单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3941	2024-09-23	Transcription Factor Activity Regulating Macrophage Heterogeneity during Skin Wound Healing 2024-Aug-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2400172 PMID:38940624	研究论文	研究通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，推断转录因子在皮肤伤口愈合过程中巨噬细胞异质性中的活性	改进了贝叶斯推断转录因子活性模型，结合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，揭示了转录因子在伤口愈合中巨噬细胞异质性中的调控作用	NA	研究转录因子在皮肤伤口愈合过程中巨噬细胞异质性中的调控作用	巨噬细胞在皮肤伤口愈合过程中的异质性	NA	NA	单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序	贝叶斯推断模型	RNA、染色质可及性	NA
3942	2024-09-23	Human genetics and epigenetics of alcohol use disorder 2024-Aug-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI172885 PMID:39145449	综述	本文综述了酒精使用障碍（AUD）的遗传学和表观遗传学研究进展	本文总结了从早期候选基因研究到当前全基因组扫描的技术进步，揭示了AUD的众多遗传和表观遗传风险因素	本文讨论了当前研究的局限性，包括增加GWAS和EWAS研究的能力以及扩大分析中包含的群体多样性	探讨酒精使用障碍的遗传学和表观遗传学机制	酒精使用障碍（AUD）及其遗传和表观遗传风险因素	NA	酒精使用障碍	全基因组关联研究（GWAS）、表观基因组关联研究（EWAS）、全基因组测序、多组学、单细胞测序、空间转录组学	NA	基因组数据、表观基因组数据、转录组数据	超过一百万参与者
3943	2024-09-23	Hydrogel crosslinking modulates macrophages, fibroblasts, and their communication, during wound healing 2024-Aug-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50072-y PMID:39122702	研究论文	研究了交联度对基于明胶的水凝胶在伤口愈合过程中对巨噬细胞和成纤维细胞行为的影响	发现轻度交联的水凝胶能促进细胞浸润并减少疤痕形成，而重度交联的水凝胶则增加炎症并导致巨噬细胞亚群的氧化活性和细胞融合	研究仅限于雌性小鼠模型，未涉及其他物种或性别	探讨水凝胶交联度对伤口愈合过程中免疫和基质细胞行为的影响	基于明胶的水凝胶、巨噬细胞、成纤维细胞、伤口愈合	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	雌性小鼠
3944	2024-09-23	Integrative single-cell RNA-seq and spatial transcriptomics analyses reveal diverse apoptosis-related gene expression profiles in EGFR-mutated lung cancer 2024-Aug-09, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06940-y PMID:39122703	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示了EGFR突变型肺癌中与细胞凋亡相关的基因表达谱的多样性	首次综合利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，系统分析了EGFR突变型肺癌中细胞凋亡相关基因的表达变化	研究主要基于细胞系和转基因小鼠模型，可能与人类肺癌的实际情况存在差异	探讨EGFR突变型肺癌中细胞凋亡相关基因在EGFR-TKI耐药性发展过程中的表达变化	EGFR突变型肺癌细胞系和患者样本，以及EGFR驱动型肺癌的转基因小鼠模型	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）	NA	RNA	EGFR突变型肺癌细胞系和患者样本，以及EGFR驱动型肺癌的转基因小鼠模型
3945	2024-09-23	Benchmarking clustering, alignment, and integration methods for spatial transcriptomics 2024-Aug-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03361-0 PMID:39123269	研究论文	本文系统地评估了多种最先进的算法在空间转录组学数据上的聚类、对齐和整合性能	首次对空间转录组学数据的聚类、对齐和整合方法进行了全面的基准测试	未提及具体限制	评估和比较不同空间转录组学数据处理方法的性能	空间转录组学数据的聚类、对齐和整合方法	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组学数据	涉及多种真实和模拟数据集，大小、技术、物种和复杂性各异
3946	2024-09-23	Transcriptomic changes and gene fusions during the progression from Barrett's esophagus to esophageal adenocarcinoma 2024-Aug-07, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00623-8 PMID:39113153	研究论文	研究了从Barrett食管到食管腺癌进展过程中的转录组变化和基因融合	首次全面分析了Barrett食管到食管腺癌进展过程中的转录组变化和基因融合	样本量较小，仅包括8个个体	揭示Barrett食管到食管腺癌进展过程中的转录组变化和基因融合	Barrett食管和食管腺癌组织	数字病理学	食管癌	RNA测序	NA	转录组数据	8个个体
3947	2024-09-23	Compound models and Pearson residuals for single-cell RNA-seq data without UMIs 2024-Jul-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.02.551637 PMID:37577688	研究论文	本文提出了一种扩展非UMI单细胞RNA-seq数据标准化方法的复合模型，使用复合Pearson残差进行基因选择和数据嵌入	本文创新性地将复合分布应用于非UMI数据的建模，提出了复合Pearson残差方法，并发现放大分布可以用破幂律描述	NA	扩展Pearson残差方法至非UMI单细胞RNA-seq数据标准化	非UMI单细胞RNA-seq数据	数字病理学	NA	RNA-seq	复合模型	RNA-seq数据	NA
3948	2024-09-23	Pan-cancer mapping of single CD8+ T cell profiles reveals a TCF1:CXCR6 axis regulating CD28 co-stimulation and anti-tumor immunity 2024-Jul-16, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101640 PMID:38959885	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了TCF1与CXCR6轴在调节CD28共刺激信号和抗肿瘤免疫中的作用	本文首次揭示了TCF1与CXCR6轴在调节CD8+ T细胞功能和抗肿瘤免疫中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	揭示CD8+ T细胞在不同肿瘤微环境中的表达程序，为下一代免疫疗法提供依据	CD8+ T细胞在七种人类癌症中的表达模式	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	矩阵分解算法	基因表达数据	33,161个CD8+ T细胞样本，来自132名患有七种癌症的患者
3949	2024-09-23	A brief history of somatostatin interneuron taxonomy or: how many somatostatin subtypes are there, really? 2024, Frontiers in neural circuits IF:3.4Q2 DOI:10.3389/fncir.2024.1436915 PMID:39091993	研究论文	本文回顾了催产素中间神经元分类学的历史，并讨论了单细胞RNA测序技术在皮质神经元分类中的应用	提出了将催产素中间神经元细分为约十个“超类型”的分类方法，认为这种分类更符合传统形态学、电生理学和神经化学特征	指出基于基因表达微小差异的更细分类（如“t-类型”或“集群”）可能对研究人员不太有用，甚至可能违背分类的初衷	探讨催产素中间神经元的分类及其在实验神经科学中的应用	催产素中间神经元的分类及其在皮质网络中的作用	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	大量皮质神经元样本
3950	2024-09-23	Mitophagy Promotes Hair Regeneration by Activating Glutathione Metabolism 2024, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0433 PMID:39091635	研究论文	本文研究了线粒体自噬通过调节谷胱甘肽代谢促进毛发生长的机制	首次揭示了线粒体自噬在毛发生长早期通过激活谷胱甘肽代谢促进毛囊干细胞增殖的作用	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证	探讨线粒体自噬在毛发生长中的作用及其分子机制	毛囊干细胞和线粒体自噬相关基因	NA	NA	单细胞RNA测序、透射电子显微镜、免疫荧光染色、分子对接	NA	RNA	小鼠毛囊干细胞样本
3951	2024-09-23	Spatial transcriptomics of fetal membrane-Decidual interface reveals unique contributions by cell types in term and preterm births 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0309063 PMID:39159152	研究论文	本研究使用单细胞转录组学方法，分析了足月和早产情况下胎儿膜-蜕膜界面各层的转录组网络，揭示了不同细胞类型在妊娠结局中的独特贡献	首次在空间水平上解析了胎儿膜-蜕膜界面各层在足月和早产情况下的转录组网络，识别了不同细胞类型在早产中的关键作用	样本量较小，仅包括13名患者的数据，可能影响结果的普适性	研究胎儿膜-蜕膜界面各层在足月和早产情况下的转录组特征，揭示其在妊娠结局中的作用	胎儿膜-蜕膜界面的各层细胞，包括羊膜上皮细胞、羊膜间质细胞、绒毛膜和蜕膜	数字病理学	妊娠疾病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	13名患者，包括足月未分娩、足月分娩、早产和早产伴胎膜早破
3952	2024-09-22	Bulk and single-cell RNA sequencing analyses coupled with multiple machine learning to develop a glycosyltransferase associated signature in colorectal cancer 2024-Nov, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102093 PMID:39217850	研究论文	本研究旨在通过批量和单细胞RNA测序分析结合多种机器学习方法，开发结直肠癌中与糖基转移酶相关的风险特征	本研究创新性地开发了一种基于糖基转移酶的预测模型，用于预测结直肠癌患者对免疫治疗的反应	NA	识别结直肠癌中的关键糖基转移酶，并建立一个基于糖基转移酶的稳健预后特征	结直肠癌患者及其糖基转移酶相关基因	机器学习	结直肠癌	RNA测序	机器学习模型	RNA数据	NA
3953	2024-09-22	New insights into allergic rhinitis treatment: MSC nanovesicles targeting dendritic cells 2024-Sep-19, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-02748-2 PMID:39294599	研究论文	研究探讨了间充质干细胞（MSC）纳米囊泡作为过敏性鼻炎（AR）新型疗法的潜力，特别是通过靶向树突状细胞（DCs）的机制	首次研究了MSC纳米囊泡靶向DCs在过敏性鼻炎治疗中的应用，并揭示了其通过抑制Fut1/ICAM1/P38 MAPK信号通路重塑DC代谢和抑制Th2分化及ILC2激活的机制	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中进行验证	探索MSC纳米囊泡作为过敏性鼻炎新型疗法的潜力及其作用机制	过敏性鼻炎小鼠模型及树突状细胞（DCs）	NA	过敏性鼻炎	转录组测序、单细胞测序	NA	基因表达数据	实验涉及过敏性鼻炎小鼠及体外细胞实验
3954	2024-09-22	Characterizing m6A modification factors and their interactions in colorectal cancer: implications for tumor subtypes and clinical outcomes 2024-Sep-18, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01298-1 PMID:39292326	研究论文	研究分析了m6A修饰因子及其在结直肠癌中的相互作用，探讨了其对肿瘤亚型和临床结果的影响	首次综合分析了m6A修饰因子在结直肠癌中的突变频率、表达差异、相互作用、分子聚类、预后效果及其与肿瘤特征的关联，并在单细胞水平上进行了验证	研究主要基于现有数据集，未进行体内外实验验证	探讨m6A修饰因子在结直肠癌中的作用及其对肿瘤亚型和临床结果的影响	m6A修饰因子及其在结直肠癌中的相互作用	数字病理学	结直肠癌	RNA测序	NA	基因表达数据	583名结直肠癌患者
3955	2024-09-22	Transcriptional profiling in microglia across physiological and pathological states identifies a transcriptional module associated with neurodegeneration 2024-Sep-18, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06684-7 PMID:39294270	研究论文	研究通过分析跨生理和病理状态的微胶质细胞转录组数据，识别出与神经退行性疾病相关的转录模块	整合了来自阿尔茨海默病、多发性硬化症和帕金森病的多个单细胞RNA测序数据集，识别出跨疾病的微胶质细胞特异性转录特征	NA	识别与神经退行性疾病相关的微胶质细胞转录模块	微胶质细胞在不同疾病和健康状态下的转录组特征	基因组学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个公开的基因表达数据集和单细胞RNA测序数据集
3956	2024-09-22	Mouse blood cells types and aging prediction using penalized Latent Dirichlet Allocation 2024-Sep-18, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10763-8 PMID:39294566	研究论文	本文提出了一种新的统计方法——惩罚性潜在狄利克雷分配（pLDA），并应用于小鼠血液单细胞RNA测序数据，用于细胞类型和衰老预测	本文引入了pLDA方法，用于处理单细胞RNA测序数据，并构建了一个用于细胞类型和衰老状态预测的管道	NA	研究衰老机制，并开发新的计算方法来分析单细胞RNA测序数据	小鼠血液细胞的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	潜在狄利克雷分配（LDA）	基因表达数据	小鼠血液细胞的单细胞RNA测序数据集
3957	2024-09-22	Identification of the tumor metastasis-related tumor subgroups overexpressed NENF in triple-negative breast cancer by single-cell transcriptomics 2024-Sep-18, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03505-z PMID:39294690	研究论文	通过单细胞转录组学分析，识别出三阴性乳腺癌中与肿瘤转移相关的NENF高表达的肿瘤亚群	首次通过单细胞转录组学技术，识别出与三阴性乳腺癌转移相关的NENF高表达的肿瘤亚群，并验证了NENF在肿瘤转移中的作用	研究仅限于三阴性乳腺癌，未涵盖其他类型的乳腺癌	揭示三阴性乳腺癌中肿瘤转移的潜在机制	三阴性乳腺癌中的肿瘤细胞亚群及其与肿瘤转移的关系	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	涉及原发性和转移性三阴性乳腺癌的单细胞表达谱数据
3958	2024-09-22	Deciphering breast cancer dynamics: insights from single-cell and spatial profiling in the multi-omics era 2024-Sep-18, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00654-1 PMID:39294728	研究论文	本文综述了单细胞测序和空间组学技术在乳腺癌研究中的应用及其最新进展	介绍了单细胞测序和空间组学技术在乳腺癌研究中的创新应用，提供了对恶性肿瘤生物行为的全面见解	NA	探讨乳腺癌的发病机制和肿瘤异质性，以及这些技术在临床诊断和治疗中的应用	乳腺癌的单细胞和空间组学数据	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	单细胞和空间组学数据	NA
3959	2024-09-22	Tumor endothelium-derived PODXL correlates with immunosuppressive microenvironment and poor prognosis in cervical cancer patients receiving radiotherapy or chemoradiotherapy 2024-Sep-18, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00655-0 PMID:39294825	研究论文	研究探讨了宫颈癌患者接受放疗或放化疗后，肿瘤内皮细胞来源的PODXL蛋白与免疫抑制微环境和预后的关系	首次揭示了PODXL在宫颈癌肿瘤内皮细胞中的表达，并探讨了其在放疗或放化疗后的作用及其对患者预后的影响	研究样本量有限，且仅限于接受放疗或放化疗的宫颈癌患者	探讨PODXL在宫颈癌中的表达及其对患者预后的影响	宫颈癌患者及其肿瘤内皮细胞	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	180例免疫染色数据，29,453个单细胞RNA测序数据，187例宫颈癌样本的批量RNA测序数据
3960	2024-09-22	UnTWISTing intestinal fibrosis: single-cell transcriptomics deciphers fibroblast heterogeneity, uncovers molecular pathways, and identifies therapeutic targets 2024-Sep-17, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI184112 PMID:39286981	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术揭示了肠道纤维化过程中成纤维细胞的异质性，并发现了关键的分子通路和治疗靶点	本研究首次鉴定了TWIST1+FAP+成纤维细胞亚群及其与CXCL9+巨噬细胞的相互作用，揭示了TWIST1在纤维化微环境中的核心调控作用	NA	揭示肠道纤维化的分子机制并寻找潜在的治疗靶点	肠道纤维化中的成纤维细胞和巨噬细胞	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA