单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4801	2024-08-07	Feature selection followed by a novel residuals-based normalization that includes variance stabilization simplifies and improves single-cell gene expression analysis 2024-Jul-30, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05872-w PMID:39080559	研究论文	本文提出了一种新的单细胞RNA测序数据分析流程，包括特征选择和基于残差的方差稳定归一化方法	提出了一种新的特征选择方法和基于残差的方差稳定归一化方法，该方法在归一化前进行特征选择，并使用稳定基因来减少系统偏差	NA	改进单细胞RNA测序数据的分析流程，提高下游聚类分析的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	生物已知和模拟的单细胞RNA测序数据集
4802	2024-08-07	Machine learning identifies key cells and therapeutic targets during ferroptosis after spinal cord injury 2024-Jul-29, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00037 PMID:39104165	研究论文	本研究通过机器学习方法分析了脊髓损伤后铁死亡过程中的关键细胞和治疗靶点	首次通过随机森林和最小绝对收缩与选择算子算法识别了脊髓损伤后铁死亡的关键基因Atf3和Piezo1，并验证了潜在药物治疗的有效性	NA	揭示铁死亡在脊髓损伤治疗中的重要作用，并识别关键细胞类型和基因	脊髓损伤后的铁死亡过程及其治疗靶点	机器学习	脊髓损伤	RNA测序	随机森林和最小绝对收缩与选择算子算法	RNA测序数据	使用GSE47681、GSE5296和GSE162610数据集
4803	2024-08-07	Elucidating Microglial Heterogeneity and Functions in Alzheimer's Disease Using Single-cell Analysis and Convolutional Neural Network Disease Model Construction 2024-07-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-67537-1 PMID:39068182	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析和卷积神经网络模型，深入探索了阿尔茨海默病中微胶质细胞的异质性和功能	揭示了11种不同的微胶质细胞亚群，并发现了与阿尔茨海默病相关的关键基因和细胞间通信网络，同时开发了一种基于卷积神经网络的深度学习模型，用于提高阿尔茨海默病的诊断准确性	NA	深入理解阿尔茨海默病中微胶质细胞的分子机制，并探索潜在的治疗靶点和提高诊断精度	阿尔茨海默病中的微胶质细胞及其在疾病中的作用	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、加权基因共表达网络分析	卷积神经网络	基因表达数据	NA
4804	2024-08-07	Identifying an immunosenescence-associated gene signature in gastric cancer by integrating bulk and single-cell sequencing data 2024-07-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-68054-x PMID:39048596	研究论文	本研究通过整合大量和单细胞测序数据，在胃癌中识别与免疫衰老相关的基因特征，用于胃癌的分层	首次在胃癌中识别出与免疫衰老相关的基因特征，并验证了其对预后和治疗反应的预测能力	NA	开发基于免疫衰老的基因特征，用于胃癌的分层和治疗选择	胃癌患者的免疫衰老特征及其对预后和治疗反应的影响	数字病理学	胃癌	测序技术	随机森林算法，多元Cox算法	转录组数据，单细胞数据	训练集为TCGA-STAD队列，验证集为Gene Expression Omnibus数据库中的两个独立队列，以及复旦队列
4805	2024-08-07	Comprehensive analysis of endoplasmic reticulum stress related signature in head and neck squamous carcinoma 2024-07-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-65090-5 PMID:39043683	研究论文	本研究旨在探讨内质网应激（ERS）在头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中的预测价值及其与肿瘤微环境（TME）的相关性	本研究开发了一个由三个基因（ATF6, TRIB3, UBXN6）组成的ERS相关签名，具有预测HNSC患者预后和免疫治疗反应的价值	NA	研究ERS在HNSC中的预测价值及其与TME的相关性	头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中的内质网应激（ERS）相关基因及其与肿瘤微环境的关系	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	RT-qPCR, 蛋白质印迹, 单细胞RNA测序	NA	mRNA, 单细胞RNA测序数据	基于TCGA和GEO数据库的数据进行分析
4806	2024-08-07	Tumor necrosis factor receptor 2 promotes endothelial cell-mediated suppression of CD8+ T cells through tuning glycolysis in chemoresistance of breast cancer 2024-Jul-20, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05472-5 PMID:39033271	研究论文	本研究探讨了肿瘤坏死因子受体2（TNFR2）在三阴性乳腺癌（TNBC）化疗中通过调节糖酵解促进内皮细胞抑制CD8+ T细胞的作用。	首次揭示了TNFR2在TNBC化疗中通过调节内皮细胞的糖酵解活性来抑制CD8+ T细胞的机制。	研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序数据，需要在人体中进一步验证。	揭示内皮细胞在TNBC化疗中对CD8+ T细胞的抑制作用及其机制。	三阴性乳腺癌患者接受紫杉醇治疗后的内皮细胞和CD8+ T细胞。	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	涉及TNBC患者的内皮细胞和CD8+ T细胞样本
4807	2024-08-07	Targeting MMP9 in CTNNB1 mutant hepatocellular carcinoma restores CD8+ T cell-mediated antitumour immunity and improves anti-PD-1 efficacy 2024-05-10, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-331342 PMID:38123979	研究论文	本文研究了CTNNB1功能获得性突变（CTNNB1 GOF）在肝细胞癌（HCC）中导致的免疫逃逸机制，并提出了一种新的治疗策略以增强HCC中抗PD-1疗法的疗效	发现MMP9在CTNNB1 GOF HCC中的显著上调，并通过抑制CD8+ T细胞的浸润和细胞毒性，驱动抑制性肿瘤免疫微环境（TIME）和抗PD-1抵抗	NA	探究CTNNB1 GOF HCC介导的免疫逃逸机制，并提出新的治疗策略以增强抗PD-1疗法的疗效	CTNNB1 GOF HCC中的免疫逃逸机制及MMP9的作用	数字病理学	肝细胞癌	RNA测序、单细胞RNA测序、蛋白质组学	NA	RNA序列、蛋白质	使用了体外共培养系统、小鼠皮下或原位模型、条件性基因敲除小鼠的自发肿瘤模型
4808	2024-08-07	Feature selection followed by a novel residuals-based normalization simplifies and improves single-cell gene expression analysis 2024-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.02.530891 PMID:38328133	研究论文	本文提出了一种改进的单细胞RNA测序数据分析流程，包括先进行特征选择再进行基于残差的归一化方法	提出了一种新的基于残差的归一化方法和先特征选择后归一化的流程，显著改善了下游聚类分析	NA	改进单细胞RNA测序数据的分析流程	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	生物已知和模拟的计数数据集
4809	2024-08-07	Preprocessing of Single Cell RNA Sequencing Data Using Correlated Clustering and Projection 2024-04-08, Journal of chemical information and modeling IF:5.6Q1 DOI:10.1021/acs.jcim.3c00674 PMID:37402705	研究论文	本文介绍了一种名为Correlated Clustering and Projection (CCP)的新型数据域降维方法，用于单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据的预处理	首次提出CCP方法，将每个相似基因簇投影到一个超基因中，该超基因定义为所有细胞中成对非线性基因-基因相关性的累积。此外，引入了Residue-Similarity指数(RSI)作为新的聚类和分类度量，以及R-S图作为新的可视化工具	NA	改进单细胞RNA测序数据的分析，特别是解决数据稀疏性和大量基因带来的挑战	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	14个基准数据集
4810	2024-08-07	Spatial transcriptomics reveals a low extent of transcriptionally active hepatitis B virus integration in patients with HBsAg loss 2024-04-05, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-330577 PMID:37968095	研究论文	本研究通过构建高分辨率的空间转录组，分析了慢性乙型肝炎病毒（HBV）感染患者，特别是HBsAg丢失患者中，转录活性HBV整合事件的发生和相对分布	首次通过空间转录组学方法，研究了不同阶段慢性HBV感染患者中转录活性HBV整合事件的分布，特别是HBsAg丢失患者	研究样本量较小，仅包括18名患者，可能影响结果的普遍性	探索慢性HBV感染不同阶段，特别是HBsAg丢失患者中，转录活性HBV整合事件在肝脏组织中的分布	慢性HBV感染患者的肝脏组织	数字病理学	肝炎	空间转录组学	NA	转录组数据	18名慢性HBV感染患者的肝脏活检样本，包含13,059个组织点
4811	2024-08-07	General Capillary Endothelial Cells Undergo Reprogramming into Arterial Endothelial Cells in Pulmonary Hypertension through HIF-2α/Notch4 Pathway 2024-Mar-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.13.580227 PMID:38464011	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、空间转录组学分析、RNASCOPE和免疫染色分析，揭示了肺动脉高压（PAH）中肺毛细血管内皮细胞（ECs）向动脉内皮细胞的转变过程，并确定了HIF-2α/Notch4通路在此过程中的作用	首次通过单细胞RNA测序和遗传操作证明了肺毛细血管内皮细胞在肺动脉高压发展过程中向动脉内皮细胞的转变，并揭示了HIF-2α/Notch4通路在此过程中的关键作用	NA	探究肺动脉高压中肺毛细血管内皮细胞向动脉内皮细胞转变的机制	肺动脉高压患者的肺毛细血管内皮细胞和动脉内皮细胞	数字病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序，空间转录组学分析，RNASCOPE，免疫染色	NA	RNA序列	人类PAH患者和肺动脉高压（PH）小鼠的样本
4812	2024-08-07	Evaluating batch correction methods for image-based cell profiling 2024-Feb-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.15.558001 PMID:37745478	研究论文	本文评估了七种高表现单细胞RNA测序批次校正技术在图像细胞分析中的应用效果	提出了一个评估框架和指标，用于未来评估新的批次校正方法	仅限于使用Cell Painting数据集进行评估	解决图像细胞分析数据集成和解释中的批次效应问题	七种不同的批次校正技术在图像细胞分析中的表现	计算机视觉	NA	scRNA-seq	混合模型	图像	使用的是最大的公开可访问图像数据集Cell Painting
4813	2024-08-07	Exploring myometrial microenvironment changes at the single-cell level from nonpregnant to term pregnant states 2024-Jan-01, Physiological genomics IF:2.5Q2 DOI:10.1152/physiolgenomics.00067.2023 PMID:37955337	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和空间转录组学（ST）技术，构建了非妊娠（NP）和足月妊娠（TP）状态下人类子宫肌层单个细胞的转录组图谱	首次在单细胞水平上探索了人类子宫肌层从非妊娠到足月妊娠状态的微环境变化	NA	研究妊娠期间子宫肌层微环境和细胞群的特定变化	人类子宫肌层在非妊娠和足月妊娠状态下的单细胞水平变化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和空间转录组学（ST）	NA	转录组数据	12个人类子宫肌层组织中的87,845个高质量单个细胞
4814	2024-08-07	Elucidating T cell dynamics and molecular mechanisms in syngeneic and allogeneic islet transplantation through single-cell RNA sequencing 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1429205 PMID:39100662	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了同种异体和异种胰岛移植中T细胞动态和分子机制	揭示了同种异体和异种胰岛移植中T细胞亚群的基因变异和分子差异，以及细胞间通信模式的复杂性	NA	阐明胰岛移植中T细胞动态和分子机制，以增强移植物接受度和更有效地管理糖尿病治疗	同种异体和异种胰岛移植中的T细胞亚群及其基因表达差异	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	t-SNE	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
4815	2024-08-07	Integrated-omics profiling unveils the disparities of host defense to ECM scaffolds during wound healing in aged individuals 2024-Dec, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2024.122685 PMID:38944969	研究论文	本文通过综合分析单细胞RNA测序和空间转录组学，探讨了ECM支架在老年个体伤口愈合中的差异性表现及其机制	首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了老年小鼠中ECM支架周围六种功能和空间上独特的巨噬细胞和淋巴细胞群	NA	探索年龄相关差异背后的机制，并为未来针对老年个体的精准生物材料开发提供依据	ECM支架在老年个体伤口愈合中的表现及其机制	数字病理学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），空间转录组学	NA	转录组数据	老年小鼠
4816	2024-08-07	FLT3+ DC inhibits immune rejection via interaction with Treg in liver transplantation 2024-Aug-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112289 PMID:38889505	研究论文	研究探讨了FLT3+ DC在肝脏移植中通过与Treg相互作用抑制免疫排斥的作用	首次揭示了FLT3DCs与调节性T细胞（Tregs）在肝脏移植中的关系，并提出FLT3DCs可能成为减轻肝脏移植免疫排斥的新靶点	NA	研究FLT3DCs在肝脏移植中的免疫调节作用	FLT3+ DCs和调节性T细胞（Tregs）	NA	肝脏移植	单细胞测序	NA	细胞	包括肝脏移植患者的外周血样本和肝脏组织，以及肝脏移植小鼠模型
4817	2024-08-07	Akt is a mediator of artery specification during zebrafish development 2024-Aug-05, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202727 PMID:39101673	研究论文	本文研究了蛋白激酶B（Akt）在斑马鱼发育过程中对背主动脉（DA）形成的作用	揭示了Akt激酶在动脉内皮细胞中作为Notch信号通路上游的作用，并参与正确胚胎动脉的形成	NA	探究Akt在斑马鱼胚胎心血管系统中对背主动脉形成的作用	斑马鱼胚胎的背主动脉形成过程	NA	先天性畸形	单细胞RNA测序	NA	图像	四重突变体（aktΔ/Δ）中的akt 1, 2, 3a, 和 3b基因表达和活性显著降低的斑马鱼胚胎
4818	2024-08-07	Exploring prognostic DNA methylation genes in bladder cancer: a comprehensive analysis 2024-Aug-02, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01206-7 PMID:39095590	研究论文	本研究旨在探讨膀胱癌中具有预后DNA甲基化位点的基因状态	利用多种机器学习算法筛选关键基因，并构建Nomogram模型进行预后评估和药物敏感性分析	NA	探索膀胱癌中预后DNA甲基化基因，为预后评估和药物选择提供参考	膀胱癌中的DNA甲基化基因	数字病理学	膀胱癌	甲基化测序	Nomogram	基因组数据	来自公共数据库的膀胱癌bulk转录组测序数据、甲基化数据和单细胞测序数据
4819	2024-08-07	Single-cell tumor heterogeneity landscape of hepatocellular carcinoma: unraveling the pro-metastatic subtype and its interaction loop with fibroblasts 2024-Aug-02, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02062-3 PMID:39095854	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了肝细胞癌（HCC）恶性细胞的异质性景观，并识别了促进转移的亚型及其与成纤维细胞的相互作用	首次建立了HCC恶性细胞的异质性景观，并识别了三种不同的肿瘤细胞亚型，包括促进转移的亚型，以及该亚型与成纤维细胞之间的正反馈循环	NA	揭示肝细胞癌肿瘤细胞的异质性及其对肿瘤进展和转移的机制	肝细胞癌（HCC）的肿瘤细胞异质性	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	RNA测序数据	52个单细胞RNA测序数据和5个空间转录组学数据
4820	2024-08-07	Infiltrating lipid-rich macrophage subpopulations identified as a regulator of increasing prostate size in human benign prostatic hyperplasia 2024-Aug-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.07.597992 PMID:38915654	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了良性前列腺增生（BPH）中CD45+过渡区的白细胞，发现脂质丰富的巨噬细胞亚群与前列腺体积增大相关	首次定义了BPH中的两种新型免疫亚群，即TREM2+和MARCO+巨噬细胞，并提出这些脂质丰富的巨噬细胞可能加剧大前列腺患者的下尿路症状	需要进一步研究评估针对这些细胞在BPH中的治疗益处	探讨巨噬细胞在良性前列腺增生中的激活状态及其对这种增生性疾病的影响	良性前列腺增生（BPH）中的巨噬细胞亚群及其与前列腺体积增大的关系	数字病理学	前列腺疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	20个人类前列腺样本，包括10个大前列腺（>90克）和10个小前列腺（<40克）