单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4641	2024-08-17	Single-cell long-read targeted sequencing reveals transcriptional variation in ovarian cancer 2024-Aug-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51252-6 PMID:39134520	研究论文	本文开发了一种名为scTaILoR-seq的单细胞靶向长读长测序方法，用于揭示卵巢癌中的转录变异	scTaILoR-seq方法通过靶向捕获感兴趣的基因，提高了单细胞中目标转录本的检测数量，增强了RNA异构体的全面表征能力	长读长测序技术在单细胞RNA异构体检测中受到通量较低和非预期序列伪影的影响	开发一种新的单细胞长读长靶向测序方法，以探索单细胞分辨率下的转录变异	卵巢癌细胞系和原发性肿瘤中的RNA异构体	数字病理学	卵巢癌	单细胞靶向异构体长读长测序（scTaILoR-seq）	NA	转录组数据	10,796个单细胞转录组
4642	2024-08-17	Mutual exclusivity and co-occurrence patterns of immune checkpoints indicate NKG2A relates to anti-PD-1 resistance in gastric cancer 2024-Aug-03, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05503-1 PMID:39097734	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和多元线性回归交互模型，分析了胃癌中CD8+ T细胞的免疫检查点表达特征及其与抗PD-1治疗抵抗的关系。	揭示了两种不同的免疫检查点表达模式（ICEP），并阐明了NKG2A与PD-1的互斥性和共现特征，为胃癌提供了新的免疫治疗靶点。	NA	探索克服胃癌中抗PD-1治疗抵抗的新机会，并识别与抗PD-1抑制剂联合使用的最佳免疫检查点抑制剂组合方案。	胃癌中的CD8+ T细胞及其免疫检查点表达模式。	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多元线性回归交互模型	RNA	NA
4643	2024-08-17	The shared role of neutrophils in ankylosing spondylitis and ulcerative colitis 2024-Aug, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-024-00286-3 PMID:39060428	研究论文	本研究通过单细胞测序数据分析，探讨了强直性脊柱炎和溃疡性结肠炎中免疫细胞的相互作用	发现了中性粒细胞在两种疾病中的重要作用，并识别出XBP1作为潜在的治疗靶点	样本量较小，仅包括三名强直性脊柱炎患者	研究强直性脊柱炎和溃疡性结肠炎中免疫细胞的相互作用	强直性脊柱炎和溃疡性结肠炎患者的椎骨骨髓血液	NA	强直性脊柱炎, 溃疡性结肠炎	10X单细胞测序	NA	单细胞数据	三名强直性脊柱炎患者
4644	2024-08-17	Toward universal cell embeddings: integrating single-cell RNA-seq datasets across species with SATURN 2024-Aug, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02191-z PMID:38366243	研究论文	本文介绍了一种名为SATURN的深度学习方法，用于学习跨物种的通用细胞嵌入，通过结合蛋白质语言模型的蛋白质嵌入和RNA表达，实现不同物种单细胞RNA测序数据集的整合	SATURN方法能够检测跨物种共同表达的功能相关基因，并为跨物种分析重新定义差异表达	NA	开发一种方法以整合来自不同物种的单细胞RNA测序数据集，揭示细胞类型的保守性和多样性进化过程	跨物种的单细胞RNA测序数据集	机器学习	NA	深度学习	深度学习模型	RNA测序数据	涉及三种物种的整体器官图谱以及蛙和斑马鱼胚胎发育数据集
4645	2024-08-17	Advances and challenges in investigating B-cells via single-cell transcriptomics 2024-Jun, Current opinion in immunology IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.coi.2024.102443 PMID:38968762	research paper	本文探讨了通过单细胞转录组学研究B细胞的进展与挑战	利用单细胞RNA测序（scRNAseq）和VDJ分析，揭示了B细胞的中间状态及其在免疫反应中的保护作用	在研究跨组织的人类B细胞状态、空间位置与B细胞表型和功能的关系、抗体同型转换事件以及克隆关系的明确确定方面仍存在挑战	旨在通过单细胞转录组学技术深化对B细胞发育和分化的理解	B细胞的中间状态、其在免疫反应中的作用以及克隆关系的确定	digital pathology	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
4646	2024-08-17	Deciphering novel TCF4-driven mechanisms underlying a common triplet repeat expansion-mediated disease 2024-May, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011230 PMID:38713708	研究论文	本文研究了Fuchs角膜内皮营养不良（FECD）中由CTG18.1重复元素扩展驱动的分子机制，通过分析患者来源的角膜内皮细胞的转录组数据，揭示了扩展特异性的转录组标志物和TCF4异构体比例偏斜。	首次全面描述了CTG18.1扩展在FECD中的分子机制，包括全局剪接改变和独特的转录本，以及TCF4异构体比例的偏斜。	NA	揭示由CTG18.1重复元素扩展介导的FECD的分子机制	患者来源的角膜内皮细胞	数字病理学	眼科疾病	长读长测序、短读长测序和空间转录组技术	NA	转录组数据	134例FECD患者
4647	2024-08-17	NOP16 promotes hepatocellular carcinoma progression and triggers EMT through the Keap1-Nrf2 signaling pathway 2024, Technology and health care : official journal of the European Society for Engineering and Medicine IF:1.4Q3 DOI:10.3233/THC-231256 PMID:38251077	研究论文	本研究分析了NOP16在肝细胞癌中的表达及其临床意义，并探讨了其通过Keap1-Nrf2信号通路促进肝细胞癌进展和触发上皮-间质转化的机制。	首次报道NOP16在肝细胞癌中的高表达及其作为独立不良预后因素的作用，并揭示了NOP16通过激活Keap/Nrf2信号通路影响细胞周期、细胞凋亡和上皮-间质转化的功能。	研究主要基于TCGA和GEO数据库的分析以及体外实验，缺乏体内实验验证。	探讨NOP16在肝细胞癌中的表达及其临床意义，并揭示其促进肝细胞癌进展的分子机制。	NOP16在肝细胞癌中的表达及其与临床特征的关系，以及其通过Keap1-Nrf2信号通路影响肝细胞癌进展的机制。	数字病理学	肝细胞癌	RNA干扰、单细胞测序	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	包括20种癌症类型的泛癌分析，以及肝细胞癌患者的肿瘤组织和正常组织样本。
4648	2024-08-17	Evaluating the causal effect of circulating proteome on the risk of inflammatory bowel disease-related traits using Mendelian randomization 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1434369 PMID:39144148	研究论文	本研究通过孟德尔随机化（MR）分析框架，旨在识别与炎症性肠病（IBD）特征因果关联的循环蛋白质	本研究采用大规模的两样本MR方法，结合单细胞测序分析、蛋白质-蛋白质相互作用评估、通路富集分析和药物靶点评估，以深入探讨IBD的潜在机制和治疗靶点	NA	识别与炎症性肠病特征因果关联的循环蛋白质	循环蛋白质与炎症性肠病及其亚型的遗传关联	生物信息学	炎症性肠病	孟德尔随机化（MR）	NA	蛋白质	利用炎症性肠病遗传学联盟的信息进行分析
4649	2024-08-16	Dissecting the dynamic cellular transcriptional atlas of adult teleost testis development throughout the annual reproductive cycle 2024-Oct-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202296 PMID:38477640	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，详细剖析了成年黑岩鱼在不同生殖周期阶段（退化、再生和分化）的睾丸细胞动态转录图谱，揭示了精子发生过程中的分子事件。	本研究首次描绘了从精原细胞到精子细胞的连续发育轨迹，并展示了精原细胞在年度发育周期中从糖酵解到线粒体呼吸的生物能量转换，以及通过重新聚类分析揭示的更深层次的异质性和分子特征。	NA	研究旨在揭示鱼类睾丸在年度生殖周期中的细胞组成和分子事件的动态变化。	成年黑岩鱼的睾丸细胞。	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	来自不同生殖周期阶段的成年黑岩鱼睾丸细胞
4650	2024-08-16	Interleukin-24: A molecular mediator of particulate matter's impact on skin aging 2024-Sep-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.116738 PMID:39029221	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序发现，在暴露于颗粒物（PM）的皮肤中，IL-24在角质形成细胞和成纤维细胞中高度上调，并探讨了IL-24在PM诱导的皮肤老化中的作用及潜在抑制策略。	首次揭示了IL-24在颗粒物诱导的皮肤老化中的关键作用，并通过高通量筛选找到了抑制IL-24-STAT3信号通路的化合物，如洛伐他汀。	研究主要集中在体外皮肤模型上，未来需要进一步的体内研究以验证这些发现。	探讨颗粒物对皮肤老化的影响及其分子机制，并寻找潜在的干预策略。	角质形成细胞和成纤维细胞中的IL-24表达及其在皮肤老化中的作用。	NA	皮肤老化	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及暴露于颗粒物的体外皮肤模型中的角质形成细胞和成纤维细胞
4651	2024-08-16	Integration of single-cell RNA sequencing of endothelial cells and proteomics to unravel the role of ICAM1-PTGS2 communication in apical periodontitis: A laboratory investigation 2024-Sep, International endodontic journal IF:5.4Q1 DOI:10.1111/iej.14080 PMID:38713190	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和蛋白质组学技术，探讨了内皮细胞在慢性根尖周炎中的多样性以及ICAM1与PTGS2在其中的相互作用	首次结合单细胞RNA测序和蛋白质组学技术，揭示了慢性根尖周炎中内皮细胞的多样性及其与ICAM1-PTGS2相互作用的关系	研究样本量较小，且仅限于特定的内皮细胞和巨噬细胞类型	探究内皮细胞在慢性根尖周炎中的多样性及其与ICAM1-PTGS2相互作用的关系	内皮细胞、巨噬细胞以及ICAM1和PTGS2的相互作用	数字病理学	牙周病	单细胞RNA测序、蛋白质组学	NA	RNA、蛋白质	五个慢性根尖周炎样本
4652	2024-08-16	Treating epidermolytic ichthyosis and ichthyosis with confetti with epidermal autografts cultured from revertant skin 2024-Aug-14, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae193 PMID:38739763	研究论文	本文评估了从逆转皮肤培养的自体表皮移植物（CEAs）在治疗表皮松解性鱼鳞病（EI）和斑点状鱼鳞病（IWC）患者中的可行性	首次尝试使用从患者自身逆转表皮角质形成细胞生产的CEAs进行治疗，并证明了其潜在的安全性和局部治疗效果	研究样本量小，且在24周后观察到鱼鳞病病变的复发	评估从逆转表皮角质形成细胞生产的自体表皮移植物在EI和IWC患者中的治疗效果	表皮松解性鱼鳞病和斑点状鱼鳞病患者	NA	鱼鳞病	扩增子测序和液滴数字聚合酶链反应分析	NA	RNA测序数据	3名患者
4653	2024-08-16	Fibroblasts with high matrix metalloproteinase 2 expression regulate CD8+ T-cell residency and inflammation via CD100 in psoriasis 2024-Aug-14, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae205 PMID:38752329	研究论文	本文探讨了高表达基质金属蛋白酶2（MMP2）的成纤维细胞通过CD100轴调节银屑病中CD8+ T细胞的驻留和炎症的作用。	首次揭示了MMP2hi成纤维细胞通过促进CD100从CD8+ T细胞膜上脱落以及上调CD103，增强CD8+ T细胞驻留，从而加剧银屑病炎症的新机制。	NA	阐明成纤维细胞和MMP2-CD100轴在调节银屑病炎症中的作用。	银屑病患者中的CD8+ T细胞和成纤维细胞。	数字病理学	银屑病	免疫荧光、酶联免疫吸附试验、单细胞转录组测序、细胞相互作用分析、定量逆转录聚合酶链反应。	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据。	从银屑病患者中分离的CD8+ T细胞样本。
4654	2024-08-16	[The application of the diagnosis and therapy of single cell sequencing technology in central nervous system tumors] 2024-Aug-06, Zhonghua yu fang yi xue za zhi [Chinese journal of preventive medicine] DOI:10.3760/cma.j.cn112150-20231208-00417 PMID:39142884	综述	本文综述了单细胞测序技术在中枢神经系统肿瘤的异质性、诊断、治疗及预后方面的应用	单细胞测序技术为揭示中枢神经系统肿瘤的复杂生态系统提供了机会	大多数研究成果尚未达到临床应用水平	探讨单细胞测序在中枢神经系统肿瘤中的应用及其对肿瘤预后和复发预防的潜在影响	中枢神经系统肿瘤的异质性、诊断、治疗及预后	数字病理学	神经系统肿瘤	单细胞测序技术	NA	细胞	NA
4655	2024-08-16	Integrated Single-Cell RNA-seq and ATAC-seq Reveals Heterogeneous Differentiation of CD4+ Naive T Cell Subsets is Associated with Response to Antidepressant Treatment in Major Depressive Disorder 2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202308393 PMID:38867657	研究论文	本研究通过综合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和ATAC-seq技术，分析了8名健康个体和8名重度抑郁症（MDD）患者在接受抗抑郁治疗前后的外周血单个核细胞，揭示了CD4+幼稚T细胞亚群的异质性分化与抗抑郁治疗反应的关联。	本研究首次结合scRNA-seq和ATAC-seq技术，揭示了MDD患者中CD4+幼稚T细胞的异质性分化与抗抑郁治疗反应的关联，并识别出响应者中特定激活的CD4+幼稚T细胞群及其上游调控因子ETS。	研究样本量较小，且仅包括8名MDD患者和8名健康个体，可能影响结果的普遍性。	探讨重度抑郁症患者抗抑郁治疗反应的分子机制。	重度抑郁症（MDD）患者和健康个体的外周血单个核细胞。	数字病理学	抑郁症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和ATAC-seq	NA	RNA和染色质可及性数据	8名MDD患者和8名健康个体
4656	2024-08-16	Unraveling the connection between Hashimoto's Thyroiditis and non-alcoholic fatty liver disease: exploring the role of CD4+central memory T cells through integrated genetic approaches 2024-Aug, Endocrine IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s12020-024-03745-z PMID:38400881	研究论文	本研究通过综合遗传方法探讨桥本甲状腺炎与非酒精性脂肪肝病之间的联系，特别是CD4+中央记忆T细胞的作用。	本研究首次通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化等方法，揭示了CD4+中央记忆T细胞在桥本甲状腺炎和非酒精性脂肪肝病中的关键作用，并鉴定了MAGI3基因作为这两种疾病的标志基因。	NA	探索桥本甲状腺炎与非酒精性脂肪肝病之间的潜在联系。	桥本甲状腺炎和非酒精性脂肪肝病患者及健康对照的CD4+中央记忆T细胞。	遗传学	桥本甲状腺炎，非酒精性脂肪肝病	单细胞RNA测序，孟德尔随机化	NA	基因表达数据	桥本甲状腺炎、非酒精性脂肪肝病及健康对照的单细胞RNA测序数据
4657	2024-08-16	B cells expressing mutated IGHV1-69-encoded antigen receptors related to virus neutralization show lymphoma-like transcriptomes in patients with chronic HCV infection 2024-Aug-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000503 PMID:39082968	研究论文	本文研究了慢性HCV感染患者中表达突变IGHV1-69编码抗原受体的B细胞，这些细胞与病毒中和相关，并显示出类似淋巴瘤的转录组特征	首次揭示了淋巴瘤样细胞可能源自抗HCV免疫反应，并提供了这些细胞在病毒清除后仍持续存在并可能导致B细胞功能障碍和淋巴瘤风险的机制基础	NA	探讨慢性HCV感染患者中B细胞的免疫反应及其与淋巴瘤样细胞的关系	慢性HCV感染患者及接受直接抗病毒治疗的患者的B细胞受体（BCR）	数字病理学	肝病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	慢性HCV感染患者及HCV治疗后持续病毒学应答（SVR）患者的样本
4658	2024-08-16	In vivo single-cell CRISPR uncovers distinct TNF programmes in tumour evolution 2024-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07663-y PMID:39020166	研究论文	本文开发了一种体内单细胞CRISPR策略，用于系统研究150个最常突变的鳞状细胞癌基因的组织范围克隆动态，揭示了肿瘤坏死因子（TNF）信号模块在肿瘤进化中的作用。	首次采用体内单细胞CRISPR筛选技术，结合超声引导的子宫内慢病毒微注射、单细胞RNA测序和引导捕获，实时监测克隆扩展并记录其背后的基因程序。	NA	研究肿瘤进化模型中，恶性转化前随机分布的驱动突变如何导致少数克隆转化为恶性肿瘤的机制。	150个最常突变的鳞状细胞癌基因的组织范围克隆动态。	数字病理学	鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	NA
4659	2024-08-16	Integrated multi-omic analyses uncover the effects of aging on cell-type regulation in glucose-responsive tissues 2024-Aug, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.14199 PMID:38932492	研究论文	本研究通过整合转录组学、甲基组学、单细胞RNA测序和代谢组学数据，探讨了衰老对葡萄糖应答组织中细胞类型调控的影响	首次全面评估了衰老及其相关细胞类型响应的影响，并识别了潜在的血液生物标志物	NA	研究衰老对葡萄糖应答组织中细胞类型调控的影响	脂肪组织和肌肉组织	组学	NA	转录组学、甲基组学、单细胞RNA测序、代谢组学	共表达网络分析	转录组、甲基组、单细胞RNA、代谢组	NA
4660	2024-08-16	Tracing Immunological Interaction in Trimethylamine N-Oxide Hydrogel-Derived Zwitterionic Microenvironment During Promoted Diabetic Wound Regeneration 2024-Aug, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202402738 PMID:38885961	研究论文	本研究开发了一种新型三甲胺N-氧化物（TMAO）衍生的两性离子水凝胶，用于促进糖尿病伤口愈合，并探索了两性离子水凝胶周围的多细胞生态系统	首次使用两性离子水凝胶促进糖尿病伤口愈合，并通过单细胞RNA测序揭示了不同细胞在两性离子微环境中的作用	NA	解析糖尿病伤口愈合过程中的多细胞特征并寻求治疗策略	糖尿病伤口愈合过程中的免疫调节机制	生物材料	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA