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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5061 | 2024-09-08 |
Reliable imputation of spatial transcriptomes with uncertainty estimation and spatial regularization
2024-Aug-09, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2024.101021
PMID:39233691
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TransImpute的计算模型,用于在空间转录组学中填补缺失特征,并估计填补的可靠性 | 引入了空间自相关度量作为正则化,以避免高估空间模式,并提出了一套能够准确预测填补不确定性的属性 | 未提及 | 开发一种能够可靠填补空间转录组学中缺失特征并估计填补可靠性的计算方法 | 空间转录组学中的缺失特征 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | TransImpute | 转录组数据 | 多个平台的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 5062 | 2024-09-08 |
CellContrast: Reconstructing spatial relationships in single-cell RNA sequencing data via deep contrastive learning
2024-Aug-09, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2024.101022
PMID:39233694
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CellContrast的计算方法,用于通过深度对比学习从空间转录组学参考数据中重建单细胞RNA测序数据中的空间关系 | CellContrast采用对比学习框架,通过空间转录组学数据训练,将基因表达投影到隐藏空间,使得相近的细胞具有相似的表示值 | NA | 旨在解决单细胞RNA测序数据中缺乏空间信息的问题,通过重建空间关系来增强数据分析能力 | 单细胞RNA测序数据中的空间关系 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 对比学习 | 基因表达数据 | 涉及小鼠胚胎和人类乳腺细胞的多种平台数据,包括SeqFISH、Stereo-seq、10X Visium和MERSCOPE | NA | NA | NA | NA |
| 5063 | 2024-09-08 |
Exploring and clinical validation of prognostic significance and therapeutic implications of copper homeostasis-related gene dysregulation in acute myeloid leukemia
2024-Aug, Annals of hematology
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s00277-024-05841-6
PMID:38879648
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研究论文 | 研究铜稳态相关基因在急性髓系白血病中的表达模式、生物学功能及其临床预后和治疗意义 | 首次系统探讨了铜稳态相关基因在急性髓系白血病中的表达模式和生物学功能,并建立了预后风险模型,为患者分层和个性化治疗提供了新思路 | 研究主要基于公共数据集和临床样本,缺乏大规模的独立验证数据 | 探讨铜稳态相关基因在急性髓系白血病中的表达模式和生物学功能,并评估其临床预后和治疗意义 | 急性髓系白血病患者及其铜稳态相关基因的表达和功能 | 数字病理学 | 血液肿瘤 | PCR, 单细胞测序 | LASSO-Cox, Kaplan-Meier, Nomogram | 基因表达数据 | 包括TCGA-GTEx, GSE114868, GSE37642等多个独立队列和临床样本 | NA | NA | NA | NA |
| 5064 | 2024-09-08 |
Dissecting the tumor microenvironment in response to immune checkpoint inhibitors via single-cell and spatial transcriptomics
2024-Aug, Clinical & experimental metastasis
IF:4.2Q2
DOI:10.1007/s10585-023-10246-2
PMID:38064127
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综述 | 本文综述了单细胞和空间转录组学在研究免疫检查点抑制剂对肿瘤微环境响应中的应用 | 本文结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术,探讨了免疫检查点抑制剂在不同癌症微环境中的响应机制 | 本文主要为综述性质,未涉及具体实验数据和结果 | 探讨免疫检查点抑制剂在肿瘤微环境中的作用机制 | 肿瘤微环境中的免疫细胞和其他细胞群体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5065 | 2024-09-08 |
Mapping the single cell spatial immune landscapes of the melanoma microenvironment
2024-Aug, Clinical & experimental metastasis
IF:4.2Q2
DOI:10.1007/s10585-023-10252-4
PMID:38217840
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研究论文 | 研究使用空间成像技术分析黑色素瘤微环境中的单细胞免疫景观 | 利用CyTOF-IMC等高维空间成像技术,以前所未有的分辨率识别复杂的细胞亚群和免疫细胞相互作用 | NA | 理解黑色素瘤微环境中基质、黑色素瘤细胞和免疫细胞类型之间的复杂相互作用及其与治疗反应的关联 | 黑色素瘤微环境中的单细胞空间免疫景观 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | CyTOF-IMC(飞行时间成像质谱流式细胞术) | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5066 | 2024-09-08 |
Cardiac reprogramming reduces inflammatory macrophages and improves cardiac function in chronic myocardial infarction
2024-01-01, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2023.149272
PMID:37992523
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研究论文 | 本文研究了心脏重编程对慢性心肌梗死后炎症巨噬细胞和心脏功能的影响 | 首次展示了心脏重编程可以减少心肌梗死后的炎症巨噬细胞,并改善心脏功能 | 尚未明确心脏重编程通过MGTH过表达影响炎症细胞的具体机制 | 探讨心脏重编程在慢性心肌梗死后减少炎症和改善心脏功能的作用 | 慢性心肌梗死后的心脏纤维母细胞和炎症细胞 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5067 | 2024-09-08 |
Research progress and application strategies of sugar transport mechanisms in rice
2024, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2024.1454615
PMID:39233915
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综述 | 本文综述了水稻中糖运输机制的遗传和分子基础及其调控 | 本文强调了质外体途径在水稻韧皮部装载中的主导作用,并总结了糖运输基因的调控途径 | 本文指出当前研究方法的不足,并讨论了先进的分析技术如质谱成像和单细胞RNA测序的潜在应用 | 本文旨在深入理解水稻中糖运输过程及其调控机制,为高产水稻育种提供指导 | 本文主要研究水稻中的糖运输机制及其相关蛋白质和基因 | NA | NA | 质谱成像和单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5068 | 2024-09-08 |
Comprehensive analysis of hypoxia-related genes in diagnosis and immune infiltration in acute myocardial infarction: based on bulk and single-cell RNA sequencing data
2024, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2024.1448705
PMID:39234566
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研究论文 | 本文通过批量和单细胞RNA测序数据,全面分析了缺氧相关基因在急性心肌梗死诊断和免疫浸润中的作用 | 开发了一个基于缺氧相关基因的急性心肌梗死预测模型,并验证了其与免疫细胞浸润的强关联 | NA | 研究缺氧相关基因在急性心肌梗死中的作用及其与免疫细胞浸润的关系 | 急性心肌梗死患者及其缺氧相关基因 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA测序 | 随机森林模型 | RNA | 训练数据集GSE66360,验证数据集GSE48060,单细胞RNA数据集GSE163956 | NA | NA | NA | NA |
| 5069 | 2024-09-07 |
Identifying the importance of PCK1 in maintaining ileal epithelial barrier integrity in Crohn's disease
2024-Dec-30, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2024.148872
PMID:39159791
|
研究论文 | 研究探讨了PCK1基因在克罗恩病中维持回肠上皮屏障完整性的重要性 | 首次揭示了PCK1基因在克罗恩病中对回肠上皮屏障的维持作用 | 研究样本量较小,且仅限于回肠组织 | 探讨克罗恩病患者肠道屏障功能障碍的关键基因 | 克罗恩病患者的回肠组织和Caco-2细胞系 | NA | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序、基因芯片、免疫组化 | NA | 基因表达数据 | 11名克罗恩病患者和多个对照组的回肠组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 5070 | 2024-09-07 |
A nomoscore of four genes for predicting the rupture risk in abdominal aortic aneurysm patients with osteoarthritis
2024-Dec-30, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2024.148877
PMID:39173977
|
研究论文 | 本研究旨在通过基因表达数据和机器学习算法,识别与腹主动脉瘤破裂风险相关的潜在生物标志物,并开发预测模型 | 本研究首次结合基因表达数据和单细胞RNA测序数据,利用机器学习算法识别出四个关键基因,并开发了一个高预测性能的诺模图 | 本研究主要基于已有的基因表达和单细胞RNA测序数据,未来需要在更多样本和临床数据中验证其有效性 | 发现并验证能够预测腹主动脉瘤破裂风险的潜在生物标志物 | 腹主动脉瘤患者及其破裂风险 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | LASSO, 随机森林, SVM-RFE | 基因表达数据 | 两个基因表达数据集(GSE98278, GSE51588)和两个单细胞RNA测序数据集(GSE164678, GSE152583) | NA | NA | NA | NA |
| 5071 | 2024-09-07 |
Dynamic changes of the immune microenvironment in the development of gastric cancer caused by inflammation
2024-Sep-19, Molecular therapy. Oncology
DOI:10.1016/j.omton.2024.200849
PMID:39228396
|
研究论文 | 本研究通过整合多个单细胞RNA测序数据集,探讨了胃癌发展过程中不同细胞类型的分子变化 | 首次系统分析了从非萎缩性胃炎到胃癌过程中免疫微环境的动态变化,并发现了IL-17信号通路和Th17细胞分化的显著上调 | 研究主要基于单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据,缺乏体内实验验证 | 揭示胃癌发展过程中从癌前病变到胃癌的分子机制,为早期诊断和治疗提供依据 | 胃癌发展过程中的免疫微环境和信号通路变化 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个单细胞RNA测序数据集和The Cancer Genome Atlas的bulk RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 5072 | 2024-09-07 |
Multi-omics analyses reveal aberrant differentiation trajectory with WNT1 loss-of-function in type XV osteogenesis imperfecta
2024-Sep-02, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1093/jbmr/zjae123
PMID:39126373
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了WNT1功能缺失在XV型成骨不全症中导致的异常分化轨迹 | 首次整合多组学数据,揭示了WNT1在骨骼祖细胞分化和成熟中的调控机制 | 样本量较小,且仅来自中国南方地区 | 探讨WNT1功能缺失在XV型成骨不全症中的分子机制及其对骨骼发育的影响 | XV型成骨不全症患者及其骨骼样本 | 数字病理学 | 成骨不全症 | 多组学分析 | NA | 蛋白质组学数据、单细胞转录组数据 | 25名XV型成骨不全症患者和243名其他类型成骨不全症患者 | NA | NA | NA | NA |
| 5073 | 2024-09-07 |
Molecular Regulation of Cardiac Conduction System Development
2024-Sep, Current cardiology reports
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s11886-024-02094-7
PMID:38990492
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综述 | 本文综述了心脏传导系统发育的分子调控机制 | 本文介绍了最新的单细胞转录组学研究成果,以更好地理解心脏传导系统的形态发生 | NA | 探讨心脏传导系统发育的分子调控机制 | 心脏传导系统的起搏细胞和传导心肌细胞 | 发育生物学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5074 | 2024-09-07 |
Establishment and transcriptome analysis of single blastomere-derived cell lines from zebrafish
2024-Sep, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2024.07.018
PMID:39097227
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研究论文 | 本文报道了从斑马鱼单个卵裂球中建立细胞系并进行转录组分析 | 首次从斑马鱼单个卵裂球中成功建立具有稳定染色体状态的细胞系,并通过单细胞转录组测序验证了其长期培养中的基因表达忠实性 | NA | 建立斑马鱼单个卵裂球来源的细胞系,并研究其在体外培养中的基因表达和细胞命运 | 斑马鱼单个卵裂球及其衍生的细胞系 | 细胞生物学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 20个斑马鱼细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 5075 | 2024-09-07 |
Primary cilia signaling in astrocytes mediates development and regional-specific functional specification
2024-Sep, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01726-z
PMID:39103557
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研究论文 | 本文研究了初级纤毛在星形胶质细胞中的信号传导作用,揭示了其在调节星形胶质细胞亚型特异性核心特征和神经发育中的关键作用 | 首次揭示了初级纤毛在星形胶质细胞中的信号传导作用,及其在神经发育和区域特异性功能分化中的重要性 | NA | 探讨初级纤毛在星形胶质细胞发育和区域特异性功能分化中的作用 | 小鼠大脑中的星形胶质细胞及其初级纤毛 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠大脑中的星形胶质细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 5076 | 2024-09-07 |
Decoding 11-oxygenated androgen synthesis: insights from enzyme gene expression and LC-MS/MS quantification
2024-Aug-30, European journal of endocrinology
IF:5.3Q1
DOI:10.1093/ejendo/lvae104
PMID:39219353
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研究论文 | 本研究通过分析大量正常人体组织的RNA和蛋白质数据,揭示了11-氧代雄激素在肾脏和肠道中的合成机制 | 首次系统性地研究了11-氧代雄激素在不同组织中的合成途径,并开发了TransMap网站用于可视化转录组数据 | 研究主要集中在正常人体组织,未涉及疾病状态下的情况 | 探讨11-氧代雄激素在外周组织中的合成机制及其在人体中的潜在作用 | 11-氧代雄激素的合成酶基因表达及其在不同组织中的分布 | NA | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA)、免疫组化、液相色谱-串联质谱 (LC-MS/MS) | NA | RNA、蛋白质 | 30种组织的bulk RNA数据、16种组织的单细胞RNA测序数据、29种组织的蛋白质数据 | NA | NA | NA | NA |
| 5077 | 2024-09-07 |
ScRNAs reveals high-frequency rTMS-induced pericyte differentiation: Potential implications for vascular regeneration and blood-brain barrier stability in stroke
2024-Aug-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e35339
PMID:39229501
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研究论文 | 研究探讨了重复经颅磁刺激(rTMS)对中风后血脑屏障(BBB)的影响及其潜在机制 | 通过单细胞测序(ScRNAs)揭示了rTMS诱导的周细胞分化,并发现了新的周细胞亚群作为中风治疗的潜在靶点 | 研究仅在动物模型中进行,尚未在人类中验证 | 探讨rTMS对中风后血脑屏障修复和血管再生的影响 | 中风后血脑屏障的修复和血管再生 | 数字病理学 | 中风 | 单细胞测序(ScRNAs) | NA | 单细胞数据 | 使用短暂性大脑中动脉闭塞(tMCAO)大鼠模型进行研究 | NA | NA | NA | NA |
| 5078 | 2024-09-07 |
Single-cell network analysis reveals gene expression programs for Arabidopsis root development and metabolism
2024-Aug-12, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2024.100978
PMID:38783601
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研究论文 | 本文通过单细胞基因共表达网络分析,揭示了拟南芥根发育和代谢的基因表达程序 | 首次对拟南芥根的单细胞RNA测序数据进行全面的基因共表达网络分析,并识别出149个基因共表达模块,这些模块被认为是基因表达程序 | NA | 揭示拟南芥根发育和代谢的基因表达程序 | 拟南芥根的单细胞RNA测序数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | SingleCellGGM算法 | 基因表达数据 | 公开的拟南芥根单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 5079 | 2024-09-07 |
Single-cell transcriptome atlases of soybean root and mature nodule reveal new regulatory programs that control the nodulation process
2024-Aug-12, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2024.100984
PMID:38845198
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研究论文 | 研究使用单细胞转录组测序和分子图谱技术,分析了成熟大豆根瘤细胞的转录组特征,揭示了氮固定和衰老细胞的共存现象,并鉴定了新的调控基因 | 首次对成熟大豆根瘤细胞的转录组进行精确表征,揭示了氮固定和衰老细胞的共存现象,并发现了新的调控基因 | NA | 研究大豆根瘤细胞的转录组特征,揭示氮固定过程中的新调控机制 | 大豆根和成熟根瘤细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5080 | 2024-09-07 |
A single-cell transcriptome atlas reveals the trajectory of early cell fate transition during callus induction in Arabidopsis
2024-Aug-12, Plant communications
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.xplc.2024.100941
PMID:38720464
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研究论文 | 研究报告了拟南芥根外植体在愈伤组织诱导培养基中0、1和4天的单细胞转录组时间序列实验,构建了愈伤组织诱导过程的详细单细胞转录组图谱 | 首次揭示了LRPI-like细胞和QC-like细胞在愈伤组织形成早期的细胞命运转变轨迹,并识别了调控这些细胞的转录因子和基因表达特征 | NA | 揭示拟南芥愈伤组织诱导过程中细胞异质性和细胞命运转变的机制 | 拟南芥根外植体在愈伤组织诱导培养基中的单细胞转录组 | 植物学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 拟南芥根外植体在愈伤组织诱导培养基中0、1和4天的样本 | NA | NA | NA | NA |