单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7513 篇文献，本页显示第 5121 - 5140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5121 | 2024-08-05 |
Selectively T cell phosphorylation activation of azvudine in the thymus tissue with immune protection effect
2024-Jul, Acta pharmaceutica Sinica. B
DOI:10.1016/j.apsb.2024.03.032
PMID:39027259
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研究论文 | 本研究探讨了药物Azvudine在胸腺组织中选择性激活T细胞磷酸化的作用及其免疫保护效果 | 研究表明胸腺的免疫细胞对氟呱韦(FNC)表现出较强的代谢能力，并强调了磷酸化激酶在NA药物性质评估中的重要性 | 本研究主要在大鼠和树猕猴模型中进行，可能缺乏对人类患者的直接适用性 | 探讨Azvudine在处理COVID-19患者时的免疫保护机制 | 该研究的对象为大鼠和SARS-CoV-2树猕猴的胸腺组织 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞转录组学，蛋白质组学，平行反应监测（PRM） | NA | RNA，蛋白质 | NA |
| 5122 | 2024-08-05 |
scBoolSeq: Linking scRNA-seq statistics and Boolean dynamics
2024-Jul, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011620
PMID:38976751
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研究论文 | 提出了一种名为scBoolSeq的方法，旨在将scRNA-seq数据与基因的布尔激活状态双向链接。 | scBoolSeq能够通过计算统计标准和适应基因相关参数的概率模型，成功实现对scRNA-seq数据的二值化和从布尔模型生成合成数据。 | 将scRNA-seq数据特征与布尔状态链接是一项具有挑战性的任务。 | 研究目的在于实现scRNA-seq数据与布尔动力学之间的连接，以促进数据驱动的模型构建和验证。 | 研究对象包括基因及转录因子的激活状态以及scRNA-seq数据集。 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 使用参考的scRNA-seq数据集进行案例研究，具体样本量未明确说明 |
| 5123 | 2024-08-05 |
Foundation models in molecular biology
2024-Jun-30, Biophysics reports
DOI:10.52601/bpr.2024.240006
PMID:39027316
|
研究论文 | 本文总结了基于分子生物学中各种数据的基础模型。 | 介绍了在分子生物学中发展的基础模型，并探讨了其潜在的研究方向。 | 未提及具体的局限性 | 探索和总结分子生物学中基础模型的发展情况。 | 聚焦于RNA序列、DNA序列、蛋白质序列、单细胞转录组和空间转录组数据。 | 自然语言处理 | NA | 大型语言模型 | 基础模型 | RNA序列数据、DNA序列数据、蛋白质序列数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据 | NA |
| 5124 | 2024-08-05 |
Comprehensive pan-cancer analysis of mitochondrial outer membrane permeabilisation activity reveals positive immunomodulation and assists in identifying potential therapeutic targets for immunotherapy resistance
2024-Jun, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1735
PMID:38899748
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研究论文 | 本研究深入探讨了肿瘤线粒体外膜通透性活动对免疫的影响 | 创新性地开发了MOMP特征（MOMP.Sig）以准确反映肿瘤MOMP活动，并使用机器学习模型展示了其临床预测价值 | NA | 明确肿瘤MOMP对免疫及免疫疗法效果的影响，指导更有效的免疫治疗策略 | 分析了包括30种癌症类型转录组和免疫疗法转录组在内的综合数据集 | 数字病理学 | 皮肤黑色素瘤和三阴性乳腺癌 | scRNA-seq | 机器学习模型 | 转录组数据 | 涉及30种癌症类型的转录组和20个免疫治疗转录组以及3个免疫治疗scRNA-seq数据集 |
| 5125 | 2024-08-04 |
Spatial transcriptomics of gastric cancer brain metastasis reveals atypical vasculature strategies with supportive immune profiles
2024, Gastroenterology report
IF:3.8Q2
DOI:10.1093/gastro/goae067
PMID:39027914
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研究论文 | 本研究揭示了胃癌脑转移中不典型血管化策略和支持性免疫特征的空间转录组学。 | 本研究展示了肿瘤与免疫成分之间的空间互动，特别是不同的血管招募策略，提供了对GCBM的新的分子见解。 | 该研究的样本数量有限，仅研究了三例GCBM患者，可能影响结果的广泛适用性。 | 研究胃癌脑转移患者中不同细胞成分之间的空间相互作用，尤其是血管系统与脑微环境的关系。 | 研究对象为三名胃癌脑转移患者的肿瘤、免疫和脑组织区域。 | 数字病理学 | 胃癌 | 数字空间分析 | NA | 转录组数据 | 三名胃癌脑转移患者的140个区域 |
| 5126 | 2024-08-05 |
scVIC: deep generative modeling of heterogeneity for scRNA-seq data
2024, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbae086
PMID:39027640
|
研究论文 | 本文介绍了scVIC，一种用于单细胞RNA测序数据的深度生成建模算法 | scVIC创新性地同时处理生物异质性和批次效应，解决了传统方法的局限性 | 本文未提及具体的限制性因素 | 该研究旨在开发一种有效的方法以准确分析单细胞层面的异质性 | 研究对象为模拟和生物单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 变分推断 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 使用了模拟和生物scRNA-seq数据集 |
| 5127 | 2024-08-05 |
Network-based pharmacology and UHPLC-Q-Exactive-Orbitrap-MS reveal Jinhua Qinggan granule's mechanism in reducing cellular inflammation in COVID-19
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1382524
PMID:39026676
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研究论文 | 本研究探讨了金华清感颗粒在治疗COVID-19中减少细胞炎症的机制 | 首次利用网络药理学和UHPLC-Q-Exactive-Orbitrap-MS识别金华清感颗粒的成分及其在COVID-19中的作用机制 | 该研究未提供金华清感颗粒在临床应用中的长期效果数据 | 研究金华清感颗粒在COVID-19中的功效及其机制 | 主要研究金华清感颗粒对外周血单核细胞中免疫细胞的影响 | 数字病理学 | COVID-19 | UHPLC-Q-Exactive-Orbitrap-MS，单细胞RNA测序 | NA | 化学成分，免疫细胞的RNA数据 | 分析了73种化合物和外周血单核细胞 |
| 5128 | 2024-08-05 |
Advancing immunotherapy for melanoma: the critical role of single-cell analysis in identifying predictive biomarkers
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1435187
PMID:39026661
|
研究论文 | 该文章探讨了单细胞分析在黑色素瘤免疫治疗中的关键作用 | 首次强调了单细胞分析技术在预测黑色素瘤患者治疗反应的潜力 | 存在RNA-蛋白表达不一致和肿瘤异质性等挑战 | 研究黑色素瘤的免疫微环境及其对治疗反应的影响 | 探索黑色素瘤细胞及其与免疫细胞的相互作用 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | NA | NA |
| 5129 | 2024-08-04 |
Coupled single-cell and bulk RNA-seq analysis reveals the engulfment role of endothelial cells in atherosclerosis
2024-Sep, Genes & diseases
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.gendis.2024.101250
PMID:39022128
|
研究论文 | 本研究探讨了内皮细胞在动脉粥样硬化中吞噬凋亡细胞碎片的角色 | 发现了内皮细胞中一种独特亚群以及SR-B1在吞噬作用中的重要性 | NA | 研究内皮细胞在动脉粥样硬化中对凋亡细胞碎片的吞噬作用 | 内皮细胞和凋亡细胞碎片 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA-seq | NA | RNA数据 | 小鼠主动脉和人类主动脉的样本 |
| 5130 | 2024-08-05 |
s CIRCLE-An interactive visual exploration tool for single cell RNA-Seq data
2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae084
PMID:39022325
|
研究论文 | CIRCLE是一个用于单细胞RNA-seq数据集的探索性分析工具，专注于细菌的单细胞RNA-seq。 | 该软件从信息设计的角度重新构思了对单细胞RNA-seq数据低维表示的可视化和交互式探索。 | NA | 研究旨在提供一个交互式工具以探索单细胞RNA-seq数据。 | 单细胞RNA-seq数据集，特别是细菌的单细胞RNA-seq。 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 数据集 | NA |
| 5131 | 2024-08-05 |
Integrated single cell-RNA sequencing and Mendelian randomization for ischemic stroke and metabolic syndrome
2024-Jul-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110240
PMID:39021802
|
研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化，探讨代谢综合征与缺血性中风之间的分子机制和遗传关联 | 首次识别缺血性中风与代谢综合征之间的共同分子特征和遗传关联 | 未能深入探讨具体的代谢失调机制和环境因素的影响 | 理解代谢失调在缺血性中风中的作用 | 缺血性中风和代谢综合征之间的遗传关联 | 数字病理学 | 缺血性中风 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化 | 随机森林, Lasso回归, XGBoost | 基因表达数据 | 涉及多个细胞群体的标准化数据集 |
| 5132 | 2024-08-04 |
OmicVerse: a framework for bridging and deepening insights across bulk and single-cell sequencing
2024-Jul-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50194-3
PMID:39013860
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研究论文 | 本文介绍了OmicVerse框架，该框架通过BulkTrajBlend算法弥补了单细胞测序中细胞的“遗漏”。 | 通过引入BulkTrajBlend算法，利用Beta-变分自编码器进行数据解卷积，并通过图神经网络发现重叠社区，提供了一种新颖的方法来恢复单细胞RNA测序数据中的遗漏细胞的连续性。 | 未提及具体的局限性 | 研究如何通过新的算法整合和分析bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，以提供更深入的生物学见解。 | 主要研究单细胞RNA测序数据中的缺失细胞，并探索如何使用bulk RNA-seq数据进行补充。 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | Beta-变分自编码器和图神经网络 | RNA测序数据 | NA |
| 5133 | 2024-08-04 |
scSemiProfiler: Advancing large-scale single-cell studies through semi-profiling with deep generative models and active learning
2024-Jul-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50150-1
PMID:39013867
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为“scSemiProfiler”的创新计算框架，用于大规模单细胞研究的半概况化。 | 将深度生成模型与主动学习策略相结合，从而在大规模队列中推断单细胞谱系。 | 往往依赖于严格选择的代表性样本，可能对样本选择的质量有较高要求。 | 实现对单细胞的高效、经济的分析。 | 主要研究大型生物医学研究中细胞类型的分析。 | 数字病理学 | NA | 深度生成模型 | NA | 混合测序数据和单细胞测序数据 | 多组异质数据集 |
| 5134 | 2024-08-05 |
Cellular heterogeneity and key subsets of tissue-resident memory T cells in cervical cancer
2024-Jul-16, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-024-00637-3
PMID:39014148
|
研究论文 | 本研究分析了宫颈癌中组织驻留记忆T细胞的细胞异质性及其关键亚群 | 首次揭示了宫颈癌中组织驻留记忆T细胞的异质性及其在免疫反应中的作用 | 研究仅基于有限的样本数量和组织来源，可能无法涵盖所有的细胞特性 | 探讨组织驻留记忆T细胞在宫颈癌中的异质性及其对癌症免疫的贡献 | 来自11个宫颈癌组织和5个正常宫颈组织的组织驻留记忆T细胞及非组织驻留记忆T细胞 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 12945个组织驻留记忆T细胞和25627个非组织驻留记忆T细胞 |
| 5135 | 2024-08-05 |
Establishing an oxidative stress mitochondria-related prognostic model in hepatocellular carcinoma based on multi-omics characteristics and machine learning computational framework
2024-Jul-16, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01147-1
PMID:39014263
|
研究论文 | 本文建立了一种基于多组学特征和机器学习计算框架的氧化应激线粒体相关预后模型，用于肝细胞癌的预测 | 采用多种机器学习算法构建了一种包含26个基因的共识氧化应激线粒体相关标志物，并筛选出6个具有良好预后价值的基因 | 研究主要依赖于公共数据库数据，可能存在数据异质性和外部验证不足的问题 | 本文旨在探讨线粒体功能与氧化应激在肝细胞癌中的预后价值 | 研究对象为肝细胞癌患者的基因表达数据 | 机器学习 | 肝癌 | 基因表达分析，机器学习 | 多种机器学习算法 | 基因表达数据 | 使用来自TCGA、GEO和ICGC的HCC样本数据 |
| 5136 | 2024-08-05 |
Single cell profiling to determine influence of wheeze and early-life viral infection on developmental programming of airway epithelium
2024-Jul-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.08.602506
PMID:39026695
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研究论文 | 本研究旨在表征哮喘儿童气道上皮的发育表型及其与早期呼吸道病毒感染的关系 | 研究发现哮喘儿童的气道上皮在发育过程中表现出异常分化和基底细胞活化，这为理解哮喘的生物学基础提供了新见解 | 该研究主要集中于特定年龄段的儿童，可能无法代表所有年龄组的情况 | 探索幼儿哮喘与早期RSV感染对气道上皮发育编程的影响 | 从不同组别的哮喘与非哮喘儿童中收集的鼻气道上皮细胞 | 数字病理学 | 幼儿哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 生物样本 | 共计涉及来自四个相互排斥组的儿童 |
| 5137 | 2024-08-05 |
T-distributed Stochastic Neighbor Network for unsupervised representation learning
2024-Jul-09, Neural networks : the official journal of the International Neural Network Society
IF:6.0Q1
DOI:10.1016/j.neunet.2024.106520
PMID:39024709
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研究论文 | 本文提出了一种简单的端到端T-分布随机邻居网络（TsNet）用于无监督表示学习和聚类下游任务 | 引入了适应性连接分布学习模块和基于T-分布随机邻居嵌入的损失函数，显著提高了表示的区分度 | 未提及具体的局限性 | 探索如何从通用数据中提取有意义的结构信息 | 通用数据的聚类表示学习，包括向量、图像和表格数据 | 机器学习 | NA | RNA-seq | TsNet | 图像，文本 | 涉及真实单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集的聚类 |
| 5138 | 2024-08-04 |
Applications of single-cell multi-omics in liver cancer
2024-Jul, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101094
PMID:39022385
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综述 | 本文探讨了单细胞多组学在肝癌研究中的应用。 | 强调通过整合多种单模态技术到单细胞分辨率的多组学方法中，推动个体化治疗的发展。 | 当前单细胞多组学在肝癌研究中的应用仍然有限。 | 旨在深入理解肝癌的生物学及其临床影响。 | 主要关注肝细胞癌（HCC）的细胞异质性及其治疗反应机制。 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序技术 | NA | NA | NA |
| 5139 | 2024-08-05 |
Unveiling mitochondrial and ribosomal gene deregulation and tumor microenvironment dynamics in acute myeloid leukemia
2024-Jul, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-024-00788-2
PMID:38806621
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研究论文 | 该研究揭示了急性髓系白血病中线粒体和核糖体基因的失调及肿瘤微环境的动态 | 使用机器学习方法重新分析scRNA-seq数据，识别急性髓系白血病中枝状细胞的基因模块失调和免疫信号通路的失衡 | 研究可能受到样本规模和数据来源的限制 | 深入理解急性髓系白血病细胞与肿瘤微环境之间的相互作用 | 急性髓系白血病患者的细胞与基因表达数据 | 机器学习 | 急性髓系白血病 | scRNA-seq | 正常Cox模型和人工神经网络模型 | 基因表达数据 | CSC和G20队列的样本 |
| 5140 | 2024-08-04 |
A bibliometric study of the intellectual base and global research hotspots for single-cell sequencing [2009-2022] in breast cancer
2024-Jun-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e33219
PMID:39022007
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研究论文 | 该研究总结并量化了与乳腺癌单细胞测序相关的研究动态和趋势 | 提供了关于乳腺癌单细胞测序的全面和公正的研究状态报告 | 当前缺乏对研究结果的深入分析，未来需更多跨国合作 | 研究乳腺癌单细胞测序的研究动态和热点 | 与乳腺癌单细胞测序相关的研究文章和评论 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序 | NA | 文献数据 | 分析了583篇文章和评论 |