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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 2026-03-10 |
Addressing the mean-variance relationship in spatially resolved transcriptomics data with spoon
2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.04.621867
PMID:39574747
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研究论文 | 本文提出了一种名为spoon的统计框架,用于解决空间转录组学数据中的均值-方差关系偏差,以更准确地识别空间可变基因 | 首次在空间转录组学数据中证明并处理均值-方差关系偏差,采用经验贝叶斯技术进行校正 | 未在摘要中明确说明,可能涉及方法在特定数据类型或条件下的适用性限制 | 改进空间转录组学数据分析中空间可变基因的识别准确性 | 空间转录组学数据中的基因表达模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | 经验贝叶斯统计模型 | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 402 | 2026-03-10 |
Distinct Patterns of Smooth Muscle Phenotypic Modulation in Thoracic and Abdominal Aortic Aneurysms
2024-Nov-01, Journal of cardiovascular development and disease
IF:2.4Q2
DOI:10.3390/jcdd11110349
PMID:39590192
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了胸主动脉瘤和腹主动脉瘤中平滑肌细胞表型调制的独特模式 | 首次在单细胞水平上比较了胸主动脉瘤和腹主动脉瘤中平滑肌细胞的转录组差异,并识别出独特的SMCmod细胞群 | 研究主要基于小鼠模型数据,人类样本验证有限,未来需要更多研究来揭示具体的致病通路 | 探究胸主动脉瘤和腹主动脉瘤中平滑肌细胞表型调制的差异及其在疾病发病机制中的作用 | 小鼠和人类的胸主动脉瘤及腹主动脉瘤组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,免疫染色 | NA | RNA测序数据,图像数据 | 来自GEO数据库的小鼠TAA数据集(GSE153534)和AAA数据集(GSE164678, GSE152583)及对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 403 | 2026-03-10 |
A LDH-Derived Metal Sulfide Nanosheet-Functionalized Bioactive Glass Scaffold for Vascularized Osteogenesis and Periprosthetic Infection Prevention/Treatment
2024-10, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202403009
PMID:39159063
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研究论文 | 本研究开发了一种功能化生物活性玻璃支架,用于促进血管化骨生成并预防/治疗假体周围感染 | 首次将MgCuFe-LDH衍生的硫化物纳米片功能化到生物活性玻璃支架上,结合抗菌阳离子和NIR-II光热性能,同步解决假体周围感染和骨整合问题 | 研究主要基于动物模型,临床转化效果尚需验证 | 开发一种多功能骨科植入材料,同步促进血管化骨生成和预防/治疗假体周围感染 | 生物活性玻璃支架功能化材料及其在骨再生和抗感染中的应用 | 生物材料与组织工程 | 骨科植入并发症 | 转录组测序、单细胞测序 | NA | 基因表达数据、单细胞数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 404 | 2026-03-10 |
From Cell to Gene: Deciphering the Mechanism of Heart Failure With Single-Cell Sequencing
2024-10, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308900
PMID:39159065
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在揭示心力衰竭(HF)机制中的应用,重点关注心肌细胞异质性和细胞间通讯网络 | 利用单细胞测序技术克服传统高通量测序的局限性,在单个细胞水平上解析基因表达,从而揭示HF中细胞组成和基因表达的变化,以及微环境中不同细胞群体的独特作用 | 当前心血管研究中单细胞测序技术仍面临挑战,如技术复杂性、数据分析难度以及样本获取限制等 | 深入探究心力衰竭的发病机制,特别是细胞异质性和细胞间相互作用 | 心力衰竭相关的心肌细胞及其他心脏细胞类型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因组/转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 405 | 2026-03-10 |
GJB2 Promotes HCC Progression by Activating Glycolysis Through Cytoplasmic Translocation and Generating a Suppressive Tumor Microenvironment Based on Single Cell RNA Sequencing
2024-10, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202402115
PMID:39162005
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研究论文 | 本研究基于单细胞RNA测序发现GJB2在肝细胞癌恶性细胞中高表达,并通过细胞质易位激活糖酵解及抑制性肿瘤微环境促进HCC进展 | 首次揭示了GJB2在HCC中的细胞定位改变(从细胞膜转向细胞质/核),并阐明了其通过激活NF-κB和HIF-1α/GLUT-1/PD-L1通路促进糖酵解及免疫抑制微环境的新机制 | 未明确说明样本数量及具体实验模型细节,机制研究主要在细胞层面进行 | 寻找肝细胞癌的有效治疗靶点 | 肝细胞癌(HCC)细胞及肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 406 | 2026-03-10 |
DrugFormer: Graph-Enhanced Language Model to Predict Drug Sensitivity
2024-10, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202405861
PMID:39206872
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研究论文 | 本文提出了一种名为DrugFormer的新型图增强大语言模型,用于在单细胞水平预测药物敏感性 | 提出首个结合序列化基因标记和基于基因的知识图谱的图增强大语言模型,用于单细胞水平的药物反应预测 | 模型训练依赖于带药物反应信息的单细胞数据,数据质量和覆盖范围可能影响预测性能 | 预测药物耐药性并揭示耐药细胞的分子机制 | 难治性多发性骨髓瘤和急性髓系白血病患者的单细胞 | 自然语言处理 | 多发性骨髓瘤, 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | 图增强大语言模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 407 | 2026-03-10 |
Loss of Smek1 Induces Tauopathy and Triggers Neurodegeneration by Regulating Microtubule Stability
2024-10, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202400584
PMID:39206808
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研究论文 | 本研究探讨了Smek1在tau蛋白病中防止神经退行性变的作用 | 首次揭示Smek1缺乏通过加剧tau病理和线粒体功能障碍,以年龄依赖性方式诱导神经退行性变 | NA | 研究Smek1在阿尔茨海默病和其他tau蛋白病中的生理和病理作用 | 小鼠模型和人类大脑组织 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 408 | 2026-03-10 |
Myeloid Cells and Sensory Nerves Mediate Peritendinous Adhesion Formation via Prostaglandin E2
2024-10, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202405367
PMID:39207041
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析结合条件性基因敲除小鼠模型,揭示了髓系细胞和感觉神经通过前列腺素E2介导肌腱周围粘连形成的机制 | 首次阐明髓系细胞中的COX2和感觉神经中的EP4受体在肌腱粘连形成中的关键作用,并发现PGE2局部治疗可改善修复肌腱的生物力学性能 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本分析有限;PGE2治疗的长期效果和安全性尚未评估 | 探究肌腱周围粘连形成的分子机制和潜在治疗靶点 | 人类和小鼠的肌腱组织样本、八种条件性基因敲除小鼠模型 | 单细胞组学 | 肌腱损伤/粘连 | 单细胞RNA测序 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 人类和小鼠标本(具体数量未明确),八种基因敲除小鼠品系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 409 | 2026-03-10 |
Hypoxic Upregulation of IER2 Increases Paracrine GMFG Signaling of Endoplasmic Reticulum Stress-CAF to Promote Chordoma Progression via Targeting ITGB1
2024-10, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202405421
PMID:39207055
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研究论文 | 本研究揭示了内质网应激相关癌症相关成纤维细胞亚群通过IER2/GMFG/ITGB1轴促进脊索瘤进展的分子机制 | 首次系统阐明了缺氧微环境如何通过上调IER2将CAFs重编程为ERS-CAF亚群,并发现该亚群通过旁分泌GMFG信号靶向肿瘤细胞ITGB1驱动脊索瘤进展 | 研究主要基于体外和动物模型,临床转化潜力需进一步验证;ERS抑制剂的具体作用机制尚未完全阐明 | 探究内质网应激相关癌症相关成纤维细胞亚群在脊索瘤中的致癌机制 | 脊索瘤肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞亚群、肿瘤细胞和SPP1巨噬细胞 | 单细胞组学与空间转录组学 | 脊索瘤 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、GeoMx数字空间分析、数据非依赖性采集蛋白质组学、bulk RNA-seq、多重定量免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、蛋白质组数据、RNA-seq数据、免疫荧光图像数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 蛋白质组学, bulk RNA-seq | GeoMx Digital Spatial Profiler | NA |
| 410 | 2026-03-10 |
Comprehensive Integration of Multiple Single-Cell Transcriptomic Data Sets Defines Distinct Cell Populations and Their Phenotypic Changes in Murine Atherosclerosis
2024-02, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320030
PMID:38152886
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研究论文 | 本研究通过整合多个单细胞转录组数据集,定义了小鼠动脉粥样硬化中不同的细胞群体及其表型变化 | 开发了基于报告基因表达的算法来量化平滑肌细胞向巨噬细胞表型的转分化,并整合多个数据集进行元分析以解决现有研究中的不一致发现 | 研究受限于现有数据集的实验条件,且转分化事件在检测范围内极为罕见 | 解决动脉粥样硬化单细胞RNA测序研究中的不一致结果,并深入理解驻留血管细胞在疾病中的作用 | 小鼠动脉粥样硬化模型中的血管细胞,包括平滑肌细胞、内皮细胞和主动脉瓣细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,原位杂交 | 分类算法 | 单细胞转录组数据,图像数据 | 多个已发表数据集的整合,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 411 | 2026-03-06 |
Spatially Informed Graph Structure Learning Extracts Insights from Spatial Transcriptomics
2024-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202403572
PMID:39382177
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研究论文 | 本文提出了一种名为STAGUE的创新框架,通过图结构学习从空间转录组数据中同时学习细胞图结构和低维嵌入,以提升空间聚类精度并发现新的细胞间相互作用 | STAGUE框架首次结合图结构学习和对比学习,参数化并优化细胞图邻接矩阵,克服了传统方法仅依赖空间邻近性定义图结构的局限性 | 未明确提及具体的数据集规模限制或计算复杂度问题,可能依赖于模拟和真实数据的泛化能力 | 旨在从空间转录组数据中提取更准确的细胞图结构和嵌入,以改善空间聚类和细胞间相互作用的发现 | 空间转录组数据集中的细胞,特别是人类乳腺癌组织 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 图结构学习,对比学习 | 空间转录组数据 | 86个真实和模拟的空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 412 | 2026-03-06 |
Gastric Cancer Actively Remodels Mechanical Microenvironment to Promote Chemotherapy Resistance via MSCs-Mediated Mitochondrial Transfer
2024-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202404994
PMID:39392399
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研究论文 | 本研究揭示了胃癌通过间充质基质细胞介导的线粒体转移主动重塑机械微环境以促进化疗耐药性的机制 | 首次发现胃癌细胞通过分泌细胞外基质增加肿瘤组织硬度,从而促进间充质基质细胞通过微囊泡向胃癌细胞转移线粒体,导致奥沙利铂耐药 | 研究主要基于单细胞测序和体外实验,缺乏大规模临床验证,且具体机械信号通路细节需进一步探索 | 探究胃癌奥沙利铂耐药的机制,特别是细胞外机械信号在其中的作用 | 胃癌患者肿瘤组织、胃癌细胞、间充质基质细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据、组织样本 | 奥沙利铂耐药的胃癌患者肿瘤组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 413 | 2026-03-06 |
Insufficient Mechanical Loading Downregulates Piezo1 in Chondrocytes and Impairs Fracture Healing Through ApoE-Induced Senescence
2024-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202400502
PMID:39418070
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研究论文 | 本研究探讨了机械负荷不足如何通过下调软骨细胞中的Piezo1表达,并经由ApoE诱导的衰老机制,影响骨折愈合过程 | 首次揭示了机械负荷不足通过Piezo1-ApoE轴调控软骨细胞衰老,从而影响骨折愈合的新机制,并开发了一种可注射热敏水凝胶用于局部治疗 | 研究主要基于动物模型,尚未在人体中进行验证;水凝胶的长期安全性和疗效需进一步评估 | 探究机械负荷不足影响骨折愈合的分子机制,并开发新的治疗策略 | 骨折愈合过程中的软骨细胞,特别是肥厚性软骨细胞 | 骨生物学与再生医学 | 骨折愈合障碍 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 414 | 2026-03-06 |
Quantum Dots-caused Retinal Degeneration in Zebrafish Regulated by Ferroptosis and Mitophagy in Retinal Pigment Epithelial Cells through Inhibiting Spliceosome
2024-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202406343
PMID:39420512
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研究论文 | 本研究揭示了InP/ZnS量子点通过诱导视网膜色素上皮细胞铁死亡和线粒体自噬,导致斑马鱼视网膜变性的机制 | 首次发现量子点通过抑制剪接因子prpf8,导致gpx4b mRNA未剪接,进而引发铁死亡和线粒体自噬,最终造成视网膜损伤 | 研究仅在斑马鱼模型中进行,尚未在哺乳动物或人体中验证 | 阐明典型金属量子点对视网膜的影响及其分子机制 | 斑马鱼视网膜 | 单细胞组学 | 视网膜变性 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,CRISPR/Cas9基因编辑 | NA | RNA测序数据,组织学图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 415 | 2026-03-06 |
Pericytes Modulate Third-Generation Tyrosine Kinase Inhibitor Sensitivity in EGFR-Mutated Lung Cancer Cells Through IL32-β5-Integrin Paracrine Signaling
2024-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202405130
PMID:39435643
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研究论文 | 本研究揭示了周细胞通过IL32-β5-整合素旁分泌信号通路调节EGFR突变肺癌细胞对第三代酪氨酸激酶抑制剂敏感性的机制 | 首次发现周细胞通过分泌IL32激活β5-整合素-Src-Akt通路,从而影响EGFR突变肺癌细胞的TKI敏感性,并揭示了YY1信号在此过程中的调控作用 | 动物模型中周细胞对TKI疗效的影响独立于血管功能,但人体内血管功能的潜在影响仍需进一步研究 | 探究EGFR突变肺癌患者对第三代TKI反应受限的机制,特别是周细胞在其中的作用 | EGFR突变肺癌细胞、患者来源的周细胞、肿瘤组织样本、动物模型 | 肿瘤生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、多重免疫染色、共培养实验、条件培养基实验、动物模型 | NA | RNA测序数据、免疫染色图像、细胞实验数据、动物实验数据 | EGFR突变患者来源的周细胞和肿瘤组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 416 | 2026-03-06 |
Hepatocyte-Targeted Lipid Nanoparticle Delivery of HERC2 Plasmid Controls Drug-Induced Hepatotoxicity by Limiting β-Catenin-Regulated CYP2E1 Expression
2024-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202401633
PMID:39440550
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研究论文 | 本研究揭示了HERC2通过调控β-catenin介导的CYP2E1表达,在药物性肝损伤中发挥保护作用,并开发了靶向肝细胞的脂质纳米颗粒递送HERC2质粒的治疗策略 | 首次阐明了HERC2在药物性肝损伤中的保护性作用机制,即通过促进β-catenin泛素化来负调控CYP2E1表达,并创新性地采用肝细胞靶向脂质纳米颗粒递送HERC2质粒进行干预 | 研究主要基于APAP诱导的肝损伤模型,在其他类型DILI中的普适性有待验证;脂质纳米颗粒递送系统的长期安全性和体内稳定性需进一步评估 | 探究HERC2在药物性肝损伤中的作用机制并开发靶向治疗策略 | 肝细胞、HERC2基因、β-catenin蛋白、CYP2E1酶 | 分子生物学与药理学 | 药物性肝损伤 | 单细胞RNA测序、脂质纳米颗粒递送、质粒转染 | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据 | 肝细胞特异性HERC2缺陷小鼠模型及对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 417 | 2026-03-06 |
Exercise Induced Endothelial Mesenchymal Transition (EndMT) Facilitates Meniscal Fibrocartilage Regeneration
2024-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202403788
PMID:39344749
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研究论文 | 本研究探讨了运动诱导的内皮间质转化(EndMT)在促进半月板纤维软骨再生中的作用,并开发了一种手持式生物打印系统用于术中制造多孔半月板支架 | 首次证明EndMT在半月板再生中的贡献,并开发了结合术后规律运动刺激的多孔支架移植策略,简化了支架制造过程 | 研究基于绵羊模型,临床转化效果需进一步验证,且未详细探讨长期安全性和潜在副作用 | 开发一种有效的半月板再生转化策略,以改善半月板切除后的治疗 | 半月板纤维软骨组织,绵羊模型中的半月板再生过程 | 组织工程与再生医学 | 骨科疾病(半月板损伤) | 单细胞RNA测序,免疫荧光共染色分析 | NA | 基因表达数据,图像数据 | 绵羊模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 418 | 2025-03-01 |
Single-cell RNA sequencing data identify a conserved population of metallothionein-expressing macrophages that may be ubiquitous in vital human organs
2024-Oct, Clinical and translational discovery
DOI:10.1002/ctd2.348
PMID:40018369
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 419 | 2026-03-06 |
Spatial multi-omics reveal intratumoral humoral immunity niches associated with tertiary lymphoid structures in pancreatic cancer immunotherapy pathologic responders
2024-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.22.613714
PMID:39386736
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研究论文 | 本研究通过空间多组学分析揭示了胰腺癌免疫治疗病理应答者中三级淋巴结构相关的瘤内体液免疫微环境 | 首次结合机器学习H&E图像分类模型和无监督基因表达矩阵分解方法,系统表征了三级淋巴结构微环境中的细胞状态,并发现了与PDAC患者生存改善显著相关的TLS特异性空间基因表达特征 | 样本量相对较小(仅26个PDAC肿瘤),且研究局限于接受联合免疫治疗的患者群体 | 探究胰腺癌中三级淋巴结构在肿瘤微环境中的空间关系及其在免疫治疗中的作用机制 | 接受联合免疫治疗的胰腺导管腺癌患者的肿瘤组织 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组学、空间蛋白质组学、BCR测序 | 机器学习图像分类模型、无监督基因表达矩阵分解方法 | H&E图像、空间转录组数据、空间蛋白质组数据 | 26个PDAC肿瘤样本 | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学, BCR测序 | NA | NA |
| 420 | 2026-03-06 |
Machine Learning Uncovers Vascular Endothelial Cell Identity Genes by Expression Regulation Features in Single Cells
2024-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.27.609808
PMID:39253493
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SCIG的机器学习方法,用于在单细胞水平上识别细胞身份基因 | SCIG方法无需与其他细胞进行比较,仅利用基因序列特征和单细胞RNA-seq表达信息即可识别细胞身份基因,并发现组织微环境对细胞身份精细化至关重要 | NA | 开发一种识别细胞身份基因的计算方法,以促进对细胞分化、发育和再生医学的理解 | 血管内皮细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | 机器学习 | 基因表达数据、遗传序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |