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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4401 | 2024-09-13 |
Accelerated dimensionality reduction of single-cell RNA sequencing data with fastglmpca
2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae494
PMID:39110511
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Alternating Poisson Regression (APR)的算法,用于加速单细胞RNA测序数据的主成分分析 | APR算法在计算效率和内存使用上优于现有算法,并且适合在多核处理器上并行实现 | NA | 研究如何加速单细胞RNA测序数据的降维处理 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | PCA | 基因表达数据 | 三个公开的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 4402 | 2024-09-13 |
Pseudobulk with proper offsets has the same statistical properties as generalized linear mixed models in single-cell case-control studies
2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae498
PMID:39115884
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研究论文 | 本文提出了一种名为offset-pseudobulk的轻量级替代方法,用于替代计算密集型的广义线性混合模型(GLMMs),并证明了其在单细胞RNA测序数据中的统计性质与GLMMs相同 | 提出了offset-pseudobulk方法,并证明了其在统计性质上与GLMMs相同,同时具有更高的计算效率和数值稳定性 | NA | 比较广义线性混合模型与pseudobulk方法在单细胞RNA测序数据中的统计性能 | 单细胞RNA测序数据中的转录表达差异 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义线性混合模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4403 | 2024-09-13 |
TransTEx: novel tissue-specificity scoring method for grouping human transcriptome into different expression groups
2024-08-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae475
PMID:39120880
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为TransTEx的新型组织特异性评分方法,用于将人类转录组分组为不同的表达组 | TransTEx是一种新颖的组织特异性评分方法,能够将转录本分为四个表达组,并应用于GTEx mRNA-seq数据,揭示了组织特异性转录本的分布和影响因素 | NA | 开发一种新的方法来分析组织特异性基因表达,特别是在转录本水平上 | 人类转录组和组织特异性基因表达 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | 文本 | 199,166个人类转录本 | NA | NA | NA | NA |
| 4404 | 2024-09-13 |
Immunological landscape of human lymphoid explants during measles virus infection
2024-Jul-25, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.172261
PMID:39253971
|
研究论文 | 研究了麻疹病毒感染人淋巴组织移植物时的免疫学事件 | 首次使用单细胞RNA测序和流式细胞术分析了麻疹病毒感染淋巴组织移植物中的细胞类型特异性感染情况 | 样本量较小,仅涉及少数捐赠者的淋巴组织移植物 | 了解麻疹病毒感染淋巴结时的免疫学事件 | 人淋巴组织移植物中的细胞类型特异性感染情况 | 免疫学 | 麻疹 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、质谱分析 | NA | RNA、蛋白质 | 涉及5%-15%的细胞,来自多个捐赠者 | NA | NA | NA | NA |
| 4405 | 2024-09-13 |
Psoriatic arthritis subtypes are phenocopied in humanized mice
2024-Jul-02, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.178213
PMID:39114979
|
研究论文 | 研究使用人类化小鼠模型NSG-SGM3来探讨银屑病关节炎(PsA)的亚型及其发病机制 | 首次在人类化小鼠模型中验证了银屑病关节炎的临床表型,并发现免疫球蛋白和CD8+ T细胞在发病机制中的关键作用 | 研究主要集中在小鼠模型上,尚未在人类临床试验中验证这些发现 | 探讨银屑病关节炎的发病机制,并开发个性化治疗方案 | 银屑病关节炎的亚型及其在人类化小鼠中的表型 | 免疫学 | 银屑病关节炎 | 空间转录组学和免疫荧光技术 | NA | 细胞和组织 | 来自银屑病和银屑病关节炎患者的PBMCs和血清,以及NSG-SGM3转基因小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 4406 | 2024-09-13 |
The relationship between psoriasis and vitiligo: From a comprehensive study
2024-Jul, Skin research and technology : official journal of International Society for Bioengineering and the Skin (ISBS) [and] International Society for Digital Imaging of Skin (ISDIS) [and] International Society for Skin Imaging (ISSI)
IF:2.0Q3
DOI:10.1111/srt.13868
PMID:39031921
|
研究论文 | 研究银屑病和白癜风之间的潜在因果关系 | 首次通过单细胞转录组测序和孟德尔随机化分析探索银屑病和白癜风之间的因果关系 | 样本主要来自欧洲人群,可能限制了研究结果的普遍性 | 探讨银屑病和白癜风之间是否存在因果关系 | 银屑病和白癜风患者的皮肤组织 | NA | 皮肤病 | 转录组测序、单细胞转录组测序、孟德尔随机化分析 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 261,018名欧洲个体,4510名银屑病患者,4680名白癜风患者 | NA | NA | NA | NA |
| 4407 | 2024-09-13 |
Adrenal gland macrophages regulate glucocorticoid production through Trem2 and TGF-β
2024-Jun-13, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.174746
PMID:38869957
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研究论文 | 研究探讨了肾上腺巨噬细胞通过Trem2和TGF-β调节糖皮质激素生成的机制 | 首次揭示了肾上腺巨噬细胞在应激反应中通过Trem2和TGF-β调节糖皮质激素生成的分子机制 | 研究仅限于冷刺激和动脉粥样硬化炎症模型,未来需在更多应激模型中验证 | 探究肾上腺巨噬细胞在应激反应中调节糖皮质激素生成的分子机制 | 肾上腺巨噬细胞及其在应激反应中的功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4408 | 2024-09-13 |
Targeting Ribosome Biogenesis as a Novel Therapeutic Approach to Overcome EMT-related Chemoresistance in Breast Cancer
2024-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.28.546927
PMID:37425795
|
研究论文 | 本研究利用Tri-PyMT EMT谱系追踪模型和单细胞RNA测序技术,分析了肿瘤细胞在EMT和MET过程中的状态,发现核糖体生物合成在EMT和MET过程中显著上调,并通过抑制RiBi途径来克服乳腺癌化疗耐药性 | 首次揭示了核糖体生物合成在EMT和MET过程中的关键作用,并提出通过抑制RiBi途径来克服乳腺癌化疗耐药性的新策略 | NA | 探讨EMT和MET过程中核糖体生物合成的变化及其在乳腺癌化疗耐药性中的作用 | 乳腺癌细胞在EMT和MET过程中的核糖体生物合成 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4409 | 2024-09-13 |
Coordinated immune dysregulation in juvenile dermatomyositis revealed by single-cell genomics
2024-May-14, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.176963
PMID:38743491
|
研究论文 | 本文通过单细胞基因组学研究了青少年皮肌炎(JDM)中的免疫失调 | 揭示了JDM中B细胞向未成熟幼稚状态的偏移以及T细胞的Th2介导炎症特征,并发现了免疫群体中超激活的I型IFN反应与先前未被发现的细胞状态之间的协调关系 | NA | 探讨青少年皮肌炎(JDM)中免疫系统的失调机制 | JDM患者的血液样本 | NA | 青少年皮肌炎 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 不同疾病活动阶段的JDM患者血液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 4410 | 2024-09-13 |
Machine learning and single-cell transcriptome profiling reveal regulation of fibroblast activation through THBS2/TGFβ1/P-Smad2/3 signalling pathway in hypertrophic scar
2024-Mar, International wound journal
IF:2.6Q1
DOI:10.1111/iwj.14481
PMID:37986676
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序和机器学习方法,揭示了肥厚性瘢痕中纤维母细胞激活的调控机制 | 首次通过单细胞转录组测序和多种机器学习算法,识别出与肥厚性瘢痕相关的关键基因模块,并建立了基于卷积神经网络的诊断和预测模型 | 研究样本量较小,且仅限于皮肤样本,未来需扩大样本量和研究范围以验证结果的普适性 | 揭示肥厚性瘢痕形成机制,并开发新的诊断和治疗标志物 | 肥厚性瘢痕中的纤维母细胞及其相关基因 | 机器学习 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | 卷积神经网络 | 基因表达数据 | 正常皮肤和肥厚性瘢痕样本 | NA | NA | NA | NA |
| 4411 | 2024-09-13 |
Polycystic ovarian syndrome (PCOS) and recurrent spontaneous abortion (RSA) are associated with the PI3K-AKT pathway activation
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.17950
PMID:39253602
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研究论文 | 研究探讨了多囊卵巢综合征(PCOS)和复发性自然流产(RSA)的共同病理机制,并揭示了PI3K-AKT信号通路在其中的作用 | 首次揭示了PCOS和RSA之间共同的病理机制,并探讨了PI3K-AKT信号通路在两种疾病中的作用 | NA | 阐明导致多囊卵巢综合征(PCOS)和复发性自然流产(RSA)的机制 | 多囊卵巢综合征(PCOS)和复发性自然流产(RSA)的病理机制 | NA | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序(RNA-seq)、实时定量PCR(RT-qPCR)、细胞计数试剂盒-8(CCK-8)、流式细胞术 | NA | 基因表达数据 | 使用了来自Gene Expression Omnibus(GEO)数据库的PCOS和RSA患者的单细胞RNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 4412 | 2024-09-11 |
SLC2A1 boosts the resistance of non-small cell lung cancer to taxanes by stimulating the formation of EPCAM+ cancer stem-like cells via glycolysis
2024-Nov, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2024.102082
PMID:39126936
|
研究论文 | 研究SLC2A1通过激活糖酵解促进EPCAM+癌症干细胞样细胞的形成,从而增强非小细胞肺癌对紫杉烷类药物的耐药性 | 揭示了SLC2A1在非小细胞肺癌中通过激活糖酵解促进癌症干细胞样细胞形成的新机制 | 研究主要基于体外实验和数据分析,缺乏体内实验验证 | 探讨SLC2A1在非小细胞肺癌对紫杉烷类药物耐药性中的作用机制 | 非小细胞肺癌细胞、SLC2A1表达、癌症干细胞样细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 流式细胞术、代谢组学、单细胞测序、细胞通讯分析 | NA | 细胞 | 涉及多个数据集和内部收集的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 4413 | 2024-09-11 |
GTF2H5 Identified as a crucial synthetic lethal target to counteract chemoresistance in colorectal cancer
2024-Nov, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2024.102097
PMID:39173480
|
研究论文 | 本文研究了合成致死基因GTF2H5在结直肠癌化疗耐药中的作用,并探讨了其在克服化疗耐药中的潜在治疗靶点 | 首次识别GTF2H5为结直肠癌化疗耐药的关键合成致死靶点 | 实验验证仅初步,需进一步深入研究GTF2H5在化疗耐药中的具体机制 | 探讨合成致死基因在结直肠癌化疗耐药中的作用,寻找新的治疗靶点 | 结直肠癌患者及其化疗耐药相关基因 | 癌症研究 | 结直肠癌 | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 来自UCSC和GEO数据库的结直肠癌患者数据,以及来自Tumor Immunology Single Cell Center数据库的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 4414 | 2024-09-11 |
6-Phosphogluconate dehydrogenase promotes glycolysis and fatty acid synthesis by inhibiting the AMPK pathway in lung adenocarcinoma cells
2024-Oct-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.217177
PMID:39179096
|
研究论文 | 研究探讨了6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶(PGD)在肺腺癌(LUAD)细胞中的作用及其机制 | 首次揭示了IQGAP1是PGD的新型相互作用蛋白,并阐明了PGD通过竞争性结合IQGAP1的IQ域来降低p-AMPK水平,从而促进糖酵解和脂肪酸合成的机制 | NA | 探讨PGD在肺腺癌中的功能及其分子机制 | 肺腺癌细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序、免疫沉淀-质谱(IP-MS) | NA | 组织微阵列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4415 | 2024-09-11 |
XgCPred: Cell type classification using XGBoost-CNN integration and exploiting gene expression imaging in single-cell RNAseq data
2024-Oct, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109066
PMID:39180857
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为XgCPred的新方法,结合XGBoost和卷积神经网络(CNN)进行单细胞RNA测序数据的细胞类型分类 | XgCPred通过结合XGBoost和CNN,利用基因表达图像的层次结构,提高了细胞类型分类的准确性 | NA | 开发一种高效且准确的细胞类型分类方法,以应对单细胞RNA测序数据中的复杂性和多样性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | XGBoost和CNN | 基因表达图像 | 多个单细胞RNA测序数据集,每个数据集具有不同的细胞数量、基因表达多样性和细胞异质性 | NA | NA | NA | NA |
| 4416 | 2024-09-11 |
Up-regulated DSG2 promotes tumor growth and reduces immune infiltration in cervical cancer
2024-Oct, Pathology, research and practice
DOI:10.1016/j.prp.2024.155554
PMID:39226803
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研究论文 | 本文探讨了DSG2在宫颈癌中的功能机制及其对肿瘤生长和免疫浸润的影响 | 首次全面探索DSG2在宫颈癌中的功能机制,发现其上调与不良预后和免疫细胞浸润减少相关 | 实验主要在体外进行,缺乏体内实验验证 | 探究DSG2在宫颈癌中的功能机制及其对肿瘤生长和免疫浸润的影响 | DSG2在宫颈癌中的表达、预后、基因突变及潜在信号通路 | NA | 宫颈癌 | qRT-PCR, 蛋白质印迹, scRNA-seq | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据 | 收集的宫颈癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 4417 | 2024-09-11 |
Human RP105 monoclonal antibody enhances antigen-specific antibody production in unique culture conditions
2024-Sep-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110649
PMID:39246445
|
研究论文 | 研究了在特定培养条件下,人RP105单克隆抗体增强抗原特异性抗体产生的能力 | 建立了新的培养条件,使得人B细胞在ɑhRP105的作用下被强烈激活,并成功检测到针对血型碳水化合物、ɑGal和SARS-CoV-2的特异性抗体产生 | 研究主要集中在体外培养条件下,尚未在临床环境中验证其效果 | 探讨人RP105单克隆抗体在特定条件下激活B细胞并促进抗体产生的能力 | 人B细胞、RP105单克隆抗体、CpGDNA | NA | 移植排斥、自身免疫疾病 | 液相色谱-电喷雾电离串联质谱、单细胞RNA测序、定量实时PCR | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4418 | 2024-09-11 |
DeepKINET: a deep generative model for estimating single-cell RNA splicing and degradation rates
2024-Sep-06, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03367-8
PMID:39237934
|
研究论文 | 提出了一种名为DeepKINET的深度生成模型,用于估计单细胞RNA剪接和降解速率 | DeepKINET能够在单细胞分辨率下估计剪接和降解速率,并优于现有的方法 | NA | 研究RNA剪接和降解速率在单细胞水平上的变化及其对基因表达调控的影响 | 单细胞RNA剪接和降解速率 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 深度生成模型 | RNA-seq数据 | 包括前脑和乳腺癌数据,以及红系细胞中的剪接因子突变数据 | NA | NA | NA | NA |
| 4419 | 2024-09-11 |
Single-cell RNA sequencing explored potential therapeutic targets by revealing the tumor microenvironment of neuroblastoma and its expression in cell death
2024-Sep-05, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01286-5
PMID:39235657
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示神经母细胞瘤的肿瘤微环境及其在细胞死亡中的表达,探索潜在的治疗靶点 | 首次通过单细胞RNA测序技术全面研究神经母细胞瘤,并分析了新的细胞死亡途径cuproptosis,以寻找新的临床治疗靶点 | NA | 通过单细胞RNA测序和cuproptosis分析,揭示神经母细胞瘤的肿瘤微环境,寻找新的治疗靶点 | 神经母细胞瘤及其肿瘤微环境中的神经内分泌细胞 | 数字病理学 | 儿童肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自神经母细胞瘤患者的细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 4420 | 2024-09-11 |
A Bayesian framework for inferring dynamic intercellular interactions from time-series single-cell data
2024-Sep-05, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279126.124
PMID:39237300
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研究论文 | 本文介绍了一种贝叶斯框架DIISCO,用于从时间序列单细胞RNA测序数据中推断动态细胞间相互作用 | DIISCO框架利用结构化高斯过程回归来揭示不同细胞类型之间的时序相互作用,并结合受体-配体复合物的先验知识 | NA | 研究细胞间通信及其随时间的变化,以理解正常发育、疾病进展和治疗反应等生物过程的协调 | 细胞间相互作用及其时间动态 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯框架 | 时间序列数据 | 包括来自T细胞与淋巴瘤细胞共培养的新数据 | NA | NA | NA | NA |