单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
481	2025-07-12	The generation of stable microvessels in ischemia is mediated by endothelial cell derived TRAIL 2024-10-04, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn8760 PMID:39365855	research paper	本文揭示了内皮细胞衍生的TRAIL在缺血条件下稳定微血管生成中的作用	发现了TRAIL在促进新生血管形成和血管稳定中的新作用，并提出了重新利用TRAIL-R2激动剂治疗缺血性疾病的潜力	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床应用的可行性和安全性需要进一步验证	探究TRAIL在缺血条件下微血管生成和稳定中的作用机制	内皮细胞、周细胞及其相互作用	血管生物学	外周动脉疾病(PAD)	单细胞RNA测序	小鼠缺血模型	基因表达数据	小鼠模型和患者动脉样本
482	2025-07-12	Loss of synovial tissue macrophage homeostasis precedes rheumatoid arthritis clinical onset 2024-09-27, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj1252 PMID:39321281	研究论文	该研究深入探讨了类风湿关节炎（RA）患者、RA风险个体和健康对照者滑膜中的髓系细胞景观	发现了一种表达CD40的CD206CD163巨噬细胞群体在RA炎症滑膜中占主导地位，并揭示了其在疾病活动性和治疗反应中的作用	未明确说明样本量是否足够大以覆盖所有可能的RA亚型	探索RA发病前滑膜组织巨噬细胞的稳态变化及其在疾病发生中的作用	类风湿关节炎患者、RA风险个体和健康对照者的滑膜组织	免疫学	类风湿关节炎	流式细胞术、RNA测序、代谢分析、单细胞RNA测序	NA	细胞数据、基因表达数据	67,908个RA和健康对照的滑膜组织细胞
483	2025-07-12	Skewed epithelial cell differentiation and premature aging of the thymus in the absence of vitamin D signaling 2024-09-27, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adm9582 PMID:39321290	研究论文	本文研究了维生素D信号缺失对胸腺上皮细胞分化和胸腺早衰的影响	揭示了维生素D信号在维持胸腺上皮细胞正常分化和功能以及延缓胸腺衰老中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究维生素D信号对胸腺上皮细胞分化和胸腺功能的影响	Cyp27b1基因敲除小鼠的胸腺上皮细胞	免疫学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
484	2025-07-12	A Paradoxical Tumor Antigen Specific Response in the Liver 2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.19.614002 PMID:39372792	研究论文	本研究探讨了肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的反应及其在抗肿瘤免疫中的作用	揭示了肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的高频率但功能耗竭的现象，并发现了SPP1+巨噬细胞与CD8+ T细胞的相互作用在肝脏纤维化区域中的富集	研究主要基于小鼠模型和有限的临床样本，可能无法完全反映人类疾病的全貌	探究肝脏中肿瘤特异性CD8+ T细胞的功能及其对免疫检查点抑制剂治疗的影响	小鼠肿瘤模型和患者的肝脏转移瘤及原发性结肠癌	肿瘤免疫学	结肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质组学CODEX、高维多组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质组数据	小鼠肿瘤模型和患者样本（具体数量未提及）
485	2025-07-12	Origin, structure, and composition of the spider major ampullate silk fiber revealed by genomics, proteomics, and single-cell and spatial transcriptomics 2024-08-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn0597 PMID:39141739	研究论文	通过基因组学、蛋白质组学、单细胞和空间转录组学揭示了蜘蛛主要壶腹丝纤维的起源、结构和组成	鉴定了18种构成蜘蛛最强丝纤维的蛋白质，并揭示了腺体分泌上皮的六种细胞类型及其在三个不同腺体区域中的分布	NA	理解蜘蛛丝纤维的生物加工过程和组成	蜘蛛主要壶腹丝纤维	生物材料	NA	基因组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因组数据、蛋白质组数据、转录组数据、图像数据	NA
486	2025-07-12	Nanos2 marks precursors of somatic lineages and is required for germline formation in the sea anemone Nematostella vectensis 2024-08-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ado0424 PMID:39151009	研究论文	本研究通过转基因报告基因和单细胞转录组学技术，在海葵中鉴定出表达生殖系相关标记的细胞群体，并发现Nanos2对生殖系形成不可或缺	揭示了Nanos2在刺胞动物体细胞和生殖系干细胞中的保守作用，为刺胞动物干细胞系统的共同进化起源提供了证据	研究仅针对海葵Nematostella vectensis，未涵盖其他刺胞动物物种	表征刺胞动物中保守的干细胞标记基因	海葵Nematostella vectensis	发育生物学	NA	转基因报告基因、单细胞转录组学、基因敲除	NA	基因表达数据	NA
487	2025-07-12	RAS/RAF landscape in monoclonal plasma cell conditions 2024-07-11, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023022295 PMID:38643494	research paper	该研究分析了超过10,000名不同浆细胞疾病患者的RAS/RAF通路突变情况，揭示了其在多发性骨髓瘤中的分子异质性	首次在大规模浆细胞疾病患者队列中描述了RAS/RAF突变景观，并通过单细胞测序证实突变主要发生在不同亚克隆中	研究主要基于诊断或复发时的突变情况，对疾病进展过程中的动态变化缺乏长期追踪	阐明浆细胞疾病中RAS/RAF通路的突变特征及其临床意义	10,000多名不同浆细胞疾病患者	肿瘤基因组学	多发性骨髓瘤	NGS, 单细胞测序	NA	基因组测序数据	>10,000例患者（包括29例进行单细胞测序）
488	2025-07-12	Exploring the immune landscape and drug prediction of an M2 tumor-associated macrophage-related gene signature in EGFR-negative lung adenocarcinoma 2024-07, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.15375 PMID:38886907	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了一个基于M2型肿瘤相关巨噬细胞的预后特征，以揭示EGFR阴性肺腺癌的免疫景观并筛选药物	构建了一个基于M2-TAM的预后特征，探索了EGFR阴性LUAD的免疫景观，并预测患者对免疫治疗的反应	研究仅基于RNA测序数据，未考虑其他可能的分子机制	提高EGFR阴性肺腺癌患者的免疫治疗效果	EGFR阴性肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	LASSO回归分析	RNA测序数据	NA
489	2025-07-12	Unleashed monocytic engagement in Sézary syndrome during the combination of anti-CCR4 antibody with type I interferon 2024-05-28, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2023010043 PMID:38489234	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析和高通量T细胞受体测序，揭示了Sézary综合征（SS）中恶性CD4+ T细胞的免疫学转变及其与单细胞功能失调的关系	发现I型干扰素与抗CCR4抗体联合使用可激活单细胞吞噬作用并清除Sézary细胞，为SS治疗提供了新的靶向联合疗法	研究主要基于体外实验和小规模患者数据，需要更大规模的临床试验验证	探索Sézary综合征的发病机制及优化治疗方案	恶性CD4+ T细胞和功能失调的单细胞	免疫学	Sézary综合征	单细胞转录组分析, 高通量T细胞受体测序	NA	转录组数据, 临床数据	未明确说明患者数量
490	2025-07-11	Single-cell analysis with childhood and adult systemic lupus erythematosus 2024-12, Autoimmunity IF:3.3Q3 DOI:10.1080/08916934.2023.2281228 PMID:38347676	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析儿童和成人系统性红斑狼疮(SLE)患者的外周血单个核细胞(PBMCs)组成和转录特征，揭示了两者之间的差异和潜在的治疗靶点	首次在单细胞水平比较儿童和成人SLE患者的PBMC组成和转录特征，并鉴定出潜在的治疗靶点	样本量可能有限，且未进行功能验证实验	探究儿童和成人SLE患者在PBMC组成和转录特征上的差异	儿童和成人SLE患者及健康对照者的PBMCs	单细胞组学	系统性红斑狼疮	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	儿童和成人SLE患者及匹配的健康供体
491	2025-07-11	Understanding disease-associated metabolic changes in human colon epithelial cells using i ColonEpithelium metabolic reconstruction 2024-Oct-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.22.619644 PMID:39484551	研究论文	本研究通过构建首个结肠上皮细胞特异性基因组尺度代谢模型iColonEpithelium，揭示了与炎症性肠病相关的代谢变化	首次构建了人类结肠上皮细胞的特异性基因组尺度代谢模型iColonEpithelium，并整合单细胞RNA测序数据预测疾病相关代谢特征	模型预测结果需要进一步实验验证，且目前仅关注结肠上皮细胞，未全面考虑其他细胞类型的影响	解析人类结肠上皮细胞的代谢活动及其在疾病状态下的变化	人类结肠上皮细胞及其在炎症性肠病(克罗恩病和溃疡性结肠炎)中的代谢特征	系统生物学	炎症性肠病(包括克罗恩病和溃疡性结肠炎)	基因组尺度代谢模型(GEM)、单细胞RNA测序	iColonEpithelium代谢网络模型	基因组数据、转录组数据	NA
492	2025-07-11	Metabolic coordination between skin epithelium and type 17 immunity sustains chronic skin inflammation 2024-07-09, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.04.022 PMID:38772365	研究论文	本研究探讨了皮肤炎症中上皮细胞与17型免疫之间的代谢协调机制	揭示了HIF1α在IL-17信号下游驱动银屑病上皮重塑的作用，并发现糖酵解自主促进上皮病理和乳酸产生，进而增强γδ T17细胞反应	研究主要基于小鼠模型和体外人类银屑病病变，可能不完全反映人类体内复杂情况	探究炎症性上皮疾病中免疫和上皮细胞如何同时维持其高度代谢需求	皮肤上皮细胞和17型免疫细胞	免疫代谢	银屑病	单细胞转录组学、空间转录组学(ST)、免疫荧光	小鼠皮肤炎症模型	转录组数据、图像数据	未明确说明具体样本数量，涉及人类银屑病病变和小鼠模型
493	2025-07-11	Transcriptomic Approaches to Cardiomyocyte-Biomaterial Interactions: A Review 2024-Jul-08, ACS biomaterials science & engineering IF:5.4Q2 DOI:10.1021/acsbiomaterials.4c00303 PMID:38934720	review	本文综述了转录组学方法在心肌细胞与生物材料相互作用研究中的应用及其在心脏生物工程和再生医学中的重要性	强调了转录组学方法在揭示心肌细胞与生物材料相互作用中的基因表达模式、调控通路和细胞过程方面的创新应用	存在成本高、细胞尺寸限制、样本差异和分析过程复杂等挑战	探讨转录组学方法在心肌细胞与生物材料相互作用研究中的应用，以促进心脏健康和疾病治疗	心肌细胞与生物材料的相互作用	再生医学	心血管疾病	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, single-nucleus RNA-seq, spatial transcriptomics	NA	转录组数据	NA
494	2025-07-11	SpotSweeper: spatially-aware quality control for spatial transcriptomics 2024-Jun-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.06.597765 PMID:38895212	research paper	本文介绍了SpotSweeper，一种用于空间转录组学数据的空间感知质量控制方法	SpotSweeper能够识别局部异常值和区域伪影，减少生物异质性带来的偏差，并改进下游聚类和标记基因检测	目前尚无针对SRT特有的组织学伪影的识别方法	开发适用于空间转录组学数据的质量控制方法	空间转录组学数据	digital pathology	NA	spatially-resolved transcriptomics (SRT), single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq)	NA	spatial transcriptomics data	公开可用的Visium数据
495	2025-07-11	Dynamic Transcriptional Programs During Single NK Cell Killing: Connecting Form to Function in Cellular Immunotherapy 2024-Jun, Cellular and molecular bioengineering IF:2.3Q3 DOI:10.1007/s12195-024-00812-3 PMID:39050513	研究论文	该研究通过结合单细胞RNA测序和活细胞成像技术，探索了自然杀伤（NK）细胞在杀伤过程中的动态转录程序	首次将单细胞RNA测序与活细胞成像技术结合，用于研究NK细胞杀伤功能与转录因子活性的关系	研究仅使用了NK-92细胞系和HeLa宫颈癌细胞系作为模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探索NK细胞杀伤功能与细胞内信号传导的关系，以改进基于NK细胞的免疫治疗方法	NK-92细胞系和HeLa宫颈癌细胞系	细胞免疫治疗	宫颈癌	单细胞RNA测序（10× Genomics平台）、活细胞成像、ViPER和DoRothEA R包分析	NA	转录组数据、显微成像数据	NK-92细胞系与HeLa细胞的共培养系统
496	2025-07-11	Single-cell RNA sequencing reveals aberrant sphingolipid metabolism in non-small cell lung cancer impacts tumor-associated macrophages and stimulates angiogenesis via macrophage inhibitory factor signaling 2024-05, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.15283 PMID:38587042	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，揭示了非小细胞肺癌中鞘脂代谢异常如何影响肿瘤相关巨噬细胞并通过巨噬细胞抑制因子信号刺激血管生成	首次整合批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，全面分析肿瘤微环境中鞘脂代谢的作用，并识别出关键的MIF-CD74配体-受体对	研究主要基于公开数据集，缺乏实验验证	探究鞘脂代谢在非小细胞肺癌肿瘤微环境中的作用及其对巨噬细胞极化和血管生成的影响	非小细胞肺癌组织及肿瘤微环境中的巨噬细胞	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq)	NA	RNA测序数据	多个公开scRNA-seq数据集（具体数量未说明）
497	2025-07-11	Immune cell-related prognostic risk model and tumor immune environment modulation in esophageal carcinoma based on single-cell and bulk RNA sequencing 2024-05, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.15301 PMID:38587029	研究论文	本研究利用单细胞和批量RNA测序技术，探讨了食管癌中免疫细胞的作用及其对肿瘤微环境的影响，并构建了一个基于免疫细胞的预后风险模型	首次在单细胞水平上构建食管癌的独立预后模型，并深入分析了免疫浸润和免疫检查点表达的差异	当前生物标志物不足以完全捕捉肿瘤免疫微环境的复杂性和多样性	探索食管癌中免疫细胞的组成、功能及其对患者预后的影响	食管癌患者的免疫细胞和肿瘤微环境	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序	预后风险模型	RNA测序数据	NA
498	2025-07-11	Single-cell sequencing reveals the immune landscape of breast cancer patients with brain metastasis 2024-03, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.15243 PMID:38316626	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析乳腺癌脑转移患者的脑脊液免疫细胞，揭示其免疫微环境景观	首次使用scRNA-seq技术非侵入性地描述乳腺癌脑转移患者的肿瘤免疫微环境，并发现促进和抑制肿瘤免疫功能的基因	研究样本可能有限，且仅分析了脑脊液中的免疫细胞，未涵盖其他可能的免疫微环境组成部分	揭示乳腺癌脑转移患者的免疫微环境特征，以指导免疫治疗	乳腺癌脑转移患者的脑脊液免疫细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	乳腺癌脑转移患者的脑脊液样本
499	2024-08-07	Single-cell RNA-seq reveals the links between the metabolic heterogeneity and cell identity in NBM and AML 2024-03, British journal of haematology IF:5.1Q1 DOI:10.1111/bjh.19233 PMID:38009537	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
500	2025-07-11	Single-cell RNA sequencing reveals immune microenvironment of small cell lung cancer-associated malignant pleural effusion 2024-01, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.15145 PMID:38010064	研究论文	利用单细胞RNA测序技术揭示小细胞肺癌相关恶性胸腔积液的肿瘤免疫微环境特征	首次在恶性胸腔积液背景下应用单细胞RNA测序技术分析小细胞肺癌的免疫微环境	样本量较小（仅1例患者），未进行功能验证实验	解析小细胞肺癌恶性胸腔积液的免疫微环境特征	小细胞肺癌患者的恶性胸腔积液样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（10x Genomics）	NA	单细胞转录组数据	8008个高质量细胞（来自1例患者）