单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4201	2024-09-13	Adrenal gland macrophages regulate glucocorticoid production through Trem2 and TGF-β 2024-Jun-13, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.174746 PMID:38869957	研究论文	研究探讨了肾上腺巨噬细胞通过Trem2和TGF-β调节糖皮质激素生成的机制	首次揭示了肾上腺巨噬细胞在应激反应中通过Trem2和TGF-β调节糖皮质激素生成的分子机制	研究仅限于冷刺激和动脉粥样硬化炎症模型，未来需在更多应激模型中验证	探究肾上腺巨噬细胞在应激反应中调节糖皮质激素生成的分子机制	肾上腺巨噬细胞及其在应激反应中的功能	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
4202	2024-09-13	Targeting Ribosome Biogenesis as a Novel Therapeutic Approach to Overcome EMT-related Chemoresistance in Breast Cancer 2024-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.28.546927 PMID:37425795	研究论文	本研究利用Tri-PyMT EMT谱系追踪模型和单细胞RNA测序技术，分析了肿瘤细胞在EMT和MET过程中的状态，发现核糖体生物合成在EMT和MET过程中显著上调，并通过抑制RiBi途径来克服乳腺癌化疗耐药性	首次揭示了核糖体生物合成在EMT和MET过程中的关键作用，并提出通过抑制RiBi途径来克服乳腺癌化疗耐药性的新策略	NA	探讨EMT和MET过程中核糖体生物合成的变化及其在乳腺癌化疗耐药性中的作用	乳腺癌细胞在EMT和MET过程中的核糖体生物合成	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
4203	2024-09-13	Coordinated immune dysregulation in juvenile dermatomyositis revealed by single-cell genomics 2024-May-14, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.176963 PMID:38743491	研究论文	本文通过单细胞基因组学研究了青少年皮肌炎（JDM）中的免疫失调	揭示了JDM中B细胞向未成熟幼稚状态的偏移以及T细胞的Th2介导炎症特征，并发现了免疫群体中超激活的I型IFN反应与先前未被发现的细胞状态之间的协调关系	NA	探讨青少年皮肌炎（JDM）中免疫系统的失调机制	JDM患者的血液样本	NA	青少年皮肌炎	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	不同疾病活动阶段的JDM患者血液样本
4204	2024-09-13	Machine learning and single-cell transcriptome profiling reveal regulation of fibroblast activation through THBS2/TGFβ1/P-Smad2/3 signalling pathway in hypertrophic scar 2024-Mar, International wound journal IF:2.6Q1 DOI:10.1111/iwj.14481 PMID:37986676	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序和机器学习方法，揭示了肥厚性瘢痕中纤维母细胞激活的调控机制	首次通过单细胞转录组测序和多种机器学习算法，识别出与肥厚性瘢痕相关的关键基因模块，并建立了基于卷积神经网络的诊断和预测模型	研究样本量较小，且仅限于皮肤样本，未来需扩大样本量和研究范围以验证结果的普适性	揭示肥厚性瘢痕形成机制，并开发新的诊断和治疗标志物	肥厚性瘢痕中的纤维母细胞及其相关基因	机器学习	皮肤疾病	单细胞RNA测序	卷积神经网络	基因表达数据	正常皮肤和肥厚性瘢痕样本
4205	2024-09-13	Polycystic ovarian syndrome (PCOS) and recurrent spontaneous abortion (RSA) are associated with the PI3K-AKT pathway activation 2024, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.17950 PMID:39253602	研究论文	研究探讨了多囊卵巢综合征（PCOS）和复发性自然流产（RSA）的共同病理机制，并揭示了PI3K-AKT信号通路在其中的作用	首次揭示了PCOS和RSA之间共同的病理机制，并探讨了PI3K-AKT信号通路在两种疾病中的作用	NA	阐明导致多囊卵巢综合征（PCOS）和复发性自然流产（RSA）的机制	多囊卵巢综合征（PCOS）和复发性自然流产（RSA）的病理机制	NA	生殖系统疾病	单细胞RNA测序（RNA-seq）、实时定量PCR（RT-qPCR）、细胞计数试剂盒-8（CCK-8）、流式细胞术	NA	基因表达数据	使用了来自Gene Expression Omnibus（GEO）数据库的PCOS和RSA患者的单细胞RNA-seq数据集
4206	2024-09-11	SLC2A1 boosts the resistance of non-small cell lung cancer to taxanes by stimulating the formation of EPCAM+ cancer stem-like cells via glycolysis 2024-Nov, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102082 PMID:39126936	研究论文	研究SLC2A1通过激活糖酵解促进EPCAM+癌症干细胞样细胞的形成，从而增强非小细胞肺癌对紫杉烷类药物的耐药性	揭示了SLC2A1在非小细胞肺癌中通过激活糖酵解促进癌症干细胞样细胞形成的新机制	研究主要基于体外实验和数据分析，缺乏体内实验验证	探讨SLC2A1在非小细胞肺癌对紫杉烷类药物耐药性中的作用机制	非小细胞肺癌细胞、SLC2A1表达、癌症干细胞样细胞	数字病理学	肺癌	流式细胞术、代谢组学、单细胞测序、细胞通讯分析	NA	细胞	涉及多个数据集和内部收集的样本
4207	2024-09-11	GTF2H5 Identified as a crucial synthetic lethal target to counteract chemoresistance in colorectal cancer 2024-Nov, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102097 PMID:39173480	研究论文	本文研究了合成致死基因GTF2H5在结直肠癌化疗耐药中的作用，并探讨了其在克服化疗耐药中的潜在治疗靶点	首次识别GTF2H5为结直肠癌化疗耐药的关键合成致死靶点	实验验证仅初步，需进一步深入研究GTF2H5在化疗耐药中的具体机制	探讨合成致死基因在结直肠癌化疗耐药中的作用，寻找新的治疗靶点	结直肠癌患者及其化疗耐药相关基因	癌症研究	结直肠癌	RNA测序	NA	RNA测序数据	来自UCSC和GEO数据库的结直肠癌患者数据，以及来自Tumor Immunology Single Cell Center数据库的单细胞RNA测序数据
4208	2024-09-11	Potential applications of dual haptoglobin expression in the reclassification and treatment of hepatocellular carcinoma 2024-Oct, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1016/j.trsl.2024.05.008 PMID:38815898	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序，探讨了肝细胞癌中双触珠蛋白表达的潜在应用，特别是在肿瘤重新分类和治疗中的作用	本研究首次提出了基于HP基因表达的Th1反应重新分类基因集，并建立了四种基于HP和C3表达的预测模型，用于肝细胞癌患者的辅助治疗	研究主要基于基因表达数据，未涉及临床试验验证	探讨肝细胞癌中双触珠蛋白表达的潜在应用，特别是在肿瘤重新分类和治疗中的作用	肝细胞癌恶性细胞和T细胞中的HP基因表达及其与C3的相互作用	数字病理学	肝癌	RNA测序	NA	基因表达数据	NA
4209	2024-09-11	6-Phosphogluconate dehydrogenase promotes glycolysis and fatty acid synthesis by inhibiting the AMPK pathway in lung adenocarcinoma cells 2024-Oct-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.217177 PMID:39179096	研究论文	研究探讨了6-磷酸葡萄糖酸脱氢酶（PGD）在肺腺癌（LUAD）细胞中的作用及其机制	首次揭示了IQGAP1是PGD的新型相互作用蛋白，并阐明了PGD通过竞争性结合IQGAP1的IQ域来降低p-AMPK水平，从而促进糖酵解和脂肪酸合成的机制	NA	探讨PGD在肺腺癌中的功能及其分子机制	肺腺癌细胞	数字病理学	肺癌	单细胞测序、免疫沉淀-质谱（IP-MS）	NA	组织微阵列数据	NA
4210	2024-09-11	XgCPred: Cell type classification using XGBoost-CNN integration and exploiting gene expression imaging in single-cell RNAseq data 2024-Oct, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109066 PMID:39180857	研究论文	本文介绍了一种名为XgCPred的新方法，结合XGBoost和卷积神经网络（CNN）进行单细胞RNA测序数据的细胞类型分类	XgCPred通过结合XGBoost和CNN，利用基因表达图像的层次结构，提高了细胞类型分类的准确性	NA	开发一种高效且准确的细胞类型分类方法，以应对单细胞RNA测序数据中的复杂性和多样性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	XGBoost和CNN	基因表达图像	多个单细胞RNA测序数据集，每个数据集具有不同的细胞数量、基因表达多样性和细胞异质性
4211	2024-09-11	Up-regulated DSG2 promotes tumor growth and reduces immune infiltration in cervical cancer 2024-Oct, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2024.155554 PMID:39226803	研究论文	本文探讨了DSG2在宫颈癌中的功能机制及其对肿瘤生长和免疫浸润的影响	首次全面探索DSG2在宫颈癌中的功能机制，发现其上调与不良预后和免疫细胞浸润减少相关	实验主要在体外进行，缺乏体内实验验证	探究DSG2在宫颈癌中的功能机制及其对肿瘤生长和免疫浸润的影响	DSG2在宫颈癌中的表达、预后、基因突变及潜在信号通路	NA	宫颈癌	qRT-PCR, 蛋白质印迹, scRNA-seq	NA	基因表达数据, 蛋白质数据	收集的宫颈癌样本
4212	2024-09-11	Human RP105 monoclonal antibody enhances antigen-specific antibody production in unique culture conditions 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110649 PMID:39246445	研究论文	研究了在特定培养条件下，人RP105单克隆抗体增强抗原特异性抗体产生的能力	建立了新的培养条件，使得人B细胞在ɑhRP105的作用下被强烈激活，并成功检测到针对血型碳水化合物、ɑGal和SARS-CoV-2的特异性抗体产生	研究主要集中在体外培养条件下，尚未在临床环境中验证其效果	探讨人RP105单克隆抗体在特定条件下激活B细胞并促进抗体产生的能力	人B细胞、RP105单克隆抗体、CpGDNA	NA	移植排斥、自身免疫疾病	液相色谱-电喷雾电离串联质谱、单细胞RNA测序、定量实时PCR	NA	RNA	NA
4213	2024-09-11	A new paradigm for generating high-quality cardiac pacemaker cells from mouse pluripotent stem cells 2024-Sep-06, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-01942-w PMID:39237509	研究论文	本文开发了一种新的心脏起搏细胞分化策略，通过采用双起搏细胞标记物并模拟起搏细胞的发育路径，从多能干细胞中生成高质量的心脏起搏细胞	设计了FSK方法，显著提高了具有典型起搏细胞特征的SHOX2; HCN4细胞的产量，并验证了ZFP503作为心脏起搏细胞分化的关键调控因子	NA	开发一种新的方法从多能干细胞中生成高质量的心脏起搏细胞，以推动心脏生物起搏技术的发展	心脏起搏细胞	生物医学工程	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
4214	2024-09-11	DeepKINET: a deep generative model for estimating single-cell RNA splicing and degradation rates 2024-Sep-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03367-8 PMID:39237934	研究论文	提出了一种名为DeepKINET的深度生成模型，用于估计单细胞RNA剪接和降解速率	DeepKINET能够在单细胞分辨率下估计剪接和降解速率，并优于现有的方法	NA	研究RNA剪接和降解速率在单细胞水平上的变化及其对基因表达调控的影响	单细胞RNA剪接和降解速率	机器学习	NA	scRNA-seq	深度生成模型	RNA-seq数据	包括前脑和乳腺癌数据，以及红系细胞中的剪接因子突变数据
4215	2024-09-11	Single-cell RNA sequencing explored potential therapeutic targets by revealing the tumor microenvironment of neuroblastoma and its expression in cell death 2024-Sep-05, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01286-5 PMID:39235657	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示神经母细胞瘤的肿瘤微环境及其在细胞死亡中的表达，探索潜在的治疗靶点	首次通过单细胞RNA测序技术全面研究神经母细胞瘤，并分析了新的细胞死亡途径cuproptosis，以寻找新的临床治疗靶点	NA	通过单细胞RNA测序和cuproptosis分析，揭示神经母细胞瘤的肿瘤微环境，寻找新的治疗靶点	神经母细胞瘤及其肿瘤微环境中的神经内分泌细胞	数字病理学	儿童肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自神经母细胞瘤患者的细胞样本
4216	2024-09-11	A Bayesian framework for inferring dynamic intercellular interactions from time-series single-cell data 2024-Sep-05, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279126.124 PMID:39237300	研究论文	本文介绍了一种贝叶斯框架DIISCO，用于从时间序列单细胞RNA测序数据中推断动态细胞间相互作用	DIISCO框架利用结构化高斯过程回归来揭示不同细胞类型之间的时序相互作用，并结合受体-配体复合物的先验知识	NA	研究细胞间通信及其随时间的变化，以理解正常发育、疾病进展和治疗反应等生物过程的协调	细胞间相互作用及其时间动态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯框架	时间序列数据	包括来自T细胞与淋巴瘤细胞共培养的新数据
4217	2024-09-11	Inference of single-cell network using mutual information for scRNA-seq data analysis 2024-Sep-05, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05895-3 PMID:39237886	研究论文	本文介绍了一种基于互信息的单细胞网络构建方法SINUM，用于分析scRNA-seq数据	SINUM通过估计基因间的互信息来确定基因在特定细胞中的依赖性或独立性，相比现有方法在细胞类型识别上表现更优	NA	构建单细胞网络以揭示生物系统的动态变化和细胞间的异质性	scRNA-seq数据中的基因表达网络	生物信息学	NA	scRNA-seq	互信息	基因表达数据	涉及不同细胞数量的多个scRNA-seq数据集
4218	2024-09-11	Enhanced osteogenic differentiation in 3D hydrogel scaffold via macrophage mitochondrial transfer 2024-Sep-05, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-02757-1 PMID:39237942	研究论文	评估一种新型3D生物仿生水凝胶支架在促进骨折愈合中的效果	通过巨噬细胞线粒体转移增强3D水凝胶支架的成骨分化能力	NA	评估新型3D生物仿生水凝胶支架在促进骨折愈合中的效果	3D生物仿生水凝胶支架、巨噬细胞、骨髓间充质干细胞、骨折愈合	生物医学工程	骨折	单细胞转录组测序	NA	细胞	体外实验使用骨髓间充质干细胞，体内实验使用骨折小鼠模型
4219	2024-09-11	Loss of Annexin A1 in macrophages restrains efferocytosis and remodels immune microenvironment in pancreatic cancer by activating the cGAS/STING pathway 2024-Sep-04, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009318 PMID:39237260	研究论文	研究了 Annexin A1 在胰腺癌中的作用，发现其在巨噬细胞中的缺失通过激活 cGAS/STING 通路抑制了吞噬作用并重塑了免疫微环境	揭示了巨噬细胞中 Annexin A1 在胰腺癌中的新作用，通过调节肿瘤相关巨噬细胞的吞噬作用促进抗肿瘤免疫反应	NA	研究 Annexin A1 在胰腺癌中的作用及其对免疫微环境的影响	胰腺癌患者样本和 myeloid-specific ANXA1-knockout 小鼠	NA	胰腺癌	免疫组织化学、免疫荧光、单细胞 RNA 测序、流式细胞术	NA	组织样本、细胞	151 例胰腺癌患者样本和 myeloid-specific ANXA1-knockout 小鼠
4220	2024-09-11	Single-cell DNA methylation analysis tool Amethyst reveals distinct noncanonical methylation patterns in human glial cells 2024-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.13.607670 PMID:39211069	研究论文	本文介绍了一种名为Amethyst的R包，用于大规模单细胞甲基化测序数据分析，并展示了其在人脑数据中的应用	Amethyst工具能够处理单细胞甲基化数据的批量整合、双峰检测、降维、聚类、细胞类型注释、差异甲基化区域调用和结果解释，揭示了人脑胶质细胞中非经典的甲基化模式	NA	开发和验证一种用于单细胞甲基化数据分析的综合工具	人外周血单核细胞和人脑皮质数据，以及大规模脑数据	数字病理学	NA	单细胞甲基化测序	NA	甲基化数据	涉及人外周血单核细胞、人脑皮质数据和大规模脑数据