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当前共找到 7466 篇文献，本页显示第 401 - 420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 2026-08-09 |
Yeast9: a consensus genome-scale metabolic model for S. cerevisiae curated by the community
2024-Oct, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/s44320-024-00060-7
PMID:39134886
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研究论文 | 介绍了由社区维护的酿酒酵母共识基因组规模代谢模型Yeast9，并通过多组学数据验证其预测性能 | 构建了更新的共识基因组规模代谢模型Yeast9，并结合单细胞转录组、蛋白质组和机器学习方法进行广泛验证 | 摘要未提及具体限制 | 评估Yeast9模型的预测性能，并展示其在多组学整合分析中的应用 | 酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）及其突变菌株 | 系统生物学 | NA | 基因组规模代谢建模、单细胞转录组学、蛋白质组学、通量分析 | 基因组规模代谢模型（GEM）、机器学习模型 | 单细胞转录组数据、蛋白质组数据 | 163个条件特异性GEMs（来自渗透压或参考条件下的单细胞转录组），1229个突变菌株的转录组 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 402 | 2026-08-09 |
Zebrafish models of human-duplicated SRGAP2 reveal novel functions in microglia and visual system development
2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.11.612570
PMID:39314374
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研究论文 | 使用斑马鱼模型研究人类重复基因SRGAP2在microglia和视觉系统发育中的新功能 | 首次在斑马鱼模型中研究SRGAP2基因敲除，发现其对小胶质细胞和视觉系统发育的影响，并揭示了与人类和小鼠模型的跨物种比较 | 未提及明确的局限性 | 阐明SRGAP2基因重复在皮层发育之外的功能，特别是在小胶质细胞和视觉系统中的作用 | 斑马鱼模型，包括SRGAP2敲除突变体幼虫和人类化幼虫 | 基因组学 | 早发性婴儿癫痫性脑病 | 单细胞转录组分析 | NA | 单细胞RNA测序数据，形态学数据，行为数据 | 斑马鱼幼虫（具体数量未提及）以及人类和非人类灵长类样本的转录组比较 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞转录组分析 |
| 403 | 2026-08-09 |
Computational Strategies and Algorithms for Inferring Cellular Composition of Spatial Transcriptomics Data
2024-09-13, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae057
PMID:39110523
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综述 | 本文综述了空间转录组数据分析中推断每个空间点内细胞组成的最新计算策略和算法，并展望了该领域的未来方向 | 系统总结了近年来用于估计空间转录组每个空间点内细胞比例的计算方法 | 未明确列出局限性，可能受限于综述范围 | 总结空间转录组数据分析中推断细胞组成的最新进展，并展望未来方向 | 空间转录组数据中的空间点及其细胞组成 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 404 | 2026-08-09 |
MSIsensor-RNA: Microsatellite Instability Detection for Bulk and Single-cell Gene Expression Data
2024-09-13, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae004
PMID:39341794
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研究论文 | 开发了MSIsensor-RNA软件，用于基于基因表达数据（包括批量RNA-seq、微阵列和单细胞RNA-seq）检测微卫星不稳定性状态 | 首个能够基于单细胞表达数据进行MSI检测的软件，填补了该领域的空白 | 未提及具体局限性 | 开发一种准确、稳健、适应性强的MSI检测方法，应用于临床研究和应用 | 微卫星不稳定性相关基因的表达值 | 机器学习 | 癌症 | RNA-seq, 微阵列, 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 批量RNA-seq, 微阵列, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 405 | 2026-08-09 |
SCancerRNA: Expression at the Single-cell Level and Interaction Resource of Non-coding RNA Biomarkers for Cancers
2024-09-13, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae023
PMID:39341795
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研究论文 | 开发了SCancerRNA数据库，汇总了癌症中非编码RNA生物标志物的单细胞水平表达及相互作用资源 | 首次提供了在单细胞水平上查询ncRNA生物标志物基因表达的综合在线资源，并整合了其生物学功能和临床应用数据 | 未提及具体局限性 | 建立一个全面的数据库，支持非编码RNA生物标志物在癌症诊断、进展监测和靶向治疗中的应用 | 非编码RNA生物标志物，包括长链非编码RNA、微小RNA、PIWI相互作用RNA、小核仁RNA和环状RNA | 生物信息学、数据库 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 文本、数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 406 | 2026-08-09 |
Benchmarking Algorithms for Gene Set Scoring of Single-cell ATAC-seq Data
2024-07-03, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae014
PMID:39049508
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研究论文 | 系统评估十种基因集评分工具在单细胞ATAC-seq数据上的性能，并提供应用指南。 | 首次系统性地对单细胞ATAC-seq数据进行基因集评分的基准测试，涵盖多种RNA-seq工具，并评估预处理方法的影响。 | 可能受限于数据集数量和特定工具的选择，未涵盖所有可能的基因集评分方法。 | 评估现有基因集评分工具在单细胞ATAC-seq数据上的适用性和性能，并提供最佳实践指南。 | 十种基因集评分工具，包括四种bulk RNA-seq工具、五种scRNA-seq工具和一种scATAC-seq方法。 | 生物信息学 | NA | scATAC-seq | NA | 单细胞ATAC-seq数据 | 最多十个scATAC-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 407 | 2026-08-09 |
Opportunities and Challenges in Advancing Plant Research with Single-cell Omics
2024-07-03, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae026
PMID:38996445
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综述 | 本文综述了单细胞组学技术在植物研究中的应用进展、未来研究方向及其面临的挑战 | 系统总结了单细胞转录组学、表观基因组学、蛋白质组学、代谢组学及空间转录组学在植物科学中的应用，并探讨了细胞结构带来的独特挑战 | 植物细胞壁等结构限制了单细胞技术的应用，且综述未提供具体实验数据或比较分析 | 概述单细胞组学技术在植物研究中的进展与挑战，并展望未来应用 | 植物细胞及其发育过程 | 单细胞组学 | NA | 单细胞测序（包括转录组、表观基因组、蛋白质组、代谢组及空间转录组） | NA | 单细胞组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学, 单细胞蛋白质组学, 单细胞代谢组学 | NA | NA |
| 408 | 2026-08-09 |
DVsc: An Automated Framework for Efficiently Detecting Viral Infection from Single-cell Transcriptomics Data
2024-07-03, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzad007
PMID:39215426
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研究论文 | 介绍DVsc，一个用于从单细胞转录组数据中高效检测病毒感染的自动化框架 | 首次开发了基于单细胞转录组数据的特定计算框架，用于高效检测病毒读取，并支持多种单细胞测序平台及批量RNA-seq数据 | 未提及具体限制 | 开发一个开源框架，用于从单细胞转录组数据中精确量化分析病毒感染 | 约200个受超过10种不同病毒感染的多样化临床样本 | 生物信息学 | 病毒感染相关疾病 | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | NA | 转录组数据（FASTQ格式） | 约200个临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 409 | 2026-08-09 |
A Mettl16/m6A/mybl2b/Igf2bp1 axis ensures cell cycle progression of embryonic hematopoietic stem and progenitor cells
2024-May, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-024-00082-9
PMID:38605226
|
研究论文 | 本研究通过跨物种单细胞RNA测序分析，揭示了METTL16介导的m6A修饰在胚胎造血干细胞和祖细胞细胞周期进程中的关键作用 | 首次发现METTL16在脊椎动物胚胎造血干细胞和祖细胞中高表达，并阐明METTL16-m6A-mybl2b-Igf2bp1轴调控G1/S期进程的保守机制 | 研究主要基于斑马鱼模型，人类中的验证仅限于细胞层面，且未深入探讨METTL16在其他组织或疾病中的功能 | 阐明METTL16介导的m6A修饰在早期胚胎发育中对造血干细胞和祖细胞增殖的调控机制 | 斑马鱼胚胎造血干细胞和祖细胞，以及人类细胞系 | 机器学习和生物信息学 | 造血系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 斑马鱼胚胎细胞和人类细胞系样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 410 | 2026-08-09 |
Recessive variants in MYO1C as a potential novel cause of proteinuric kidney disease
2024-Apr-11, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4183332/v1
PMID:38659911
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研究论文 | 通过全外显子测序和纯合性定位，在肾病综合征患儿中发现MYO1C基因隐性变异是潜在的新致病原因 | 首次将MYO1C基因隐性变异与儿童肾病综合征相关联，并通过单细胞RNA测序和结构建模揭示其致病机制 | 仅发现两个无关患儿携带变异，样本量小，且缺乏功能实验验证 | 阐明肾病综合征的新型单基因病因 | 1649名肾病综合征患儿 | 基因组学 | 肾病综合征 | 全外显子测序、纯合性定位、单细胞RNA测序、结构建模 | 结构模型（PyMol） | 基因变异数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质结构数据 | 1649名患儿（其中2名携带MYO1C变异） | NA | 全外显子测序、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 411 | 2026-08-09 |
Identifying Spatial Co-occurrence in Healthy and InflAmed tissues (ISCHIA)
2024-Feb, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.1038/s44320-023-00006-5
PMID:38225383
|
研究论文 | 开发了ISCHIA计算框架，用于分析空间转录组数据中细胞类型和转录本在斑点内的空间共现，并在人类溃疡性结肠炎数据中验证了炎症诱导的细胞网络和配体-受体相互作用 | 首次提出利用空间转录组中斑点的固有邻近性重建细胞网络，共现分析独立于细胞丰度和表达水平，补充了差异表达分析 | 未明确提及局限性 | 开发计算框架以分析空间转录组中细胞类型和转录本的空间共现，并揭示炎症相关细胞网络和信号交互 | 人类溃疡性结肠炎患者的空间转录组数据集及匹配的单细胞分辨率数据 | 计算机视觉、机器学习 | 炎症性肠病（溃疡性结肠炎） | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | 计算框架（未指定具体模型类型） | 空间转录组数据、单细胞数据 | 人类溃疡性结肠炎患者样本（具体数量未提及） | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium平台用于空间转录组测序 |
| 412 | 2026-08-09 |
Alzheimer's Disease and Aging Association: Identification and Validation of Related Genes
2024, The journal of prevention of Alzheimer's disease
DOI:10.14283/jpad.2023.101
PMID:38230733
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析识别并验证了与阿尔茨海默病相关的衰老相关基因，并筛选出四个潜在的早期诊断生物标志物。 | 结合差异表达基因和衰老基因筛选，利用多种算法鉴定核心基因，并采用单细胞测序分析和ROC曲线评估诊断价值，最终预测了靶向药物。 | 未提供明确的局限信息 | 识别和验证与阿尔茨海默病相关的衰老相关基因，并评估其作为早期诊断生物标志物的潜力。 | 阿尔茨海默病相关的衰老相关基因及其表达特征 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 基因表达微阵列分析、单细胞测序、ROC曲线分析 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 包括GSE36980、GSE5281和GSE44770数据集，具体样本数量未在摘要中提及 | NA | 基因表达微阵列、单细胞测序 | NA | NA |
| 413 | 2026-08-08 |
Meta-analysis of single-cell RNA sequencing co-expression in human neural organoids reveals their high variability in recapitulating primary tissue
2024-12, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002912
PMID:39621752
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研究论文 | 通过荟萃分析单细胞RNA测序数据，评估人类神经类器官在重现原代组织生物学方面的可变性 | 首次采用基因水平共表达保留框架，量化神经类器官对原代组织细胞类型标记物表达和共表达的复现程度，揭示了类器官间生物学保真度的高度变异性 | 未明确说明局限，但可能受限于荟萃分析中数据集的异质性和类器官培养条件差异 | 评估人类神经类器官在重现原代脑组织生物学方面的保真度和可重复性 | 人类神经类器官和原代脑组织（来自第一和第二孕期的脑组织样本） | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 原代脑组织2.95百万个细胞，神经类器官1.59百万个细胞 | 10x Genomics, Illumina, BGI, MGI | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium, Illumina NovaSeq, BGI MGISEQ, MGI DNBSEQ | 10x Chromium单细胞3'试剂盒、Illumina NovaSeq平台、BGI MGISEQ平台、MGI DNBSEQ平台 |
| 414 | 2026-08-08 |
Lessons about physiological relevance learned from large-scale meta-analysis of co-expression networks in brain organoids
2024-12, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002965
PMID:39693319
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评论 | 通过大规模元分析比较脑类器官与人类原代发育脑的共表达网络，评估不同类器官方案的保真度 | 利用百万级公共单细胞RNA测序数据集进行基因共表达关系分析，首次在如此大规模范围内评估脑类器官协议的生理相关性 | 依赖于公共数据集的可用性和质量，可能受批次效应和数据异质性影响，未提供新的实验数据 | 评估不同脑类器官方案在基因共表达网络上对人类原代发育脑的保真度 | 人脑类器官以及人类原代发育脑组织 | 计算生物学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | 共表达网络分析 | 单细胞转录组数据 | 百万级规模的公共单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 415 | 2026-08-08 |
Microglia and macrophages alterations in the CNS during acute SIV infection: A single-cell analysis in rhesus macaques
2024-09, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1012168
PMID:39283947
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了急性SIV感染期间恒河猴中枢神经系统中微胶质细胞和巨噬细胞的动态变化。 | 首次在急性SIV感染模型中，通过单细胞RNA测序详细解析了脑内微胶质细胞和CNS相关巨噬细胞的亚群变化及转录组特征，发现了与神经退行性疾病相关的基因上调。 | 样本量较小（每组的3只恒河猴），可能限制结果的普遍性；仅关注了急性感染时间点，缺乏对感染全程的动态追踪。 | 探究急性SIV感染对恒河猴中枢神经系统中微胶质细胞和CNS相关巨噬细胞的影响，以理解HIV/SIV神经发病机制及病毒储存库的形成。 | 恒河猴脑内的微胶质细胞和CNS相关巨噬细胞。 | 单细胞转录组学 | HIV/SIV感染相关神经认知障碍 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 无特定模型（基于聚类分析） | 单细胞转录组数据 | 6只恒河猴（3只感染SIV，3只未感染对照） | NA | NA | NA | NA |
| 416 | 2026-08-08 |
BootCellNet, a resampling-based procedure, promotes unsupervised identification of cell populations via robust inference of gene regulatory networks
2024-09, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012480
PMID:39348410
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研究论文 | 提出了一种基于重采样的新方法BootCellNet，通过平滑和重采样推断基因调控网络，并利用最小支配集实现单细胞RNA测序数据的无监督细胞群识别。 | 采用平滑和重采样技术稳健地推断基因调控网络，并以其最小支配集实现无监督和可解释的细胞类型识别。 | 摘要未提及具体局限性。 | 开发并验证一种新的数据分析方法，以促进单细胞RNA测序数据中细胞类型的无监督识别和基因调控网络的推断。 | 外周血单核细胞和造血过程中的单细胞RNA测序数据集，以及COVID-19患者特异性细胞。 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 外周血单核细胞和造血过程的scRNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 417 | 2026-08-08 |
PERCEPTION predicts patient response and resistance to treatment using single-cell transcriptomics of their tumors
2024-Jun, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-024-00756-7
PMID:38637658
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研究论文 | 开发了PERCEPTION计算流程，利用患者肿瘤的单细胞转录组预测治疗反应和耐药性 | 首次利用患者肿瘤的单细胞转录组数据，结合大规模细胞系药物筛选的匹配表达谱，构建个性化治疗反应预测模型 | 未明确说明局限性，可能涉及对临床样本单细胞数据的依赖和模型泛化性 | 提高癌症患者个体化治疗的精准性，通过单细胞转录组预测治疗反应和耐药性 | 癌症患者，包括多发性骨髓瘤、乳腺癌和肺癌患者 | 精准肿瘤学 | 多发性骨髓瘤、乳腺癌、肺癌 | 单细胞RNA测序 | 计算流程（未指定具体模型类型） | 单细胞转录组表达谱 | 未明确，涉及培养细胞、患者肿瘤来源的原代细胞以及两个临床试验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 418 | 2026-08-08 |
Microglia and macrophages alterations in the CNS during acute SIV infection: a single-cell analysis in rhesus macaques
2024-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.04.588047
PMID:38617282
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析急性SIV感染猕猴大脑中的小胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞的变化，揭示免疫应答和神经退行性关联 | 首次在急性SIV感染阶段对猕猴大脑中的髓系细胞进行单细胞转录组分析，识别出六种小胶质细胞亚群和两种CAM群体，并发现特定基因与神经退行性通路相关 | 样本量有限（每组仅三只猕猴），且仅分析感染后12天的时间点，可能未全面反映急性期动态变化 | 探究急性SIV感染对中枢神经系统中髓系细胞（小胶质细胞和巨噬细胞）反应的影响及其机制 | 恒河猴大脑中的髓系细胞（小胶质细胞和中枢神经系统相关巨噬细胞） | 单细胞转录组学 | HIV/SIV感染相关神经认知障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 6只恒河猴（3只感染SIV，3只未感染对照） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 419 | 2026-08-07 |
Arabidopsis uses a molecular grounding mechanism and a biophysical circuit breaker to limit floral abscission signaling
2024-10-29, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2405806121
PMID:39453742
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，解析了拟南芥花器官脱落过程中HAE/HSL2信号通路的分子调控机制，并揭示了MKP1基因和IDL家族基因在其中的作用。 | 首次通过单细胞测序技术全面表征植物脱落信号通路的核心基因表达程序，并发现MKP1作为负调控因子在信号激活前建立阈值，以及IDL家族基因在远端脱落区细胞的表达形成的生物物理断路器机制。 | 本研究的发现可能仅限于拟南芥模型，其在不同植物物种中的普适性尚未验证。 | 旨在阐明拟南芥花器官脱落信号通路的调控机制，特别是识别新的调控因子并理解其作用机制。 | 拟南芥花器官脱落区细胞，包括近端和远端脱落区细胞亚群。 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 包含脱落区细胞的拟南芥花组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 420 | 2026-08-07 |
Deciphering STAT3's negative regulation of LHPP in ESCC progression through single-cell transcriptomics analysis
2024-10-28, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-024-00962-0
PMID:39468431
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析，揭示STAT3负调控LHPP在食管鳞状细胞癌进展中的作用机制 | 首次通过单细胞转录组分析揭示STAT3直接抑制LHPP启动子，形成调控轴影响食管鳞状细胞癌进展 | 研究样本量有限，需要更大规模验证；未深入探讨STAT3-LHPP轴在其他癌症中的普适性 | 阐明食管鳞状细胞癌中细胞动态及分子机制，聚焦STAT3对LHPP的转录影响，寻找潜在治疗靶点 | 食管鳞状细胞癌患者的肿瘤及癌旁组织细胞、ESCC细胞系 | 单细胞转录组学 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序、qPCR、实验测定 | NA | 单细胞转录组数据、临床样本基因表达数据 | 44,206个细胞来自ESCC患者肿瘤及癌旁组织，21例ESCC患者用于qPCR验证 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |