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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4681 | 2024-08-28 |
Single-cell RNA sequencing of aging neural progenitors reveals loss of excitatory neuron potential and a population with transcriptional immune response
2024, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2024.1400963
PMID:39184324
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了衰老神经前体细胞的转录变化,发现兴奋性神经元潜能的丧失及具有转录免疫反应的细胞群 | 首次在单细胞水平上比较了不同神经发生区域的前体细胞转录谱,并揭示了衰老相关炎症对这些细胞的影响 | NA | 探究衰老过程中神经前体细胞的转录变化及其与衰老相关炎症的关系 | 成年小鼠大脑中的神经干细胞及其前体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4682 | 2024-08-28 |
Characteristics and impact of infiltration of B-cells from systemic sclerosis patients in a 3D healthy skin model
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1373464
PMID:39185406
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研究论文 | 研究了系统性硬化症(SSc)患者B细胞与健康皮肤模型中成纤维细胞的相互作用及其影响 | 首次展示了激活的B细胞改变了健康和SSc成纤维细胞的转录组特征,向促炎(TNF和IL-17信号传导)和干扰素特征转变 | NA | 探讨B细胞与成纤维细胞在组织水平上的相互作用及其机制 | 系统性硬化症患者B细胞与三维重建的健康皮肤模型中的成纤维细胞、角质形成细胞和细胞外基质的共培养 | NA | 系统性硬化症 | 细胞成像策略、流式细胞术、批量和单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4683 | 2024-08-27 |
Exploring the Influence of T Cell Marker Gene Expression on the Pathobiology and Clinical Prognostic Outcomes in Intestinal-Type Gastric Carcinoma
2024-Sep, Journal of gastrointestinal cancer
IF:1.6Q4
DOI:10.1007/s12029-024-01104-9
PMID:39136893
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研究论文 | 本研究探讨了T细胞标记基因表达在肠型胃癌病理生物学和临床预后中的作用 | 开发了一种基于T细胞标记基因的风险评分,用于胃癌患者的生存预测 | NA | 阐明免疫系统,特别是T细胞及其亚型在肠型胃癌发病和进展中的作用,并评估基于T细胞标记基因的风险评分对总体生存的预测效用 | 肠型胃癌患者的T细胞标记基因表达及其对生存预后的影响 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了来自癌症基因组图谱(TCGA)和GSE15459数据集的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 4684 | 2024-08-27 |
Connectivity Network Feature Sharing in Single-Cell RNA Sequencing Data Identifies Rare Cells
2024-Aug-26, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.4c00796
PMID:39096508
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SCLCNF的新方法,通过分析单细胞RNA测序数据中的局部连接网络特征共享来识别稀有细胞 | SCLCNF通过创建细胞连接网络并利用稀有性评分来识别稀有细胞,相较于现有技术在检测稀有细胞方面表现更优 | NA | 开发一种新方法以克服传统方法在检测稀有细胞时的不足 | 稀有细胞的识别 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及人类胚胎数据集和脓毒症数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 4685 | 2024-08-27 |
scSwinFormer: A Transformer-Based Cell-Type Annotation Method for scRNA-Seq Data Using Smooth Gene Embedding and Global Features
2024-Aug-26, Journal of chemical information and modeling
IF:5.6Q1
DOI:10.1021/acs.jcim.4c00616
PMID:39101690
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研究论文 | 本文介绍了一种基于Transformer的深度学习方法scSwinFormer,用于大规模scRNA-seq数据的细胞类型注释 | scSwinFormer通过平滑基因嵌入模块和自注意力模块捕获基因间的潜在依赖关系,并利用Cell Token整合scRNA-seq数据中的全局信息,提高了细胞类型注释的准确性 | NA | 开发一种新的细胞类型注释方法,以提高scRNA-seq数据分析的准确性 | scRNA-seq数据中的细胞类型 | 自然语言处理 | NA | scRNA-seq | Transformer | 文本 | 多个真实数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 4686 | 2024-08-27 |
Single-cell sequencing combined with spatial transcriptomics reveals that the IRF7 gene in M1 macrophages inhibits the occurrence of pancreatic cancer by regulating lipid metabolism-related mechanisms
2024-Aug, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1799
PMID:39118300
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序结合空间转录组学技术,揭示了M1巨噬细胞中的IRF7基因通过调控脂质代谢相关机制抑制胰腺癌的发生 | 首次揭示了IRF7在M1巨噬细胞中通过抑制RPS18的转录和转移,进而影响胰腺癌细胞中ILF3的表达,从而抑制脂质代谢和细胞增殖等过程 | 研究主要基于数据库中的scRNA-seq和ST数据,未涉及临床样本的直接验证 | 探索IRF7在M1巨噬细胞中调控RPS18转录的分子机制,以及IRF7通过外泌体传递RPS18至胰腺癌细胞并调控ILF3表达的过程 | M1巨噬细胞中的IRF7基因、RPS18基因、ILF3表达及胰腺癌细胞的脂质代谢 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学(ST)、流式细胞术、CRISPR/Cas9编辑技术、代谢组学分析 | NA | 基因表达数据 | 使用了来自Gene Expression Omnibus数据库的scRNA-seq和ST数据,具体样本数量未详细说明 | NA | NA | NA | NA |
| 4687 | 2024-08-26 |
Effects of tumor treating fields (TTFields) on human mesenchymal stromal cells
2024-Sep, Journal of neuro-oncology
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s11060-024-04740-0
PMID:38900237
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研究论文 | 研究肿瘤治疗场(TTFields)对人类间充质基质细胞(MSCs)的影响 | 首次探讨了TTFields对MSCs的影响,填补了该领域的知识空白 | 仅在体外进行了实验,尚未在临床环境中验证 | 研究TTFields对间充质基质细胞的生物学效应 | 人类间充质基质细胞(MSCs) | NA | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序、免疫荧光染色、流式细胞术、Boyden室实验 | NA | 细胞 | 患者样本中的间充质基质细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 4688 | 2024-08-07 |
Unlocking Skin's Symphony: Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveal the Harmonious Interplay among Diverse Cell Populations
2024-Sep, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2024.01.039
PMID:38678464
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4689 | 2024-08-26 |
Mitochondrial DNA Leakage Promotes Persistent Pancreatic Acinar Cell Injury in Acute Pancreatitis via the cGAS-STING-NF-κB Pathway
2024-Aug-24, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-024-02132-0
PMID:39180578
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研究论文 | 研究探讨了线粒体DNA泄漏通过cGAS-STING-NF-κB途径在急性胰腺炎中促进胰腺腺泡细胞损伤的作用 | 首次研究了cGAS-STING途径在胰腺腺泡细胞中的作用及其在急性胰腺炎中的潜在炎症机制 | NA | 探讨cGAS-STING途径在胰腺腺泡细胞中的作用及其在急性胰腺炎中的机制 | 急性胰腺炎患者的血浆和胰腺腺泡细胞 | NA | 急性胰腺炎 | 数字PCR, 单细胞测序 | NA | 血浆, 细胞 | 50名急性胰腺炎患者和10名健康捐赠者的血浆, 以及小鼠和细胞模型 | NA | NA | NA | NA |
| 4690 | 2024-08-26 |
Pan-cancer single-cell dissection reveals phenotypically distinct B cell subtypes
2024-Aug-22, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.06.038
PMID:39047727
|
研究论文 | 本文通过整合来自19种主要癌症类型的649名患者的单细胞RNA测序数据,建立了一个全面的人类B细胞资源,并揭示了肿瘤浸润B细胞(TIBs)的组成和表型特征的显著异质性 | 本文首次识别出应激反应记忆B细胞和肿瘤相关非典型B细胞(TAABs),这两种肿瘤富集亚群具有预后潜力,并在泛癌种中共享 | NA | 深入理解B细胞在癌症发展中的作用 | 肿瘤浸润B细胞(TIBs)的组成和表型特征 | 数字病理学 | 泛癌种 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 649名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 4691 | 2024-08-26 |
Prognositic value of anoikis and tumor immune microenvironment-related gene in the treatment of osteosarcoma
2024-May-28, Zhong nan da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Central South University. Medical sciences
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研究论文 | 本研究探讨了与肿瘤免疫微环境相关的细胞凋亡(anoikis)基因在骨肉瘤治疗中的预后价值 | 首次在骨肉瘤中研究了anoikis及其与肿瘤免疫微环境的关系,并构建了基于这些基因的预后模型 | NA | 阐明anoikis及肿瘤免疫微环境相关基因在骨肉瘤治疗中的预后价值 | 骨肉瘤患者及其肿瘤免疫微环境 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA)算法 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 51个与肿瘤微环境密切相关的关键anoikis相关基因(ANRGs) | NA | NA | NA | NA |
| 4692 | 2024-08-25 |
A highly neutralizing human monoclonal antibody targeting a novel linear epitope on staphylococcal enterotoxin B
2024-Dec-31, Human vaccines & immunotherapeutics
IF:4.1Q2
DOI:10.1080/21645515.2024.2360338
PMID:38857905
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术从参与五价疫苗临床试验的志愿者中分离的PBMCs中鉴定出一种针对SEB的新型线性表位的人源单克隆抗体Hm0487,并通过X射线晶体学和功能研究验证了其高效中和SEB的能力 | 本研究首次鉴定出一种针对SEB的新型线性表位的人源单克隆抗体Hm0487,并揭示了其通过别构效应而非竞争受体结合位点来中和SEB的机制 | NA | 研究旨在发现和验证一种新型的人源单克隆抗体,用于中和SEB的毒性及其引起的感染 | SEB毒素及其引起的中毒性休克综合征 | NA | 中毒性休克综合征 | 单细胞测序,X射线晶体学 | NA | 蛋白质结构 | 从参与五价疫苗临床试验的志愿者中分离的PBMCs | NA | NA | NA | NA |
| 4693 | 2024-08-25 |
Association Between COVID-19 and Neurological Diseases: Evidence from Large-Scale Mendelian Randomization Analysis and Single-Cell RNA Sequencing Analysis
2024-Sep, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-024-03975-2
PMID:38300446
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研究论文 | 本研究通过孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序分析,探讨了COVID-19与神经系统疾病之间的因果关系 | 首次通过孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序分析,揭示了SARS-CoV-2感染与癫痫和躁狂等神经系统疾病的因果关系 | 研究未观察到COVID-19对其他特征的显著影响 | 评估SARS-CoV-2感染与神经系统疾病之间的因果关系,并分析SARS-CoV-2在细胞水平的潜在入侵途径 | SARS-CoV-2感染与神经系统疾病的关系 | NA | 神经系统疾病 | 孟德尔随机化分析, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 23种细胞亚型 | NA | NA | NA | NA |
| 4694 | 2024-08-25 |
Global transcription regulation revealed from dynamical correlations in time-resolved single-cell RNA sequencing
2024-Aug-21, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2024.07.002
PMID:39121860
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研究论文 | 本研究通过时间分辨的单细胞RNA测序数据,利用代谢标记协议和细胞周期报告系统,开发了一种随机基因表达模型,以揭示细胞生长和分裂过程中细胞大小和细胞周期依赖的转录动力学机制 | 本研究开发了一种高度可扩展的近似贝叶斯计算方法,能够校正技术变异并准确量化细胞周期中绝对爆发频率、爆发大小和降解率,以及转录速率与细胞大小的关系 | NA | 揭示单细胞中全局转录调控的动态机制 | 单细胞转录组动态 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机模型 | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4695 | 2024-08-25 |
Denoiseit: denoising gene expression data using rank based isolation trees
2024-Aug-21, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05899-z
PMID:39169300
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研究论文 | 本文提出了一种名为DenoiseIt的方法,用于从基因表达数据中去除潜在的异常基因,以构建一个更稳健的基因集,从而提高下游基因表达分析的质量。 | DenoiseIt采用了一种反向搜索方法,结合非负矩阵分解和隔离森林来识别和去除异常基因,与传统的正向基因搜索方法不同。 | NA | 开发一种新的方法来提高基因表达数据分析的质量,通过去除异常基因来增强生物标志物的识别。 | 基因表达数据中的异常基因 | 生物信息学 | NA | 非负矩阵分解,隔离森林 | NA | 基因表达数据 | 应用了来自TCGA和COVID-19队列的bulk和单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA |
| 4696 | 2024-08-25 |
Integrated bioinformatics analysis and experimental validation reveal the relationship between ALOX5AP and the prognosis and immune microenvironment in glioma
2024-Aug-21, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-024-01991-8
PMID:39169376
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研究论文 | 本文通过综合生物信息学分析和实验验证,揭示了ALOX5AP与胶质瘤预后及免疫微环境之间的关系 | 首次详细探讨了ALOX5AP在胶质瘤中的表达及其与免疫微环境和预后的关联 | NA | 研究ALOX5AP在胶质瘤中的作用及其作为预后和免疫治疗反应预测标志物的潜力 | ALOX5AP在胶质瘤中的表达及其与免疫微环境和预后的关系 | 数字病理学 | 脑瘤 | 多重免疫荧光染色 | NA | RNA测序数据 | 使用了胶质瘤组织微阵列进行验证 | NA | NA | NA | NA |
| 4697 | 2024-08-25 |
Single-cell transcriptome analysis revealed heterogeneity in glycolysis and identified IGF2 as a therapeutic target for ovarian cancer subtypes
2024-Jul-31, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-024-12688-7
PMID:39085784
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析揭示了卵巢癌中糖酵解的异质性,并确定IGF2为治疗卵巢癌亚型的潜在靶点 | 开发了基于糖酵解评分的新型卵巢癌亚型,并建立了稳定的预后模型 | NA | 探索卵巢癌的分子机制和个性化治疗途径 | 卵巢癌及其亚型 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 85种机器学习组合 | NA | NA | NA | NA |
| 4698 | 2024-08-25 |
Prediction Model for Therapeutic Responses in Ovarian Cancer Patients using Paclitaxel-resistant Immune-related lncRNAs
2024, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于紫杉醇耐药免疫相关长链非编码RNAs(lncRNAs)的卵巢癌患者治疗反应预测模型 | 首次构建了包含9个紫杉醇耐药免疫相关lncRNAs的预测模型,用于预测卵巢癌患者的免疫治疗和化疗反应及预后 | NA | 开发一种预测卵巢癌患者治疗反应的模型 | 卵巢癌患者 | 数字病理学 | 卵巢癌 | RNA-seq | LASSO Cox回归分析 | RNA序列数据 | 186个差异表达的紫杉醇耐药lncRNAs和225个免疫相关lncRNAs | NA | NA | NA | NA |
| 4699 | 2024-08-25 |
Multi-transcriptomics analysis of microvascular invasion-related malignant cells and development of a machine learning-based prognostic model in hepatocellular carcinoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1436131
PMID:39176099
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研究论文 | 本研究通过多组学分析探索肝细胞癌中与微血管侵犯相关的恶性细胞,并开发了一种基于机器学习的预后模型 | 本研究首次通过综合多组学分析揭示了与微血管侵犯相关的恶性细胞的生物学功能,并开发了一种新的预后模型 | NA | 探索肝细胞癌中微血管侵犯的机制并开发预后模型 | 肝细胞癌中的微血管侵犯相关恶性细胞 | 机器学习 | 肝细胞癌 | RNA-seq | 机器学习算法 | RNA-seq数据 | 使用TCGA和HCCDB的bulk RNA-seq数据,GEO数据库的单细胞RNA-seq数据,以及CNCB数据库的空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 4700 | 2024-08-25 |
Revealing the regulation of allergic asthma airway epithelial cell inflammation by STEAP4 targeting MIF through machine learning algorithms and single-cell sequencing analysis
2024, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2024.1427352
PMID:39176391
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研究论文 | 本研究通过机器学习算法和单细胞测序分析,揭示了STEAP4通过调控MIF在过敏性哮喘气道上皮细胞炎症中的作用。 | 首次发现STEAP4在过敏性哮喘中的作用,并通过机器学习和单细胞测序技术验证了其调控MIF的机制。 | 研究主要基于数据库中的微阵列数据和动物模型,尚未在人体中进行直接验证。 | 探索过敏性哮喘气道上皮细胞炎症的调控机制。 | 过敏性哮喘患者的气道上皮细胞。 | 机器学习 | 过敏性哮喘 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 微阵列数据 | 包括哮喘患者和健康个体的气道上皮样本,以及哮喘小鼠模型。 | NA | NA | NA | NA |