单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4621	2024-08-18	Mechanism exploration of synergistic photo-immunotherapy strategy based on a novel exosome-like nanosystem for remodeling the immune microenvironment of HCC 2024-Aug-14, Nano convergence IF:13.4Q1 DOI:10.1186/s40580-024-00441-6 PMID:39141072	研究论文	本研究开发了一种基于新型外泌体样纳米系统的协同光免疫疗法策略，用于重塑肝细胞癌（HCC）的免疫微环境	通过载有介孔多巴胺（MPDA）和吲哚菁绿（ICG）的M1巨噬细胞衍生的纳米囊泡（M1NVs），实现对肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的M1极化，从而增强抗肿瘤免疫效果	NA	探索基于新型外泌体样纳米系统的协同光免疫疗法策略对肝细胞癌免疫微环境的影响	肝细胞癌（HCC）的免疫微环境	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	比较了HCC组织在接受MPDA/ICG@M1NVs + NIR治疗前后的细胞组成和基因表达
4622	2024-08-18	Generation of a conditional cellular senescence model using proximal tubule cells and fibroblasts from human kidneys 2024-Aug-14, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-024-02131-y PMID:39143064	研究论文	本研究通过使用人肾近端小管上皮细胞（PTECs）和成纤维细胞，生成了一个条件性永生化的细胞衰老模型	本研究提供了一个新的体外细胞模型，用于研究肾脏衰老，并可作为大规模化合物测试的平台	NA	研究细胞衰老在慢性肾脏疾病（CKD）中的具体机制和相关因素	人肾近端小管上皮细胞（PTECs）和成纤维细胞	NA	慢性肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	76个人类肾脏组织切片
4623	2024-08-18	Spatial multiomics reveals a subpopulation of fibroblasts associated with cancer stemness in human hepatocellular carcinoma 2024-Aug-13, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01367-8 PMID:39138551	研究论文	本研究通过结合多区域蛋白质组学、10X Genomics Visium空间转录组学和多重成像技术，揭示了肝癌微环境中与癌症干细胞特性相关的纤维母细胞亚群F5-CAF的表达异质性、功能多样性、空间分布、共定位和相互作用。	首次鉴定出与肝癌干细胞特性相关的纤维母细胞亚群F5-CAF，并阐明了其在肝癌微环境中的作用机制。	研究样本量相对较小，未来需要更大规模的研究来验证这些发现。	揭示肝癌微环境中纤维母细胞亚群与癌症干细胞特性的关联及其对肝癌发展的影响。	肝癌微环境中的纤维母细胞亚群及其与癌症干细胞的相互作用。	数字病理学	肝癌	多区域蛋白质组学、10X Genomics Visium空间转录组学、多重成像技术	NA	蛋白质组学数据、转录组学数据、成像数据	6名患者的多区域蛋白质组学样本、11名患者的空间转录组学样本、92名患者的多重成像样本
4624	2024-08-18	CXCR6 expression correlates with radiotherapy response and immune context in triple-negative breast cancer-experimental studies 2024-Aug-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000001546 PMID:39143706	研究论文	本研究探讨了CXCR6在三阴性乳腺癌中的表达及其与放疗反应和免疫环境的关系	首次揭示了CXCR6在三阴性乳腺癌中的临床意义及其与放疗的关联	NA	阐明CXCR6在三阴性乳腺癌中的预后价值及其在乳腺肿瘤微环境中的作用	CXCR6在三阴性乳腺癌中的mRNA和蛋白质表达及其与生存率的关联	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、批量转录组测序数据和基于荧光的多重免疫组织化学技术	NA	mRNA、蛋白质	NA
4625	2024-08-18	MD-ALL: an integrative platform for molecular diagnosis of B-acute lymphoblastic leukemia 2024-06-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2023.283706 PMID:37981856	research paper	介绍了一个名为MD-ALL的综合平台，用于基于基因表达谱和RNA测序数据中的关键遗传改变进行B-急性淋巴细胞白血病的敏感和准确分类	MD-ALL平台整合了RNA测序数据中的多种关键遗传改变，包括序列突变、大规模拷贝数变异和基因重排，以进行全面的B-ALL分类	NA	开发一个用户友好的B-ALL分类平台，实现集成、准确和全面的B-ALL亚型分类	B-急性淋巴细胞白血病及其亚型分类	machine learning	血液病	RNA-seq	machine learning algorithms	RNA-seq data	2,955个B-ALL RNA-seq样本
4626	2024-08-18	Single-cell analysis of the CD8+ T-cell compartment in multiple myeloma reveals disease specific changes are chiefly restricted to a CD69- subset suggesting potent cytotoxic effectors exist within the tumor bed 2024-04-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2023.283062 PMID:37794800	研究论文	本研究分析了多发性骨髓瘤患者骨髓和外周血中的CD8+ T细胞，发现疾病特异性变化主要限于CD69-子集，表明肿瘤床内存在强大的细胞毒性效应细胞	首次详细分析了多发性骨髓瘤肿瘤微环境中CD8+ T细胞的特定变化，并揭示了CD69表达在区分不同CD8+ T细胞子集中的关键作用	研究仅限于未治疗的多发性骨髓瘤患者和非骨髓瘤对照组，未涉及治疗后的患者	探讨多发性骨髓瘤中CD8+ T细胞的特定变化及其在疾病控制中的作用	多发性骨髓瘤患者的骨髓和外周血中的CD8+ T细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	流式细胞术、质谱细胞术和单细胞RNA测序	NA	细胞	涉及多发性骨髓瘤患者和非骨髓瘤对照组的骨髓和外周血样本
4627	2024-08-18	Heterogeneity and tumoral origin of medulloblastoma in the single-cell era 2024-03, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-024-02967-9 PMID:38355808	综述	本文综述了髓母细胞瘤的细胞异质性和肿瘤起源在单细胞技术时代的最新进展	利用单细胞RNA测序技术揭示了髓母细胞瘤各亚型的肿瘤内异质性和肿瘤起源，这是传统技术未能揭示的	NA	理解髓母细胞瘤的肿瘤发生和复发的机制	髓母细胞瘤的细胞异质性、细胞起源及肿瘤微环境内的相互作用网络	数字病理学	儿童脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	NA
4628	2024-08-18	Single-Cell Transcriptomics Reveals Pre-existing COVID-19 Vulnerability Factors in Lung Cancer Patients 2024-03-01, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-23-0692 PMID:38063850	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据，分析了COVID-19和肺癌患者的细胞变化，揭示了肺癌患者对COVID-19易感性的分子机制	首次通过单细胞转录组学揭示了肺癌患者中COVID-19易感性的预存因素，包括上调的TMPRSS2表达、增强的巨噬细胞炎症反应、增加的T细胞反应抑制和升高的纤维化风险	研究仅限于特定的肺癌类型和COVID-19患者，可能需要进一步研究以验证这些发现在更广泛人群中的适用性	探讨肺癌患者对COVID-19易感性的分子机制	COVID-19、肺腺癌、小细胞肺癌患者及正常肺组织的单细胞RNA测序数据	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及COVID-19、肺腺癌、小细胞肺癌患者及正常肺组织的单细胞RNA测序数据
4629	2024-08-18	Functional Contribution and Clinical Implication of Cancer-Associated Fibroblasts in Glioblastoma 2024-02-16, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-0493 PMID:38060213	研究论文	本研究旨在揭示癌症相关成纤维细胞（CAF）在胶质母细胞瘤（GBM）中的分子特征、细胞作用及其在肿瘤发生中的潜在影响	首次通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，详细描述了CAF在GBM中的转录组特征及其与恶性GBM细胞的相互作用	研究主要基于体外细胞模型和转录组数据，未来研究需进一步验证临床样本中的发现	探索CAF在GBM中的功能贡献及其临床意义	癌症相关成纤维细胞（CAF）及其在胶质母细胞瘤（GBM）中的作用	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	转录组数据	涉及三个大型队列，包含批量RNA-seq数据和临床信息
4630	2024-08-18	Immunological characterization and comparison of children with COVID-19 from their adult counterparts at single-cell resolution 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1358725 PMID:39148728	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了15名儿童和18名成人的外周血样本，比较了儿童和成人COVID-19患者的免疫特征	首次在单细胞分辨率下比较了儿童和成人COVID-19患者的免疫特征，揭示了儿童患者中NK细胞的更强细胞毒性	研究样本量较小，需要进一步的大规模研究验证	探究儿童和成人COVID-19患者在单细胞分辨率下的免疫特征差异	儿童和成人COVID-19患者的外周血样本	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞数据	15名儿童和18名成人
4631	2024-08-18	Integrated bioinformatics analysis of nucleotide metabolism based molecular subtyping and biomarkers in lung adenocarcinoma 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1430171 PMID:39148731	研究论文	本研究通过综合生物信息学分析，探讨了核苷酸代谢在肺腺癌分子分型和生物标志物中的作用	首次通过大规模数据分析和单细胞测序，揭示了核苷酸代谢基因在肺腺癌中的分子分型和预后差异	研究主要基于TCGA数据库和细胞系实验，需要进一步的临床验证	探讨核苷酸代谢在肺腺癌中的作用及其作为治疗靶点的潜力	肺腺癌患者的核苷酸代谢基因及其在临床特征和免疫微环境中的作用	数字病理学	肺腺癌	非负矩阵分解（NMF）聚类，加权相关网络分析（WGCNA），机器学习技术	NA	基因表达数据，单细胞测序数据	使用TCGA数据库中的肺腺癌样本，具体数量未明确
4632	2024-08-18	Single-cell RNA Sequencing Identifies Natural Kill Cell-Related Transcription Factors Associated With Age-Related Macular Degeneration 2024, Evolutionary bioinformatics online DOI:10.1177/11769343241272413 PMID:39149137	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了与年龄相关性黄斑变性（AMD）相关的自然杀伤细胞（NK细胞）的转录因子	本研究首次通过单细胞RNA测序和机器学习模型，揭示了NK细胞在AMD中的调控机制和关键转录因子	NA	揭示NK细胞在年龄相关性黄斑变性中的免疫反应和细胞因子调控作用	自然杀伤细胞（NK细胞）及其在年龄相关性黄斑变性（AMD）中的作用	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序	随机森林和决策树	转录组数据	NA
4633	2024-08-17	Non-invasive determination of gene expression in placental tissue using maternal plasma cell-free DNA fragmentation characters 2024-Nov-30, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.148789 PMID:39047956	研究论文	本文介绍了一种通过母体血浆中游离DNA片段特征非侵入性地确定胎盘组织基因表达的方法	开发了一种基于母体血浆游离DNA片段特征的非侵入性方法来预测胎盘基因表达	目前无法实时获取胎盘基因表达	克服无法实时获取胎盘基因表达的限制，并改进对胎盘源性妊娠综合征的非侵入性预测研究	孕妇的外周血和胎盘样本	数字病理学	妊娠综合征	深度测序	深度神经网络	DNA序列	从五名孕妇中获得了超过2000万条深度测序的游离DNA读取数据，以及32,401个单细胞表达谱和156,546个胎盘组织的单细胞表达谱
4634	2024-08-17	Elimination of the extra chromosome of Dup15q syndrome iPSCs for cellular and molecular investigation 2024-Sep, European journal of cell biology IF:4.5Q2 DOI:10.1016/j.ejcb.2024.151446 PMID:39059105	研究论文	本文提出了一种使用CRISPR-Cas9系统插入puro-ΔTK选择盒到多余染色体中，并通过两步药物选择去除isodicentric染色体15的策略，以消除Dup15q综合征iPSCs中的多余染色体，并分析了由此产生的细胞系的分子和细胞变化。	本文首次成功去除了Dup15q综合征iPSCs中的多余染色体，并建立了同源细胞系，为研究Dup15q综合征相关的细胞和分子改变提供了重要资源。	NA	研究Dup15q综合征中与拷贝数变异相关的病理细胞表型。	Dup15q综合征iPSCs及其同源细胞系。	分子生物学	自闭症谱系障碍	CRISPR-Cas9系统	NA	单细胞RNA测序数据	NA
4635	2024-08-17	Histone lactylation dynamics: Unlocking the triad of metabolism, epigenetics, and immune regulation in metastatic cascade of pancreatic cancer 2024-Aug-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217117 PMID:39019144	研究论文	本研究通过多组学方法探讨了组蛋白乳酸化在胰腺导管腺癌（PDAC）进展中的病理作用及其对预后预测、患者分层和肿瘤微环境（TME）表征的潜在影响	本研究揭示了“LDHA-H4K12la-免疫基因”轴在代谢-表观遗传-免疫调控框架中的新节点，为PDAC进展提供了新的视角	NA	探索组蛋白乳酸化在胰腺癌转移过程中的作用及其对代谢、表观遗传和免疫调控的影响	胰腺导管腺癌（PDAC）的进展和转移	表观遗传学	胰腺癌	多组学方法（bulk和单细胞RNA测序、代谢组学、ATAC-seq和CUT&Tag）	NA	RNA序列、代谢数据	NA
4636	2024-08-17	A single-cell analysis of the NK-cell landscape reveals that dietary restriction boosts NK cell antitumor immunity via Eomesdermin 2024-Aug-16, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0944 PMID:39150687	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，探讨了饮食限制（DR）如何通过Eomesdermin增强NK细胞的抗肿瘤免疫	首次揭示了饮食限制通过Eomesdermin调控NK细胞，增强其抗肿瘤免疫功能	NA	研究饮食限制如何通过调节免疫细胞增强抗肿瘤免疫	NK细胞及其在饮食限制下的抗肿瘤免疫作用	免疫学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及小鼠模型和NK细胞样本
4637	2024-08-17	Bipotential B-neutrophil progenitors are present in human and mouse bone marrow and emerge in the periphery upon stress hematopoiesis 2024-Aug-14, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.01599-24 PMID:39012145	研究论文	本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序分析了健康对照组和COVID-19患者的嗜中性粒细胞，揭示了在严重感染情况下B细胞和嗜中性粒细胞谱系之间的潜在关系。	首次在人类和小鼠骨髓中发现双潜能B-嗜中性粒细胞前体，并揭示了在应激造血过程中这些细胞在周围组织中的出现及其在严重感染中的潜在作用。	NA	探究COVID-19患者中嗜中性粒细胞反应的复杂性，并揭示B细胞和嗜中性粒细胞谱系在严重感染中的关系。	健康对照组和COVID-19患者的嗜中性粒细胞，以及人类和小鼠骨髓中的粒细胞。	数字病理学	NA	RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	RNA	健康对照组和COVID-19患者的嗜中性粒细胞样本，以及人类和小鼠骨髓中的粒细胞样本。
4638	2024-08-17	Cryptosporidium impacts epithelial turnover and is resistant to induced death of the host cell 2024-Aug-14, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.01720-24 PMID:38995074	研究论文	研究了隐孢子虫感染对小肠上皮细胞动态结构的影响	发现隐孢子虫感染的上皮细胞不易发生凋亡，且感染导致上皮细胞增殖和迁移增加	NA	探讨隐孢子虫感染对小肠上皮细胞动态结构的影响及其对细胞凋亡的调节作用	隐孢子虫感染的小肠上皮细胞	NA	腹泻疾病	单细胞RNA测序	NA	图像和分子数据	NA
4639	2024-08-17	Integration of QTL and comprehensive analysis in the circulating inflammatory cytokines for pan-cancer 2024-Aug-13, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-12726-4 PMID:39138392	研究论文	本研究通过整合eQTL和pQTL分析，探讨了循环炎症细胞因子在泛癌中的作用及其对肿瘤免疫微环境的影响	首次使用cis-pQTL工具变量进行两样本MR设计，并通过综合敏感性分析验证结果的稳健性	研究仅基于GWAS的汇总统计数据，未涉及个体水平的数据分析	探究循环炎症细胞因子在泛癌中的遗传代理作用及其对肿瘤免疫微环境的影响	109种细胞因子和趋化因子在18种实体瘤中的作用	数字病理学	NA	eQTL, pQTL, GWAS, scRNA细胞分析	两样本MR设计	基因组数据	18种实体瘤
4640	2024-08-17	The spatial distribution of intermediate fibroblasts and myeloid-derived cells dictate lymph node metastasis dynamics in oral cancer 2024-Aug-13, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05511-1 PMID:39138492	研究论文	研究口腔鳞状细胞癌（GB-OSCC）肿瘤边缘基因和细胞类型的空间分布，以及这些分布如何影响淋巴结转移的动力学	发现了肿瘤-基质界面是GB-OSCC疾病进展最活跃的区域，并识别了与淋巴结转移和疾病进展相关的空间定位基因	NA	探讨口腔鳞状细胞癌肿瘤边缘基因和细胞类型的空间分布，以及这些分布如何影响淋巴结转移	口腔鳞状细胞癌（GB-OSCC）肿瘤边缘的基因和细胞类型	数字病理学	口腔癌	数字空间转录组学	NA	基因表达数据	23个切除的GB-OSCC样本