单细胞与空转测序相关文章

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序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量	平台公司	平台技术	具体产品	平台详情
21	2026-02-06	MEF2C Hypofunction in GABAergic Cells Alters Sociability and Prefrontal Cortex Inhibitory Synaptic Transmission in a Sex-Dependent Manner 2024-Mar, Biological psychiatry global open science DOI:10.1016/j.bpsgos.2024.100289 PMID:38390348	研究论文	本研究探讨了GABA能细胞中MEF2C功能减退如何以性别依赖的方式影响小鼠的社交行为和前额叶皮层抑制性突触传递	首次在GABA能细胞中特异性操纵Mef2c杂合性，揭示了其在雌性小鼠中导致社交偏好缺陷和抑制性神经元功能异常的性别特异性效应	研究仅在小鼠模型中进行，未直接验证人类MCHS患者中的类似机制，且样本量可能有限	探究MEF2C功能减退在GABA能神经元中对MCHS样表型的影响，特别是社交行为和神经环路功能	小鼠模型，特别是GABA能细胞中Mef2c杂合性的雌雄个体	神经科学	自闭症谱系障碍	单细胞转录组学、膜片钳电生理学、光遗传学、脑电图	小鼠遗传模型	基因表达数据、电生理记录、行为数据	未明确指定，但涉及雌雄小鼠的多个实验组	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
22	2026-02-06	Digital spatial profiling of segmental outflow regions in trabecular meshwork reveals a role for ADAM15 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0298802 PMID:38394161	研究论文	本研究利用空间转录组学方法，识别了与人类小梁网高流出和低流出区域相关的基因，特别是ADAM15在调节房水流出中的作用	首次应用数字空间分析技术于小梁网分段流出区域，揭示了ADAM15等基因在房水流出调控中的新角色	研究基于器官培养的人类前段样本，可能无法完全模拟体内条件，且样本量有限	探索小梁网中与房水流出相关的基因表达差异，以理解分段流出的分子机制	人类小梁网的高流出和低流出区域	空间转录组学	青光眼	空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA	NanoString	空间转录组学	GeoMx Digital Spatial Profiler	NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler平台用于石蜡包埋组织切片
23	2026-02-06	Sphingosine 1-phosphate receptor 2 in keratinocytes plays a key role in reducing inflammation in psoriasis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1469829 PMID:39391307	研究论文	本研究探讨了角质形成细胞中S1PR2在银屑病炎症中的关键作用，发现其通过抑制Th17细胞募集来减轻炎症	首次研究了S1PR2在银屑病中的作用，揭示了其作为下调因子抑制Th17细胞招募的新机制	研究基于小鼠模型，可能无法完全反映人类银屑病的复杂性	研究S1PR2在银屑病发病机制中的作用	S1pr2fl/fl K14-Cre小鼠和野生型小鼠的皮肤组织	数字病理学	银屑病	空间转录组学, RT-qPCR, 流式细胞术	NA	转录组数据, 基因表达数据, 细胞表型数据	使用S1pr2fl/fl K14-Cre小鼠和野生型小鼠进行IMQ诱导的银屑病样炎症实验	NA	空间转录组学	NA	NA
24	2026-02-05	A novel biomarker of COVID-19: MMP8 emerged by integrated bulk RNAseq and single-cell sequencing 2024-12-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-82227-8 PMID:39730651	研究论文	本研究通过整合bulk RNA-seq和单细胞测序数据，识别出MMP8作为COVID-19的新型生物标志物和潜在治疗靶点	首次通过整合bulk RNA-seq和单细胞测序数据，揭示MMP8在COVID-19严重患者中的上调表达及其在炎症信号通路中的核心作用	未明确说明样本的具体数量或来源，且研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索COVID-19的病理进展和分子变化，以解决其诊断和治疗问题	健康供体、非重症和重症COVID-19患者的bulk RNA-seq数据，以及单细胞测序数据	生物信息学	COVID-19	bulk RNA-seq, 单细胞测序	NA	RNA-seq数据	NA	NA	bulk RNA-seq, 单细胞测序	NA	NA
25	2026-02-05	Imaging spatial transcriptomics reveals molecular patterns of vulnerability to pathology in a transgenic α-synucleinopathy model 2024-Dec-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.31.606032 PMID:39372781	研究论文	本研究利用成像空间转录组学技术，结合免疫荧光分析，在转基因α-突触核蛋白病小鼠模型中揭示了特定神经元亚型对病理的易感性及其分子机制	首次将成像空间转录组学与下游免疫荧光技术结合，在同一组织切片中识别出易受α-突触核蛋白磷酸化病理影响的神经元亚型，并揭示了相关转录调控机制	研究基于转基因小鼠模型，可能无法完全模拟人类疾病的所有特征，且样本量未明确说明	探究帕金森病和路易体痴呆中α-突触核蛋白病理选择性易感性的分子基础	转基因过表达人类α-突触核蛋白的小鼠模型中的皮层和海马神经元	数字病理学	帕金森病	成像空间转录组学，免疫荧光	NA	空间转录组数据，图像数据	NA	NA	空间转录组学	NA	NA
26	2026-02-05	Machine learning identifies activation of RUNX/AP-1 as drivers of mesenchymal and fibrotic regulatory programs in gastric cancer 2024-06-25, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278565.123 PMID:38777607	研究论文	本研究利用ATAC-seq和RNA-seq数据，通过机器学习方法识别了胃癌中驱动间质和纤维化调控程序的关键转录因子，特别是RUNX/AP-1的激活	开发了一种基于ATAC-seq数据的机器学习方法，首次系统性地确定了胃癌中间质和上皮状态的转录因子驱动者，并揭示了拷贝数变异如何影响这些转录因子的失调	NA	探究胃癌中间质表型的调控机制，识别驱动胃癌异质性和进展的关键转录因子	胃癌细胞系和原发性肿瘤样本	机器学习	胃癌	ATAC-seq, RNA-seq	机器学习方法	基因组和转录组数据	NA	NA	ATAC-seq, RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	NA
27	2026-02-05	ScSNViz: a user-friendly toolset for visualization and analysis of Cell-Specific Expressed SNVs 2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.31.596816 PMID:38895293	研究论文	本文介绍了一个名为scSNViz的R语言工具集，用于可视化和分析单细胞RNA测序数据中的细胞特异性表达单核苷酸变异	scSNViz是首个提供3D sceSNV可视化功能、兼容主流scRNA-seq处理工具（如Seurat、SingleR、scType）并支持轨迹推断（如Slingshot）的综合性工具集，填补了单细胞水平遗传变异分析工具的空缺	工具依赖于R环境，可能对非编程用户有一定学习曲线，且未提及处理大规模数据时的性能优化	开发一个用户友好的工具集，以可视化和分析单细胞RNA测序数据中的细胞特异性表达单核苷酸变异，促进对细胞异质性、克隆进化和基因表达调控的理解	单细胞RNA测序数据中的细胞特异性表达单核苷酸变异	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
28	2026-02-05	β-cell Jagged1 is sufficient but not necessary for islet Notch activity and insulin secretory defects in obese mice 2024-Mar, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2024.101894 PMID:38311286	研究论文	本研究探讨了Jagged1在肥胖小鼠胰岛Notch信号通路中的作用及其对胰岛素分泌缺陷的影响	首次通过单细胞RNA测序和遗传学模型，揭示了β细胞Jagged1在肥胖诱导的Notch信号激活中的充分性而非必要性	遗传功能丧失实验表明β细胞可能不是Jagged1信号的主要来源，限制了靶向β细胞Jagged1的治疗潜力	研究肥胖小鼠中β细胞Jagged1表达是否决定Notch信号异常及胰岛素分泌缺陷	高脂饮食或瘦素受体缺陷小鼠、2型糖尿病患者胰岛、诱导性β细胞特异性Jagged1转基因和功能缺失小鼠	糖尿病研究	2型糖尿病	单细胞RNA测序、葡萄糖耐量测试、葡萄糖刺激胰岛素分泌测定	转基因小鼠模型、功能缺失模型	基因表达数据、生理功能数据	未明确样本数量，但涉及多种小鼠模型和人类胰岛样本	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
29	2026-02-03	Single-cell RNA sequencing comparison of the human metastatic prostate spine tumor microenvironment 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102805 PMID:38341849	研究论文	本文提出了一种从前列腺癌患者临床样本中，从手术室到实验台进行单细胞处理的方案，并比较了人类转移性前列腺脊柱肿瘤的微环境	针对脊柱肿瘤组织异质性高、难以处理的特点，开发了从手术室到实验台的单细胞处理方案，用于骨性脊柱转移瘤的研究	NA	开发用于临床样本单细胞组学研究的方案，以识别预后标志物和治疗靶点	前列腺癌患者的脊柱转移瘤临床样本	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
30	2026-02-03	A deep learning adversarial autoencoder with dynamic batching displays high performance in denoising and ordering scRNA-seq data 2024-Mar-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109027 PMID:38361616	研究论文	本文提出了一种名为动态批处理对抗自编码器（DB-AAE）的深度神经网络生成框架，用于有效去噪和排序单细胞RNA测序数据	DB-AAE直接捕获输入数据中的最优特征，增强特征保留能力，包括细胞类型特异性基因表达模式，并在去噪准确性和生物信号保留方面优于其他方法	NA	提高单细胞RNA测序数据的去噪质量和下游分析的可靠性	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	对抗自编码器	基因表达数据	NA	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
31	2026-02-03	Exercise mitigates flow recirculation and activates metabolic transducer SCD1 to catalyze vascular protective metabolites 2024-02-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj7481 PMID:38354249	研究论文	本研究探讨了运动如何通过减少血流再循环并激活内皮SCD1酶来催化保护性脂质代谢物，从而改善血管健康	首次揭示了运动通过调节血流动力学（如减少主动脉弓小弯处的血流再循环）并激活内皮SCD1酶，催化产生抗炎脂质代谢物（油酸和棕榈油酸），为血管保护提供新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证；且SCD1的具体信号通路和长期效应需进一步探索	探究运动如何通过代谢转换器SCD1介导血管保护作用，并阐明其与血流动力学变化的关联	野生型小鼠、内皮特异性SCD1敲除小鼠、高脂饮食小鼠以及主动脉内皮细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	非靶向代谢组学分析、单细胞转录组学、计算机模拟分析、腺病毒转染	NA	代谢组数据、转录组数据、血流动力学模拟数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）	NA	单细胞转录组学	NA	NA
32	2026-01-29	Epigenomic, transcriptomic and proteomic characterizations of reference samples 2024-Sep-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.09.612110 PMID:39314461	研究论文	本研究通过ATAC-seq、Methyl-seq、RNA-seq和蛋白质组学分析，全面表征了乳腺癌细胞系和配对B细胞系的表观基因组、转录组和蛋白质组景观，提供了多组学参考材料	首次为两种细胞系提供了包括表观基因组和蛋白质组在内的全面多组学参考数据，填补了现有参考材料在表观组学和蛋白质组学方面的空白	研究仅基于两种细胞系，可能无法完全代表更广泛的生物样本多样性	开发和验证用于下一代测序技术和临床应用的参考标准材料	乳腺癌细胞系和配对的B细胞系	多组学分析	乳腺癌	ATAC-seq, Methyl-seq, RNA-seq, 蛋白质组学分析, 全基因组测序, HiC, scRNA-seq	NA	基因组、表观基因组、转录组、单细胞RNA-seq和蛋白质组数据	两种细胞系（乳腺癌细胞系和配对B细胞系）	Illumina, PacBio, Nanopore	全基因组测序, HiC, 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, 甲基化测序, RNA-seq, 蛋白质组学	NA	NA
33	2026-01-29	Single-cell RNA sequencing data locate ALDH1A2-mediated retinoic acid synthetic pathway to glomerular parietal epithelial cells 2024, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.) DOI:10.3389/ebm.2024.10167 PMID:39360029	综述	本文通过挖掘小鼠和人类肾脏的单细胞及单核RNA测序数据库，发现肾小球壁层上皮细胞（PECs）表达全谱的视黄酸合成相关基因，并定位了ALDH1A2介导的视黄酸合成通路，探讨了其在肾脏生理和病理中的潜在作用	首次利用单细胞及单核RNA测序数据，系统性地将ALDH1A2介导的视黄酸合成通路定位到肾小球壁层上皮细胞，并揭示了该通路在多种肾脏疾病模型及患者中的表达变化	本文主要基于数据挖掘和生物信息学分析，提出的假说（即PECs中ALDH1A2介导的视黄酸合成在肾脏中发挥未定义的作用且其失调介导损伤）仍需通过条件性基因敲除、RNA沉默及转基因小鼠模型等实验进行验证	阐明ALDH1A2介导的视黄酸合成通路在肾脏（特别是肾小球壁层上皮细胞）中的定位、表达调控及其在肾脏生理和病理（如肾小球肾炎、急性肾损伤、慢性肾病等）中的潜在作用	小鼠和人类肾脏组织，特别是肾小球壁层上皮细胞（PECs）	数字病理学	肾脏疾病（包括肾小球肾炎、急性肾损伤、慢性肾病、糖尿病肾病、局灶节段性肾小球硬化、多囊肾病等）	单细胞RNA测序，单核RNA测序，Spearman秩相关系数分析，基因本体通路分析	NA	RNA测序数据（单细胞及单核水平）	NA（涉及多个公开数据库中的小鼠模型及人类患者数据）	NA	单细胞RNA-seq，单核RNA-seq	NA	NA
34	2026-01-28	STimage-1K4M: A histopathology image-gene expression dataset for spatial transcriptomics 2024-Dec, Advances in neural information processing systems DOI:10.52202/079017-1129 PMID:41551654	研究论文	本研究介绍了STimage-1K4M数据集，该数据集通过提供子图块图像的基因组特征，弥补了现有医学图像-文本数据集中文本描述不足的缺陷	STimage-1K4M数据集首次将空间转录组学数据与组织病理学图像结合，为子图块区域提供高维基因表达信息，实现了前所未有的数据粒度	数据集仅包含1,149张图像，可能无法覆盖所有病理类型或变异，且基因表达维度较高可能增加计算复杂度	旨在推动多模态数据分析在计算病理学等领域的先进研究	空间转录组学数据衍生的组织病理学图像及其对应的基因表达信息	计算病理学	NA	空间转录组学	NA	图像、基因表达数据	1,149张图像，分解为4,293,195个子图块-基因表达对	NA	空间转录组学	NA	NA
35	2026-01-28	UBR7 E3 Ligase Suppresses Interferon-β Mediated Immune Signaling by Targeting Sp110 in Hepatitis B Virus-Induced Hepatocellular Carcinoma 2024-11-08, ACS infectious diseases IF:4.0Q1 DOI:10.1021/acsinfecdis.4c00213 PMID:38938101	研究论文	本研究揭示了E3泛素连接酶UBR7通过泛素化Sp110蛋白，抑制I型干扰素信号通路，从而促进乙型肝炎病毒（HBV）持续感染和HBV诱导的肝细胞癌（HCC）发生的新机制	首次发现UBR7在非组蛋白（Sp110）泛素化中的新功能，并阐明其通过下调I型干扰素反应促进HBV持续感染和HCC发生的分子机制	研究主要基于体外细胞模型和患者样本分析，缺乏体内动物模型验证；UBR7-Sp110轴在HCC发生发展中的具体调控网络仍需进一步探索	探究UBR7在HBV诱导的肝细胞癌发生中的作用机制	乙型肝炎病毒（HBV）、肝细胞癌（HCC）细胞、HCC患者样本	分子生物学与肿瘤免疫学	肝细胞癌	RNA-Seq、单细胞RNA-Seq、转录组学分析、基因敲低	NA	转录组数据、单细胞转录组数据	HCC患者样本（具体数量未明确说明）	NA	RNA-Seq、单细胞RNA-Seq	NA	NA
36	2026-01-28	Meta-atlas of Juvenile and Adult Enteric Neuron scRNA-seq for Dataset Comparisons and Consensus on Transcriptomic Definitions of Enteric Neuron Subtypes 2024-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.31.621315 PMID:39574584	研究论文	本文通过整合多个小鼠肠道神经系统单细胞RNA测序数据集，构建了一个元图谱，旨在识别新的细胞类型、共享标记基因，并达成对肠道神经元亚型转录组定义的共识	首次系统整合多个独立的小鼠肠道神经系统scRNA-seq数据集，生成共识元图谱，以改善罕见神经元类别的分辨率，并连接转录组谱与历史分类系统	数据集依赖于不同的细胞分离和文库生成方法，可能导致细胞类型检测差异；未来研究需将深度转录组谱与历史分类系统更紧密连接	通过整合scRNA-seq数据集，达成对肠道神经元亚型转录组定义的共识，并提高罕见神经元类别的检测能力	小鼠肠道神经系统中的神经元	单细胞转录组学	肠道动力障碍	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	多个独立数据集，涉及数百至数百万个细胞	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
37	2026-01-28	Adding Highly Variable Genes to Spatially Variable Genes Can Improve Cell Type Clustering Performance in Spatial Transcriptomics Data 2024-Oct-25, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5315913/v1 PMID:39502778	研究论文	本研究探讨在空间转录组学数据中，将高变异基因与空间变异基因结合是否能提升细胞类型聚类性能	首次系统评估高变异基因与空间变异基因联合使用对细胞类型聚类的影响，覆盖多个平台和超过50个真实数据集	未详细探讨基因选择方法对聚类结果的具体影响机制，可能受数据集异质性限制	提高空间转录组学数据中细胞类型聚类的准确性和效率	空间转录组学数据中的基因表达模式	空间转录组学	NA	空间转录组学技术	NA	转录组数据	超过50个真实空间转录组学数据集	NA	空间转录组学	NA	NA
38	2026-01-28	STimage-1K4M: A histopathology image-gene expression dataset for spatial transcriptomics 2024-Jun-20, ArXiv PMID:38947920	研究论文	本研究介绍了STimage-1K4M数据集，该数据集通过空间转录组学数据提供子图块图像的基因组特征，以弥补现有医学图像-文本数据集中文本描述不足的缺陷	STimage-1K4M是首个将病理图像子图块与高维基因表达数据（15,000-30,000维）配对的大规模数据集，提供了前所未有的空间分辨率，支持多模态数据分析的深入研究	数据集中仅包含1,149张原始图像，且基因表达数据维度较高，可能对计算资源要求较高，同时未提及数据来源的具体疾病类型或样本多样性	旨在通过提供细粒度的图像-基因表达配对数据，推动计算病理学和多模态算法的发展	空间转录组学数据中的病理图像及其对应的基因表达信息	计算病理学	NA	空间转录组学	NA	图像和基因表达数据	1,149张图像，分解为4,293,195个子图块-基因表达对	NA	空间转录组学	NA	NA
39	2026-01-28	Airway injury induces alveolar epithelial and mesenchymal responses mediated by macrophages 2024-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.02.587596 PMID:38617297	研究论文	本研究通过小鼠模型探究气道特异性上皮损伤如何引发远端肺泡、免疫和间质细胞的次级组织范围响应	首次揭示急性气道损伤可通过肺泡巨噬细胞介导的骨桥蛋白信号通路，触发远端肺泡Ⅱ型细胞的瞬时增殖和新型间质细胞群（MANC2）的动态变化	研究基于小鼠模型，人类组织中的验证尚需进一步开展	探究气道损伤对远端肺组织微环境的影响机制	小鼠气道-肺泡组织	单细胞转录组学	肺损伤	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）	NA	单细胞RNA-seq	NA	NA
40	2026-01-27	Transcriptomic Approaches to Cardiomyocyte-Biomaterial Interactions: A Review 2024-07-08, ACS biomaterials science & engineering IF:5.4Q2 DOI:10.1021/acsbiomaterials.4c00303 PMID:38934720	综述	本文综述了转录组学方法在心肌细胞与生物材料相互作用研究中的应用，强调了其在心脏生物工程和再生医学中的重要性	聚焦于转录组学技术（如bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、单核RNA-seq和空间转录组学）在解析心肌细胞-生物材料相互作用网络中的创新应用，并探讨了纵向研究、通路分析和机器学习等方法的整合潜力	存在成本高、细胞尺寸限制、样本差异以及分析流程复杂等挑战	旨在通过转录组学方法深入理解心肌细胞与生物材料的相互作用机制，以促进心脏健康相关研究	心肌细胞与生物材料的相互作用	数字病理学	心血管疾病	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 空间转录组学	机器学习	转录组数据	NA	NA	单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq	NA	NA