单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7467 篇文献，本页显示第 4241 - 4260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4241 | 2024-09-27 |
Kidney fibrosis molecular mechanisms Spp1 influences fibroblast activity through transforming growth factor beta smad signaling
2024-Sep-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.109839
PMID:39323737
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序数据深入探讨了肾脏纤维化过程中纤维母细胞和肌纤维母细胞的关键作用，并揭示了Spp1基因通过TGF-β/Smad信号通路促进纤维母细胞向肌纤维母细胞分化的机制 | 首次揭示了Spp1基因在肾脏纤维化中的关键作用及其通过TGF-β/Smad信号通路促进纤维母细胞分化的机制 | NA | 探讨肾脏纤维化过程中的分子机制 | 肾脏纤维化过程中的纤维母细胞和肌纤维母细胞 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4242 | 2024-09-28 |
Unraveling the impact of lysosomal dysfunction on myeloproliferative neoplasm
2024-Sep, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.70238
PMID:39320136
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研究论文 | 研究溶酶体功能障碍对骨髓增殖性肿瘤的影响及其病理机制 | 首次探讨了溶酶体功能障碍在骨髓增殖性肿瘤中的作用，并揭示了其通过诱导异常炎症促进肿瘤发展的机制 | 样本量较小，尤其是单细胞RNA测序的样本数量有限 | 阐明溶酶体功能障碍在骨髓增殖性肿瘤发病机制中的作用 | 骨髓增殖性肿瘤患者和健康对照组 | NA | 血液肿瘤 | 全转录组测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因型数据、转录组数据 | 190名骨髓增殖性肿瘤患者和461名健康对照组 | NA | NA | NA | NA |
| 4243 | 2024-09-28 |
Gene Misexpression in a Smoc2+ve/Sox2-Low Population in Juvenile Prop1-Mutant Pituitary Gland
2024-Aug-27, Journal of the Endocrine Society
IF:3.0Q2
DOI:10.1210/jendso/bvae146
PMID:39253355
|
研究论文 | 研究了Prop1突变小鼠垂体中Smoc2阳性/Sox2低表达细胞群体的基因错误表达 | 发现了Prop1突变小鼠垂体中Smoc2阳性/Sox2低表达细胞群体的基因错误表达，并探讨了Smoc2和Sox2在垂体发育中的作用 | 研究仅限于Prop1突变小鼠，未探讨其他突变类型对垂体发育的影响 | 阐明Prop1突变小鼠垂体发育中Smoc2和Sox2的作用及其对垂体疾病的影响 | Prop1突变小鼠的垂体细胞 | NA | 垂体疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 野生型和Prop1突变P4雌性小鼠的垂体细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 4244 | 2024-09-28 |
Benchmarking Algorithms for Gene Set Scoring of Single-cell ATAC-seq Data
2024-Jul-03, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae014
PMID:39049508
|
研究论文 | 本文系统地评估了十种基因集评分（GSS）工具在单细胞ATAC-seq数据上的适用性和性能 | 首次系统地比较了多种GSS工具在单细胞ATAC-seq数据上的表现，并提供了实用的选择指南 | 研究主要集中在GSS工具的性能评估，未深入探讨其生物学意义 | 评估现有GSS工具在单细胞ATAC-seq数据上的适用性和性能 | 单细胞ATAC-seq数据和GSS工具 | 生物信息学 | NA | 单细胞ATAC-seq | NA | 基因集评分数据 | 多达十个单细胞ATAC-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 4245 | 2024-09-28 |
Opportunities and Challenges in Advancing Plant Research with Single-cell Omics
2024-Jul-03, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae026
PMID:38996445
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综述 | 本文综述了单细胞组学技术在植物研究中的应用及其面临的挑战 | 介绍了单细胞转录组学、表观组学、蛋白质组学、代谢组学和空间转录组学等技术在植物科学中的应用 | 单细胞技术在植物中的应用受到细胞结构的限制 | 探讨单细胞组学技术在植物系统中的进展、未来研究应用及其面临的挑战 | 植物细胞类型及其发育过程 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4246 | 2024-09-28 |
HCCDB v2.0: Decompose Expression Variations by Single-cell RNA-seq and Spatial Transcriptomics in HCC
2024-05-09, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae011
PMID:38886186
|
研究论文 | 本文介绍了HCCDB v2.0数据库，该数据库整合了肝细胞癌（HCC）临床样本的bulk、单细胞和空间转录组数据，提供了对HCC分子特征的深入理解 | 提出了sc-2D指标，用于总结细胞类型特异性和失调基因表达模式，并整合了最新的单细胞和空间转录组数据 | NA | 通过整合大规模转录组数据，深入理解肝细胞癌的分子特征 | 肝细胞癌（HCC）临床样本的bulk、单细胞和空间转录组数据 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 共整合了3917个bulk样本和1656个新样本，以及182,832个单细胞和69,352个空间位点 | NA | NA | NA | NA |
| 4247 | 2024-09-28 |
cnnImpute: missing value recovery for single cell RNA sequencing data
2024-02-16, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-53998-x
PMID:38365936
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于卷积神经网络（CNN）的方法cnnImpute，用于恢复单细胞RNA测序数据中的缺失值 | 提出了cnnImpute，一种新颖的基于卷积神经网络的方法，用于解决单细胞RNA测序数据中的缺失值问题 | 未提及 | 开发一种有效的方法来恢复单细胞RNA测序数据中的缺失值 | 单细胞RNA测序数据中的缺失值 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 卷积神经网络（CNN） | RNA测序数据 | 未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 4248 | 2024-09-28 |
Crosstalk Between Cancer-associated Fibroblasts and Myeloid Cells Shapes the Heterogeneous Microenvironment of Gastric Cancer
2024, Current genomics
IF:1.8Q3
|
研究论文 | 研究探讨了胃癌微环境中癌症相关成纤维细胞与骨髓细胞之间的相互作用及其对微环境异质性的影响 | 首次识别了两种癌症相关成纤维细胞亚型，并揭示了炎症性癌症相关成纤维细胞在EMT和脂质代谢中的作用，以及肿瘤浸润性骨髓细胞的功能多样性 | 研究主要基于生物信息学分析和单细胞RNA测序数据，实验验证部分有限 | 深入了解胃癌微环境的异质性，为精准治疗提供新思路 | 胃癌微环境中的癌症相关成纤维细胞和骨髓细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及八个细胞群体的单细胞图谱 | NA | NA | NA | NA |
| 4249 | 2024-09-28 |
Identify BCAT1 plays an oncogenic role and promotes EMT in KIRC via single cell RNA-seq and experiment
2024, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2024.1446324
PMID:39324007
|
研究论文 | 本研究探讨了BCAT1在肾透明细胞癌（KIRC）中的致癌作用及其通过上皮间质转化（EMT）促进肿瘤侵袭和转移的机制 | 首次系统研究了BCAT1在KIRC中的致癌作用及其通过EMT促进肿瘤侵袭和转移的机制 | NA | 探讨BCAT1在肾透明细胞癌（KIRC）中的致癌作用及其机制 | BCAT1在KIRC中的功能和机制 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了GSE159115单细胞转录组数据，并进行了临床组织样本的Western Blotting和免疫组化染色 | NA | NA | NA | NA |
| 4250 | 2024-09-28 |
Single-cell RNA sequencing reveals the communications between tumor microenvironment components and tumor metastasis in osteosarcoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1445555
PMID:39324133
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了骨肉瘤中肿瘤微环境成分与肿瘤转移之间的通信机制 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了骨肉瘤中肿瘤微环境成分与肿瘤转移之间的复杂通信机制 | 研究仅基于特定数据集，结果的普适性有待进一步验证 | 探索骨肉瘤的转移机制，为癌症治疗开辟新途径 | 骨肉瘤中的肿瘤微环境成分与肿瘤转移 | 数字病理学 | 骨癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及GSE152048、GSE14359和GSE49003数据集中的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 4251 | 2024-09-27 |
Dysfunctional β-cell longevity in diabetes relies on energy conservation and positive epistasis
2024-Dec, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202402743
PMID:39313296
|
研究论文 | 研究了PFKFB3表达的β细胞在糖尿病中的功能障碍及其与能量保存和正向上位性的关系 | 揭示了PFKFB3通过与抗凋亡基因的相互作用，促进糖尿病中功能障碍β细胞的长期存活，并提出了通过抑制PFKFB3来清除这些细胞以恢复葡萄糖耐量的方法 | NA | 探讨PFKFB3在糖尿病中如何掩盖功能障碍β细胞的竞争特性 | PFKFB3表达的β细胞及其在糖尿病中的功能障碍 | NA | 糖尿病 | scRNA-seq和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 来自nPOD T2D胰腺的PFKFB3阳性β细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 4252 | 2024-09-27 |
Practical Compass of Single-Cell RNA-Seq Analysis
2024-Oct, Current osteoporosis reports
IF:4.2Q1
DOI:10.1007/s11914-023-00840-4
PMID:38019344
|
综述 | 本文提供了从处理fastq数据集到绘制图表和绘制轨迹的基本过程的逐步指导 | 本文介绍了用户友好的scRNA-seq包，用于配体-受体相互作用和轨迹分析 | 更新最新信息对许多研究人员来说很困难 | 提供单细胞RNA-seq数据分析的实用指南 | 单细胞RNA-seq数据分析的基本过程和工具 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4253 | 2024-08-07 |
Spatial transcriptomics of pemphigus vulgaris and bullous pemphigoid: Insights into pathogenesis and therapy on bullous formation
2024-Oct, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV
IF:8.4Q1
DOI:10.1111/jdv.19924
PMID:38433529
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4254 | 2024-09-27 |
Single-cell RNA sequencing reveals surface markers of primordial germ cells in chicken and zebra finch
2024-Sep-26, Molecular genetics and genomics : MGG
IF:2.3Q3
DOI:10.1007/s00438-024-02186-7
PMID:39325237
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术揭示了鸡和斑胸草雀原始生殖细胞的表面标记物 | 发现了鸡和斑胸草雀原始生殖细胞的新型表面标记物NEGR1、SLC34A2和ESYT3，这些标记物在后期发育阶段和生殖组织中持续表达 | 现有的分离方法在效率和适用性方面存在局限，特别是SSEA-1的特异性在后期发育阶段下降 | 揭示鸡和斑胸草雀原始生殖细胞的新型表面标记物，以解决现有分离方法的局限性 | 鸡和斑胸草雀的原始生殖细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 鸡和斑胸草雀的原始生殖细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 4255 | 2024-09-27 |
High infiltration of immune cells with lower immune activity mediated the heterogeneity of gastric adenocarcinoma and promoted metastasis
2024-Sep-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37092
PMID:39319155
|
研究论文 | 研究使用单细胞RNA测序分析胃腺癌的转移特征 | 首次通过单细胞RNA测序分析揭示了低免疫活性的免疫细胞高浸润与胃腺癌异质性和转移的关系 | 研究仅限于体外实验验证，缺乏体内实验数据 | 探索胃腺癌的转移特征 | 胃腺癌的免疫细胞和基因表达 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 7697个细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 4256 | 2024-09-27 |
A Quantitative Computational Framework for Allopolyploid Single-Cell Data Integration and Core Gene Ranking in Development
2024-Sep-04, Molecular biology and evolution
IF:11.0Q1
DOI:10.1093/molbev/msae178
PMID:39213378
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研究论文 | 开发了一种名为“伪基因组分化量化”（pgDQ）的定量计算框架，用于量化和追踪异源多倍体单细胞数据中的亚基因组分化 | 提出了pgDQ方法，能够直接在细胞水平上量化和追踪亚基因组分化，并能与单细胞RNA测序数据得出的细胞分化轨迹进行比较 | 未提及 | 探讨异源多倍体发育过程中不同基因组融合对发育的影响 | 异源多倍体单细胞数据中的亚基因组分化 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 4257 | 2024-09-26 |
Transcriptomic dysregulation and autistic-like behaviors in Kmt2c haploinsufficient mice rescued by an LSD1 inhibitor
2024-Sep, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-024-02479-8
PMID:38528071
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研究论文 | 研究探讨了Kmt2c基因半合子缺失小鼠的转录组失调和自闭症样行为，并发现LSD1抑制剂可以改善这些行为 | 首次揭示了Kmt2c基因半合子缺失导致的神经发育缺陷的分子机制，并证明了LSD1抑制剂在治疗这些缺陷中的有效性 | 研究主要集中在成年小鼠，未探讨LSD1抑制剂对幼年小鼠的影响 | 探讨Kmt2c基因半合子缺失如何导致神经发育缺陷及其治疗方法 | Kmt2c基因半合子缺失小鼠及其行为和转录组变化 | 神经科学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 成年和新生小鼠脑组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 4258 | 2024-09-27 |
Irradiated tumor cell-released microparticles enhance the therapeutic efficacy of PD-1 inhibitors by promoting M1-TAMs polarization in NSCLC brain metastases
2024-Aug-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.217133
PMID:39079563
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研究论文 | 研究探讨了放射治疗后肿瘤细胞释放的微粒子（RT-MPs）如何通过促进M1型肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的分化，增强PD-1抑制剂在非小细胞肺癌脑转移中的治疗效果 | 首次研究了RT-MPs在跨越血脑屏障后，通过改变TAMs的微环境，从M2型转变为M1型，从而增强免疫治疗效果 | 研究基于动物模型，尚未在临床试验中验证 | 探索提高非小细胞肺癌脑转移患者对免疫治疗反应的新方法 | 放射治疗后肿瘤细胞释放的微粒子（RT-MPs）和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs） | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序分析 | NA | 单细胞数据 | 动物模型 | NA | NA | NA | NA |
| 4259 | 2024-09-27 |
Dermal fibroblasts retain site-specific transcriptomic identity in keloids
2024-Aug-17, Journal of dermatological science
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.jdermsci.2024.08.002
PMID:39322512
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研究论文 | 研究探讨了瘢痕疙瘩中成纤维细胞是否保留了部位特异性的转录组身份 | 首次揭示了瘢痕疙瘩中不同部位的成纤维细胞保留了独特的解剖学相关的基因表达谱 | 研究仅限于瘢痕疙瘩中的成纤维细胞，未涉及其他皮肤细胞类型 | 评估不同解剖部位的瘢痕疙瘩中是否存在空间异质性和部位特异性 | 瘢痕疙瘩中的成纤维细胞 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 转录组测序 | NA | 转录组数据 | 139个瘢痕疙瘩皮肤组织和19个瘢痕疙瘩成纤维细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 4260 | 2024-09-27 |
Early-stage lung cancer is driven by a transitional cell state dependent on a KRAS-ITGA3-SRC axis
2024-Jul, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-024-00113-5
PMID:38755258
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研究论文 | 研究探讨了KRAS突变在肺腺癌早期发展中的作用及其与ITGA3-SRC轴的关系 | 通过单细胞RNA测序揭示了AT2细胞在早期肺腺癌中的过渡状态，并发现KRAS突变通过ITGA3-SRC轴影响这一状态 | 研究主要基于AT2-间充质器官共培养、小鼠和早期肺腺癌患者的样本，可能需要更多临床样本验证 | 探讨KRAS突变在肺腺癌早期发展中的作用及其与ITGA3-SRC轴的关系 | AT2细胞、小鼠、早期肺腺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | AT2-间充质器官共培养、小鼠和早期肺腺癌患者 | NA | NA | NA | NA |