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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4001 | 2024-10-04 |
High-resolution Inference of Multiplexed Anti-HIV Gene Editing using Single-Cell Targeted DNA Sequencing
2024-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.24.576921
PMID:38328062
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研究论文 | 本文介绍了一种用于评估抗HIV基因治疗策略的高分辨率单细胞靶向DNA测序平台 | 开发了一种单细胞DNA测序平台,能够同时分析HIV基因组和50个宿主依赖因子基因,以评估多重基因编辑的效果 | 研究结果显示,在单个细胞中观察到多个位点的抗病毒基因编辑的情况很少 | 评估抗HIV基因治疗策略的疗效和治疗潜力 | HIV基因组和宿主依赖因子基因 | 基因编辑 | HIV感染 | 单细胞靶向DNA测序 | CRISPR-Cas9 | DNA序列 | 涉及小胶质细胞和原代单核细胞衍生的巨噬细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 4002 | 2024-10-04 |
Pediatric glioma immune profiling identifies TIM3 as a therapeutic target in BRAF fusion pilocytic astrocytoma
2024-Aug-13, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI177413
PMID:39137048
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研究论文 | 本文研究了儿童胶质瘤的免疫特征,并确定了TIM3作为BRAF融合型毛细胞星形细胞瘤的治疗靶点 | 首次在BRAF融合型毛细胞星形细胞瘤中发现了激活的微胶质细胞群MG-Act,并证明了TIM3在肿瘤微环境中的表达上调,以及抗TIM3治疗在MAPK驱动的低级别胶质瘤中的疗效 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,尚未进行临床试验 | 探讨儿童胶质瘤的免疫特征,并寻找新的治疗靶点 | 儿童胶质瘤,特别是BRAF融合型毛细胞星形细胞瘤 | 数字病理学 | 脑瘤 | 全转录组测序、单细胞测序、顺序多重免疫荧光 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 涉及人类和小鼠的胶质瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 4003 | 2024-10-04 |
Circadian control of tumor immunosuppression affects efficacy of immune checkpoint blockade
2024-Jul, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01859-0
PMID:38806707
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研究论文 | 研究昼夜节律对肿瘤免疫抑制的影响及其对免疫检查点阻断疗法效果的影响 | 首次揭示了昼夜节律对免疫抑制细胞丰度的调控作用,并展示了时间依赖的免疫检查点阻断疗法效果 | NA | 探讨昼夜节律对肿瘤免疫抑制的影响及其对免疫检查点阻断疗法效果的影响 | 结直肠癌模型中的免疫抑制细胞和细胞毒性CD8 T细胞 | NA | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4004 | 2024-10-04 |
Integrated analyses reveal the diagnostic and predictive values of COL5A2 and association with immune environment in Crohn's disease
2024-06, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-024-00276-5
PMID:38789829
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研究论文 | 研究通过综合分析揭示了COL5A2在克罗恩病中的诊断和预测价值及其与免疫环境的关联 | 首次揭示了COL5A2在克罗恩病中的诊断和预测价值,并探讨了其与免疫环境的关联 | 研究依赖于公开数据库的数据,可能存在数据质量和样本代表性的限制 | 探讨克罗恩病中免疫细胞异常及其与COL5A2的关联,以寻找潜在的诊断和预测标志物 | 克罗恩病患者的单细胞和批量RNA测序数据,以及COL5A2的表达和功能 | 数字病理学 | 消化系统疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),批量RNA测序(RNA-seq),免疫组化(IHC) | NA | RNA | 克罗恩病患者和对照组的RNA测序数据,具体样本数量未明确提及 | NA | NA | NA | NA |
| 4005 | 2024-10-04 |
Identification of Colorectal Cancer Cell Stemness from Single-Cell RNA Sequencing
2024-04-02, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-23-0468
PMID:38156967
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,识别结直肠癌中的癌症干细胞 | 提出了一个单细胞干细胞特征(SCS_sig),能够稳健地识别表达所有标记基因的结直肠癌干细胞 | SCS_sig评分在不同肿瘤间差异较大,反映了结直肠癌转录组的异质性 | 研究结直肠癌中的癌症干细胞及其与复发的关系 | 结直肠癌中的癌症干细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 6个原发性结肠肿瘤、9个肝转移肿瘤和11个正常对照样本 | NA | NA | NA | NA |
| 4006 | 2024-10-04 |
APP-CD74 axis mediates endothelial cell-macrophage communication to promote kidney injury and fibrosis
2024, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2024.1437113
PMID:39351084
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研究论文 | 研究揭示了APP-CD74轴在肾损伤和纤维化过程中介导内皮细胞与巨噬细胞之间的通信机制 | 首次揭示了APP-CD74轴在肾损伤修复过程中内皮细胞与巨噬细胞之间的重要通信作用 | 研究主要基于体外细胞共培养和小鼠模型,需要进一步的临床验证 | 探讨肾损伤修复过程中内皮细胞与巨噬细胞之间的复杂动态和多样性 | 肾损伤和纤维化过程中的内皮细胞与巨噬细胞 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序、Western blot分析、流式细胞术、免疫组化、免疫荧光染色 | NA | RNA | 使用了单侧输尿管梗阻(UUO)模型和肾缺血再灌注损伤(IRI)模型的数据,以及体外细胞共培养系统 | NA | NA | NA | NA |
| 4007 | 2024-10-04 |
Integrated analyses reveal IDO1 as a prognostic biomarker coexpressed with PD-1 on tumor-associated macrophages in esophageal squamous cell carcinoma
2024, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2024.1466779
PMID:39351094
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研究论文 | 研究探讨了IDO1在食管鳞状细胞癌(ESCC)肿瘤微环境中的表达模式及其对患者预后和治疗反应的影响 | 首次揭示了IDO1与PD-1在肿瘤相关巨噬细胞中的共表达,并探讨了其对化疗药物敏感性和免疫检查点阻断抵抗性的影响 | 研究样本量较小,且仅基于TCGA数据库和临床中心的数据,可能存在数据偏倚 | 研究IDO1在食管鳞状细胞癌中的表达及其对患者预后和治疗反应的影响 | 食管鳞状细胞癌患者及其肿瘤微环境中的IDO1表达 | 数字病理学 | 食管癌 | RNA测序、数字免疫组化、多重免疫荧光 | NA | RNA序列数据、图像 | 95名食管鳞状细胞癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 4008 | 2024-10-04 |
Identification and validation of ferroptosis-related biomarkers in intervertebral disc degeneration
2024, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2024.1416345
PMID:39351146
|
研究论文 | 本研究通过分析公共数据集和FerrDb数据库,鉴定并验证了与椎间盘退变相关的铁死亡相关生物标志物 | 本研究首次系统地鉴定了与椎间盘退变相关的铁死亡相关基因,并验证了其在疾病进展中的表达模式和潜在的免疫调节功能 | 本研究的样本量较小,且仅限于特定的公共数据集和数据库,未来需要更大规模和多样化的样本进行验证 | 揭示椎间盘退变中铁死亡的关键基因及其分子机制,为疾病的诊断和治疗提供新的靶点 | 椎间盘退变中的铁死亡相关基因及其在疾病进展中的表达和功能 | 生物信息学 | 骨科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 临床样本和鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 4009 | 2024-10-04 |
Differential modulation of mutant CALR and JAK2 V617F-driven oncogenesis by HLA genotype in myeloproliferative neoplasms
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1427810
PMID:39351227
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研究论文 | 研究HLA基因型对CALR突变和JAK2 V617F驱动的骨髓增殖性肿瘤(MPN)中癌症发生的影响 | 首次探讨了HLA基因型在CALR突变和JAK2 V617F驱动的MPN中的潜在作用,并发现HLA基因型对这两种突变驱动的癌症发生有不同的限制作用 | 研究样本量相对较小,且仅限于特定类型的MPN患者 | 探讨HLA基因型在CALR突变和JAK2 V617F驱动的MPN中的潜在作用 | CALR突变和JAK2 V617F驱动的MPN患者 | NA | 骨髓增殖性肿瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | 基因型数据 | 42名CALR突变阳性患者,158名JAK2 V617F阳性患者,1083名健康对照 | NA | NA | NA | NA |
| 4010 | 2024-10-04 |
From single-cell to spatial transcriptomics: decoding the glioma stem cell niche and its clinical implications
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1475235
PMID:39355251
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学技术,解析了胶质瘤干细胞微环境及其临床意义 | 首次全面描述了胶质瘤干细胞及其与髓源抑制细胞的相互作用,并开发了一种新的预后标志物GSCS | NA | 识别和表征胶质瘤干细胞,分析其与其他细胞类型的相互作用,并开发预后标志物 | 胶质瘤干细胞及其微环境中的细胞类型 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、基因调控网络分析、CellChat分析 | 机器学习算法 | RNA测序数据 | 44个原发性胶质瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 4011 | 2024-10-04 |
Machine learning-based identification of an immunotherapy-related signature to enhance outcomes and immunotherapy responses in melanoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1451103
PMID:39355255
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研究论文 | 本文开发了一种基于机器学习的免疫治疗相关基因模型(ITRGM)签名,用于预测黑色素瘤患者的免疫治疗反应和预后 | 本文通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)和多种机器学习算法,识别出66个共识免疫治疗预后基因(CITPGs),并构建了ITRGM签名,该签名在多个黑色素瘤队列中表现优于已发表的37个签名 | NA | 开发一种稳定的、强健的预测模型,用于将黑色素瘤患者分为'免疫热'和'免疫冷'肿瘤,以增强免疫治疗的效果和预后 | 黑色素瘤患者的免疫治疗反应和预后 | 机器学习 | 黑色素瘤 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA)、共识聚类、机器学习算法 | 机器学习模型 | RNA测序数据、病理切片 | 包括两个黑色素瘤队列、三个额外黑色素瘤队列、TCGA-SKCM队列以及八个其他癌症队列 | NA | NA | NA | NA |
| 4012 | 2024-10-04 |
Analyses of single-cell and bulk RNA sequencing combined with machine learning reveal the expression patterns of disrupted mitophagy in schizophrenia
2024, Frontiers in psychiatry
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fpsyt.2024.1429437
PMID:39355378
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研究论文 | 研究通过单细胞和批量RNA测序结合机器学习,揭示了精神分裂症中受损线粒体自噬的表达模式 | 发现了与精神分裂症发病相关的线粒体自噬特征基因,并构建了诊断模型 | NA | 探讨线粒体自噬与精神分裂症之间的关系,并开发新的诊断和治疗方法 | 精神分裂症患者的外周血和脑类器官的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 精神分裂症 | RNA测序 | 机器学习模型 | RNA测序数据 | 精神分裂症患者和健康对照的外周血和脑类器官样本 | NA | NA | NA | NA |
| 4013 | 2024-10-02 |
Bulk and single-cell transcriptomics identify gene signatures of stem cell-derived NK cell donors with superior cytolytic activity
2024-Dec-19, Molecular therapy. Oncology
DOI:10.1016/j.omton.2024.200870
PMID:39346765
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研究论文 | 研究通过批量和单细胞转录组学分析,识别出具有优越细胞毒性活性的干细胞衍生NK细胞供体的基因特征 | 首次通过批量和单细胞RNA测序,揭示了不同NK细胞供体在分化过程中的转录组特征差异,并定义了能够预测供体细胞毒性潜力的多因素基因表达特征 | 研究仅限于脐带血干细胞衍生的NK细胞,未涵盖其他来源的NK细胞 | 识别具有优越抗肿瘤活性的NK细胞供体,以支持有效的NK细胞疗法开发 | 脐带血干细胞衍生的NK细胞 | 数字病理学 | 癌症 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 10个脐带血干细胞衍生的NK细胞批次 | NA | NA | NA | NA |
| 4014 | 2024-10-02 |
Gene Regulatory Network Analysis of Decidual Stromal Cells and Natural Killer Cells
2024-Oct, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.)
DOI:10.1007/s43032-024-01653-1
PMID:39090334
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研究论文 | 本文分析了蜕膜基质细胞和自然杀伤细胞的基因调控网络,揭示了这些细胞在妊娠早期分化过程中的关键转录因子 | 首次对蜕膜基质细胞和自然杀伤细胞亚群进行了基因调控网络分析,并发现了新的蜕膜化驱动转录因子 | 研究基于第一孕期终止妊娠的单细胞转录组数据,可能无法完全代表正常妊娠过程 | 探讨蜕膜基质细胞和自然杀伤细胞在妊娠早期的分化机制及其与妊娠障碍的关系 | 蜕膜基质细胞和自然杀伤细胞 | NA | 妊娠障碍 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 第一孕期终止妊娠的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 4015 | 2024-10-02 |
Single-cell transcriptome analysis reveals the regulatory functions of islet exocrine cells after short-time obesogenic diet
2024-Oct, Endocrine
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s12020-024-03883-4
PMID:38806892
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析,探讨了高脂饮食诱导的早期肥胖中胰岛外分泌细胞亚型的调控功能 | 首次揭示了高脂饮食诱导的早期肥胖中胰岛外分泌细胞亚型的功能变化及其对胰岛素抵抗的影响 | 研究仅基于已发表的单细胞RNA测序数据,缺乏实验验证 | 探讨高脂饮食诱导的早期肥胖中胰岛外分泌细胞亚型的功能及其调控机制 | 高脂饮食诱导的早期肥胖中的胰岛外分泌细胞亚型 | 数字病理学 | 肥胖 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 26个细胞簇 | NA | NA | NA | NA |
| 4016 | 2024-10-02 |
Potential different immune phenotypes of macrophages in oral lichen planus by integrating immunofluorescence double staining and single-cell RNA sequencing
2024-Oct, Journal of dental sciences
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.jds.2024.03.002
PMID:39347036
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研究论文 | 本研究通过免疫荧光双染色和单细胞RNA测序技术,探讨了口腔扁平苔藓中巨噬细胞的不同免疫表型及其基因特征 | 结合免疫荧光双染色和单细胞RNA测序技术,首次全面揭示了口腔扁平苔藓中巨噬细胞的基因特征及其在炎症微环境中的作用 | 样本量较小,可能影响结果的普适性 | 研究口腔扁平苔藓中巨噬细胞的表型及其基因特征 | 口腔扁平苔藓中的巨噬细胞 | NA | 口腔扁平苔藓 | 免疫荧光双染色、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 11例口腔扁平苔藓组织样本和5例健康对照 | NA | NA | NA | NA |
| 4017 | 2024-10-02 |
Apigenin ameliorates lupus nephritis by inhibiting SAT3 signaling in CD8+ T cells
2024-Sep-30, Food & function
IF:5.1Q1
DOI:10.1039/d4fo02773f
PMID:39283308
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研究论文 | 研究了芹菜素通过抑制CD8+ T细胞中的SAT3信号通路改善狼疮性肾炎的效果 | 首次揭示了芹菜素通过抑制STAT3/IL-17信号通路减少CD8 T细胞招募巨噬细胞,从而改善狼疮性肾炎 | 研究仅在MRL/lpr小鼠模型和LN患者单细胞测序数据上进行,需要进一步在人体临床试验中验证 | 探讨芹菜素对狼疮性肾炎的治疗效果及其潜在机制 | 芹菜素对MRL/lpr小鼠和LN患者CD8+ T细胞的影响 | NA | 自身免疫性疾病 | 单细胞测序 | NA | 血液样本 | MRL/lpr小鼠模型和LN患者单细胞测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 4018 | 2024-10-02 |
Exploring tumor microenvironment in molecular subtyping and prognostic signatures in ovarian cancer and identification of SH2D1A as a key regulator of ovarian cancer carcinogenesis
2024-Sep-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38014
PMID:39347397
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研究论文 | 研究探讨了卵巢癌中的肿瘤微环境(TME)在分子分型和预后标志物中的作用,并识别出SH2D1A作为卵巢癌致癌的关键调节因子 | 首次通过共识聚类和机器学习技术构建了基于TME的卵巢癌预后模型,并发现SH2D1A在卵巢癌中的重要作用 | 研究主要基于体外实验和公共数据库数据,缺乏临床验证 | 探讨肿瘤微环境在卵巢癌分子分型和预后中的作用,并识别关键调节因子 | 卵巢癌肿瘤微环境、SH2D1A基因 | 数字病理学 | 卵巢癌 | RNA测序 | 机器学习模型 | RNA序列数据 | 使用了来自TCGA-OV、GSE26712、GSE102073、ICGC、EMTAB8107、GSE118828、GSE130000和GSE154600等多个数据集的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 4019 | 2024-10-02 |
Full-length single-cell BCR sequencing paired with RNA sequencing reveals convergent responses to pneumococcal vaccination
2024-Sep-28, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06823-0
PMID:39341987
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研究论文 | 本文介绍了一种从3'-barcoded单细胞RNA测序库中恢复配对的全长B细胞受体(BCR)可变区序列的方法,并应用于研究肺炎链球菌疫苗接种后的B细胞反应 | 开发了一种新的方法(B3E-seq),可以从广泛使用的3'-barcoded单细胞RNA测序库中恢复配对的全长BCR可变区序列 | NA | 研究肺炎链球菌疫苗接种后B细胞的反应 | B细胞受体(BCR)和单细胞RNA测序 | NA | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA序列 | 五只婴儿恒河猴 | NA | NA | NA | NA |
| 4020 | 2024-10-02 |
Metabolic and Immunological Implications of MME+CAF-Mediated Hypoxia Signaling in Pancreatic Cancer Progression: Therapeutic Insights and Translational Opportunities
2024-Sep-28, Biological procedures online
IF:3.7Q1
DOI:10.1186/s12575-024-00254-1
PMID:39342097
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术,识别了胰腺癌中表达MME的CAF亚群(MMECAF),并探讨了其在胰腺癌进展中的代谢和免疫学作用 | 首次识别并验证了MMECAF亚群在胰腺癌微环境中的独特作用,并开发了针对MMECAF的抑制剂IOX2,结合化疗和免疫疗法,显示出良好的抗肿瘤效果 | 研究主要集中在体外和动物实验,尚未进行临床试验验证其疗效 | 探讨MMECAF在胰腺癌进展中的作用,并开发新的治疗策略 | 胰腺癌中的MMECAF亚群及其在肿瘤微环境中的作用 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 涉及胰腺癌患者的样本,具体数量未明确提及 | NA | NA | NA | NA |