单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 7461 篇文献，本页显示第 421 - 440 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 421 | 2026-05-19 |
METI: deep profiling of tumor ecosystems by integrating cell morphology and spatial transcriptomics
2024-08-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51708-9
PMID:39181865
|
研究论文 | METI通过整合细胞形态与空间转录组学，深度描绘肿瘤生态系统 | 提出了形态学增强空间转录组分析整合器（METI），弥补了现有工具未充分考虑组织学特征且依赖单细胞RNA测序数据的不足 | 文中未提及具体限制 | 开发一种整合细胞形态与空间转录组学的分析框架，以更深入地理解肿瘤微环境中的分子景观和细胞相互作用 | 多种肿瘤组织，包括胃癌、肺癌、膀胱癌及癌前病变组织 | 计算机视觉, 机器学习 | 肺癌, 胃癌, 膀胱癌 | 空间转录组学 | NA | 图像, 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 422 | 2026-05-19 |
Improved characterization of single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing
2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.10.602909
PMID:39026715
|
研究论文 | 评估Element Biosciences的亲和力测序技术读取单细胞RNA-seq文库中同聚物序列的能力，并分析其对read比对和多聚腺苷酸化位点定量的影响 | 首次验证亲和力测序技术能够准确读取胸腺嘧啶同聚物序列，并利用双端比对直接分配reads到多聚腺苷酸化位点，绕过传统方法的复杂性和局限性 | 双端比对在提升read比对率方面并不一致优于单端比对，且未排除其他新兴平台具有类似性能的可能性 | 评估亲和力测序技术用于单细胞RNA-seq文库表征的准确性和有效性 | 单细胞RNA-seq文库中经poly(dT)引物逆转录产生的cDNA片段 | 自然语言处理 | NA | RNA-seq | NA | 测序数据 | NA | Element Biosciences, Illumina | 单细胞RNA-seq | Element Aviti, Illumina测序平台 | Element Aviti仪器采用亲和力测序化学，Illumina平台用于对比 |
| 423 | 2026-05-19 |
A brief history of somatostatin interneuron taxonomy or: how many somatostatin subtypes are there, really?
2024, Frontiers in neural circuits
IF:3.4Q2
DOI:10.3389/fncir.2024.1436915
PMID:39091993
|
评论 | 综述了生长抑素中间神经元分类的历史，重点讨论了基于单细胞RNA-seq的现代分类方法及其对实验神经科学的影响 | 提出将生长抑素中间神经元划分为约十个“超型”作为最实用的分类层级，批评基于细微基因表达差异的精细分类缺乏表型差异，对实验研究帮助有限 | 作者承认该综述具有主观偏见，未涵盖所有相关研究，且对基因表达差异的生物学意义评估可能不全面 | 探讨生长抑素中间神经元分类的演变历史，并建议适用于实验神经科学的实用分类策略 | 生长抑素中间神经元（somatostatin interneurons） | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA（综述文章，未涉及具体样本） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 424 | 2026-05-19 |
Histamine H4 receptor and TRPV1 mediate itch induced by cadaverine, a metabolite of the microbiome
2024 Jan-Dec, Molecular pain
IF:2.8Q2
DOI:10.1177/17448069241272149
PMID:39079948
|
研究论文 | 研究发现微生物代谢物尸胺通过组胺H4受体和TRPV1通路介导瘙痒反应 | 首次揭示尸胺作为一种新型内源性瘙痒原，通过结合H4R并激活TRPV1信号通路诱导瘙痒 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证，且未完全阐明肠道微生物产生尸胺与瘙痒之间的直接体内联系 | 探究尸胺是否调节疼痛或瘙痒及其分子机制 | 小鼠及DRG神经元 | 机器学习 | 瘙痒相关疾病 | 分子对接模拟、scRNA-Seq、钙成像、膜片钳 | NA | 序列数据、成像数据 | 实验小鼠及DRG神经元样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 425 | 2026-05-19 |
Nature and nurture in fruit fly hearing
2024, Frontiers in neural circuits
IF:3.4Q2
DOI:10.3389/fncir.2024.1503438
PMID:39568979
|
综述 | 综述了果蝇听觉感知中先天性因素和学习性因素的研究进展 | 将单细胞转录组和脑连接组学数据与传统分子遗传学结合，研究果蝇听觉感知中的“先天与后天”交互作用 | 未提供 | 概述果蝇鸣声偏好的本质及其神经机制 | 果蝇 | 机器学习 | 未提供 | 单细胞转录组 | 未提供 | 转录组数据 | 未提供 | 未提供 | 单细胞RNA测序 | 未提供 | 未提供 |
| 426 | 2026-05-18 |
Accurate long-read transcript discovery and quantification at single-cell, pseudo-bulk and bulk resolution with Isosceles
2024-08-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51584-3
PMID:39183289
|
研究论文 | 介绍Isosceles计算工具包，用于从纳米孔长读长测序数据中准确检测和定量mRNA异构体，涵盖单细胞、伪批量及批量分辨率 | Isosceles在异构体检测敏感性和定量准确性上优于现有方法，能提高单细胞转录组在异构体水平的定量保真度，并揭示神经元分化谱系内和谱系间的协调剪接 | 依赖纳米孔长读长测序技术，可能受制于该技术的噪声和误差 | 开发一种计算工具，提升从纳米孔长读长测序数据中检测和定量mRNA异构体的准确性，支持单细胞、伪批量及批量分辨率 | 纳米孔长读长测序数据中的mRNA异构体 | 自然语言处理， 计算机视觉 | NA | 纳米孔测序 | Isosceles | 测序数据 | 合成数据集和生物学数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 427 | 2026-05-18 |
FASN-mediated fatty acid biosynthesis remodels immune environment in Clonorchis sinensis infection-related intrahepatic cholangiocarcinoma
2024-08, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.03.016
PMID:38508240
|
研究论文 | 通过多组学方法揭示华支睾吸虫感染相关肝内胆管癌中FASN介导的脂肪酸合成重塑免疫环境 | 首次综合运用单细胞RNA测序、全外显子组测序、RNA测序、代谢组学及空间转录组学分析华支睾吸虫相关肝内胆管癌的代谢重塑和免疫微环境，发现FASN抑制剂联合免疫治疗可逆转免疫抑制微环境 | 未明确指出具体局限性 | 研究华支睾吸虫感染相关肝内胆管癌的临床影响及潜在分子特征 | 251例肝内胆管癌患者（来自三个医学中心）及其肿瘤样本 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序, 全外显子组测序, RNA测序, 代谢组学, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 基因组数据, 代谢组数据, 空间转录组数据 | 251例肝内胆管癌患者样本 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 全外显子组测序, 批量RNA测序 | 10x Chromium, 10x Visium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium用于单细胞RNA测序，10x Visium用于空间转录组学，Illumina NovaSeq用于全外显子组测序及RNA测序 |
| 428 | 2026-05-18 |
Salivary Gland Tissue Recombination Can Modify Cell Fate
2024-07, Journal of dental research
IF:5.7Q1
DOI:10.1177/00220345241247484
PMID:38715201
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和成像分析，研究胚胎小鼠唾液腺组织重组对细胞命运决定的影响 | 首次全面、无偏倚地分子表征组织重组方法，揭示间充质和上皮双向诱导及细胞可塑性在细胞命运决定中的作用 | 未在摘要中明确提及 | 阐明组织相互作用在细胞分化中的作用，特别是间充质对上皮细胞命运特化的调控 | 胚胎小鼠腮腺和颌下腺的间充质与上皮组织重组体 | 生物信息学、单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 两种类型胚胎小鼠唾液腺（腮腺和颌下腺）的组织重组样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 429 | 2026-05-18 |
Metabolic Landscape of Osteosarcoma: Reprogramming of Lactic Acid Metabolism and Metabolic Communication
2024-02-22, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/j.fbl2902083
PMID:38420794
|
研究论文 | 解码骨肉瘤中乳酸代谢重编程及其在肿瘤微环境中的作用，并鉴定NDUFAF6为预后生物标志物 | 首次通过单细胞基因表达数据揭示骨肉瘤中乳酸代谢高亚群，并发现其与其他亚群之间的独特代谢通讯模式 | 未提及具体局限性 | 探索骨肉瘤微环境中乳酸代谢的重编程及相关分子机制 | 骨肉瘤细胞的乳酸代谢模式和细胞间信号改变 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 未提及具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 430 | 2026-05-18 |
The Role of CD8A in the Immune Microenvironment of Breast Cancer
2024-02-21, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/j.fbl2902073
PMID:38420798
|
研究论文 | 本研究探讨了CD8A在三阴性乳腺癌免疫微环境中的作用，发现其在转移灶中下调与良好预后相关 | 首次利用单细胞RNA测序揭示CD8A在原发性和转移性乳腺癌病灶免疫微环境中的细胞特异性表达变化 | 未说明 | 寻找三阴性乳腺癌的新治疗靶点 | 乳腺癌患者样本及公共数据库数据 | 机器学习 | 乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及GSE102818、GSE118389和GSE202695三个公共数据集及临床三阴性乳腺癌样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 431 | 2026-05-18 |
Immune Response Associated Gene Signatures in Aortic Dissection Compared to Aortic Aneurysm
2024-02-06, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/j.fbl2902064
PMID:38420822
|
research paper | 通过分析主动脉夹层与主动脉瘤患者的基因表达数据，识别与免疫反应相关的差异表达基因，并验证其作为潜在生物标志物的可能性 | 首次在主动脉夹层中识别出37个显著失调基因，其中24个此前未被报道与TAD相关；发现5个核心免疫相关基因（CCL2、RNASE2、HAVCR2、CXCL8、IL6R）在TAD中具有特异性表达 | 样本量较小（TAD n=4，TAA n=3），且未提供关于患者人口统计学特征和潜在混杂因素的详细信息 | 探究主动脉夹层与主动脉瘤在免疫反应相关基因表达上的差异，并寻找TAD特异性生物标志物 | 主动脉平滑肌细胞、TAD和TAA患者组织样本 | 机器学习和基因表达分析 | 主动脉夹层、主动脉瘤 | 微阵列技术、批量RNA测序、单细胞RNA测序、定量实时聚合酶链反应 | NA | 基因表达数据、RNA测序数据 | TAD患者主动脉平滑肌细胞（n=4）、TAA患者（n=3）、对照组（n=3）；公开批量RNA-seq研究（TAD n=23，对照 n=17）；单细胞RNA-seq研究（TAA n=8，对照 n=3） | NA | 批量RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 432 | 2026-05-18 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Identified Core Genes and Transcription Factors in Mesenchymal Cell Differentiation during Liver Cirrhosis
2024-02-06, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/j.fbl2902062
PMID:38420807
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示肝纤维化至肝硬化过程中间充质细胞分化的核心基因与转录因子 | 首次利用单细胞RNA测序构建肝脏间充质细胞从健康到肝硬化的进化轨迹，并结合批量RNA测序数据验证核心基因在肝星状细胞激活与逆转中的作用 | 小鼠模型与人类相比，细胞亚群逆转比例和进化轨迹存在差异，可能无法准确反映人类疾病进展 | 探究肝纤维化至肝硬化过程中间充质细胞的动态分化机制及潜在治疗靶点 | 人类肝硬化与健康肝脏组织样本、小鼠纤维化与健康肝脏组织中的间充质细胞（肝星状细胞、成纤维细胞、肌成纤维细胞、血管平滑肌细胞） | 自然语言处理 | 肝硬化,肝纤维化 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3例肝硬化和3例健康人类肝脏组织样本、2只纤维化和2只健康小鼠肝脏样本，超过50,000个单细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒 |
| 433 | 2026-05-18 |
Discovery of optimal cell type classification marker genes from single cell RNA sequencing data
2024, BMC methods
DOI:10.1186/s44330-024-00015-2
PMID:40893796
|
研究论文 | 介绍NS-Forest v4.0算法，用于从单细胞RNA测序数据中发现最优细胞类型分类标记基因 | 引入On-Target Fraction指标量化标记基因的特异性，通过模块化决策树提升标记基因选择的效率和准确性 | 未明确说明局限性，但模拟研究和真实数据验证仍可能受限于数据集大小和细胞类型复杂性 | 开发可扩展的数据驱动方法，识别最小组合的必需且足够标记基因，以最大分类精度捕获细胞类型身份 | 人类器官（脑、肾、肺）的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 无特定疾病 | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 单细胞基因表达数据 | 包含数百万个人类细胞的多个数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 434 | 2026-05-17 |
The proteomic landscape and temporal dynamics of mammalian gastruloid development
2024-Sep-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.05.609098
PMID:39282277
|
研究论文 | 通过定量蛋白质组学分析人类和小鼠原肠胚模型在四个关键分化阶段的蛋白质景观与动态变化，揭示早期哺乳动物发育中翻译与翻译后调控的物种特异性特征 | 首次系统描绘哺乳动物原肠胚发育的蛋白质组学景观，整合蛋白质组、磷酸化组与转录组数据揭示翻译与翻译后调控的物种差异，并鉴定先天性疾病的保守蛋白网络 | 未明确说明局限性 | 利用定量蛋白质组学技术解析哺乳动物原肠胚发育过程中的蛋白质动态变化与调控机制 | 人类和小鼠的原肠胚模型（包括naïve ESC、primed ESC、早期原肠胚、晚期原肠胚） | 蛋白质组学 | 先天性遗传病 | 定量蛋白质组学、RNA-seq、磷酸化位点分析 | NA | 蛋白质组数据、转录组数据、磷酸化数据 | 未明确说明 | NA | NA | NA | NA |
| 435 | 2026-05-17 |
Targeting EFHD2 inhibits interferon-γ signaling and ameliorates non-alcoholic steatohepatitis
2024-09, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.04.009
PMID:38670321
|
研究论文 | 研究EFHD2在非酒精性脂肪性肝炎中的作用机制及靶向治疗效果 | 首次发现EFHD2是免疫细胞特异性分子，通过与YWHAZ相互作用介导IFNγR2膜转位，驱动干扰素-γ信号过度激活，促进NASH炎症；设计靶向EFHD2的钉肽展示治疗潜力 | 机制研究主要基于小鼠模型，人类NASH患者样本验证有限；钉肽的临床安全性及长期效果未评估 | 探究EFHD2在NASH发病中的免疫调控作用及其作为治疗靶点的可行性 | NASH患者肝脏样本、两种饮食诱导的NASH小鼠模型、髓系特异性EFHD2敲除小鼠 | 机器学习 | 非酒精性脂肪性肝炎 | 单细胞RNA测序、双重免疫组化 | NA | 基因表达数据、图像 | NASH患者肝脏样本和两种不同饮食诱导的小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 436 | 2026-05-17 |
Nephron progenitors rhythmically alternate between renewal and differentiation phases that synchronize with kidney branching morphogenesis
2024-Jan-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.21.568157
PMID:38045273
|
研究论文 | 通过空间转录组学数据与分支生命周期的关联，发现肾单位祖细胞在Wnt、Hippo-Yap、视黄酸等通路中节律性交替更新与分化相，并与肾脏分支形态发生同步 | 首次揭示肾单位祖细胞节律性交替更新与分化相，并证明其与分支形态发生同步的机制，通过时空转录组学整合发现Wnt/β-catenin与YAP激活的时间重叠信号转换 | 主要在人和小鼠类器官模型中验证，未在完整发育肾中直接验证节律性信号的时间模式，且信号通路的相互作用细节尚需进一步阐明 | 解析肾单位祖细胞更新与分化平衡的时空调控机制及其与分支形态发生的同步性 | 小鼠发育肾和人干细胞来源的肾单位祖细胞类器官 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 小鼠发育肾样本和人干细胞来源类器官样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组学平台用于分析小鼠肾组织切片 |
| 437 | 2026-05-16 |
Same-Slide Spatial Multi-Omics Integration Reveals Tumor Virus-Linked Spatial Reorganization of the Tumor Microenvironment
2024-Dec-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.20.629650
PMID:39764057
|
研究论文 | 提出IN-DEPTH方法，实现同一玻片上的空间多组学整合，揭示肿瘤病毒相关的肿瘤微环境空间重组 | 首次开发了IN-DEPTH方法，实现了同一玻片上单细胞空间蛋白质组学和空间转录组学的迭代捕获，并引入SGCC方法进行多模态空间多组学分析 | 当前方法在多重视图、空间分辨率及分析方法上仍有限制，但IN-DEPTH已在一定程度上克服了这些限制 | 开发可扩展、资源高效的空间多组学方法，用于剖析肿瘤微环境并推动临床相关发现 | 淋巴组织和EBV阳性及EBV阴性弥漫性大B细胞淋巴瘤的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | SGCC | 空间组学数据 | NA | NA | 空间转录组学、空间蛋白质组学 | NA | IN-DEPTH方法兼容各种空间平台 |
| 438 | 2026-05-16 |
Reprogramming of cells during embryonic transfating: overcoming a reprogramming block
2024-12-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.203152
PMID:39628450
|
研究论文 | 研究海胆胚胎细胞转分化的重编程过程，揭示其分子机制及信号时序对重编程成功的影响 | 通过单细胞RNA测序随时间追踪，首次揭示胚胎细胞转分化的完整重编程序列，并发现Delta信号在Nodal之前表达可恢复色素细胞缺失 | 未提供明确数据量和统计分析，且研究中仅针对海胆特定细胞类型，结论推广性有限 | 阐明胚胎转分化过程中重编程的分子机制及调控因素 | 海胆16细胞期的小裂球（成骨细胞前体）及内胚层、中胚层和色素细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未知（研究中未明确样本量） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 单细胞RNA测序随时间追踪 |
| 439 | 2026-05-16 |
Early autonomous patterning of the anteroposterior axis in gastruloids
2024-11-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.202171
PMID:39552366
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究小鼠类胚体中前后轴早期自主模式形成 | 首次揭示了类胚体在无外部信号引导下自主建立前后轴极化的早期分子事件，包括T+和T-群体的细胞状态转变和转录特征，并发现该过程对聚集大小变化具有稳健性 | 尽管类胚体与小鼠胚胎在转录上具有相似性，但初始多能细胞状态差异明显，可能影响早期发育模拟的准确性 | 解析小鼠类胚体中前后轴建立的早期动态过程，特别是外部Wnt刺激前的细胞命运空间限制和转录变化 | 小鼠胚胎干细胞聚集形成的类胚体 | 数字病理学 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 基因表达数据 | 多个小鼠类胚体样本，未具体说明数量 | 不适用 | 单细胞RNA测序 | 不适用 | 不适用 |
| 440 | 2026-05-16 |
INSPIRE: interpretable, flexible and spatially-aware integration of multiple spatial transcriptomics datasets from diverse sources
2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.23.614539
PMID:39386646
|
研究论文 | 提出INSPIRE，一种基于深度学习的多空间转录组数据集整合方法，可解释、灵活且空间感知 | 结合图神经网络和对抗学习机制，实现空间感知的数据整合；使用非负矩阵分解揭示可解释的空间因子和基因程序，并能够构建3D组织模型 | 未在论文标题和摘要中明确提及 | 开发一种方法，有效整合和解释来自不同样本、技术和发育阶段的多空间转录组数据集 | 人类皮层切片、小鼠脑切片、小鼠海马和胚胎切片、时空器官发生图谱（包含50万个空间点） | 计算机视觉, 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络 | 1D | 多种数据集，包括人类皮层切片、小鼠脑切片、小鼠海马和胚胎切片，以及包含约50万个空间点的时空器官发生图谱 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |