单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3881	2024-09-26	No Evidence for Persistent Enteroviral B Infection of Pancreatic Islets in Patients With Type 1 Diabetes and Prediabetes From RNA Sequencing Data 2024-Oct-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db24-0076 PMID:39083653	研究论文	研究利用RNA测序数据评估1型糖尿病和前驱糖尿病患者胰腺胰岛中是否存在持续的肠道病毒B感染	首次利用大量RNA测序和单细胞RNA测序数据全面评估肠道病毒B在胰腺中的存在	无法排除极低水平的持续肠道病毒B感染的可能性	评估肠道病毒B在1型糖尿病和前驱糖尿病患者胰腺中的存在	1型糖尿病和前驱糖尿病患者的胰腺胰岛	NA	糖尿病	RNA测序	NA	RNA	243个大量RNA库和79个单细胞RNA库
3882	2024-09-26	A necroptosis-regulated model from single-cell analysis that predicts survival and identifies the Pivotal role of MAGEA6 in hepatocellular carcinoma 2024-Sep-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37711 PMID:39315163	研究论文	本研究开发了一种基于单细胞分析的坏死性凋亡调控模型，用于预测肝细胞癌患者的生存情况，并揭示了MAGEA6在肝细胞癌中的关键作用	本研究首次开发了一种基于坏死性凋亡相关基因的风险特征，用于预测肝细胞癌患者的预后，并通过实验验证了MAGEA6在肝癌中的作用	本研究的样本量较小，且仅基于TCGA和ICGC数据库进行验证，未来需要更大规模的临床验证	开发一种新的坏死性凋亡相关基因风险特征，用于预测肝细胞癌患者的预后	肝细胞癌患者的预后预测和坏死性凋亡在肝癌细胞中的作用	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序和批量RNA测序	Cox回归分析	基因表达数据	25个关键坏死性凋亡调控因子和168个坏死性凋亡相关基因，TCGA-LIHC数据集作为训练集，ICGC数据集用于验证
3883	2024-09-26	Meiotic chromatin-associated HSF5 is indispensable for pachynema progression and male fertility 2024-Sep-23, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae701 PMID:39162221	研究论文	本研究鉴定了一种新的睾丸特异性蛋白HSF5，该蛋白通过染色质结合调控雄性减数分裂中的粗线期进展	首次发现HSF5在粗线期进展中的关键作用，并揭示了其与SMARCA5、SMARCA4和SMARCE1的生物学相互作用	NA	探讨HSF5在雄性减数分裂粗线期进展中的调控作用	HSF5蛋白及其在减数分裂中的功能	NA	NA	scRNA-seq, CUT&Tag	NA	基因表达数据	Hsf5-/-个体
3884	2024-09-26	Single-cell exome sequencing reveals polyclonal seeding and TRPS1 mutations in colon cancer metastasis 2024-Sep-23, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-01960-8 PMID:39307879	研究论文	研究通过单细胞外显子测序揭示了结肠癌肝转移中的多克隆播种和TRPS1基因突变	首次通过单细胞外显子测序揭示了结肠癌肝转移的多克隆播种机制，并发现了TRPS1基因突变在肝转移中的重要作用	研究仅基于一个IV期结肠癌患者的样本，结果的普适性有待进一步验证	探索结肠癌肝转移的克隆进化和遗传异质性，识别驱动基因突变	结肠癌患者的原发肿瘤、肝转移和淋巴转移的单细胞	数字病理学	结肠癌	单细胞外显子测序	NA	基因组数据	150个单细胞
3885	2024-09-26	Patient-derived xenografts and single-cell sequencing identifies three subtypes of tumor-reactive lymphocytes in uveal melanoma metastases 2024-Sep-23, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.91705 PMID:39312285	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和患者来源的异种移植模型，识别并验证了葡萄膜黑色素瘤肝转移中的肿瘤反应性T细胞的三个亚型	首次结合单细胞测序和功能分析，揭示了葡萄膜黑色素瘤肝转移中肿瘤反应性T细胞的多样性	研究仅限于葡萄膜黑色素瘤肝转移，结果可能不适用于其他类型的黑色素瘤或其他器官的转移	通过识别和功能验证肿瘤反应性T细胞，提高葡萄膜黑色素瘤肝转移的免疫治疗效果	葡萄膜黑色素瘤肝转移中的肿瘤反应性T细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自患者的生物样本和肿瘤浸润淋巴细胞
3886	2024-09-26	SPRR1B+ keratinocytes prime oral mucosa for rapid wound healing via STAT3 activation 2024-Sep-16, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06864-5 PMID:39300285	研究论文	研究通过综合分析bulk-mRNA和单细胞测序数据，揭示了STAT3激活的SPRR1B+角质形成细胞在口腔黏膜快速愈合中的关键作用	首次揭示了STAT3激活的SPRR1B+角质形成细胞在口腔黏膜快速愈合中的重要作用，并发现这些细胞在未受伤的正常黏膜中丰富，但在正常皮肤中缺失	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨口腔黏膜快速愈合的细胞机制	口腔黏膜和皮肤的伤口愈合过程	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	mRNA	小鼠模型中的口腔黏膜和皮肤样本
3887	2024-09-26	Single-Cell Sequencing: High-Resolution Analysis of Cellular Heterogeneity in Autoimmune Diseases 2024-Jun, Clinical reviews in allergy & immunology IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s12016-024-09001-6 PMID:39186216	研究论文	本文探讨了单细胞测序技术在自身免疫性疾病中的创新应用及其对疾病诊断和精准治疗的影响	单细胞测序技术能够以高分辨率分析细胞异质性，揭示驱动疾病进展的分子机制	尽管单细胞测序技术在自身免疫性疾病中有广泛应用，但仍存在一些局限性	研究单细胞测序技术在自身免疫性疾病中的应用，以揭示其发病机制和治疗靶点	自身免疫性疾病中的细胞异质性和分子机制	基因组学	自身免疫性疾病	单细胞测序技术，特别是单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组、表观基因组或转录组信息	NA
3888	2024-09-26	Multi-omics Analysis Identifies Hypoxia Subtypes and S100A2 as an Immunosuppressive Factor in Cervical Cancer 2024-01, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.) DOI:10.1007/s43032-023-01304-x PMID:37648942	研究论文	本研究通过多组学分析，在宫颈癌样本中识别出三种缺氧亚型，并发现S100A2作为免疫抑制因子	首次在宫颈癌中研究缺氧景观，并识别出S100A2作为缺氧诱导的免疫抑制因子	NA	研究宫颈癌中的缺氧亚型及其对免疫治疗反应的影响	宫颈癌样本及其缺氧相关基因	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	来自The Cancer Genome Atlas数据集的宫颈癌样本
3889	2024-09-26	Single-cell RNA sequencing reveals that MYBL2 in malignant epithelial cells is involved in the development and progression of ovarian cancer 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1438198 PMID:39136009	研究论文	研究利用单细胞RNA测序技术揭示了恶性上皮细胞中的MYBL2在卵巢癌发展和进展中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术全面研究了卵巢癌患者的细胞组成，并识别了关键的亚群和影响卵巢癌进展的转录因子	研究样本仅限于六名卵巢癌伴网膜转移的患者，可能影响结果的普适性	深入理解恶性上皮细胞在卵巢癌中的作用，并探讨卵巢癌免疫微环境和免疫耗竭的影响	卵巢癌患者的恶性上皮细胞及其肿瘤微环境	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	六名卵巢癌伴网膜转移的患者
3890	2024-09-26	γδ T-cells in human malignancies: insights from single-cell studies and analytical considerations 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1438962 PMID:39281674	综述	本文综述了单细胞研究在不同恶性肿瘤中对γδ T细胞的生物学特性和调控机制的见解	介绍了高分辨率单细胞测序技术在γδ T细胞研究中的应用	γδ T细胞的低丰度使得其生物学特性仍不明确	探讨γδ T细胞在人类恶性肿瘤中的作用及其生物学机制	γδ T细胞及其在不同恶性肿瘤中的效应子亚群和调控机制	NA	NA	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
3891	2024-09-26	Platinum-based chemotherapy promotes antigen presenting potential in monocytes of patients with high-grade serous ovarian carcinoma 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1414716 PMID:39315092	研究论文	研究探讨了铂类化疗对高级别浆液性卵巢癌患者单核细胞抗原呈递潜力的影响	首次揭示了铂类化疗通过转录上调MHC II类分子在单核细胞中诱导抗原呈递，而非通过表观遗传变化	研究仅限于高级别浆液性卵巢癌患者，且样本量未明确	揭示肿瘤特异性转录和表观遗传变化，以及化疗如何重编程单核细胞	高级别浆液性卵巢癌患者的单核细胞	NA	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
3892	2024-09-26	Causal effects of systemic inflammatory proteins on Guillain-Barre Syndrome: insights from genome-wide Mendelian randomization, single-cell RNA sequencing analysis, and network pharmacology 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1456663 PMID:39315093	研究论文	本研究通过全基因组孟德尔随机化、单细胞RNA测序分析和网络药理学探讨了系统性炎症蛋白对吉兰-巴雷综合征的因果效应	首次通过孟德尔随机化分析确定了四种与吉兰-巴雷综合征因果相关的炎症蛋白，并结合单细胞RNA测序和分子对接技术预测了潜在的治疗靶点	研究样本仅限于欧洲血统的参与者，可能限制了结果的普适性	探讨系统性炎症蛋白与吉兰-巴雷综合征的因果关系，并寻找潜在的治疗靶点	系统性炎症蛋白与吉兰-巴雷综合征的因果关系	生物信息学	神经疾病	孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、分子对接技术	NA	基因组数据、RNA测序数据	8293名欧洲血统的参与者
3893	2024-09-25	AFSC: A self-supervised augmentation-free spatial clustering method based on contrastive learning for identifying spatial domains 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.09.005 PMID:39310278	研究论文	提出了一种基于对比学习的无数据增强自监督空间聚类方法AFSC，用于识别空间域	设计了无负样本或数据增强的对比学习模块，并结合空间信息和基因表达进行潜在表示学习	未提及	改进空间聚类方法以识别空间域	空间转录组数据中的空间域	生物信息学	NA	对比学习	自监督学习模型	基因表达数据	多个不同分辨率的空间转录组数据集
3894	2024-09-25	UQCRB and LBH are correlated with Gleason score progression in prostate cancer: Spatial transcriptomics and experimental validation 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.08.026 PMID:39310280	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析前列腺癌组织中不同病理结构与Gleason评分进展的关系，并验证了UQCRB和LBH基因在前列腺癌进展中的作用	首次通过空间转录组学技术分析前列腺癌组织中Gleason评分进展相关的分子事件，并验证了UQCRB和LBH基因在前列腺癌进展中的关键作用	研究主要基于TCGA-PRAD数据集和实验验证，未来需在更多样本和临床数据中进一步验证	探讨前列腺癌中Gleason评分进展相关的分子机制	前列腺癌组织及其Gleason评分进展相关的基因	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学	NA	转录组数据	不同病理结构的前列腺癌组织样本
3895	2024-09-25	Deciphering the cellular and molecular landscapes of Wnt/β-catenin signaling in mouse embryonic kidney development 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.08.025 PMID:39310276	研究论文	研究探讨了Wnt/β-catenin信号通路在小鼠胚胎肾脏发育中的细胞和分子机制	首次详细分析了Wnt/β-catenin信号通路激活后在不同胚胎肾脏细胞类型中的基因表达变化，并鉴定了直接转录靶点	研究主要集中在体外实验，缺乏体内验证	揭示Wnt/β-catenin信号通路在胚胎肾脏发育中的具体作用	小鼠胚胎肾脏细胞和基因表达	数字病理学	NA	RNA测序、单细胞RNA测序、ChIP-seq	NA	基因表达数据	使用了来自小鼠胚胎肾脏的多个数据集，包括GSE131240、GSE20325、GSE39583和GSE39837
3896	2024-09-25	Single-cell RNA sequencing analysis provides novel insights into the role of apoptosis-related genes in muscle aging 2024-10, Archives of gerontology and geriatrics IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.archger.2024.105499 PMID:38852373	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了细胞凋亡相关基因在肌肉衰老中的作用	本研究首次通过单细胞RNA测序技术识别了22个与肌肉衰老相关的凋亡相关基因，并评估了它们的诊断价值	本研究仅基于GSE143704数据集，样本量有限，可能影响结果的普适性	探讨细胞凋亡相关基因在肌肉衰老中的作用及其潜在的诊断价值	肌肉衰老患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	老年病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	肌肉衰老患者和年轻对照样本
3897	2024-09-25	Loss of AR-regulated AFF3 contributes to prostate cancer progression and reduces ferroptosis sensitivity by downregulating ACSL4 based on single-cell sequencing analysis 2024-Oct, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-01941-w PMID:38478171	研究论文	本研究通过单细胞测序分析探讨了AR调控的AFF3在前列腺癌进展中的作用及其对铁死亡敏感性的影响	首次揭示了AFF3通过下调ACSL4表达影响前列腺癌细胞的铁死亡敏感性	研究主要基于细胞系，缺乏临床样本验证	探讨AR调控的AFF3在前列腺癌进展和铁死亡敏感性中的作用	前列腺癌细胞及其代谢途径	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	前列腺癌细胞系
3898	2024-09-25	Mechanisms of radiation-induced tissue damage and response 2024-Oct, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.725 PMID:39309694	综述	本文综述了辐射诱导组织损伤（RITI）的分子机制，并探讨了单细胞测序（Sc-seq）在揭示RITI分子机制和识别潜在预防靶点中的应用	利用单细胞测序技术深入解析了RITI的分子机制，并提出了基于Sc-seq的个性化治疗策略	NA	揭示辐射诱导组织损伤的分子机制，并探讨相应的预防和治疗策略	辐射诱导组织损伤及其分子机制	NA	NA	单细胞测序（Sc-seq）	NA	NA	NA
3899	2024-09-25	Investigation of the pharmacological mechanisms of Shenfu injection in acute pancreatitis through network pharmacology and experimental validation 2024-Sep-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37491 PMID:39309824	研究论文	本研究通过网络药理学和实验验证探讨了参附注射液在急性胰腺炎治疗中的药理机制	首次通过网络药理学和实验验证揭示了参附注射液在急性胰腺炎治疗中的多成分、多靶点和多细胞特性	NA	探讨参附注射液在急性胰腺炎治疗中的潜在机制	参附注射液在急性胰腺炎中的作用机制	NA	急性胰腺炎	网络药理学、分子对接、单细胞转录组分析、HE染色、流式细胞术、Tunel染色、CCK-8检测、Western blot、ELISA	NA	基因、蛋白质、细胞	体外实验涉及多种细胞类型，体内实验涉及急性胰腺炎大鼠模型
3900	2024-09-25	Single-cell RNA sequencing analysis reveals the distinct features of colorectal cancer with or without Fusobacterium nucleatum infection in PD-L1 blockade therapy 2024-Sep-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37511 PMID:39309908	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了在PD-L1阻断疗法下，有无Fusobacterium nucleatum感染的结直肠癌的特征	首次通过单细胞RNA测序揭示了Fusobacterium nucleatum感染对PD-L1阻断疗法在结直肠癌中作用的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类患者中验证结果	探讨PD-L1阻断疗法在结直肠癌中的作用机制，特别是Fusobacterium nucleatum感染的影响	结直肠癌肿瘤微环境中的细胞组成和功能	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型中的结直肠癌肿瘤样本