单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 7460 篇文献，本页显示第 4981 - 5000 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4981 | 2024-08-07 |
Identifying an immunosenescence-associated gene signature in gastric cancer by integrating bulk and single-cell sequencing data
2024-07-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-68054-x
PMID:39048596
|
研究论文 | 本研究通过整合大量和单细胞测序数据，在胃癌中识别与免疫衰老相关的基因特征，用于胃癌的分层 | 首次在胃癌中识别出与免疫衰老相关的基因特征，并验证了其对预后和治疗反应的预测能力 | NA | 开发基于免疫衰老的基因特征，用于胃癌的分层和治疗选择 | 胃癌患者的免疫衰老特征及其对预后和治疗反应的影响 | 数字病理学 | 胃癌 | 测序技术 | 随机森林算法，多元Cox算法 | 转录组数据，单细胞数据 | 训练集为TCGA-STAD队列，验证集为Gene Expression Omnibus数据库中的两个独立队列，以及复旦队列 | NA | NA | NA | NA |
| 4982 | 2024-08-07 |
Comprehensive analysis of endoplasmic reticulum stress related signature in head and neck squamous carcinoma
2024-07-23, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-65090-5
PMID:39043683
|
研究论文 | 本研究旨在探讨内质网应激（ERS）在头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中的预测价值及其与肿瘤微环境（TME）的相关性 | 本研究开发了一个由三个基因（ATF6, TRIB3, UBXN6）组成的ERS相关签名，具有预测HNSC患者预后和免疫治疗反应的价值 | NA | 研究ERS在HNSC中的预测价值及其与TME的相关性 | 头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中的内质网应激（ERS）相关基因及其与肿瘤微环境的关系 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | RT-qPCR, 蛋白质印迹, 单细胞RNA测序 | NA | mRNA, 单细胞RNA测序数据 | 基于TCGA和GEO数据库的数据进行分析 | NA | NA | NA | NA |
| 4983 | 2024-08-07 |
Tumor necrosis factor receptor 2 promotes endothelial cell-mediated suppression of CD8+ T cells through tuning glycolysis in chemoresistance of breast cancer
2024-Jul-20, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05472-5
PMID:39033271
|
研究论文 | 本研究探讨了肿瘤坏死因子受体2（TNFR2）在三阴性乳腺癌（TNBC）化疗中通过调节糖酵解促进内皮细胞抑制CD8+ T细胞的作用。 | 首次揭示了TNFR2在TNBC化疗中通过调节内皮细胞的糖酵解活性来抑制CD8+ T细胞的机制。 | 研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序数据，需要在人体中进一步验证。 | 揭示内皮细胞在TNBC化疗中对CD8+ T细胞的抑制作用及其机制。 | 三阴性乳腺癌患者接受紫杉醇治疗后的内皮细胞和CD8+ T细胞。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 涉及TNBC患者的内皮细胞和CD8+ T细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 4984 | 2024-08-07 |
Targeting MMP9 in CTNNB1 mutant hepatocellular carcinoma restores CD8+ T cell-mediated antitumour immunity and improves anti-PD-1 efficacy
2024-05-10, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-331342
PMID:38123979
|
研究论文 | 本文研究了CTNNB1功能获得性突变（CTNNB1 GOF）在肝细胞癌（HCC）中导致的免疫逃逸机制，并提出了一种新的治疗策略以增强HCC中抗PD-1疗法的疗效 | 发现MMP9在CTNNB1 GOF HCC中的显著上调，并通过抑制CD8+ T细胞的浸润和细胞毒性，驱动抑制性肿瘤免疫微环境（TIME）和抗PD-1抵抗 | NA | 探究CTNNB1 GOF HCC介导的免疫逃逸机制，并提出新的治疗策略以增强抗PD-1疗法的疗效 | CTNNB1 GOF HCC中的免疫逃逸机制及MMP9的作用 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | RNA测序、单细胞RNA测序、蛋白质组学 | NA | RNA序列、蛋白质 | 使用了体外共培养系统、小鼠皮下或原位模型、条件性基因敲除小鼠的自发肿瘤模型 | NA | NA | NA | NA |
| 4985 | 2024-08-07 |
Feature selection followed by a novel residuals-based normalization simplifies and improves single-cell gene expression analysis
2024-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.02.530891
PMID:38328133
|
研究论文 | 本文提出了一种改进的单细胞RNA测序数据分析流程，包括先进行特征选择再进行基于残差的归一化方法 | 提出了一种新的基于残差的归一化方法和先特征选择后归一化的流程，显著改善了下游聚类分析 | NA | 改进单细胞RNA测序数据的分析流程 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 生物已知和模拟的计数数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 4986 | 2024-08-07 |
Preprocessing of Single Cell RNA Sequencing Data Using Correlated Clustering and Projection
2024-04-08, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.3c00674
PMID:37402705
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Correlated Clustering and Projection (CCP)的新型数据域降维方法，用于单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据的预处理 | 首次提出CCP方法，将每个相似基因簇投影到一个超基因中，该超基因定义为所有细胞中成对非线性基因-基因相关性的累积。此外，引入了Residue-Similarity指数(RSI)作为新的聚类和分类度量，以及R-S图作为新的可视化工具 | NA | 改进单细胞RNA测序数据的分析，特别是解决数据稀疏性和大量基因带来的挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 14个基准数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 4987 | 2024-08-07 |
Spatial transcriptomics reveals a low extent of transcriptionally active hepatitis B virus integration in patients with HBsAg loss
2024-04-05, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-330577
PMID:37968095
|
研究论文 | 本研究通过构建高分辨率的空间转录组，分析了慢性乙型肝炎病毒（HBV）感染患者，特别是HBsAg丢失患者中，转录活性HBV整合事件的发生和相对分布 | 首次通过空间转录组学方法，研究了不同阶段慢性HBV感染患者中转录活性HBV整合事件的分布，特别是HBsAg丢失患者 | 研究样本量较小，仅包括18名患者，可能影响结果的普遍性 | 探索慢性HBV感染不同阶段，特别是HBsAg丢失患者中，转录活性HBV整合事件在肝脏组织中的分布 | 慢性HBV感染患者的肝脏组织 | 数字病理学 | 肝炎 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 18名慢性HBV感染患者的肝脏活检样本，包含13,059个组织点 | NA | NA | NA | NA |
| 4988 | 2024-08-07 |
General Capillary Endothelial Cells Undergo Reprogramming into Arterial Endothelial Cells in Pulmonary Hypertension through HIF-2α/Notch4 Pathway
2024-Mar-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.13.580227
PMID:38464011
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、空间转录组学分析、RNASCOPE和免疫染色分析，揭示了肺动脉高压（PAH）中肺毛细血管内皮细胞（ECs）向动脉内皮细胞的转变过程，并确定了HIF-2α/Notch4通路在此过程中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序和遗传操作证明了肺毛细血管内皮细胞在肺动脉高压发展过程中向动脉内皮细胞的转变，并揭示了HIF-2α/Notch4通路在此过程中的关键作用 | NA | 探究肺动脉高压中肺毛细血管内皮细胞向动脉内皮细胞转变的机制 | 肺动脉高压患者的肺毛细血管内皮细胞和动脉内皮细胞 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序，空间转录组学分析，RNASCOPE，免疫染色 | NA | RNA序列 | 人类PAH患者和肺动脉高压（PH）小鼠的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 4989 | 2024-08-07 |
Evaluating batch correction methods for image-based cell profiling
2024-Feb-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.15.558001
PMID:37745478
|
研究论文 | 本文评估了七种高表现单细胞RNA测序批次校正技术在图像细胞分析中的应用效果 | 提出了一个评估框架和指标，用于未来评估新的批次校正方法 | 仅限于使用Cell Painting数据集进行评估 | 解决图像细胞分析数据集成和解释中的批次效应问题 | 七种不同的批次校正技术在图像细胞分析中的表现 | 计算机视觉 | NA | scRNA-seq | 混合模型 | 图像 | 使用的是最大的公开可访问图像数据集Cell Painting | NA | NA | NA | NA |
| 4990 | 2024-08-07 |
Exploring myometrial microenvironment changes at the single-cell level from nonpregnant to term pregnant states
2024-Jan-01, Physiological genomics
IF:2.5Q2
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和空间转录组学（ST）技术，构建了非妊娠（NP）和足月妊娠（TP）状态下人类子宫肌层单个细胞的转录组图谱 | 首次在单细胞水平上探索了人类子宫肌层从非妊娠到足月妊娠状态的微环境变化 | NA | 研究妊娠期间子宫肌层微环境和细胞群的特定变化 | 人类子宫肌层在非妊娠和足月妊娠状态下的单细胞水平变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和空间转录组学（ST） | NA | 转录组数据 | 12个人类子宫肌层组织中的87,845个高质量单个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 4991 | 2024-08-07 |
Elucidating T cell dynamics and molecular mechanisms in syngeneic and allogeneic islet transplantation through single-cell RNA sequencing
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1429205
PMID:39100662
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了同种异体和异种胰岛移植中T细胞动态和分子机制 | 揭示了同种异体和异种胰岛移植中T细胞亚群的基因变异和分子差异，以及细胞间通信模式的复杂性 | NA | 阐明胰岛移植中T细胞动态和分子机制，以增强移植物接受度和更有效地管理糖尿病治疗 | 同种异体和异种胰岛移植中的T细胞亚群及其基因表达差异 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | t-SNE | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 4992 | 2024-08-07 |
Integrated-omics profiling unveils the disparities of host defense to ECM scaffolds during wound healing in aged individuals
2024-Dec, Biomaterials
IF:12.8Q1
|
研究论文 | 本文通过综合分析单细胞RNA测序和空间转录组学，探讨了ECM支架在老年个体伤口愈合中的差异性表现及其机制 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了老年小鼠中ECM支架周围六种功能和空间上独特的巨噬细胞和淋巴细胞群 | NA | 探索年龄相关差异背后的机制，并为未来针对老年个体的精准生物材料开发提供依据 | ECM支架在老年个体伤口愈合中的表现及其机制 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq），空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 老年小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 4993 | 2024-08-07 |
FLT3+ DC inhibits immune rejection via interaction with Treg in liver transplantation
2024-Aug-20, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.112289
PMID:38889505
|
研究论文 | 研究探讨了FLT3+ DC在肝脏移植中通过与Treg相互作用抑制免疫排斥的作用 | 首次揭示了FLT3DCs与调节性T细胞（Tregs）在肝脏移植中的关系，并提出FLT3DCs可能成为减轻肝脏移植免疫排斥的新靶点 | NA | 研究FLT3DCs在肝脏移植中的免疫调节作用 | FLT3+ DCs和调节性T细胞（Tregs） | NA | 肝脏移植 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 包括肝脏移植患者的外周血样本和肝脏组织，以及肝脏移植小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 4994 | 2024-08-07 |
Akt is a mediator of artery specification during zebrafish development
2024-Aug-05, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.202727
PMID:39101673
|
研究论文 | 本文研究了蛋白激酶B（Akt）在斑马鱼发育过程中对背主动脉（DA）形成的作用 | 揭示了Akt激酶在动脉内皮细胞中作为Notch信号通路上游的作用，并参与正确胚胎动脉的形成 | NA | 探究Akt在斑马鱼胚胎心血管系统中对背主动脉形成的作用 | 斑马鱼胚胎的背主动脉形成过程 | NA | 先天性畸形 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | 四重突变体（aktΔ/Δ）中的akt 1, 2, 3a, 和 3b基因表达和活性显著降低的斑马鱼胚胎 | NA | NA | NA | NA |
| 4995 | 2024-08-07 |
Exploring prognostic DNA methylation genes in bladder cancer: a comprehensive analysis
2024-Aug-02, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01206-7
PMID:39095590
|
研究论文 | 本研究旨在探讨膀胱癌中具有预后DNA甲基化位点的基因状态 | 利用多种机器学习算法筛选关键基因，并构建Nomogram模型进行预后评估和药物敏感性分析 | NA | 探索膀胱癌中预后DNA甲基化基因，为预后评估和药物选择提供参考 | 膀胱癌中的DNA甲基化基因 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 甲基化测序 | Nomogram | 基因组数据 | 来自公共数据库的膀胱癌bulk转录组测序数据、甲基化数据和单细胞测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 4996 | 2024-08-07 |
Single-cell tumor heterogeneity landscape of hepatocellular carcinoma: unraveling the pro-metastatic subtype and its interaction loop with fibroblasts
2024-Aug-02, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-024-02062-3
PMID:39095854
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了肝细胞癌（HCC）恶性细胞的异质性景观，并识别了促进转移的亚型及其与成纤维细胞的相互作用 | 首次建立了HCC恶性细胞的异质性景观，并识别了三种不同的肿瘤细胞亚型，包括促进转移的亚型，以及该亚型与成纤维细胞之间的正反馈循环 | NA | 揭示肝细胞癌肿瘤细胞的异质性及其对肿瘤进展和转移的机制 | 肝细胞癌（HCC）的肿瘤细胞异质性 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | RNA测序数据 | 52个单细胞RNA测序数据和5个空间转录组学数据 | NA | NA | NA | NA |
| 4997 | 2024-08-07 |
Refining the optimal CAF cluster marker for predicting TME-dependent survival expectancy and treatment benefits in NSCLC patients
2024-07-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-55375-0
PMID:39034310
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据，系统筛选多个数据库，以确定在非小细胞肺癌中区分癌症相关成纤维细胞（CAFs）的最强标记，特别是用于早期诊断、分期和治疗反应评估 | 首次揭示了CAF标记簇在区分不同肿瘤微环境（TME）组中的独特作用，并确定COL1A1为最有效的CAF标记 | 研究主要集中在CAFs的异质性和不同成纤维细胞标记在各种样本分析中的使用，这可能导致临床应用中的混淆和障碍 | 旨在确定用于预测TME依赖性生存预期和治疗效益的最佳CAF集群标记 | 非小细胞肺癌患者的肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 4998 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome sequencing reveals SPP1-CD44-mediated macrophage-tumor cell interactions drive chemoresistance in TNBC
2024-Jul, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18525
PMID:38982317
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了三阴性乳腺癌（TNBC）中化疗耐药的机制 | 首次揭示了SPP1-CD44介导的巨噬细胞与肿瘤细胞相互作用在TNBC化疗耐药中的作用 | 研究样本量较小，仅包括五个化疗敏感和五个耐药的TNBC患者 | 探究三阴性乳腺癌化疗耐药的分子机制 | 三阴性乳腺癌患者的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 10个TNBC患者样本（5个化疗敏感和5个耐药） | NA | NA | NA | NA |
| 4999 | 2024-08-07 |
Studying temporal dynamics of single cells: expression, lineage and regulatory networks
2024-Feb, Biophysical reviews
IF:4.9Q1
DOI:10.1007/s12551-023-01090-5
PMID:38495440
|
综述 | 本文综述了利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，通过计算方法研究细胞分化和细胞命运决定的时空动态 | 总结了轨迹推断（TI）、谱系追踪（LT）和基因调控网络（GRN）推断等不同计算方法的优势和局限 | 讨论了不同方法的局限性 | 探讨多细胞器官从单细胞到不同细胞类型的发育过程 | 研究细胞分化和细胞命运决定 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 5000 | 2024-08-07 |
Advances in single-cell transcriptomics in animal research
2024-Aug-02, Journal of animal science and biotechnology
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s40104-024-01063-y
PMID:39090689
|
综述 | 本文介绍了单细胞转录组技术的发展，并回顾了其在动物研究中的过程、进展和应用 | 单细胞转录组技术为研究动物不同组织/器官的高通量单细胞基因表达提供了有效方法，能够识别细胞类型/亚型及其标记基因，推断细胞命运轨迹，并揭示细胞间的相互作用 | 讨论了单细胞转录组技术在当前阶段的局限性和展望 | 旨在通过单细胞转录组技术深入理解动物营养与健康、生殖性能、遗传学和不同畜种的疾病模型 | 动物研究中的不同组织/器官的单细胞 | 生物技术 | NA | 单细胞转录组技术 | NA | 转录组数据 | 基于大量案例积累的实践经验 | NA | NA | NA | NA |