单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4441	2024-08-31	Multiomics unveils extracellular vesicle-driven mechanisms of endothelial communication in human carotid atherosclerosis 2024-Jul-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.21.599781 PMID:38979218	研究论文	本文研究了外周血管疾病中的细胞间通信机制，特别是通过外泌体在颈动脉粥样硬化中的作用	首次综合分析了外泌体在颈动脉粥样硬化中的多组学特征，揭示了其在疾病进展中的复杂通信网络和功能影响	研究样本量相对较小，且仅限于颈动脉粥样硬化的特定阶段	探讨外泌体在颈动脉粥样硬化中的细胞间通信机制及其对疾病进展的影响	颈动脉粥样硬化患者的外泌体及其在疾病中的作用	数字病理学	心血管疾病	全转录组miRNA测序和基于质谱的蛋白质组学	NA	RNA测序数据和蛋白质组学数据	症状性患者16例，无症状患者13例
4442	2024-08-31	Negative selection allows human primary fibroblasts to tolerate high somatic mutation loads induced by N-ethyl-N-nitrosourea 2024-Jul-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.07.588286 PMID:38617356	研究论文	本文研究了人类原代成纤维细胞在N-乙基-N-亚硝基脲（ENU）诱导的高体细胞突变负荷下的耐受性	首次揭示了单个细胞能够承受约60,000个单核苷酸变异（SNVs）而仅轻微影响生长速率，并证明了这种高突变水平仅通过基因编码区域和维持基本细胞功能及生长的遗传途径中的负选择来耐受	研究仅限于人类原代成纤维细胞，未涉及其他组织类型	探讨细胞在衰老过程中积累的突变负荷对功能的影响	人类原代成纤维细胞	基因组学	NA	单细胞全基因组测序	NA	基因组数据	多个低剂量ENU处理的细胞样本
4443	2024-08-31	Characterizing enteric neurons in dopamine transporter (DAT)-Cre reporter mice reveals dopaminergic subtypes with dual-transmitter content 2024-May, The European journal of neuroscience DOI:10.1111/ejn.16307 PMID:38487941	研究论文	本研究利用报告鼠系对肠道中的多巴胺能神经元进行了全面表征，揭示了具有双重递质含量的多巴胺能亚型。	本研究首次在肠道神经系统中发现了一种新型多巴胺能神经元群体，这些神经元同时表达胆碱乙酰转移酶和多巴胺转运体。	需要进一步研究以定义这些多巴胺能肠道神经元的功能特征及其在疾病中的作用。	旨在全面表征肠道中的多巴胺能神经元，并揭示其亚型和功能。	肠道神经系统中的多巴胺能神经元及其亚型。	神经科学	NA	免疫荧光、单细胞转录组学、原位杂交	NA	图像	使用多巴胺转运体报告鼠系进行研究
4444	2024-08-31	Involvement of microglia-expressed MS4A6A in the onset of glioblastoma 2024-May, The European journal of neuroscience DOI:10.1111/ejn.16309 PMID:38488530	研究论文	本文探讨了微胶质细胞表达的MS4A6A在胶质母细胞瘤发病中的作用	首次揭示了MS4A6A在胶质母细胞瘤中的表达及其对肿瘤细胞增殖和迁移的影响	尚未阐明MS4A6A参与胶质母细胞瘤调控的具体机制	研究MS4A6A在胶质母细胞瘤中的作用及其作为潜在生物标志物的可能性	胶质母细胞瘤患者样本及微胶质细胞中的MS4A6A表达	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	胶质母细胞瘤患者样本
4445	2024-08-31	Opto-combinatorial indexing enables high-content transcriptomics by linking cell images and transcriptomes 2024-04-16, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d3lc00866e PMID:38506394	研究论文	本文介绍了一种将细胞表型行为与单细胞RNA测序（scRNA-seq）相结合的集成分析方法，通过利用细胞的光学指数和凝胶珠的组合实现	该方法通过联合颜色编码将传统落射荧光显微镜测得的光学组合与细胞-凝胶珠对创建的DNA分子条形码相匹配，实现了细胞图像与scRNA-seq的准确链接	NA	旨在开发一种新的方法，将细胞表型与单细胞转录组学数据关联起来	细胞表型行为与单细胞RNA测序数据的关联	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	图像和文本	涉及多种浓度紫杉醇处理的HeLa细胞
4446	2024-08-31	Reversal of tamoxifen resistance by artemisinin in ER+ breast cancer: bioinformatics analysis and experimental validation 2024, Oncology research IF:2.0Q3 DOI:10.32604/or.2024.047257 PMID:38827320	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证，探讨了青蒿素逆转雌激素受体阳性乳腺癌中他莫昔芬耐药性的机制	本研究首次通过生物信息学分析和实验验证，揭示了青蒿素逆转他莫昔芬耐药性的潜在机制	研究中未详细说明所使用的五个特征基因和七个药物-疾病交叉基因的具体信息	探索青蒿素逆转他莫昔芬在雌激素受体阳性乳腺癌中的耐药性	雌激素受体阳性乳腺癌细胞及他莫昔芬耐药性	数字病理学	乳腺癌	WGCNA交叉分析, scRNA-seq分析, 分子目标对接	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中明确
4447	2024-08-31	Single-cell RNA sequencing of nc886, a non-coding RNA transcribed by RNA polymerase III, with a primer spike-in strategy 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0301562 PMID:39190696	研究论文	本研究开发了一种针对nc886的单细胞RNA测序方法，通过引入特定的oligo-tagged nc886引物，实现了对RNA聚合酶III转录的非编码RNA的测序	首次采用引物混合策略，成功捕获并测序了RNA聚合酶III转录的非编码RNA nc886，为单细胞水平上非编码RNA的研究提供了新方法	引物混合策略在目标特异性方面存在局限，需要通过后续的序列验证来确保基因表达计数的准确性	开发一种新的单细胞RNA测序方法，用于研究RNA聚合酶III转录的非编码RNA	nc886作为RNA聚合酶III转录的非编码RNA的代表	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	三种细胞系，分别表达高、低和零水平的nc886
4448	2024-08-31	The significance of CD16+ monocytes in the occurrence and development of chronic thromboembolic pulmonary hypertension: insights from single-cell RNA sequencing 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1446710 PMID:39192976	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨CD16+单核细胞在慢性血栓栓塞性肺动脉高压（CTEPH）发生发展中的作用及其分子特征	首次系统研究了CTEPH患者中单核细胞亚群的分布、基因表达谱及分化轨迹，揭示了CD16+单核细胞在肺动脉血栓形成和内膜重塑中的重要作用	NA	揭示CTEPH患者中单核细胞的特征和功能，为CTEPH的诊断和治疗提供新见解	CTEPH患者的外周血单个核细胞（PBMCs）及肺动脉内膜切除术（PEA）后的组织	数字病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	健康对照、CTEPH患者及CTEPH患者肺动脉内膜切除术后的组织样本
4449	2024-08-31	Identification and validation of Rab GTPases RAB13 as biomarkers for peritoneal metastasis and immune cell infiltration in colorectal cancer patients 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1403008 PMID:39192986	研究论文	本研究旨在识别和验证Rab GTPases RAB13作为结直肠癌患者腹膜转移和免疫细胞浸润的生物标志物	首次探讨了RAB13在结直肠癌腹膜转移中的作用及其与免疫细胞浸润的关系	NA	确定与结直肠癌腹膜转移相关的生物标志物及其与免疫细胞浸润的关系	结直肠癌患者的腹膜转移和免疫细胞浸润	数字病理学	结直肠癌	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	使用了公共数据库中的结直肠癌组织样本
4450	2024-08-30	Exploring the molecular mechanisms of asthma across multiple datasets 2024-12, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2023.2258926 PMID:38489401	研究论文	本研究通过分析212名个体的基因表达数据，包括哮喘患者和健康对照，识别出267个差异表达基因，并利用多种生物信息学工具探索这些基因在哮喘发病机制中的潜在作用。	本研究揭示了哮喘的新遗传方面，并强调了综合生物信息学在解码复杂疾病模式中的力量。	这些发现需要进一步验证，C1orf64和C7orf26在哮喘中的确切作用有待进一步研究以验证其治疗潜力。	探索哮喘的分子机制，发现新的分子靶点和全面理解其发病机制。	哮喘患者和健康对照的基因表达数据。	NA	哮喘	差异基因表达分析、通路富集、药物靶点预测和单细胞分析	NA	基因表达数据	212名个体
4451	2024-08-30	The Novel-B-Cell-Related Gene Signature Predicts the Prognosis and Immune Status of Patients with Esophageal Carcinoma 2024-Sep, Journal of gastrointestinal cancer IF:1.6Q4 DOI:10.1007/s12029-024-01083-x PMID:38963643	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据分析，开发了一种新的B细胞相关基因签名（BRGrisk），用于预测食管癌患者的预后和免疫状态	首次开发了B细胞相关基因签名（BRGrisk），用于食管癌患者的预后分层和个性化治疗策略的指导	NA	研究B细胞在食管癌中的预后意义及其在肿瘤微环境中的作用	食管癌患者的预后和免疫状态	数字病理学	食管癌	单细胞转录组分析	LASSO回归分析	基因数据	来自癌症基因组图谱队列的患者被分为训练队列和测试队列
4452	2024-08-30	l-Theanine Alleviates Ulcerative Colitis by Regulating Colon Immunity via the Gut Microbiota in an MHC-II-Dependent Manner 2024-Aug-28, Journal of agricultural and food chemistry IF:5.7Q1 DOI:10.1021/acs.jafc.4c04379 PMID:39197065	研究论文	本研究探讨了l-茶氨酸通过调节肠道微生物群和肠道免疫来减轻溃疡性结肠炎的机制	首次揭示了l-茶氨酸通过调节肠道微生物群和MHC-II依赖的方式影响肠道免疫，从而减轻溃疡性结肠炎	研究仅在动物模型中进行，需要进一步的人体试验验证	探索l-茶氨酸减轻溃疡性结肠炎的机制	溃疡性结肠炎小鼠模型	NA	溃疡性结肠炎	单细胞测序, 流式细胞术	NA	微生物群数据	溃疡性结肠炎小鼠
4453	2024-08-30	Accurate long-read transcript discovery and quantification at single-cell, pseudo-bulk and bulk resolution with Isosceles 2024-Aug-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51584-3 PMID:39183289	研究论文	介绍了一种名为Isosceles的计算工具包，用于在单细胞、伪批量和批量分辨率级别上提高mRNA异构体的检测灵敏度和定量准确性	Isosceles在异构体检测灵敏度和定量准确性方面优于其他方法	NA	提高单细胞转录组在异构体水平的定量忠实度，并实现灵活的下游分析	mRNA异构体的准确检测和定量	生物信息学	NA	纳米孔长读长测序	NA	测序数据	使用合成和生物学衍生的数据集进行验证
4454	2024-08-30	Biomarkers associated with immune-related adverse events induced by immune checkpoint inhibitors 2024-Aug-24, World journal of clinical oncology IF:2.6Q3 DOI:10.5306/wjco.v15.i8.1002 PMID:39193157	综述	本文综述了与免疫检查点抑制剂引起的免疫相关不良事件相关的生物标志物	探讨了机器学习、单细胞RNA测序、多组学分析和肠道微生物组分析等创新方法在识别新型生物标志物中的应用	NA	旨在寻找能够准确预测或诊断免疫相关不良事件的可靠生物标志物	免疫检查点抑制剂引起的免疫相关不良事件的生物标志物	NA	癌症	单细胞RNA测序、多组学分析	机器学习	NA	NA
4455	2024-08-30	The neocortical infrastructure for language involves region-specific patterns of laminar gene expression 2024-Aug-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2401687121 PMID:39133845	研究论文	本研究通过空间转录组学技术分析了人死后皮质组织样本中语言网络核心区域的基因表达，发现特定区域的层特异性基因表达模式与语言网络有关	首次揭示了语言网络中特定区域的层特异性基因表达模式，并发现这些模式与个体间结构连接变异及特定脑相关疾病有关	NA	探讨人类大脑语言网络的分子和细胞特征	人类大脑皮质组织中语言网络核心区域的基因表达	神经科学	阅读障碍，精神分裂症	空间转录组学	NA	基因表达数据	大量死后皮质组织样本
4456	2024-08-30	Human enteric nervous system progenitor transplantation improves functional responses in Hirschsprung disease patient-derived tissue 2024-Aug-08, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-331532 PMID:38816188	研究论文	本文研究了通过移植人源肠神经系统前体细胞来改善Hirschsprung病患者的肠道功能	首次展示了人多能干细胞衍生的肠神经系统前体细胞能够重新填充并增加Hirschsprung病患者结肠组织的功能反应	NA	探索Hirschsprung病的替代治疗方案	人源肠神经系统前体细胞在Hirschsprung病患者肠道组织中的功能影响	NA	Hirschsprung病	单细胞RNA测序、蛋白质表达分析、钙成像	NA	组织样本	NA
4457	2024-08-30	Comprehensive single-cell analysis deciphered microenvironmental dynamics and immune regulator olfactomedin 4 in pathogenesis of gallbladder cancer 2024-Aug-08, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-331773 PMID:38719336	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了胆囊癌的微环境动态和免疫调节因子olfactomedin 4的作用	首次揭示了胆囊癌中免疫微环境的改变，并发现了olfactomedin 4在胆囊癌进展中的关键作用	NA	阐明胆囊癌及其良性疾病的复杂生态系统和分子特征，以促进癌症预防和优化治疗干预	胆囊癌、胆囊炎、胆囊息肉、胆囊腺瘤及邻近正常组织	数字病理学	胆囊癌	单细胞转录组分析	NA	细胞	230,737个细胞来自15个胆囊癌样本、4个胆囊炎样本、3个胆囊息肉、5个胆囊腺瘤和16个邻近正常组织
4458	2024-08-30	A practical guide to spatial transcriptomics 2024-06, Molecular aspects of medicine IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.mam.2024.101276 PMID:38776574	综述	本文是一篇关于空间转录组学的实用指南，旨在为研究人员提供关于已商业化的技术及其应用的最新信息	介绍了空间转录组学领域的快速发展及其在多个学科中的应用，特别是已商业化的技术	文章主要关注已商业化的技术，可能未涵盖所有新兴技术	为研究人员提供空间转录组学技术的基本原理、数据分析挑战、实验考虑因素以及方法选择指南	空间转录组学技术及其在生物学和疾病研究中的应用	NA	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
4459	2024-08-30	Bulk and single-cell transcriptome reveal the immuno-prognostic subtypes and tumour microenvironment heterogeneity in HCC 2024-04, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver IF:6.0Q1 DOI:10.1111/liv.15828 PMID:38293784	研究论文	本研究通过分析大量和单细胞转录组数据，揭示了肝细胞癌（HCC）中的免疫预后亚型和肿瘤微环境异质性	本研究开发了一种基于相对表达顺序（REO）的免疫相关特征，能够将HCC样本分为两个风险亚组，并验证了其在大量和单细胞转录组数据中的有效性	NA	研究目的是识别肝细胞癌中的免疫预后亚型和肿瘤微环境异质性	肝细胞癌（HCC）样本	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	机器学习模型	转录组数据	907个HCC样本（包括72个内部样本）和两个单细胞转录组数据集
4460	2024-08-30	Single-cell transcriptome reveals the heterogeneity of malignant ductal cells and the prognostic value of REG4 and SPINK1 in primary pancreatic ductal adenocarcinoma 2024, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.17350 PMID:38827297	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了胰腺导管腺癌的异质性，并鉴定了REG4和SPINK1作为潜在的预后标志物。	首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了胰腺导管腺癌中恶性导管细胞的异质性，并发现了REG4和SPINK1在胰腺导管腺癌中的重要作用。	研究主要基于体外实验，需要进一步的临床试验验证REG4和SPINK1作为治疗靶点的有效性。	旨在全面描绘胰腺导管腺癌的异质性并识别预后靶点。	胰腺导管腺癌的恶性导管细胞及其预后标志物。	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	共分析了16个原发性胰腺导管腺癌和3个邻近病变中的32,480个细胞。