单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-07-11	Transcriptomic Approaches to Cardiomyocyte-Biomaterial Interactions: A Review 2024-Jul-08, ACS biomaterials science & engineering IF:5.4Q2 DOI:10.1021/acsbiomaterials.4c00303 PMID:38934720	review	本文综述了转录组学方法在心肌细胞与生物材料相互作用研究中的应用及其在心脏生物工程和再生医学中的重要性	强调了转录组学方法在揭示心肌细胞与生物材料相互作用中的基因表达模式、调控通路和细胞过程方面的创新应用	存在成本高、细胞尺寸限制、样本差异和分析过程复杂等挑战	探讨转录组学方法在心肌细胞与生物材料相互作用研究中的应用，以促进心脏健康和疾病治疗	心肌细胞与生物材料的相互作用	再生医学	心血管疾病	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, single-nucleus RNA-seq, spatial transcriptomics	NA	转录组数据	NA
22	2025-07-11	SpotSweeper: spatially-aware quality control for spatial transcriptomics 2024-Jun-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.06.597765 PMID:38895212	research paper	本文介绍了SpotSweeper，一种用于空间转录组学数据的空间感知质量控制方法	SpotSweeper能够识别局部异常值和区域伪影，减少生物异质性带来的偏差，并改进下游聚类和标记基因检测	目前尚无针对SRT特有的组织学伪影的识别方法	开发适用于空间转录组学数据的质量控制方法	空间转录组学数据	digital pathology	NA	spatially-resolved transcriptomics (SRT), single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq)	NA	spatial transcriptomics data	公开可用的Visium数据
23	2025-07-11	Dynamic Transcriptional Programs During Single NK Cell Killing: Connecting Form to Function in Cellular Immunotherapy 2024-Jun, Cellular and molecular bioengineering IF:2.3Q3 DOI:10.1007/s12195-024-00812-3 PMID:39050513	研究论文	该研究通过结合单细胞RNA测序和活细胞成像技术，探索了自然杀伤（NK）细胞在杀伤过程中的动态转录程序	首次将单细胞RNA测序与活细胞成像技术结合，用于研究NK细胞杀伤功能与转录因子活性的关系	研究仅使用了NK-92细胞系和HeLa宫颈癌细胞系作为模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探索NK细胞杀伤功能与细胞内信号传导的关系，以改进基于NK细胞的免疫治疗方法	NK-92细胞系和HeLa宫颈癌细胞系	细胞免疫治疗	宫颈癌	单细胞RNA测序（10× Genomics平台）、活细胞成像、ViPER和DoRothEA R包分析	NA	转录组数据、显微成像数据	NK-92细胞系与HeLa细胞的共培养系统
24	2025-07-11	Single-cell RNA sequencing reveals aberrant sphingolipid metabolism in non-small cell lung cancer impacts tumor-associated macrophages and stimulates angiogenesis via macrophage inhibitory factor signaling 2024-05, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.15283 PMID:38587042	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，揭示了非小细胞肺癌中鞘脂代谢异常如何影响肿瘤相关巨噬细胞并通过巨噬细胞抑制因子信号刺激血管生成	首次整合批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，全面分析肿瘤微环境中鞘脂代谢的作用，并识别出关键的MIF-CD74配体-受体对	研究主要基于公开数据集，缺乏实验验证	探究鞘脂代谢在非小细胞肺癌肿瘤微环境中的作用及其对巨噬细胞极化和血管生成的影响	非小细胞肺癌组织及肿瘤微环境中的巨噬细胞	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq)	NA	RNA测序数据	多个公开scRNA-seq数据集（具体数量未说明）
25	2025-07-11	Immune cell-related prognostic risk model and tumor immune environment modulation in esophageal carcinoma based on single-cell and bulk RNA sequencing 2024-05, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.15301 PMID:38587029	研究论文	本研究利用单细胞和批量RNA测序技术，探讨了食管癌中免疫细胞的作用及其对肿瘤微环境的影响，并构建了一个基于免疫细胞的预后风险模型	首次在单细胞水平上构建食管癌的独立预后模型，并深入分析了免疫浸润和免疫检查点表达的差异	当前生物标志物不足以完全捕捉肿瘤免疫微环境的复杂性和多样性	探索食管癌中免疫细胞的组成、功能及其对患者预后的影响	食管癌患者的免疫细胞和肿瘤微环境	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序	预后风险模型	RNA测序数据	NA
26	2025-07-11	Single-cell sequencing reveals the immune landscape of breast cancer patients with brain metastasis 2024-03, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.15243 PMID:38316626	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析乳腺癌脑转移患者的脑脊液免疫细胞，揭示其免疫微环境景观	首次使用scRNA-seq技术非侵入性地描述乳腺癌脑转移患者的肿瘤免疫微环境，并发现促进和抑制肿瘤免疫功能的基因	研究样本可能有限，且仅分析了脑脊液中的免疫细胞，未涵盖其他可能的免疫微环境组成部分	揭示乳腺癌脑转移患者的免疫微环境特征，以指导免疫治疗	乳腺癌脑转移患者的脑脊液免疫细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	乳腺癌脑转移患者的脑脊液样本
27	2024-08-07	Single-cell RNA-seq reveals the links between the metabolic heterogeneity and cell identity in NBM and AML 2024-03, British journal of haematology IF:5.1Q1 DOI:10.1111/bjh.19233 PMID:38009537	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
28	2025-07-11	Single-cell RNA sequencing reveals immune microenvironment of small cell lung cancer-associated malignant pleural effusion 2024-01, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.15145 PMID:38010064	研究论文	利用单细胞RNA测序技术揭示小细胞肺癌相关恶性胸腔积液的肿瘤免疫微环境特征	首次在恶性胸腔积液背景下应用单细胞RNA测序技术分析小细胞肺癌的免疫微环境	样本量较小（仅1例患者），未进行功能验证实验	解析小细胞肺癌恶性胸腔积液的免疫微环境特征	小细胞肺癌患者的恶性胸腔积液样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（10x Genomics）	NA	单细胞转录组数据	8008个高质量细胞（来自1例患者）
29	2025-07-10	Neutralization of the autophagy-repressive tissue hormone DBI/ACBP (diazepam binding inhibitor, acyl-CoA binding protein) enhances anticancer immunosurveillance 2024-12, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2024.2411854 PMID:39419485	research paper	该研究探讨了DBI/ACBP（地西泮结合抑制剂，酰基辅酶A结合蛋白）作为自噬抑制因子在癌症免疫监视中的作用	发现DBI/ACBP水平升高是癌症发展的风险因素，并通过基因或抗体介导的抑制延缓癌症发展	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的可行性和效果尚需进一步验证	探索DBI/ACBP在癌症免疫监视中的作用及其作为治疗靶点的潜力	DBI/ACBP蛋白及其在癌症发展中的作用	癌症研究	乳腺癌、非小细胞肺癌、肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	生物标志物数据	癌症易感综合征患者及无已知癌症易感综合征的患者
30	2025-07-10	The G4 resolvase Dhx36 modulates cardiomyocyte differentiation and ventricular conduction system development 2024-10-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52809-1 PMID:39366945	研究论文	本研究揭示了Dhx36解旋酶在心肌细胞分化和心室传导系统发育中的关键作用	首次发现Dhx36通过调控启动子G-四链体结构影响心肌细胞基因网络和传导系统发育	研究仅限于小鼠模型，人类心脏发育的适用性尚需验证	探索心脏传导系统发育和心肌细胞分化的转录调控机制	胚胎期和新生期小鼠心脏	发育生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序(snRNA-seq)，单细胞ATAC测序(snATAC-seq)	基因敲除小鼠模型	单细胞转录组和表观基因组数据	Dhx36敲除小鼠胚胎和新生心脏样本
31	2025-07-10	Targeted single cell expression profiling identifies integrators of sleep and metabolic state 2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.25.614841 PMID:39386468	研究论文	该研究通过单细胞测序技术，识别了果蝇中调节睡眠与代谢状态交互作用的神经元及其转录响应	首次在单神经元水平上鉴定了调节睡眠与代谢交互作用的基因，并验证了多个基因的功能	研究仅针对果蝇的特定神经元，结果在更复杂生物中的普适性尚不明确	探索睡眠与代谢状态交互作用的细胞机制	果蝇的侧脑白激肽神经元(LHLK neurons)	神经科学	NA	单细胞测序(CEL-Seq), Patch-seq	NA	RNA测序数据	喂食和24小时饥饿处理的果蝇LHLK神经元
32	2025-07-10	Single-cell RNA sequencing in pediatric research: Focusing on differentiation trajectories and immune microenvironment of neuroblastoma 2024-Sep, Pediatric discovery.. DOI:10.1002/pdi3.61 PMID:40625458	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在神经母细胞瘤（NB）研究中的应用，重点探讨了分化轨迹、肿瘤异质性和免疫微环境	利用scRNA-seq技术深入解析神经母细胞瘤的分化轨迹、肿瘤异质性及免疫微环境，为疾病机制研究和临床诊疗提供新视角	综述性质文章，未涉及具体实验设计和数据验证	总结scRNA-seq技术在神经母细胞瘤研究中的最新进展和应用价值	神经母细胞瘤（NB）	digital pathology	neuroblastoma	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
33	2025-07-08	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	研究论文	本文提出了一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组数据	RASP是一种新颖的空间感知降维方法，计算速度比现有技术快几个数量级，并能灵活整合非转录组协变量	未明确提及具体局限性	开发一种高效的空间转录组数据降维方法，以促进对高分辨率亚细胞空间转录组数据的分析	空间转录组数据	空间转录组学	NA	随机两阶段主成分分析(PCA)	PCA	空间转录组数据	四个公开可用的ST数据集(10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 和10x Xenium)
34	2025-07-08	KMT2D regulates tooth enamel development 2024-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.20.608898 PMID:39411159	研究论文	该研究探讨了KMT2D基因在牙釉质发育中的具体作用	首次通过条件性敲除小鼠模型揭示了KMT2D在成釉细胞分化中的关键调控作用，并鉴定了其直接靶向的8个基因	研究仅在小鼠模型中进行，人类临床相关性需要进一步验证	阐明KMT2D在牙釉质形成过程中的分子机制	KMT2D条件性敲除小鼠模型及其牙釉质发育情况	发育生物学	牙釉质发育不全	条件性基因敲除、micro-CT、扫描电镜、RNA-seq、CUT&RUN-seq、单细胞RNA-seq	条件性基因敲除小鼠模型	基因组数据、转录组数据、影像数据	KMT2D条件性敲除小鼠及其对照组
35	2025-07-08	Single-cell sequencing of facial adipose tissue unveils FKBP5 as a therapeutic target for facial infiltrating lipomatosis 2024-07-18, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-03835-9 PMID:39020442	研究论文	通过单细胞测序技术揭示FKBP5作为面部浸润性脂肪瘤病治疗靶点的研究	首次在面部浸润性脂肪瘤病（FIL）患者的脂肪组织中，通过单细胞转录组测序发现FKBP5的过表达及其在脂肪生成中的作用	研究样本量有限，且机制研究主要在体外和动物模型中进行，需进一步临床验证	探索面部浸润性脂肪瘤病的发病机制并寻找潜在治疗靶点	面部脂肪组织中的基质血管部分（SVF）及纤维脂肪前体细胞（FAPs）	数字病理学	面部浸润性脂肪瘤病	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	FIL患者和非FIL个体的面部脂肪组织样本
36	2025-07-08	Decoding cellular plasticity and niche regulation of limbal stem cells during corneal wound healing 2024-07-06, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-03816-y PMID:38971839	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，揭示了角膜缘干细胞（LSCs）及其微环境细胞在角膜损伤修复中的分子特征和功能响应	首次定义了LSCs的分子特征，重建了角膜上皮细胞的伪时间轨迹，并发现转录因子Creb5和Arg1+巨噬细胞分泌的OSM在角膜上皮伤口愈合中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探索角膜缘干细胞及其微环境在角膜伤口愈合中的分子机制	小鼠角膜组织和角膜上皮缺损模型	单细胞组学	角膜疾病	单细胞RNA测序, 生物信息学分析, 基因敲除实验	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量的小鼠角膜组织
37	2025-07-08	Thrombopoietin mimetic stimulates bone marrow vascular and stromal niches to mitigate acute radiation syndrome 2024-04-29, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-03734-z PMID:38679747	研究论文	研究探讨了PEG化血小板生成素模拟肽JNJ-26366821在促进骨髓血管和基质微环境再生以缓解急性辐射综合征中的作用	首次阐明了TPOm通过调节骨髓血管和基质微环境支持造血干细胞和祖细胞再生的机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索TPOm作为治疗急性辐射综合征的潜在医疗对策	C57BL/6J小鼠的骨髓造血干细胞、内皮细胞和间充质基质细胞	放射医学	急性辐射综合征	流式细胞术、全组织共聚焦显微镜、单细胞RNA测序	小鼠急性辐射综合征模型	组织学数据、流式细胞数据、RNA测序数据	9-14周龄C57BL/6J小鼠，具体数量未明确说明
38	2025-07-08	DPSCs regulate epithelial-T cell interactions in oral submucous fibrosis 2024-04-23, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-03720-5 PMID:38650025	研究论文	本研究探讨了口腔黏膜下纤维化(OSF)的致病机制，并探索了牙髓干细胞(DPSCs)作为治疗手段的潜力	发现了一个具有促炎和促纤维化功能的上皮细胞亚群Epi1.2，揭示了其通过MIF-CD74和CXCR4途径与T细胞互作的机制，并首次评估了DPSCs在OSF治疗中的应用效果	OSF的动物模型可能无法完全模拟人类疾病，DPSCs的治疗机制仍需进一步验证	探索OSF的致病机制并开发新的治疗方法	口腔黏膜下纤维化(OSF)患者组织样本、大鼠模型	口腔医学	口腔黏膜下纤维化	单细胞RNA测序、组织染色、免疫组化、扫描电镜、原子力显微镜	动物模型	基因表达数据、组织图像	未明确说明样本数量，涉及人类组织样本和大鼠模型
39	2025-07-08	An integrated toolkit for human microglia functional genomics 2024-04-10, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-03700-9 PMID:38600587	研究论文	本文介绍了一个集成的工具包，用于人类小胶质细胞的功能基因组学研究，优化了iPSC向iMG的分化过程，并提供了多组学数据分析平台	开发了一个优化的两步骤、20天的iPSC分化流程，结合了CRISPR-ON/OFF系统和多组学数据平台，显著提高了iMG的生成效率和研究能力	未提及在体内环境中的验证，可能限制了其在真实生理条件下的应用	开发一个高效的工具包，用于人类小胶质细胞的功能基因组学研究	人类诱导多能干细胞(iPSC)衍生的小胶质细胞(iMG)	功能基因组学	阿尔茨海默病(AD)	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、染色质可及性分析(ATAC-Seq)、蛋白质组学、CRISPR-Cas9	iPSC-derived Microglia (iMG)模型	多组学数据(转录组、蛋白质组、表观基因组)	未明确提及具体样本数量，但强调了可重复收获iMG的能力
40	2025-07-08	Improved therapeutic consistency and efficacy of CD317+ MSCs through stabilizing TSG6 by PTX3 2024-03-27, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-03706-3 PMID:38539221	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了不同批次培养基对MSCs亚群组成和异质性的影响，并发现CD317+ MSCs具有增强的免疫抑制活性	发现CD317+ MSCs亚群通过PTX3稳定TSG6蛋白，从而提高治疗效果，并提出了减少MSCs异质性和提高治疗一致性的新策略	研究未涉及CD317+ MSCs在其他疾病模型中的应用效果	提高间充质干细胞（MSCs）的治疗一致性和效果	间充质干细胞（MSCs）及其CD317+亚群	细胞治疗	NA	scRNA-seq分析	NA	转录组数据	NA