单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4061	2024-09-17	Spatial Transcriptomics Identifies Cellular and Molecular Characteristics of Scleroderma Skin Lesions: Pilot Study in Juvenile Scleroderma 2024-Aug-23, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25179182 PMID:39273131	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析了青少年硬皮病皮肤病变中的细胞和分子特征	首次利用空间转录组学技术研究青少年硬皮病患者的皮肤病变	研究样本量较小，仅为青少年患者	探究青少年硬皮病的发病机制	青少年硬皮病患者的皮肤病变	数字病理学	硬皮病	空间转录组学	NA	转录组数据	青少年硬皮病患者皮肤病变的病理切片
4062	2024-09-17	Interleukin-7 expression by CAR-T cells improves CAR-T cell survival and efficacy in chordoma 2024-Aug-02, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03756-9 PMID:39093440	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了14个脊索瘤样本，识别出B7-H3和IL-7作为潜在的靶点和增强因子，并评估了B7-H3 CAR-T细胞和表达IL-7的B7-H3 CAR-T细胞的抗肿瘤活性	首次将IL-7表达引入CAR-T细胞，增强了CAR-T细胞的存活和疗效，提供了一种新的双重治疗策略	NA	识别脊索瘤的潜在新型免疫治疗靶点，并通过肿瘤微环境因素增强疗效	脊索瘤样本和CAR-T细胞	NA	脊索瘤	单细胞RNA测序	CAR-T细胞	RNA	14个脊索瘤样本
4063	2024-09-17	Kidney Organoid Modeling of WT1 Mutations Reveals Key Regulatory Paths Underlying Podocyte Development 2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202308556 PMID:38810140	研究论文	研究通过肾脏类器官模型揭示WT1突变对足细胞发育的关键调控路径	首次通过单细胞染色质可及性和基因表达图谱，结合CRISPR-Cas9基因编辑技术，揭示了WT1突变对足细胞发育的影响	研究主要集中在WT1突变的影响，未涉及其他可能影响足细胞发育的因素	揭示WT1突变对足细胞发育的表观基因组机制	胎儿肾脏和肾脏类器官中的足细胞发育	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	包括胎儿肾脏和肾脏类器官的单细胞样本，以及来自WT1突变患者的诱导多能干细胞 (iPSCs) 衍生的肾脏类器官
4064	2024-09-17	Podocyte Pathogenic Bone Morphogenetic Protein-2 Pathway and Immune Cell Behaviors in Primary Membranous Nephropathy 2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202404151 PMID:38785168	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了11名原发性膜性肾病（PMN）患者和7名健康个体的肾活检样本，揭示了PMN中足细胞的致病性骨形态发生蛋白-2（BMP2）通路以及免疫细胞的行为	首次通过单细胞RNA测序揭示了PMN中足细胞的BMP2/pSMAD1/COL4通路，并发现了免疫细胞的增强浸润和激活	样本量较小，仅包括11名PMN患者和7名健康个体	揭示原发性膜性肾病（PMN）的病理机制	足细胞和免疫细胞在PMN中的作用	NA	肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	11名PMN患者和7名健康个体的肾活检样本
4065	2024-09-17	Deep learning approaches for non-coding genetic variant effect prediction: current progress and future prospects 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae446 PMID:39276327	综述	本文综述了基于批量和单细胞测序数据的非编码变异模型的发展及其模型解释和下游任务	本文提供了对非编码变异效应预测的深度学习方法的全面概述，并指出了改进的机会	当前方法在变异效应预测研究中存在局限性	探讨基因变异影响和调控机制，提供对非编码变异效应预测的深度学习方法的全面概述	非编码变异及其对基因调控的影响	机器学习	NA	测序技术	深度学习模型	基因数据	NA
4066	2024-09-17	scHyper: reconstructing cell-cell communication through hypergraph neural networks 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae436 PMID:39276328	研究论文	提出了一种名为scHyper的新方法，通过超图神经网络从全局网络视角推断细胞间通信	scHyper通过超图表示学习，能够重建细胞间通信得分，并识别所有细胞、配体和受体表达对通信得分的影响	NA	推断细胞间通信并识别其潜在影响	细胞间通信网络	机器学习	NA	超图神经网络	超图神经网络	单细胞RNA测序数据	人类肿瘤微环境和免疫细胞数据
4067	2024-09-17	Cancer-Associated Endocrine Cells Participate in Pancreatic Carcinogenesis 2024-Jul-22, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.07.016 PMID:39048054	研究论文	研究探讨了胰腺内分泌细胞在胰腺导管腺癌（PDAC）癌变过程中的作用及其与外分泌部分的相互作用	首次系统地描绘了PDAC中胰腺内分泌细胞的改变，并阐明了内分泌-外分泌相互作用的潜在机制	NA	探讨胰腺内分泌细胞在胰腺导管腺癌癌变过程中的作用及其机制	胰腺内分泌细胞及其在胰腺导管腺癌中的变化	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组测序、空间转录组测序、多重免疫组化	NA	转录组数据	涉及正位移植小鼠、KrasLSL-G12DPdx1-Cre小鼠和KrasLSL-G12Dp53LoxPPdx1-CreER小鼠
4068	2024-09-17	Metabolic targeting of cancer associated fibroblasts overcomes T-cell exclusion and chemoresistance in soft-tissue sarcomas 2024-Mar-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46504-4 PMID:38509063	研究论文	研究通过代谢靶向癌症相关成纤维细胞（CAFs）克服软组织肉瘤中的T细胞排除和化学抗性	首次识别并命名了一种依赖GLUT1表达CXCL16的糖酵解癌症相关成纤维细胞（glyCAF），并证明靶向糖酵解可以减少glyCAF在肿瘤边缘的积累，增强T细胞浸润和化疗效果	研究结果需要在进一步的临床试验中验证	探索通过靶向CAFs改善软组织肉瘤中T细胞浸润和化疗效果的策略	软组织肉瘤中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和T细胞浸润	数字病理学	软组织肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	使用雌性小鼠模型进行研究
4069	2024-09-16	Reconstitution of the Multiple Myeloma Microenvironment Following Lymphodepletion with BCMA CAR-T Therapy 2024-Sep-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-0352 PMID:39024031	研究论文	研究了BCMA CAR-T细胞疗法后多发性骨髓瘤微环境的重组	揭示了BCMA CAR-T疗法后多发性骨髓瘤微环境的动态变化，并提供了预测治疗反应性的线索	样本量较小，仅涉及七名患者	研究BCMA CAR-T细胞疗法后多发性骨髓瘤微环境的重组	多发性骨髓瘤患者的骨髓样本	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	14个骨髓样本，来自7名患者
4070	2024-09-15	Computational Strategies and Algorithms for Inferring Cellular Composition of Spatial Transcriptomics Data 2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae057 PMID:39110523	综述	本文综述了空间转录组学数据中细胞成分推断的计算策略和算法	总结了最新的细胞比例估计进展，并展望了该领域的未来方向	当前空间技术无法直接测量细胞信息，只能通过空间点进行特征化	总结和展望空间转录组学数据中细胞成分推断的计算方法	空间转录组学数据中的细胞成分	生物信息学	NA	空间转录组学技术	NA	转录组数据	NA
4071	2024-09-16	Exploring the relationship between the interleukin family and lung adenocarcinoma through Mendelian randomization and RNA sequencing analysis 2024-Sep-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01325-1 PMID:39264458	研究论文	本研究通过孟德尔随机化和RNA测序分析探索白细胞介素家族与肺腺癌之间的关系	首次通过孟德尔随机化和RNA测序分析揭示了白细胞介素因子与肺腺癌发生和进展的因果关系	研究主要基于数据集分析，缺乏体内实验验证	揭示白细胞介素因子与肺腺癌之间的关联	白细胞介素因子与肺腺癌	数字病理学	肺癌	RNA测序	NA	RNA	多个中心的患者样本
4072	2024-09-16	Spatial transcriptomics reveals tumor-derived SPP1 induces fibroblast chemotaxis and activation in the hepatocellular carcinoma microenvironment 2024-Sep-12, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05613-w PMID:39267037	研究论文	研究揭示了肝细胞癌微环境中肿瘤细胞分泌的SPP1诱导成纤维细胞趋化和激活的机制	首次阐明了SPP1-CD44信号轴在肿瘤细胞与成纤维细胞相互作用中的关键作用	研究主要基于公共数据库的数据和临床样本，缺乏体内外实验的直接验证	探讨肝细胞癌微环境中肿瘤细胞与成纤维细胞相互作用的机制	肝细胞癌微环境中的肿瘤细胞和成纤维细胞	数字病理学	肝癌	空间转录组学和单细胞转录组学	NA	转录组数据	分析了10个空间转录组和12个单细胞转录组样本，以及20个肝癌患者的肿瘤组织样本
4073	2024-09-16	Single-cell sequencing of the vermiform appendix during development identifies transcriptional relationships with appendicitis in preschool children 2024-Sep-12, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-024-03611-9 PMID:39267041	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了人类阑尾在发育过程中的转录特征，并探讨了其与学龄前儿童阑尾炎的关系	首次通过单细胞RNA测序揭示了阑尾发育过程中的细胞图谱，并发现了BMP信号通路在阑尾上皮发育中的潜在作用	研究样本量较小，且仅限于学龄前儿童，可能影响结果的普适性	深入了解人类阑尾的发育过程及其与学龄前儿童阑尾炎的关系	人类阑尾在胎儿、儿童及学龄前炎症阶段的细胞	数字病理学	阑尾炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	包括胎儿、儿童及学龄前炎症阶段的阑尾样本
4074	2024-09-16	Multi‑omics identification of a signature based on malignant cell-associated ligand-receptor genes for lung adenocarcinoma 2024-Sep-12, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-12911-5 PMID:39267056	研究论文	本文通过多组学分析，构建了一个基于恶性细胞相关配体-受体基因的肺腺癌预后标志物	本文通过结合10种机器学习算法，开发了一种新的计算框架，用于识别肺腺癌的预后标志物	NA	开发一种新的方法来评估肺腺癌患者的预后，并提供开发更有效免疫疗法的见解	肺腺癌的恶性细胞相关配体-受体基因	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	机器学习算法	基因组数据、转录组数据、免疫数据	317例免疫治疗患者
4075	2024-09-16	A novel spherical GelMA-HAMA hydrogel encapsulating APET×2 polypeptide and CFIm25-targeting sgRNA for immune microenvironment modulation and nucleus pulposus regeneration in intervertebral discs 2024-Sep-12, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-02783-z PMID:39267105	研究论文	研究开发了一种新型球形GelMA-HAMA水凝胶，用于调节免疫微环境并促进椎间盘髓核再生	首次使用球形GelMA-HAMA水凝胶封装APET×2多肽和CFIm25靶向sgRNA，用于治疗椎间盘退变	NA	探讨CFIm25在椎间盘退变中的作用，并开发新型治疗策略	椎间盘髓核细胞和小鼠模型	生物医学工程	脊柱疾病	CRISPR-Cas9, 单细胞转录组学, 高通量转录组学	NA	基因表达, 蛋白质表达, 细胞活性, 细胞迁移	小鼠椎间盘髓核细胞
4076	2024-09-16	Glucose deprivation-induced disulfidptosis in human nucleus pulposus cells: a novel pathological mechanism of intervertebral disc degeneration 2024-Sep-12, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-024-00528-4 PMID:39267140	研究论文	研究了葡萄糖剥夺诱导的人椎间盘髓核细胞中的二硫化物死亡，揭示了椎间盘退变的新病理机制	首次揭示了葡萄糖剥夺诱导的二硫化物死亡在椎间盘退变中的作用，并鉴定了一个新的二硫化物死亡相关细胞亚群	研究仅限于体外实验和单细胞RNA测序分析，缺乏体内实验验证	探讨葡萄糖剥夺诱导的二硫化物死亡在椎间盘退变中的病理机制	人椎间盘髓核细胞和椎间盘退变样本	数字病理学	椎间盘退变	RNA测序、单细胞RNA测序、全基因组DNA甲基化	机器学习	基因表达数据	一个正常样本和一个椎间盘退变样本
4077	2024-09-16	Identification of macrophage driver genes in fibrosis caused by different heart diseases based on omics integration 2024-Sep-12, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05624-7 PMID:39267173	研究论文	本研究利用单细胞转录组学和批量RNA测序分析，探讨了不同心脏病引起的纤维化中巨噬细胞驱动基因的关系	首次通过整合单细胞转录组学和批量RNA测序数据，揭示了四种心脏病中巨噬细胞介导的心肌纤维化的驱动基因，并验证了左心室辅助装置（LVAD）对心衰患者的治疗效果	NA	探讨不同心脏病引起的心肌纤维化中巨噬细胞的遗传病理生理机制	巨噬细胞在心肌纤维化中的作用及其驱动基因	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学、批量RNA测序	NA	转录组数据	四种心脏病（扩张型心肌病、缺血性心肌病、心肌梗死、心衰）的单细胞数据
4078	2024-09-16	Construction and validation of a TAMRGs prognostic signature for gliomas by integrated analysis of scRNA and bulk RNA sequencing data 2024-Sep-11, Brain research IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.brainres.2024.149237 PMID:39270996	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建并验证了一种基于肿瘤相关巨噬细胞相关基因的胶质瘤预后模型	首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建了一种新的预后模型，并验证了其在胶质瘤患者中的预后价值	NA	构建并验证一种基于肿瘤相关巨噬细胞相关基因的胶质瘤预后模型	胶质瘤患者的预后预测	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序和批量RNA测序	LASSO回归和多变量Cox回归分析	RNA测序数据	三个内部胶质瘤组织样本和TCGA-GTEx数据集
4079	2024-09-15	Spatial transcriptomics in pancreatic cancer: Advances, prospects and challenges 2024-Nov, Critical reviews in oncology/hematology DOI:10.1016/j.critrevonc.2024.104430 PMID:38942220	综述	本文综述了空间转录组学在胰腺癌研究中的进展、前景和挑战	空间转录组学技术整合了细胞位置和全转录表达信息，提供了对胰腺癌微环境中细胞亚型时空变化的详细观察	空间转录组学技术在胰腺癌中的临床应用场景和技术局限性仍需进一步探索	探讨空间转录组学在胰腺癌研究中的应用及其对肿瘤异质性和免疫微环境的理解	胰腺癌中的肿瘤细胞、基质细胞和免疫细胞	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
4080	2024-09-15	Identification of gene and protein signatures associated with long-term effects of COVID-19 on the immune system after patient recovery by analyzing single-cell multi-omics data using a machine learning approach 2024-Oct-03, Vaccine IF:4.5Q2 DOI:10.1016/j.vaccine.2024.126253 PMID:39182316	研究论文	本文通过分析单细胞多组学数据，使用机器学习方法识别与COVID-19长期免疫效应相关的基因和蛋白质特征	首次结合单细胞多组学数据和多种机器学习算法，系统分析了COVID-19康复患者免疫系统的长期变化	研究样本量较小，且仅限于COVID-19康复患者和健康对照组，未来需扩大样本量和研究范围	探究COVID-19康复患者免疫系统的长期变化及其分子机制	COVID-19康复患者和健康对照组的免疫细胞亚型及其多组学特征	机器学习	COVID-19	单细胞多组学分析	LASSO、MCFS、RF、CATBoost、XGBoost、决策树、k-近邻	单细胞RNA测序、表面蛋白、转录组	COVID-19康复患者和健康对照组，具体数量未明确提及