单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4821	2024-08-07	Refining the optimal CAF cluster marker for predicting TME-dependent survival expectancy and treatment benefits in NSCLC patients 2024-07-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-55375-0 PMID:39034310	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，系统筛选多个数据库，以确定在非小细胞肺癌中区分癌症相关成纤维细胞（CAFs）的最强标记，特别是用于早期诊断、分期和治疗反应评估	首次揭示了CAF标记簇在区分不同肿瘤微环境（TME）组中的独特作用，并确定COL1A1为最有效的CAF标记	研究主要集中在CAFs的异质性和不同成纤维细胞标记在各种样本分析中的使用，这可能导致临床应用中的混淆和障碍	旨在确定用于预测TME依赖性生存预期和治疗效益的最佳CAF集群标记	非小细胞肺癌患者的肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	未具体说明样本数量
4822	2024-08-07	Single-cell transcriptome sequencing reveals SPP1-CD44-mediated macrophage-tumor cell interactions drive chemoresistance in TNBC 2024-Jul, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18525 PMID:38982317	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了三阴性乳腺癌（TNBC）中化疗耐药的机制	首次揭示了SPP1-CD44介导的巨噬细胞与肿瘤细胞相互作用在TNBC化疗耐药中的作用	研究样本量较小，仅包括五个化疗敏感和五个耐药的TNBC患者	探究三阴性乳腺癌化疗耐药的分子机制	三阴性乳腺癌患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	10个TNBC患者样本（5个化疗敏感和5个耐药）
4823	2024-08-07	Studying temporal dynamics of single cells: expression, lineage and regulatory networks 2024-Feb, Biophysical reviews IF:4.9Q1 DOI:10.1007/s12551-023-01090-5 PMID:38495440	综述	本文综述了利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，通过计算方法研究细胞分化和细胞命运决定的时空动态	总结了轨迹推断（TI）、谱系追踪（LT）和基因调控网络（GRN）推断等不同计算方法的优势和局限	讨论了不同方法的局限性	探讨多细胞器官从单细胞到不同细胞类型的发育过程	研究细胞分化和细胞命运决定	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
4824	2024-08-07	Advances in single-cell transcriptomics in animal research 2024-Aug-02, Journal of animal science and biotechnology IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s40104-024-01063-y PMID:39090689	综述	本文介绍了单细胞转录组技术的发展，并回顾了其在动物研究中的过程、进展和应用	单细胞转录组技术为研究动物不同组织/器官的高通量单细胞基因表达提供了有效方法，能够识别细胞类型/亚型及其标记基因，推断细胞命运轨迹，并揭示细胞间的相互作用	讨论了单细胞转录组技术在当前阶段的局限性和展望	旨在通过单细胞转录组技术深入理解动物营养与健康、生殖性能、遗传学和不同畜种的疾病模型	动物研究中的不同组织/器官的单细胞	生物技术	NA	单细胞转录组技术	NA	转录组数据	基于大量案例积累的实践经验
4825	2024-08-07	Single-cell RNA-seq reveals novel interaction between muscle satellite cells and fibro-adipogenic progenitors mediated with FGF7 signalling 2024-Aug, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle DOI:10.1002/jcsm.13484 PMID:38751367	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了肌肉卫星细胞与成纤维脂肪前体细胞之间通过FGF7信号传导的新型相互作用	首次揭示了FGF7在肌肉卫星细胞与成纤维脂肪前体细胞相互作用中的作用，并通过实验验证了FGF7对肌肉卫星细胞增殖的促进作用	研究主要集中在猪模型上，需要进一步在其他物种中验证结果	探索肌肉卫星细胞与微环境细胞的相互作用，特别是与成纤维脂肪前体细胞的相互作用	肌肉卫星细胞和成纤维脂肪前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	猪的长背肌和比目鱼肌样本
4826	2024-08-07	Generation of human vascularized and chambered cardiac organoids for cardiac disease modelling and drug evaluation 2024-Aug, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13631 PMID:38453465	研究论文	本文介绍了一种新方法，通过结合人诱导多能干细胞（hiPSC）衍生的血管球和直接分化的hiPSC心肌细胞，生成具有血管化和心室样结构的人心脏类器官（vcCOs），并探讨了其在心脏损伤模型和药物评估中的应用。	本文创新性地开发了一种三步法，用于生成具有心室样结构和血管化的复杂vcCOs，这些vcCOs显示出高自发跳动比率和多细胞类型组成。	尽管vcCOs在心脏疾病模型和药物评估中显示出潜力，但其低重复性、有限血管化和心室形成困难等问题仍需进一步解决。	研究目的是开发一种新方法，用于生成具有血管化和心室样结构的人心脏类器官，并探索其在心脏疾病模型和药物筛选中的应用。	研究对象包括人诱导多能干细胞衍生的心脏类器官（vcCOs）及其在心脏损伤模型和药物评估中的应用。	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	细胞	vcCOs中包含六种细胞类型，包括心肌细胞、心脏前体细胞、内皮细胞、成纤维细胞等
4827	2024-08-07	Interleukin-35 alleviates neuropathic pain and induces an anti-inflammatory shift in spinal microglia in nerve-injured male mice 2024-Aug-01, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2024.07.043 PMID:39097202	研究论文	本研究探讨了白细胞介素-35（IL-35）对神经损伤雄性小鼠的疼痛行为、脊髓小胶质细胞表型的影响及其体外小胶质细胞培养中的作用。	研究发现IL-35能显著减轻雄性小鼠的机械性疼痛过敏，并诱导脊髓小胶质细胞向抗炎表型转变，表明IL-35可能成为针对性别特异性的神经痛免疫调节治疗新策略。	研究主要集中在雄性小鼠，对雌性小鼠的效果较弱，性别差异的影响需要进一步研究。	研究IL-35在神经痛中的作用及其对脊髓小胶质细胞的影响。	神经损伤的雄性小鼠及其脊髓小胶质细胞。	NA	神经痛	NA	NA	转录组数据	涉及雄性和雌性小鼠的实验样本。
4828	2024-08-07	Establishment of a CD8+ T cells-related prognostic risk model for acral melanoma based on single-cell and bulk RNA sequencing 2024-Aug, Skin research and technology : official journal of International Society for Bioengineering and the Skin (ISBS) [and] International Society for Digital Imaging of Skin (ISDIS) [and] International Society for Skin Imaging (ISSI) IF:2.0Q3 DOI:10.1111/srt.13900 PMID:39093712	研究论文	本研究基于单细胞和批量RNA测序数据，建立了与肢端黑色素瘤预后相关的CD8+ T细胞风险模型。	首次利用单细胞RNA测序技术探索肢端黑色素瘤中免疫细胞的组成差异，并构建了基于CD8+ T细胞差异表达基因的预后风险评分模型。	研究主要基于TCGA-SKCM队列，可能需要进一步的跨队列验证以增强模型的泛化能力。	旨在通过识别CD8+ T细胞相关基因的表达水平，建立肢端黑色素瘤患者的预后模型。	研究对象为肢端黑色素瘤中的CD8+ T细胞及其相关基因。	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	Lasso-Cox方法	RNA测序数据	使用了TCGA-SKCM队列的数据，具体样本数量未在摘要中明确。
4829	2024-08-07	Single-cell Atlas of Penile Cancer Reveals TP53 Mutations as a Driver of an Aggressive Phenotype, Irrespective of Human Papillomavirus Status, and Provides Clues for Treatment Personalization 2024-Aug, European urology IF:25.3Q1 DOI:10.1016/j.eururo.2024.03.038 PMID:38670879	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了阴茎鳞状细胞癌（PSCC）中TP53失活突变与人类乳头瘤病毒（HPV）状态对肿瘤微环境转录组差异的影响	首次使用单细胞RNA测序技术构建了阴茎癌的细胞图谱，揭示了TP53突变与HPV状态对PSCC生物学特性的影响	单细胞RNA测序分析存在样本量较小的问题，需要在大规模PSCC队列中验证这些特征	描述基于TP53失活突变和HPV状态的PSCC微环境中的转录组差异	阴茎鳞状细胞癌（PSCC）及其微环境中的细胞亚型	数字病理学	阴茎癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	包括6个HPV+ TP53野生型（WT）、6个HPV- TP53WT和4个TP53失活（LOF）PSCC样本及6个对照样本，以及541名PSCC患者的生存数据
4830	2024-08-07	Tropism for ciliated cells is the dominant driver of influenza viral burst size in the human airway 2024-Jul-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2320303121 PMID:39008691	研究论文	研究了不同上皮细胞类型对流感病毒在人呼吸道中的复制动力学和负担的影响	揭示了纤毛细胞在流感病毒爆发规模中的主导作用，并发现感染的分泌细胞与总体病毒输出减少相关	NA	探究不同上皮细胞类型对流感病毒复制动力学和负担的影响	人呼吸道中的不同上皮细胞类型	NA	流感	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个供体和30种独立分化条件下的原代人呼吸道培养物
4831	2024-08-07	Fatecode enables cell fate regulator prediction using classification-supervised autoencoder perturbation 2024-Jul-15, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100819 PMID:38986613	研究论文	本文提出了一种名为Fatecode的计算方法，用于基于单细胞RNA测序数据预测细胞命运调控因子	Fatecode利用深度学习分类监督自编码器学习单细胞RNA测序数据的潜在表示，并通过在潜在表示上进行模拟扰动实验来预测基因	NA	加速疾病或损伤后的恢复	细胞命运调控因子	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	自编码器	基因表达数据	不同生物的血液和大脑发育的单细胞RNA测序数据
4832	2024-08-07	Directly selecting cell-type marker genes for single-cell clustering analyses 2024-Jul-15, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100810 PMID:38981475	研究论文	本文介绍了一种名为Festem的统计方法，用于直接选择细胞类型标记基因进行单细胞聚类分析	Festem方法能够区分具有异质性分布的标记基因，这些基因对细胞聚类具有信息性，且能高精度地选择标记基因	NA	开发一种新的统计方法，用于直接选择细胞类型标记基因，以提高单细胞RNA测序研究中的细胞类型识别准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型及其标记基因	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	一个大型的肝内胆管癌数据集
4833	2024-08-07	An attenuated lymphocytic choriomeningitis virus vector enhances tumor control in mice partly via IFN-I 2024-Jun-11, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI178945 PMID:38861331	研究论文	研究报道了一种基于减毒淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒（r3LCMV）的非裂解性病毒载体在多种肿瘤模型中显著增强肿瘤控制和提高生存率的效果	首次展示了r3LCMV病毒载体在免疫缺陷小鼠模型中的肿瘤控制效果，并揭示了宿主内在的IFN-I在其抗肿瘤功效中的关键作用	文章未明确提及具体的局限性	探索和验证新型病毒载体在癌症治疗中的应用效果	肿瘤模型中的小鼠	NA	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个肿瘤模型中的小鼠
4834	2024-08-07	PIK3CA inhibition in models of proliferative glomerulonephritis and lupus nephritis 2024-Jun-06, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI176402 PMID:38842935	研究论文	本文通过使用多种遗传工程小鼠模型、单细胞RNA测序和空间转录组学，展示了PIK3CA通路在增殖性肾小球肾炎发展中的关键作用，并证明了PI3Kα抑制剂alpelisib在不同小鼠模型中改善肾小球病变和肾功能的效果。	首次揭示了PI3Kα抑制剂在增殖性肾小球肾炎和狼疮性肾炎中的双重作用，不仅影响足细胞，还影响免疫系统。	研究主要基于小鼠模型和从活动性狼疮性肾炎患者中分离的人淋巴细胞，尚未在更广泛的人类患者群体中进行验证。	探讨PIK3CA抑制在增殖性肾小球肾炎和狼疮性肾炎中的作用及其机制。	增殖性肾小球肾炎和狼疮性肾炎的小鼠模型及活动性狼疮性肾炎患者的人淋巴细胞。	NA	肾病	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	RNA	多种遗传工程小鼠模型及活动性狼疮性肾炎患者的人淋巴细胞
4835	2024-08-07	Single-cell transcriptomic analysis deciphers heterogenous cancer stem-like cells in colorectal cancer and their organ-specific metastasis 2024-02-23, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-330243 PMID:38050068	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和空间转录组分析，揭示了结直肠癌中异质性癌症干细胞样细胞及其器官特异性转移的机制	首次通过综合分析揭示了结直肠癌中具有高PTPRO和ASCL2表达的干细胞样细胞群是转移的关键，并展示了这些细胞群在肝脏和卵巢转移中的特异性	NA	揭示结直肠癌中异质性癌症细胞的类型及其器官特异性转移的机制	结直肠癌原发肿瘤及肝脏和卵巢转移中的单细胞转录组	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及结直肠癌原发肿瘤及肝脏和卵巢转移的样本
4836	2024-08-07	AGBL4 promotes malignant progression of glioblastoma via modulation of MMP-1 and inflammatory pathways 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1420182 PMID:39007144	研究论文	本研究探讨了AGBL4在胶质母细胞瘤（GBM）恶性进展中的作用及其与炎症途径的关联	发现AGBL4通过调节MMP-1和炎症途径促进GBM的恶性进展，并建立了一个新的调控轴	NA	阐明GBM的分子机制，特别是AGBL4与炎症途径的关系，以发现可行的治疗靶点	AGBL4在GBM中的表达及其对细胞增殖、迁移、侵袭和炎症反应的影响	数字病理学	脑肿瘤	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
4837	2024-08-07	Anti-EGFR Antibody-Drug Conjugate Carrying an Inhibitor Targeting CDK Restricts Triple-Negative Breast Cancer Growth 2024-Aug-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-3110 PMID:38772416	研究论文	本研究探讨了一种基于西妥昔单抗的抗体药物偶联物（ADC），该ADC携带CDK抑制剂SNS-032，用于靶向EGFR表达的细胞，以限制三阴性乳腺癌的生长	本研究创新性地结合了EGFR抗体和CDK抑制剂，通过ADC的形式实现对EGFR高表达肿瘤细胞的选择性杀伤，同时减少对免疫细胞的影响	尽管ADC在体外和体内实验中显示出良好的抗肿瘤效果，但其长期疗效和安全性仍需进一步的临床研究验证	旨在开发一种新的治疗策略，通过靶向EGFR和细胞周期调控，有效治疗三阴性乳腺癌	三阴性乳腺癌细胞及其在体内的生长情况	数字病理学	乳腺癌	转录组分析、单细胞RNA测序、空间转录组分析	NA	转录组数据、单细胞RNA数据、空间转录组数据	6,173个原发性肿瘤样本，27个基线和匹配的化疗后残留肿瘤样本，150,290个细胞，27个未经治疗的肿瘤样本，43个肿瘤切片，22个三阴性乳腺癌样本
4838	2024-08-07	Metastasis and basement membrane-related signature enhances hepatocellular carcinoma prognosis and diagnosis by integrating single-cell RNA sequencing analysis and immune microenvironment assessment 2024-Jul-31, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05493-0 PMID:39085893	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序分析和免疫微环境评估，探讨了转移和基底膜相关标志物在肝细胞癌（HCC）预后和诊断中的作用。	本研究首次构建了基于转移和基底膜相关基因（MBRGs）的预后模型，并结合免疫相关算法分析了高风险和低风险组的免疫景观和活性。	研究样本主要来自TCGA和ICGC数据库，可能存在一定的选择偏倚；实验验证主要依赖于数据库分析，缺乏体内外实验的直接证据。	旨在通过研究转移和基底膜相关标志物，提高肝细胞癌患者的生存结果和治疗效果。	肝细胞癌（HCC）患者及其转移和基底膜相关基因（MBRGs）。	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Cox回归分析	转录组数据	424名来自TCGA数据库的HCC患者和240名来自ICGC数据库的HCC患者
4839	2024-08-07	scLEGA: an attention-based deep clustering method with a tendency for low expression of genes on single-cell RNA-seq data 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae371 PMID:39060167	研究论文	本文提出了一种基于注意力机制的深度聚类方法scLEGA，用于单细胞RNA测序数据中低表达基因的细胞类型推断	scLEGA采用了一种新的零膨胀负二项分布（ZINB）损失函数，结合了多头部注意力机制和两种不同的单细胞RNA测序聚类策略，优化了低表达基因的贡献	NA	开发一种新的细胞类型推断方法，以提高单细胞RNA测序数据中细胞聚类的准确性、可扩展性和稳定性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	注意力机制、图卷积网络（GCN）	基因表达数据	15个单细胞RNA测序数据集
4840	2024-08-07	Accurate estimation of pathway activity in single cells for clustering and differential analysis 2024-Jul-23, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278431.123 PMID:38981682	研究论文	本文介绍了SiPSiC方法，用于在单细胞水平上推断通路活性，以进行更敏感的差异分析和细胞聚类	SiPSiC方法能够在单细胞水平上更敏感地进行差异分析，并利用通路评分进行细胞聚类和计算UMAP等投影	NA	开发一种新方法来推断单细胞中的通路活性，以改进细胞聚类和差异分析	COVID-19、肺腺癌和胶质瘤数据集	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因集	NA