单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7460 篇文献，本页显示第 4921 - 4940 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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| 4921 | 2024-08-10 |
scMaui: a widely applicable deep learning framework for single-cell multiomics integration in the presence of batch effects and missing data
2024-Aug-06, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05880-w
PMID:39107690
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scMaui的新型单细胞多组学整合模型，基于变分乘积专家自动编码器和对抗学习，能有效处理批次效应和缺失数据 | scMaui通过乘积专家方法计算多个边缘分布的联合表示，特别适用于处理组学数据中的缺失值，并能克服先前基于VAE整合方法在批次效应校正和适用分析方法上的限制 | NA | 开发一种能有效整合单细胞多组学数据并处理批次效应和缺失数据的计算模型 | 单细胞多组学数据 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 变分自动编码器（VAE） | 单细胞测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4922 | 2024-08-10 |
Insights into immune microenvironment and therapeutic targeting in androgen-associated prostate cancer subtypes
2024-08-04, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-68863-0
PMID:39098988
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研究论文 | 本研究通过共识聚类分析基于雄激素反应基因的表达谱，将TCGA数据库中的前列腺癌患者分为C1和C2两个亚型，并探讨了各亚型的免疫浸润差异、突变景观和基因功能通路，以及潜在的治疗靶点 | 本研究通过整合生物信息学方法和机器学习技术，识别了BIRC5、CENPA和MMP11等关键基因作为潜在的治疗靶点，并进行了单细胞转录组分析和虚拟筛选，为个性化治疗策略提供了新见解 | NA | 深入理解前列腺癌生物学特性，为个性化治疗干预和更有效的治疗方法提供依据 | 前列腺癌患者及其雄激素反应基因表达模式 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 共识聚类分析、机器学习技术、单细胞转录组分析、虚拟筛选 | NA | 基因表达数据 | TCGA数据库中的前列腺癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 4923 | 2024-08-10 |
Single-Cell Spatial Transcriptomics Unveils Platelet-Fueled Cycling Macrophages for Kidney Fibrosis
2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308505
PMID:38838052
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研究论文 | 本研究探讨了血小板在肾缺血/再灌注损伤后恢复中的有害作用及其对急性肾损伤向慢性肾病转变的贡献 | 发现了一种新的巨噬细胞亚型“cycling M2”，该亚型在损伤肾脏的恢复阶段出现，并受血小板衍生的血栓调节蛋白1（THBS1）信号调节，具有促纤维化特性 | NA | 研究血小板在肾脏损伤和修复过程中的具体作用，并探索其作为治疗靶点的潜力 | 血小板、巨噬细胞、肾脏纤维化 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞和空间转录组技术 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 4924 | 2024-08-10 |
Deep Batch Integration and Denoise of Single-Cell RNA-Seq Data
2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308934
PMID:38778573
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DeepBID的新型深度学习方法，用于单细胞RNA测序数据的批次效应校正、非线性降维、嵌入和细胞聚类 | DeepBID利用基于负二项分布的自编码器和双Kullback-Leibler散度损失函数，通过迭代聚类逐步减少批次效应，并在多个批次scRNA-seq数据集上验证了其优于现有工具的批次效应去除和聚类准确性 | NA | 旨在开发一种高效且适用于下游分析的单细胞RNA测序数据集成和去噪方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | scRNA-seq | 自编码器 | 文本 | 多个批次的scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 4925 | 2024-08-10 |
Broadening oncological boundaries: the intratumoral microbiota
2024-Aug, Trends in microbiology
IF:14.0Q1
DOI:10.1016/j.tim.2024.01.007
PMID:38310023
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综述 | 本文综述了肿瘤内微生物群的研究现状，探讨了其在肿瘤发生和发展中的功能机制，并提出了未来研究面临的挑战和综合策略 | 本文利用先进技术如单细胞测序，以及逐步优化的功能实验和基于培养的方法，深入探讨肿瘤内微生物群的潜在机制 | 肿瘤内微生物群的低生物量给相关研究带来了重大挑战 | 探讨肿瘤内微生物群作为多种癌症潜在生物标志物的可能性 | 肿瘤内微生物群及其在肿瘤发生和发展中的作用 | NA | 癌症 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4926 | 2024-08-10 |
GATA2 heterozygosity causes an epigenetic feedback mechanism resulting in myeloid and erythroid dysplasia
2024-Aug, British journal of haematology
IF:5.1Q1
DOI:10.1111/bjh.19585
PMID:38887897
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研究论文 | 本文通过生成带有gata2b杂合突变的斑马鱼模型，研究了GATA2半合子不足对造血的影响，并探讨了其导致的髓系和红细胞发育异常的表观遗传反馈机制。 | 首次通过斑马鱼模型研究GATA2半合子不足对造血的影响，并揭示了表观遗传反馈机制在髓系和红细胞发育异常中的作用。 | NA | 探索GATA2半合子不足对造血的影响及其表观遗传机制。 | GATA2半合子不足对造血的影响及其表观遗传机制。 | NA | 骨髓增生异常综合征 | 单细胞RNA测序、单核ATAC测序 | NA | RNA、染色质可及性数据 | 斑马鱼模型 | NA | NA | NA | NA |
| 4927 | 2024-08-10 |
Integrative and comprehensive pan-cancer analysis of ubiquitin specific peptidase 11 (USP11) as a prognostic and immunological biomarker
2024-Jul-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e34523
PMID:39114046
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研究论文 | 本文通过综合分析多个来源的数据，评估了泛癌研究中作为预后和免疫生物标志物的重要性 | 首次全面评估了在不同癌症类型中的表达及其对生存结果的预测作用 | NA | 研究作为泛癌研究中的预后和免疫生物标志物的作用 | 在不同癌症类型中的表达及其对生存结果的影响 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 包括五个免疫治疗队列，三十三个TCGA队列，十六个GEO队列，其中两个涉及单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 4928 | 2024-08-10 |
Targeting CD73 limits tumor progression and enhances anti-tumor activity of anti-PD-1 therapy in intrahepatic cholangiocarcinoma
2024-Jul-13, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-024-05869-1
PMID:39002018
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研究论文 | 本研究旨在探讨免疫检查点阻断疗法（ICBs）在肝内胆管癌（iCCA）中疗效不佳的潜在机制，并探索基于ICB的合理联合治疗方案 | 发现CD73抑制剂AB680能限制肿瘤进展并增强GC化疗或抗PD-1治疗的疗效，同时有效引发抗肿瘤免疫反应 | NA | 解析免疫检查点阻断疗法在肝内胆管癌中疗效不佳的潜在机制，并探索有效的联合治疗方案 | 肝内胆管癌（iCCA）患者及肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA测序、Western blot、时间飞行质谱（CyTOF） | NA | 基因表达数据、蛋白质信号通路数据、免疫细胞功能数据 | 使用GSE151530数据集进行分析，构建了皮下肿瘤异种移植模型和自发性的AKT/NICD诱导的鼠iCCA模型 | NA | NA | NA | NA |
| 4929 | 2024-08-10 |
Deletion of the Mitochondrial Membrane Protein Fam210b Is Associated with the Development of Systemic Lupus Erythematosus
2024-Jul-01, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25137253
PMID:39000360
|
研究论文 | 本研究通过CRISPR-Cas9方法构建Fam210b基因敲除小鼠，探讨Fam210b在系统性红斑狼疮（SLE）中的作用 | 首次实验证明Fam210b基因敲除与SLE发病机制的相关性，并揭示了通过ROS过量产生引发SLE的可能性 | NA | 验证Fam210b在SLE中的作用及其可能的分子机制 | Fam210b基因敲除小鼠及其在SLE中的表现 | NA | 系统性红斑狼疮 | CRISPR-Cas9 | NA | 单细胞测序数据 | Fam210b基因敲除小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 4930 | 2024-08-10 |
Age-associated reduction of sinus macrophages in human mesenteric lymph nodes
2024-Jun-27, Journal of clinical and experimental hematopathology : JCEH
IF:0.9Q4
DOI:10.3960/jslrt.24001
PMID:38462485
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研究论文 | 本研究评估了结直肠癌手术中切除的肠系膜淋巴结中窦状巨噬细胞（SMs）的分布情况，发现老年患者尤其是80岁以上患者中SMs显著减少 | 首次揭示了老年患者淋巴结中窦状巨噬细胞减少的现象，并探讨了其可能的免疫功能影响 | 研究仅基于手术中移除的肠系膜淋巴结样本，可能存在样本选择偏倚 | 探讨老年患者淋巴结中窦状巨噬细胞的分布及其与免疫功能的关系 | 肠系膜淋巴结中的窦状巨噬细胞 | NA | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 4931 | 2024-08-10 |
Single-cell and Spatial Transcriptomics Reveals Ferroptosis as The Most Enriched Programmed Cell Death Process in Hemorrhage Stroke-induced Oligodendrocyte-mediated White Matter Injury
2024, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.96262
PMID:39113700
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研究论文 | 研究使用单细胞转录组和空间转录组技术，探讨了脑出血后程序性细胞死亡相关基因表达趋势，发现铁死亡是主要程序性细胞死亡过程，主要影响成熟的少突胶质细胞 | 首次揭示了脑出血后铁死亡作为主要程序性细胞死亡过程，并阐明了微胶质细胞与少突胶质细胞之间的特定相互作用 | 研究仅在 rat 模型上进行，需要进一步在人类中验证 | 探讨脑出血后不同程序性细胞死亡模式的区别及其对白质损伤的影响 | 脑出血后的程序性细胞死亡过程及其对神经系统的影响 | 数字病理学 | 脑卒中 | 单细胞 RNA 测序，空间 RNA 测序 | NA | 转录组数据 | rat 脑组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 4932 | 2024-08-10 |
scRNA sequencing technology for PitNET studies
2024, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2024.1414223
PMID:39114291
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综述 | 本文综述了使用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）研究垂体神经内分泌肿瘤（PitNETs）的最新进展 | scRNA-seq技术因其单细胞水平的高分辨率而在研究中发挥重要作用 | NA | 理解调控这些高度异质性肿瘤的分子机制 | 垂体神经内分泌肿瘤（PitNETs） | 数字病理学 | 垂体神经内分泌肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4933 | 2024-08-10 |
Single-cell RNA sequencing in ovarian cancer: revealing new perspectives in the tumor microenvironment
2024, American journal of translational research
IF:1.7Q4
DOI:10.62347/SMSG9047
PMID:39114691
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在卵巢癌肿瘤微环境研究中的应用和进展 | 单细胞测序技术揭示了卵巢癌肿瘤微环境中细胞异质性和细胞间复杂交互作用的新视角 | NA | 探讨单细胞测序技术在卵巢癌肿瘤微环境研究中的应用，以改善诊断和治疗策略 | 卵巢癌肿瘤微环境中的细胞异质性和细胞间交互作用 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4934 | 2024-08-10 |
scDiffCoAM: A complete framework to identify potential biomarkers for esophageal squamous cell carcinoma using scRNA-Seq data analysis
2024, Journal of biosciences
IF:2.1Q2
PMID:39119913
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研究论文 | 本文提出了一种完整的差异共表达分析框架scDiffCoAM，用于从scRNA-Seq数据中提取网络模块并识别关键基因，以发现食管鳞状细胞癌的潜在生物标志物 | 该方法在大多数情况下表现优于其他四种现有的关键基因发现方法，并能识别其他方法未检测到的独特潜在生物标志物 | NA | 旨在通过scRNA-Seq数据分析识别食管鳞状细胞癌的潜在生物标志物 | 食管鳞状细胞癌的scRNA-Seq数据 | 数字病理学 | 食管鳞状细胞癌 | scRNA-Seq | 差异共表达分析 | 单细胞RNA测序数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 4935 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing in diabetic kidney disease: a literature review
2024-Dec, Renal failure
IF:3.0Q1
DOI:10.1080/0886022X.2024.2387428
PMID:39099183
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在糖尿病肾病研究中的应用 | 探讨了scRNA-seq技术在揭示糖尿病肾病发病机制和分子机制方面的作用 | NA | 阐明糖尿病肾病的发病机制并识别新的治疗靶点 | 糖尿病肾病中的多种细胞类型和非肾脏因素 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4936 | 2024-08-09 |
New insights gained from cellular landscape changes in myocarditis and inflammatory cardiomyopathy
2024-Sep, Heart failure reviews
IF:4.5Q1
DOI:10.1007/s10741-024-10406-w
PMID:38896377
|
研究论文 | 本文综述了心肌炎和炎症性心肌病（ICM）的最新研究，特别是通过单细胞RNA测序揭示的细胞景观变化 | 利用多组学技术，特别是单细胞RNA测序，深入理解心肌炎/ICM过程中的细胞景观变化 | NA | 提供心肌炎/ICM最新研究的全面概述 | 心肌炎和炎症性心肌病 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4937 | 2024-08-09 |
Cancer-associated fibroblasts: a versatile mediator in tumor progression, metastasis, and targeted therapy
2024-Sep, Cancer metastasis reviews
DOI:10.1007/s10555-024-10186-7
PMID:38602594
|
research paper | 本文探讨了肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肿瘤进展、转移和靶向治疗中的作用 | 本文通过单细胞RNA测序技术识别了CAFs的多种表型，包括已知的肌成纤维细胞CAFs（myCAFs）和炎症性CAFs（iCAFs）以及新发现的亚型如抗原呈递CAFs（apCAFs） | NA | 研究CAFs在肿瘤发生、癌症干细胞性、血管生成、免疫抑制、代谢和转移中的多重功能，并探讨针对肿瘤微环境的靶向治疗 | 癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其在肿瘤微环境中的作用 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4938 | 2024-08-09 |
SIRV: spatial inference of RNA velocity at the single-cell resolution
2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae100
PMID:39108639
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research paper | 本文介绍了一种名为SIRV的方法，通过结合空间转录组学数据和参考单细胞RNA测序数据中的剪接和未剪接mRNA表达，实现单细胞分辨率下的空间RNA速度推断 | SIRV方法能够揭示仅通过单细胞RNA测序数据无法识别的空间分化模式，并成功应用于小鼠器官发生数据和鸡心脏发育数据 | 空间RNA速度的估计受限于无法在高分辨率空间转录组学中空间捕获剪接和未剪接的mRNA分子 | 研究组织中细胞分化动力学的空间背景 | 小鼠大脑发育中的中脑-后脑边界细胞和皮质边缘及间脑细胞的分化轨迹 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组学数据 | 小鼠大脑、鸡心脏和人类骨肉瘤细胞的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 4939 | 2024-08-09 |
Cisplatin resistance-related transcriptome and methylome integration identifies PCDHB4 as a novel prognostic biomarker in small cell lung cancer
2024-Aug-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110413
PMID:39108724
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研究论文 | 本研究通过整合小细胞肺癌的转录组和甲基化组数据，发现PCDHB4作为新的预后生物标志物与顺铂化疗耐药相关 | 首次发现PCDHB4在顺铂耐药的小细胞肺癌中的表达与患者生存率相关，并通过单细胞RNA测序进一步验证了其在肿瘤干细胞特性和上皮-间质转化中的作用 | NA | 探索小细胞肺癌中与顺铂化疗耐药相关的新的预后生物标志物 | 小细胞肺癌患者及顺铂化疗耐药机制 | 数字病理学 | 小细胞肺癌 | RNA测序, 甲基化测序 | Cox回归模型 | 转录组数据, 甲基化数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4940 | 2024-08-09 |
scPriorGraph: constructing biosemantic cell-cell graphs with prior gene set selection for cell type identification from scRNA-seq data
2024-Aug-05, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03357-w
PMID:39103856
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scPriorGraph的双通道图神经网络，用于整合多层次基因生物语义，以提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性 | scPriorGraph通过构建生物语义细胞-细胞图并结合先验基因集选择，有效利用了基因间的生物学意义关系，从而提高了细胞类型识别的准确性 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 图神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |