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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 441 | 2026-03-04 |
Single-cell DNA methylation analysis tool Amethyst reveals distinct noncanonical methylation patterns in human glial cells
2024-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.13.607670
PMID:39211069
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研究论文 | 本文介绍了一个名为Amethyst的综合性R软件包,用于处理和分析图谱规模的单细胞甲基化测序数据 | 开发了首个用于图谱规模单细胞甲基化测序数据分析的综合性R软件包Amethyst,并利用该工具在人类大脑数据集中发现并描述了星形胶质细胞和少突胶质细胞中存在非典型甲基化模式,挑战了该甲基化形式主要与大脑神经元相关的传统观点 | 未明确提及具体局限性 | 开发单细胞甲基化测序数据分析工具,并探索人类胶质细胞中的甲基化模式 | 人类外周血单个核细胞(PBMC)、人类大脑皮层细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞甲基化测序 | NA | 甲基化测序数据 | NA | NA | 单细胞甲基化测序 | NA | NA |
| 442 | 2026-03-04 |
Single-cell profile reveals the landscape of cardiac immunity and identifies a cardio-protective Ym-1hi neutrophil in myocardial ischemia-reperfusion injury
2024-04-15, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2024.02.003
PMID:38395651
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示了心肌缺血再灌注损伤中免疫细胞的动态变化,并鉴定出一种具有心脏保护作用的Ym-1hi中性粒细胞亚型 | 首次在MIRI中通过单细胞测序系统描绘了心脏免疫细胞景观,并发现了一种新型的Ym-1hi中性粒细胞亚型,该亚型具有心脏保护作用 | 研究主要基于小鼠模型,临床样本验证相对有限 | 探究心肌缺血再灌注损伤中免疫细胞亚型及其动态变化,并鉴定具有保护作用的细胞亚型 | 小鼠心肌组织中的CD45阳性免疫细胞,以及临床患者样本 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠心肌组织在六个时间点采集的CD45细胞,以及临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 443 | 2026-03-03 |
Single-cell and spatial transcriptomics identify COL6A3 as a prognostic biomarker in undifferentiated pleomorphic sarcoma
2024-Nov-15, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-024-02168-8
PMID:39548577
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研究论文 | 本研究利用单细胞和空间转录组学技术,鉴定COL6A3作为未分化多形性肉瘤的预后生物标志物 | 首次结合单细胞和空间转录组学分析未分化多形性肉瘤及其亚型,发现COL6A3和BGN基因能预测生存和转移,且COL6A3优于现有肉瘤预后基因组合 | 样本量较小(单细胞分析仅5个活检样本和1个切除样本),需在更大队列中验证 | 更好表征未分化多形性肉瘤及其亚型(如非典型纤维黄色瘤和多形性真皮肉瘤),并识别预后生物标志物 | 未分化多形性肉瘤、非典型纤维黄色瘤和多形性真皮肉瘤的肿瘤样本 | 数字病理学 | 软组织肉瘤 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 5个活检样本(AFX和PDS)和1个切除样本(PDS),另加独立队列46个和38个UPS肿瘤 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 444 | 2026-03-03 |
Recovering single-cell expression profiles from spatial transcriptomics with scResolve
2024-Oct-21, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100864
PMID:39326411
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研究论文 | 本文开发了一种名为scResolve的方法,用于从多细胞分辨率空间转录组学数据中恢复单细胞表达谱 | scResolve能够准确恢复单个细胞在其位置上的表达谱,这是细胞类型去卷积方法无法实现的,并支持细胞类型特异性差异基因表达分析和稀有细胞群体的准确识别 | NA | 开发一种从空间转录组学测量中恢复单细胞表达谱的方法,以克服现有技术缺乏单细胞分辨率的问题 | 人类乳腺癌数据和人类肺部疾病数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学测量数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 445 | 2026-03-03 |
A single-cell RNA-seq dataset describing macrophages in NSCLC tumor and peritumor tissues
2024-10-01, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-03885-x
PMID:39353975
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序生成了非小细胞肺癌肿瘤及瘤周组织中巨噬细胞的转录组数据集,以探究其在肿瘤微环境中的特征差异和相关性 | 首次基于单细胞RNA测序技术,全面描述了NSCLC肿瘤与瘤周组织中巨噬细胞的转录组特征,填补了该领域在组织特异性差异方面的知识空白 | 研究仅提供了数据集,未进行深入的机制或功能验证分析,且样本来源和数量未在摘要中明确说明 | 探究非小细胞肺癌肿瘤微环境中肿瘤相关巨噬细胞的特性,以理解NSCLC的进展并识别临床治疗靶点 | 非小细胞肺癌肿瘤及瘤周组织中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 446 | 2026-03-03 |
A single-cell transcriptomic dataset of pluripotent stem cell-derived astrocytes via NFIB/SOX9 overexpression
2024-09-10, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-03823-x
PMID:39256463
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序,构建了NFIB/SOX9过表达诱导人多能干细胞分化为星形胶质细胞的全面转录组图谱 | 首次利用单细胞RNA测序技术,系统描绘了NFIB/SOX9过表达诱导星形胶质细胞分化的详细路径和分子特征 | 诱导星形胶质细胞的精确分化路径和分子特征仍未完全阐明 | 解析NFIB/SOX9诱导星形胶质细胞分化的分子机制,为神经系统疾病研究提供模型 | 人多能干细胞(iPSCs)及其NFIB/SOX9过表达诱导分化的星形胶质细胞 | 单细胞转录组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 64,736个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 447 | 2026-03-03 |
Identification of four mitochondria-related genes in sepsis based on RNA sequencing technology
2024-05-16, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-024-00623-1
PMID:38755528
|
研究论文 | 本研究通过RNA测序技术识别并分析了与脓毒症相关的线粒体基因,以阐明脓毒症免疫的潜在机制 | 结合RNA测序、生物信息学分析和单细胞测序,识别出四个与脓毒症预后显著负相关的线粒体基因(FIS1、FKBP8、GLRX5、GUK1),并验证了其诊断价值 | 样本量较小(脓毒症组20例,SIRS组12例),且为单中心研究,可能限制结果的普遍性 | 识别与脓毒症患者相关的线粒体基因,以阐明脓毒症免疫的潜在机制并提供临床治疗新思路 | 脓毒症和全身炎症反应综合征(SIRS)患者的住院病例 | 生物信息学 | 脓毒症 | RNA测序(RNA-seq)、单细胞RNA测序 | NA | RNA(mRNA)序列数据 | 脓毒症组20例,SIRS组12例,总计32例 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x单细胞测序用于明确核心基因的定位 |
| 448 | 2026-03-03 |
Wnt pathway inhibition with the porcupine inhibitor LGK974 decreases trabecular bone but not fibrosis in a murine model with fibrotic bone
2024-May, JBMR plus
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/jbmrpl/ziae011
PMID:38577521
|
研究论文 | 本研究通过使用porcupine抑制剂LGK974抑制Wnt通路,探究其在G-GPCR信号过度激活的小鼠模型中,对骨纤维化和骨小梁形成的影响 | 首次在G-GPCR信号过度激活的骨纤维化小鼠模型中,应用单细胞RNA测序技术分析Wnt配体表达变化,并评估LGK974对骨小梁和纤维化的特异性作用 | LGK974仅部分减少骨小梁,对骨纤维化无显著改善,且在对照小鼠中引起明显骨丢失,提示其治疗潜力有限且存在副作用 | 探索Wnt通路抑制作为骨纤维化疾病(如纤维性发育不良)潜在治疗策略的效果 | 9周龄雄性ColI(2.3)/Rs1小鼠及其同窝对照小鼠的长骨基质细胞 | 数字病理学 | 骨纤维化疾病 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型(ColI(2.3)/Rs1转基因小鼠) | RNA测序数据 | ColI(2.3)/Rs1小鼠及同窝对照小鼠的长骨基质细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 449 | 2026-03-03 |
Modulator of TMB-associated immune infiltration (MOTIF) predicts immunotherapy response and guides combination therapy
2024-03-30, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2024.01.025
PMID:38320897
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研究论文 | 开发了一种名为MOTIF的新工具,用于预测肿瘤突变负荷相关的免疫浸润,并指导免疫检查点抑制剂的治疗反应和联合疗法 | 首次提出MOTIF工具,通过整合多癌种的大规模RNA-seq数据,识别能决定CD8 T细胞浸润程度的基因,并揭示其在癌症-免疫循环中的完整性缺陷 | 研究主要基于回顾性数据,需要前瞻性临床试验进一步验证MOTIF的预测准确性 | 预测免疫检查点抑制剂的治疗反应并指导联合疗法 | 肿瘤样本和免疫细胞浸润 | 生物信息学 | 多种实体瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | 9311个肿瘤样本(来自30种癌症类型)和84个人类单细胞RNA-seq数据集(来自32种实体瘤) | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 450 | 2026-03-02 |
Protocol for Xenium spatial transcriptomics studies using fixed frozen mouse brain sections
2024-12-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103420
PMID:39535916
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研究论文 | 本文介绍了一种使用固定冷冻小鼠脑切片进行Xenium空间转录组学研究的实验方案 | 证明了除10× Genomics验证的FFPE和新鲜冷冻切片外,固定冷冻薄脑切片也兼容Xenium平台,并提供优异的成像和定量结果 | NA | 开发适用于Xenium空间转录组学平台的固定冷冻小鼠脑切片实验流程 | 固定冷冻的小鼠脑切片 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium分析仪 |
| 451 | 2026-03-02 |
Fibroblast growth factor 2 enhances BMSC stemness through ITGA2-dependent PI3K/AKT pathway activation
2024-12, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.31423
PMID:39188080
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研究论文 | 本研究揭示了成纤维细胞生长因子2通过上调整合素α2表达并激活PI3K/AKT通路来增强骨髓间充质干细胞干性的分子机制 | 首次结合转录组学和单细胞测序技术,系统性地鉴定并验证了FGF2和ITGA2在调控BMSC干性中的关键作用,并阐明了其通过PI3K/AKT通路发挥功能的分子机制 | 研究主要在体外细胞模型中进行,缺乏体内动物实验验证;未深入探讨其他可能参与的信号通路 | 探索增强骨髓间充质干细胞干性维持的策略以提高其治疗潜力 | 骨髓间充质干细胞 | 干细胞生物学 | NA | 转录组学分析,单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 452 | 2026-03-02 |
Loss of PADI2 and PADI4 ameliorates sepsis-induced acute lung injury by suppressing NLRP3+ macrophages
2024-Nov-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.181686
PMID:39405117
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研究论文 | 本研究揭示了PADI2和PADI4缺失通过抑制NLRP3+巨噬细胞,改善脓毒症诱导的急性肺损伤的机制 | 首次发现PADI2和PADI4双敲除通过调控NLRP3/Ym1轴,促进抗炎巨噬细胞分化,为脓毒症治疗提供新靶点 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证 | 探究PADI2和PADI4在脓毒症诱导急性肺损伤中的具体功能及机制 | 铜绿假单胞菌肺炎诱导的脓毒症小鼠模型 | 单细胞转录组学 | 脓毒症诱导的急性肺损伤 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量,但涉及Padi2-/- Padi4-/-双敲除小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 453 | 2026-03-02 |
Identification of LRP1+CD13+ human periosteal stem cells that require LRP1 for bone repair
2024-Nov-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.173831
PMID:39405183
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术鉴定了人类骨膜中表达LRP1和CD13的骨膜干细胞,并揭示了LRP1在骨修复中的关键调控作用 | 首次在人类骨膜中鉴定出LRP1+CD13+干细胞亚群,并证明LRP1是调控这些干细胞功能和骨修复的关键因子 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本的验证和临床应用潜力仍需进一步探索 | 鉴定人类骨膜干细胞的特异性标记物并探究其在骨修复中的调控机制 | 人类和小鼠的骨膜组织及其中包含的干细胞 | 单细胞测序 | 骨疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未明确指定样本数量,涉及人类和小鼠骨膜组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 454 | 2026-03-02 |
New Window Into Hepatitis B in Africa: Liver Sampling Combined With Single-Cell Omics Enables Deep and Longitudinal Assessment of Intrahepatic Immunity in Zambia
2024-Nov-15, The Journal of infectious diseases
IF:5.0Q1
DOI:10.1093/infdis/jiae054
PMID:38332750
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研究论文 | 本研究在赞比亚引入肝脏细针穿刺活检,结合单细胞组学技术,对慢性及急性乙肝病毒感染者的肝内免疫反应进行了深度纵向评估 | 首次在非洲地区将肝脏细针穿刺活检与单细胞RNA测序技术结合,用于研究乙肝病毒感染的肝内免疫反应,为乙肝治愈策略提供新见解 | 样本量相对有限(共164份FNAB样本),且仅对部分样本进行了单细胞RNA测序分析 | 评估乙肝病毒感染者的肝内免疫反应,为乙肝治愈策略提供依据,并增进对非洲地区乙肝自然史的理解 | 未接受过治疗的慢性乙肝病毒感染者(包括HIV共感染者)以及急性乙肝病毒感染者 | 单细胞组学 | 乙肝病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 117份入组样本和47份纵向随访样本(共164份肝脏细针穿刺活检样本) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 455 | 2026-03-02 |
scRNA-seq profiling of human granulocytes reveals expansion of developmentally flexible neutrophil precursors with mixed neutrophil and eosinophil properties in asthma
2024-Nov-04, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiae120
PMID:38814679
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术,揭示了人类哮喘患者中发育灵活的粒细胞前体细胞的扩张,这些细胞表现出中性粒细胞和嗜酸性粒细胞的混合特性 | 首次在人类中证实了粒细胞发育的灵活性,并展示了在严重哮喘炎症中,未成熟中性粒细胞表达嗜酸性粒细胞标记物的现象,以及白细胞介素-5促进其向嗜酸性粒细胞表型分化的机制 | 研究主要基于单细胞测序数据,缺乏体内功能验证实验,且样本可能未涵盖所有哮喘亚型或疾病阶段 | 探究人类粒细胞是否存在造血灵活性,并评估中性粒细胞可塑性在哮喘炎症中的作用 | 人类骨髓和循环中的中性粒细胞与嗜酸性粒细胞,在不同分化阶段 | 数字病理学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序,细胞转录组和表位索引测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 456 | 2026-03-02 |
Macrophage-mediated heart repair and remodeling: A promising therapeutic target for post-myocardial infarction heart failure
2024-11, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.31372
PMID:39014935
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综述 | 本文综述了巨噬细胞在心肌梗死后心力衰竭修复与重塑中的时空动态、功能、机制及信号通路,并探讨了靶向巨噬细胞的生物材料和潜在治疗药物 | 整合单细胞测序技术对巨噬细胞在心肌梗死中作用的最新深入理解,并讨论基于生物材料的巨噬细胞靶向治疗新策略 | 作为综述文章,未涉及原始实验数据,主要基于现有文献进行综合评述 | 揭示心肌梗死后心力衰竭的机制并探索靶向巨噬细胞的治疗策略 | 心肌梗死后心力衰竭患者及巨噬细胞在心脏修复与重塑中的作用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 457 | 2026-03-02 |
Bone-marrow macrophage-derived GPNMB protein binds to orphan receptor GPR39 and plays a critical role in cardiac repair
2024-Nov, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-024-00555-4
PMID:39455836
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研究论文 | 本文揭示了骨髓来源巨噬细胞产生的GPNMB蛋白通过与孤儿受体GPR39结合,在心肌梗死后心脏修复中发挥关键作用 | 首次鉴定GPR39为循环GPNMB的受体,并阐明巨噬细胞来源GPNMB通过GPR39信号通路促进心肌细胞收缩、抑制成纤维细胞活化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床转化价值需进一步验证;GPNMB-GPR39信号通路的具体下游效应分子尚未完全阐明 | 探究GPNMB在心脏损伤修复中的功能机制 | 心肌梗死小鼠模型、人类衰竭心脏组织、骨髓来源巨噬细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序、谱系追踪、骨髓移植、基因功能缺失模型 | 遗传学功能缺失模型 | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 未明确样本数量,但涉及人类和小鼠心脏组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 458 | 2026-03-02 |
Colorectal cancer-associated bacteria are broadly distributed in global microbiomes and drivers of precancerous change
2024-10-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-70702-1
PMID:39384807
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研究论文 | 本研究通过宏基因组分析揭示了与结直肠癌相关的肠道细菌在全球微生物组中的广泛分布,并证明这些微生物可驱动癌前病变 | 首次在全球范围内系统鉴定结直肠癌相关肠道细菌,采用参考基因组无关的基因聚类方法,发现大量先前未知的CRC相关微生物,并在临床前模型中验证其诱导癌前病变的能力 | 研究主要基于已有宏基因组数据,需要进一步实验验证具体机制;临床前模型结果需在人体中确认 | 系统定义全球人群中与结直肠癌及健康相关的肠道细菌组成及其功能 | 全球人群的肠道微生物组、结直肠癌患者与健康个体的微生物组差异 | 微生物组学 | 结直肠癌 | 超深度鸟枪法宏基因组测序、单细胞RNA测序、类器官共培养 | NA | 宏基因组测序数据、单细胞RNA测序数据 | 全球微生物组调查的已发表数据(具体样本数量未明确说明) | NA | 宏基因组测序、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 459 | 2026-03-02 |
Expression patterns of keratin family members during tooth development and the role of keratin 17 in cytodifferentiation of stratum intermedium and stellate reticulum
2024-09, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.31387
PMID:39014890
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和微阵列分析,揭示了角蛋白家族成员在小鼠牙齿发育过程中的时空表达模式,并发现角蛋白17(Krt17)对中间层和星网状层细胞分化至关重要 | 首次利用单细胞RNA测序技术系统解析牙齿发育过程中角蛋白家族的动态表达谱,并明确了Krt17在中间层细胞分化中的特异性功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类牙齿发育中的角蛋白表达模式仍需验证;细胞功能实验仅在SF2细胞系中进行,体内功能需进一步证实 | 阐明角蛋白家族在牙齿发育过程中的表达规律及其在细胞分化中的作用机制 | 出生后第1天小鼠磨牙的牙胚组织及SF2牙上皮细胞系 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、微阵列分析、细胞功能实验 | NA | 单细胞转录组数据、微阵列数据 | 未明确样本数量(基于出生后第1天小鼠磨牙的scRNA-seq数据集) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 460 | 2026-03-02 |
Impact of different tissue dissociation protocols on endothelial cell recovery from developing mouse lungs
2024-Jul, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology
DOI:10.1002/cyto.a.24843
PMID:38668123
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研究论文 | 本研究评估了胶原酶A和分散酶两种酶解方法对小鼠肺组织内皮细胞分离的影响,比较了细胞回收数量、活性和亚型组成 | 首次系统比较了胶原酶A和分散酶在发育期小鼠肺组织内皮细胞分离中的效果,并利用单细胞RNA测序揭示了不同酶解方法对细胞亚型组成的显著影响 | 研究仅针对小鼠肺组织,结果可能不适用于其他组织或物种;未评估长期培养后细胞功能的变化 | 评估不同组织解离方案对发育期小鼠肺内皮细胞回收的影响 | 幼年和成年小鼠肺组织中的内皮细胞 | 单细胞生物学 | NA | 流式细胞术,荧光激活细胞分选,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据,流式细胞数据 | 小鼠肺组织样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |