单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-09-13	Nerve-associated macrophages control adipose homeostasis across lifespan and restrain age-related inflammation 2024-Oct-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.12.618004 PMID:39416197	研究论文	本研究通过单细胞测序揭示了脂肪组织巨噬细胞（ATMs）在衰老过程中控制炎症和脂肪稳态的机制	首次定义了神经相关巨噬细胞（NAMs）亚群，并发现其通过防止儿茶酚胺抵抗来抑制年龄相关炎症	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究脂肪组织巨噬细胞在衰老相关炎症（inflammaging）中的作用机制	小鼠内脏白色脂肪组织（VAT）中的巨噬细胞亚群	免疫学	老年性疾病	单细胞测序、血管内标记、正交验证	NA	单细胞转录组数据	不同年龄阶段的小鼠脂肪组织样本
22	2025-09-13	Proximity-dependent labeling identifies dendritic cells that drive the tumor-specific CD4+ T cell response 2024-10-04, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adq8843 PMID:39365874	研究论文	利用LIPSTIC单细胞转录组学识别在肿瘤引流淋巴结和肿瘤微环境中驱动CD4+ T细胞应答的树突状细胞	首次应用LIPSTIC技术实现在单细胞水平追踪树突状细胞与T细胞的相互作用，并揭示检查点阻断疗法通过增强CD40驱动的DC激活促进抗肿瘤免疫	NA	探究树突状细胞在肿瘤特异性CD4+ T细胞应答中的具体作用机制	树突状细胞、CD4+ T细胞、肿瘤引流淋巴结、肿瘤微环境	免疫学	肿瘤	LIPSTIC（基于SorTagging的细胞接触标记技术）、单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	NA
23	2025-09-13	Single-cell RNA sequencing identifies interferon-inducible monocytes/macrophages as a cellular target for mitigating the progression of abdominal aortic aneurysm and rupture risk 2024-09-21, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae117 PMID:38836630	研究论文	通过单细胞RNA测序识别干扰素诱导性单核细胞/巨噬细胞作为减轻腹主动脉瘤进展和破裂风险的细胞靶点	发现并鉴定了一种新型干扰素诱导性单核细胞/巨噬细胞(IFNICs)群体，并阐明其通过cGAS-STING和JAK-STAT通路在腹主动脉瘤发展中的关键作用	研究基于AngII灌注的ApoE-/-小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究腹主动脉瘤发展和进展中的细胞类型和信号通路	AngII灌注的ApoE-/-小鼠的腹主动脉标本	单细胞基因组学	心血管疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序），基因集变异分析，骨髓移植	NA	单细胞转录组数据	AngII灌注的ApoE-/-小鼠模型，使用骨髓特异性Sting1敲除(Lyz2-Cre+/-; Sting1flox/flox)小鼠
24	2025-09-13	Description of Bacterial RNA Transcripts Detected in Mycobacterium tuberculosis - Infected Cells from Peripheral Human Granulomas using Single Cell RNA Sequencing 2024-Aug-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.20.608852 PMID:39229107	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术检测人类结核肉芽肿细胞中结核分枝杆菌的RNA转录本及其序列变异	首次在临床样本中系统检测并分析结核分枝杆菌rRNA序列变异，提出其可能作为细菌适应宿主环境的机制	研究仅基于医院病理实验室确认的结核感染患者样本，变异机制尚属假设需进一步验证	探索结核分枝杆菌在感染宿主细胞中的转录特征和序列变异模式	来自巴布亚新几内亚莫尔兹比港总医院结核病诊所患者的细针穿刺样本	传染病基因组学	结核病	单细胞RNA测序（10X Genomics），酸镜显微镜，GeneXpert分析	NA	RNA测序数据	经医院病理实验室确认的结核感染患者临床样本（具体数量未说明）
25	2025-09-13	Coxsackievirus B infection invokes unique cell-type specific responses in primary human pancreatic islets 2024-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.23.604861 PMID:39211206	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了柯萨奇病毒B感染在人原代胰岛中引发细胞类型特异性转录反应	首次在单细胞分辨率上证明CVB感染虽以相似速率感染所有胰岛细胞类型，但诱导独特的细胞特异性转录反应，特别是β、α和导管细胞反应最强	研究使用人尸体胰岛，可能无法完全反映活体生理状态；实验时间限于48小时内	探究柯萨奇病毒B感染对不同胰岛细胞类型的特异性影响及其与1型糖尿病的关系	人原代胰岛细胞（包括β细胞、α细胞、导管细胞等）	生物医学研究	1型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	人尸体胰岛样本，经CVB或poly(I:C)处理24和48小时
26	2025-09-13	Immune disease dialogue of chemokine-based cell communications as revealed by single-cell RNA sequencing meta-analysis 2024-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.17.603936 PMID:39071425	研究论文	通过单细胞RNA测序元分析揭示免疫疾病中基于趋化因子的细胞通讯机制	首次通过跨疾病和组织的scRNA-seq元分析系统揭示疾病特异性和共享的免疫细胞趋化与迁移模式	依赖公开数据，可能受样本来源和技术差异影响	解析免疫细胞迁移相关的疾病特异性细胞通讯网络	多种免疫疾病患者组织样本（皮肤、肺、结肠、肾脏）	生物信息学	免疫性疾病	scRNA-seq, 配体-受体互作分析	NA	单细胞转录组数据	多疾病公共scRNA-seq数据集（涵盖特应性皮炎、银屑病、COPD等8种疾病）
27	2025-09-13	Cellular and transcriptional profiles of peripheral blood mononuclear cells pre-vaccination predict immune response to preventative MUC1 vaccine 2024-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.14.598031 PMID:38948837	研究论文	通过单细胞RNA测序分析疫苗接种前外周血单核细胞，预测MUC1预防性疫苗的免疫反应	首次在癌前病变人群中揭示免疫系统可能存在类似癌症的抑制状态，并发现CD4+初始T细胞等预测性生物标志物	样本量较小（仅32人），需进一步验证候选生物标志物	评估MUC1肿瘤抗原疫苗的安全性和免疫原性，并探索免疫反应预测因素	有晚期结肠腺瘤病史的个体	免疫学	结肠癌	scRNA-seq, 差异基因表达分析, 转录因子推断分析, 贝叶斯网络分析	NA	单细胞RNA测序数据	32名参与者（16名应答者+16名无应答者）的疫苗接种前PBMC样本
28	2025-09-12	NAD + activates renal metabolism and protects from chronic kidney disease in a model of Alport syndrome 2024-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.26.580911 PMID:38464264	研究论文	本研究通过Alport综合征小鼠模型，揭示了NAD+补充通过激活肾脏代谢和恢复近端肾小管脂肪酸氧化来延缓慢性肾病进展的机制	首次在Alport模型中应用单核RNA测序和空间转录组学技术，并首次报道该模型中转录水平的性别差异	研究基于小鼠模型，人类临床应用效果仍需进一步验证	探究NAD+补充保护慢性肾病的分子机制和主要作用细胞类型	Alport综合征小鼠模型（两性）	肾脏病学	慢性肾病	RNA测序（bulk和单核）、空间转录组学、正交成像技术、生化检测	NA	转录组数据、图像数据、生化数据	Alport综合征小鼠模型（未明确具体数量，包含两性个体）
29	2025-09-12	Modeling Glioma Intratumoral Heterogeneity with Primary Human Neural Stem and Progenitor Cells 2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.20.619254 PMID:39484434	研究论文	利用人类神经干细胞和祖细胞建立胶质瘤模型，研究肿瘤内异质性	首次使用从胎儿脑组织纯化的同源神经干细胞和祖细胞系，结合scRNA-seq技术量化细胞起源对胶质瘤异质性的影响	研究基于免疫缺陷小鼠模型，可能无法完全模拟人体免疫环境	探究细胞起源如何塑造胶质瘤的肿瘤内异质性	人类神经干细胞(NSCs)、胶质祖细胞(GPCs)和少突胶质前体细胞(OPCs)	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 基因敲减, 细胞移植	NA	基因表达数据	三种同源人类神经细胞系移植到免疫缺陷小鼠大脑
30	2025-09-12	Multi-condition and multi-modal temporal profile inference during mouse embryonic development 2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.03.583179 PMID:38496477	研究论文	提出一种名为Sunbear的联合建模框架，用于整合跨时间的多条件和多模态单细胞数据	能够同时处理多条件和多模态单细胞时间序列数据，实现时间剖面推断、数据对齐和模态外推	基于破坏性单细胞测量，无法捕获特定细胞的完整时间轨迹	开发单细胞时间序列数据的整合与推断方法	小鼠胚胎发育过程中的单细胞数据	计算生物学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	联合建模框架	单细胞时间序列数据	未明确说明样本数量
31	2025-09-12	Chronic social defeat stress induces meningeal neutrophilia via type I interferon signaling 2024-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.30.610447 PMID:39257811	研究论文	研究发现慢性社交挫败应激通过I型干扰素信号通路诱导小鼠脑膜中性粒细胞增多	首次揭示I型干扰素信号通路在脑膜中性粒细胞招募中的介导作用，并证明阻断该通路可缓解应激相关行为症状	研究局限于小鼠模型，人类临床相关性尚需验证	探究慢性应激诱导脑膜免疫反应的机制及其与应激相关障碍的关联	小鼠模型	神经免疫学	应激相关障碍	细胞计数术、免疫组化、全组织透明化、单细胞测序	NA	细胞图像、基因表达数据	NA
32	2025-09-12	Discovery of optimal cell type classification marker genes from single cell RNA sequencing data 2024-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.22.590194 PMID:38712147	研究论文	介绍NS-Forest v4.0算法及其Python包，用于从单细胞RNA测序数据中发现最优细胞类型分类标记基因	提出NS-Forest v4.0版本，增强了对紧密相关细胞类型中高选择性表达模式标记基因的选择能力，并引入On-Target Fraction指标量化标记特异性	NA	开发可扩展的数据驱动方法，以最小必要且充分的标记基因组合实现细胞类型分类的最大准确度	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	scRNA-seq	random forest	基因表达数据	包含数百万细胞的大规模scRNA-seq图谱数据
33	2025-09-12	Reproducible single cell annotation of programs underlying T-cell subsets, activation states, and functions 2024-May-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.03.592310 PMID:38746317	研究论文	开发并验证了T-CellAnnoTator（TCAT）流程，用于单细胞水平上量化T细胞的基因表达程序，揭示其亚群、激活状态和功能	提出了TCAT分析框架，能够同时量化预定义的基因表达程序，克服传统离散分类限制，发现46个可重复的T细胞功能程序	NA	改进T细胞特征描述方法，建立可重复的单细胞注释流程	T细胞及其基因表达程序	生物信息学	传染病（Covid-19）和癌症	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	来自700名个体、38种组织的1,700,000个T细胞，涵盖五种疾病背景
34	2025-09-12	Defining the T cell transcriptional landscape in pediatric liver transplant rejection at single cell resolution 2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.26.582173 PMID:38464256	研究论文	本研究利用单细胞测序技术描绘了儿童肝移植排斥反应中T细胞的转录组特征	首次在单细胞分辨率下定义了晚期急性细胞排斥反应中CD8+ T细胞的克隆扩增、基因表达谱及其与库普弗细胞的互作机制	样本量较小（14名患者），且为回顾性研究	探究儿童肝移植后晚期急性细胞排斥反应的免疫机制	儿童肝移植受者的肝活检组织	单细胞生物学	肝移植排斥反应	单细胞测序（10X Genomics）、免疫受体谱分析	NA	单细胞转录组数据	14名患者的30份冷冻肝活检样本（5份无排斥，9份有排斥）
35	2025-09-12	Model-based dimensionality reduction for single-cell RNA-seq using generalized bilinear models 2024-Feb-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.21.537881 PMID:37162914	研究论文	提出一种基于广义双线性模型的单细胞RNA测序数据降维新方法scGBM	开发了使用泊松双线性模型的快速估计算法，能扩展到百万级细胞数据集并量化潜在位置的不确定性	NA	解决单细胞RNA测序数据降维中虚假异质性掩盖和计算不可行性问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	广义双线性模型（GBM），泊松双线性模型	基因表达计数数据	能处理百万级细胞的大型数据集
36	2025-09-11	Inflammation and mechanical force-induced bone remodeling 2024-Dec-30, Periodontology 2000 IF:17.5Q1 DOI:10.1111/prd.12619 PMID:39740162	综述	本文综述了炎症和机械力诱导的骨重塑机制，重点关注牙周炎和正畸牙齿移动中的细胞作用	整合单细胞RNA测序新发现，系统分析不同细胞类型在炎症与机械力协同作用下的骨重塑功能	NA	深入理解炎症和机械力驱动的骨重塑过程及其细胞机制	角质形成细胞、白细胞、基质细胞、骨细胞、成骨细胞和破骨细胞等关键细胞类型	骨生物学	牙周病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
37	2025-09-11	Cellular cartography reveals mouse prostate organization and determinants of castration resistance 2024-Dec-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.27.630532 PMID:39763898	研究论文	通过整合单细胞多组学和空间转录组学技术，构建小鼠前列腺细胞图谱，揭示去势抵抗的细胞机制	首次系统绘制小鼠前列腺各叶的细胞图谱，鉴定出叶特异性管腔上皮细胞类型及其与人类前列腺癌亚型的对应关系	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	解析前列腺癌去势治疗抵抗的细胞和分子机制	小鼠前列腺组织及人类前列腺癌样本	单细胞生物学	前列腺癌	单细胞RNA测序, 单细胞多组学, 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据, 表观遗传数据, 空间转录组数据	小鼠前列腺组织及人类前列腺癌meta分析数据
38	2025-09-11	Genetically Engineered Mouse Models for Alzheimer Disease and Frontotemporal Dementia: New Insights from Single-Cell and Spatial Transcriptomics 2024-Dec-19, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.11.006 PMID:39743215	综述	本文综述了阿尔茨海默病和额颞叶痴呆的基因工程小鼠模型，并基于单细胞和空间转录组学研究总结了主要发现	整合了最新的单细胞转录组学、多组学和空间转录组学技术对神经退行性疾病模型的新见解	承认没有完美的动物模型存在	研究神经退行性疾病的病因和测试潜在治疗方法	阿尔茨海默病和额颞叶痴呆的基因工程小鼠模型	生物医学研究	阿尔茨海默病和额颞叶痴呆	单细胞转录组学、多组学、空间转录组学	基因工程小鼠模型	转录组数据	NA
39	2025-09-11	Modeling Lewy body disease with SNCA triplication iPSC-derived cortical organoids and identifying therapeutic drugs 2024-09-13, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adk3700 PMID:39259788	研究论文	利用SNCA基因三倍体iPSC来源的皮质类器官模拟路易体病并筛选潜在治疗药物	首次建立人源皮质类器官模型模拟路易体病α-突触核蛋白病理，并通过高通量药物筛选发现四种FDA批准药物可抑制α-突触核蛋白聚集	研究基于特定基因突变（SNCA三倍体）模型，可能无法完全代表所有路易体病亚型的病理机制	探究路易体病皮质神经元中α-突触核蛋白病理机制并筛选治疗药物	人诱导多能干细胞（iPSCs）衍生的皮质类器官和兴奋性神经元	神经退行性疾病研究	路易体病	单细胞RNA测序、实时震动诱导转化检测（RT-QuIC）、高通量药物筛选	类器官模型	基因表达数据、分子功能验证数据	1280种FDA批准药物筛选，使用患者来源iPSC类器官和人脑组织样本
40	2025-09-11	A pheromone receptor in cichlid fish mediates attraction to females but inhibits male parental care 2024-Sep-09, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2024.07.029 PMID:39094572	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和CRISPR基因编辑技术，揭示了慈鲷鱼中信息素受体Or113a在介导雄性对雌性吸引行为及抑制雄性亲代抚育中的双重作用	发现信息素受体Or113a能够感知非PGF配体，并首次证明单个信息素受体在行为调控中获得新功能，驱动雄性避免亲代抚育	研究聚焦于特定慈鲷鱼谱系，结论在其他鱼类中的普适性尚未验证	探究脊椎动物信息素信号演化如何导致新生殖行为策略的产生	慈鲷鱼（特别是雌性繁殖信号感知及雄性行为调控）	NA	NA	单细胞转录组学, CRISPR基因编辑	NA	基因表达数据, 行为观测数据	NA（未明确说明样本数量，但使用慈鲷鱼模型进行研究）