酸盐可特异性抑制突变型KRAS驱动的肿瘤生长和胆固醇合成通路，并阐明其通过下调SREBP2发挥作用 | 该平台基于小鼠模型，人源类器官验证规模有限，且未深入探讨佩海克西林马来酸盐的临床转化可行性 | 开发针对胰腺导管腺癌中常见KRAS突变（G12D、G12V）的新型抑制剂 | 等基因小鼠胰腺类器官（野生型及携带PDAC驱动突变）及人源原代PDAC类器官 | 类器官药物筛选 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | 类器官模型 | 单细胞转录组数据 | 超过6000种化合物筛选，涉及小鼠和人类类器官样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'文库制备 |
| 510 | 2026-07-30 |
Preparation of Healthy Single Neuron or Astrocyte Suspension from Adult Mouse Brain for RNA-seq
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3810-1_29
PMID:38630243
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研究论文 | 描述从成年小鼠大脑制备健康单神经元或星形胶质细胞悬液用于RNA-seq的方法 | 优化蛋白酶消化脑片方法，从成年大脑获得数百万健康细胞 | NA | 开发从成年啮齿动物大脑分离健康单神经细胞的方法 | 成年小鼠大脑中的神经元和星形胶质细胞 | 数字病理学 | NA | RNA-seq，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 成年小鼠大脑样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 511 | 2026-07-29 |
Magnetic soft microrobots for erectile dysfunction therapy
2024-12-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2407809121
PMID:39556757
|
研究论文 | 开发了一种用于治疗勃起功能障碍的磁性软体微型机器人，通过递送间充质基质细胞并清除活性氧，改善细胞滞留和存活率 | 创新性地将超软水凝胶微球与磁性纳米粒子链结合，设计出能适应狭窄血管形态的微型机器人，同时具备活性氧清除功能，显著提高间充质基质细胞的递送效率和治疗效果 | 文中未明确提及局限性 | 开发新型磁性软体微型机器人，用于改善间充质基质细胞在勃起功能障碍治疗中的递送和存活 | 勃起功能障碍的大鼠和比格犬模型 | 机器人与再生医学 | 勃起功能障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 大鼠和比格犬勃起功能障碍模型样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 512 | 2026-07-29 |
IFN-γ-induced Th1-Treg polarization in inflamed brains limits exacerbation of experimental autoimmune encephalomyelitis
2024-11-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2401692121
PMID:39560646
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研究论文 | 本文揭示了IFN-γ在实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）期间极化调节性T细胞（Treg）为Th1型Treg（Th1-Treg）以减轻疾病的关键机制 | 首次阐明IFN-γ通过极化Treg为Th1-Treg来改善EAE，并利用单细胞RNA测序分析及交叉遗传学方法证明T细胞来源的IFN-γ在此过程中的关键作用 | NA | 探究IFN-γ与Treg在EAE中的关系及其对疾病改善的影响 | 小鼠EAE模型中的脑部Treg细胞、T细胞来源的IFN-γ及巨噬细胞 | 机器学习 | 多发性硬化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠EAE模型样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台用于分析脑部Treg细胞 |
| 513 | 2026-07-28 |
OmicVerse: a framework for bridging and deepening insights across bulk and single-cell sequencing
2024-07-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50194-3
PMID:39013860
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研究论文 | OmicVerse框架整合批量与单细胞测序，通过BulkTrajBlend算法恢复单细胞数据中被遗漏的细胞 | 提出BulkTrajBlend算法，利用Beta-变分自编码器进行数据反卷积和图神经网络发现重叠社区，有效插值和恢复单细胞RNA测序中遗漏的细胞 | 未明确提及 | 开发一个统一框架，桥接批量RNA测序和单细胞测序，增强数据分析深度和生物学见解提取 | 单细胞RNA测序和批量RNA测序数据 | 机器学习 | NA | RNA-seq | Beta-变分自编码器，图神经网络 | 测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 514 | 2026-07-28 |
scSemiProfiler: Advancing large-scale single-cell studies through semi-profiling with deep generative models and active learning
2024-07-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50150-1
PMID:39013867
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研究论文 | 介绍scSemiProfiler框架，通过深度学习生成模型与主动学习策略，结合批量测序数据和少量靶向单细胞测序，推断大规模队列中的单细胞图谱，实现经济高效的单细胞分析 | 首次提出将深度生成模型与主动学习相结合的半单细胞分析框架，利用批量测序数据推断大规模队列中的单细胞图谱，大幅降低成本并保持高精度 | 未明确说明局限性，可能包括对代表性样本选择的依赖性、推断图谱与真实数据的潜在偏差，以及在不同疾病类型中的适用性验证程度 | 开发可扩展且成本效益高的单细胞分析解决方案，用于大规模疾病队列的细胞精细研究 | 大规模疾病队列中的单细胞图谱以及与之对应的批量测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序、批量测序 | 深度生成模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 515 | 2026-07-28 |
Single-cell total-RNA profiling unveils regulatory hubs of transcription factors
2024-07-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50291-3
PMID:39009595
|
研究论文 | 提出一种基于总RNA化学的单细胞RNA测序方法snapTotal-seq，并通过RNA速度动态分析揭示转录因子的调控中枢 | 开发了snapTotal-seq方法，实现单细胞中未剪接RNA和剪接RNA的同时测量，并利用LASSO回归识别细胞周期和衰老调控的关键转录因子中枢 | 未明确说明 | 开发单细胞总RNA测序方法并识别转录因子调控中枢以分析细胞状态转变 | 单细胞转录组中的未剪接和剪接RNA动态 | 单细胞生物学 | NA | RNA-seq | LASSO回归 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | snapTotal-seq | 一步式总RNA化学单细胞RNA-seq方法，捕获未剪接RNA和剪接RNA |
| 516 | 2026-07-28 |
Single-cell transcriptomics analysis of bullous pemphigoid unveils immune-stromal crosstalk in type 2 inflammatory disease
2024-07-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50283-3
PMID:39009587
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序解析大疱性类天疱疮中免疫-基质细胞相互作用机制 | 首次通过单细胞转录组学揭示IL13-IL13RA1配体-受体对是驱动BP中免疫-基质细胞串扰的关键因子，并发现PLA2G2A和CCL17通过正反馈环路放大Th2细胞介导的级联反应 | 未在更大样本队列中验证发现，且缺乏体内功能实验的直接证据 | 阐明大疱性类天疱疮中免疫-基质细胞相互作用的分子机制 | 大疱性类天疱疮患者皮损组织中的Th2细胞、树突状细胞和成纤维细胞 | 数字病理学 | 大疱性类天疱疮 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 大疱性类天疱疮患者样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 517 | 2026-07-28 |
Early human fetal lung atlas reveals the temporal dynamics of epithelial cell plasticity
2024-07-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50281-5
PMID:39003323
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学，构建了人类胚胎肺发育图谱，揭示了上皮细胞可塑性的时间动态变化 | 首次绘制了孕10-19周人类假腺期肺组织的单细胞图谱，发现了表达大量囊性纤维化跨膜传导调节因子（CFTR）的祖细胞及其分化轨迹，并整合空间转录组学揭示了关键信号通路的时间和空间调控 | 仅覆盖了假腺期肺组织（10-19周），未涵盖其他发育阶段；且样本量有限（19个样本），可能未能完全代表所有细胞类型和动态变化 | 研究人类胚胎肺发育过程中上皮细胞可塑性的时间动态变化，并为发育缺陷和疾病状态提供参考 | 19例健康人类的假腺期肺组织（孕10-19周）以及人诱导多能干细胞衍生的胎肺模型 | 数字病理学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | 单细胞转录数据、空间转录数据 | 19个健康人类假腺期肺组织样本，>150,000个单细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | 10x Chromium、10x Visium | 10x Chromium用于单细胞RNA测序，10x Visium用于空间转录组学 |
| 518 | 2026-07-28 |
Single-Cell multiomics reveals ENL mutation perturbs kidney developmental trajectory by rewiring gene regulatory landscape
2024-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.09.591709
PMID:38766219
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研究论文 | 通过单细胞多组学揭示ENL突变通过重塑基因调控景观扰乱肾脏发育轨迹 | 首次在单细胞分辨率下揭示Wilms肿瘤相关ENL突变如何通过重塑基因调控景观扰乱肾脏发育轨迹，并证明小分子抑制组蛋白乙酰化结合活性可修复发育缺陷 | 未明确提及，但可推断该研究主要在鼠模型中完成，与人类肾脏发育的完全对应关系需进一步验证 | 探究Wilms肿瘤相关ENL突变在肾脏发育和发病机制中的作用 | 携带ENL突变的肾脏发育期小鼠模型 | 数字病理学 | 肾母细胞瘤 | 单细胞转录组学、单细胞染色质可及性分析、小鼠建模、组织学表征 | NA | 单细胞基因表达数据、单细胞染色质可及性数据 | 携带ENL突变的小鼠样本（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA-seq、单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 519 | 2026-07-28 |
Isolation and Phenotypic Characterization of Tumor-Infiltrating NK Cells in Skin Carcinoma
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/7651_2023_512
PMID:38329617
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研究论文 | 建立皮肤癌中肿瘤浸润NK细胞的分离与表型表征方法 | 首次对恶性黑色素瘤转移灶中的肿瘤浸润NK细胞进行单细胞RNA-seq分析，揭示其与循环NK细胞在转录程序上的显著差异以及功能特化 | 未提供具体样本量、数据验证或临床样本来源的详细描述 | 理解并可能调节皮肤癌肿瘤微环境中NK细胞的独特特征和功能，以开发更有效的免疫治疗策略 | 皮肤癌（包括恶性黑色素瘤）中的肿瘤浸润NK细胞 | 数字病理学 | 皮肤癌，恶性黑色素瘤 | 单细胞RNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 520 | 2026-07-28 |
Integration of bulk/scRNA-seq and multiple machine learning algorithms identifies PIM1 as a biomarker associated with cuproptosis and ferroptosis in abdominal aortic aneurysm
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1486209
PMID:39723205
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研究论文 | 通过整合批量/单细胞RNA测序数据和多种机器学习算法，鉴定PIM1为腹主动脉瘤中与铜死亡和铁死亡相关的生物标志物 | 首次结合多种机器学习算法（LASSO、REF、RF和SVM）与单细胞RNA测序分析，发现PIM1作为腹主动脉瘤中铜死亡和铁死亡的新型生物标志物 | 未提及 | 通过生物信息学分析结合机器学习模型，鉴定腹主动脉瘤中与铁死亡/铜死亡相关的标志物并进行实验验证 | 来自不同小鼠模型的三个单细胞RNA测序数据集以及一个人类外周血单核细胞批量RNA测序数据集 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序，RT-qPCR，蛋白质印迹 | LASSO, REF, RF, SVM | 基因表达数据 | 三个小鼠模型单细胞RNA测序数据集和一个人类PBMC批量RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | NA | NA |