单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
381	2025-06-03	Direct programming of human pluripotent stem cells into endothelial progenitors with SOX17 and FGF2 2024-04-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.02.006 PMID:38518781	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，发现SOX17在人类多能干细胞向内皮祖细胞分化中的关键作用，并证明SOX17过表达结合FGF2处理可高效生成内皮祖细胞	揭示了SOX17在人类多能干细胞向内皮祖细胞分化中的新作用，并开发了一种高效生成内皮祖细胞的方法	未探讨SOX17过表达对其他细胞类型分化的潜在影响	研究转录因子在人类多能干细胞向内皮祖细胞分化中的作用	人类多能干细胞(hPSCs)和内皮祖细胞(EPs)	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序, CRISPR-Cas13d	NA	RNA测序数据	NA
382	2025-06-03	MSX1+PDGFRAlow limb mesenchyme-like cells as an efficient stem cell source for human cartilage regeneration 2024-03-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.02.001 PMID:38428414	research paper	该研究识别并表征了具有显著骨软骨再生和微环境适应能力的MSX1间充质祖细胞，并开发了一种从人多能干细胞生成MSX1+PDGFRAlow肢体间充质样细胞（LML）的策略，用于人类软骨再生	发现了MSX1间充质祖细胞中的PDGFRA亚群具有最强的骨软骨能力，并成功从人多能干细胞生成LML细胞用于软骨再生	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的有效性和安全性尚需进一步验证	寻找更有效的干细胞来源用于人类软骨再生	MSX1间充质祖细胞和从人多能干细胞生成的LML细胞	再生医学	骨退行性疾病	单细胞测序	小鼠损伤模型	基因表达数据	NA
383	2025-06-03	Activated mesenchymal stem/stromal cells promote myeloid cell differentiation via CCL2/CCR2 signaling 2024-03-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.02.002 PMID:38428413	研究论文	本研究探讨了间充质干细胞/基质细胞（MSCs）通过CCL2/CCR2信号通路对造血干细胞/祖细胞（HSPCs）及其祖细胞分化的影响	揭示了MSCs分泌的CCL2在髓系细胞分化早期阶段的重要作用，并通过单细胞RNA测序分析在人类骨髓细胞中验证了这一发现	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步扩展	探究MSCs通过CCL2/CCR2信号通路对HSPCs及其祖细胞分化的调控机制	小鼠和人类的造血干细胞/祖细胞（HSPCs）及间充质干细胞/基质细胞（MSCs）	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
384	2025-06-03	ER stress and lipid imbalance drive diabetic embryonic cardiomyopathy in an organoid model of human heart development 2024-03-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.01.003 PMID:38335962	研究论文	使用人类心脏类器官系统模拟胚胎心脏发育，研究糖尿病对先天性心脏缺陷的影响	首次使用人类心脏类器官系统模拟糖尿病条件下的胚胎心脏发育，揭示了内质网应激和脂质代谢失衡在糖尿病胚胎心肌病中的作用	研究结果仍需在更复杂的体内模型中验证	探究糖尿病对胚胎心脏发育的影响机制	人类心脏类器官	发育生物学	先天性心脏病	scRNA-seq, 脂质组学	人类心脏类器官系统	基因表达数据, 脂质组数据	NA
385	2025-06-03	SinCMat: A single-cell-based method for predicting functional maturation transcription factors 2024-02-13, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2023.12.006 PMID:38215756	research paper	本文提出了一种基于单细胞RNA测序的计算方法SinCMat，用于预测功能成熟转录因子	SinCMat是首个专门考虑功能性细胞成熟过程的计算方法，能够识别身份转录因子和信号依赖性转录因子对，共同驱动功能成熟的基因	NA	旨在生成组织特异性成熟和功能性细胞，推动再生医学的发展	功能成熟转录因子	computational biology	NA	single-cell RNA sequencing (RNA-seq)	NA	RNA-seq data	大规模应用于Mouse Cell Atlas和Tabula Sapiens数据集
386	2025-06-02	Multifactoral immune modulation potentiates durable remission in multiple models of aggressive malignancy 2024-May-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202302675R PMID:38738472	研究论文	研究报道了一种独特的免疫调节和细胞抑制剂组合，能够重塑肿瘤微环境并消除多种复杂和/或预后不良的肿瘤类型	提出了一种针对多种肿瘤模型的多因素免疫调节策略，显示出持久的抗肿瘤效果	研究结果主要基于动物模型，尚未在临床试验中得到验证	探索多因素免疫调节策略在治疗多种恶性肿瘤中的效果	非免疫原性4T-1三阴性乳腺癌模型、侵袭性MOC-2头颈鳞癌模型和高风险MYCN扩增神经母细胞瘤模型	肿瘤免疫治疗	三阴性乳腺癌、头颈鳞癌、神经母细胞瘤	scRNA-seq	NA	基因表达数据	多种肿瘤模型动物
387	2025-06-02	CoCo-ST: Comparing and Contrasting Spatial Transcriptomics data sets using graph contrastive learning 2024-May-20, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4359834/v1 PMID:38826463	研究论文	提出了一种名为CoCo-ST的图对比学习特征表示方法，用于比较和对比空间转录组数据集，以克服传统特征降维方法的局限性	通过结合代表正常组织的背景数据集，增强了在代表癌前组织的目标数据集中识别有趣模式的能力，同时减少了背景和目标数据集共享的显性共同模式的影响	NA	改进空间转录组数据的特征表示方法，以更好地识别生物相关特征	小鼠癌前肺组织样本的空间转录组数据	生物信息学	肺癌	空间转录组学	图对比学习	空间转录组数据	NA
388	2025-06-01	Dominant immune tolerance in the intestinal tract imposed by RelB-dependent migratory dendritic cells regulates protective type 2 immunity 2024-10-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53112-9 PMID:39443450	研究论文	本研究揭示了在小肠固有层中，NF-κB家族成员RelB对隐窝斑和孤立淋巴滤泡相关树突状细胞（CIA-DCs）分化的必要性，并发现RelB缺陷的常规树突状细胞（cDCs）通过释放趋化因子CCL22促进与调节性T细胞（Treg）的相互作用，从而调控肠道免疫耐受	首次发现RelB在小肠树突状细胞中的关键作用，及其通过CCL22调控DC-Treg细胞相互作用的机制	研究主要关注RelB在小肠免疫调控中的作用，未涉及其他组织或器官的免疫调节机制	探究RelB在树突状细胞中对肠道免疫耐受的调控作用	隐窝斑和孤立淋巴滤泡相关树突状细胞（CIA-DCs）及调节性T细胞（Treg）	免疫学	肠道感染	单细胞RNA测序	DC特异性RelB敲除动物模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
389	2025-06-01	Overloading And unpacKing (OAK) - droplet-based combinatorial indexing for ultra-high throughput single-cell multiomic profiling 2024-10-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53227-z PMID:39443484	research paper	本文介绍了一种名为OAK的高通量单细胞多组学分析方法，通过液滴条形码系统和组合索引技术提高效率	OAK方法结合了液滴条形码系统和组合索引技术，显著提高了单细胞多组学分析的效率和通量	NA	开发一种高效的单细胞多组学分析方法	单细胞RNA测序、单核RNA测序和可及染色质分析	单细胞测序技术	黑色素瘤	液滴条形码系统、组合索引技术	NA	单细胞多组学数据	超过40万个黑色素瘤细胞
390	2025-06-01	IL-1β-induced epithelial cell and fibroblast transdifferentiation promotes neutrophil recruitment in chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2024-10-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53307-0 PMID:39438439	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了IL-1β诱导的上皮细胞和成纤维细胞转分化在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中促进中性粒细胞募集的机制	发现了两种IL-1信号诱导的细胞亚群（LY6D club细胞和IDO1成纤维细胞）通过释放特定趋化因子促进中性粒细胞募集的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证可能有限	探究CRSwNP中中性粒细胞炎症的分子机制及潜在治疗靶点	人类鼻黏膜组织（下鼻甲、中鼻甲和鼻息肉）及LPS诱导的CRSwNP小鼠模型	免疫学	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LPS诱导的小鼠CRSwNP模型	RNA测序数据	CRSwNP患者的多部位鼻黏膜组织
391	2025-06-01	Single-cell sequencing reveals immune features of treatment response to neoadjuvant immunochemotherapy in esophageal squamous cell carcinoma 2024-10-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52977-0 PMID:39438438	研究论文	通过单细胞测序技术揭示了食管鳞状细胞癌新辅助免疫化疗治疗反应的免疫特征	揭示了CXCL13CD8 Tex细胞作为新辅助免疫化疗反应改善的预测因子，并发现CXCL13可增强体内抗PD-1疗效	未明确说明样本量是否足够大以支持广泛结论	探索影响食管鳞状细胞癌对新辅助免疫化疗反应的因素	接受新辅助免疫化疗治疗的食管鳞状细胞癌患者组织	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序与T细胞受体测序配对	NA	单细胞测序数据	未明确说明具体样本数量
392	2025-06-01	Activation-Induced Marker Assay to Identify and Isolate HCV-Specific T Cells for Single-Cell RNA-Seq Analysis 2024-10-17, Viruses DOI:10.3390/v16101623 PMID:39459954	研究论文	开发了一种激活诱导标记（AIM）检测方法，用于检测、分选和单细胞RNA测序分析HCV特异性T细胞	利用AIM方法高灵敏度检测稀有抗原特异性T细胞，不受MHC多聚体可用性的限制	仅在一个受试者中进行了验证，样本量较小	开发一种新方法来识别和分离HCV特异性T细胞，用于单细胞RNA测序分析	HCV特异性T细胞	免疫学	丙型肝炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据和T细胞受体（TCR）使用数据	1名受试者的HCV特异性T细胞
393	2025-06-01	Putting proteins in context 2024-Oct-16, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.09.009 PMID:39418999	research paper	该论文介绍了一种名为PINNACLE的几何深度学习方法，用于生成蛋白质的上下文表示	通过结合蛋白质相互作用和多器官单细胞转录组学分析，生成具有生物或环境背景的蛋白质表示	NA	解决蛋白质表示缺乏生物或环境背景的问题	蛋白质	machine learning	NA	几何深度学习，单细胞转录组学	PINNACLE	蛋白质相互作用数据，单细胞转录组数据	NA
394	2025-06-01	Unraveling the Prefrontal Cortex-Basolateral Amygdala Pathway's Role on Schizophrenia's Cognitive Impairments: A Multimodal Study in Patients and Mouse Models 2024-07-27, Schizophrenia bulletin IF:5.3Q1 DOI:10.1093/schbul/sbae063 PMID:38811350	研究论文	本研究通过多模态方法探讨了内侧前额叶皮层-基底外侧杏仁核通路在精神分裂症相关认知障碍中的作用	揭示了mPFC-BLA通路在认知障碍中的关键作用，并提出了血液外泌体mRNA作为非侵入性生物标志物的新诊断方法	研究结果主要基于小鼠模型，需要进一步在人类患者中验证	探究精神分裂症相关认知障碍的神经机制	精神分裂症患者和小鼠模型	神经科学	精神分裂症	临床量表、磁共振成像、单细胞RNA测序、光遗传学	甲基偶氮氧甲醇乙酸酯诱导的小鼠模型	影像数据、基因表达数据、行为数据	精神分裂症患者和健康对照者，以及6周大的小鼠模型
395	2025-05-31	Reprogramming of epidermal keratinocytes by PITX1 transforms the cutaneous cellular landscape and promotes wound healing 2024-Dec-20, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182844 PMID:39480496	研究论文	研究探讨了转录因子PITX1在表皮角质形成细胞中的重编程作用及其对伤口愈合的促进作用	首次揭示了PITX1通过重编程表皮角质形成细胞的身份和细胞间通讯，模拟口腔组织特性并促进伤口愈合	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类组织中进行验证	阐明PITX1在口腔角质形成细胞特性建立和伤口愈合能力中的作用机制	小鼠皮肤和口腔（颊）黏膜的表皮角质形成细胞	细胞生物学	伤口愈合障碍	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠皮肤和口腔黏膜组织样本
396	2025-05-31	Flotillin-2 dampens T cell antigen sensitivity and functionality 2024-Dec-20, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182328 PMID:39499901	研究论文	研究发现Flotillin-2（Flot2）蛋白通过调节T细胞表面TCR的聚集来调控T细胞对抗原的敏感性和功能	首次揭示Flot2通过调控TCR纳米簇的形成来调节T细胞对抗原的敏感性，从而影响T细胞的功能	研究主要关注Flot2在CD4+ T细胞中的作用，对其他T细胞亚群的影响尚不明确	探究Flot2在T细胞抗原敏感性和功能调控中的作用机制	Flot2缺陷型T细胞和野生型T细胞	免疫学	癌症和慢性感染	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、超分辨率显微镜	Flot2基因敲除小鼠模型	基因表达数据、显微镜图像数据	Flot2缺陷型和野生型CD4+ T细胞
397	2025-05-31	Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy 2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.11.628020 PMID:39763850	研究论文	该研究通过单核RNA测序和空间转录组学分析，揭示了心律失常性心肌病（ACM）中炎症-纤维化微环境的作用，并探索了抗IL-1β治疗的潜在益处	首次在ACM中鉴定出炎症-纤维化微环境，并证明抗IL-1β治疗可以减轻纤维化、改善心脏功能	研究主要基于小鼠模型，人类样本数量有限，需要进一步临床验证	探索ACM疾病进展的分子机制并寻找潜在治疗靶点	ACM患者心肌样本和Desmoglein-2突变小鼠模型	心血管疾病研究	心律失常性心肌病	单核RNA测序（snRNAseq）、空间转录组学	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	ACM患者心肌样本和对照供体样本（具体数量未明确说明），以及Desmoglein-2突变小鼠
398	2025-05-31	Estimating and correcting index hopping misassignments in single-cell RNA-seq data 2024-Dec-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.21.619353 PMID:39484535	研究论文	本文提出了一种估计和纠正单细胞RNA测序数据中索引跳跃误分配的方法	开发了一种简单的计算方法来估计和纠正索引跳跃率，通过量化不同细胞类型中误分配的基因	该方法依赖于细胞具有不同的表达谱，可能不适用于表达谱相似的细胞群体	解决单细胞RNA测序数据中索引跳跃导致的读段误分配问题	小鼠皮肤细胞的混合群体	单细胞RNA测序	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	1152个细胞
399	2025-05-31	scTrends: A living review of commercial single-cell and spatial 'omic technologies 2024-Dec-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100723 PMID:39667347	综述	本文提供了一个关于商业单细胞和空间组学技术的动态综述，涵盖从基础技术到新兴方法的关键方法和趋势	动态更新商业单细胞和空间组学技术的最新进展，强调可能扩展药物研究数据生成范围的新兴方法	主要关注商业平台，可能未涵盖所有学术或实验性技术	理解和导航单细胞及空间组学技术在生物医学研究和药物开发中的商业化和应用	商业单细胞和空间组学技术平台	生物医学研究	NA	单细胞技术、空间转录组学、微流控技术、组合索引、下一代测序	NA	组学数据	NA
400	2025-05-31	Synovial tissue myeloid dendritic cell subsets exhibit distinct tissue-niche localization and function in health and rheumatoid arthritis 2024-12-10, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.11.004 PMID:39609125	research paper	该研究通过单细胞和空间转录组学分析，揭示了类风湿性关节炎（RA）患者滑膜组织中树突状细胞（DC）亚群的分布和功能差异	发现了健康与RA患者滑膜组织中DC亚群的不同分布和功能，特别是在活跃RA中发现了炎症性DC3s和CCR7 DC2s的新作用	研究未涉及如何实际恢复耐受性DC2s或靶向致病性DC3s的具体治疗方法	探索RA患者滑膜组织中DC亚群的功能和分布，以寻找恢复免疫耐受的新途径	人类滑膜组织中的树突状细胞（DC）亚群	免疫学	类风湿性关节炎	单细胞转录组学、空间转录组学、共培养系统	NA	转录组数据	NA