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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 461 | 2024-08-07 |
Lung Single-Cell Transcriptomics in Alpha-1 Antitrypsin Deficiency
2024-Aug, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0064LE
PMID:39087828
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 462 | 2025-10-06 |
Analyzing Single Cell RNA Sequencing with Topological Nonnegative Matrix Factorization
2024-Aug-01, Journal of computational and applied mathematics
IF:2.1Q1
DOI:10.1016/j.cam.2024.115842
PMID:38464901
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研究论文 | 本文提出了两种基于持久拉普拉斯正则化的非负矩阵分解方法,用于分析单细胞RNA测序数据 | 引入了拓扑非负矩阵分解(TNMF)和鲁棒拓扑非负矩阵分解(rTNMF),解决了传统NMF方法缺乏多尺度分析的问题 | NA | 开发新的计算方法以更好地分析单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解(NMF), 拓扑非负矩阵分解(TNMF), 鲁棒拓扑非负矩阵分解(rTNMF) | 基因表达数据 | 12个数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 463 | 2025-10-06 |
Dissecting the Implications of Calumenin in Malignancy and Heterogeneity of the Microenvironment of Clear Cell Renal Cell Carcinoma Using Multi-Omics Data
2024-Aug, Phenomics (Cham, Switzerland)
DOI:10.1007/s43657-024-00169-7
PMID:39583311
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研究论文 | 通过多组学数据研究Calumenin在透明细胞肾细胞癌恶性进展和肿瘤微环境异质性中的作用 | 首次系统揭示CALU在ccRCC中的表达特征及其与肿瘤微环境免疫细胞组成的关联,并发现CALU表达影响化疗药物敏感性 | 研究样本量未明确说明,机制研究仍需深入验证 | 探讨Calumenin在透明细胞肾细胞癌发生发展中的作用机制 | 透明细胞肾细胞癌患者组织和细胞系 | 生物信息学 | 肾细胞癌 | 多组学数据分析,单细胞测序,分子生物学实验 | NA | 基因组数据,转录组数据,单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,多组学整合分析 | NA | NA |
| 464 | 2025-10-06 |
Single-Cell Analyses Offer Insights into the Different Remodeling Programs of Arteries and Veins
2024-05-07, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13100793
PMID:38786017
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研究论文 | 通过单细胞分析比较人类外周动脉和静脉的细胞组成差异,揭示血管重塑机制 | 首次在单细胞水平系统对比动脉和静脉的细胞图谱,发现静脉成纤维细胞在胶原产生和血管重塑中的独特作用 | 样本量相对有限(30例器官捐献者),主要关注上肢血管 | 探究动脉和静脉在闭塞性疾病和损伤反应中差异的生物学基础 | 人类外周动脉(肱动脉)和静脉(贵要静脉/头静脉) | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 蛋白质组学, 流式细胞术, 组织学 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质组数据, 流式细胞数据, 组织图像 | 30例器官捐献者的动脉和静脉样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 465 | 2025-10-06 |
NFĸB signaling drives myocardial injury via CCR2+ macrophages in a preclinical model of arrhythmogenic cardiomyopathy
2024-Apr-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI172014
PMID:38564300
|
研究论文 | 本研究通过遗传学方法和单细胞RNA测序揭示了NFκB信号在致心律失常性心肌病中通过CCR2+巨噬细胞驱动心肌损伤的机制 | 首次证明心肌细胞中NFκB信号通过招募CCR2+巨噬细胞介导心肌损伤和心律失常,并揭示了心脏细胞间的免疫调节串扰 | 研究基于小鼠模型,结果向人类临床应用的转化需要进一步验证 | 阐明致心律失常性心肌病中免疫信号在心肌细胞和巨噬细胞中的贡献机制 | Dsg2mut/mut小鼠模型(致心律失常性心肌病模型) | 单细胞组学 | 致心律失常性心肌病 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, CITE-Seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 多组学分析 | NA | NA |
| 466 | 2025-10-06 |
The intricate cellular ecosystem of human peripheral veins as revealed by single-cell transcriptomic analysis
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0296264
PMID:38206912
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示人类外周静脉中复杂的细胞生态系统 | 首次在单细胞水平系统解析人类外周静脉的微解剖结构,发现静脉内皮细胞、平滑肌细胞和成纤维细胞的新型功能表型 | 样本量较小(仅4个非病变静脉),仅关注上肢静脉,缺乏疾病状态对照 | 解析人类外周静脉在单细胞水平的微解剖结构及其与血管壁结构、重塑过程和炎症反应的关系 | 来自器官捐献者的4个非病变人类上肢静脉(3个头静脉,1个贵要静脉) | 单细胞生物学 | 血管疾病 | 单细胞RNA测序,生物信息学分析,组织学分析 | 无监督聚类分析 | 单细胞转录组数据,组织学图像数据 | 4个人类静脉样本,20,006个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 467 | 2025-10-06 |
Brca1 haploinsufficiency promotes early tumor onset and epigenetic alterations in a mouse model of hereditary breast cancer
2024-Dec, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01958-6
PMID:39528827
|
研究论文 | 本研究通过新型基因工程小鼠模型揭示了Brca1单倍体不足通过表观遗传改变加速遗传性乳腺癌发生的机制 | 发现Brca1杂合状态本身存在固有的促肿瘤表观遗传改变,挑战了传统的'二次打击'假说 | 研究基于小鼠模型,在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究Brca1杂合性如何促进乳腺癌早期发生 | Brca1杂合基因工程小鼠的乳腺上皮细胞 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, ATAC-seq | 基因工程小鼠模型 | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 468 | 2025-10-06 |
Characteristics of blood-brain barrier heterogeneity between brain regions revealed by profiling vascular and perivascular cells
2024-Oct, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01743-y
PMID:39210068
|
研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学揭示不同脑区血脑屏障异质性的分子特征 | 首次系统比较具有天然渗漏血管的脑区与正常脑区的血脑屏障分子差异,发现内皮细胞与周细胞相互作用的区域特异性 | 研究仅针对小鼠模型,未在人类样本中验证 | 探究不同脑区血脑屏障功能异质性的形成机制 | 小鼠正中隆起和大脑皮层区域的血管内皮细胞和周细胞 | 空间转录组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 电子显微镜, 组织透明化技术 | NA | 单细胞转录组数据, 空间基因表达数据, 显微图像 | 小鼠脑组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 469 | 2025-10-06 |
cytoKernel: Robust kernel embeddings for assessing differential expression of single cell data
2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.16.608287
PMID:39229233
|
研究论文 | 提出一种基于核嵌入的稳健方法cytoKernel,用于评估单细胞数据的差异表达 | 使用基于核的评分检验,能够检测单细胞数据中常被忽视的多模态特征变化 | NA | 开发评估单细胞数据差异表达的稳健方法 | 单细胞RNA测序数据和高维流式或质谱流式数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,质谱流式技术 | 核嵌入方法,基于核的评分检验 | 单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,质谱流式技术 | NA | NA |
| 470 | 2025-10-06 |
Tertiary lymphoid structures sustain cutaneous B cell activity in hidradenitis suppurativa
2024-02-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.169870
PMID:38113104
|
研究论文 | 本研究通过组织学分析、单细胞RNA测序和空间转录组学技术,揭示了化脓性汗腺炎皮损中三级淋巴结构的存在及其对B细胞活性的维持作用 | 首次在化脓性汗腺炎皮损中发现三级淋巴结构,并证明这些结构支持B细胞的持续活化和成熟过程 | 研究样本数量有限,且主要关注皮损局部微环境,未涉及全身免疫反应 | 探究化脓性汗腺炎皮损中B细胞的动态变化和微环境相互作用 | 化脓性汗腺炎患者的皮肤病变组织 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 组织学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 组织图像 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 471 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomics reveals variations in monocytes and Tregs between gout flare and remission
2024-02-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.179067
PMID:38329132
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 472 | 2025-10-06 |
The BCL-2 inhibitor APG-2575 resets tumor-associated macrophages toward the M1 phenotype, promoting a favorable response to anti-PD-1 therapy via NLRP3 activation
2024-01, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-023-01112-y
PMID:38062129
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研究论文 | 本研究揭示BCL-2抑制剂APG-2575通过激活NLRP3信号通路将肿瘤相关巨噬细胞重编程为M1表型,从而增强抗PD-1疗法的疗效 | 首次发现APG-2575能直接结合NF-κB p65激活NLRP3信号通路,介导巨噬细胞表型转化并增强抗肿瘤免疫反应 | 研究主要基于小鼠模型,临床验证数据有限,需进一步人体试验确认 | 探索BCL-2抑制剂与免疫检查点抑制剂联合治疗的协同作用机制 | 同系和人源化CD34+小鼠模型及患者肿瘤样本 | 肿瘤免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序,多重免疫组织化学 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 小鼠模型和患者样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 473 | 2025-10-06 |
Pax3/7 gene function in Oikopleura dioica supports a neuroepithelial-like origin for its house-making Fol territory
2024-12, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2024.08.012
PMID:39181419
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研究论文 | 本研究通过CRISPR-Cas9突变株和单细胞RNA测序分析,探讨了Oikopleura dioica中pax37A和pax37B基因在房室制造滤器区域发育中的功能 | 首次揭示pax37B(而非pax37A)对房室滤器细胞分化的特异性调控作用,并提出滤器区域分泌上皮细胞可能保留或进化了神经上皮特征的新假说 | 研究仅针对特定海洋生物模型,其结论在其他生物中的普适性仍需验证 | 探究Pax3/7基因在尾索动物房室制造上皮发育中的功能机制 | Oikopleura dioica(尾索动物)的房室制造上皮及其滤器细胞 | 发育生物学 | NA | CRISPR-Cas9基因编辑, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 野生型和突变型Oikopleura dioica个体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 474 | 2025-10-06 |
Joint representation and visualization of derailed cell states with Decipher
2024-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.11.566719
PMID:38014231
|
研究论文 | 本文提出了一种名为Decipher的深度生成模型,用于整合单细胞基因组学数据并表征细胞状态从正常到异常的转变 | 开发了能够联合建模和可视化正常与扰动条件下单细胞RNA-seq数据的深度生成模型,揭示共享和破坏的细胞动态 | NA | 开发计算工具以整合跨条件的单细胞基因组学数据并表征异常细胞状态轨迹 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 胰腺炎、急性髓系白血病、胃癌 | 单细胞RNA测序 | 深度生成模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 475 | 2025-10-06 |
Attenuated kidney oxidative metabolism in young adults with type 1 diabetes
2024-Oct-22, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI183984
PMID:39436695
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研究论文 | 本研究探讨1型糖尿病年轻成人患者肾脏氧化代谢减弱与糖尿病肾病发展的关系 | 首次在年轻1型糖尿病患者中结合多种先进技术评估肾脏氧化代谢,并通过单细胞RNA测序和空间代谢组学揭示肾小管细胞亚型分布与代谢功能障碍的关联 | 样本量相对较小(T1D组30人,对照组20人),研究结果需要在更大人群中验证 | 研究1型糖尿病患者胰岛素敏感性降低与肾脏氧化代谢改变对糖尿病肾病发展的影响 | 年轻1型糖尿病成人患者(n=30)和健康对照者(n=20) | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序, 空间代谢组学, 11C-乙酸盐PET, MRI, 高胰岛素-正常血糖钳夹技术, 肾脏活检 | Slingshot算法, 伪时间轨迹分析 | 基因表达数据, 代谢物数据, 影像数据, 临床数据 | 50人(30例1型糖尿病患者,20例健康对照) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间代谢组学 | NA | NA |
| 476 | 2025-10-06 |
Identification of kidney cell types in scRNA-seq and snRNA-seq data using machine learning algorithms
2024-Oct-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38567
PMID:39403515
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研究论文 | 本研究评估五种机器学习算法在肾脏单细胞和单核RNA测序数据中自动注释细胞类型的性能 | 首次系统比较五种监督分类方法在肾脏scRNA-seq和snRNA-seq数据中的细胞类型注释性能,并评估跨平台数据的泛化能力 | 活检样本数量有限,且scRNA-seq训练模型在snRNA-seq数据上表现较差 | 开发自动化的细胞类型注释方法以减少对领域专家知识和人工标注的依赖 | 肾脏细胞 | 机器学习 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | 支持向量机, 随机森林, 多层感知机, k近邻, 极端梯度提升 | 基因表达数据 | 79个肾脏活检样本中的62,120个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 477 | 2025-10-06 |
Integrated analysis of bulk and single-cell RNA-seq data reveals cell differentiation-related subtypes and a scoring system in bladder cancer
2024-Oct, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70111
PMID:39400959
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研究论文 | 通过整合分析批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据,揭示了膀胱癌中与细胞分化相关的分子亚型并开发了CDR评分系统 | 首次探索膀胱癌中细胞分化相关基因的分子亚型及其预后意义,开发了基于9个基因的CDR评分系统 | 研究基于GEO数据库,样本来源有限,需要进一步临床验证 | 探索膀胱癌中细胞分化相关基因的分子亚型及其临床预后意义 | 膀胱癌患者样本数据 | 生物信息学 | 膀胱癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, WGCNA, Lasso回归, Cox回归 | NA | 基因表达数据 | 两个GEO单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 478 | 2025-10-06 |
Molecular pathology, developmental changes and synaptic dysfunction in (pre-) symptomatic human C9ORF72-ALS/FTD cerebral organoids
2024-09-18, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-024-01857-1
PMID:39289761
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研究论文 | 本研究利用iPSC来源的脑类器官模型揭示了C9ORF72基因突变导致的ALS/FTD疾病早期分子病理和突触功能障碍 | 首次在3D人脑类器官模型中系统揭示了C9-ALS/FTD从无症状期到症状期的分子病理发展过程 | 无症状携带者的下游细胞缺陷检测结果存在个体差异 | 探究C9ORF72基因突变导致ALS/FTD疾病的早期病理机制 | C9-ALS/FTD患者、无症状C9ORF72-HRE携带者和对照组的iPSC来源脑类器官 | 神经科学 | 肌萎缩侧索硬化/额颞叶痴呆 | 单细胞RNA测序,膜片钳电生理学 | 脑类器官模型 | 基因表达数据,电生理数据 | C9-ALS/FTD患者、无症状携带者和对照组的多个人iPSC系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 479 | 2025-10-06 |
SuperFeat: Quantitative Feature Learning from Single-cell RNA-seq Data Facilitates Drug Repurposing
2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae036
PMID:39401181
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研究论文 | 开发了一个名为SuperFeat的计算框架,通过单细胞RNA测序数据学习定量特征以促进药物重定位 | 提出了基于人工神经网络的监督特征学习与评分框架,能够评估病理组织中的典型细胞状态/特征并识别靶向这些特征的潜在药物 | NA | 开发计算框架促进药物重定位 | 单细胞RNA测序数据中的细胞特征 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 人工神经网络 | 基因表达谱 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 480 | 2025-10-06 |
Advances in preclinical assessment of therapeutic targets for bladder cancer precision medicine
2024-Jul-01, Current opinion in urology
IF:2.1Q2
DOI:10.1097/MOU.0000000000001177
PMID:38602053
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综述 | 本文综述了膀胱癌精准医学领域的新型治疗靶点与治疗策略的最新进展 | 重点关注抗体药物偶联物联合免疫疗法、克服化疗耐药性策略、基因组改变靶向及单细胞RNA测序在肿瘤微环境表征中的应用 | NA | 梳理膀胱癌肿瘤异质性复杂性,改善患者个体化治疗结果 | 膀胱癌患者 | 精准医学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |