单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4401	2024-09-03	Dynamic changes in pyroptosis following spinal cord injury and the identification of crucial molecular signatures through machine learning and single-cell sequencing 2024-Aug-26, Journal of pharmaceutical and biomedical analysis IF:3.1Q2 DOI:10.1016/j.jpba.2024.116449 PMID:39217701	研究论文	本文研究了脊髓损伤后细胞焦亡的动态变化，并通过机器学习和单细胞测序技术识别了关键的分子特征	本文首次通过机器学习算法和单细胞测序数据分析，揭示了脊髓损伤后细胞焦亡的时序动态变化和关键分子特征	NA	阐明脊髓损伤后细胞焦亡的主要细胞类型和相关关键基因	脊髓损伤后的细胞焦亡及其相关基因	机器学习	脊髓损伤	单细胞测序	NA	基因表达数据	使用了BV2细胞和脊髓组织样本
4402	2024-09-03	Dissociation of Human and Mouse Tumor Tissue Samples for Single-cell RNA Sequencing 2024-Aug-16, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/66766 PMID:39221955	研究论文	本文介绍了一种快速通用的组织解离协议，用于从人和小鼠肿瘤组织样本中进行单细胞RNA测序（scRNAseq）。	开发了一种快速通用的解离协议，适用于多种类型的人和小鼠肿瘤样本，确保了单细胞悬液的纯净和活力。	解离过程可能影响单细胞的交叉污染和数据质量，以及可能导致敏感细胞群的消除和应激反应基因的上调。	旨在克服现有解离技术的局限性，提高单细胞RNA测序的质量和可靠性。	人及小鼠的肿瘤组织样本。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	细胞	多种类型的人和小鼠肿瘤样本
4403	2024-09-03	[Recent advances in capillary electrophoresis-mass spectrometry analysis of ‍trace biomolecules] 2024, Nihon yakurigaku zasshi. Folia pharmacologica Japonica DOI:10.1254/fpj.24036 PMID:39218679	综述	本文综述了毛细管电泳-质谱（CE-MS）在痕量生物分子分析中的最新进展，特别是单细胞分析方面	结合高灵敏度的纳米电喷雾电离质谱（MS）和在线样品预浓缩方法，能够检测到纳摩尔至亚纳摩尔级别的生物分子	NA	探讨和总结CE-MS在痕量生物分子分析中的应用，特别是单细胞分析	痕量生物分子，特别是单细胞中的代谢物、蛋白质、脂质等	分析化学	NA	毛细管电泳（CE）、纳米电喷雾电离质谱（MS）	NA	生物分子	单细胞级别
4404	2024-09-02	PPIC-labeled CAFs: Key players in neoadjuvant chemotherapy resistance for gastric cancer 2024-Oct, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102080 PMID:39116799	研究论文	本文研究了胃癌中与新辅助化疗耐药性相关的癌症相关成纤维细胞（CAFs）的特定亚群，特别是PPIC标记的CAFs。	首次揭示了PPIC标记的CAF亚群在胃癌新辅助化疗耐药性中的关键作用，并探讨了其可能的信号通路机制。	需要进一步研究PPIC标记的CAF在胃癌药物耐药性中的确切机制。	探讨胃癌中新辅助化疗耐药性的机制，特别是与癌症相关成纤维细胞（CAFs）的关系。	胃癌患者的新辅助化疗耐药性和癌症相关成纤维细胞（CAFs）。	数字病理学	胃癌	单细胞测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	109例耐药组和55例敏感组胃癌患者
4405	2024-09-02	Navigating the Landscape of Intestinal Regeneration: A Spotlight on Quiescence Regulation and Fetal Reprogramming 2024-Aug-30, International journal of stem cells IF:2.5Q3 DOI:10.15283/ijsc23176 PMID:38267367	综述	本文综述了肠道再生过程中静息状态调节和胎儿重编程的关键作用	强调了静息干细胞和复苏干细胞在肠道再生中的重要性，并探讨了其潜在的临床应用	NA	探讨肠道再生过程中干细胞的调控机制及其临床应用潜力	肠道组织再生中的静息干细胞和复苏干细胞	NA	NA	单细胞RNA测序, 类器官系统	NA	NA	NA
4406	2024-09-02	μ-Opioid receptor transcriptional variants in the murine forebrain and spinal cord 2024-Aug-24, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.148890 PMID:39187136	研究论文	本文通过长读RNA测序、空间和单细胞转录组学技术，全面研究了小鼠中枢神经系统中μ-阿片受体编码基因Oprm1的转录变体	发现了小鼠Oprm1基因的主要转录本具有一个长的3'非翻译区，这与人类OPRM1主要转录本同源，并编码相同的保守C端氨基酸序列	NA	探索Oprm1基因在小鼠中枢神经系统中的转录变体及其功能意义	小鼠的前脑和脊髓中的μ-阿片受体转录变体	分子生物学	NA	长读RNA测序、RNAscope原位杂交	NA	RNA序列	小鼠的丘脑、纹状体、皮质和脊髓组织
4407	2024-09-02	Advances in Melanoma: From Genetic Insights to Therapeutic Innovations 2024-Aug-14, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12081851 PMID:39200315	综述	本文综述了黑色素瘤研究中的遗传和分子机制，以及由此带来的治疗创新	介绍了单细胞测序、CRISPR-Cas9和AI驱动的诊断等新兴技术在黑色素瘤研究中的应用，以及免疫检查点抑制剂和个性化mRNA疫苗等免疫疗法的革命性进展	尽管取得了进展，但耐药机制仍然是一个挑战，需要结合疗法和持续研究以实现持久的治疗反应	探讨黑色素瘤的遗传和分子机制，以及这些机制如何影响肿瘤生长和治疗反应	黑色素瘤的遗传变异、信号通路、表观遗传修饰、肿瘤微环境以及新兴治疗技术	NA	黑色素瘤	单细胞测序、CRISPR-Cas9	NA	NA	NA
4408	2024-09-02	A Comparison of Tools That Identify Tumor Cells by Inferring Copy Number Variations from Single-Cell Experiments in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2024-Aug-05, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12081759 PMID:39200223	研究论文	本文比较了sciCNV、InferCNV、CopyKAT和SCEVAN工具通过推断单细胞实验中的拷贝数变异来识别胰腺导管腺癌中的肿瘤细胞的性能	本文揭示了现有工具在识别肿瘤细胞时的局限性，强调了开发更可靠算法的重要性	现有工具的预测结果与肿瘤生物标志物的预测存在大量假阳性，且预测结果高度依赖于样本和使用的软件	比较不同工具在识别胰腺导管腺癌肿瘤细胞中的性能，并评估其可靠性	sciCNV、InferCNV、CopyKAT和SCEVAN工具的性能	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	胰腺导管腺癌患者、邻近和健康组织的测序数据
4409	2024-09-02	circADAMTS6 via stabilizing CAMK2A is involved in smoking-induced emphysema through driving M2 macrophage polarization 2024-Aug, Environment international IF:10.3Q1 DOI:10.1016/j.envint.2024.108832 PMID:38936066	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了吸烟相关肺气肿中M2巨噬细胞比例的增加，并发现circADAMTS6通过稳定CAMK2A mRNA促进M2巨噬细胞极化，从而参与吸烟诱导的肺气肿。	本研究首次揭示了circADAMTS6在吸烟相关肺气肿中的新机制，即通过稳定CAMK2A mRNA促进M2巨噬细胞极化。	研究主要集中在细胞和动物模型上，需要进一步的人体临床研究来验证这些发现。	探索吸烟诱导肺气肿的分子机制，并寻找潜在的诊断和治疗标志物。	吸烟相关肺气肿中的M2巨噬细胞极化和circADAMTS6的作用机制。	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括人类和鼠类的肺组织样本
4410	2024-09-02	Single-Cell RNA-seq Analysis Reveals a Positive Correlation between Ferroptosis and Beta-Cell Dedifferentiation in Type 2 Diabetes 2024-Jul-29, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12081687 PMID:39200152	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了铁死亡与2型糖尿病中β细胞去分化之间的潜在关联	首次揭示了铁死亡在2型糖尿病β细胞去分化过程中的作用，并识别了关键的转录因子和长非编码RNA	研究仅基于公共数据集，未进行体内实验验证所有发现	探究铁死亡在2型糖尿病β细胞去分化中的作用	2型糖尿病患者的β细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	六个公共数据集
4411	2024-09-02	Identifying cell states in single-cell RNA-seq data at statistically maximal resolution 2024-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012224 PMID:38995959	研究论文	本文提出了一种新的方法Cellstates，用于在单细胞RNA测序数据中以统计上最大分辨率识别细胞状态	Cellstates工具直接操作原始数据，自动确定最佳分区和聚类数量，无需可调参数，并且能够从第一原理推导出唯一解	NA	旨在解决在单细胞RNA测序数据中准确识别不同基因表达状态的挑战	单细胞RNA测序数据中的细胞状态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
4412	2024-09-02	MR1-restricted T cell clonotypes are associated with "resistance" to Mycobacterium tuberculosis infection 2024-May-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.166505 PMID:38716731	研究论文	研究探讨了MR1限制性T细胞克隆型与抵抗结核分枝杆菌感染之间的关系	发现MR1限制性T细胞克隆型与抵抗结核分枝杆菌感染有关，揭示了人类MR1T细胞TCR谱系的捐赠者特异性多样性	NA	研究MR1限制性T细胞与抵抗结核分枝杆菌感染的关联	MR1限制性T细胞克隆型及其与结核分枝杆菌感染的关系	NA	结核病	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	18,251个MR1T细胞，来自8名捐赠者
4413	2024-09-01	Comprehensive analysis of single-cell transcriptomics and genetic factors reveals the mechanisms and preventive strategies for the progression from pulmonary fibrosis to lung cancer 2024-Oct-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112803 PMID:39094357	研究论文	本文通过综合分析单细胞转录组学和遗传因素，揭示了从肺纤维化到肺癌进展的机制和预防策略。	本文首次使用孟德尔随机化方法确定肺纤维化诱发的肺癌初期属于小细胞肺癌，并通过伪时间序列分析识别出具有致癌潜力的肺神经内分泌细胞。	NA	研究从肺纤维化到肺癌的进展机制及其预防策略。	肺纤维化细胞、肺神经内分泌细胞及其相互作用，以及肺纤维化微环境中纤维母细胞对免疫细胞的影响。	数字病理学	肺纤维化	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
4414	2024-09-01	Alterations in intratumoral and peripheral immune status in recurrent gliomas and their prognostic implications for patients underwent reoperation 2024-Oct-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112797 PMID:39083926	研究论文	本文分析了复发性胶质瘤中肿瘤内和外周免疫状态的特征及其对患者再次手术后生存的预测意义	发现复发性胶质瘤中肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的浸润增加，并且TAMs在复发性胶质瘤中表现出显著的表型异质性和代谢重编程	NA	研究复发性胶质瘤中免疫状态的特征及其对患者再次手术后生存的预测意义	复发性胶质瘤患者的肿瘤内和外周免疫状态	数字病理学	脑瘤	免疫组织化学染色、血液学检查、批量和单细胞测序	NA	组织样本、血液样本、测序数据	使用自家的样本和公开来源的数据进行分析
4415	2024-09-01	Single-cell RNA sequencing and spatial transcriptome reveal potential molecular mechanisms of lung cancer brain metastasis 2024-Oct-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112804 PMID:39079345	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示了肺癌脑转移的潜在分子机制	首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，识别并验证了早期转移上皮细胞集群（EMEC）及其在肺癌脑转移中的作用	NA	揭示肺癌脑转移的分子机制，为临床检测和治疗提供参考	肺癌脑转移的分子机制	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	RNA测序数据	共获得55,763个单细胞，分为9种细胞类型
4416	2024-09-01	Enhancing insight into ferroptosis mechanisms in sepsis: A genomic and pharmacological approach integrating single-cell sequencing and Mendelian randomization 2024-Oct-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112910 PMID:39121604	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和孟德尔随机化方法，利用先进的基因组学和药理学手段，探讨了铁死亡与脓毒症之间的复杂关系	本研究首次结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，深入探讨了铁死亡相关基因在脓毒症中的作用，并通过计算分子对接预测了潜在的治疗化合物	研究主要基于UK Biobank的数据，可能存在样本选择偏倚；此外，分子对接预测的药物靶点需要进一步的实验验证	探讨铁死亡机制在脓毒症中的作用，并为脓毒症的治疗提供新的策略	铁死亡相关基因及其在脓毒症中的表达和作用	基因组学	脓毒症	单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析、基因集富集分析(GSEA)、计算分子对接	NA	基因表达数据	10,154名脓毒症患者和452,764名对照组
4417	2024-09-01	Combination of radiotherapy and PD-L1 blockade induces abscopal responses in EGFR-mutated lung cancer through activating CD8+ T cells 2024-Oct, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102074 PMID:39106551	研究论文	研究结合放疗和PD-L1阻断剂在EGFR突变型肺癌中通过激活CD8+ T细胞诱导远隔效应	首次探讨了放疗与免疫检查点抑制剂联合治疗EGFR突变型非小细胞肺癌的效果，并揭示了CD8+ T细胞在其中的作用机制	研究主要基于小鼠模型，需要进一步的人体临床试验验证	探讨放疗与PD-L1阻断剂联合治疗EGFR突变型肺癌的效果及其机制	EGFR突变型非小细胞肺癌中的CD8+ T细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	小鼠模型LLC-19del和LLC-EGFR
4418	2024-09-01	Glycyrrhizic acid alleviates concanavalin A-induced acute liver injury by regulating monocyte-derived macrophages 2024-Oct, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2024.155586 PMID:39159503	研究论文	本研究探讨了甘草中的活性成分甘草酸（GA）通过调节单核细胞衍生的巨噬细胞（MoMFs）减轻刀豆蛋白A（ConA）诱导的急性肝损伤的作用机制	本研究通过CyTOF和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，全面阐释了GA干预后ConA诱导的肝损伤的免疫景观，为GA的作用机制提供了深入理解	研究中的部分单细胞数据仍处于原始状态，需要进一步处理和注释	探究甘草酸在自身免疫性肝炎治疗中的免疫调节机制	甘草酸对刀豆蛋白A诱导的小鼠急性肝损伤的影响及其免疫调节作用	NA	自身免疫性肝炎	CyTOF分析，单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA数据	小鼠模型
4419	2024-09-01	Gene expression profile of human placental villous pericytes in the first trimester - An analysis by single-cell RNA sequencing 2024-Sep, Reproductive biology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.repbio.2024.100919 PMID:38941941	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了第一孕期人类胎盘绒毛周细胞的基因表达谱	首次揭示了胎盘绒毛周细胞在第一孕期的特定标记物和功能，并发现了其在整合素介导的信号通路和细胞外囊泡中的组织特异性功能	NA	探讨胎盘绒毛周细胞的标记物和功能，以增进对早期胎盘发育的理解并寻找治疗胎盘相关妊娠并发症的新靶点	人类胎盘绒毛周细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	第一孕期的胎盘绒毛样本
4420	2024-09-01	Integrative analysis reveals different feature of intrahepatic cholangiocarcinoma subtypes 2024-Sep, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver IF:6.0Q1 DOI:10.1111/liv.16015 PMID:38924592	研究论文	本研究通过综合分析揭示了肝内胆管癌两种主要组织学亚型（大管型和小管型）在分子特征和免疫微环境方面的差异	发现了大管型肝内胆管癌中PPP1R1B的高表达及其在细胞增殖、迁移和侵袭中的作用，以及其作为潜在标记物和治疗靶点的可能性	NA	扩展对肝内胆管癌两种亚型分子特征和免疫微环境差异的理解	肝内胆管癌的两种主要组织学亚型	数字病理学	肝内胆管癌	全外显子测序、批量RNA测序和单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	132名接受根治性手术的患者