单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
5001	2024-08-04	Diffusion on PCA-UMAP Manifold: The Impact of Data Structure Preservation to Denoise High-Dimensional Single-Cell RNA Sequencing Data 2024-Jul-09, Biology DOI:10.3390/biology13070512 PMID:39056705	研究论文	该文章提出了一种基于PCA-UMAP扩散的方法来去噪高维单细胞RNA测序数据	通过使用PCA-UMAP扩散方法，增强了数据结构的保持，优化了PCA维度和扩散参数的使用	未明确提及	解决单细胞转录组学中数据噪声和低效转录捕获的问题	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	高维单细胞数据	经过多种scRNA-seq数据集验证
5002	2024-08-05	Deciphering lung adenocarcinoma prognosis and immunotherapy response through an AI-driven stemness-related gene signature 2024-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18564 PMID:39046884	研究论文	本文构建了一个基于人工智能的干性相关基因特征，解读肺腺癌预后和免疫治疗反应	该研究首次建立了干性相关基因特征，并分解了肺腺癌的预后和免疫治疗反应	研究中对干性基因特征与免疫环境的关联探索可能受到样本量和数据类型的限制	提升肺腺癌的预后准确性，以优化个性化免疫治疗策略	研究对象为肺腺癌（LUAD）细胞和相关基因	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	AI网络（传统回归、机器学习、深度学习）	基因组数据	使用LUAD细胞系进行的实验验证
5003	2024-08-05	Reduction of Glyoxalase 1 Expression Links Fetal Methylmercury Exposure to Autism Spectrum Disorder Pathogenesis 2024-Jun-22, Toxics IF:3.9Q1 DOI:10.3390/toxics12070449 PMID:39058101	研究论文	这篇文章探讨了甘油醛酶1表达的降低将胎儿甲基汞暴露与自闭症谱系障碍的发病机制联系起来	研究揭示了甲基汞暴露对自闭症风险基因在皮层发育中的直接影响	具体对照组和长时间观察的数据可能不足	本研究旨在确定孕期甲基汞诱导早熟神经分化和异常神经发育的分子机制	研究对象为孕期暴露于低剂量非凋亡性甲基汞的小鼠模型	数字病理学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和实时定量PCR (RT-qPCR)	NA	基因表达数据	培养的胚胎放射状胶质前体细胞 (RGPs)
5004	2024-08-05	Differential Contributions of Fibroblast Subpopulations to Intercellular Communication in Eosinophilic Esophagitis 2024-Jun-21, Biology DOI:10.3390/biology13070461 PMID:39056656	研究论文	本文探讨了在嗜酸性食管炎中成纤维细胞亚群的异质性及其细胞间通讯的作用	识别出嗜酸性食管炎中至少两种成纤维细胞亚群，并揭示了它们在细胞-细胞相互作用中的不同贡献	缺乏对成纤维细胞亚群的更详细功能和机制解析	研究嗜酸性食管炎中成纤维细胞亚群的分类和其在病理过程中的作用	嗜酸性食管炎患者的食管活检样本及其成纤维细胞	数字病理学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	使用了一组嗜酸性食管炎食管活检的公共单细胞RNA测序数据
5005	2024-08-05	Collagen induction of immune cells in the mammary glands during pregnancy 2024-Feb-01, Physiological genomics IF:2.5Q2 DOI:10.1152/physiolgenomics.00098.2023 PMID:37955336	研究论文	该研究评估了妊娠-哺乳周期中乳腺胶原蛋白的动态变化	本研究首次显示免疫细胞在乳腺胶原动态中发挥作用	本研究主要依赖单细胞RNA测序数据，可能未能涵盖所有细胞类型的完整情况	阐明妊娠-哺乳周期中乳腺胶原的动态特征	乳腺组织中的免疫细胞和间质细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	NA
5006	2024-08-04	Spatial transcriptomic profiling of isolated microregions in tissue sections utilizing laser-induced forward transfer 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0305977 PMID:39052564	研究论文	本研究提出了一种基于激光诱导前转移的新的空间转录组学分析方法。	创新点在于结合了激光诱导前转移和全长mRNA测序协议，实现了特定区域组织的基因表达分析。	暂未提及该方法的实际应用限制，可能需要进一步研究以确认其适用性。	研究旨在开发一种新方法，以便在组织切片中进行空间转录组学分析。	研究对象为小鼠大脑皮层和海马中的特定微区域。	数字病理学	NA	mRNA测序	NA	基因表达数据	涉及小鼠大脑的多个切片
5007	2024-08-05	Autophagy Contributes to Homeostasis in Esophageal Epithelium Where High Autophagic Vesicle Level Marks Basal Cells With Limited Proliferation and Enhanced Self-Renewal Potential 2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.02.018 PMID:38452871	研究论文	该研究定义了自噬在食管上皮内稳态中的角色	研究揭示了自噬与食管基底细胞增殖和自我更新能力之间的关系	本研究的局限性在于未考虑自噬在其他类型细胞中的作用	探讨自噬在食管上皮稳态中的作用	生成了特定于鳞状上皮的Atg7条件性基因敲除小鼠来评估其对食管稳态的影响	数字病理学	食管病理	RNA测序，免疫染色	NA	细胞，组织	使用了敲除小鼠以及分选的食管基底细胞
5008	2024-08-05	MLRR-ATV: A Robust Manifold Nonnegative LowRank Representation with Adaptive Total-Variation Regularization for scRNA-seq Data Clustering 2024-Jul-24, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3432740 PMID:39046863	研究论文	本文提出了一种新的单细胞聚类方法MLRR-ATV，用于分析scRNA-seq数据	引入了自适应全变分正则化来降低噪声的影响，同时保留数据中的线性和非线性流形结构	模型为非凸，优化过程可能会受到局部最优解的影响	研究单细胞RNA测序数据的聚类方法	聚类分析的对象为单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	低秩表示模型	数据集	八个真实的scRNA-seq数据集
5009	2024-08-04	A single-cell pan-cancer analysis to show the variability of tumor-infiltrating myeloid cells in immune checkpoint blockade 2024-Jul-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50478-8 PMID:39034339	研究论文	本研究探讨了肿瘤浸润性髓系细胞在免疫检查点抑制中的变异性	通过单细胞转录组学进行全癌症类型分析，揭示了TIMs在不同癌症类型中的丰度和动力学行为的显著变化	在研究中可能未考虑所有癌症类型或个体差异，样本量相对有限	研究肿瘤微环境中TIMs的功能以及它们与肿瘤浸润淋巴细胞的相互作用	192个来自129名患者的肿瘤样本中的肿瘤浸润性髓系细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	肿瘤样本	192个肿瘤样本
5010	2024-08-04	Unraveling Spatial Domain Characterization in Spatially Resolved Transcriptomics with Robust Graph Contrastive Clustering 2024-Jul-16, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae451 PMID:39012523	研究论文	本文开发了一种深度图对比聚类框架stDGCC，能够准确揭示空间领域	本文通过显式建模空间信息和基因表达特征，提出了一种新颖的空间图节点嵌入模型，优化了特征学习与拓扑结构的保留	NA	研究空间转录组学中的基因表达及其空间分布	从不同平台获取的各种空间转录组数据集	数字病理学	NA	对比学习	图神经网络	基因表达数据	各种空间转录组数据集，空间分辨率各异
5011	2024-08-04	Unveiling diabetic nephropathy: a novel diagnostic model through single-cell sequencing and co-expression analysis 2024-Jul-03, Aging DOI:10.18632/aging.205982 PMID:38968594	研究论文	本研究通过单细胞测序和共表达分析揭示了糖尿病肾病的潜在生物标志物和诊断模型	创新点在于首次探索了程序性细胞死亡的新类型——二硫酸死亡在糖尿病肾病中的重要性，并建立了基于该机制的诊断模型	本研究的局限在于使用的样本来自公开数据集，可能存在数据的多样性和异质性问题	研究的目的是揭示糖尿病肾病中二硫酸死亡的作用及其作为早期诊断生物标志物的潜力	研究对象为糖尿病肾病患者与健康对照组的细胞样本	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞测序	机器学习模型	转录组数据	包括糖尿病肾病患者和健康对照的样本数据分析
5012	2024-08-04	Unfolding the mysteries of heterogeneity from a high-resolution perspective: integration analysis of single-cell multi-omics and spatial omics revealed functionally heterogeneous cancer cells in ccRCC 2024-Jun-26, Aging DOI:10.18632/aging.205974 PMID:38944814	研究论文	本研究整合了单细胞多组学和空间组学的数据，揭示了透明细胞肾细胞癌(ccRCC)中功能异质性癌细胞的特征	通过整合scRNA-seq、scATAC-seq和stRNA-seq，首次分类了功能异质性的癌细胞，并探索了其在微环境中的相互作用	尚未完全建立ccRCC中肿瘤内异质性的机制	探讨透明细胞肾细胞癌中的肿瘤内异质性及其调控网络	功能上异质性的癌细胞	数字病理学	肾癌	scRNA-seq, scATAC-seq, stRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
5013	2024-08-04	Beyond benchmarking and towards predictive models of dataset-specific single-cell RNA-seq pipeline performance 2024-06-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03304-9 PMID:38886757	研究论文	本研究探讨了使用监督机器学习模型来预测针对特定数据集的单细胞RNA测序分析管道性能	提出了通过分析288个scRNA-seq管道在86个数据集上的表现来预测最佳管道的可能性	未提及具体的局限性	研究预测特定数据集的最佳单细胞RNA-seq分析管道	288种scRNA-seq分析管道和86个数据集	机器学习	NA	单细胞RNA测序	监督机器学习模型	单细胞RNA-seq数据	288个分析管道和86个数据集
5014	2024-08-05	Single-cell transcriptome analysis of cavernous tissues reveals the key roles of pericytes in diabetic erectile dysfunction 2024-Jun-10, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.88942 PMID:38856719	研究论文	本研究通过单细胞 RNA 测序分析了海绵体组织，揭示了周细胞在糖尿病勃起功能障碍中的关键作用	研究发现了新的周细胞特异性标记 Limb Bud-Heart (Lbh)，表明其在糖尿病勃起功能障碍中的重要性	研究主要集中在小鼠和人类的海绵体组织，可能缺乏其他类型组织的全面数据	深入理解糖尿病条件下海绵体微环境和细胞间通讯以开发新疗法	研究对象包括糖尿病患者的海绵体组织和相关的细胞类型	数字病理学	糖尿病勃起功能障碍	单细胞 RNA 测序	NA	RNA数据	研究涉及小鼠和人类的海绵体组织样本
5015	2024-08-04	Pianno: a probabilistic framework automating semantic annotation for spatial transcriptomics 2024-Apr-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47152-4 PMID:38565531	研究论文	该论文介绍了一个名为Pianno的贝叶斯框架，用于自动化空间转录组的结构语义注释。	Pianno能够基于标记基因自动进行生物身份注释，显著提高了空间语义注释的准确性。	研究中未提及Pianno在特定情况下的有效性或可能的局限性。	研究旨在优化空间转录组中生物标识注释的自动化过程。	研究的对象包括各种空间转录组数据生成的组织切片。	数字病理学	NA	贝叶斯框架	NA	空间转录组数据	多种空间转录组平台生成的数据
5016	2024-08-04	Understanding testicular single cell transcriptional atlas: from developmental complications to male infertility 2024, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2024.1394812 PMID:39055054	综述	这篇文章讨论了睾丸单细胞转录组研究以及其与男性不育的关系	强调了单细胞RNA测序在测试材料基因表达中的优势和应用	关于睾丸转录组以及相关疾病的全面评论仍然有限	旨在深入理解睾丸的转录组特征与男性生育力之间的关系	主要关注睾丸内不同细胞类型的基因表达特征	数字病理学	男性不育	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
5017	2024-08-05	The Sex and Age-Associated Infiltration of B Cells May Result in the Dimorphic Behaviors Observed in Papillary Thyroid Carcinomas 2024, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S467704 PMID:39055976	研究论文	这项研究探讨了性别和年龄在乳头状甲状腺癌中的差异性浸润机制	揭示了与性别和年龄有关的B细胞浸润如何影响甲状腺癌的生物表现	仅分析了2261名患者的临床病理特征，可能影响结果的普遍性	阐明性别和年龄对乳头状甲状腺癌发病机制的影响	针对2261名乳头状甲状腺癌患者进行综合分析	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序	多变量逻辑回归分析	基因表达数据	2261名患者和497个样本的基因表达信息
5018	2024-08-05	Cross-species single-cell landscapes identify the pathogenic gene characteristics of inherited retinal diseases 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1409016 PMID:39055259	研究论文	该研究通过跨物种单细胞RNA测序分析识别了与遗传性视网膜疾病（IRD）相关的致病基因特征。	研究建立了视网膜细胞的全景表达视图，并揭示了不同物种间的基因表达模式以及细胞特异性调控网络。	研究可能存在对细胞类型及其功能复杂性理解不足的局限性。	本研究旨在理解遗传性视网膜疾病的临床表现及其致病基础。	研究对象为来自三种物种（人类、小鼠和斑马鱼）的视网膜样本，涉及259,087个细胞。	数字病理学	遗传性视网膜疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞数据	35个视网膜样本，来自3种物种
5019	2024-08-04	A global view of altered ligand-receptor interactions in bone marrow aging based on single-cell sequencing 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.06.020 PMID:39050783	研究论文	基于单细胞转录组测序检测骨髓衰老的配体-受体相互作用	首次系统性探讨了衰老对骨髓配体-受体相互作用的影响	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类	了解衰老对骨髓的细胞间通讯的影响	对年轻和老年小鼠的骨髓细胞进行分析	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	研究涉及384,124条相互作用和16种骨髓细胞类型
5020	2024-08-05	LiverSCA: A comprehensive and user-friendly cell atlas in human hepatocellular carcinoma 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.06.031 PMID:39050786	研究论文	我们开发了一个名为LiverSCA的细胞图谱，旨在支持肝癌相关的研究	提供了一个用户友好的网络界面和全面的功能，使研究人员能够轻松访问肝癌肿瘤微环境的细胞和分子景观	NA	帮助研究人员在肝癌研究中快速而便捷地探索细胞和分子特征	人类肝细胞癌的单细胞RNA测序数据	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	NA