单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7466 篇文献，本页显示第 5041 - 5060 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5041 | 2024-08-07 |
Fatecode enables cell fate regulator prediction using classification-supervised autoencoder perturbation
2024-Jul-15, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100819
PMID:38986613
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研究论文 | 本文提出了一种名为Fatecode的计算方法，用于基于单细胞RNA测序数据预测细胞命运调控因子 | Fatecode利用深度学习分类监督自编码器学习单细胞RNA测序数据的潜在表示，并通过在潜在表示上进行模拟扰动实验来预测基因 | NA | 加速疾病或损伤后的恢复 | 细胞命运调控因子 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 基因表达数据 | 不同生物的血液和大脑发育的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 5042 | 2024-08-07 |
Directly selecting cell-type marker genes for single-cell clustering analyses
2024-Jul-15, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100810
PMID:38981475
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Festem的统计方法，用于直接选择细胞类型标记基因进行单细胞聚类分析 | Festem方法能够区分具有异质性分布的标记基因，这些基因对细胞聚类具有信息性，且能高精度地选择标记基因 | NA | 开发一种新的统计方法，用于直接选择细胞类型标记基因，以提高单细胞RNA测序研究中的细胞类型识别准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型及其标记基因 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 一个大型的肝内胆管癌数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 5043 | 2024-08-07 |
An attenuated lymphocytic choriomeningitis virus vector enhances tumor control in mice partly via IFN-I
2024-Jun-11, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI178945
PMID:38861331
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研究论文 | 研究报道了一种基于减毒淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒（r3LCMV）的非裂解性病毒载体在多种肿瘤模型中显著增强肿瘤控制和提高生存率的效果 | 首次展示了r3LCMV病毒载体在免疫缺陷小鼠模型中的肿瘤控制效果，并揭示了宿主内在的IFN-I在其抗肿瘤功效中的关键作用 | 文章未明确提及具体的局限性 | 探索和验证新型病毒载体在癌症治疗中的应用效果 | 肿瘤模型中的小鼠 | NA | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个肿瘤模型中的小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 5044 | 2024-08-07 |
PIK3CA inhibition in models of proliferative glomerulonephritis and lupus nephritis
2024-Jun-06, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI176402
PMID:38842935
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研究论文 | 本文通过使用多种遗传工程小鼠模型、单细胞RNA测序和空间转录组学，展示了PIK3CA通路在增殖性肾小球肾炎发展中的关键作用，并证明了PI3Kα抑制剂alpelisib在不同小鼠模型中改善肾小球病变和肾功能的效果。 | 首次揭示了PI3Kα抑制剂在增殖性肾小球肾炎和狼疮性肾炎中的双重作用，不仅影响足细胞，还影响免疫系统。 | 研究主要基于小鼠模型和从活动性狼疮性肾炎患者中分离的人淋巴细胞，尚未在更广泛的人类患者群体中进行验证。 | 探讨PIK3CA抑制在增殖性肾小球肾炎和狼疮性肾炎中的作用及其机制。 | 增殖性肾小球肾炎和狼疮性肾炎的小鼠模型及活动性狼疮性肾炎患者的人淋巴细胞。 | NA | 肾病 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | RNA | 多种遗传工程小鼠模型及活动性狼疮性肾炎患者的人淋巴细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 5045 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomic analysis deciphers heterogenous cancer stem-like cells in colorectal cancer and their organ-specific metastasis
2024-02-23, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-330243
PMID:38050068
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序和空间转录组分析，揭示了结直肠癌中异质性癌症干细胞样细胞及其器官特异性转移的机制 | 首次通过综合分析揭示了结直肠癌中具有高PTPRO和ASCL2表达的干细胞样细胞群是转移的关键，并展示了这些细胞群在肝脏和卵巢转移中的特异性 | NA | 揭示结直肠癌中异质性癌症细胞的类型及其器官特异性转移的机制 | 结直肠癌原发肿瘤及肝脏和卵巢转移中的单细胞转录组 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及结直肠癌原发肿瘤及肝脏和卵巢转移的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 5046 | 2024-08-07 |
AGBL4 promotes malignant progression of glioblastoma via modulation of MMP-1 and inflammatory pathways
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1420182
PMID:39007144
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研究论文 | 本研究探讨了AGBL4在胶质母细胞瘤（GBM）恶性进展中的作用及其与炎症途径的关联 | 发现AGBL4通过调节MMP-1和炎症途径促进GBM的恶性进展，并建立了一个新的调控轴 | NA | 阐明GBM的分子机制，特别是AGBL4与炎症途径的关系，以发现可行的治疗靶点 | AGBL4在GBM中的表达及其对细胞增殖、迁移、侵袭和炎症反应的影响 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5047 | 2024-08-07 |
Anti-EGFR Antibody-Drug Conjugate Carrying an Inhibitor Targeting CDK Restricts Triple-Negative Breast Cancer Growth
2024-Aug-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-3110
PMID:38772416
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研究论文 | 本研究探讨了一种基于西妥昔单抗的抗体药物偶联物（ADC），该ADC携带CDK抑制剂SNS-032，用于靶向EGFR表达的细胞，以限制三阴性乳腺癌的生长 | 本研究创新性地结合了EGFR抗体和CDK抑制剂，通过ADC的形式实现对EGFR高表达肿瘤细胞的选择性杀伤，同时减少对免疫细胞的影响 | 尽管ADC在体外和体内实验中显示出良好的抗肿瘤效果，但其长期疗效和安全性仍需进一步的临床研究验证 | 旨在开发一种新的治疗策略，通过靶向EGFR和细胞周期调控，有效治疗三阴性乳腺癌 | 三阴性乳腺癌细胞及其在体内的生长情况 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 转录组分析、单细胞RNA测序、空间转录组分析 | NA | 转录组数据、单细胞RNA数据、空间转录组数据 | 6,173个原发性肿瘤样本，27个基线和匹配的化疗后残留肿瘤样本，150,290个细胞，27个未经治疗的肿瘤样本，43个肿瘤切片，22个三阴性乳腺癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 5048 | 2024-08-07 |
Metastasis and basement membrane-related signature enhances hepatocellular carcinoma prognosis and diagnosis by integrating single-cell RNA sequencing analysis and immune microenvironment assessment
2024-Jul-31, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05493-0
PMID:39085893
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序分析和免疫微环境评估，探讨了转移和基底膜相关标志物在肝细胞癌（HCC）预后和诊断中的作用。 | 本研究首次构建了基于转移和基底膜相关基因（MBRGs）的预后模型，并结合免疫相关算法分析了高风险和低风险组的免疫景观和活性。 | 研究样本主要来自TCGA和ICGC数据库，可能存在一定的选择偏倚；实验验证主要依赖于数据库分析，缺乏体内外实验的直接证据。 | 旨在通过研究转移和基底膜相关标志物，提高肝细胞癌患者的生存结果和治疗效果。 | 肝细胞癌（HCC）患者及其转移和基底膜相关基因（MBRGs）。 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | Cox回归分析 | 转录组数据 | 424名来自TCGA数据库的HCC患者和240名来自ICGC数据库的HCC患者 | NA | NA | NA | NA |
| 5049 | 2024-08-07 |
scLEGA: an attention-based deep clustering method with a tendency for low expression of genes on single-cell RNA-seq data
2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae371
PMID:39060167
|
研究论文 | 本文提出了一种基于注意力机制的深度聚类方法scLEGA，用于单细胞RNA测序数据中低表达基因的细胞类型推断 | scLEGA采用了一种新的零膨胀负二项分布（ZINB）损失函数，结合了多头部注意力机制和两种不同的单细胞RNA测序聚类策略，优化了低表达基因的贡献 | NA | 开发一种新的细胞类型推断方法，以提高单细胞RNA测序数据中细胞聚类的准确性、可扩展性和稳定性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 注意力机制、图卷积网络（GCN） | 基因表达数据 | 15个单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 5050 | 2024-08-07 |
Accurate estimation of pathway activity in single cells for clustering and differential analysis
2024-Jul-23, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278431.123
PMID:38981682
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研究论文 | 本文介绍了SiPSiC方法，用于在单细胞水平上推断通路活性，以进行更敏感的差异分析和细胞聚类 | SiPSiC方法能够在单细胞水平上更敏感地进行差异分析，并利用通路评分进行细胞聚类和计算UMAP等投影 | NA | 开发一种新方法来推断单细胞中的通路活性，以改进细胞聚类和差异分析 | COVID-19、肺腺癌和胶质瘤数据集 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因集 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5051 | 2024-08-07 |
Chemokine-mediated cell migration into the central nervous system in progressive multifocal leukoencephalopathy
2024-Jul-16, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101622
PMID:38917802
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研究论文 | 本研究分析了进行性多灶性白质脑病（PML）患者脑脊液（CSF）中的趋化因子信号和吸引的免疫细胞，以定义与PML免疫反应相关的免疫细胞亚群 | 首次通过单细胞转录组学分析PML患者CSF细胞，揭示了特定CD4和CD8 T细胞亚群及其表达的趋化因子受体和PML风险基因 | NA | 研究PML中趋化因子介导的免疫细胞迁移及其在疾病发展中的作用 | 进行性多灶性白质脑病（PML）患者的脑脊液中的趋化因子和免疫细胞 | NA | 进行性多灶性白质脑病 | 单细胞转录组学 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5052 | 2024-08-07 |
Monitoring melanoma patients on treatment reveals a distinct macrophage population driving targeted therapy resistance
2024-Jul-16, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101611
PMID:38942020
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了接受BRAFi/MEKi治疗的黑色素瘤患者中耐药和响应肿瘤的细针抽吸物，揭示了与靶向治疗耐药相关的特定巨噬细胞群体。 | 发现了与靶向治疗耐药相关的POSTN基因及其信号传导的巨噬细胞群体，并证明了这些巨噬细胞通过CD44受体直接保护黑色素瘤细胞免受MEKi诱导的杀伤。 | NA | 揭示黑色素瘤靶向治疗耐药的机制 | 黑色素瘤患者的耐药和响应肿瘤 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 接受BRAFi/MEKi治疗的黑色素瘤患者的耐药和响应肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 5053 | 2024-08-07 |
Deciphering the role of ferroptosis in rheumatoid arthritis: Synovial transcriptome analysis and immune infiltration correlation
2024-Jul-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e33648
PMID:39091931
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研究论文 | 本研究通过转录组分析和免疫浸润相关性探讨铁死亡在类风湿性关节炎中的作用 | 首次揭示了铁死亡相关基因在类风湿性关节炎中的表达及其与免疫细胞浸润的关系，并验证了TIMP1作为潜在的生物标志物和治疗靶点 | NA | 探讨铁死亡在类风湿性关节炎发病机制中的作用 | 类风湿性关节炎患者的滑膜组织 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | 转录组差异基因分析、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、受试者工作特征（ROC）曲线分析、单细胞测序 | NA | 转录组数据、单细胞测序数据 | 来自类风湿性关节炎患者的滑膜组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 5054 | 2024-08-07 |
Synthetic DNA barcodes identify singlets in scRNA-seq datasets and evaluate doublet algorithms
2024-Jul-10, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100592
PMID:38925122
|
研究论文 | 本文利用合成DNA条形码数据集来识别单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的单细胞（singlets），并评估双细胞（doublets）检测算法 | 提出了一种新的框架“singletCode”，用于评估现有的双细胞检测方法，并利用真实单细胞数据训练机器学习分类器，该分类器在双细胞检测算法中表现更优 | NA | 开发一种新的方法来识别和评估scRNA-seq数据中的单细胞和双细胞 | 单细胞RNA测序数据中的单细胞和双细胞 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | 机器学习分类器 | RNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5055 | 2024-08-07 |
DeepIMAGER: Deeply Analyzing Gene Regulatory Networks from scRNA-seq Data
2024-Jun-27, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14070766
PMID:39062480
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DeepIMAGER的高级计算工具，用于通过深度学习和数据集成推断细胞特异性基因调控网络（GRNs） | DeepIMAGER通过将基因对的共表达模式转换为图像样表示，并利用转录因子（TF）结合信息进行模型训练，提高了GRN推断的准确性和鲁棒性 | NA | 研究目的是开发一种新的计算工具，以提高从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中推断基因调控网络的准确性 | 研究对象包括多种细胞类型的基因调控网络和转录因子 | 机器学习 | 多发性骨髓瘤 | scRNA-seq, ChIP-seq | 深度学习模型 | 图像, 基因表达数据 | 涉及六种细胞系的scRNA-seq和ChIP-seq数据 | NA | NA | NA | NA |
| 5056 | 2024-08-07 |
Single-cell landscape of immunological responses in elderly patients with sepsis
2024-Jun-22, Immunity & ageing : I & A
IF:5.2Q1
DOI:10.1186/s12979-024-00446-z
PMID:38909272
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了年轻和老年脓毒症患者的外周血样本，探讨了免疫细胞的转录组特征及其在老年脓毒症患者中的变化 | 首次揭示了老年脓毒症患者中免疫细胞的表型转变、表达异质性及细胞间通讯，并发现了HLA-KIR的新型相互作用 | NA | 探究老年脓毒症患者免疫反应的病理机制 | 老年脓毒症患者的免疫细胞 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 年轻和老年脓毒症患者的外周血样本 | NA | NA | NA | NA |
| 5057 | 2024-08-07 |
Integrative multi-omics profiling in human decedents receiving pig heart xenografts
2024-May, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-024-02972-1
PMID:38760586
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研究论文 | 本文通过多组学分析方法，研究了接受猪心脏异种移植的人类受者的分子和免疫反应 | 首次详细描述了心脏异种移植后早期分子和免疫反应的差异，并揭示了新的见解 | 研究仅基于两名受者的样本，可能限制了结果的普遍性 | 深入理解异种移植后的详细分子景观，并探索改善移植结果的靶向治疗方法 | 接受猪心脏异种移植的人类受者的血液和组织样本 | 数字病理学 | NA | 转录组学、脂质组学、蛋白质组学和代谢组学 | NA | 血液样本和组织样本 | 两名受者 | NA | NA | NA | NA |
| 5058 | 2024-08-07 |
Establishment and Evaluation of Exosomes-Related Gene Risk Model in Hepatocellular Carcinoma
2024-Apr, Biochemical genetics
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s10528-023-10441-6
PMID:37405532
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研究论文 | 本研究通过分析肝细胞癌患者血液样本中外泌体mRNA表达水平，建立并评估了一个基于外泌体相关基因的风险预测模型，用于肝癌的诊断和预后评估 | 首次证实了与肝癌发生发展相关的六个基因存在于血液外泌体中，可用于肝癌患者的液体活检，避免了穿刺诊断的需要 | NA | 建立一个基于外泌体mRNA表达水平的风险预测模型，用于肝癌的诊断和预后评估 | 肝细胞癌患者血液样本中的外泌体mRNA表达水平 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 液体活检 | Lasso Cox分析 | mRNA数据 | 肝细胞癌患者和正常对照的mRNA数据来自TCGA和exoRBase 2.0数据库 | NA | NA | NA | NA |
| 5059 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA Sequencing Pro-angiogenic Macrophage Profiles Reveal Novel Prognostic Biomarkers and Therapeutic Targets for Osteosarcoma
2024-Apr, Biochemical genetics
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s10528-023-10483-w
PMID:37603193
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了与骨肉瘤预后相关的促血管生成巨噬细胞亚型，并发现了新的预后生物标志物和治疗靶点 | 首次报道了促血管生成巨噬细胞在骨肉瘤预后中的作用，并开发了一个基于LASSO算法的预后模型 | NA | 探索骨肉瘤的预后生物标志物和治疗靶点 | 骨肉瘤患者的促血管生成巨噬细胞亚型及其相关基因 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | LASSO算法 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5060 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals RAC1 Involvement in Macrophages Efferocytosis in Diabetic Kidney Disease
2024-Apr, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-023-01942-y
PMID:38064011
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了RAC1在糖尿病肾病中巨噬细胞吞噬作用中的作用 | 首次揭示了RAC1在糖尿病肾病中巨噬细胞吞噬作用中的关键作用，并通过实验验证了RAC1的表达变化对巨噬细胞功能的影响 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据，未涉及体内实验验证 | 探讨糖尿病肾病中巨噬细胞吞噬作用相关的分子机制 | 糖尿病肾病中的巨噬细胞及其吞噬作用 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 涉及多个数据集，包括GSE131882, GSE195460, GSE151302, GSE131685 | NA | NA | NA | NA |