单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2025-07-17	Single-cell characterization of infiltrating T cells identifies novel targets for gallbladder cancer immunotherapy 2024-04-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216675 PMID:38280478	研究论文	通过单细胞RNA测序构建T细胞图谱，识别胆囊癌免疫治疗的新靶点	首次基于T细胞异质性建立胆囊癌分子分型标准，并提出个性化免疫治疗策略	未提及样本量是否足够大以覆盖所有T细胞亚型	探索胆囊癌中T细胞的异质性及其在免疫治疗中的应用	胆囊癌患者的T细胞	数字病理学	胆囊癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
462	2025-07-17	Neoadjuvant chemotherapy-induced remodeling of human hormonal receptor-positive breast cancer revealed by single-cell RNA sequencing 2024-03-31, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216656 PMID:38266804	研究论文	通过单细胞RNA测序和多重免疫荧光染色分析，揭示了激素受体阳性乳腺癌在化疗诱导下的免疫微环境重塑机制	发现了化疗后未被识别的免疫细胞亚群增加，以及CD8 T细胞免疫检查点表达的不一致性变化，并鉴定了化疗耐药癌细胞的基因组和转录组新模式	样本量有限，且仅针对激素受体阳性乳腺癌	探索激素受体阳性乳腺癌对化疗不敏感的机制及化疗如何重塑免疫微环境	激素受体阳性乳腺癌患者的配对化疗前后样本	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序，多重免疫荧光染色	NA	RNA测序数据，图像数据	配对化疗前后的HR BC样本
463	2025-07-17	scRNA-seq of colorectal cancer shows regional immune atlas with the function of CD20+ B cells 2024-03-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216664 PMID:38253219	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析结直肠癌不同区域的免疫图谱，特别关注CD20+ B细胞的功能	揭示了结直肠癌不同区域免疫细胞浸润的差异，特别是B细胞在左右侧结直肠癌中的不同发育轨迹及其与髓系细胞和T细胞的相互作用	样本量较小（19个样本），可能影响结果的普遍性	表征结直肠癌不同区域的免疫景观并寻找潜在的治疗靶点	结直肠癌和配对正常组织的单细胞转录数据	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq	NA	单细胞转录数据	19个样本（39,484个单细胞）
464	2025-07-17	Updates in Skin Cancer in Transplant Recipients and Immunosuppressed Patients: Review of the 2022-2023 Scientific Symposium of the International Immunosuppression and Transplant Skin Cancer Collaborative 2024, Transplant international : official journal of the European Society for Organ Transplantation IF:2.7Q2 DOI:10.3389/ti.2024.12387 PMID:38562207	综述	本文总结了2022-2023年国际免疫抑制与移植皮肤癌协作组(ITSCC)科学研讨会中关于移植受者和免疫抑制患者皮肤癌的最新研究进展	整合了多学科专家对皮肤恶性肿瘤的最新研究成果，包括共识标准制定、罕见肿瘤多机构注册库建立以及KERACON临床试验设计	内容主要基于会议报告，缺乏原始研究数据和详细方法学描述	总结免疫抑制人群皮肤癌研究领域的最新进展	实体器官移植受者(SOTR)和其他长期免疫抑制患者的皮肤恶性肿瘤	皮肤肿瘤学	皮肤癌	空间转录组学	NA	临床数据	多机构合作数据(未明确具体数量)
465	2025-07-16	Inflammatory Monocytes Increase Prior to Detectable HIV-1 Rebound Viremia 2024-Dec-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.24.630257 PMID:39763863	research paper	研究HIV-1治疗停止后病毒反弹前的免疫反应变化	发现病毒反弹前CD16单核细胞的显著增加及其抗病毒基因表达的变化	未提及样本量是否足够大以支持广泛结论	识别治疗停止后病毒反弹前的早期信号，以延长病毒反弹时间和治愈HIV-1	外周血单个核细胞（PBMCs）和血浆蛋白组	免疫学	HIV-1感染	血浆蛋白质组学和单细胞转录组学	NA	蛋白质组数据和转录组数据	NA
466	2025-07-16	Fate (or state) of CA2 neurons in a mineralocorticoid receptor knockout 2024-Nov-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.29.626110 PMID:39651204	研究论文	本研究探讨了矿物皮质激素受体（MR）条件性敲除对海马CA2区神经元命运（或状态）的影响	使用空间转录组学方法揭示MR敲除导致CA2神经元获得CA1样分子表型	研究仅关注分子表型和细胞形态变化，未涉及行为学层面的验证	理解MR在控制CA2神经元细胞和突触特性中的作用	小鼠海马CA2区神经元	神经科学	NA	空间转录组学	条件性基因敲除模型	分子表达数据	未明确说明样本量（使用基因工程小鼠模型）
467	2025-07-16	Airway epithelial cell response to RSV is mostly impaired in goblet and multiciliated cells in asthma 2024-08-19, Thorax IF:9.0Q1 DOI:10.1136/thorax-2023-220230 PMID:38373824	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了哮喘患者和健康捐赠者的支气管上皮细胞对呼吸道合胞病毒(RSV)感染的转录反应	首次在单细胞水平上揭示了哮喘患者中杯状细胞和多纤毛细胞对RSV感染反应的特定损伤	样本量较小(哮喘患者和健康对照各8例)，且仅观察了感染后3天的反应	探究哮喘患者支气管上皮细胞对RSV感染的分子反应机制	哮喘患者和健康捐赠者的原代支气管上皮细胞(pBECs)	呼吸系统疾病研究	哮喘	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	16例(8例哮喘患者和8例健康对照)
468	2025-07-16	scGPT: toward building a foundation model for single-cell multi-omics using generative AI 2024-Aug, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02201-0 PMID:38409223	research paper	该研究构建了一个基于生成预训练transformer的单细胞生物学基础模型scGPT，用于推进细胞生物学和遗传学研究	将大规模多样化数据集与预训练transformer相结合，构建了首个针对单细胞多组学的生成式AI基础模型scGPT	模型性能依赖于单细胞测序数据的质量和规模	开发适用于单细胞生物学的基础模型，促进细胞生物学和遗传学研究	单细胞测序数据	machine learning	NA	single-cell sequencing	transformer	omics data	超过3300万个细胞
469	2025-07-16	Genomic and single-cell characterization of patient-derived tumor organoid models of head and neck squamous cell carcinoma 2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.28.601068 PMID:39005427	研究论文	本研究通过建立头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)患者来源的肿瘤类器官(PDOs)模型，揭示了肿瘤异质性与治疗抵抗的分子机制	首次在HNSCC PDOs中发现混合上皮-间质转化(hEMT)样程序与顺铂耐药相关，并鉴定AREG作为潜在治疗靶点	样本量相对有限(31例患者)，需要在更大队列中验证发现	提高对HNSCC肿瘤异质性和治疗抵抗的生物学理解，开发个性化治疗策略	头颈部鳞状细胞癌患者来源的肿瘤类器官模型	肿瘤生物学	头颈部鳞状细胞癌	bulk RNA测序、单细胞RNA测序	患者来源类器官(PDO)模型	基因组数据、转录组数据	31例HNSCC患者
470	2025-07-16	Early Developmental Origins of Cortical Disorders Modeled in Human Neural Stem Cells 2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.14.598925 PMID:38915580	research paper	该研究通过人类神经干细胞（NSCs）探索了皮质障碍的早期发育起源，分析了皮质和神经精神障碍相关基因的表达动态	揭示了疾病特异性关键阶段和跨多种疾病的信号汇聚，模拟了风险转录因子缺失对不同神经细胞类型的影响，并发现了自闭症患者来源NSCs中脑模式化和NSCs谱系承诺的转录因子反复改变	研究主要基于体外和体内的人类NSCs数据，可能无法完全反映实际发育过程中的复杂性	探索人类大脑功能障碍在发育早期的机制	人类神经干细胞（NSCs）和皮质障碍相关基因	神经科学	自闭症和其他皮质障碍	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
471	2025-07-16	Prognostic gene landscapes and therapeutic insights in sepsis-induced coagulopathy 2024-05, Thrombosis research IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.thromres.2024.03.011 PMID:38513536	研究论文	本研究通过分析脓毒症患者的转录组数据，识别了与凝血相关的关键基因，并开发了预测患者生存的预后模型和列线图	发现了四个关键基因（CFD、FYN、ITGAM和VSIG4）作为脓毒症患者生存的重要预测因子，并揭示了FYN基因在凝血障碍中的核心作用	研究主要基于转录组数据，可能未涵盖所有潜在的分子机制	探索脓毒症诱导凝血病（SIC）的预后基因和治疗靶点	脓毒症患者和脓毒症大鼠	数字病理学	脓毒症	转录组分析、单细胞测序、实时定量PCR	预后模型、列线图	转录组数据、单细胞测序数据	脓毒症患者的全血样本和脓毒症大鼠的血液样本
472	2025-07-16	PIP4K2C inhibition reverses autophagic flux impairment induced by SARS-CoV-2 2024-Apr-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.15.589676 PMID:38659941	研究论文	研究发现小分子抑制剂RMC-113通过双重抑制PIP4K2C和PIKfyve脂质激酶，有效抑制SARS-CoV-2等多种RNA病毒的复制，并揭示了PIP4K2C在病毒入侵、RNA复制及组装/释放中的作用	揭示了PIP4K2C这一未被充分研究的激酶在病毒诱导的自噬调控中的作用，并提出了双重抑制PIP4K2C和PIKfyve作为对抗新兴病毒的候选策略	NA	寻找广谱抗病毒药物并研究其作用机制	SARS-CoV-2等多种RNA病毒及人类肺类器官	病毒学	COVID-19	脂质组学、蛋白质组学、单细胞转录组学	NA	分子生物学数据	人类肺类器官
473	2025-07-16	Single-cell RNA sequencing highlights epithelial and microenvironmental heterogeneity in malignant progression of pancreatic ductal adenocarcinoma 2024-03-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216607 PMID:38246225	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）向胰腺导管腺癌（PDAC）恶性进展过程中的上皮和微环境异质性	首次利用单细胞转录组学解析IPMN向PDAC进展中的上皮和微环境异质性，并发现SPP1作为IPMN癌变的生物标志物	样本量较小（3个高级别IPMN和2个IPMN衍生的PDAC），且所有样本均为手术切除组织	探究胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤向胰腺导管腺癌恶性进展的分子机制	胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）和胰腺导管腺癌（PDAC）	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	35,693个细胞，来自3个高级别IPMN和2个IPMN衍生的PDAC
474	2025-07-16	Advanced insights on tumor-associated macrophages revealed by single-cell RNA sequencing: The intratumor heterogeneity, functional phenotypes, and cellular interactions 2024-03-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216610 PMID:38244910	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在揭示肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的异质性、功能表型及细胞间相互作用方面的最新研究进展	利用scRNA-seq技术全面解析TAMs在肿瘤微环境中的异质性和功能变化，为优化肿瘤治疗策略提供新视角	主要基于现有文献综述，缺乏原创性实验数据验证	探讨TAMs在肿瘤微环境中的动态变化及其对肿瘤治疗的影响	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	NA
475	2024-09-25	Unveiling Molecular Diversity in Cerebral Thrombi via Spatial Transcriptomics 2024-10, Stroke IF:7.8Q1 DOI:10.1161/STROKEAHA.124.047907 PMID:39206540	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
476	2025-07-15	GZMK+CD8+ T cells Target A Specific Acinar Cell Type in Sjögren's Disease 2024-Jul-11, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3601404/v2 PMID:38196575	研究论文	利用单细胞和空间转录组学技术分析健康与疾病状态下的人类小唾液腺，揭示了干燥综合征（SjD）中特定腺泡细胞类型的免疫靶向机制	发现了新型浆液黏液腺泡细胞类型，并鉴定出SjD中特异性受攻击的腺泡细胞亚群，揭示了GZMK+CD8+ T细胞通过细胞毒性表型与免疫相关上皮细胞的物理关联机制	未明确SjD病因学或提出针对性治疗方案	解析干燥综合征的细胞水平病理机制	人类小唾液腺组织中的各类细胞（特别是腺泡细胞和CD8+ T细胞）	单细胞组学	干燥综合征	单细胞转录组测序、空间转录组学	NA	转录组数据	健康与SjD患者的小唾液腺样本（具体数量未说明）
477	2025-07-15	COPD basal cells are primed towards secretory to multiciliated cell imbalance driving increased resilience to environmental stressors 2024-05-20, Thorax IF:9.0Q1 DOI:10.1136/thorax-2022-219958 PMID:38286613	research paper	本研究探讨了慢性阻塞性肺病（COPD）基底细胞在环境应激下的分泌型与多纤毛细胞失衡现象及其对疾病进展的影响	首次揭示了COPD-IV期基底细胞的独特基因表达模式及其对支气管上皮细胞组成和环境纳米颗粒抵抗力的影响	样本量较小（COPD-IV n=4，COPD-II n=3，健康对照n=4），且仅针对特定纳米颗粒（氧化锌）进行研究	阐明COPD患者支气管上皮细胞对环境纳米颗粒的抵抗机制	原发性人支气管上皮细胞（pHBECs）	呼吸系统疾病研究	慢性阻塞性肺病（COPD）	单细胞转录组分析、功能测定、蛋白质分析	NA	转录组数据、蛋白质表达数据	COPD-IV期4例，COPD-II期3例，健康对照4例
478	2025-07-14	Identifying ADGRG1 as a specific marker for tumor-reactive T cells in acute myeloid leukemia 2024-Sep-06, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-024-00560-0 PMID:39243082	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和V(D)J测序技术，识别了ADGRG1作为急性髓系白血病(AML)中肿瘤反应性T细胞的特定标志物	首次将ADGRG1鉴定为AML中CD8+T肿瘤反应性T细胞的特定标志物，并通过小鼠模型和CAR-T系统验证其功能	研究样本仅限于RUNX1::RUNX1T1突变的AML患者，可能不适用于其他亚型	探索AML中肿瘤反应性T细胞的特征及其特异性标志物	急性髓系白血病患者的骨髓T细胞	肿瘤免疫学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序，单细胞V(D)J测序，STARTRAC-like算法	Runx1; Mx1-Cre小鼠模型	单细胞转录组数据	新诊断的RUNX1::RUNX1T1突变AML患者的骨髓T细胞
479	2025-07-12	MatriCom: a scRNA-Seq data mining tool to infer ECM-ECM and cell-ECM communication systems 2024-Dec-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.10.627834 PMID:39763937	研究论文	开发了一个名为MatriCom的网络应用和R包，用于挖掘scRNA-Seq数据并推断ECM组分之间以及不同细胞群与ECM之间的通讯系统	MatriCom基于独特的MatriComDB数据库，包含超过25,000个经过筛选的涉及基质组分的相互作用，覆盖约80%的哺乳动物基质组基因	NA	阐明不同细胞群在ECM-ECM和细胞-ECM相互作用中的作用及其在癌症或纤维化等疾病中的失调	ECM组分和细胞群	生物信息学	癌症或纤维化	scRNA-Seq	NA	scRNA-Seq数据	整合了46个scRNA-Seq数据集
480	2025-07-12	Evaluating the role of IER3+ macrophages in the prognosis of liver fibrosis by bulk and single-cell transcriptional analyses 2024-Dec, ILIVER.. DOI:10.1016/j.iliver.2024.100132 PMID:40635861	研究论文	通过批量RNA测序和单细胞RNA测序分析，评估IER3+巨噬细胞在肝纤维化预后中的作用	建立了一个包含四个基因（IER3、AKR1B10、ADCY1和PGM1）的肝纤维化相关预后模型FMSig，并发现IER3在髓样细胞中高表达，与抗炎和脂质代谢功能相关	研究依赖于公开数据集，可能缺乏临床样本的直接验证	探索肝纤维化的复杂发病机制并识别能预测肝纤维化预后的关键遗传标记	肝纤维化患者和健康对照	数字病理学	肝纤维化	批量RNA测序和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	FMSig（纤维化巨噬细胞相关预后特征）	RNA测序数据	数据集GSE84044、GSE130970和GSE15654