单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7511 篇文献，本页显示第 4161 - 4180 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4161 | 2024-09-14 |
Flexiplex: a versatile demultiplexer and search tool for omics data
2024-03-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae102
PMID:38379414
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Flexiplex的多功能解复用和搜索工具，用于组学数据分析 | Flexiplex基于Levenshtein距离，允许不完美的匹配，适用于多种实验类型，并能处理噪声数据 | NA | 开发一种多功能且高效的序列搜索和解复用工具，以克服现有工具的局限性 | 单细胞数据中的细胞条形码和UMI，以及特定遗传变异 | 生物信息学 | NA | Levenshtein距离 | NA | 序列数据 | NA |
| 4162 | 2024-09-14 |
SST-editing: in silico spatial transcriptomic editing at single-cell resolution
2024-03-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae077
PMID:38341653
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研究论文 | 本文提出了一种基于生成对抗网络（GAN）的基因表达引导的免疫荧光图像编辑方法，用于空间转录组学数据 | 首次将生成对抗网络应用于空间转录组学数据的基因表达引导图像编辑 | 尚未在其他类型的生物医学图像数据上进行广泛验证 | 开发一种新的方法，能够在空间转录组学数据中实现基因表达引导的图像编辑 | 正常和肿瘤组织切片中的细胞级空间转录组数据 | 计算机视觉 | NA | 生成对抗网络（GAN） | GAN | 图像 | 正常和肿瘤组织切片中的细胞级空间转录组数据 |
| 4163 | 2024-09-14 |
BERMAD: batch effect removal for single-cell RNA-seq data using a multi-layer adaptation autoencoder with dual-channel framework
2024-03-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae127
PMID:38439545
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研究论文 | 本文提出了一种名为BERMAD的多层适应自编码器双通道框架，用于去除单细胞RNA测序数据中的批次效应 | 创新点在于设计了多层适应架构和双通道框架，以解决批次效应去除中的欠校正和过校正问题 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中批次效应的去除问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 基因表达数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 |
| 4164 | 2024-09-14 |
SpatialView: an interactive web application for visualization of multiple samples in spatial transcriptomics experiments
2024-03-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae117
PMID:38444087
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研究论文 | 开发了一个名为SpatialView的交互式网络应用程序，用于可视化空间转录组学实验中的多个样本 | 填补了空间转录组学数据可视化工具的空白，提供了一个开源的基于浏览器的交互式应用程序 | NA | 开发一个交互式工具，以增强空间转录组学数据的可视化和分析能力 | 空间转录组学实验中的数据和结果 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 多个10× Genomics Visium ST实验样本 |
| 4165 | 2024-09-14 |
ICELLNET v2: a versatile method for cell-cell communication analysis from human transcriptomic data
2024-03-04, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae089
PMID:38490248
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研究论文 | 本文介绍了ICELLNET的重大更新版本，扩展了配体-受体数据库并优化了单细胞RNA测序数据的分析框架 | 将ICELLNET的配体-受体数据库从380个扩展到1669个，整合了免疫交叉对话、细胞粘附和Wnt通路中的重要通信分子，并优化了单细胞RNA测序数据的分析框架 | NA | 开发和优化用于从转录组数据推断细胞间通信网络的方法 | 人类转录组数据中的细胞间通信 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 4166 | 2024-09-14 |
Forseti: A mechanistic and predictive model of the splicing status of scRNA-seq reads
2024-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.01.577813
PMID:38370848
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研究论文 | 开发了一种名为Forseti的机械性和预测性模型，用于确定scRNA-seq读取的剪接状态 | 提出了Forseti模型，通过结合绑定亲和力模型和片段长度分布模型，能够概率性地分配scRNA-seq读取的剪接状态 | NA | 开发一种方法来恢复scRNA-seq数据中模糊读取的剪接状态，从而提高下游分析的准确性和置信度 | scRNA-seq数据中的剪接状态 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 预测模型 | RNA序列数据 | NA |
| 4167 | 2024-09-14 |
Phenotype prediction from single-cell RNA-seq data using attention-based neural networks
2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae067
PMID:38390963
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研究论文 | 本文提出了一种基于注意力机制神经网络的单细胞RNA测序数据表型预测方法ScRAT | ScRAT通过使用mixup模块增加训练样本数量，并采用多头注意力机制学习每个表型中最具信息量的细胞，无需依赖给定的细胞类型注释 | NA | 开发一种能够在有限样本数量下准确预测疾病表型的方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞表型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 注意力机制神经网络 | 基因表达数据 | 三个公开的COVID数据集 |
| 4168 | 2024-09-13 |
STPDA: Leveraging spatial-temporal patterns for downstream analysis in spatial transcriptomic data
2024-Oct, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 本文介绍了一种名为STPDA的计算框架，用于空间转录组数据中的时空模式分析 | STPDA通过整合时空模式，提供了一种新的空间转录组数据分析方法，超越了现有的最先进方法 | NA | 开发一种新的计算框架，以更深入地理解空间转录组数据中的基因表达模式 | 空间转录组数据中的时空基因表达模式 | 数字病理学 | NA | NA | LSTM | 空间转录组数据 | NA |
| 4169 | 2024-09-13 |
Single-cell transcriptome sequencing revealed the metabolic changes and microenvironment changes of cardiomyocytes induced by diabetes
2024-Oct, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了糖尿病诱导的心肌细胞代谢变化和微环境变化 | 首次通过单细胞转录组测序揭示了糖尿病对心肌细胞异质性和细胞间通讯的影响 | 研究仅基于小鼠模型，结果的临床相关性有待进一步验证 | 分析糖尿病对心肌细胞异质性和细胞间通讯的影响 | 糖尿病诱导的心肌细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 控制组和链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠心脏样本 |
| 4170 | 2024-09-13 |
Single cell RNA-sequencing identifies the effect of Normothermic ex vivo liver perfusion on liver-resident T cells
2024-Oct, Transplant immunology
IF:1.6Q3
DOI:10.1016/j.trim.2024.102104
PMID:39128812
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研究论文 | 研究了常温体外肝脏灌注（NEVLP）对肝脏驻留记忆T细胞（TRM）的影响，并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了基因表达谱 | 首次创建了大鼠肝脏在NEVLP过程中肝脏TRM T细胞的图谱，并展示了NEVLP对肝脏TRM T细胞在单细胞基因表达水平上的影响 | NA | 研究NEVLP对肝脏驻留免疫细胞表型的影响，特别是肝脏驻留记忆T细胞（TRM） | 大鼠肝脏在NEVLP过程中的肝脏驻留记忆T细胞（TRM） | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 大鼠肝脏样本，包括常温体外肝脏灌注（NEVLP）组和对照组 |
| 4171 | 2024-09-13 |
Single-cell transcriptomics reveals subset-specific metabolic profiles underpinning the bronchial epithelial response to flagellin
2024-Sep-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110662
PMID:39252969
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了鞭毛蛋白对人类支气管上皮细胞的细胞特异性影响 | 首次揭示了鞭毛蛋白暴露下人类支气管上皮细胞的功能异质性，并发现了炎症性分泌细胞和炎症性基底细胞在代谢重编程上的差异 | 研究仅限于体外培养的支气管上皮细胞，未涉及体内环境的影响 | 探究鞭毛蛋白对人类支气管上皮细胞的细胞特异性影响及其代谢重编程机制 | 人类支气管上皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 7个细胞簇，包括纤毛细胞、离子细胞和多种状态的基底细胞和分泌细胞 |
| 4172 | 2024-09-13 |
Multi-omics and Single Cell Sequencing Analyses Reveal Associations of Mitophagy-Related Genes Predicting Clinical Prognosis and Immune Infiltration Characteristics in Osteosarcoma
2024-Sep-12, Molecular biotechnology
IF:2.4Q3
DOI:10.1007/s12033-024-01280-w
PMID:39264525
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研究论文 | 研究通过多组学和单细胞测序分析，揭示了线粒体自噬相关基因在骨肉瘤中的临床预后和免疫浸润特征的关联 | 首次报道了线粒体自噬在骨肉瘤中的作用，并开发了一种新的评分系统MPRG评分，用于预测骨肉瘤的预后 | 研究样本量较小，且未在其他癌症类型中验证MPRG评分的有效性 | 探讨线粒体自噬相关基因在骨肉瘤中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 骨肉瘤患者的线粒体自噬相关基因及其与临床预后和免疫浸润的关系 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞测序 | LASSO-多变量Cox回归算法 | 基因数据 | 58个线粒体自噬相关基因 |
| 4173 | 2024-09-13 |
Single-cell transcriptomics reveals heterogeneity in plant responses to the environment: a focus on biotic and abiotic interactions
2024-Sep-11, Journal of experimental botany
IF:5.6Q1
DOI:10.1093/jxb/erae107
PMID:38466621
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学在植物对生物和非生物环境因素响应中的应用 | 单细胞转录组学提供了前所未有的细胞响应环境变化的视角 | 单细胞研究在植物-环境相互作用中面临技术挑战 | 探讨单细胞转录组学在理解植物对生物和非生物环境因素响应中的贡献 | 植物细胞对生物和非生物环境因素的响应 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 4174 | 2024-09-13 |
Endothelial-adipocyte Cx43 Mediated Gap Junctions Can Regulate Adiposity
2024-Sep-10, Function (Oxford, England)
DOI:10.1093/function/zqae029
PMID:38984993
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研究论文 | 研究探讨了内皮细胞与脂肪细胞通过Cx43介导的缝隙连接在肥胖中的调节作用 | 首次揭示了Cx43在调节脂肪组织功能中的作用，并提出了Cx43介导的异细胞通讯可能是调节脂肪组织功能的一种机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨内皮细胞与脂肪细胞相互作用及其对代谢功能的影响 | 内皮细胞与脂肪细胞的相互作用及其在肥胖中的调节机制 | 心血管疾病 | 肥胖 | 单细胞RNA测序 (scRNAseq) 和透射电子显微镜 (TEM) | NA | RNA | 高脂饮食 (HFD) 小鼠和Cx43S368A小鼠 |
| 4175 | 2024-09-13 |
Increased autoreactivity and maturity of EBI2+ antibody-secreting cells from nasal polyps
2024-Sep-10, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.177729
PMID:39253973
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研究论文 | 研究了鼻息肉中表达EBI2的B细胞是否具有更高的自身抗体产生倾向，并评估了鼻息肉中抗体分泌细胞的分子特征 | 首次揭示了鼻息肉中EBI2+抗体分泌细胞具有更高的自身抗体产生倾向，并展示了其分子特征 | 研究仅限于鼻息肉和扁桃体组织，未涉及其他组织或疾病状态 | 探讨鼻息肉中EBI2+ B细胞的自身抗体产生倾向及其分子特征 | 鼻息肉和扁桃体组织中的EBI2+抗体分泌细胞 | 免疫学 | 鼻息肉 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 鼻息肉和扁桃体组织的样本 |
| 4176 | 2024-09-13 |
A pheromone receptor in cichlid fish mediates attraction to females but inhibits male parental care
2024-Sep-09, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2024.07.029
PMID:39094572
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研究论文 | 研究揭示了慈鲷鱼中一种信息素受体Or113a在吸引雌性和抑制雄性亲代抚育行为中的作用 | 发现了一种信息素受体Or113a在慈鲷鱼中的新功能，即促进雄性吸引和交配行为，同时抑制雄性的亲代抚育行为 | 研究主要集中在慈鲷鱼模型中，结果的普适性需要进一步验证 | 探讨不同物种间交配和亲代抚育行为的控制机制 | 慈鲷鱼中的信息素受体Or113a及其在生殖行为中的作用 | NA | NA | 单细胞转录组学和CRISPR基因编辑 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 4177 | 2024-09-13 |
Single-cell RNA sequencing reveals the change in cytotoxic NK/T cells, epithelial cells and myeloid cells of the tumor microenvironment of high-grade serous ovarian carcinoma
2024-Sep-09, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01290-9
PMID:39249551
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中NK/T细胞、上皮细胞和髓系细胞的变化 | 揭示了高级别浆液性卵巢癌从早期到晚期阶段上皮细胞的异质性和富集通路的变化，以及细胞间通讯的增强 | NA | 研究高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境的变化 | NK/T细胞、上皮细胞和髓系细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 45,448个单细胞 |
| 4178 | 2024-09-13 |
From bioinformatics to clinical applications: a novel prognostic model of cuproptosis-related genes based on single-cell RNA sequencing data in hepatocellular carcinoma
2024-Sep-09, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-024-00649-5
PMID:39251909
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序数据构建了一个基于铜死亡相关基因的肝细胞癌预后模型 | 开发了一种新的预后模型，利用六个生存相关基因来评估和管理肝细胞癌 | NA | 确定铜死亡相关基因与肝细胞癌预后之间的关系 | 肝细胞癌患者和正常对照组的铜死亡相关基因 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO | RNA测序数据 | NA |
| 4179 | 2024-09-13 |
Revealing the crosstalk between LOX+ fibroblast and M2 macrophage in gastric cancer by single-cell sequencing
2024-Sep-09, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-024-12861-y
PMID:39251966
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示了胃癌中LOX+成纤维细胞与M2巨噬细胞之间的相互作用 | 首次构建了胃癌患者的单细胞转录组图谱，并揭示了LOX+成纤维细胞与M2巨噬细胞在肿瘤微环境中的紧密定位和相互作用 | 研究仅限于胃癌样本，未来需在更多癌症类型中验证这些发现 | 揭示胃癌肿瘤微环境中成纤维细胞与巨噬细胞之间的相互作用，寻找潜在的治疗靶点 | 胃癌患者的肿瘤微环境中的LOX+成纤维细胞和M2巨噬细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 150,913个细胞 |
| 4180 | 2024-09-13 |
Dimension reduction, cell clustering, and cell-cell communication inference for single-cell transcriptomics with DcjComm
2024-Sep-09, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03385-6
PMID:39252099
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研究论文 | 提出了一种名为DcjComm的方法，用于单细胞转录组学的综合分析，包括降维、细胞聚类和细胞间通信推断 | DcjComm通过非负矩阵分解联合学习模型进行降维和聚类，并整合配体-受体对、转录因子和靶基因来推断细胞间通信，性能优于现有方法 | NA | 改进单细胞转录组学分析中的降维、细胞聚类和细胞间通信推断方法 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 非负矩阵分解 | 联合学习模型 | 转录组数据 | NA |