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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 461 | 2026-03-02 |
FGF receptors mediate cellular senescence in the cystic fibrosis airway epithelium
2024-Jun-25, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.174888
PMID:38916962
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研究论文 | 本文研究了囊性纤维化(CF)气道中成纤维细胞生长因子受体(FGFR)介导的细胞衰老及其对黏液纤毛清除功能的影响 | 揭示了FGFR/MAPK p38信号通路在CF气道细胞衰老中的作用,并首次提出抑制FGFR(特别是FGFR4和FGFR1)可减轻细胞衰老并改善黏液纤毛清除功能 | 研究主要基于体外细胞模型和动物模型,尚未在人体临床试验中验证,且CF ex vivo模型的适用性可能有限 | 探究CF气道中细胞衰老的机制及其对黏液纤毛清除功能的影响,以寻找潜在的治疗策略 | 非CF和CF供体的人原代支气管上皮细胞、CF支气管上皮细胞系、Cftr基因敲除大鼠 | 单细胞转录组学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确具体样本数量,但涉及人原代细胞、细胞系和大鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 462 | 2026-03-02 |
Single-cell signatures identify microenvironment factors in tumors associated with patient outcomes
2024-Jun-17, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100799
PMID:38889686
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scBeacon的工具,用于通过整合和聚类多个单细胞RNA测序数据集来推导细胞类型特征,以解卷积批量肿瘤样本中的细胞组成,并在TCGA队列中识别与患者预后相关的肿瘤微环境因素 | 开发了scBeacon工具,通过整合多个scRNA-seq数据集来提取细胞类型特征,用于解卷积无关的批量肿瘤数据集,从而揭示传统癌症分型方法无法识别的内在肿瘤细胞特性 | NA | 识别肿瘤微环境中的细胞和分子特征,以关联患者预后 | 肿瘤及其微环境中的细胞组分 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据,批量肿瘤样本数据 | TCGA队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 463 | 2026-03-02 |
Glioblastoma-Infiltrating CD8+ T Cells Are Predominantly a Clonally Expanded GZMK+ Effector Population
2024-Jun-03, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-0913
PMID:38416133
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术分析了胶质母细胞瘤中浸润的CD8+ T细胞特征,发现其主要是克隆扩增的GZMK+效应T细胞群 | 揭示了胶质母细胞瘤中CD8+ T细胞主要为克隆扩增的GZMK+效应T细胞,而非典型耗竭T细胞,这与其他癌症类型不同 | 样本量较小(仅15例患者),且未涉及长期疗效或治疗干预的验证 | 探究胶质母细胞瘤中肿瘤浸润淋巴细胞的特性,以解释T细胞免疫疗法疗效有限的原因 | 高级别胶质瘤(包括胶质母细胞瘤和IDH突变型4级星形细胞瘤)患者中的肿瘤浸润淋巴细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序、配对V(D)J测序、细胞转录组和表位索引测序 | NA | 单细胞转录组数据、V(D)J序列数据 | 15例高级别胶质瘤患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 464 | 2026-03-02 |
Status of single-cell RNA sequencing for reproductive toxicology in zebrafish and the transcriptomic trade-off
2024-Jun, Current opinion in toxicology
IF:6.1Q1
DOI:10.1016/j.cotox.2024.100463
PMID:38846809
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在斑马鱼生殖毒理学中的应用现状及其与传统方法的权衡 | 将单细胞RNA测序这一创新技术引入斑马鱼生殖毒理学领域,提供细胞水平的转录组视角 | 单细胞RNA测序在生殖毒理学中仍属未充分利用的技术,且与传统方法存在权衡需考虑 | 探索单细胞RNA测序在生殖毒理学,特别是斑马鱼模型中的应用潜力 | 斑马鱼性腺组织 | 生殖毒理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 465 | 2026-03-02 |
Effects of SPI1-mediated transcriptome remodeling on Alzheimer's disease-related phenotypes in mouse models of Aβ amyloidosis
2024-May-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-48484-x
PMID:38734693
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研究论文 | 本研究通过在小鼠模型中调控SPI1表达,探讨其对阿尔茨海默病相关表型的影响 | 首次在Aβ淀粉样变性小鼠模型中系统评估SPI1表达水平变化对AD病理的调控作用,并揭示其通过免疫反应和补体系统等通路发挥作用的机制 | 研究基于小鼠模型,结果向人类AD治疗的转化仍需进一步验证 | 探究SPI1表达调控对阿尔茨海默病发病机制的影响 | Spi1敲低和过表达的小鼠模型 | NA | 阿尔茨海默病 | 靶向转录组学、单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 466 | 2026-03-02 |
Cis-regulatory control of transcriptional timing and noise in response to estrogen
2024-May-08, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100542
PMID:38663407
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA-seq和机器学习,探索了顺式调控元件如何控制雌激素响应中的转录时序和噪音,揭示了增强子与启动子活性在调控基因响应速度和细胞间变异中的关键作用 | 首次结合单细胞RNA-seq时间序列数据和机器学习方法,系统识别了调控转录时序和噪音的顺式调控特征,并验证了多重增强子活性加速基因响应速度的机制 | 研究主要聚焦于雌激素响应系统,结论在其他信号通路或细胞类型中的普适性有待进一步验证 | 探究顺式调控元件如何控制基因表达的时间动态和细胞间变异(转录噪音) | 雌激素处理时间过程中的基因转录调控 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq,机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 467 | 2026-03-02 |
Peripheral HMGB1 is linked to O3 pathology of disease-associated astrocytes and amyloid
2024-05, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.13825
PMID:38624088
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研究论文 | 本研究探讨了臭氧暴露如何通过肺-脑轴影响阿尔茨海默病病理,特别是疾病相关星形胶质细胞和淀粉样斑块的作用 | 首次揭示了外周髓系细胞HMGB1在调节臭氧诱导的疾病相关星形胶质细胞表型中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类相关性尚需进一步验证 | 阐明空气污染物臭氧通过肺-脑轴影响阿尔茨海默病病理的机制 | 5xFAD转基因小鼠和Hmgb1fl/fl LysM-Cre+基因敲除小鼠 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学、蛋白质组学 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据 | 未明确说明样本数量,使用转基因小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 468 | 2026-03-02 |
Tissue and cellular spatiotemporal dynamics in colon aging
2024-Apr-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.22.590125
PMID:38712088
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研究论文 | 本研究构建了结肠在三个解剖区域和11个年龄组的细胞和空间图谱,结合空间转录组学和单核RNA-seq数据,揭示了结肠衰老过程中的组织和细胞时空动态变化 | 开发了新的计算框架cSplotch,通过利用组织学特征在组织样本和数据模态间共享信息,学习与年龄、组织区域和性别相关的空间解析细胞表达的分层贝叶斯模型 | 研究基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类结肠衰老过程 | 探究结肠衰老过程中组织和细胞的时空动态变化及分子机制 | 小鼠结肠组织 | 数字病理学 | 老年疾病 | 空间转录组学, 单核RNA-seq | 分层贝叶斯模型 | 空间转录组数据, 单核RNA-seq数据 | 约1,500个小鼠肠道组织进行空间转录组学分析,约400,000个单核RNA-seq图谱 | NA | 空间转录组学, 单核RNA-seq | NA | NA |
| 469 | 2026-03-02 |
Bento: a toolkit for subcellular analysis of spatial transcriptomics data
2024-04-02, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03217-7
PMID:38566187
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研究论文 | 本文介绍了Bento,一个用于亚细胞尺度空间转录组数据分析的Python工具包 | Bento利用单分子信息,首次实现了亚细胞尺度的空间分析,突破了现有方法仅限于多细胞尺度的限制 | NA | 开发一个工具包,用于在亚细胞尺度分析空间转录组数据 | 空间转录组数据,包括MERFISH、seqFISH+、Molecular Cartography和Xenium数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 分子坐标和分割边界数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 470 | 2026-03-02 |
Obesogenic diet disrupts tissue-specific mitochondrial gene signatures in the artery and capillary endothelium
2024-Feb-01, Physiological genomics
IF:2.5Q2
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研究论文 | 本研究探讨了肥胖如何通过影响动脉和毛细血管内皮细胞中的线粒体基因表达,导致内皮功能障碍 | 揭示了肥胖饮食下调PPAR-γ,导致脂肪和肠系膜内皮细胞表型趋同的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据验证有限,且未深入探究PPAR-γ下游的具体分子通路 | 理解肥胖对内皮细胞代谢表型,特别是线粒体基因表达的影响 | 小鼠和人类的内皮细胞,重点关注脂肪和肠系膜血管床 | 生物信息学 | 肥胖相关代谢疾病 | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, single-nuclei RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | 小鼠脂肪和肠系膜血管内皮细胞,以及人类内脏脂肪单核RNA-seq数据集 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, single-nuclei RNA-seq | NA | NA |
| 471 | 2026-03-02 |
Enabling methanol fixation of pediatric nasal wash during respiratory illness for single cell sequencing in comparison with fresh samples
2024-Feb, Pediatric research
IF:3.1Q1
DOI:10.1038/s41390-023-02780-2
PMID:37758866
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研究论文 | 本研究开发了一种用于儿童下呼吸道感染患者鼻腔冲洗样本的甲醇固定方案,并验证了其用于单细胞RNA测序的可行性 | 首次提出并验证了甲醇固定法可用于保存儿童鼻腔冲洗样本以进行单细胞RNA测序,解决了临床样本处理灵活性和多中心合作的难题 | 本研究为初步研究,样本量有限,且仅针对儿童下呼吸道感染患者 | 开发并验证一种适用于儿童呼吸道感染临床样本的单细胞测序样本保存方法 | 因下呼吸道感染住院儿童的鼻腔冲洗样本 | 单细胞测序 | 下呼吸道感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 初步研究,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 472 | 2026-03-02 |
Negative binomial mixture model for identification of noise in antibody-antigen specificity predictions from single-cell data
2024, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbae170
PMID:39659592
|
研究论文 | 本文提出了一种使用负二项混合模型对LIBRA-seq单细胞数据进行去噪的方法,以改进抗体-抗原特异性预测 | 通过负二项混合模型将抗原计数聚类为信号和噪声成分,为LIBRA-seq数据提供了一种数据驱动的去噪方法 | NA | 提高单细胞B细胞受体测序数据中抗原结合预测的准确性,以支持抗体发现和机器学习应用 | LIBRA-seq单细胞B细胞受体测序数据 | 机器学习 | NA | LIBRA-seq | 负二项混合模型 | 单细胞测序数据 | 来自九个供体的LIBRA-seq实验数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 473 | 2026-03-01 |
Elevated Shear Stress Modulates Heterogenous Cellular Subpopulations to Induce Vascular Remodeling
2024-12, Tissue engineering. Part A
DOI:10.1089/ten.TEA.2023.0362
PMID:38753711
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研究论文 | 本研究通过动物模型、单细胞RNA测序和组织病理学方法,探究了高剪切应力如何通过调控异质性细胞亚群诱导血管重塑 | 首次在单细胞分辨率下全面研究了高剪切应力诱导血管重塑的分子机制,并精确操控血流以表征所有重要的细胞亚群 | 研究基于大鼠动物模型,结果向人类临床转化的有效性有待进一步验证 | 探究高剪切应力诱导血管重塑的分子机制,以寻找预防动静脉瘘失败的新疗法 | 大鼠隐静脉中的细胞亚群,特别是内皮细胞和巨噬细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,组织病理学 | NA | 单细胞转录组数据,组织病理学图像 | 大鼠隐静脉样本(高剪切应力组与无高剪切应力对照组) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 474 | 2026-03-01 |
Loss of NLRP6 increases the severity of kidney fibrosis
2024-09, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.31347
PMID:38934623
|
研究论文 | 本研究探讨了NLRP6在慢性肾病纤维化中的作用,发现其缺失会加剧肾脏炎症和纤维化 | 首次揭示了NLRP6在肾脏纤维化中的保护作用,并阐明了其通过p38 MAPK通路调节TGF-β1和Klotho表达的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型和细胞培养,人类临床样本验证有限,且未深入探讨NLRP6在其他肾脏细胞类型中的功能 | 探究NLRP6在慢性肾病纤维化中的功能和分子机制 | 野生型和Nlrp6缺陷小鼠、肾小管细胞培养物、人类肾脏转录组数据库 | 数字病理学 | 慢性肾病 | 单细胞转录组测序、基因表达分析、细胞培养 | NA | 转录组数据、基因表达数据 | 小鼠模型和细胞培养样本,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 475 | 2026-02-28 |
Single-cell profiling of the amphioxus digestive tract reveals conservation of endocrine cells in chordates
2024-12-20, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adq0702
PMID:39705360
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了文昌鱼消化道的细胞特征,包括其分段结构和细胞簇多样性,并强调了内分泌样细胞的保守性 | 首次在文昌鱼消化道中发现并描述了三种分泌胰岛素样、胰高血糖素样和生长抑素样肽的内分泌样细胞,揭示了脊椎动物消化系统进化的关键线索 | 研究基于模型生物文昌鱼,可能不完全代表所有脊椎动物的进化过程,且功能验证仅限于特定基因敲除线 | 探索脊椎动物消化系统的进化起源,通过分析原始脊索动物文昌鱼的消化道细胞特征 | 文昌鱼(amphioxus)的消化道组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序,批量组织测序,基因敲除 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 476 | 2026-02-28 |
Chemokine expression profile of an innate granuloma
2024-Nov-14, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.96425
PMID:39541153
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学分析先天免疫系统在肝脏中形成肉芽肿过程中的趋化因子表达谱 | 首次在先天免疫肉芽肿模型中系统研究CC和CXC趋化因子及其受体的时空动态表达模式 | 研究基于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类;仅关注CCR2在单核细胞来源巨噬细胞中的作用,未全面探讨其他趋化因子受体 | 阐明先天免疫肉芽肿形成过程中趋化因子如何指导免疫细胞分层聚集 | 小鼠肝脏中的先天免疫肉芽肿 | 空间转录组学 | 感染性疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 477 | 2026-02-28 |
Dual targeting macrophages and microglia is a therapeutic vulnerability in models of PTEN-deficient glioblastoma
2024-Oct-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI178628
PMID:39352749
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和多重免疫荧光技术,揭示了PTEN缺陷型胶质母细胞瘤中巨噬细胞与小胶质细胞的负相关性,并提出了靶向LOX和CLOCK-OLFML3轴的双重抑制联合抗PD1疗法的治疗策略 | 首次发现PTEN缺陷型胶质母细胞瘤中巨噬细胞与小胶质细胞在肿瘤微环境中呈负相关,并揭示了LOX抑制通过NF-κB-PATZ1信号通路上调OLFML3表达的补偿机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床试验中验证 | 探索PTEN缺陷型胶质母细胞瘤中肿瘤相关巨噬细胞和小胶质细胞的相互作用机制及联合靶向治疗策略 | PTEN缺陷型胶质母细胞瘤小鼠模型中的肿瘤相关巨噬细胞、小胶质细胞及肿瘤细胞 | 肿瘤免疫学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞转录组学、多重顺序免疫荧光、功能研究 | NA | 转录组数据、免疫荧光图像 | 未明确说明具体样本数量,使用PTEN缺陷型胶质母细胞瘤小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 478 | 2026-02-28 |
A cell atlas of the adult female Aedes aegypti midgut revealed by single-cell RNA sequencing
2024-06-05, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-03432-8
PMID:38839790
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,构建了成年雌性埃及伊蚊中肠的细胞图谱 | 首次建立了埃及伊蚊中肠单细胞分离与RNA测序的方案,并系统注释了其细胞类型,为在单细胞水平研究虫媒病毒与中肠的相互作用提供了基础 | 研究未直接应用于病毒-中肠相互作用的实验验证,且为新建立的方法,其广泛适用性有待进一步验证 | 构建埃及伊蚊中肠的单细胞转录组图谱,以支持后续在单细胞水平研究虫媒病毒感染机制 | 成年雌性埃及伊蚊的中肠组织 | 单细胞组学 | 虫媒病毒感染(如登革热、寨卡病毒等) | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量,研究对象为成年雌性埃及伊蚊中肠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 479 | 2026-02-28 |
Airway injury induces alveolar epithelial and mesenchymal responses mediated by macrophages
2024-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.02.587596
PMID:38617297
|
研究论文 | 本研究通过小鼠模型探索了气道特异性上皮损伤如何引发远端肺泡、免疫和间质细胞的广泛反应 | 揭示了气道损伤通过肺泡巨噬细胞介导的Osteopontin上调,诱导远端肺泡II型细胞增殖和新型间质细胞群MANC2的动态变化 | 研究基于小鼠模型,结果在人类中的适用性尚需验证,且未深入探讨长期疾病发展机制 | 探究气道损伤对远端肺组织细胞反应的影响机制 | 小鼠模型中的气道和肺泡组织细胞 | 单细胞转录组学 | 肺损伤 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 480 | 2026-02-28 |
Single-cell transcriptome analysis reveals tumoral microenvironment heterogenicity and hypervascularization in human carotid body tumor
2024-04, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.31175
PMID:38214142
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析人颈动脉体肿瘤,揭示了其微环境异质性和高血管化特征 | 首次对颈动脉体肿瘤进行单细胞转录组分析,识别了16种细胞群并阐明了内皮细胞、巨噬细胞和神经元细胞在肿瘤形成中的新机制 | NA | 定义导致颈动脉体肿瘤高血管化和慢性增生的细胞类型 | 人颈动脉体肿瘤样本 | 数字病理学 | 颈动脉体肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |