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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4641 | 2024-08-30 |
Accurate long-read transcript discovery and quantification at single-cell, pseudo-bulk and bulk resolution with Isosceles
2024-Aug-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51584-3
PMID:39183289
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研究论文 | 介绍了一种名为Isosceles的计算工具包,用于在单细胞、伪批量和批量分辨率级别上提高mRNA异构体的检测灵敏度和定量准确性 | Isosceles在异构体检测灵敏度和定量准确性方面优于其他方法 | NA | 提高单细胞转录组在异构体水平的定量忠实度,并实现灵活的下游分析 | mRNA异构体的准确检测和定量 | 生物信息学 | NA | 纳米孔长读长测序 | NA | 测序数据 | 使用合成和生物学衍生的数据集进行验证 | NA | NA | NA | NA |
| 4642 | 2024-08-30 |
Biomarkers associated with immune-related adverse events induced by immune checkpoint inhibitors
2024-Aug-24, World journal of clinical oncology
IF:2.6Q3
DOI:10.5306/wjco.v15.i8.1002
PMID:39193157
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综述 | 本文综述了与免疫检查点抑制剂引起的免疫相关不良事件相关的生物标志物 | 探讨了机器学习、单细胞RNA测序、多组学分析和肠道微生物组分析等创新方法在识别新型生物标志物中的应用 | NA | 旨在寻找能够准确预测或诊断免疫相关不良事件的可靠生物标志物 | 免疫检查点抑制剂引起的免疫相关不良事件的生物标志物 | NA | 癌症 | 单细胞RNA测序、多组学分析 | 机器学习 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4643 | 2024-08-30 |
The neocortical infrastructure for language involves region-specific patterns of laminar gene expression
2024-Aug-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2401687121
PMID:39133845
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术分析了人死后皮质组织样本中语言网络核心区域的基因表达,发现特定区域的层特异性基因表达模式与语言网络有关 | 首次揭示了语言网络中特定区域的层特异性基因表达模式,并发现这些模式与个体间结构连接变异及特定脑相关疾病有关 | NA | 探讨人类大脑语言网络的分子和细胞特征 | 人类大脑皮质组织中语言网络核心区域的基因表达 | 神经科学 | 阅读障碍,精神分裂症 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 大量死后皮质组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 4644 | 2024-08-30 |
Human enteric nervous system progenitor transplantation improves functional responses in Hirschsprung disease patient-derived tissue
2024-Aug-08, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-331532
PMID:38816188
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研究论文 | 本文研究了通过移植人源肠神经系统前体细胞来改善Hirschsprung病患者的肠道功能 | 首次展示了人多能干细胞衍生的肠神经系统前体细胞能够重新填充并增加Hirschsprung病患者结肠组织的功能反应 | NA | 探索Hirschsprung病的替代治疗方案 | 人源肠神经系统前体细胞在Hirschsprung病患者肠道组织中的功能影响 | NA | Hirschsprung病 | 单细胞RNA测序、蛋白质表达分析、钙成像 | NA | 组织样本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4645 | 2024-08-30 |
Comprehensive single-cell analysis deciphered microenvironmental dynamics and immune regulator olfactomedin 4 in pathogenesis of gallbladder cancer
2024-Aug-08, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-331773
PMID:38719336
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了胆囊癌的微环境动态和免疫调节因子olfactomedin 4的作用 | 首次揭示了胆囊癌中免疫微环境的改变,并发现了olfactomedin 4在胆囊癌进展中的关键作用 | NA | 阐明胆囊癌及其良性疾病的复杂生态系统和分子特征,以促进癌症预防和优化治疗干预 | 胆囊癌、胆囊炎、胆囊息肉、胆囊腺瘤及邻近正常组织 | 数字病理学 | 胆囊癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 细胞 | 230,737个细胞来自15个胆囊癌样本、4个胆囊炎样本、3个胆囊息肉、5个胆囊腺瘤和16个邻近正常组织 | NA | NA | NA | NA |
| 4646 | 2024-08-30 |
A practical guide to spatial transcriptomics
2024-06, Molecular aspects of medicine
IF:8.7Q1
DOI:10.1016/j.mam.2024.101276
PMID:38776574
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综述 | 本文是一篇关于空间转录组学的实用指南,旨在为研究人员提供关于已商业化的技术及其应用的最新信息 | 介绍了空间转录组学领域的快速发展及其在多个学科中的应用,特别是已商业化的技术 | 文章主要关注已商业化的技术,可能未涵盖所有新兴技术 | 为研究人员提供空间转录组学技术的基本原理、数据分析挑战、实验考虑因素以及方法选择指南 | 空间转录组学技术及其在生物学和疾病研究中的应用 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4647 | 2024-08-30 |
Bulk and single-cell transcriptome reveal the immuno-prognostic subtypes and tumour microenvironment heterogeneity in HCC
2024-04, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver
IF:6.0Q1
DOI:10.1111/liv.15828
PMID:38293784
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研究论文 | 本研究通过分析大量和单细胞转录组数据,揭示了肝细胞癌(HCC)中的免疫预后亚型和肿瘤微环境异质性 | 本研究开发了一种基于相对表达顺序(REO)的免疫相关特征,能够将HCC样本分为两个风险亚组,并验证了其在大量和单细胞转录组数据中的有效性 | NA | 研究目的是识别肝细胞癌中的免疫预后亚型和肿瘤微环境异质性 | 肝细胞癌(HCC)样本 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | 转录组数据 | 907个HCC样本(包括72个内部样本)和两个单细胞转录组数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 4648 | 2024-08-30 |
Single-cell transcriptome reveals the heterogeneity of malignant ductal cells and the prognostic value of REG4 and SPINK1 in primary pancreatic ductal adenocarcinoma
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.17350
PMID:38827297
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了胰腺导管腺癌的异质性,并鉴定了REG4和SPINK1作为潜在的预后标志物。 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了胰腺导管腺癌中恶性导管细胞的异质性,并发现了REG4和SPINK1在胰腺导管腺癌中的重要作用。 | 研究主要基于体外实验,需要进一步的临床试验验证REG4和SPINK1作为治疗靶点的有效性。 | 旨在全面描绘胰腺导管腺癌的异质性并识别预后靶点。 | 胰腺导管腺癌的恶性导管细胞及其预后标志物。 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 共分析了16个原发性胰腺导管腺癌和3个邻近病变中的32,480个细胞。 | NA | NA | NA | NA |
| 4649 | 2024-08-30 |
DNA methylation and gene expression profiling reveal potential association of retinol metabolism related genes with hepatocellular carcinoma development
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.17916
PMID:39193514
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研究论文 | 本研究通过全基因组亚硫酸氢盐测序和RNA测序技术,分析了肝细胞癌组织与正常邻近组织的DNA甲基化和基因表达谱,揭示了视黄醇代谢相关基因在肝细胞癌发展中的潜在关联 | 本研究首次综合分析了DNA甲基化和RNA测序数据,识别出987个甲基化驱动的候选基因,并发现视黄醇代谢途径中的四个基因在肝细胞癌中的表达水平可以对患者进行分层 | 本研究主要依赖于多组学数据分析,未涉及体外或体内实验验证 | 旨在全面研究肝细胞癌中由甲基化驱动的基因表达改变 | 肝细胞癌组织与正常邻近组织的DNA甲基化和基因表达 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 全基因组亚硫酸氢盐测序(WGBS),RNA测序(RNA-seq),单细胞RNA测序(scRNA seq) | NA | DNA甲基化数据,RNA表达数据 | 肝细胞癌组织与正常邻近组织样本,具体数量未在摘要中明确 | NA | NA | NA | NA |
| 4650 | 2024-08-29 |
RNA-binding protein AZGP1 inhibits epithelial cell proliferation by regulating the genes of alternative splicing in COPD
2024-Nov-15, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2024.148736
PMID:38950687
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研究论文 | 研究探讨了RNA结合蛋白AZGP1通过调控选择性剪接基因在慢性阻塞性肺疾病(COPD)中抑制上皮细胞增殖的作用 | 首次揭示了AZGP1在COPD中通过调控选择性剪接事件影响上皮细胞增殖和粘附的新机制 | 研究主要基于单细胞转录组测序和批量RNA测序数据,未进行体内外实验验证 | 探究RNA结合蛋白在COPD中的作用及其对上皮细胞增殖的调控机制 | RNA结合蛋白AZGP1及其在COPD中的表达和功能 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞转录组测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 使用了两组数据集:GSE173896(单细胞RNA测序)和GSE124180(批量RNA测序) | NA | NA | NA | NA |
| 4651 | 2024-08-29 |
Analysis of single-cell transcriptome data from a mouse model implicates protein synthesis dysfunction in schizophrenia
2024-Sep, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-024-01545-3
PMID:39083157
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研究论文 | 研究使用单细胞RNA测序数据分析了Setd1a±敲除小鼠模型中基因表达的变化,以揭示精神分裂症的发病机制 | 首次在单细胞水平上分析了Setd1a±敲除小鼠模型中与精神分裂症相关的基因表达变化,并识别了关键的生物学途径,如蛋白质合成和EIF2信号传导途径 | 研究仅限于Setd1a±敲除小鼠模型,结果的普遍性和临床相关性需要进一步验证 | 探讨精神分裂症的发病机制,特别是基因表达变化和相关生物学途径 | Setd1a±敲除小鼠的前额叶皮质和纹状体中的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 精神分裂症 | 单细胞RNA测序(scRNAseq) | NA | 基因表达数据 | 前额叶皮质和纹状体中共识别了273个独特的差异表达基因(DEGs)和675个包含差异转录使用的基因峰(DTU) | NA | NA | NA | NA |
| 4652 | 2024-08-29 |
Function of unconventional T cells in oral lichen planus revealed by single-cell RNA sequencing
2024-Sep, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
IF:4.8Q2
DOI:10.1007/s00011-024-01912-6
PMID:39073597
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了口腔扁平苔藓中非典型T细胞的功能和分子特征 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了口腔扁平苔藓中单个细胞的特征,并揭示了非典型T细胞在疾病中的独特应激反应状态 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序技术探索口腔扁平苔藓中非典型T细胞的分子特征 | 口腔扁平苔藓患者的颊黏膜样本和健康个体的颊黏膜样本 | 数字病理学 | 口腔扁平苔藓 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 口腔扁平苔藓患者和健康个体的颊黏膜样本 | NA | NA | NA | NA |
| 4653 | 2024-08-29 |
Distinct granzyme k expression in immune cells: a single-cell rna-seq meta-analysis
2024-Sep, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-024-01555-1
PMID:39115674
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序元分析,探讨了GZMK在不同免疫细胞类型中的表达模式 | 首次通过单细胞RNA测序元分析揭示了GZMK在不同免疫细胞和组织中的独特表达调控机制 | NA | 揭示GZMK在不同免疫细胞类型中的表达模式 | GZMK在不同免疫细胞类型中的表达 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及成熟T细胞、NK细胞、B细胞和NKT细胞等多种免疫细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 4654 | 2024-08-29 |
Single-cell RNA-sequencing Analysis Reveals the Promoting Role of the Hedgehog Pathway in Epithelial Cells during Cervical Cancer Progression
2024-Aug-26, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析探讨了Hedgehog通路在宫颈癌进展中对上皮细胞的促进作用 | 发现了Hedgehog通路在STYK1+和TP73+上皮细胞亚型中的异常激活,并揭示了其在宫颈癌上皮细胞增殖和病毒过程中的作用 | NA | 全面分析Hedgehog通路在宫颈癌上皮细胞中的激活机制及其对肿瘤进展的影响 | 宫颈癌上皮细胞中的Hedgehog通路 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 9种主要细胞亚群 | NA | NA | NA | NA |
| 4655 | 2024-08-29 |
Comprehensive Analysis and Experimental Validation of TLL2 as a Potential New Prognostic Biomarker Associated with Immune Infiltration in Lung Adenocarcinoma
2024-Aug-26, Recent patents on anti-cancer drug discovery
IF:2.5Q3
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研究论文 | 本研究全面分析并实验验证了TLL2作为肺腺癌中与免疫浸润相关的潜在新型预后生物标志物 | 首次详细探讨了TLL2在肺腺癌中的表达与免疫浸润、肿瘤干细胞指数及药物敏感性的关联 | NA | 旨在深入分析TLL2在肺腺癌中的功能及其作为预后标志物的潜力 | TLL2在肺腺癌中的表达及其与临床症状、预后和免疫浸润的关系 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 实时定量PCR | NA | 基因表达数据 | 使用了TCGA数据库中的数据以及GSE87340和细胞系样本 | NA | NA | NA | NA |
| 4656 | 2024-08-29 |
Endothelial cell heterogeneity in colorectal cancer: tip cells drive angiogenesis
2024-Aug-22, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-024-05411-z
PMID:39172168
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研究论文 | 本研究旨在揭示结直肠癌(CRC)中内皮细胞(ECs)的异质性及其在血管生成中的关键作用,特别是尖端细胞的作用 | 通过单细胞RNA测序分析ECs,发现CRC中的ECs主要表现为增强的血管生成和减少的抗原呈递,这种表型转变主要由尖端细胞驱动 | NA | 揭示结直肠癌中内皮细胞的异质性及其在血管生成中的作用 | 结直肠癌中的内皮细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4657 | 2024-08-29 |
Exploration of bacterial lipopolysaccharide-related genes signature based on T cells for predicting prognosis in colorectal cancer
2024-Aug-06, Aging
DOI:10.18632/aging.206041
PMID:39115879
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研究论文 | 本研究通过分析细菌脂多糖(LPS)相关基因与免疫细胞的关系,探索了基于T细胞的LPS相关基因特征,用于预测结直肠癌(CRC)的预后 | 首次建立了基于T细胞的LPS相关基因风险特征,用于预测CRC的预后和免疫治疗效果 | 研究受限于技术手段,对微生物在CRC中的影响尚未完全理解 | 探索新的生物标志物,用于预测结直肠癌的预后 | 结直肠癌(CRC)的预后和免疫治疗 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因数据 | TCGA-COAD队列和GSE39582队列 | NA | NA | NA | NA |
| 4658 | 2024-08-29 |
NNMT switches the proangiogenic phenotype of cancer-associated fibroblasts via epigenetically regulating ETS2/VEGFA axis
2024-Aug, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-024-03112-2
PMID:39069579
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研究论文 | 本研究探讨了尼古丁酰胺N'-甲基转移酶(NNMT)通过表观遗传调控ETS2/VEGFA轴在口腔鳞状细胞癌(OSCC)中促进血管生成的机制 | 首次揭示了NNMT在癌症相关成纤维细胞(CAFs)中通过表观遗传重编程ETS2-VEGFA信号轴促进血管生成的作用 | 研究主要基于单细胞RNA测序和临床样本分析,未来需更多体内外实验验证 | 阐明NNMT在OSCC中促进血管生成的表观遗传分子调控网络 | NNMT在癌症相关成纤维细胞中的作用及机制 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个临床样本 | NA | NA | NA | NA |
| 4659 | 2024-08-29 |
Egr1 regulates regenerative senescence and cardiac repair
2024-Aug, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-024-00493-1
PMID:39196027
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研究论文 | 本研究通过蛋白质组学和单细胞RNA测序技术,揭示了成年小鼠心脏中再生性衰老的多组学特征,并探讨了其在新生小鼠心脏再生和成年小鼠心脏修复中的作用 | 首次报道了Egr1作为再生性衰老的调控因子,并揭示了其在新生和成年小鼠心脏再生中的具体作用机制 | NA | 探讨再生性衰老在心脏再生中的分子特征和功能益处 | 成年和新生小鼠心脏 | NA | 心血管疾病 | 蛋白质组学, 单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质, RNA | 成年和新生小鼠心脏样本 | NA | NA | NA | NA |
| 4660 | 2024-08-29 |
APOE-NOTCH axis governs elastogenesis during human cardiac valve remodeling
2024-Aug, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-024-00510-3
PMID:39196035
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析人类胎儿心脏瓣膜,揭示了APOE-NOTCH轴在瓣膜重塑过程中弹性蛋白生成的调控作用 | 首次发现APOE在胎儿心脏瓣膜间质细胞中调控弹性蛋白生成,并通过NOTCH2信号通路介导这一过程 | 研究主要集中在胎儿瓣膜,未来需进一步探讨在成人瓣膜中的作用 | 探讨APOE和NOTCH在人类心脏瓣膜重塑中调控弹性蛋白生成的机制 | 人类胎儿心脏瓣膜间质细胞和内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及人类胎儿心脏瓣膜的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |