单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 7466 篇文献，本页显示第 3981 - 4000 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3981 | 2024-11-19 |
NitraTh epitope-based neoantigen vaccines for effective tumor immunotherapy
2024-Oct-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03830-2
PMID:39358493
|
研究论文 | 介绍了一种基于NitraTh表位的肿瘤新抗原疫苗设计方法，该方法不依赖于计算预测CD4 T细胞表位，并在肝癌小鼠模型中显著抑制了肿瘤进展 | 提出了一种新的NitraTh表位，不依赖于计算预测CD4 T细胞表位，成功设计出能引发强烈新抗原特异性免疫反应的肿瘤新抗原疫苗 | NA | 开发一种有效的新抗原疫苗设计方法，用于肿瘤免疫治疗 | 肿瘤新抗原疫苗及其在肝癌小鼠模型中的效果 | 肿瘤免疫治疗 | 肝癌 | 单细胞测序 | NA | NA | H22细胞异种移植和患者来源的异种移植（PDX）肝癌小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 3982 | 2024-11-19 |
A random survival forest-based pathomics signature classifies immunotherapy prognosis and profiles TIME and genomics in ES-SCLC patients
2024-Oct-03, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03829-9
PMID:39358575
|
研究论文 | 本文构建了一个基于随机生存森林的病理组学特征模型，用于分类广泛期小细胞肺癌患者的免疫治疗预后，并探索其与基因组学和肿瘤免疫微环境的关系 | 首次利用随机生存森林模型结合病理组学特征来预测广泛期小细胞肺癌患者的免疫治疗预后，并揭示了其与基因组学和肿瘤免疫微环境的潜在关联 | 研究样本量有限，且仅限于南京金陵医院的患者，研究结果的普适性有待进一步验证 | 探索广泛期小细胞肺癌患者免疫治疗预后的可靠生物标志物 | 广泛期小细胞肺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 下一代测序 | 随机生存森林 | 图像 | 118名接受一线免疫治疗的广泛期小细胞肺癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 3983 | 2024-11-19 |
Best practices for the execution, analysis, and data storage of plant single-cell/nucleus transcriptomics
2024-Mar-29, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koae003
PMID:38231860
|
评论 | 本文讨论了植物单细胞/单核转录组学实验、分析和数据存储的最佳实践 | 提出了改进可重复性、质量、可比性和解释性的通用指南 | NA | 提高植物单细胞转录组学数据的质量和可重复性 | 植物单细胞/单核转录组学数据 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3984 | 2024-11-19 |
Increased CD8+ tissue resident memory T cells, regulatory T cells and activated natural killer cells in systemic sclerosis lungs
2024-03-01, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/kead273
PMID:37310903
|
研究论文 | 研究系统性硬化症肺部组织中CD8+组织驻留记忆T细胞、调节性T细胞和活化自然杀伤细胞的增加 | 首次分析了系统性硬化症相关间质性肺病肺组织中的淋巴细胞亚群 | 样本量较小，仅包括13例系统性硬化症相关间质性肺病患者和6例健康对照 | 识别和分析系统性硬化症相关间质性肺病肺组织中的淋巴细胞亚群 | 系统性硬化症相关间质性肺病患者的肺组织和健康对照的肺组织 | NA | 系统性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 13例系统性硬化症相关间质性肺病患者和6例健康对照 | NA | NA | NA | NA |
| 3985 | 2024-11-19 |
Vulture: cloud-enabled scalable mining of microbial reads in public scRNA-seq data
2024-01-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giad117
PMID:38195165
|
研究论文 | 介绍了一种名为Vulture的可扩展云端管道，用于在公共单细胞RNA测序数据中进行微生物读取的挖掘 | Vulture比本地工具和现有云端工具更快，且在云端计算系统上成本更低，能够从大规模公共单细胞RNA测序数据中挖掘未知的宿主-微生物相互作用 | NA | 开发一种可扩展且经济的框架，用于从大规模公共单细胞RNA测序数据中挖掘宿主-微生物相互作用 | 单细胞RNA测序数据中的微生物读取 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 2个COVID-19患者、3个肝细胞癌患者和2个胃癌患者的公共测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 3986 | 2024-11-19 |
EAGS: efficient and adaptive Gaussian smoothing applied to high-resolved spatial transcriptomics
2024-01-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giad097
PMID:38373746
|
研究论文 | 本文提出了一种高效自适应高斯平滑（EAGS）方法，用于高分辨率空间转录组数据的插补 | EAGS方法通过自适应的双因子平滑，基于细胞的空间和表达信息创建模式，并利用这些模式为平滑过程创建自适应权重，从而恢复基因表达谱 | NA | 提高高分辨率空间转录组数据的信噪比和数据质量 | 高分辨率空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 高斯平滑 | NA | 空间转录组数据 | 小鼠大脑和嗅球的高分辨率空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 3987 | 2024-11-19 |
Deciphering spatial domains from spatially resolved transcriptomics with Siamese graph autoencoder
2024-01-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae003
PMID:38373745
|
研究论文 | 本文提出了一种名为SGAE的新框架，用于空间域识别，结合了Siamese图自编码器的优势，以改进空间转录组数据分析中的细胞聚类性能 | SGAE通过在样本和特征层面减少信息相关性，提高了表示的区分能力，从而解决了现有GNN方法中的表示崩溃问题 | NA | 解决空间转录组数据分析中细胞聚类的表示崩溃问题，提高聚类性能 | 空间转录组数据中的细胞聚类 | 机器学习 | NA | 图神经网络 (GNN) | Siamese图自编码器 | 空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3988 | 2024-11-19 |
Improved integration of single-cell transcriptome data demonstrates common and unique signatures of heart failure in mice and humans
2024-01-02, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giae011
PMID:38573186
|
研究论文 | 本文通过改进的单细胞转录组数据整合方法，比较了小鼠和人类心力衰竭的转录特征 | 提出了名为OrthoIntegrate的整合管道，能够独特地分配直系同源基因并合并不同物种的单细胞RNA测序数据 | 发现小鼠模型与人类心力衰竭患者之间存在独特的调控途径，表明两者之间的可比性有限 | 研究小鼠和人类心力衰竭的共同和独特转录特征，以提高疾病模型的相似性和预测价值 | 心力衰竭患者和小鼠的心脏组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 心力衰竭患者和小鼠的心脏组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 3989 | 2024-11-18 |
Discovering explainable biomarkers for breast cancer anti-PD1 response via network Shapley value analysis
2024-Dec, Computer methods and programs in biomedicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1016/j.cmpb.2024.108481
PMID:39488042
|
研究论文 | 本文提出了一种基于合作博弈理论的新型特征选择方法，用于识别乳腺癌免疫治疗反应的解释性生物标志物 | 本文创新性地将Shapley值分析应用于基因调控网络，以量化特征重要性，并通过网络扩展原则和节点邻接性来增强特征选择的可解释性 | NA | 旨在识别预测乳腺癌免疫治疗反应的生物标志物 | 乳腺癌患者的免疫治疗反应 | 机器学习 | 乳腺癌 | Shapley值分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3990 | 2024-11-18 |
Identification of feature genes in intestinal epithelial cell types
2024-Nov-15, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-024-00208-8
PMID:39542983
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了人和小鼠肠道不同细胞类型的特征基因，并通过免疫荧光染色和CRISPR/Cas9敲除技术探讨了这些基因在调节肠道上皮细胞增殖和分化中的作用 | 本研究不仅报道了多种肠道上皮细胞类型的新标记物，还阐明了相关基因在决定上皮细胞命运和维持干细胞稳态中的作用 | NA | 深入探索肠道上皮细胞的代表性标记物和转录因子，以进行全面的细胞命运轨迹分析 | 人和小鼠的肠道上皮细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序、免疫荧光染色、CRISPR/Cas9敲除 | NA | 基因表达数据 | 人和小鼠的肠道上皮细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 3991 | 2024-11-18 |
A multimodal zebrafish developmental atlas reveals the state-transition dynamics of late-vertebrate pluripotent axial progenitors
2024-Nov-14, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.09.047
PMID:39454574
|
研究论文 | 本文介绍了Zebrahub，一个整合了单细胞测序时间序列数据和光片显微镜重建的斑马鱼胚胎发育动态图谱 | Zebrahub提供了高分辨率和深入的分子洞察力，通过在十个发育阶段对单个胚胎进行测序，并重建细胞轨迹，同时包含一个交互式工具来导航复杂的细胞流动和谱系 | NA | 阐明生物体发育过程，全面理解细胞谱系在空间、时间和分子域中的变化 | 斑马鱼胚胎发育中的神经-中胚层前体细胞（NMPs）和联合肾-造血干细胞前体细胞的起源 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序，光片显微镜 | NA | 单细胞数据 | 十个发育阶段的单个斑马鱼胚胎 | NA | NA | NA | NA |
| 3992 | 2024-11-18 |
Machine learning-driven discovery of novel therapeutic targets in diabetic foot ulcers
2024-Nov-14, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-024-00955-z
PMID:39543487
|
研究论文 | 利用机器学习方法识别糖尿病足溃疡（DFU）中的治疗反应基因 | 首次通过机器学习方法识别出与DFU相关的关键基因SCUBE1和RNF103-CHMP3，并探讨了其在免疫调节和细胞通讯中的作用 | 研究结果需要在更大规模的队列中进行验证，并探索其在临床治疗中的应用潜力 | 通过机器学习方法识别糖尿病足溃疡中的潜在治疗靶点 | 糖尿病足溃疡患者的转录组数据和单细胞转录组数据 | 机器学习 | 糖尿病 | 转录组分析 | 机器学习算法 | 转录组数据 | 糖尿病足溃疡患者和健康对照的转录组数据，以及单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 3993 | 2024-11-18 |
Single-cell RNA sequencing reveals the landscape of the cellular ecosystem of primary hepatocellular carcinoma
2024-Nov-14, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-024-03574-0
PMID:39543644
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在原发性肝细胞癌（HCC）细胞生态系统中的应用 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了HCC细胞生态系统的复杂性和异质性 | NA | 理解HCC的发展并识别新的治疗靶点 | HCC细胞及其非恶性基质细胞的异质性和相互作用 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3994 | 2024-11-18 |
Comparison of functional characterization of cancer stem cells in different tumor tissues of pseudomyxoma peritonei
2024-Nov-14, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05730-6
PMID:39543711
|
研究论文 | 本研究比较了伪黏液瘤腹膜（PMP）患者不同肿瘤组织中癌症干细胞（CSCs）的功能特征 | 首次比较了PMP患者不同肿瘤组织中CSCs的增殖、迁移和抗炎能力 | 样本量较小，未涉及长期疗效和临床应用 | 研究PMP患者不同肿瘤组织中CSCs的生物学特性 | PMP患者的癌症干细胞（CSCs） | 数字病理学 | 腹膜肿瘤 | 单细胞mRNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因数据 | 涉及PMP患者的不同肿瘤组织中的CSCs | NA | NA | NA | NA |
| 3995 | 2024-11-18 |
Transcriptome-based network analysis related to regulatory T cells infiltration identified RCN1 as a potential biomarker for prognosis in clear cell renal cell carcinoma
2024-Nov-14, BioData mining
IF:4.0Q1
DOI:10.1186/s13040-024-00404-x
PMID:39543725
|
研究论文 | 研究通过转录组网络分析识别与调节性T细胞浸润相关的RCN1作为透明细胞肾细胞癌的潜在预后生物标志物 | 开发了一个与调节性T细胞浸润相关的预后模型，并发现RCN1在透明细胞肾细胞癌中的预后价值 | NA | 识别透明细胞肾细胞癌的预后标志物和治疗靶点 | 调节性T细胞在透明细胞肾细胞癌中的作用 | 生物信息学 | 肾癌 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA） | NA | 转录组数据 | TCGA-KIRC样本 | NA | NA | NA | NA |
| 3996 | 2024-11-18 |
Integrated single-cell transcriptomic analyses identify a novel lineage plasticity-related cancer cell type involved in prostate cancer progression
2024-Nov, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105398
PMID:39418984
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组分析，识别出一种与前列腺癌进展相关的新型细胞类型，该细胞类型具有谱系可塑性 | 首次识别出一种新型谱系可塑性相关的前列腺癌细胞类型，并揭示其在肿瘤进展中的关键作用 | NA | 识别并验证与前列腺癌进展相关的谱系可塑性相关细胞类型 | 前列腺癌细胞及其谱系可塑性 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 3314个样本和222,529个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 3997 | 2024-11-18 |
The development and application of cleavage under targets and tagmentation (CUT&Tag) technology
2024, Journal of biological methods
DOI:10.14440/jbm.2024.0017
PMID:39544184
|
综述 | 本文综述了CUT&Tag技术的发展及其在表观遗传学中的应用 | CUT&Tag技术能够快速检测染色质修饰和转录因子，并已适应于同时检测多种表观遗传修饰 | NA | 提供CUT&Tag及其衍生技术在表观遗传调控中的最新发展和应用概述 | 染色质结构、基因转录调控、表观遗传修饰 | 表观遗传学 | NA | CUT&Tag | NA | 基因组数据 | 不同物种的细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 3998 | 2024-11-17 |
RB1 Mutations Induce Smoking-Related Bladder Cancer by Modulating the Cytochrome P450 Pathway
2024-Dec, Environmental toxicology
IF:4.4Q1
DOI:10.1002/tox.24409
PMID:39239764
|
研究论文 | 研究探讨了RB1基因突变如何通过调节细胞色素P450途径促进吸烟相关的膀胱癌发生 | 首次揭示了RB1突变在吸烟相关膀胱癌中的作用机制，并阐明了其通过抑制细胞色素P450途径和调节肿瘤免疫微环境来驱动肿瘤发生 | 研究主要基于TCGA数据集和细胞实验，缺乏临床样本的验证 | 探讨吸烟引起的RB1突变与膀胱癌发生之间的关系及其分子机制 | RB1基因突变、细胞色素P450途径、膀胱癌细胞 | 数字病理学 | 膀胱癌 | RT-qPCR | NA | 转录组数据 | 使用了The Cancer Genome Atlas (TCGA) 数据集和细胞实验样本 | NA | NA | NA | NA |
| 3999 | 2024-11-17 |
STGAT: Graph attention networks for deconvolving spatial transcriptomics data
2024-Dec, Computer methods and programs in biomedicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1016/j.cmpb.2024.108431
PMID:39461117
|
研究论文 | 本文提出了一种名为STGAT的图注意力网络方法，用于解卷积空间转录组数据 | STGAT通过生成伪空间转录组数据和构建综合图，利用图注意力网络动态分配权重，显著提高了细胞类型组成的预测准确性 | NA | 提高空间转录组数据分析的分辨率和准确性 | 空间转录组数据和单细胞RNA测序数据的整合与解卷积 | 数字病理学 | NA | 图注意力网络 | 图注意力网络 | 空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4000 | 2024-11-17 |
Integrating transcriptomic data and digital pathology for NRG-based prediction of prognosis and therapy response in gastric cancer
2024-Dec, Annals of medicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1080/07853890.2024.2426758
PMID:39527470
|
研究论文 | 本文研究了非凋亡性细胞死亡相关基因（NRG）在胃癌（GC）中的预后和治疗反应预测作用，并开发了一种基于深度学习的模型 | 首次将转录组数据与数字病理学结合，构建NRG特征并开发深度学习模型，用于胃癌患者的预后和治疗反应预测 | NA | 研究非凋亡性细胞死亡相关基因在胃癌中的预后和治疗反应预测作用 | 胃癌患者的转录组数据和数字病理学图像 | 数字病理学 | 胃癌 | RNA-seq | ResNet50 | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |