单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7466 篇文献，本页显示第 5001 - 5020 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5001 | 2024-09-13 |
Targeting transposable elements in cancer: developments and opportunities
2024-Sep, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer
DOI:10.1016/j.bbcan.2024.189143
PMID:38936517
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综述 | 本文综述了转座子在癌症中的作用及其在癌症治疗中的潜在应用 | 本文探讨了转座子在癌症中的多方面作用，并提出了基于转座子的诊断和治疗新方法 | NA | 探讨转座子在癌症中的作用及其在癌症治疗中的潜在应用 | 转座子及其在癌症中的作用 | NA | 癌症 | 长读长测序、计算分析、单细胞测序、蛋白质组学、CRISPR-Cas9技术 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5002 | 2024-09-13 |
Cathepsin D is essential for the degradomic shift of macrophages required to resolve liver fibrosis
2024-Sep, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2024.101989
PMID:39019115
|
研究论文 | 研究探讨了溶酶体蛋白酶Cathepsin D在巨噬细胞介导的肝纤维化逆转中的关键作用 | 首次描述了Cathepsin D驱动的溶酶体活性在纤维化逆转过程中巨噬细胞修复功能中的核心作用 | NA | 探讨Cathepsin D在肝纤维化逆转中的作用机制 | 巨噬细胞和肝细胞中的Cathepsin D表达及其在肝纤维化中的功能 | NA | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人类肝硬化样本和myeloid-CtsD及hepatocyte-CtsD敲除小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 5003 | 2024-09-13 |
An Efficient Fluorescence-Activated Protoplast Sorting (FAPS) and Regeneration Protocol for Canola (Brassica napus)
2024-Sep, Current protocols
DOI:10.1002/cpz1.70008
PMID:39264225
|
研究论文 | 本文介绍了一种高效的荧光激活原生质体分选（FAPS）和再生协议，用于油菜（Brassica napus）的研究 | 本文首次报道了将FAPS方法应用于油菜原生质体的分选和再生，为功能基因组学和基因编辑应用提供了新的工具 | NA | 开发一种高效的原生质体分选和再生协议，以支持植物科学中的基础和应用研究 | 油菜（Brassica napus）的原生质体 | 植物科学 | NA | 荧光激活原生质体分选（FAPS） | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5004 | 2024-09-13 |
The microenvironmental factors induced invasive tumor cells in glioblastoma
2024-Aug-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e35770
PMID:39253204
|
研究论文 | 研究探讨了胶质母细胞瘤（GBM）细胞在肿瘤微环境（TME）影响下的侵袭性转变机制 | 揭示了肿瘤微环境中的OSMR和LIFR表达与GBM细胞侵袭性之间的关系 | 研究主要集中在体外实验，缺乏临床数据支持 | 探究肿瘤微环境如何调节胶质母细胞瘤细胞的侵袭性 | 胶质母细胞瘤细胞及其微环境中的OSMR和LIFR表达 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 5005 | 2024-09-13 |
SpatialQC: automated quality control for spatial transcriptome data
2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae458
PMID:39051702
|
研究论文 | 介绍了一种名为SpatialQC的自动化质量控制管道，用于空间转录组数据的质量控制 | SpatialQC是首个专门用于空间转录组数据的一站式质量控制工具，能够生成全面的QC报告并交互式地生成干净的数据 | NA | 开发一种自动化工具，用于空间转录组数据的质量控制 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5006 | 2024-09-13 |
Interaction between microglial cells and CD1C+ B dendritic cells leads to CD8+ T cells depletion during the early stages of renal clear cell carcinoma
2024-Aug-02, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000038691
PMID:39093774
|
研究论文 | 研究肾透明细胞癌早期阶段微胶质细胞与CD1C+ B树突状细胞的相互作用及其对CD8+ T细胞耗竭的影响 | 首次揭示了肾透明细胞癌早期阶段微胶质细胞与CD1C+ B树突状细胞的相互作用导致CD8+ T细胞耗竭的机制 | 研究仅基于GEO数据库的scRNA-seq数据，未进行体内实验验证 | 探讨肾透明细胞癌早期阶段肿瘤微环境中免疫细胞的相互作用及其对免疫治疗的影响 | 肾透明细胞癌中的微胶质细胞、CD1C+ B树突状细胞和CD8+ T细胞 | NA | 肾癌 | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 肿瘤组织和外周血样本中的免疫细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 5007 | 2024-09-13 |
ClusterMatch aligns single-cell RNA-sequencing data at the multi-scale cluster level via stable matching
2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae480
PMID:39073888
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为ClusterMatch的稳定匹配优化模型，用于在多尺度聚类级别上对单细胞RNA测序数据进行对齐 | ClusterMatch利用典型相关分析和多尺度Louvain聚类算法来识别具有优化分辨率的聚类，并使用稳定匹配框架在潜在空间中对齐scRNA-seq数据，同时通过重叠的标记基因集保持可解释性 | NA | 开发一种新的方法来对齐单细胞RNA测序数据，以解决高维和噪声数据中的多源变异性问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 稳定匹配优化模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5008 | 2024-09-13 |
Accelerated dimensionality reduction of single-cell RNA sequencing data with fastglmpca
2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae494
PMID:39110511
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Alternating Poisson Regression (APR)的算法，用于加速单细胞RNA测序数据的主成分分析 | APR算法在计算效率和内存使用上优于现有算法，并且适合在多核处理器上并行实现 | NA | 研究如何加速单细胞RNA测序数据的降维处理 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | PCA | 基因表达数据 | 三个公开的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 5009 | 2024-09-13 |
Pseudobulk with proper offsets has the same statistical properties as generalized linear mixed models in single-cell case-control studies
2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae498
PMID:39115884
|
研究论文 | 本文提出了一种名为offset-pseudobulk的轻量级替代方法，用于替代计算密集型的广义线性混合模型（GLMMs），并证明了其在单细胞RNA测序数据中的统计性质与GLMMs相同 | 提出了offset-pseudobulk方法，并证明了其在统计性质上与GLMMs相同，同时具有更高的计算效率和数值稳定性 | NA | 比较广义线性混合模型与pseudobulk方法在单细胞RNA测序数据中的统计性能 | 单细胞RNA测序数据中的转录表达差异 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义线性混合模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5010 | 2024-09-13 |
TransTEx: novel tissue-specificity scoring method for grouping human transcriptome into different expression groups
2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae475
PMID:39120880
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为TransTEx的新型组织特异性评分方法，用于将人类转录组分组为不同的表达组 | TransTEx是一种新颖的组织特异性评分方法，能够将转录本分为四个表达组，并应用于GTEx mRNA-seq数据，揭示了组织特异性转录本的分布和影响因素 | NA | 开发一种新的方法来分析组织特异性基因表达，特别是在转录本水平上 | 人类转录组和组织特异性基因表达 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | 文本 | 199,166个人类转录本 | NA | NA | NA | NA |
| 5011 | 2024-09-13 |
Targeting Ribosome Biogenesis as a Novel Therapeutic Approach to Overcome EMT-related Chemoresistance in Breast Cancer
2024-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.28.546927
PMID:37425795
|
研究论文 | 本研究利用Tri-PyMT EMT谱系追踪模型和单细胞RNA测序技术，分析了肿瘤细胞在EMT和MET过程中的状态，发现核糖体生物合成在EMT和MET过程中显著上调，并通过抑制RiBi途径来克服乳腺癌化疗耐药性 | 首次揭示了核糖体生物合成在EMT和MET过程中的关键作用，并提出通过抑制RiBi途径来克服乳腺癌化疗耐药性的新策略 | NA | 探讨EMT和MET过程中核糖体生物合成的变化及其在乳腺癌化疗耐药性中的作用 | 乳腺癌细胞在EMT和MET过程中的核糖体生物合成 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5012 | 2024-09-13 |
Machine learning and single-cell transcriptome profiling reveal regulation of fibroblast activation through THBS2/TGFβ1/P-Smad2/3 signalling pathway in hypertrophic scar
2024-Mar, International wound journal
IF:2.6Q1
DOI:10.1111/iwj.14481
PMID:37986676
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序和机器学习方法，揭示了肥厚性瘢痕中纤维母细胞激活的调控机制 | 首次通过单细胞转录组测序和多种机器学习算法，识别出与肥厚性瘢痕相关的关键基因模块，并建立了基于卷积神经网络的诊断和预测模型 | 研究样本量较小，且仅限于皮肤样本，未来需扩大样本量和研究范围以验证结果的普适性 | 揭示肥厚性瘢痕形成机制，并开发新的诊断和治疗标志物 | 肥厚性瘢痕中的纤维母细胞及其相关基因 | 机器学习 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | 卷积神经网络 | 基因表达数据 | 正常皮肤和肥厚性瘢痕样本 | NA | NA | NA | NA |
| 5013 | 2024-09-11 |
SLC2A1 boosts the resistance of non-small cell lung cancer to taxanes by stimulating the formation of EPCAM+ cancer stem-like cells via glycolysis
2024-Nov, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2024.102082
PMID:39126936
|
研究论文 | 研究SLC2A1通过激活糖酵解促进EPCAM+癌症干细胞样细胞的形成，从而增强非小细胞肺癌对紫杉烷类药物的耐药性 | 揭示了SLC2A1在非小细胞肺癌中通过激活糖酵解促进癌症干细胞样细胞形成的新机制 | 研究主要基于体外实验和数据分析，缺乏体内实验验证 | 探讨SLC2A1在非小细胞肺癌对紫杉烷类药物耐药性中的作用机制 | 非小细胞肺癌细胞、SLC2A1表达、癌症干细胞样细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 流式细胞术、代谢组学、单细胞测序、细胞通讯分析 | NA | 细胞 | 涉及多个数据集和内部收集的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 5014 | 2024-09-11 |
GTF2H5 Identified as a crucial synthetic lethal target to counteract chemoresistance in colorectal cancer
2024-Nov, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2024.102097
PMID:39173480
|
研究论文 | 本文研究了合成致死基因GTF2H5在结直肠癌化疗耐药中的作用，并探讨了其在克服化疗耐药中的潜在治疗靶点 | 首次识别GTF2H5为结直肠癌化疗耐药的关键合成致死靶点 | 实验验证仅初步，需进一步深入研究GTF2H5在化疗耐药中的具体机制 | 探讨合成致死基因在结直肠癌化疗耐药中的作用，寻找新的治疗靶点 | 结直肠癌患者及其化疗耐药相关基因 | 癌症研究 | 结直肠癌 | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 来自UCSC和GEO数据库的结直肠癌患者数据，以及来自Tumor Immunology Single Cell Center数据库的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 5015 | 2024-09-11 |
6-Phosphogluconate dehydrogenase promotes glycolysis and fatty acid synthesis by inhibiting the AMPK pathway in lung adenocarcinoma cells
2024-Oct-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.217177
PMID:39179096
|
研究论文 | 研究探讨了6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶（PGD）在肺腺癌（LUAD）细胞中的作用及其机制 | 首次揭示了IQGAP1是PGD的新型相互作用蛋白，并阐明了PGD通过竞争性结合IQGAP1的IQ域来降低p-AMPK水平，从而促进糖酵解和脂肪酸合成的机制 | NA | 探讨PGD在肺腺癌中的功能及其分子机制 | 肺腺癌细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序、免疫沉淀-质谱（IP-MS） | NA | 组织微阵列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5016 | 2024-09-11 |
Up-regulated DSG2 promotes tumor growth and reduces immune infiltration in cervical cancer
2024-Oct, Pathology, research and practice
DOI:10.1016/j.prp.2024.155554
PMID:39226803
|
研究论文 | 本文探讨了DSG2在宫颈癌中的功能机制及其对肿瘤生长和免疫浸润的影响 | 首次全面探索DSG2在宫颈癌中的功能机制，发现其上调与不良预后和免疫细胞浸润减少相关 | 实验主要在体外进行，缺乏体内实验验证 | 探究DSG2在宫颈癌中的功能机制及其对肿瘤生长和免疫浸润的影响 | DSG2在宫颈癌中的表达、预后、基因突变及潜在信号通路 | NA | 宫颈癌 | qRT-PCR, 蛋白质印迹, scRNA-seq | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 收集的宫颈癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 5017 | 2024-09-11 |
Human RP105 monoclonal antibody enhances antigen-specific antibody production in unique culture conditions
2024-Sep-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110649
PMID:39246445
|
研究论文 | 研究了在特定培养条件下，人RP105单克隆抗体增强抗原特异性抗体产生的能力 | 建立了新的培养条件，使得人B细胞在ɑhRP105的作用下被强烈激活，并成功检测到针对血型碳水化合物、ɑGal和SARS-CoV-2的特异性抗体产生 | 研究主要集中在体外培养条件下，尚未在临床环境中验证其效果 | 探讨人RP105单克隆抗体在特定条件下激活B细胞并促进抗体产生的能力 | 人B细胞、RP105单克隆抗体、CpGDNA | NA | 移植排斥、自身免疫疾病 | 液相色谱-电喷雾电离串联质谱、单细胞RNA测序、定量实时PCR | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5018 | 2024-09-11 |
DeepKINET: a deep generative model for estimating single-cell RNA splicing and degradation rates
2024-Sep-06, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03367-8
PMID:39237934
|
研究论文 | 提出了一种名为DeepKINET的深度生成模型，用于估计单细胞RNA剪接和降解速率 | DeepKINET能够在单细胞分辨率下估计剪接和降解速率，并优于现有的方法 | NA | 研究RNA剪接和降解速率在单细胞水平上的变化及其对基因表达调控的影响 | 单细胞RNA剪接和降解速率 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 深度生成模型 | RNA-seq数据 | 包括前脑和乳腺癌数据，以及红系细胞中的剪接因子突变数据 | NA | NA | NA | NA |
| 5019 | 2024-09-11 |
Single-cell RNA sequencing explored potential therapeutic targets by revealing the tumor microenvironment of neuroblastoma and its expression in cell death
2024-Sep-05, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01286-5
PMID:39235657
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示神经母细胞瘤的肿瘤微环境及其在细胞死亡中的表达，探索潜在的治疗靶点 | 首次通过单细胞RNA测序技术全面研究神经母细胞瘤，并分析了新的细胞死亡途径cuproptosis，以寻找新的临床治疗靶点 | NA | 通过单细胞RNA测序和cuproptosis分析，揭示神经母细胞瘤的肿瘤微环境，寻找新的治疗靶点 | 神经母细胞瘤及其肿瘤微环境中的神经内分泌细胞 | 数字病理学 | 儿童肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自神经母细胞瘤患者的细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 5020 | 2024-09-11 |
A Bayesian framework for inferring dynamic intercellular interactions from time-series single-cell data
2024-Sep-05, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279126.124
PMID:39237300
|
研究论文 | 本文介绍了一种贝叶斯框架DIISCO，用于从时间序列单细胞RNA测序数据中推断动态细胞间相互作用 | DIISCO框架利用结构化高斯过程回归来揭示不同细胞类型之间的时序相互作用，并结合受体-配体复合物的先验知识 | NA | 研究细胞间通信及其随时间的变化，以理解正常发育、疾病进展和治疗反应等生物过程的协调 | 细胞间相互作用及其时间动态 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯框架 | 时间序列数据 | 包括来自T细胞与淋巴瘤细胞共培养的新数据 | NA | NA | NA | NA |