单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2025-07-19	Integrative analysis of long isoform sequencing and functional data identifies distinct cortical layer neuronal subtypes derived from human iPSCs 2024-09-01, Journal of neurophysiology IF:2.1Q3 DOI:10.1152/jn.00045.2024 PMID:38988287	研究论文	通过整合长读长测序和功能数据，鉴定了源自人类iPSCs的不同皮质层神经元亚型	比较了两种培养基（StemFlex Medium和Essential 8 Medium）在iPSCs向神经元分化中的效率，发现E8M培养基能在更短时间内高效生成功能性神经元	研究仅比较了两种培养基，可能未涵盖所有潜在的高效分化条件	提高iPSCs向神经元分化的效率，以促进再生医学和药物发现	人类诱导多能干细胞（iPSCs）及其分化的神经元	再生医学	NA	长读长单细胞RNA测序、免疫细胞化学、全细胞膜片钳记录	NA	RNA测序数据、功能数据	未明确提及具体样本数量，但涉及iPSCs在两种培养基中的分化比较
442	2025-07-19	Re-analysis of single-cell RNA-seq data reveals the origin and roles of cycling myeloid cells 2024-07-08, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxae030 PMID:38655770	研究论文	本研究通过重新分析单细胞RNA测序数据，揭示了循环髓系细胞的起源、分化及其在生理过程中的作用	首次初步揭示了循环髓系细胞（CMCs）的起源、分化及其在生理过程中的作用，特别是确认了循环髓系细胞亚群a（aCMCs）属于特定细胞类型	NA	理解循环髓系细胞（CMCs）的起源、分化及其在各种生理和病理过程中的作用	循环髓系细胞（CMCs）及其亚群a（aCMCs）	单细胞RNA测序	创伤性损伤、癌症、病原体感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
443	2025-07-19	Candida albicans-myeloid cells-T lymphocytes axis in the tumor microenvironment of oral tumor-bearing mice 2024-04-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216814 PMID:38499264	研究论文	该研究探讨了白色念珠菌感染对口腔肿瘤微环境中髓系细胞和T淋巴细胞轴的影响	揭示了白色念珠菌感染通过改变肿瘤微环境中的免疫细胞组成促进口腔肿瘤发展的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探索白色念珠菌感染如何通过免疫微环境促进口腔肿瘤发展	口腔肿瘤小鼠模型	肿瘤免疫学	口腔癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
444	2025-07-19	An effective two-stage NMBzA-induced rat esophageal tumor model revealing that the FAT-Hippo-YAP1 axis drives the progression of ESCC 2024-04-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216813 PMID:38499266	研究论文	本研究建立了一种高效的两阶段NMBzA诱导的大鼠食管鳞状细胞癌(ESCC)模型，并发现FAT-Hippo-YAP1轴驱动ESCC的进展	使用多激酶抑制剂索拉非尼作为肿瘤促进剂，显著提高了肿瘤发生率和缩短了肿瘤形成时间，并通过多组学分析揭示了FAT-Hippo-YAP1轴的激活在ESCC进展中的关键作用	研究仅基于大鼠模型，结果在人类ESCC中的直接应用需要进一步验证	研究ESCC的发病机制和新的治疗策略	NMBzA诱导的大鼠ESCC模型及衍生的肿瘤细胞系	癌症研究	食管鳞状细胞癌	全基因组测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、三维器官培养	NA	基因组数据、转录组数据	NA
445	2025-07-19	Therapeutic application of human type 2 innate lymphoid cells via induction of granzyme B-mediated tumor cell death 2024-02-01, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.12.015 PMID:38211590	研究论文	本文探讨了人类2型先天淋巴样细胞(ILC2s)通过诱导颗粒酶B介导的肿瘤细胞死亡的潜在治疗应用	首次发现人类ILC2s分泌颗粒酶B(GZMB)并通过诱导焦亡和/或凋亡直接溶解肿瘤细胞，揭示了DNAM-1-CD112/CD155相互作用调控FOXO1的机制	未提及具体临床转化面临的挑战或体内应用的潜在副作用	探索人类ILC2s在肿瘤治疗中的潜在应用价值	人类2型先天淋巴样细胞(ILC2s)和肿瘤细胞	免疫治疗	白血病和实体瘤	单细胞RNA测序	NA	分子和细胞数据	未明确提及具体样本数量，但建立了可扩展2000倍的人类ILC2s培养平台
446	2025-07-19	Single-Cell RNA Sequencing Technology Landscape in 2023 2024-01-13, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxad077 PMID:37934608	review	本文综述了2023年单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的现状及其在细胞异质性和基因表达动态研究中的重要性	总结了scRNA-seq和snRNA-seq的优缺点，并概述了当前多种scRNA-seq技术（如基于液滴、平板、水凝胶和空间转录组学）的发展	未具体讨论每种技术的详细性能比较或实际应用案例	探讨单细胞RNA测序技术的现状及其在细胞生物学和疾病机制研究中的应用	单细胞RNA测序技术及其在干细胞研究中的应用	生物信息学	NA	scRNA-seq, snRNA-seq, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	NA
447	2025-07-19	Involvement of S100A6/S100A11 in T-Cell Immune Regulatory in HCC Revealed by Single Cell RNA-seq 2024 Jan-Dec, Technology in cancer research & treatment IF:2.7Q3 DOI:10.1177/15330338241252610 PMID:38766816	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了S100A6/S100A11在肝细胞癌（HCC）T细胞免疫调节中的作用	首次揭示了S100A6/S100A11通过NF-κB通路调控HCC中T细胞亚群的分化和细胞活性，并发现其低表达与良好预后相关	研究机制尚未完全阐明，需要进一步实验验证	探索S100蛋白家族成员在HCC免疫细胞中的功能机制	肝细胞癌（HCC）和乙型肝炎病毒相关HCC的肿瘤微环境	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	TCGA数据集和研究者收集的HCC样本（具体数量未说明）
448	2025-07-18	Spatial analysis reveals targetable macrophage-mediated mechanisms of immune evasion in hepatocellular carcinoma minimal residual disease 2024-Oct, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00828-8 PMID:39304772	研究论文	通过空间分析揭示了肝癌微小残留病中可靶向的巨噬细胞介导的免疫逃逸机制	发现了PD-L1+M2样巨噬细胞与干细胞样肿瘤细胞的空间相互作用及其通过TGFβ1介导的肿瘤细胞持续存在机制	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，临床转化仍需进一步验证	探索肝癌微小残留病中肿瘤细胞持续存在的机制并寻找潜在治疗靶点	肝癌微小残留病中的肿瘤细胞和免疫微环境	数字病理学	肝癌	单细胞高维度细胞成像、空间转录组学	转基因小鼠模型、同源原位模型	图像、转录组数据	108名患者，107万个细胞，两种小鼠模型
449	2025-07-18	Antigen/HLA-agnostic strategies for Characterizing Tumor-responsive T cell receptors in PDAC patients via single-cell sequencing and autologous organoid application 2024-04-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216741 PMID:38395378	研究论文	本研究通过单细胞测序和自体类器官技术，识别并验证了胰腺导管腺癌(PDAC)患者中肿瘤反应性T细胞受体(TCRs)，为个性化TCR-T细胞疗法提供了新策略	结合超深度单细胞测序和类器官技术，以抗原/HLA无关的方式快速鉴定肿瘤反应性TCRs	研究仅纳入两名代表性PDAC患者，样本量较小	开发个性化TCR-T细胞疗法的新方法	胰腺导管腺癌(PDAC)患者的T细胞受体(TCRs)	肿瘤免疫治疗	胰腺导管腺癌(PDAC)	单细胞TCR/RNA测序，自体类器官培养	NA	单细胞测序数据	两名PDAC患者，超过82,000个细胞
450	2025-07-18	Characterization of the distinct immune microenvironments between hepatocellular carcinoma and intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-04-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216799 PMID:38479553	research paper	本研究通过单细胞RNA测序技术，系统比较了肝细胞癌（HCC）和肝内胆管癌（ICC）的肿瘤免疫微环境（TIME）的异同	首次系统性评估了HCC和ICC的TIME差异，并发现HCC中的T细胞表现出更高的免疫抑制和耗竭水平，以及HCC中特异富集的EGR1巨噬细胞簇	研究样本量相对有限（41个单细胞RNA-seq样本），且仅基于转录组数据，缺乏蛋白质或功能验证	比较HCC和ICC的肿瘤免疫微环境差异，为肝癌治疗靶点开发提供新见解	肝细胞癌（HCC）和肝内胆管癌（ICC）的肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	41个单细胞RNA-seq样本（来自HCC和ICC的四种不同组织类型）
451	2025-07-18	Association of preoperative aspartate aminotransferase to platelet ratio index with outcomes and tumour microenvironment among colorectal cancer with liver metastases 2024-04-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216778 PMID:38458593	研究论文	本研究探讨了术前天门冬氨酸氨基转移酶与血小板比值指数（APRI）对结直肠癌肝转移（CRLM）患者预后及肿瘤微环境的影响	首次通过单细胞RNA测序和多重免疫组化/免疫荧光技术，揭示了APRI水平与CRLM肿瘤微环境的关联	研究样本来自多中心，可能存在选择偏倚	寻找能够改善CRLM患者预后预测的生物标志物	1323名接受同步切除的CRLM患者	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序, 多重免疫组化/免疫荧光（mIHC/IF）	NA	血液样本, 肿瘤组织样本	1323名CRLM患者
452	2025-07-18	CD63+ cancer-associated fibroblasts confer CDK4/6 inhibitor resistance to breast cancer cells by exosomal miR-20 2024-04-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216747 PMID:38403110	研究论文	本文揭示了CD63+癌症相关成纤维细胞通过外泌体miR-20赋予乳腺癌细胞对CDK4/6抑制剂的耐药性	首次发现CD63+癌症相关成纤维细胞通过外泌体miR-20介导CDK4/6抑制剂耐药性，并设计了cRGD-miR-20海绵纳米颗粒增强治疗效果	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未进行临床验证	探究乳腺癌对CDK4/6抑制剂耐药的分子机制并开发新的治疗策略	ER阳性乳腺癌细胞和肿瘤异种移植模型	癌症生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
453	2025-07-18	Comparable CD8+ T-cell responses to SARS-CoV-2 vaccination in single-cell transcriptomics of recently allogeneic transplanted patients and healthy individuals 2024-03, Journal of medical virology IF:6.8Q1 DOI:10.1002/jmv.29539 PMID:38516755	研究论文	本研究比较了异基因造血干细胞移植(ASCT)患者与健康个体在接种SARS-CoV-2疫苗后的CD8+ T细胞反应	首次在ASCT患者中进行了纵向多模态分析，包括T细胞功能性和单细胞RNA测序结合TCR/BCR分析，并与健康接种者公开数据集进行比较	样本量相对较小，仅40%患者达到保护性抗体滴度	评估ASCT患者对SARS-CoV-2疫苗的免疫反应	异基因造血干细胞移植患者和健康个体	免疫学	传染病	单细胞RNA测序, TCR/BCR分析	NA	转录组数据, 免疫组库数据	ASCT患者队列(具体数量未明确提及), 与公开健康接种者数据集对比
454	2025-07-18	CCDC66 mutations are associated with high myopia through affected cell mitosis 2024-02-21, Journal of medical genetics IF:3.5Q2 DOI:10.1136/jmg-2023-109434 PMID:37852749	研究论文	本研究通过外显子测序和功能分析，揭示了CCDC66基因突变与高度近视的关联及其在细胞有丝分裂中的作用	首次发现CCDC66基因的无义突变(c.C172T, p.Q58X)与高度近视表型共分离，并揭示了该基因通过影响视网膜细胞有丝分裂导致高度近视的分子机制	样本量相对有限(1个家族病例和200例散发病例)，且功能研究主要在体外细胞系中进行	探索高度近视的致病基因及其分子机制	高度近视患者家族和散发病例，以及人类和小鼠的视网膜发育过程	遗传学	高度近视	外显子测序，Sanger测序，单细胞RNA测序，CRISPR/Cas9基因敲除，免疫荧光染色，免疫印迹	NA	基因组数据，转录组数据，细胞图像数据	1个高度近视家族和200例散发性高度近视患者
455	2025-07-17	DISSyphilis and the risk of HIV infection: A Mendelian randomization study 2024-Jul-31, AIDS research and human retroviruses IF:1.5Q4 DOI:10.1089/AID.2024.0005 PMID:39086230	研究论文	通过孟德尔随机化分析评估梅毒对HIV感染的因果效应	揭示了梅毒与HIV感染之间的直接因果关系，并发现RPAIN基因上调可能是促进HIV感染进展的关键因素	研究依赖于基因组关联研究的数据，可能存在未测量的混杂因素	评估梅毒对HIV感染的因果效应	梅毒和HIV感染	遗传流行病学	HIV感染	孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序	加权中位数、MR Egger、逆方差加权	基因组关联研究数据、单细胞RNA测序数据	NA
456	2025-07-17	CRISPR-Cas9 Genome Editing Allows Generation of the Mouse Lung in a Rat 2024-07-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202306-0964OC PMID:38507610	研究论文	利用CRISPR-Cas9基因组编辑技术在大鼠体内生成小鼠肺组织	首次通过CRISPR-Cas9基因组编辑和囊胚互补技术在大鼠体内生成小鼠肺组织，实现了供体胚胎干细胞对肺组织近99%的贡献	研究仅在小鼠和大鼠之间进行，尚未在更大动物或人类中验证	探索利用大型动物作为生物反应器生成人类肺组织的可能性	小鼠胚胎干细胞和大鼠胚胎	生物工程	NA	CRISPR-Cas9基因组编辑、囊胚互补技术、免疫染色、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、细胞图像数据	小鼠-大鼠嵌合体
457	2025-07-17	Immune Response following FLASH and Conventional Radiation in Diffuse Midline Glioma 2024-Jul-15, International journal of radiation oncology, biology, physics DOI:10.1016/j.ijrobp.2024.01.219 PMID:38364947	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术，比较了FLASH和常规放射治疗对弥漫性中线胶质瘤免疫微环境的影响	首次以单细胞分辨率绘制了常规和FLASH放射治疗对DMG免疫微环境的改变，揭示了免疫反应的时间依赖性差异	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探索FLASH和常规放射治疗对弥漫性中线胶质瘤肿瘤免疫微环境的影响差异	脑干弥漫性中线胶质瘤的免疫细胞	肿瘤免疫学	弥漫性中线胶质瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 流式细胞术	NA	基因表达数据, 细胞表型数据	使用原位同基因小鼠脑干DMG模型
458	2025-07-17	Single-cell transcriptomic analysis reveals the landscape of epithelial-mesenchymal transition molecular heterogeneity in esophageal squamous cell carcinoma 2024-04-10, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216723 PMID:38342234	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了食管鳞状细胞癌中上皮-间质转化分子异质性的全景	首次在单细胞水平上描绘了ESCC中EMT的分子异质性，并鉴定了87个EMT相关分子及潜在标志物SERPINH1	样本量相对有限（44名患者），且未涵盖所有ESCC亚型	阐明食管鳞癌EMT分子异质性及其在肿瘤进展中的作用	39个肿瘤样本和16个癌旁样本中的209,231个ESCC细胞	数字病理学	食管鳞状细胞癌	scRNA-seq, RNA-seq, TCGA数据分析	NA	单细胞转录组数据	44名患者的55个样本（39肿瘤+16癌旁）
459	2025-07-17	Up-regulation of RAN by MYBL2 maintains osteosarcoma cancer stem-like cells population during heterogeneous tumor generation 2024-04-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216708 PMID:38336287	研究论文	该研究通过单细胞转录组学揭示了骨肉瘤癌症干细胞样细胞（CSCs）在异质性肿瘤生成中的分子特征，并发现MYBL2-RAN通路在维持CSCs自我更新中的关键作用	首次揭示了MYBL2-RAN通路在骨肉瘤CSCs自我更新中的调控机制，并证明阻断该通路可增强CSCs对顺铂治疗的敏感性	研究主要基于体外实验和临床组织分析，缺乏体内动物模型的验证	探索骨肉瘤异质性肿瘤生成过程中癌症干细胞样细胞的调控机制	骨肉瘤癌症干细胞样细胞及其衍生的异质性肿瘤细胞	癌症生物学	骨肉瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	临床骨肉瘤组织样本（数量未明确说明）
460	2025-07-17	Inhibition of ATM promotes PD-L1 expression by activating JNK/c-Jun/TNF-α signaling axis in triple-negative breast cancer 2024-04-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216642 PMID:38278470	研究论文	本研究揭示了ATM通过下调JNK/c-Jun/TNF-α信号轴在三阴性乳腺癌中负调控PD-L1表达的新机制	发现ATM通过抑制JNK/c-Jun/TNF-α信号轴负调控PD-L1表达的新机制，为免疫检查点阻断疗法在多线耐药TNBC中的广泛应用提供了新思路	样本量相对有限（86例TNBC临床标本），且机制研究主要在细胞和动物模型中进行	探究ATM在TNBC中调控PD-L1表达的分子机制	三阴性乳腺癌（TNBC）细胞系、动物模型和临床标本	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化染色、细胞因子阵列分析、Western blot、荧光素酶报告基因检测	ATM敲低TNBC稳定细胞系	RNA测序数据、蛋白质表达数据、临床标本数据	86例TNBC临床标本和4例TNBC临床标本的scRNA-seq数据